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consensus                     :                     AATGGCAGGC--GG-ACAT-A--TA---G----CGACAGTTT-----GGG-GA---A----AAAN--T-G--GGC--GGA-CAT-A-TAGTGA-C--ANTTTGGNNNA--------AGGG-----------AAT--GGG-CGG-ACATN-TAGT--GCAGG-C-GGACATA
Reference ( gi|114341 )       :                     AATGGCAGGC--GG-ACAT-A--TA---G----CGACAGTTT-----GGG-GA---A----AAAA--T-G--GGC--GGA-CAT-A-TAGTGA-C--ACTTTGGGGGG--------GGGGGG---GG----AAT--GGG-CGG-ACATA-TAGT--GCAGG-A-GGACATA
gi|114342                     :                     AATGGCAGGC--GG-ACAT-A--TA---G----CGACAGTTT-----GGG-GA---A----AAAA--T-G--GGC--GGA-CAT-A-TAGTGA-C--ACTTTGGGGGG--------GGGGGG---GG----AAT--GGG-CGG-ACATA-TAGT--GCAGG-A-GGACATA
gi|114339                     :                     AATGG---GC--GG-ACAT-A--TA---G----TG-CAG------------GA------------------------GGA-CAT-AATAGCGA-C--ATTTTGGTCCA--------A--------------AATTTGGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-T-GGACATA
gi|114338                     :                     AATGG---GC--GG-ACAT-A--TA---G----TG-CAG------------GA------------------------GGA-CAT-AATAGCGA-C--ATTTTGGTCCA--------A--------------AATTTGGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-T-GGACATAta
gi|114336                     :                     AATGG--GGC--GG-ACAT-T--TA---G----TG-CAG----------------------------------GC--GGA-CAT-A-TAGCAA-C--AGTTTGGTCAA--------AAGTAG---GG------T--GGA-C----CAT--TAGT--GCAGA-C-GGACATAta
gi|114346                     :                       aaGCAGGC--GG-ACAT-A--TA---G----CGACAGTTT-----GGG-GA---A----AAAA--T-G--GGC--GGA-CAT-A-TAGTGta
gi|114345                     :                         GCAGGC--GG-ACAT-A--TA---G----CGACAGTTT-----GGG-GA---A----AAAA--T-G--GGC--GGA-CAT-A-TAGTG
gi|114343                     :                         GCGGGC--GG-ACAT-A--TA---A----TGACACTTT-----GGG------A----AAAA--T-G--GGC--GAA-CAT-A-GAGTG
gi|114328                     :          gacgaacatatttttGCAGAC--GG-ACAT-A--TA---A----TGACAGTTT-----GAG-AA---A----AATA--T-G--GGT--GGA-CAT-T-TAGTGcaggctgacatata
gi|114335                     :   aaaaaataggcggacatattgtGCAGGT--GG-ACAT-A--TA---G----CGACAGTTT-------T-GATCCA----AAAT--T-G--GGC--GGA-CAT-T-TAGTGcaggcgggcatata
gi|114334                     :   aaaatttgggcggacatttagtGCAGGT--GG-ACAT-A--TA---G----CGACAGTTT-------T-GATCCA----AAAT--T-G--GGC--GGA-CAT-T-TAGTGcaggcggacaatata
gi|114333                     :   aaaatttgggcggacatttagtGCAGGC--GG-ACAT-A--TA---A----GGACAGTTT-----GGT-CA---G----CAAT--T-G--GGC--GGA-CAT-T-TAGTGcaggcggacaatata
gi|114339                     :     aaattgggcggacatttagtGCAGGA--GG-ACAT-AA-TA---G----CGACATTTT-----GGT-CC---A----AAAT--TTG--GGC--GGA-CAT-T-TAGTGggcaggcagacatata
gi|114338                     :       aatgggcggacatatagtGCAGGA--GG-ACAT-AA-TA---G----CGACATTTT-----GGT-CC---A----AAAT--TTG--GGC--GGA-CAT-T-TAGTGcaggtggacatata
gi|114336                     :       aatgggcggacatatagtGCAGGC--GG-ACAT-A--TA---G----CAACAGTTT-----GGT-CA---A----AAGT--A-G--GGT--GGACCAT---TAGTGcaggtggacatata
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gi|114340                     :   aaaaagtgggcggacatatagtGCAGGA--GG-ACAT-AATTATAGG----CGACATTTT-----GGT-CC---A----AAAATTT-G--GGCG-GGA-CAT-T-TAGTGcaggcggacatata
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gi|114332                     :  aaaaaagtggcggacagtttagtGCAGGC--TG-ACAT-A--TA---G----GGACACGTT-----GGT-TC---A----AAAT--G-G--GGC--GGA-CAT-T-TAGTGcaggcggacatata
