lowQualScore : 444444444444444444444444444444444 5555555555555555 11111
lowQualScore : 1 3333333 777777777777777777777777777777777 2222 99999 1 5 11 1 888 88 222 11 1 22222 22 2222222222222222 333 00000 4
lowQualScore : . ....... ................................. .... ..... . . .. . ... .. ... .. . ..... .. ................ ... ..... .
lowQualScore : 2 8888888 111111111111111111111111111111111 5555 11111 2 1 66 2 888 88 111 66 2 99999 88 5555555555555555 555 99999 2
consensus : GAAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AN--GC--CG---G--G-CTA-----GT--AAATTTCGAGTA----T--------NC-ACTGGC---CCGATG-GG-CTAGTAAAAA
Reference ( gi|88041 ) : GAAAA-TTCACTAGCC-------C------AA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AG--GC--CG---G--G-CTA-----GT--AAATTTTGAGTA----A--------TA-ACTGGC---CCTACA-GG-CTAGTAAAAA
gi|88040 : GAAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-T-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AG--GC--CG---G--G-CTA-----GTTAAAATTCTGAGTA----T--------TC-ACTGGC---TGTATG-GG-CAAGTAAAAA
gi|88035 : GAAAA-CTCACTAACT-------C------GA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AC--GC--CG---G--G-CTA-----GT--AAAATTGGAGT-----A--------TACACTGGC---CCGAAG-GG-CTAGTAAAAA
gi|88034 : GAAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AC--GC--TG---G--G-CTA-----GT--AAATTCTGAGTA----T--------GC-ATTGGC---GCGATG-GG-CTAGTAAA
gi|88036 : GAAAA-CTCGCTAGCC-------C------GA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTT--C-AC--GC--CG---G--G-CTA-----GT--AAAATTGGAGTA----T--------GC-ACTGGC---CCAAAG-GG-CTAGTAAAAA
gi|88039 : GAAAA-CTCACTAGCC-------T------GA-C-------G-------CCCTCGGCT----A-----CT-AGATTT--C-AC--GC--TG---A--G-CTA-----GT--AAATTTTGAGTA----T--------GC-GCTGGC---CCGATG-GG-CT
gi|88037 : GAAAA-CCCACTTGCC-------C------GA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AT--GT--GG---G--G-CTA-----GT--AAATTTCGAGTAT---G--------T--ACTGGC---CCAATG-GG-CTTATAA
gi|88042 : GAAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AC--AC--CG---G--G-CTA-----GT--AAATTTCAAGTA----
gi|88038 : GAAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-G-------G-------C-------TGAGTA-----CT-AGCTTT--C-AT--GC--CA---G--G-CTA-----AT--AAATTCTGAGTG----T--------GC-ACTTGC---CCGATG-GA-CTAGTAAAAAtgca
gi|88044 : GAAAA-CTCACTGGCC-------T------GA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AT--GC--CG---G--G-CTC-----GT--AAAATCAGACTA----C--------AC-ACTGGC---CTGACG-GG-CTAGGGAAAA
gi|88043 : GAAAA-CTCACTAGCC-------C------GATC-------GAAA----C-------T----G-----CT-AAATTT--C-AT--GC--CA---G--T-CTATATTAGT--AAATTTCGAGTACAGTA--------TGCACTGGC---CCGATG-GG-CTAGTAGAAA
gi|88045 : GAAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-CACCCAAGG-------C-------T----G-----CT-AGATTT--C-AT--GC--TC---G--G-CTA-----GT--AAATTTCGAGTA----T--------GC-ATTGTC---CCTA
