lowQualScore : 11111111111111111 3 333 2222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 33333333333 1 111 1 1 333 1 11111 1 1
lowQualScore : 2 22 2 4 2 55555555555555555 5 4 1 222 1 1 8888 1 2 22 1 1 1 66666666 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 6 7 55 8 666 1 1 3 1 3 44 66666666666 3 2 44 666 3 3 8 111 44 8 3 55555 33 6 1 55 777 7 1 3
lowQualScore : . .. . . . ................. . . . ... . . .... . . .. . . . ........ . . .................................................... . .. . . .. . ... . . . . . .. ........... . . .. ... . . . ... .. . . ..... .. . . .. ... . . .
lowQualScore : 0 88 0 0 0 33333333333333333 7 0 9 000 9 9 2222 4 9 00 9 4 4 99999999 0 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 77 7 3 00 2 444 4 9 6 4 6 77 55555555555 6 7 22 000 3 6 2 888 77 2 6 55555 33 4 4 00 555 3 9 3
consensus : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A-TTC-TGTCAT-TCTAC--CATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGT------CATTTTACATGTAAGTATGTTAT-C----CAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACAGTCAGC-TGACCCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGCNTATC-----A-----CGCCAG-CTCTNCCCGGTGCTCACTATGAC-CGGTCATAGTGAGCACCGGTNAGAGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTNAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
Reference ( gi|9380 ) : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AACGCAG-CCATA-TTC-TGTCAT-TTTAC--CATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-------CAGTTT-CAGGTGAG------AT-CC---CAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATC-----A-----TGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CACCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9378 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A-TTC-TGTCAT-TTTAC---ATG-T-A--AGT-TG-TT-ATCG-----------AC-CAG------TC------TG-------CAGTTT-CAGG-GAG------AT-CC---CAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATC-----A-----TGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CACCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9379 : ACATGT-A--AGTATGT-A-TT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCAT--TTC-TGTCAT-TTTAC---ATG-T-A--AGT-TG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-------CAGTT--CAGG-GAG------AT-CC---CAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATC-----A-----TGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CACCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9381 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C-----------------G-AAC-CAG-CCA-A-TTC-TGTCAT-TTTA---CATGAT-A--AGTTTG-TT-ATTC--------G-AAC-CAG------TC------TG-------CAGTTT-CAGG-GAG------ATGCC---CAGGACGCCGAGTTTAGTG-TACTGT--TAACTTTCACAACA-TC-GCATGACTCAAACCCATCAATCTGACCTCCAGTTTATC-----A-----TGTCAGACTCTTCCCGTTGCTCACTATGACGCGAT-A-AAT---ACCCAGTTA-AGCTGGGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGT-AGTTGATGGGTTGGGGTGAATAGTGA-TGTTTGAAGTATATTGACGAGATAGGA
gi|9382 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A-TTC-TGTCAT-TCTA---CATG-T-A--AGTTTG-TT-ATCA--------G-AAC-CAGCCAAT-TC------TGT------CATTTTACATGTAAGTATGTTAT------CAGAAC-C--AGT
gi|9383 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A-TTC-TGTCAT-TCTA---CATG-T-A--AGTTTG-TT-ATCA--------G-AAC-CAGCCCAATTC------TGT------CATTTTACATGTAAGTATGTTAT------CAGAAC-C--AGT
gi|9384 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------GGAAC-CAG-CCAT---TC-TGTCAT-TTTA----ATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9390 : ACATGT-A--ATTATGT-TTAT-C--------A--------G-AACGCAG-C-A-A-TTC-TGTCAT-TTTAC---ATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------T
gi|9390 : acatgtacgagtatgttatcagtaaccagccaattctacaatctACATGT-ACGAGTATGT-T-AT-C--------A--------GTAAC-CAG-CCA-A-TTC-TA-CAA-TCTA---CATG-T-A--ATTATGTTT-ATCA--------G-AACGCAGCAAT--TC------TGT------CATTTTACATGTAAGTATGTTAT------CAGAAC-C--AGTTCAtca
gi|9386 : ACATGT-A--ATTATGT-TTAT-C--------A--------G-AACGCAG-C-A-A-TTC-TGTCAT-TTTAC---ATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------T
gi|9392 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------GGAAC-CAG-CCAT---TC-TGTCAT-TTTA----ATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------T