gi|114337                     :    aaaaatgggcgaacatagagtGCAGGC--GG-ACAT-A--TA---A----GGATAGTGT-----TGG-TT---C----AAAT--T-GA-AGC--GGA-CAT-caggcggacatata
gi|114328                     :       aaaattggcggacatttagtAGGC--GG-ACAT-A--TT---G----TG-CAG----------------------------------AC--GGA-CAT-A-TAATGA-C--AGTTTGAGAAA--------AAT-------------AT--GGG-TGG-ACATT-TAGT--GCAGG-C-GGGCATAttcgtatgcaggcggacatata
gi|114347                     :                     aaaaaatGGC--GG-ACAT-A--TA---G----TGACACTTTTGGGGGGG-GG---G----GGAA--T-G--GGC---GA-CAT-ACTAGTGta
gi|114348                     :                            GGC--GG-ACAT-A--TA---G----TGACACTTT-----GAA-AA---A----AAGA--T-G--GGC--GGA-CAT-A-TGGTGcaggaggacata
gi|114344                     :                            GAC--GG-ACAG-A--TA---G----TGACACTTT-----GAA-GA---A----AAAA--T-A--GGC--GGA-CAT-A-TTGTGcagggcggacatcata
gi|114327                     :                      aatgtgGAC--GG-ACATGA--TA---AGGAACGA-ACTTT-----GGA-AA---A----AAAG--T-G--GGC--GGA-CAT-A-TAGTGcagacggacatata
gi|114329                     :                                   aaaaaataagggaaaatgtgGACAGTTT-----AGT-GC---A---------------GGCTGAGA-CAT-A-TAAGGA-C--AGTT-----------------GGTC---AA----AAT--TGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-C-GGACATAcaggcgggacatata
gi|114332                     :                                                  aaaaaagtggcgT-----GGGCGA---ACAT-AGAG--T-GCAGGC--TGA-CAT-A-TAGGGA-C--ACGTT---------------GGTTC---AA----AATG-GGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-C-GGACATAta
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gi|114326                     :                                                                aaaaaataaA---A----AAAG--T-G--GGC--GGA-CAT-A-TAGTG--C--A----GGCGGGACATATAAGGACAGTTTGGTCCAAATT-GGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-C-GGACATAta
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gi|114344                     :                                                                                      --T-G--GAC--GGA-CAG-A-TAGTGA-C--ACTTTGAAGAA--------AA-------------AAT--AGG-CGG-ACATA-TTGT--GCAGA-C-GGACATAcagggcggacatcataaggac
gi|114343                     :                                                                                     aatg-G--GGC--GGA-CAT-A-TAATGA-C--ACTTT----------------GGGA---AA----AAT--GGG-CGA-ACATA-GAGT--GCAGG-C-TGACATAta
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gi|114345                     :                                                                                        gca--GGC--GGA-CAT-A-TAGCGA-C--AGTTT--------------GGGGAA---AA----AAT--GGG-CGG-ACATA-TAGT--G
gi|114347                     :                                                                                        gca--GGC--GGA-CAT-A-TAGTGA-C--ACTTT-TGGGG--------GGGGGG---GG----AAT--GGG-C-G-ACATACTAGT--GCAGG-A-GGACATA
gi|114348                     :                                                                                           --GGC--GGA-CAT-A-TAGTGA-C--ACTTTGAAAAA--------AAG-------------AT--GGG-CGG-ACATA-TGGT--GCAGG-GCGGACAT
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gi|114334                     :                                                                  aaaatttgggcggacatttagtgca--GGT--GGA-CAT-A-TAGCGA-C--AGTTTTGATCC--------AA-------------AATT-GGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-C-GGACAatata