gi|88047 : GAAAACTTCACTAGCCTGACGCCC------AA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTA--C-AC--GC--CA---GCCG-CTA-----GTA-AAATCAGGAGTGT---G--------CG-ACTGGC---C--AAG-GG-CTAGTAAAAgtgattgggc
gi|88046 : GAAAA-CTCACTAGCC-------T------GA-C-------T-------CCCGAGGAT----A-----GT-GGATTT--C-AC--AC--CC---G--G-CAA-----GT--AAATTCC-AGTAT---G--------CA-A-TGGC---CA-ACG-GGACTAGTAAAAA
gi|88034 : AGAA-TTTACTAGCC-------C------AG-C-------G-------T-------G----AAAT--CT-AG------T-AGC-GT--CG---G--G-CTA-----GT--GAGTTTT
gi|88051 : gAAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CA-AGATTT--C-AG--GC--CG---G--G-CTA-----GT--AAATTCCAAGCA----T--------TC-ACTGGC---CATATG-GG-CTAGTAAAAAgagtatgcattggcgcgatgggctagtaaa
gi|88053 : AAAA-CTCACTAGCC-------T------GA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTT--A-AG--GC--TG---G--T-CTA-----GT--AAATTCCAAGTA----CCCCGGTTTTC-ATTGGC---CCTATG-GG-CTAGTAAAAA
gi|88054 : AGAA-TTTACTAGCC-------C------AG-C-------ATGAAAT-C-------T----A-----GT-AG-CCT--C-GG--GCGTCG---G--G-CTA-----GT--GAGTTT
gi|88050 : AAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTT--C-AC--GC--CG---G--A-CTA-----GT--AAATCTCGAGTA----T--------GC-ATTGGC---CCAATG-GG-CATGTAGAAAgagtttgcactggcctgacggtctagtaaaaa
gi|88049 : AAAA-TTCATTAGCC-------C------GA-C-------ATCTGAGCC-------T----A-----CT-AGATTT--C-AG--GC--CG---G--G-CTA-----GT--AAA-TTCGAGTA----GT-------TC-ACTGGCTCATCTATG-GG-CTAG-AAAAA
gi|88039 : AAAA-TTTACTAGCT-------C------AG-C-------GTGAAAT-C-------T----A-----GT-AG---C--CGAG--GG--CGTCAG--G-CTA-----GT--GAGTTTT
gi|88038 : gAGAA-TTTATTAGCC-------TGGCATGAA-A-------G-------C-------T----A-----GT-A---CT--C-AG--CCT-CG---G--G-CTA-----GT--GAGTTTTgagtatgcgctggcccgatgggct
gi|88048 : gAAAA-CTTACTAGCC-------A------GA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTT--C-AC--AG--CG---G--G-CTA-----GT--AAATTTCGAGTA----T--------GC-ACTGGC---CTGATG-GG-CTAGTAGAAAgagtgtgcacttgcccgatggactagtaaaaa
gi|88052 : AAAA-CTCGCTAGCC-------C------GA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTT--C-AC--GC--CG---G--G-CTA-----GT--AAATTTCGAGTA----
gi|88055 : AAAC-TGCACTAGCC-------G------GA-C-------G-------C-------C----GAGGCTTT-CGATTT--C-AC--GC--CG---G--GGCTA-----GT--AAATTCTGAGT--------------TGCACTGG----CCGACA--G-CTAGTAAAtgcattggc
gi|88036 : AAT-TTTACTAGCC-------C------GG-C-------GTGAAAT-C-------T----A-----GT-AG-CCT--C-GG--GCGTCG---G--G-CTA-----GC--GAGTTTT
gi|88054 : gAAA-CTCACTAGCC-------C------GA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTT--C-AT--GC--TG---G--G-CTA-----GT--AAATTCTGAGTT----T--------GC-ACTGGC---CTGACG-GT-CTAGTAAAAAggagtatgcactggcccaaagggctagtaaaaa
gi|88050 : AGA-TTTACTAGTC-------C------GG-C-------G-------T-------G----AAAT--CT-AG------T-AGT-GT--CG---G--G-CTA-----GT--GAGTTTT