gi|9392 : acatgtaagtatgttatcagaaccacccaaattcctacaacaACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAC-CCAAA-TTC-CTACA-----ACAACATG-T-A--AGTATG-TT-ATCAG-------G-AAC-CAGCCAT--TC------TGT------CATTTT-AATGTAAGTATGTTAT------CAGAAC-C--AGT
gi|9385 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-TTC-TGTCATATTTA----ATG-TCA--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9387 : ACATGT-A--AGTTTGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A-TTC-TGTCAT-TTTA-------------AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9388 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCAAAATTC-TGTCAT-TCTAC---ATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CA
gi|9391 : ACATGT-A--AGTCTGT-T-AT-CCAGGGCTGG--------G-AAC-TAG-CCA-A-CTC-TGTCAT-TCTAC---ATG-T-A--AGTATG-TT-ATCAAGGGCTGGG-AAC-CAG------CC------
gi|9389 : ACATGT-A--GATTTGT-T-A--C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A-TTCATGT-AT-TTTAC---ATG-T-A--AGGTTG-TT-A-CA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9393 : ACAT-T-A--AGTATGTGT-ATTC--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCAAT-TTC-TGTCAT-TCTA---CATG-T-ACGAGTATG-TT-ATCA--------GTAAC-CAG------CC------
gi|9394 : ATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAGTCCA--------ATCAT-TCTAC---ATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9395 : ATGTCA--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-TCA--------ATCAT-TCTAC---ATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9396 : T-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AA--CAG-CCAT--TTC-TGTCAT-TCTACA-CATG-T-A--GATTTG-TT-A-CA--------G-AAC-CAG------CCAATTCATG-------TATTTTACATGTAAGGTT---GT-TA---CAGAAC-C--AGT
gi|9397 : --------G-AAC-CAG-CCA-A-CTC-TGTCAT-TCTAC---ATG-T-A--AGTCTG-TT-ATC
gi|9384 : --CATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------GGAAC-CAGCCAT--TC------TGT------CATTTT-AATGTAAGTATGTTAT-C-----AGAAC-C--AGT
gi|9386 : a--CATG-T-A--ATTATG-TTTATCA--------G-AACGCAGCAAT--TC------TGT------CATTTTACATGTAAGTATGTTAT-C-----AGAAC-C--AGTc
gi|9385 : a--CATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAGCCAT--TC------TGTCATATTTAATGT-CAAGTATG------TT-AT---CAGAAC-C--AGT
gi|9387 : a--CATG-T-A--AGTTTG-TT-ATCA--------G-AAC-CAGCCAAT-TC------TG-------TCATTT-TAAGTATG------TT-AT---CAGAAC-C--AGTc
gi|9389 : a--CATG-T-A--GATTTG-TT-A-CA--------G-AAC-CAG------CCAATTCATG-------TATTTTACATGTAAG------GT-TGTTACAGAAC-C--AGTc
gi|9394 : aATG-T-A--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------CAAT-----CATTCTACATGTAAGTATGTTAT------CAGAAC-C--AGc
gi|9395 : ATG-TCA--AGTATG-TT-ATCA--------G-AAC-CAG------TCAA----T--------CATTCTACATGTAAGTATGTTAT-C-----AGAAC-C--AGcc
gi|9378 : TTCAA-ACAGTCATA-TCACCCCAACCCATCAA-CTTA-CTCCAGCAGATC-----AAGGAACGCCAG-CT-TAACTGGTG---ATT-TGAT-CGGTCATAGTGAGCACTGGGAAGAGCT-GACAT-----GATAGACTGGAGTCAGTTGATGGGTTTGAGTC-AGC-TGA-TGTGTGAAcc
gi|9379 : acatgtaagtatgttatcagaaccagccaattctgtcattttacatgtaagttgttatcgaccagtctgcagtttcagggagatcccagaaccagtttagtgctactgtactaactTTCAA-ACAGTCATA-TCACCCCAACCCATCAA-CTTA-CTCCAGCAGATC-----AAGGAACGCCAG-CT-TAACTGGTG---ATT-TGAT-CGGTCATAGTGAGCACTGGGAAGAGCT-GACAT-----GATAGACTGGAGTCAGTTGATGGGTTTGAGTC-AGC-TGA-TGTGTGAAgtatattgacagatagga
gi|9400 : acatgtaagtatgtattcagaaccagccatttctgtcattttacatgtaagttgttatcagaaccagtctgcagttcagggagatcccagaaccagtttagtgctactgtactaactTTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATC-----A-----TGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CACCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAgtatattgacagatagga
gi|9400 : TTCAA-ACAGTCATA-TCACCCCAACCCATCAA-CTTA-CTCCAGCAGATCAAGGAA-----CGCCAG-CT-TAACTGGTG---ATT-TGAT-CGGTCATAGTGAGCACTGGGAAGAGCT-GACA-----TGATAGACTGGAGTCAGTTGATGGGTTTGAGTC-AGC-TGA-TGTGTGAA
gi|9399 : TTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATC-----A-----TGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CACCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9399 : TTCAA-ACAGTCATA-TCACCCCAACCCATCAA-CTTA-CTCCAGCAGATCAAGGAA-----CGCCAG-CT-TAACTGGTG---ATT-TGAT-CGGTCATAGTGAGCACTGGGAAGAGCT-GACA-----TGATAGACTGGAGTCAGTTGATGGGTTTGAGTC-AGC-TGA-TGTGTGAA
gi|9398 : TTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATC-----A-----TGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CACCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9398 : TTCAA-ACAGTCATA-TCACCCCAACCCATCAA-CTTA-CTCCAGCAGATCAAGGAA-----CGCCAG-CT-TAACTGGTG---ATT-TGAT-CGGTCATAGTGAGCACTGGGAAGAGCT-GACA-----TGATAGACTGGAGTCAGTTGATGGGTTTGAGTC-AGC-TGA-TGTGTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 3333333 222222 1 333333333 4 1 9999999 4 1
