lowQualScore                  :                                                                                                                            1111           
lowQualScore                  :       4   2      66666666666  1  7777 22 44  44444      22      22    1      22     22 1   22          5555555    1 1      8888   4 2     
lowQualScore                  :       .   .      ...........  .  .... .. ..  .....      ..      ..    .      ..     .. .   ..          .......    . .      ....   . .     
lowQualScore                  :       2   1      55555555555  9  4444 66 55  88888      66      66    8      55     55 8   55          9999999    8 8      1111   0 0     
consensus                     : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--CCGC-CTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTA---AAAT-A-GTTCT
Reference ( gi|82725 )        : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--CCGC-CTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTA---TAAT-A-GTTCT
gi|82726                      : ACTTGA-TAT-GCGTGT------CC---GC-CT-------A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--CCGC-CTGTTA--GCCAC--T-TAG--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTA---AAAT-A-GTTCT
gi|82727                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTT--ATCTGC--CCGC-CTGTTA--ACCGC--C-TAG--AGAAAACACA-------GTGC-T-TGCTAA---AAAT-A-GTTCT
gi|82729                      : ATTTGC-TAT-GTGTAT------TC---AC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--CTGC-CTGCTA--ACCGT--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGT-T-TGCTTA---AAAT-A-GTTCT
gi|82730                      : ACTTG--TAT-GCATAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTG---CCGC-CTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACGCG-------ACGC-TGTGCTTA----AAT-A-GTTCT
gi|82728                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-C--------A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--CCGC-CTGTTA--ACCGC--T-TA---GGAAAACGCT-------ACGC-T-GGCTTG---AAGT-A-GTTCT
gi|82731                      : ACTTGAATATTGCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTG----ATATGC--CCGC-CTGTTG--ACCGC--T-TAG--ATAAAACATA-------GCGC-T-TGCTTA---AAAT-A-GTTCT
gi|82732                      : ATTTGA-TAT-GCGTAT------TC---GT-CT----T--G--CA-----TTTGTG--ATCCGA--ACGC-CTGTTA--ACCGT--T-TAG--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCATAATTTAAT-G-GTTCT
gi|82734                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------TCCG-GC-CT----TTAATTCA-----TTTGTG--ATCTGC--CCGC-CTG-TA--ACCGCTTT-TGA--GAAAAACACA-------GCGC-T-TG-TTA---AAATAA-GTTCT
gi|82733                      : ACTTAAACAT-GCAAAT------C----AC-CTAGGTT--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--CCGC-CTGTTT--ACCGT--T-TAG--AGAAAATGCA-------GCGC-T-TGCTTA---AAAT-A-GTTCT
gi|82735                      : ACTTGA-TAT-GCGT------------------------------------TTGTG--ATCTGC--C-GC-CTGTTA--ACCGC--T-TAA--GGAAAACAAC-------GCGCTT-TGCTTA---AAAT-AGGTTCT
gi|82736                      :  CTTGA-TAT-GTGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--TCGC-CTGTTA--ACCGC--T-TAG--AGAAAACATA-------ACGC---TGC--------AT-A-GTTC
gi|82737                      :   TTGA-TAT-CCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATTCGA--CCGT-CTGTTA--AACGT--T-TAG--GGAAACCACA-------GCGC-T-TGCTTA---AAAT-A-GTTCT
gi|82739                      :   TTGA-TGT-GCATAT------CCTCCGC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATATGC--TTGC-CTGTTA--ACCGT--T-TAG--GCAAAACACA-------GAGC-T-GCCTTA---GAAT-A-GTCCT
gi|82738                      :   TTTA-TTT-GCGTAT------AC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTA--ATCTGT--CCGC-CTGTTA--ACCG------AT--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCT
gi|82740                      :    TGA-TAT-GCGTAT------C----AC-CT----T--AA-CA-----TTTGTG--ATCTGCGCCCGC-CTGTTT--ACCGT--T-TAG--AGAAAATGCA-------GCGC-T-TGCTTA---aaaatgg
gi|82741                      :     GA-TAT-GCGTATTGGTATCT---GCTCTGAG-T--A--CC-----AATGTG--ATCTGT--C-GCGCTGTTA--ACCGT--GATAG--GGACA-CACA-------GCGC-T-TGTATA---AAATCA-GTTCTaa