gi|88042 : AAA-TTTACTAGCC-------C------GG-T-------G-------T-------G----AAAT--CT-AG------T-AG--CCT-CG---G--G-CTA-----GT--GAGTTTTcgagtatgcattggcccaatgggcatgtagaaa
gi|88048 : gAAA-TTTACTAGCC-------CGCTGTGAA-A-------T-------C-------T----A-----GT-AG-CCT--C-AG--GCATCT---G--G-CTA-----GT--AAGTTTTcaagtatgca
gi|88052 : AAA-TTTACTAGCC-------C------GG-C-------GTGAAAT-C-------T----A-----GT-AG-CCT--C-AG--GCATCG---G--G-CTA-----GC--GAGTTTTcgagtatgcactggcctgatgggctagtagaaa
gi|88045 : AAA-TTTACTAGCC-------G------AG-C-------ATGAAAT-C-------T----A-----GC-AGCCTT--G-GGT-GT--CG---G--G-CTA-----GT--GAGTTTTcgagtatgcattggc
gi|88056 : gAAA-CTCACTAGCC-------T------GT-C-------G-------C-------T----A-----TTTAAATTT--C-AG--AC--CG---G--G-CTA-----AT--ATGTTCCGAGTA----T--------TT-ACAGAC---CATATACGGTCTAGTAcgagtatgcattgtccctagtgattgggc
gi|88053 : AA-TTTACTAGAC-------C------AG-C---------------C-------T-----------T-AAATCTAGT-AGC-GT--CA---G--G-CTA-----GT--GAGTTTT
gi|88049 : AA-TTTACTAGCC-------C------GG-CCT-----GAAAT---C-------T----A-----GT-AGGCT---C-AGATGT--CG---G--G-CTA-----AT--GAATTTTccaagtaccccggttttcattggccctatgggctagtaaaaa
Alignments
lowQualScore : 4444444 11111111
lowQualScore : 3 1 5555555 8888888 5555555 3333 44444 1 1 22 1 44444 22 22 22222222 1 1 88888888 2222 1
lowQualScore : . . ....... ....... ....... .... ..... . . .. . ..... .. .. ........ . . ........ .... .
lowQualScore : 5 7 7777777 7777777 2222222 7777 33333 7 0 44 7 33333 44 44 44444444 0 7 33333333 8888 9
consensus : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTCC--GAGTA--------TGC-ACTGGCCC----G---A-C--GGG-CTAGTAAAAA
Reference ( family-685 ) : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCANGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTTC--GAGTA--------TNC-ACTGGCCC----G---A-T--GGG-CTAGTAAAAA
gi|88034 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCTGG--G-CTA-----GT--AAATTCT--GAGTA--------TGC-ATTGGCGC----G---A-T--GGG-CTAGTAAA
gi|88035 : GAAAACT-CACTAACTCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAAATTG--GAGTA--------TAC-ACTGGCCC----G---A-A--GGG-CTAGTAAAAA
gi|88036 : GAAAACT-CGCTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAAATTG--GAGTA--------TGC-ACTGGCCC----A---A-A--GGG-CTAGTAAAAA
gi|88037 : GAAAACC-CACTTGCCCGA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCATGTGGG--G-CTA-----GT--AAATTTC--GAGTA--------TGT-ACTGGCCC----A---A-T--GGG-CTTATAA
gi|88038 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-G-------G-------C-------TGAGTA-----CT-AGCTTTCATGCCAG--G-CTA-----AT--AAATTCT--GAGTG--------TGC-ACTTGCCC----G---A-T--GGA-CTAGTAAAAA
gi|88039 : GAAAACT-CACTAGCCTGA-C-------G-------CCCTCGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCTGA--G-CTA-----GT--AAATTTT--GAGTA--------TGC-GCTGGCCC----G---A-T--GGG-CT
gi|88040 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-T-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GTTAAAATTCT--GAGTA--------TTC-ACTGGCTG----T---A-T--GGG-CAAGTAAAAA