lowQualScore : 2 22 2 2 2 88888888888888888 2 4 2 44 2 2 2 2 2222222 2 2 22 3 2 99999999 2 2 111111 666666 2 1 88 4 222222222 4 66 2 3 5 0 5 6 5 5 77 6 6 5 1 3 5 0 1111111 5 6 1 0 5 6 5 5 0
lowQualScore : . .. . . . ................. . . . .. . . . . ....... . . .. . . ........ . . ...... ...... . . .. . ......... . .. . . . . . . . . .. . . . . . . . ....... . . . . . . . . .
lowQualScore : 1 99 1 1 1 55555555555555555 0 0 0 88 0 0 0 0 0000000 0 0 88 6 0 77777777 1 1 444444 888888 8 7 44 4 888888888 4 11 5 2 7 0 7 0 7 7 00 0 0 7 0 7 7 9 0000000 7 0 0 0 7 6 7 7 0
consensus : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-ATT-C-TGTCAT-TCTA------CATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTACCCAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CA-CCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
Reference ( family-694 ) : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-ATT-C-TGTCAT-TCTAC-----CATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTATCCAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACAGTCAGC-TGACCCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGCNTATCACGCCAG-CTCTNCCCGGTGCTCACTATGAC-CGGTCATAGTGAGCA-CCGGTNAGAGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTNAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9378 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-ATT-C-TGTCAT-TTTA------CATG-T-A--AGT-TGTT-ATC-----------GAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGGGAGAT------CCCAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CA-CCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9379 : ACATGT-A--AGTATGT-A-TT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-TTT-C-TGTCAT-TTTAC------ATG-T-A--AGT-TGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTCA---GGGAG-AT----CCCAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CA-CCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9380 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AACGCAG-CC--ATATT-C-TGTCAT-TTTAC-----CATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGGTGAG-AT----CCCAGAAC-C--AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CA-CCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9381 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C-----------------G-AAC-CAG-CC--A-ATT-C-TGTCAT-TTTA------CATGAT-A--AGTTTGTT-ATTC--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CA-GGGAG-ATG---CCCAGGACGCCGAGTTTAGTG-TACTGT--TAACTTTCACAACA-TC-GCATGACTCAAACCCATCAATCTGACCTCCAGTTTATCATGTCAGACTCTTCCCGTTGCTCACTATGACGCG---ATA---AATACCCAGTTA-AGCTGGGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGT-AGTTGATGGGTTGGGGTGAATAGTGA-TGTTTGAAGTATATTGACGAGATAGGA
gi|9382 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-ATT-C-TGTCAT-TCTA------CATG-T-A--AGTTTGTT-ATCA--------G-AAC-CAGCCAAT-TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTAT-CAGAAC-C--AGT
gi|9383 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-ATT-C-TGTCAT-TCTA------CATG-T-A--AGTTTGTT-ATCA--------G-AAC-CAGCCCAATTC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTAT-CAGAAC-C--AGT
gi|9384 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AG-------G-AAC-CAG-CC----ATT-C-TGTCAT-TTTA-------ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9385 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC----ATT-C-TGTCATATTTA-------ATG-TCA--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9386 : ACATGT-A--ATTATGT-TTAT-C--------A--------G-AACGCAG-C---A-ATT-C-TGTCAT-TTTA------CATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------T
gi|9387 : ACATGT-A--AGTTTGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-ATT-C-TGTCAT-TT-------------T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9388 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCAAA-ATT-C-TGTCAT-TCTA------CATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CA