gi|114333                     :                                                                  aaaatttgggcggacatttagtgca--GGC--GGA-CAT-A-TAAGGA-C--AGTTTGGTCAG--------C--------------AATT-GGG-CGG-ACATT-TAGTGGGCAGG-C-AGACATAatata
gi|114339                     :                                                                                                                             aaattgggcggacatttagtgca----AAT--GGG-CGG-ACATA-TAGT--GCAGG-A-GGACATAta
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gi|114336                     :                                                                                                                                                    ----AAT--GGGGCGG-ACATT-TAGT--GCAGG-C-GGACATAatagcgacattttggtccaaaatttgggcggacatttagtgcaggtggacatata
gi|114326                     :                                                                                                                                                  aa----AGT--GGG-CGG-ACATA-TAGT--GCAGGCG-GGACATAtagcaacagtttggtcaaaagtagggtggaccattagtgcagacggacatata
gi|114340                     :                                                                                                                                                aaaa----AAT--GGG-CG--ACATACTAGT--GCAGG-A-GGACATAtaaggacagtttggtccaaattgggcggacatttagtgcaggcggacatata
gi|114337                     :                                                                                                                                                    ----AAT--TGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-C-GGACATAattataggcgacattttggtccaaaaatttgggcgggacatttagtgcaggtggacatata
gi|114330                     :                                                                                                                                                       aaAT--GGG-CGG-ACATA-TGGT--GCAGG-GCGGACATtaaggatagtgttggttcaaattgaagcggacatttcgtatgcaggcggacatata
gi|114335                     :                                                                                                                                                     aaaagT--GGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-T-GGACATAcataaggac
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gi|114333                     :                                                                                                                                                    aaaattT--GGG-CGG-ACATT-TAGT--GCAGG-C-GGACATAtagcgacagttttgatccaaaattgggcggacatttagtgcaggcggacaatata
gi|114331                     :                                                                                                                                                      aaatT--GGG-CGGGACATT-TAGT--GCAGG-T-GGACATAtaaggacagtttggtcagcaattgggcggacatttagtgggcaggcagacatata





Alignments
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lowQualScore                  :                             1                5   555555555555555555555555   22  1    1 7777   444  2 22 1 2  6666  77777  0000   99   1   3 1   555    44  22 3   1       
lowQualScore                  :                             .                .   ........................   ..  .    . ....   ...  . .. . .  ....  .....  ....   ..   .   . .   ...    ..  .. .   .       
