lowQualScore : 111 111111111 2222 2
lowQualScore : 5 2 1 222 1 1 22 333 1 555555555 22 1 3333 1 333 5555555 44444 2 333 6666 22 2 2 3333 22 777 4444 22 8
lowQualScore : . . . ... . . .. ... . ......... .. . .... . ... ....... ..... . ... .... .. . . .... .. ... .... .. .
lowQualScore : 8 1 9 000 9 9 66 333 9 666666666 55 8 9999 8 222 9999999 55555 0 555 2222 88 0 0 4444 99 777 5555 99 0
consensus : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCC-TTTTT-TGTG-C-TT--T---TC-CATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAAGT-TTTT
Reference ( gi|104699 ) : AAAGAAAG-GTTTGTTCAAATCC-TTTTT-TGTG-C-TT--T---TC-CATA-T-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAAGTATTTT
gi|104700 : AAAGAGAA-GTTTGTTCAAATCC-TTATT--GTG-C-TT--T---TC-CATA-T-T-----AA--A-T----ACT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TG--AAAAT--G--CTTT----TAA--TACAAAT
gi|104701 : AAATAAAG-GTTTGTTCTAATCC-TTTTT--GTG-C-TC--T---TC-CATA-TTATTTT-AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TAAT--AAT--G--GTTT----TGA--TACAAGT-TTTT
gi|104716 : AAAGA--G-GTTTGTTCAAATTC-GTGTT-TGTGGT-TT--T---TC-CATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAAGT-TTTT
gi|104705 : AAGGAAAG-GTTTGTTCAAATCC-TGTTT--GTG-C-TT--T---TC-CATA-T-ATGTATAT--A-T----ATT-GCC---T-------TAAATTCA-G---ATATCA--TACAAC-TGATATAAT--G--CTTT----TGA--TACAAGT-TTTT
gi|104714 : AAAGA--G-GTTTGTTCAAATTC-GTGTT--GTG-T-TT--T---TC-CATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAAGT-TTTT
gi|104702 : AAAGGGAG-GTTTATTCAAGCCT-TTTTT-TATG-T-TT--T---TC-AACA-C-AG----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAA---------TTT----TGA--TACAAA-ATTTT
gi|104715 : AAAGA--G-GTTTGTTCAAATTCGTGTTG-TG-G-T-TT--T---TC-CATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAAGT-TTTT
gi|104708 : AAGGAGAG-GTTTGGTCAATTCC-TTTT--TGTG-C-TT--T---TC-CATA-T--------T--G-T----TTT-TCC---T-------T-----TA-G---A----G--T-TCAC-TG--AAAAT--G--CTTT----TGA--CACAAGT
gi|104707 : AAAGAAAG-GTTTGTTCAAATCC--TTTT-TGTA-C-TT--C---TC-CATA-T-T-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----tt
gi|104704 : AAATAGAG-GTTTGTTCAAATCC-TTTTG-T-TG-CTTT--T---TC-CATA-T-A-----AA--C-T----ATT-GCC---T-------T-----CATG---A----G--T-GAAC---GTATACT-----CTTT----TAATTTACAAGT
gi|104706 : AAAGAGAG-GTTTGTTCA--TC---TTTT-TGTG-C-TT--T---TC-CATA-C-A-----AA--G-T----ATT-GCC---T-------T-----Ct
gi|104710 : AAAGAGAG-GATTGTTCGAATCC-TTTTT--GTG-T-TT--TAATTC-CATA-A-A-----AA--AAT----ATT-ACC---TCAATACCT-----TA-ATTCA----G--T-CAAG-TGATAA--T--G--CTTTTGACTGA--TACAAGGGTTTT
gi|104709 : AAAGAA----TTTGTTTAAATCC-TTTTTGTG-G-C-TT--T---TC-CATATT-A-----AACTA-C----ATCGGCCTATT-------T-----CA-G---A----G--T-CGAT-TGAT--CTT--G---TTT----TGA--TACAAGTt
gi|104711 : AAGAAAG-GTTTCTTCAAATCC--TTTT-TGTG-C-TT--C---TG-CATA-T-A-----CA--A-T----AGT--CC---T-------T-----CG-G---A----A--T-CAAA-TGAT--AAT--G--CTTT----TGA--TACAAGC-TTTTt
gi|104712 : AAGAAAG--TTTGTTCAAATTC-TTTTT-TGTG-C-TT--T---TC-CA-A------------------------------T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT--AAT--G--CTTT----TGA--TACAAGT
gi|104713 : AAGAAAGCATTTGTTCAAATCC-TTTT---GTG-C-TTCTT---TCACACA-T-C-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----GGCT-CAACTTGAT-TAAT--GATTTTT----TGA--TACGAGtt
gi|104717 : AG-GTT-GTTCTAACCC-TTTTT-TGTG-C-TT--T---TC-CATA-C-A-----TA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-AAAT-TG--AAAAT--G--CGTT----TGA--TGCCAGT-TTTT
gi|104718 : gAG-GTTTGTTCCA--CA-CTTTC-CGTG-C-CT--T---TC-CATA---A-----AA--A-T----AAT-GCT---T-------T-----CA-G---A----G--T---AC-CGAT----TCCG--CTTT----TGA--CACAAGT-TTTT
gi|104703 : g-GTTTGTTCAAATCC-TT-----GTG-C-TT--T---TC-CATG-C-A-----AA--A-C----ATT-GCC---T-------C-----C------A----G--T-CAAC-TGAT--AAC--G--CTTT----TGA--TACAAG-ATTTT