gi|9389 : ACATGT-A--GATTTGT-T-A--C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A-ATT-CATGT-AT-TTTA------CATG-T-A--AGGTTGTT-A-CA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9390 : ACATGT-ACGAGTATGT-T-AT-C--------A--------GTAAC-CAG-CC--A-ATT-C-TA-CAA-TCTAC------ATG-T-A--ATTATGTTTATCA--------G-AACGCAGCAAT--TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTAT-CAGAAC-C--AGTTCA
gi|9391 : ACATGT-A--AGTCTGT-T-AT-CCAGGGCTGG--------G-AAC-TAG-CC--A-ACT-C-TGTCAT-TCTA------CATG-T-A--AGTATGTT-ATCAAGGGCTGGG-AAC-CAG------CC------
gi|9392 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAC-CCA-A-ATT-C---------CTACAACAACATG-T-A--AGTATGTT-ATCAG-------G-AAC-CAGCCAT--TC------TGTCATTTTA-ATGTAAGTATGTTAT-CAGAAC-C--AGT
gi|9393 : ACAT-T-A--AGTATGTGT-ATTC--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CC--A-ATTTC-TGTCAT-TCTA------CATG-T-ACGAGTATGTT-ATCA--------GTAAC-CAG------CC------
gi|9394 : ATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAGTCC--A-AT-------CAT-TCTAC------ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9395 : ATGTCA--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-TC--A-AT-------CAT-TCTAC------ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9396 : T-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC--AG-CC--A-TTT-C-TGTCAT-TCTACA----CATG-T-A--GATTTGTT-A-CA--------G-AAC-CAG------CCAATTCATGT-ATTTTACATGTAAGGTTGTTA--CAGAAC-C--AGT
gi|9397 : --------G-AAC-CAG-CC--A-ACT-C-TGTCAT-TCTA------CATG-T-A--AGTCTGTT-ATC
gi|9398 : TTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CA-CCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9399 : TTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CA-CCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9400 : TTCAC-ACA-TCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGA-CTCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCA-AAT---CA-CCAGTTA-AGCT-GGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 222222 1 33333333 1
lowQualScore : 2 22 2 2 2 88888888888888888 2 4 2 2 55 2 2 2 22 2 2 2 22 3 2 99999999 2 2 111111 666666 2 1 88 1 1 22222222 66 4 2 3 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0
lowQualScore : . .. . . . ................. . . . . .. . . . .. . . . .. . . ........ . . ...... ...... . . .. . . ........ .. . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 1 99 1 1 1 55555555555555555 0 0 0 0 55 0 0 0 88 0 0 0 88 6 0 77777777 1 1 444444 888888 8 7 44 7 8 44444444 11 4 5 2 7 7 7 7 7 7 7 7 7 0
consensus : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTACCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
Reference ( family-694 ) : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTACCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9378 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGT-TGTT-ATCG-----------AC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGGGAGAT------CCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9379 : ACATGT-A--AGTATGT-A-TT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-T--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGT-TGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTCA---GGGAG-AT----CCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9380 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AACGCAG-CCATA--TT-C-TGTCAT-TTT--ACCATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGGTGAG-AT----CCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9381 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C-----------------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATGAT-A--AGTTTGTT-ATTC--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGG-GAG-ATG---CCCAGGACGCCGAGTTTAGTG-TACTGT--TAACTTTCACAACATC-GCATGACTCAAACCCATCAATCTGACCTCCAGTTTATCATGTCAGACTCTTCCCGTTGCTCACTATGACGCGAT-AAATACCCAGTTAAGCTGGGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGT-AGTTGATGGGTTGGGGTGAATAGTGA-TGTTTGAAGTATATTGACGAGATAGGA
gi|9382 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTTTGTT-ATCA--------G-AAC-CAGCCAAT-TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTA-TCAGAAC--C-AGT
gi|9383 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTTTGTT-ATCA--------G-AAC-CAGCCCAATTC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTA-TCAGAAC--C-AGT