gi|82742                      :      A-TAT-GGGTAA------AC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ACGTGA--CCGT-CTGTTG--ACTGA--T-TAG--AGAAAACACATGTGTGTGCAC-T-TG-TTA---C-AT-A-CTTCT
gi|82743                      :       -TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TATGTG--ATCTGC--CCGC-CTGTTA--ACCGC--T-TAG--AGAAAACACT-------GCGC-T-TGGTTA---AAGT-A-
gi|82744                      :       -TAT-GAATA--------C---GC-CT----T--A--CAGATGATTTGTGCCATCTGC--TCGT-CTGTTACCACCGC--T-TGACCAAAAAACACA-------GCGC-T-TGC--A---TAAT-A-CTTC
gi|82745                      :                 T------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--CCGC-CTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAATGCA-------TCGC-T-TGCTTA---AAAT-A-GTTCT
gi|82746                      :                              C-TT----T--A--CC-----TTTAC---ATCTGC--CCGA-CTGTTT--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCAC-T-TGCTTA---AAAT-A-GTTCT
gi|82747                      :                                                                    CAC-CTGTTT--ACTGT--T-CAT--GGAAAACACA-------ACGC-T-TGTTTG---AAAT-A-GTTCT





Alignments
lowQualScore                  :       4   2      555555  666  1  7777 22 44  44444      22      22 1         22     22 1   22          5555555    1 1       333   3 1     
lowQualScore                  :       .   .      ......  ...  .  .... .. ..  .....      ..      .. .         ..     .. .   ..          .......    . .       ...   . .     
lowQualScore                  :       0   0      555555  000  8  0000 55 33  55555      55      55 7         44     44 7   44          7777777    7 7       000   6 8     
consensus                     : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
Reference ( family-692 )      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82725                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAT---AAT-A-GTTCT
gi|82726                      : ACTTGA-TAT-GCGTGT------CC---GC-CT-------A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--GCCAC--T-TAG--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82727                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTT--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--C-TAG--AGAAAACACA-------GTGC-T-TGCTAAA---AAT-A-GTTCT
gi|82728                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-C--------A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TA---GGAAAACGCT-------ACGC-T-GGCTTGA---AGT-A-GTTCT
gi|82729                      : ATTTGC-TAT-GTGTAT------TC---AC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-TGCCTGCTA--ACCGT--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGT-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82730                      : ACTTG--TAT-GCATAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C--GCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACGCG-------ACGC-TGTGCTT-A---AAT-A-GTTCT
gi|82731                      : ACTTGAATATTGCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTG----ATATGC--C-CGCCTGTTG--ACCGC--T-TAG--ATAAAACATA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82732                      : ATTTGA-TAT-GCGTAT------TC---GT-CT----T--G--CA-----TTTGTG--ATCCGA--A-CGCCTGTTA--ACCGT--T-TAG--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCATAATTTAAT-G-GTTCT
gi|82733                      : ACTTAAACAT-GCAAAT------C----AC-CTAGGTT--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTT--ACCGT--T-TAG--AGAAAATGCA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82734                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------TCCG-GC-CT----TTAATTCA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTG-TA--ACCGCTTT-TGA--GAAAAACACA-------GCGC-T-TG-TTAA---AATAA-GTTCT
gi|82735                      : ACTTGA-TAT-GCGT------------------------------------TTGTG--ATCTGC--C--GCCTGTTA--ACCGC--T-TAA--GGAAAACAAC-------GCGCTT-TGCTTAA---AAT-AGGTTCT
gi|82736                      :  CTTGA-TAT-GTGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--T-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--AGAAAACATA-------ACGC---TGC--------AT-A-GTTC