gi|104719 : aaaacgatTTTTTTCAAAACC-TTTT--TGTG-C-TT--T---TC-CATA-T-T-----AA--A-TATTGATT-GCC-----------T-----CA-G---AT---G--T-CAAC--GATA
gi|104720 : TTCAAATCC-TTTAT--GTG-C-TT--T---TC-CATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-TAAC-TGAT--AAT--G--CTTT----TGA--TA
gi|104721 : ATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---G----G--T-CAAC-TGATTAAAT--G--TTTT----TGA--TACAAttttt
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222
lowQualScore : 2 3 77 3 1 1 1 333 444444444 22 1 3333 1 333 5555555 44444 1 333 6666 22 1 1 0000 22 666 4444 22 22 2
lowQualScore : . . .. . . . . ... ......... .. . .... . ... ....... ..... . ... .... .. . . .... .. ... .... .. .. .
lowQualScore : 0 9 88 6 8 8 8 222 555555555 44 7 7777 7 000 7777777 33333 9 333 0000 66 9 9 6666 88 999 2222 88 88 2
consensus : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
Reference ( family-689 ) : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104699 : AAAGAAAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-T-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GTATTTT
gi|104700 : AAAGAGAA-GTTTGTTCAAATCCTTATT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-T-T-----AA--A-T----ACT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TG--AAAAT--G--CTTT----TAA--TACAA--AT-
gi|104701 : AAATAAAG-GTTTGTTCTAATCCTTTTT-GT-G-C-TC-T---TCCATA-TTATTTT-AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TAAT--AAT--G--GTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104702 : AAAGGGAG-GTTTATTCAAGCCTTTTTTTAT-G-T-TT-T---TCAACA-C-AG----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAA---------TTT----TGA--TACAA--AA-TTTT
gi|104703 : AAAACGAT-GTTTGTTCAAATCCTT----GT-G-C-TT-T---TCCATG-C-A-----AA--A-C----ATT-GCC---T-------C-----C------A----G--T-CAAC-TGAT--AAC--G--CTTT----TGA--TACAA--GA-TTTT
gi|104704 : AAATAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTGT-T-G-CTTT-T---TCCATA-T-A-----AA--C-T----ATT-GCC---T-------T-----CATG---A----G--T-GAAC---GTATACT-----CTTT----TAATTTACAA--GT-
gi|104705 : AAGGAAAG-GTTTGTTCAAATCCTGTTT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-T-ATGTATAT--A-T----ATT-GCC---T-------TAAATTCA-G---ATATCA--TACAAC-TGATATAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104706 : AAAGAGAG-GTTTGTTCA--TC--TTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--G-T----ATT-GCC---T-------T-----C
gi|104707 : AAAGAAAG-GTTTGTTCAAATCC-TTTTTGT-A-C-TT-C---TCCATA-T-T-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----
gi|104708 : AAGGAGAG-GTTTGGTCAATTCCTTTT-TGT-G-C-TT-T---TCCATA-T--------T--G-T----TTT-TCC---T-------T-----TA-G---A----G--T-TCAC-TG--AAAAT--G--CTTT----TGA--CACAA--GT-TT
gi|104709 : AAAGAA----TTTGTTTAAATCC-TTTTTGTGG-C-TT-T---TCCATATT-A-----AACTA-C----ATCGGCCTATT-------T-----CA-G---A----G--T-CGAT-TGAT--CTT--G---TTT----TGA--TACAA--GT-
gi|104710 : AAAGAGAG-GATTGTTCGAATCCTTTTT-GT-G-T-TT-TAATTCCATA-A-A-----AA--AAT----ATT-ACC---TCAATACCT-----TA-ATTCA----G--T-CAAG-TGATAA--T--G--CTTTTGACTGA--TACAAGGGT-TTTT
gi|104711 : AAGAAAG-GTTTCTTCAAATCC-TTTTTGT-G-C-TT-C---TGCATA-T-A-----CA--A-T----AGT--CC---T-------T-----CG-G---A----A--T-CAAA-TGAT--AAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GC-TTTT
gi|104712 : AAGAAAG--TTTGTTCAAATTCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCA----------------------ATT---------------------CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAA--T--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TT
gi|104713 : AAGAAAGCATTTGTTCAAATCCTTTT--GT-G-C-TTCT---TTCACA-C-ATC---AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----GGCT-CAACTTGAT-TAAT--GATTTTT----TGA--TACGA--G