gi|9384 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AG-------G-AAC-CAG-CC--A--TT-C-TGTCAT-TTT--A--ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9385 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A--TT-C-TGTCATATTT--A--ATG-TCA--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9386 : ACATGT-A--ATTATGT-TTAT-C--------A--------G-AACGCAG-C-A-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------T
gi|9387 : ACATGT-A--AGTTTGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TT----------T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9388 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCA-AAATT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CA
gi|9389 : ACATGT-A--GATTTGT-T-A--C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-CATGT-AT-TTT--AC-ATG-T-A--AGGTTGTT-A-CA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9390 : ACATGT-ACGAGTATGT-T-AT-C--------A--------GTAAC-CAG-CCA-A--TT-C-TA-CAA-TCT--AC-ATG-T-A--ATTATGTTTATCA--------G-AACGCAGCAAT--TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTA-TCAGAAC--C-AGTTCA
gi|9391 : ACATGT-A--AGTCTGT-T-AT-CCAGGGCTGG--------G-AAC-TAG-CCA-A--CT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCAAGGGCTGGG-AAC-CAG------CC------
gi|9392 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAC-CCA-AATTC-C-TACAA---CA--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCAG-------G-AAC-CAGCCAT--TC------TGTCATTTTA-ATGTAAGTATGTTA-TCAGAAC--C-AGT
gi|9393 : ACAT-T-A--AGTATGTGT-ATTC--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCA-A--TTTC-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-ACGAGTATGTT-ATCA--------GTAAC-CAG------CC------
gi|9394 : ATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAGTCCA-A--T-------CAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9395 : ATGTCA--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-TCA-A--T-------CAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9396 : T-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC--AG-CCA-T--TT-C-TGTCAT-TCTACAC-ATG-T-A--GATTTGTT-A-CA--------G-AAC-CAG------CCAATTCATGT-ATTTTACATGTAAGGTTGTTA--CAGAAC--C-AGT
gi|9397 : --------G-AAC-CAG-CCA-A--CT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTCTGTT-ATC
gi|9398 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9399 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9400 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 222222 1 33333333 1
lowQualScore : 2 22 2 2 2 88888888888888888 2 4 2 2 55 2 2 2 22 2 2 2 22 3 2 99999999 2 2 111111 666666 2 1 88 1 1 22222222 66 4 2 3 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0
lowQualScore : . .. . . . ................. . . . . .. . . . .. . . . .. . . ........ . . ...... ...... . . .. . . ........ .. . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 1 99 1 1 1 55555555555555555 0 0 0 0 55 0 0 0 88 0 0 0 88 6 0 77777777 1 1 444444 888888 8 7 44 7 8 44444444 11 4 5 2 7 7 7 7 7 7 7 7 7 0
consensus : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTACCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
Reference ( family-694 ) : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTACCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9378 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGT-TGTT-ATCG-----------AC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGGGAGAT------CCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9379 : ACATGT-A--AGTATGT-A-TT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-T--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGT-TGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTCA---GGGAG-AT----CCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9380 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AACGCAG-CCATA--TT-C-TGTCAT-TTT--ACCATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGGTGAG-AT----CCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9381 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C-----------------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATGAT-A--AGTTTGTT-ATTC--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGG-GAG-ATG---CCCAGGACGCCGAGTTTAGTG-TACTGT--TAACTTTCACAACATC-GCATGACTCAAACCCATCAATCTGACCTCCAGTTTATCATGTCAGACTCTTCCCGTTGCTCACTATGACGCGAT-AAATACCCAGTTAAGCTGGGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGT-AGTTGATGGGTTGGGGTGAATAGTGA-TGTTTGAAGTATATTGACGAGATAGGA
