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Reference ( gi|56578 )        : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56577                      : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56580                      : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGTTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56581                      : ATATTTGTG-CTTCTA--CT-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56582                      : ATATTT-TG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56583                      : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GC-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCGCTTGT
gi|56579                      : ATATTTGTA-CTTCTA--CT-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56584                      : ATATTTGTG-CTTCTAAGCA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGGC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56585                      : ATATTTGTG-CTTCTA--CT-GTCAGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTG
gi|56586                      : ATATTTATG-CTTCCT--CA-GT-AGTTAC-----GAGC-GA-CGCAGGTAC-AGGC-ATTAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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gi|56591                      :                       T-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGATCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56590                      :                       T-AGCTGC-----GAGT-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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Alignments
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lowQualScore                  :          3      66  3  1      77777    9  9         7    7     44 7   33333  7         
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Reference ( family-686 )      : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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gi|56590                      :                       T-AGCTGC-----GAGT-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56591                      :                       T-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGATCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56592                      :                       T-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCA-TTGTT
gi|56593                      :                       T-AGCTGC-----GAGC-AA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCATTAT-AGG-----TC-TCACTTGTT
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gi|56598                      :                                                GGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCGCTTGTT
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Alignments
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consensus                     : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
Reference ( family-686 )      : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56577                      : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56578                      : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56579                      : ATATTTGTA-CTTCTA--CT-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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gi|56586                      : ATATTTATG-CTTCCT--CA-GT-AGTTAC-----GAGC-GA-CGCAGGTAC-AGGC-ATTAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56587                      :    TTTGTGGCTTCTA--CACGT-AGTTGCTATTCGAGC-GAACGCAGGTCCCAGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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gi|56590                      :                       T-AGCTGC-----GAGT-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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blockSeqs                     :                               .        .  .         .    .     .  .   .      .
blockSeqs                     :                               .        .  .         .    .     .  .   .      .
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
finalCons                     : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT





Alignments
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lowQualScore                  :          .      ..  .  .      .....    .  .         .    .     .. .   .....  .         
lowQualScore                  :          3      66  3  1      77777    9  9         7    7     44 7   33333  7         
consensus                     : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
Reference ( family-686 )      : ATATTTGTG-CTTCTA--CA-GT-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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gi|56586                      : ATATTTATG-CTTCCT--CA-GT-AGTTAC-----GAGC-GA-CGCAGGTAC-AGGC-ATTAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56587                      :    TTTGTGGCTTCTA--CACGT-AGTTGCTATTCGAGC-GAACGCAGGTCCCAGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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gi|56589                      :                       T-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
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gi|56591                      :                       T-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGATCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT
gi|56592                      :                       T-AGCTGC-----GAGC-GA-CGCAGGTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCA-TTGTT
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gi|56599                      :                                                 GTCC-AGAC-ATCAT--T-AGG-----TC-TCACTTGTT