gi|88041 : GAAAATT-CACTAGCCCAA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTTT--GAGTA--------ATA-ACTGGCCC----T---A-C--AGG-CTAGTAAAAA
gi|88042 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACACCGG--G-CTA-----GT--AAATTTC--AAGTA--------TGC-A
gi|88043 : GAAAACT-CACTAGCCCGATC-------GAAA----C-------T----G-----CT-AAATTTCATGCCAG--T-CTATATTAGT--AAATTTC--GAGTACAGTA---TGC-ACTGGCCC----G---A-T--GGG-CTAGTAGAAA
gi|88044 : GAAAACT-CACTGGCCTGA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTTCATGCCGG--G-CTC-----GT--AAAATCA--GACTA--------CAC-ACTGGCCT----G---A-C--GGG-CTAGGGAAAA
gi|88045 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-CACCCAAGG-------C-------T----G-----CT-AGATTTCATGCTCG--G-CTA-----GT--AAATTTC--GAGTA--------TGC-ATTGTCCCTAGTG---ATT--GGG-
gi|88046 : GAAAACT-CACTAGCCTGA-C-------T-------CCCGAGGAT----A-----GT-GGATTTCACACCCG--G-CAA-----GT--AAATTCC---AGTA--------TGC-AATGG-CC----A---A-C--GGGACTAGTAAAAA
gi|88047 : GAAAACTTCACTAGCCTGA-C-------G-------CCCAAGGCT----A-----CT-AGATTACACGCCAGCCG-CTA-----GT--AAA-ATCAGGAGTG--------TGCGACTGGCC---------A-A--GGG-CTAGTAAAA
gi|88048 : AAAACT-TACTAGCCAGA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACAGCGG--G-CTA-----GT--AAATTTC--GAGTA--------TGC-ACTGGCCT----G---A-T--GGG-CTAGTAGAAA
gi|88049 : AAAATT-CATTAGCCCGA-C-------ATCTGAGCC-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAA-TTC--GAGTAG-------TTC-ACTGGCTC----ATCTA-T--GGG-CTAG-AAAAA
gi|88050 : AAAACT-CACTAGCCCGA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--A-CTA-----GT--AAATCTC--GAGTA--------TGC-ATTGGCCC----A---A-T--GGG-CATGTAGAAA
gi|88051 : AAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CA-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTCC--AAGCA--------TTC-ACTGGCCA----T---A-T--GGG-CTAGTAAAAA
gi|88052 : AAAACT-CGCTAGCCCGA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTTC--GAGTA--------TGC-ATTGGC
gi|88053 : AAAACT-CACTAGCCTGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTAAGGCTGG--T-CTA-----GT--AAATTCC--AAGTACCCCGGTTTTC-ATTGGCCC----T---A-T--GGG-CTAGTAAAAA
gi|88054 : AAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTTCATGCTGG--G-CTA-----GT--AAATTCT--GAGTT--------TGC-ACTGGCCT----G---A-C--GGT-CTAGTAAAAA
gi|88055 : AAACTGCACTAGCCGGA-C-------G-------C-------C----GAGGCTTT-CGATTTCACGCCGG--GGCTA-----GT--AAATTCT--GAGT---------TGC-ACTGG-CC----G---A-C---AG-CTAGTAAA
gi|88056 : AAACT-CACTAGCCTGT-C-------G-------C-------T----A-----TTTAAATTTCAGACCGG--G-CTA-----AT--ATGTTCC--GAGTA--------TTT-ACAGACCA----T---A-TACGGT-CTAGTA
Alignments
lowQualScore : 4444444 11111111
lowQualScore : 3 1 5555555 8888888 5555555 3333 44444 1 0 22 1 44444 22 1 22222222 1 5555555 2 2
lowQualScore : . . ....... ....... ....... .... ..... . . .. . ..... .. . ........ . ....... . .