gi|9382 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTTTGTT-ATCA--------G-AAC-CAGCCAAT-TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTA-TCAGAAC--C-AGT
gi|9383 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTTTGTT-ATCA--------G-AAC-CAGCCCAATTC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTA-TCAGAAC--C-AGT
gi|9384 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AG-------G-AAC-CAG-CC--A--TT-C-TGTCAT-TTT--A--ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9385 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A--TT-C-TGTCATATTT--A--ATG-TCA--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9386 : ACATGT-A--ATTATGT-TTAT-C--------A--------G-AACGCAG-C-A-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------T
gi|9387 : ACATGT-A--AGTTTGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TT----------T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9388 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCA-AAATT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CA
gi|9389 : ACATGT-A--GATTTGT-T-A--C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-CATGT-AT-TTT--AC-ATG-T-A--AGGTTGTT-A-CA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9390 : ACATGT-ACGAGTATGT-T-AT-C--------A--------GTAAC-CAG-CCA-A--TT-C-TA-CAA-TCT--AC-ATG-T-A--ATTATGTTTATCA--------G-AACGCAGCAAT--TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTA-TCAGAAC--C-AGTTCA
gi|9391 : ACATGT-A--AGTCTGT-T-AT-CCAGGGCTGG--------G-AAC-TAG-CCA-A--CT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCAAGGGCTGGG-AAC-CAG------CC------
gi|9392 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAC-CCA-AATTC-C-TACAA---CA--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCAG-------G-AAC-CAGCCAT--TC------TGTCATTTTA-ATGTAAGTATGTTA-TCAGAAC--C-AGT
gi|9393 : ACAT-T-A--AGTATGTGT-ATTC--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCA-A--TTTC-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-ACGAGTATGTT-ATCA--------GTAAC-CAG------CC------
gi|9394 : ATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAGTCCA-A--T-------CAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9395 : ATGTCA--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-TCA-A--T-------CAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9396 : T-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC--AG-CCA-T--TT-C-TGTCAT-TCTACAC-ATG-T-A--GATTTGTT-A-CA--------G-AAC-CAG------CCAATTCATGT-ATTTTACATGTAAGGTTGTTA--CAGAAC--C-AGT
gi|9397 : --------G-AAC-CAG-CCA-A--CT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTCTGTT-ATC
gi|9398 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9399 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9400 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
blockSeqs : C CG G T T AAGGGCTGG T G T T AA T A A AC C A C CG A T AGGGCTGG T G CCCAAT AATTCA T G AC G G TATGTTA GC G C A A A T C A G G A G G
blockSeqs : . . . . . CAGGGCTGG . G . . AT . . . . . . . . T . G . . CCAAT . T G AC G T TATGTTA . . C A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AAGGGCTGG . . . . . . . . . . . . . T . . . . CAAT . T G AC T T TATGTTA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . T . . . . CCAT . T T AC T T TATGTTA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T T A T T GTTGTTA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T C T T ATGC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T C T T ATC . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T A . . ATC . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TATGTTA*
originalCons : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTACCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
finalCons : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTA-CCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 222222 1 1 1
lowQualScore : 2 22 2 2 2 88888888888888888 2 4 2 2 55 2 2 2 22 2 2 2 22 3 2 99999999 2 2 111111 666666 2 1 0 1 1 1 9 7777 66 4 2 3 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0
lowQualScore : . .. . . . ................. . . . . .. . . . .. . . . .. . . ........ . . ...... ...... . . . . . . . .... .. . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 1 99 1 1 1 55555555555555555 0 0 0 0 55 0 0 0 88 0 0 0 88 6 0 77777777 1 1 444444 888888 8 7 0 7 8 9 9 3333 11 4 5 2 7 7 7 7 7 7 7 7 7 0