lowQualScore                  :                             4                5   888888888888888888888888   44  7    7 2222   777  0 88 0 0  0000  77777  5555   88   6   2 6   888    44  22 2   6       
consensus                     :                        AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG-GAA---AA---AGTG--GGC--GG-ACAT-A----TAG-C-GA-C--ANT-TT----GGNCN--AAA---AAT--GGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGACATA
Reference ( family-691 )      :                        AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG-GAA---AA---ANTG--GGC--GG-ACAT-A----TAG-T-GA-C--ANT-TT----GGNNN--AAGG-GAAT--GGG-CGG-A-CAT-N-TAGT--GC--A-GGC-GGACATA
gi|114326                     :                               GGCGGACATATAGTG-CAG-------------------------GC--GGGACAT-A----TAA-G-GA-C--AGT-TT----GGTCC--AA----ATT--GGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGACATA
gi|114327                     :                                              aaaaagtgGG-GAA---AA---TGTG--GAC--GG-ACATGA----TAA-G-GAACGAACT-TT----GGAAA--AAAA-G--T--GGG-CGG-A-CAT-A-TAGT--GC--A-GGCGGGACATAta
gi|114328                     :                     aaaaaataaAGGCGGACATATTGTG-CAG-------------------------AC--GG-ACAT-A----TAA-T-GA-C--AGT-TT----GAGAA--AAAT---AT--GGG-TGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGGCATAta
gi|114329                     :                                      aaaaaatGACAGTTTAGT-GCA--------------GGCTGAG-ACAT-A----TAA-G-GA-C--AGT-T-----GGTCA--AA-----AT--TGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGACATAta
gi|114330                     :                                              aaaaaagtggcgAA---AA---GATG--GGC--GG-ACAT-A----TGG-T-Gta
gi|114330                     :                                                                                                                                AT--GGG-CGG-A-CAT-A-TGGT--GC--AGGGC-GGACATcagggcggacatcataaggac
gi|114331                     :                                                                                                                            aaaagT--GGG-CGGGA-CAT-T-TAGT--GC--A-GGT-GGACATAcataaggac
gi|114331                     :                                                                 aaaaatt--GGT--GG-ACAT-A----TAG-TCGA-C--AGT-TT----TGATTCCAA----AAT--GG--CGG-A-CAT-T-TAGT--GCGCA-GGC-GGACATAtagtcgacagttttgattccaaaatggcggacatttagtgcgcaggcggacatata
gi|114332                     :                         aaaaatttgggcgggacatttagtgcaTGGGCGAACATAG---AGTGCAGGC--TG-ACAT-A----TAG-G-GA-C--ACG-TT----GGTTC--AA----AAT--GGGGCGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGACATAta
gi|114333                     :                                                                                                                            aaaaaT--GGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGACATAta
gi|114333                     :                                                                    aaat--GGC--GG-ACAT-A----TAA-G-GA-C--AGT-TT----GGTC----AGC-AATT--GGG-CGG-A-CAT-T-TAGTGGGC--A-GGC-AGACATAtaaggacagtttggtcagcaattgggcggacatttagtgggcaggcagacatata
gi|114334                     :                         aaattgggcggacatttagtgcaAATTTGGGCGGA---CATTTAGTGCAGGT--GG-ACAT-A----TAG-C-GA-C--AGT-TTT---GATCC--AA----AATT-GGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGACAta
gi|114335                     :                                              aaAATTTGGGCGGA---CATTTAGTGCAGGT--GG-ACAT-A----TAG-C-GA-C--AGT-TTT---GATCC--AA----AATT-GGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGACAatata
gi|114336                     :                      aaAATGG--GGCGGACATTTAGTG-CAG-------------------------GC--GG-ACAT-A----TAG-C-AA-C--AGT-TT----GGTCA--AAAG-TA----GGG-TGG-ACCAT---TAGT--GC--A-GAC-GGACATAatata
gi|114337                     :                                                                                                                             aaAAT--TGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGC-GGACATAta
gi|114337                     :                                                                      aa--GGC--GG-ACAT-A----TAA-G-GA-T--AGTGTT----GGTTC--AAATTGAA-----G-CGG-A-CAT-T-TCGTATGC--A-GGC-GGACATAtaaggatagtgttggttcaaattgaagcggacatttcgtatgcaggcggacatata
gi|114338                     : aaaattggcggacatttagtgcaAATGG---GCGGACATATAGTG-CAG-------GA--------------------GG-ACAT-AA---TAG-C-GA-C--ATT-TT----GGTCC--AA----AATTTGGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGT-GGACATAta