gi|82737                      :   TTGA-TAT-CCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATTCGA--C-CGTCTGTTA--AACGT--T-TAG--GGAAACCACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82738                      :   TTTA-TTT-GCGTAT------AC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTA--ATCTGT--C-CGCCTGTTA--ACCG------AT--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGC-TAA---AAT-G-
gi|82739                      :   TTGA-TGT-GCATAT------CCTCCGC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATATGC--T-TGCCTGTTA--ACCGT--T-TAG--GCAAAACACA-------GAGC-T-GCCTTAG---AAT-A-GTCCT
gi|82740                      :    TGA-TAT-GCGTAT------C----AC-CT----T--AA-CA-----TTTGTG--ATCTGCGCC-CGCCTGTTT--ACCGT--T-TAG--AGAAAATGCA-------GCGC-T-TGCTTAA---A
gi|82741                      :     GA-TAT-GCGTATTGGTATCT---GCTCTGAG-T--A--CC-----AATGTG--ATCTGT--CGCGC-TGTTA--ACCGT--GATAG--GGACA-CACA-------GCGC-T-TGTATAA---AATCA-GTTCT
gi|82742                      :      A-TAT-GGGTAA------AC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ACGTGA--C-CGTCTGTTG--ACTGA--T-TAG--AGAAAACACATGTGTGTGCAC-T-TGTT--A---CAT-A-CTTCT
gi|82743                      :       -TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TATGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--AGAAAACACT-------GCGC-T-TGGTTAA---AGT-A-
gi|82744                      :       -TAT-GAATA--------C---GC-CT----T--A--CAGATGATTTGTGCCATCTGC--T-CGTCTGTTACCACCGC--T-TGACCAAAAAACACA-------GCGC-T-TGC--AT---AAT-A-CTTC
gi|82745                      :                 T------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAATGCA-------TCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82746                      :                              C-TT----T--A--CC-----TTTAC---ATCTGC--C-CGACTGTTT--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCAC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82747                      :                                                                    -CACCTGTTT--ACTGT--T-CAT--GGAAAACACA-------ACGC-T-TGTTTGA---AAT-A-GTTCT





Alignments
lowQualScore                  :       4   2      555555  666  1  7777 22 44  44444      22      22 1         22     22 1   22          5555555    1 1       333   3 1     
lowQualScore                  :       .   .      ......  ...  .  .... .. ..  .....      ..      .. .         ..     .. .   ..          .......    . .       ...   . .     
lowQualScore                  :       0   0      555555  000  8  0000 55 33  55555      55      55 7         44     44 7   44          7777777    7 7       000   6 8     
consensus                     : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
Reference ( family-692 )      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82725                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAT---AAT-A-GTTCT
gi|82726                      : ACTTGA-TAT-GCGTGT------CC---GC-CT-------A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--GCCAC--T-TAG--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82727                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTT--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--C-TAG--AGAAAACACA-------GTGC-T-TGCTAAA---AAT-A-GTTCT
gi|82728                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-C--------A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TA---GGAAAACGCT-------ACGC-T-GGCTTGA---AGT-A-GTTCT
gi|82729                      : ATTTGC-TAT-GTGTAT------TC---AC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-TGCCTGCTA--ACCGT--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGT-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82730                      : ACTTG--TAT-GCATAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C--GCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACGCG-------ACGC-TGTGCTT-A---AAT-A-GTTCT
gi|82731                      : ACTTGAATATTGCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTG----ATATGC--C-CGCCTGTTG--ACCGC--T-TAG--ATAAAACATA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82732                      : ATTTGA-TAT-GCGTAT------TC---GT-CT----T--G--CA-----TTTGTG--ATCCGA--A-CGCCTGTTA--ACCGT--T-TAG--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCATAATTTAAT-G-GTTCT