consensus : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTACCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
Reference ( family-694 ) : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTACCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9378 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGT-TGTT-ATCG-----------AC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGGGA-----GATCCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9379 : ACATGT-A--AGTATGT-A-TT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-T--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGT-TGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTT--CAGGGA-----GATCCCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9380 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AACGCAG-CCATA--TT-C-TGTCAT-TTT--ACCATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGGTGAG-ATC---CCAGAAC--C-AGTTTAGTGCTACTGTACTAACTTTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAAGTATATTGAC-AGATAGGA
gi|9381 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C-----------------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATGAT-A--AGTTTGTT-ATTC--------G-AAC-CAG------TC------TG-CAGTTT-CAGG-GAG-ATGC--CCAGGACGCCGAGTTTAGTG-TACTGT--TAACTTTCACAACATC-GCATGACTCAAACCCATCAATCTGACCTCCAGTTTATCATGTCAGACTCTTCCCGTTGCTCACTATGACGCGAT-AAATACCCAGTTAAGCTGGGCGTTCCTTGATCTGCTGGAGT-AGTTGATGGGTTGGGGTGAATAGTGA-TGTTTGAAGTATATTGACGAGATAGGA
gi|9382 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTTTGTT-ATCA--------G-AAC-CAGCCAAT-TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTATCAGAAC--C-AGT
gi|9383 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTTTGTT-ATCA--------G-AAC-CAGCCCAATTC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTATCAGAAC--C-AGT
gi|9384 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AG-------G-AAC-CAG-CC--A--TT-C-TGTCAT-TTT--A--ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9385 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CC--A--TT-C-TGTCATATTT--A--ATG-TCA--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9386 : ACATGT-A--ATTATGT-TTAT-C--------A--------G-AACGCAG-C-A-A--TT-C-TGTCAT-TTT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------T
gi|9387 : ACATGT-A--AGTTTGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-C-TGTCAT-TT----------T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9388 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCA-AAATT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CA
gi|9389 : ACATGT-A--GATTTGT-T-A--C--------A--------G-AAC-CAG-CCA-A--TT-CATGT-AT-TTT--AC-ATG-T-A--AGGTTGTT-A-CA--------G-AAC-CAG------TC------
gi|9390 : ACATGT-ACGAGTATGT-T-AT-C--------A--------GTAAC-CAG-CCA-A--TT-C-TA-CAA-TCT--AC-ATG-T-A--ATTATGTTTATCA--------G-AACGCAGCAAT--TC------TGTCATTTTACATGTAAGTATGTTATCAGAAC--C-AGTTCA
gi|9391 : ACATGT-A--AGTCTGT-T-AT-CCAGGGCTGG--------G-AAC-TAG-CCA-A--CT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCAAGGGCTGGG-AAC-CAG------CC------
gi|9392 : ACATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAC-CCA-AATTC-C-TACAA---CA--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCAG-------G-AAC-CAGCCAT--TC------TGTCATTTTA-ATGTAAGTATGTTATCAGAAC--C-AGT
gi|9393 : ACAT-T-A--AGTATGTGT-ATTC--------AAGGGCTGGG-AAC-CAG-CCA-A--TTTC-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-ACGAGTATGTT-ATCA--------GTAAC-CAG------CC------
gi|9394 : ATGT-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAGTCCA-A--T-------CAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9395 : ATGTCA--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC-CAG-TCA-A--T-------CAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTATGTT-ATCA--------G-AAC-CAG------CC------
gi|9396 : T-A--AGTATGT-T-AT-C--------A--------G-AAC--AG-CCA-T--TT-C-TGTCAT-TCTACAC-ATG-T-A--GATTTGTT-A-CA--------G-AAC-CAG------CCAATTCATGT-ATTTTACATGTAAGGTTGTTA-CAGAAC--C-AGT
gi|9397 : --------G-AAC-CAG-CCA-A--CT-C-TGTCAT-TCT--AC-ATG-T-A--AGTCTGTT-ATC
gi|9398 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9399 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA
gi|9400 : TTCACA-CATCAGC-TGACTCAAACCCATCAA-CTGAC-TCCAGTCTATCATGTCAG-CTCTTCCCAGTGCTCACTATGAC-CGATCAAATCACCAGTTAAGCTGG-CGTTCCTTGATCTGCTGGAGTAAGTTGATGGGTTGGGGTG-ATA-TGACTGTTTGAA