gi|104714 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTCGTGTT-GT-G-T-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104715 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTC-GTGTTGTGG-T-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104716 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTCGTGTTTGT-GGT-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104717 : GAG-GTT-GTTCTAACCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----TA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-AAAT-TG--AAAAT--G--CGTT----TGA--TGCCA--GT-TTTT
gi|104718 : GAG-GTTTGTTCCA--CACTTTCCGT-G-C-CT-T---TCCATA---A-----AA--A-T----AAT-GCT---T-------T-----CA-G---A----G--T---AC-CGAT----TCCG--CTTT----TGA--CACAA--GT-TTTT
gi|104719 : TTTTTTCAAAACCTTTT-TGT-G-C-TT-T---TCCATA-T-T-----AA--A-TATTGATT-GCC-----------T-----CA-G---AT---G--T-CAAC--GATA
gi|104720 : TTCAAATCCTTTAT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-TAAC-TGAT--AAT--G--CTTT----TGA--TA------T-TTTT
gi|104721 : ATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---G----G--T-CAAC-TGATTAAAT--G--TTTT----TGA--TACAA--
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222
lowQualScore : 2 3 77 3 1 1 1 333 444444444 22 1 3333 1 333 5555555 44444 1 333 6666 22 1 1 0000 22 666 4444 22 22 2
lowQualScore : . . .. . . . . ... ......... .. . .... . ... ....... ..... . ... .... .. . . .... .. ... .... .. .. .
lowQualScore : 0 9 88 6 8 8 8 222 555555555 44 7 7777 7 000 7777777 33333 9 333 0000 66 9 9 6666 88 999 2222 88 88 2
consensus : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
Reference ( family-689 ) : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104699 : AAAGAAAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-T-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GTATTTT
gi|104700 : AAAGAGAA-GTTTGTTCAAATCCTTATT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-T-T-----AA--A-T----ACT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TG--AAAAT--G--CTTT----TAA--TACAA--AT-
gi|104701 : AAATAAAG-GTTTGTTCTAATCCTTTTT-GT-G-C-TC-T---TCCATA-TTATTTT-AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TAAT--AAT--G--GTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104702 : AAAGGGAG-GTTTATTCAAGCCTTTTTTTAT-G-T-TT-T---TCAACA-C-AG----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAA---------TTT----TGA--TACAA--AA-TTTT
gi|104703 : AAAACGAT-GTTTGTTCAAATCCTT----GT-G-C-TT-T---TCCATG-C-A-----AA--A-C----ATT-GCC---T-------C-----C------A----G--T-CAAC-TGAT--AAC--G--CTTT----TGA--TACAA--GA-TTTT
gi|104704 : AAATAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTGT-T-G-CTTT-T---TCCATA-T-A-----AA--C-T----ATT-GCC---T-------T-----CATG---A----G--T-GAAC---GTATACT-----CTTT----TAATTTACAA--GT-
gi|104705 : AAGGAAAG-GTTTGTTCAAATCCTGTTT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-T-ATGTATAT--A-T----ATT-GCC---T-------TAAATTCA-G---ATATCA--TACAAC-TGATATAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104706 : AAAGAGAG-GTTTGTTCA--TC--TTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--G-T----ATT-GCC---T-------T-----C
gi|104707 : AAAGAAAG-GTTTGTTCAAATCC-TTTTTGT-A-C-TT-C---TCCATA-T-T-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----
gi|104708 : AAGGAGAG-GTTTGGTCAATTCCTTTT-TGT-G-C-TT-T---TCCATA-T--------T--G-T----TTT-TCC---T-------T-----TA-G---A----G--T-TCAC-TG--AAAAT--G--CTTT----TGA--CACAA--GT-TT
gi|104709 : AAAGAA----TTTGTTTAAATCC-TTTTTGTGG-C-TT-T---TCCATATT-A-----AACTA-C----ATCGGCCTATT-------T-----CA-G---A----G--T-CGAT-TGAT--CTT--G---TTT----TGA--TACAA--GT-
gi|104710 : AAAGAGAG-GATTGTTCGAATCCTTTTT-GT-G-T-TT-TAATTCCATA-A-A-----AA--AAT----ATT-ACC---TCAATACCT-----TA-ATTCA----G--T-CAAG-TGATAA--T--G--CTTTTGACTGA--TACAAGGGT-TTTT