gi|82733                      : ACTTAAACAT-GCAAAT------C----AC-CTAGGTT--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTT--ACCGT--T-TAG--AGAAAATGCA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82734                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------TCCG-GC-CT----TTAATTCA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTG-TA--ACCGCTTT-TGA--GAAAAACACA-------GCGC-T-TG-TTAA---AATAA-GTTCT
gi|82735                      : ACTTGA-TAT-GCGT------------------------------------TTGTG--ATCTGC--C--GCCTGTTA--ACCGC--T-TAA--GGAAAACAAC-------GCGCTT-TGCTTAA---AAT-AGGTTCT
gi|82736                      :  CTTGA-TAT-GTGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--T-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--AGAAAACATA-------ACGC---TGC--------AT-A-GTTC
gi|82737                      :   TTGA-TAT-CCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATTCGA--C-CGTCTGTTA--AACGT--T-TAG--GGAAACCACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82738                      :   TTTA-TTT-GCGTAT------AC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTA--ATCTGT--C-CGCCTGTTA--ACCG------AT--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGC-TAA---AAT-G-
gi|82739                      :   TTGA-TGT-GCATAT------CCTCCGC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATATGC--T-TGCCTGTTA--ACCGT--T-TAG--GCAAAACACA-------GAGC-T-GCCTTAG---AAT-A-GTCCT
gi|82740                      :    TGA-TAT-GCGTAT------C----AC-CT----T--AA-CA-----TTTGTG--ATCTGCGCC-CGCCTGTTT--ACCGT--T-TAG--AGAAAATGCA-------GCGC-T-TGCTTAA---A
gi|82741                      :     GA-TAT-GCGTATTGGTATCT---GCTCTGAG-T--A--CC-----AATGTG--ATCTGT--CGCGC-TGTTA--ACCGT--GATAG--GGACA-CACA-------GCGC-T-TGTATAA---AATCA-GTTCT
gi|82742                      :      A-TAT-GGGTAA------AC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ACGTGA--C-CGTCTGTTG--ACTGA--T-TAG--AGAAAACACATGTGTGTGCAC-T-TGTT--A---CAT-A-CTTCT
gi|82743                      :       -TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TATGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--AGAAAACACT-------GCGC-T-TGGTTAA---AGT-A-
gi|82744                      :       -TAT-GAATA--------C---GC-CT----T--A--CAGATGATTTGTGCCATCTGC--T-CGTCTGTTACCACCGC--T-TGACCAAAAAACACA-------GCGC-T-TGC--AT---AAT-A-CTTC
gi|82745                      :                 T------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAATGCA-------TCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82746                      :                              C-TT----T--A--CC-----TTTAC---ATCTGC--C-CGACTGTTT--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCAC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82747                      :                                                                    -CACCTGTTT--ACTGT--T-CAT--GGAAAACACA-------ACGC-T-TGTTTGA---AAT-A-GTTCT


blockSeqs                     :       A   T      TGGTAT  TCC  T  AGGT TA TT  GATGA      CC      GC G         CC     TT A   CC          TGTGTGT    T G       TTT   A G
blockSeqs                     :       A   .      .       CG   .  GAG  .  A   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     C .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :       .   .      .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :                  .       .    .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :                               .  .    .  .   .          .       .  .         .      .  .   .           .          . .       .     . .
blockSeqs                     :                                                                    .         .      .  .   .           .          . .       .        


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
finalCons                     : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT





Alignments
lowQualScore                  :       4   2      555555  666  1  7777 22 44  44444      22      22 1         22     22 1   22          5555555    1 1       333   3 1     
lowQualScore                  :       .   .      ......  ...  .  .... .. ..  .....      ..      .. .         ..     .. .   ..          .......    . .       ...   . .     