lowQualScore : 5 7 7777777 7777777 2222222 7777 33333 7 7 44 7 33333 44 7 44444444 7 9999999 6 0
consensus : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CG---ACGGG-CTAGTAAAAA
Reference ( family-685 ) : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CG---ACGGG-CTAGTAAAAA
gi|88034 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCTGG--G-CTA-----GT--AAATTC-TGAGTA--------TGC-ATTGGCG--CG---ATGGG-CTAGTAAA
gi|88035 : GAAAACT-CACTAACTCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAAATT-GGAGTA--------TAC-ACTGGCC--CG---AAGGG-CTAGTAAAAA
gi|88036 : GAAAACT-CGCTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAAATT-GGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CA---AAGGG-CTAGTAAAAA
gi|88037 : GAAAACC-CACTTGCCCGA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCATGTGGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGT-ACTGGCC--CA---ATGGG-CTTATAA
gi|88038 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-G-------G-------C-------TGAGTA-----CT-AGCTTTCATGCCAG--G-CTA-----AT--AAATTC-TGAGTG--------TGC-ACTTGCC--CG---ATGGA-CTAGTAAAAA
gi|88039 : GAAAACT-CACTAGCCTGA-C-------G-------CCCTCGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCTGA--G-CTA-----GT--AAATTT-TGAGTA--------TGC-GCTGGCC--CG---ATGGG-CT
gi|88040 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-T-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GTTAAAATTC-TGAGTA--------TTC-ACTGGCT--GT---ATGGG-CAAGTAAAAA
gi|88041 : GAAAATT-CACTAGCCCAA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-TGAGTA--------ATA-ACTGGCC--CT---ACAGG-CTAGTAAAAA
gi|88042 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACACCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CAAGTA--------TGC-A
gi|88043 : GAAAACT-CACTAGCCCGATC-------GAAA----C-------T----G-----CT-AAATTTCATGCCAG--T-CTATATTAGT--AAATTT-CGAGTACAGTA---TGC-ACTGGCC--CG---ATGGG-CTAGTAGAAA
gi|88044 : GAAAACT-CACTGGCCTGA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTTCATGCCGG--G-CTC-----GT--AAAATC-AGACTA--------CAC-ACTGGCC--TG---ACGGG-CTAGGGAAAA
gi|88045 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-CACCCAAGG-------C-------T----G-----CT-AGATTTCATGCTCG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ATTGTCC--C
gi|88046 : GAAAACT-CACTAGCCTGA-C-------T-------CCCGAGGAT----A-----GT-GGATTTCACACCCG--G-CAA-----GT--AAATTC-C-AGTA--------TGC-AATGG-C--CA---ACGGGACTAGTAAAAAtagtgattgggc
gi|88047 : GAAAACTTCACTAGCCTGA-C-------G-------CCCAAGGCT----A-----CT-AGATTACACGCCAGCCG-CTA-----GT--AAAATCAGGAGTG--------TGCGACTGGCC-------AAGGG-CTAGTAAAA
gi|88048 : AAAACT-TACTAGCCAGA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACAGCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--TG---ATGGG-CTAGTAGAAA
gi|88049 : AAAATT-CATTAGCCCGA-C-------ATCTGAGCC-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATT--CGAGTAG-------TTC-ACTGGCT--CATCTATGGG-CTAG-AAAAA
gi|88050 : AAAACT-CACTAGCCCGA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--A-CTA-----GT--AAATCT-CGAGTA--------TGC-ATTGGCC--CA---ATGGG-CATGTAGAAA
gi|88051 : AAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CA-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CAAGCA--------TTC-ACTGGCC--AT---ATGGG-CTAGTAAAAA
gi|88052 : AAAACT-CGCTAGCCCGA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ATTGGC
gi|88053 : AAAACT-CACTAGCCTGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTAAGGCTGG--T-CTA-----GT--AAATTC-CAAGTACCCCGGTTTTC-ATTGGCC--CT---ATGGG-CTAGTAAAAA
gi|88054 : AAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTTCATGCTGG--G-CTA-----GT--AAATTC-TGAGTT--------TGC-ACTGGCC--TG---ACGGT-CTAGTAAAAA
gi|88055 : AAACTGCACTAGCCGGA-C-------G-------C-------C----GAGGCTTT-CGATTTCACGCCGG--GGCTA-----GT--AAATTC-TGAGT---------TGC-ACTGG-C--CG---AC-AG-CTAGTAAA
gi|88056 : AAACT-CACTAGCCTGT-C-------G-------C-------T----A-----TTTAAATTTCAGACCGG--G-CTA-----AT--ATGTTC-CGAGTA--------TTT-ACAGACCATAT---ACGGT-CTAGTA
Alignments
lowQualScore : 4444444 11111111
lowQualScore : 3 1 5555555 8888888 5555555 3333 44444 1 0 22 1 44444 22 1 22222222 1 5555555 2 2
lowQualScore : . . ....... ....... ....... .... ..... . . .. . ..... .. . ........ . ....... . .