gi|104711 : AAGAAAG-GTTTCTTCAAATCC-TTTTTGT-G-C-TT-C---TGCATA-T-A-----CA--A-T----AGT--CC---T-------T-----CG-G---A----A--T-CAAA-TGAT--AAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GC-TTTT
gi|104712 : AAGAAAG--TTTGTTCAAATTCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCA----------------------ATT---------------------CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAA--T--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TT
gi|104713 : AAGAAAGCATTTGTTCAAATCCTTTT--GT-G-C-TTCT---TTCACA-C-ATC---AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----GGCT-CAACTTGAT-TAAT--GATTTTT----TGA--TACGA--G
gi|104714 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTCGTGTT-GT-G-T-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104715 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTC-GTGTTGTGG-T-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104716 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTCGTGTTTGT-GGT-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGAT-AATT--G---TTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104717 : GAG-GTT-GTTCTAACCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----TA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-AAAT-TG--AAAAT--G--CGTT----TGA--TGCCA--GT-TTTT
gi|104718 : GAG-GTTTGTTCCA--CACTTTCCGT-G-C-CT-T---TCCATA---A-----AA--A-T----AAT-GCT---T-------T-----CA-G---A----G--T---AC-CGAT----TCCG--CTTT----TGA--CACAA--GT-TTTT
gi|104719 : TTTTTTCAAAACCTTTT-TGT-G-C-TT-T---TCCATA-T-T-----AA--A-TATTGATT-GCC-----------T-----CA-G---AT---G--T-CAAC--GATA
gi|104720 : TTCAAATCCTTTAT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-TAAC-TGAT--AAT--G--CTTT----TGA--TA------T-TTTT
gi|104721 : ATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---G----G--T-CAAC-TGATTAAAT--G--TTTT----TGA--TACAA--
blockSeqs : C T TT G G T C AAT TTATTTT CT A ATTG G TAT CAATACC AAATT T TTC TATC GC A T AAAA CC ATT TGAC TT GG .
blockSeqs : . T GT G . . . . TATGTAT . . . . . . . . . T . . . ATAC . C . . . .
blockSeqs : . T TT . . . . . CATC . . . . . . . . . . . . . ATAA . G . . . .
blockSeqs : . T TT . . . . . CAG . . . . . . . . . . . . . AAAA . C . . . .
blockSeqs : . T TT . . . . . TTA . . . . . . . . . . . . . AAAA . C . . . .
blockSeqs : . T TT . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . TAAA . C . . . .
blockSeqs : . T TT . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . TAA . C . . . .
blockSeqs : . T TT . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . AAT . C . . . .
blockSeqs : . T TT . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . AAT . C . . . .
blockSeqs : . T TT . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . AAT . C . . . .
blockSeqs : . G CC . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . AA . C . . . .
blockSeqs : . G T . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . AA . C . . . .
blockSeqs : . T T . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . AA . C . . . .
blockSeqs : . C T . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . CT . T . . . .
blockSeqs : . T T . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . T T . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : AA**
originalCons : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAAAAT--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
finalCons : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGATAA--T--G--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
Alignments
lowQualScore : 1 111111111
lowQualScore : 2 1 1 3 1 1 1 333 333333333 22 1 3333 1 333 5555555 44444 1 333 6666 22 1 1 1 55 22 333 4444 22 22 2
lowQualScore : . . . . . . . ... ......... .. . .... . ... ....... ..... . ... .... .. . . . .. .. ... .... .. .. .
