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lowQualScore                  :                         2  2 11   33 2 2   4 1111111111111     0 88   9  00 8 000  8  9 8 8    9999 55   7  7 7  44   7 7 7 44  44 7 7 7 8 6  99 6  6 6  8 66666666 8  55  000  8 8  333 111111     333 111111111  8 88    88 0    55    
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Reference ( gi|95003 )        :                  TATTCGA-AT-A--TTC--G-T-CAA-CGTCA-TAC-TCA-TATAA-A--TGT-AG--T-A---CA-TGCA-T-ATTC----C--TCA-TA-A-AA--TAT-T-T-A--CA--G-G-T-C-T-GT-GA-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---CC-A-GG---A----A-TTTGG---T---------AT-G--TTTC--A-GTACTGTAAA
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gi|95001                      :                  TATTCGA-AT-A--TTC--G-T-CAA-CATCA-T--------ATAA-A--TGT-AG--T-A---CA-TGTA-T-ATTC----T--TCA-TT-A-AA--TAT-T-T-A--CA--G-G-T-C-T-GT-CA-CT-T-AT-A--------A-AT--CA---CC-A-GGACTA----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTC--A-GCAC
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gi|95000                      :                  TATTCGA-AT-A--TTC--G-T-CAA-CA-----AC---A-TATAA-A--TGT-AG--T-A---CAATGTA-T-ATTC----C--TCA-TA-A-AA--TAT-G-T-A--CA--G-GGT-C-TCGT-CA-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---AC-A-GG---A----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTT--G-GTAC-ATAAA
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lowQualScore                  :                                                0  0 88   88 0 0  2222 0 444444444444444444    555555 66    7 88 7 888  7    5 7    7777 44   7  7 7  33   7 7  7 33333 7 7 7 7 5   7 7  7 2  5 33333333 7  44  888  7 7  888 7777 7     000 111111111  7 55    8 33    44 9    
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Reference ( family-695 )      :                                         TATTCGA-AT-A--TTC--G-T-CA----A-CGTCA---TAC--AT----ATAA------A--TGTA-G--T-A---CA-TGTA-T-ATTC----C--TCA-TA-A-AA--TAT-T-TA-C--A--G-G-T-C-T-GTC-A-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---CC-A-GG---A----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTC-G--GTAC--A-TAAA
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Reference ( family-695 )      :                                         TATTCGA-AT-A--TTC--G-T-CA----A-CGTCA---TAC--AT----ATAA------A--TGTA-G--T-A---CA-TGTA-T-ATTC----C--TCA-TA-A-AA--TAT-T-TA-C--A--G-G-T-C-T-GTC-A-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---CC-A-GG---A----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTC-G--GTAC--A-TAAA
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gi|95013                      :                                         TAATCGA-ATTA--TTC----T-C--------GTCA---TAC--ATCACTATAA------A---GTA-G--T-A---CA-TGTA-T-TATC----T--TCAGTA-A-AA--TA--T-TA-C--A--G-G-T-A-TCGTC-A-CT-TAAT-A--------A-AT--CA---CC-A-GG---ACTACG-TTTGG---TATTAGCATGAT-G--TTTCAG--GCAC--C-TAA
gi|95014                      :                                   tattcgTATTCGA-AT-AATTCC--G-TTCA----A-CGTCA---TA----------TAA------A--TGTAAG--T-A---CA-TGTA-C-ATC------------------A--TAT-T-TAAC--A--G-G-TAT-T-GTA-A-TT-T-AT-A--------A-ATTCCA---CA-A-GG---A----G-TTTGGTTAT---------AT-G--TTTA-A--GTA
gi|95015                      :                                         TATTCGA-AT-A--TT---G-T-C-----A-CGTCA--------------ATAA------A--TGTA-G--T----------------TTT----C--TAA--A-A-AA--TAT-T-TA-C-----------C-T-GTC-A-TA-T-AT-A--------A-AT---A---AC-A-GG---A----G-TTTTG---T---------AT-
gi|95016                      :                                          ATTAGA-AT-A--TCC--G-T-CA----A-CATCA---TA----------TAA------A--TGAA-G--T-A-----------T-TTTC----C--TCA-TA-A-AA--TAT-T--A-C-----------C-T-GTC-A-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---C--A-GG---A----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTC-A--GTAC--A-TAAA
gi|95017                      :                                          ATTCGA-AT-A--TTCTGA-T-CA----A-C-TC----T-C--AT----GTAA------A--TGTA-G--T-A---CG-TGCAGT-ATTC----CCTTCA-TA-ATAA--TA--C-TG-C--A--T-G-T-C-T--TC-A--T-T-ATAA--------A-AT--CA---CC-C-AG---A----G-TTT-G---T---------AT-G--TTTC-A--TAAC--A-TA
gi|95018                      :                                                                                   --AT----ATTA------A--TGTA-----------A-TGTA-TGATTC----C--TCA-TA-A-AAGTTAT-T--A-C--GAGG-G-T-CGT-GTC-A-CT-T-AT-A--------A-AT--CA---CCTA-GG---A----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTC-GAAGTAC--A-TAAA
gi|95019                      :                                                                                                       aagTG-G--T-A---CA-TGT-----TTCGGTAC--CAA-TA-A-TA--TAT-T-TA-C--A--G-G-T-C-T-GTC-A-TT-TCATGA--------A-AT--C----CC-A-GG---A----G-TTTGG---T---------ATGG--TTTC-GC-GTAC--A-TAAA
gi|95020                      :                                                                                                            -G--T-A---CT-TGTA-T-ATTT----T--TCA-TA-A-AA--TAT-T-TA-C--A--G-G-T-C-T-GTC-A-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---CC-A-GG---ACTG-G-TTTG-----------------G--TTTC-A--GTAC--C-TAGA
gi|95021                      :                                                                                                                                            CA-TA-A-AA--TAT-T-TA-TCTA--G-G-T-C---GTC-A-TT-TTAT-A--------A--T--CAATTCA-A-GG---A----G-TTTGG---T---------CT-GTTTTTC-G--GTAC--A-TA