gi|114339                     :                        AATGG---GCGGACATATAGTG-CAG-------GA--------------------GG-ACAT-AA---TAG-C-GA-C--ATT-TT----GGTCC--AA----AATTTGGG-CGG-A-CAT-T-TAGT--GC--A-GGT-GGACATAta
gi|114340                     :                                                                                                                               AAT--GGG-CG--A-CAT-ACTAGT--GC--A-GGA-GGACATAta
gi|114340                     :                                                                        --GGA--GG-ACAT-AATTATAGGC-GA-C--ATT-TT----GGTCC--AAA---AATTTGGG-CGGGA-CAT-T-TAGT--GC--A-GGT-GGACATAattataggcgacattttggtccaaaaatttgggcgggacatttagtgcaggtggacatata
gi|114341                     :   aatgggcgacatactagtgcaAATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG-GAA---AA---AATG--GGC--GG-ACAT-A----TAG-T-GA-C--ACT-TTGGGGGGGGG--GGGG-GAAT--GGG-CGG-A-CAT-A-TAGT--GC--A-GGA-GGACATAta
gi|114342                     :                        AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG-GAA---AA---AATG--GGC--GG-ACAT-A----TAG-T-GA-C--ACT-TTGGGGGGGGG--GGGG-GAAT--GGG-CGG-A-CAT-A-TAGT--GC--A-GGA-GGACATA
gi|114343                     :                                                                       G--GGC--GG-ACAT-A----TAA-T-GA-C--ACT-TT----GGGAA--A-----AAT--GGG-CGA-A-CAT-A-GAGT--GC--A-GGC-TGACATA
gi|114344                     :                                                     gacgaacatatttttgcTG--GAC--GG-ACAG-A----TAG-T-GA-C--ACT-TT----GAAGA--AAA---AAT--AGG-CGG-A-CAT-A-TTGT--GC--A-GAC-GGACATAta
gi|114345                     :                        aatgGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG-GAA---AA---AATG--GGC--GG-ACAT-A----TAG-T-Gta
gi|114346                     :                            GCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG-GAA---AA---AATG--GGC--GG-ACAT-A----TAG-T-G
gi|114347                     :                                                                        --GGC--GG-ACAT-A----TAG-T-GA-C--ACT-TTTGG-GGGGG--GGGG-GAAT--GGG-C-G-A-CATAC-TAGT--GC--A-GGA-GGACATA
gi|114348                     :                                                                        --GGC--GG-ACAT-A----TAG-T-GA-C--ACT-TT----GAAAA--AAAG---AT--GGG-CGG-A-CAT-A-TGGT--GC--AGGGC-GGACAT





Alignments
lowQualScore                  :                       1                1   5555555555555555555555555                                  11111  111   111111                                           
lowQualScore                  :                       1                5   6666666666666666666666666   22      1 7777   99999    1 2  11111  000   222222 1 77      1   1 3    22 44   3   33       
lowQualScore                  :                       .                .   .........................   ..      . ....   .....    . .  .....  ...   ...... . ..      .   . .    .. ..   .   ..       
lowQualScore                  :                       4                5   2222222222222222222222222   55      8 5555   77777    0 0  00000  222   000000 4 00      6   6 2    22 44   2   88       
consensus                     :                  AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG--GAA---AA---AGTGC-GGC--GGACAT-A----TAG----CGACANT-TT-----GGTCCAAA------AAT--GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGACATA
Reference ( family-691 )      :                  AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG--GAA---AA---AGTG--GGC--GGACAT-A----TAG----CGACANT-TT-----GGNCNAAA------AAT--GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGACATA
gi|114326                     :                         GGCGGACATATAGTG-CAG--------------------GCG--GG-----ACAT-A----TAA----GGACAGT-TT-----GGTCCAAA------T-T--GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGACATA
gi|114327                     :                                        aaaaagtgGG--GAA---AA---TGTG--GAC--GGACATGA----TAAGGAACGA-ACT-TT-----GGAAAAAA------AGT--GGGCGG-ACA-T-ATAG--T--GCA-GGCG-GGACATAta
gi|114328                     :               aaaaaataaAGGCGGACATATTGTG-CAG--------------------------AC--GGACAT-A----TAA----TGACAGT-TT-----GAGAAAAA------TAT--GGGTGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGGCATAta
gi|114329                     :                                                                                                          aaaaaatAAA------AAG--TGGCGG-ACAGT-TTAG--T--GCA-GGCTGAGACATAta