lowQualScore : 0 6 7 6 8 8 8 222 555555555 44 7 7777 7 000 7777777 33333 9 333 0000 66 9 9 9 22 66 111 2222 88 88 2
consensus : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-T--A--ATG--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
Reference ( family-689 ) : AAAGAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-T--A--ATG--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104699 : AAAGAAAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-T-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-TAAA--ATG--CTTT----TGA--TACAA--GTATTTT
gi|104700 : AAAGAGAA-GTTTGTTCAAATCCTTATT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-T-T-----AA--A-T----ACT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-A--A--ATG--CTTT----TAA--TACAA--AT-
gi|104701 : AAATAAAG-GTTTGTTCTAATCCTTTTT-GT-G-C-TC-T---TCCATA-TTATTTT-AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TAA-T--A--ATG--GTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104702 : AAAGGGAG-GTTTATTCAAGCCTTTTTTTAT-G-T-TT-T---TCAACA-C-AG----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-T--A--A-----TTT----TGA--TACAA--AA-TTTT
gi|104703 : AAAACGAT-GTTTGTTCAAATCCTT----GT-G-C-TT-T---TCCATG-C-A-----AA--A-C----ATT-GCC---T-------C-----CA-G-----------T-CAAC-TGA-T--A--ACG--CTTT----TGA--TACAA--GA-TTTT
gi|104704 : AAATAGAG-GTTTGTTCAAATCCTTTTGT-T-G-CTTT-T---TCCATA-T-A-----AA--C-T----ATT-GCC---T-------T-----CATG---A----G--T-GAAC-GTA-T--A--CT---CTTT----TAATTTACAA--GT-
gi|104705 : AAGGAAAG-GTTTGTTCAAATCCTGTTT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-T-ATGTATAT--A-T----ATT-GCC---T-------TAAATTCA-G---ATATCA--TACAAC-TGA-T--ATAATG--CTTT----TGA--TACAA--GT-TTTT
gi|104706 : AAAGAGAG-GTTTGTTCA--TC--TTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--G-T----ATT-GCC---T-------T-----C
gi|104707 : AAAGAAAG-GTTTGTTCAAATCC-TTTTTGT-A-C-TT-C---TCCATA-T-T-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----
gi|104708 : AAGGAGAG-GTTTGGTCAATTCCTTTTT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-T-T-----G-----T----TTT-TCC---T-------T-----TA-G---A----G--T-TCAC-TGA-A--A--ATG--CTTT----TGA--CACAA--GT-TT
gi|104709 : AAAGAA----TTTGTTTAAATCC-TTTTTGTGG-C-TT-T---TCCATATT-A-----AACTA-C----ATCGGCCTATT-------T-----CA-G---A----G--T-CGAT-TGA-T--C--TTG---TTT----TGA--TACAA--GT-
gi|104710 : AAAGAGAG-GATTGTTCGAATCCTTTTT-GT-G-T-TT-TAATTCCATA-A-A-----AA--AAT----ATT-ACC---TCAATACCT-----TA-ATTCA----G--T-CAAG-TGA-T--A--ATG--CTTTTGACTGA--TACAAGGGT-TTTT
gi|104711 : AAGAAAG-GTTTCTTCAAATCCTTTTT-GT-G-C-TT-C---TGCATA-T-A-----CA--A-T----AGT--CC---T-------T-----CG-G---A----A--T-CAAA-TGA-T--A--ATG--CTTT----TGA--TACAA--GC-TTTT
gi|104712 : AAGAAAG--TTTGTTCAAATTCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCA----------------------ATT---------------------CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-T--A--ATG--CTTT----TGA--TACAA--GT-TT
gi|104713 : AAGAAAGCATTTGTTCAAATCCTTTT--GT-G-C-TTCT---TTCACA-C-ATC---AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----GGCT-CAACTTGATT--A--ATGATTTTT----TGA--TACGA--G
gi|104714 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTCGTGTT-GT-G-T-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-T--A--ATT--GTTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104715 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTC-GTGTTGTGG-T-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-T--A--ATT--GTTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104716 : AAAGAG-GTTTGTTCAAATTCGTGTTTGT-GGT-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-CAAC-TGA-T--A--ATT--GTTT----TCA--TACAA--GT-TTTT
gi|104717 : GAG-GTT-GTTCTAACCCTTTTTTGT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----TA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-AAAT-TGA-A--A--ATG--CGTT----TGA--TGCCA--GT-TTTT
gi|104718 : GAG-GTTTGTTCCA--CACTTTCCGT-G-C-CT-T---TCCATA---A-----AA--A-T----AAT-GCT---T-------T-----CA-G---A----G--T---AC-CGA-T--T--CCG--CTTT----TGA--CACAA--GT-TTTT
gi|104719 : TTTTTTCAAAACCTTTT-TGT-G-C-TT-T---TCCATA-T-T-----AA--A-TATTGATT-GCC-----------T-----CA-G---AT---G--T-CAAC--GA-T--A--
gi|104720 : TTCAAATCCTTTAT-GT-G-C-TT-T---TCCATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---A----G--T-TAAC-TGA-T--A--ATG--CTTT----TGA--TA------T-TTTT
gi|104721 : ATA-C-A-----AA--A-T----ATT-GCC---T-------T-----CA-G---G----G--T-CAAC-TGA-TTAA--ATG--TTTT----TGA--TACAA--