lowQualScore                  :       0   0      555555  000  8  0000 55 33  55555      55      55 7         44     44 7   44          7777777    7 7       000   6 8     
consensus                     : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
Reference ( family-692 )      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82725                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAT---AAT-A-GTTCT
gi|82726                      : ACTTGA-TAT-GCGTGT------CC---GC-CT-------A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--GCCAC--T-TAG--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82727                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTT--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--C-TAG--AGAAAACACA-------GTGC-T-TGCTAAA---AAT-A-GTTCT
gi|82728                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------CC---GC-C--------A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TA---GGAAAACGCT-------ACGC-T-GGCTTGA---AGT-A-GTTCT
gi|82729                      : ATTTGC-TAT-GTGTAT------TC---AC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-TGCCTGCTA--ACCGT--T-TAG--GGAAAACACA-------GCGT-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82730                      : ACTTG--TAT-GCATAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C--GCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAACGCG-------ACGC-TGTGCTT-A---AAT-A-GTTCT
gi|82731                      : ACTTGAATATTGCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTG----ATATGC--C-CGCCTGTTG--ACCGC--T-TAG--ATAAAACATA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82732                      : ATTTGA-TAT-GCGTAT------TC---GT-CT----T--G--CA-----TTTGTG--ATCCGA--A-CGCCTGTTA--ACCGT--T-TAG--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGCATAATTTAAT-G-GTTCT
gi|82733                      : ACTTAAACAT-GCAAAT------C----AC-CTAGGTT--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTT--ACCGT--T-TAG--AGAAAATGCA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82734                      : ACTTGA-TAT-GCGTAT------TCCG-GC-CT----TTAATTCA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTG-TA--ACCGCTTT-TGA--GAAAAACACA-------GCGC-T-TG-TTAA---AATAA-GTTCT
gi|82735                      : ACTTGA-TAT-GCGT------------------------------------TTGTG--ATCTGC--C--GCCTGTTA--ACCGC--T-TAA--GGAAAACAAC-------GCGCTT-TGCTTAA---AAT-AGGTTCT
gi|82736                      :  CTTGA-TAT-GTGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--T-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--AGAAAACATA-------ACGC---TGC--------AT-A-GTTC
gi|82737                      :   TTGA-TAT-CCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATTCGA--C-CGTCTGTTA--AACGT--T-TAG--GGAAACCACA-------GCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82738                      :   TTTA-TTT-GCGTAT------AC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTA--ATCTGT--C-CGCCTGTTA--ACCG------AT--AGAAAACACA-------GCGC-T-TGC-TAA---AAT-G-
gi|82739                      :   TTGA-TGT-GCATAT------CCTCCGC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATATGC--T-TGCCTGTTA--ACCGT--T-TAG--GCAAAACACA-------GAGC-T-GCCTTAG---AAT-A-GTCCT
gi|82740                      :    TGA-TAT-GCGTAT------C----AC-CT----T--AA-CA-----TTTGTG--ATCTGCGCC-CGCCTGTTT--ACCGT--T-TAG--AGAAAATGCA-------GCGC-T-TGCTTAA---A
gi|82741                      :     GA-TAT-GCGTATTGGTATCT---GCTCTGAG-T--A--CC-----AATGTG--ATCTGT--CGCGC-TGTTA--ACCGT--GATAG--GGACA-CACA-------GCGC-T-TGTATAA---AATCA-GTTCT
gi|82742                      :      A-TAT-GGGTAA------AC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ACGTGA--C-CGTCTGTTG--ACTGA--T-TAG--AGAAAACACATGTGTGTGCAC-T-TGTT--A---CAT-A-CTTCT
gi|82743                      :       -TAT-GCGTAT------CC---GC-CT----T--A--CA-----TATGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--AGAAAACACT-------GCGC-T-TGGTTAA---AGT-A-
gi|82744                      :       -TAT-GAATA--------C---GC-CT----T--A--CAGATGATTTGTGCCATCTGC--T-CGTCTGTTACCACCGC--T-TGACCAAAAAACACA-------GCGC-T-TGC--AT---AAT-A-CTTC
gi|82745                      :                 T------CC---GC-CT----T--A--CA-----TTTGTG--ATCTGC--C-CGCCTGTTA--ACCGC--T-TAG--GGAAAATGCA-------TCGC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82746                      :                              C-TT----T--A--CC-----TTTAC---ATCTGC--C-CGACTGTTT--ACCGC--T-TAG--GGAAAACACA-------GCAC-T-TGCTTAA---AAT-A-GTTCT
gi|82747                      :                                                                    -CACCTGTTT--ACTGT--T-CAT--GGAAAACACA-------ACGC-T-TGTTTGA---AAT-A-GTTCT