gi|114329                     :                                      aGACAGTTT----------------AGTGCAGGCTGAGACAT-A----TAA----GGACAGT-T------GGTC--AA------AAT--TGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGACATAtaaggacagttggtcaaaattggcggacatttagtgcaggcggacatata
gi|114330                     :                                                                                                     aaaaaagtggcgAAA------GAT--GGGCGG-ACA-T-ATGG--T--GCAGGGC--GGACATta
gi|114331                     :                                         aAATTTGGGCGGGA---CATTTAGTGCAGGT--GGACAT-A----TAGT---CGACAGT-TTT----GATTCCAA------AAT--GG-CGG-ACA-T-TTAG--TGCGCA-GGC--GGACATAcataaggac
gi|114332                     :                                           aaaTGGGC-GAACATAG---AGTGCAGGC--TGACAT-A----TAG----GGACACG-TT-----GGTTCAAA------ATG--GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGACATAta
gi|114333                     :                                                                                                             aaaaaAA------ATT--GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGACATAta
gi|114333                     :                                                            ---AGTGCAGGC--GGACAT-A----TAA----GGACAGT-TT-----GGTCAGCA------ATT--GGGCGG-ACA-T-TTAG--TGGGCA-GGC--AGACATAtaaggacagtttggtcagcaattgggcggacatttagtgggcaggcagacatata
gi|114334                     :                         aaattgggcggacatttAATTTGGGC-GGA---CATTTAGTGCAGGT--GGACAT-A----TAG----CGACAGT-TTT----GATCCAAA------ATT--GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGACAta
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gi|114336                     :                aaAATGG--GGCGGACATTTAGTG-CAG--------------------------GC--GGACAT-A----TAG----CAACAGT-TT-----GGTC-AAA------AGTA-GGGTGG-ACC-A-TTAG--T--GCA-GAC--GGACATAatata
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gi|114338                     : aaaattggcggacatttAATGG---GCGGACATATAGTG-CAG--------GA--------------------GGACAT-AA---TAG----CGACATT-TT-----GGTCCAAA------ATTT-GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGT--GGACATAta
gi|114339                     :                  AATGG---GCGGACATATAGTG-CAG--------GA--------------------GGACAT-AA---TAG----CGACATT-TT-----GGTCCAAA------ATTT-GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGT--GGACATAta
gi|114340                     :                                                                                                                    ------AAT--GGGCG--ACA-TACTAG--T--GCA-GGA--GGACATAta
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gi|114341                     :   aatgggcgacatactAATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG--GAA---AA---AATG--GGC--GGACAT-A----TAG----TGACACT-TT-----GGGGGGGGGGGGGGAAT--GGGCGG-ACA-T-ATAG--T--GCA-GGA--GGACATAta
gi|114342                     :                  AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG--GAA---AA---AATG--GGC--GGACAT-A----TAG----TGACACT-TT-----GGGGGGGGGGGGGGAAT--GGGCGG-ACA-T-ATAG--T--GCA-GGA--GGACATA
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gi|114345                     :                      GCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG--GAA---AA---AATG--GGC--GGACAT-A----TAG----TGta
gi|114346                     :                      GCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG--GAA---AA---AATG--GGC--GGACAT-A----TAG----TG
gi|114347                     :                                                                   --GGC--GGACAT-A----TAG----TGACACT-TTTGGGGGGGGGGGG------AAT--GGGC-G-ACA-TACTAG--T--GCA-GGA--GGACATA
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Reference ( family-691 )      :                AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG--GAA---AA---AGTGC-GG-C--GGACAT-A----TAG----CGACANT-TT------GGTCCAAA---AAT--GGG-CGG-ACA-T-TTAGT--GCA-GGC--GGACATA
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gi|114328                     :                                                             aGTGC-AGAC--GGACAT-A----TAA----TGACAGT-TT------GAGAAAAA---TAT--GGG-TGG-ACA-T-TTAGT--GCA-GGC--GGGCATAtaatgacagtttgagaaaaatatgggtggacatttagtgcaggcgggcatata
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lowQualScore                  :                                   1 9 999999999    6    55  8    8 5555   77777    0 0  555555  888   000 2 66      7   7 44   44 88   5   11       