blockSeqs                     :                                                T  T AT   TG G T  TAAA G GTCATACATCACT         TACAAC CC    A CT T TGT  A    T G    GGTA CT   G  T T  GT   A A  A GAG   T G A G C   A T  A A  A TAATTATT G  TC  ATT  T .  ACT CTAC T     TTA ATTAGCATG  G TT    A AA    CA T
blockSeqs                     :                                                .  . .    C  . .  .    G ATCAATATACAT          .      .     . CT . T    .    G .    .    .    .  . .  .    . .  . CTA   . . . . C   . .  . C  G .        .  .   T    . .  A   CTG  .     .   AC         . .     . C     T  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . GTCATACTCAT           .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . T  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   A          . .     . .     A  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . GTCATACTCAT           .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . GTAGTACAT             .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . GCCATCAT              .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . GTCATACA              .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . ATCATAT               .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . ATCATTT               .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . ATCATA                .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . ATTATA                .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . GTCATA                .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . ATCATA                .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . TCTCAT                .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . AACAT                 .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . AACAT                 .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . ACAT                  .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . GTAT                  .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                .  . .    .  . .  .    . GTCA                  .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                                                               .      .     . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . A     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .     .  .
blockSeqs                     :                                                                                                            . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . .     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          . .     . .         
blockSeqs                     :                                                                                                            . .  . .    .    . .    .    .    .  . .  .    . .  . .     . . . . .   . .  . .  . .        .  .   .    . .  .   .    .     .   .          .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                              .  . .  .    . .  . .     . . .                                                                                               


blockSeqCons                  :                                                                         GTCATAT***********
originalCons                  :                                         TATTCGA-AT-A--TTC--G-T-CA----A-CGTCA---TAC--AT----ATAA------A--TGTA-G--T-A---CA-TGTA-T-ATTC----C--TCA-TA-A-AA--TAT-T-TA-C--A--G-G-T-C-T-GTC-A-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---CC-A-GG---A----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTC-G--GTAC--A-TAAA
finalCons                     :                                         TATTCGA-AT-A--TTC--G-T-CA----A-CGTCATAT-----------ATAA------A--TGTA-G--T-A---CA-TGTA-T-ATTC----C--TCA-TA-A-AA--TAT-T-TA-C--A--G-G-T-C-T-GTC-A-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---CC-A-GG---A----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTC-G--GTAC--A-TAAA





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lowQualScore                  :                                                                             1  1 99   99 1 1  1 2 66666666666666666666666666  0000  3333333333 9 66   8  88 7 888  7    5 8    9999 55   7  7 7  44    7 7  88888 7 7 7 7 5   7 7  7 2  5 33333333 7  44  888  7 7  888 7777 7     000 111111111  7 55    8 33    44 9    
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Reference ( family-695 )      :                                                                      TATTCGA-AT-A--TTC--G-T-CA-A-C-------------GT-CA-T-A----TA----TA----------A-A--TGT-AG--T-A---CA-TGTA-T-ATTC----C--TCA-TA-A-AA--TATT-T-AC--A--G-G-T-C-T-GTC-A-TT-T-AT-A--------A-AT--CA---CC-A-GG---A----G-TTTGG---T---------AT-G--TTTC-G--GTAC--A-TAAA
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