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Reference ( family-691 )      :   AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGGCGAA---A-A---AGTGCAGGC--GG-ACAT-A----TAG----CGACANT-TT------GGTCCAAA---AAT--GGGCGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGACATA
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gi|114328                     :                                                aGTGCAGAC--GG-ACAT-A----TAA----TGACAGT-TT------GAGAAAAA---TAT--GGGTGG-ACA-T-TTAG--T--GCA-GGC--GGGCATAtaatgacagtttgagaaaaatatgggtggacatttagtgcaggcgggcatata
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gi|114347                     :                                                      GGC--GG-ACAT-A----TAG----TGACACT-TTTGGGG-GGGGGGGG---AAT--GGGCG--ACA-TACTAG--T--GCA-GGA--GGACATA
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lowQualScore                  :                                      4 0 4 66       7   44  7    5 2222   66666    55 8  000000  999   000 2 66      7    66   44 88   8   9       
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Reference ( family-691 )      :   AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGGCGG-ANA-T-TTAGTGCA-GGC--GG-ACAT-A----TAG----CGACA-NT-TT------GGTCCAAA---AAT--GGGCGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGACATA
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Reference ( family-691 )      :   AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAATTTGGGCGG-ACA-TN-TAGT-GCA-GGC--GGACAT-A----TAG----CGACA-NT-TT------GGNNNAAA---AAT--GGGCGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGACATA
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blockSeqs                     :                                      .   . T     .   .   .       . .      C        G  .  .       TCC   .     .       .    T    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                      .   . T     .   .   .       . .      C        T  .  .       TCC   .     .       .    T    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                      .   . A     .   .   .       . .      G        T  .  .       GGG   .     .       .    T    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                      .   . A     .   .   .       . .      C        T  .  .       GGG   .     .       .    T    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                      .   . A     .   .   .       . .      C        C  .  .       AGA   .     .       .    T    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                      .   . .     .   .   .       . .      T        C  .  .       GGA   .     .       .    T    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                      .   . .     .   .   .       . .      T        C  .  .       GGA   .     .       .    A    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                                  .   .   .       . .      T        C  .  .       GGG   .     .       .    A    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                                  .   .   .       . .      T        G  .  .       AAA   .     .       .    A    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                                  .   .   .       . .      C        G  .  .       TC    .     .       .    A    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                                  .   .   .       . .      C        C  .  .       TC    .     .       .    A    .  .    .   .
blockSeqs                     :                                                      .   .       . .      T        C  .  .       G     .     .       .    A    .  .         
blockSeqs                     :                                                      .   .       . .      T                            .     .       .    A    .  .         


blockSeqCons                  :                                                          **
originalCons                  :   AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAATTTGGGCGG-ACA-TN-TAGT-GCA-GGC--GGACAT-A----TAG----CGACA-NT-TT------GGNNNAAA---AAT--GGGCGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGACATA
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Alignments
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lowQualScore                  :                                      .   . ..    .   .   ..      . ....   .....    .. .  ......  ...   ... . ..      .    ..   .. ..   .   .       
lowQualScore                  :                                      4   4 00    9   7   11      5 2222   66666    55 8  000000  000   000 2 66      7    66   44 88   8   9       
consensus                     :   AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAATTTGGGCGG-ACA-TN-TAGT-GCA-GGC--GGACAT-A----TAG----CGACA-NT-TT------GGNNNAAA---AAT--GGGCGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGACATA
Reference ( family-691 )      :   AATGGCAGGCGGACATATAGCGACAATTTGGGCGG-ACA-TN-TAGT-GCA-GGC--GGACAT-A----TAG----CGACA-NT-TT------GGNNNAAA---AAT--GGGCGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGACATA
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gi|114327                     :                                         aaaaagAAT-GTG-GAC--GGACATGA----TAAGGAACGA-A-CT-TT------GGAAAAAA---AGT--GGGCGG-ACAT-ATAG--T--GCA-GGCGGGACATAta
gi|114328                     :                 aaaaaataagggaaTAGGCGG-ACA-TA-TTGT-GCA-GAC--GGACAT-A----TAA----TGACA-GT-TT------GAGAAAAA---TAT--GGGTGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGGCATAta
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gi|114330                     :                                                                                             aaaaaagtAAA---GAT--GGGCGG-ACAT-ATGG--T--GCAGGGC-GGACATta
gi|114330                     :                              aTGGGCGG-ACA-TA-TGGT-GCAGGGC--GGACATCA----TAA----GGACcataaggac
gi|114331                     :                     aaaagaAATTTGGGCGGGACA-TT-TAGT-GCA-GGT--GGACAT-A----TAGT---CGACAGTT-TT------GATTCCAA---AAT---GGCGG-ACAT-TTAG--TGCGCA-GGC-GGACATA
gi|114332                     :                            aaaTGGGCGA-ACA-TA-GAGT-GCA-GGC--TGACAT-A----TAG----GGACA-CG-TT------GGTTCAAA---ATG--GGGCGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGACATAta
gi|114333                     :                      aaaaaAAATTGGGCGG-ACA-TT-TAGT-GCA-GGC--GGACAT-A----TAA----GGACA-GT-TT------GGTCAGCA---ATT--GGGCGG-ACAT-TTAG--TGGGCA-GGC-AGACATAta
gi|114334                     :                           AATTTGGGCGG-ACA-TT-TAGT-GCA-GGT--GGACAT-A----TAG----CGACAGTT-TT------GATCCAAA---ATT--GGGCGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGACAta
gi|114335                     :                         aaAATTTGGGCGG-ACA-TT-TAGT-GCA-GGT--GGACAT-A----TAG----CGACAGTT-TT------GATCCAAA---ATT--GGGCGG-ACAT-TTAG--T--GCA-GGC-GGACAatata
gi|114336                     :                              aaGGGCGG-ACA-TT-TAGT-GCA-GGC--GGACAT-A----TAG----CAACA-GT-TT------GG-TCAAA---AGTA-GGGTGG-ACCA-TTAG--T--GCA-GAC-GGACATAatata
gi|114337                     :                     aaaatgAATT--GGCGG-ACA-TT-TAGT-GCA-GGC--GGACAT-A----TAA----GGATA-GTGTT------GGTTCAAATTGAA-----GCGG-ACAT-TTCGTAT--GCA-GGC-GGACATAta
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gi|114340                     :                             aaTGGGCG--ACA-TACTAGT-GCA-GGA--GGACAT-AATTATAGG---CGACA-TT-TT------GGTCCAAA---AATTTGGGCGGGACAT-TTAG--T--GCA-GGT-GGACATAta
gi|114341                     : aaAATGGCAGGCGGACATATAGCGACAGTTTGGG-GA-AAA-----AAT-G---GGC--GGACAT-A----TAG----TGACA-CT-TTGGGGGGGGGGGGGG---AAT--GGGCGG-ACAT-ATAG--T--GCA-GGA-GGACATAta
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gi|114343                     :                                 GACGA-ACA-TA-TTTTTGCG-GGC--GGACAT-A----TAA----TGACA-CT-TT------GGG--AAA---AAT--GGGCGA-ACAT-AGAG--T--GCA-GGC-TGACATA
gi|114344                     :                                               AAT-GTG-GAC--GGACAG-A----TAG----TGACA-CT-TT------GAAGAAAA---AAT--AGGCGG-ACAT-ATTG--T--GCA-GAC-GGACATAta
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