lowQualScore : 5 7 7777777 7777777 2222222 7777 33333 7 7 44 7 33333 44 7 44444444 7 9999999 6 0
consensus : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CG---ACGGG-CTAGTAAAAA
Reference ( family-685 ) : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CG---ACGGG-CTAGTAAAAA
gi|88034 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCTGG--G-CTA-----GT--AAATTC-TGAGTA--------TGC-ATTGGCG--CG---ATGGG-CTAGTAAA
gi|88035 : GAAAACT-CACTAACTCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAAATT-GGAGTA--------TAC-ACTGGCC--CG---AAGGG-CTAGTAAAAA
gi|88036 : GAAAACT-CGCTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAAATT-GGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CA---AAGGG-CTAGTAAAAA
gi|88037 : GAAAACC-CACTTGCCCGA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCATGTGGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGT-ACTGGCC--CA---ATGGG-CTTATAA
gi|88038 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-G-------G-------C-------TGAGTA-----CT-AGCTTTCATGCCAG--G-CTA-----AT--AAATTC-TGAGTG--------TGC-ACTTGCC--CG---ATGGA-CTAGTAAAAA
gi|88039 : GAAAACT-CACTAGCCTGA-C-------G-------CCCTCGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCTGA--G-CTA-----GT--AAATTT-TGAGTA--------TGC-GCTGGCC--CG---ATGGG-CT
gi|88040 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-T-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GTTAAAATTC-TGAGTA--------TTC-ACTGGCT--GT---ATGGG-CAAGTAAAAA
gi|88041 : GAAAATT-CACTAGCCCAA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-TGAGTA--------ATA-ACTGGCC--CT---ACAGG-CTAGTAAAAA
gi|88042 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACACCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CAAGTA--------TGC-A
gi|88043 : GAAAACT-CACTAGCCCGATC-------GAAA----C-------T----G-----CT-AAATTTCATGCCAG--T-CTATATTAGT--AAATTT-CGAGTACAGTA---TGC-ACTGGCC--CG---ATGGG-CTAGTAGAAA
gi|88044 : GAAAACT-CACTGGCCTGA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTTCATGCCGG--G-CTC-----GT--AAAATC-AGACTA--------CAC-ACTGGCC--TG---ACGGG-CTAGGGAAAA
gi|88045 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-CACCCAAGG-------C-------T----G-----CT-AGATTTCATGCTCG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ATTGTCC--C
gi|88046 : GAAAACT-CACTAGCCTGA-C-------T-------CCCGAGGAT----A-----GT-GGATTTCACACCCG--G-CAA-----GT--AAATTC-C-AGTA--------TGC-AATGG-C--CA---ACGGGACTAGTAAAAAtagtgattgggc
gi|88047 : GAAAACTTCACTAGCCTGA-C-------G-------CCCAAGGCT----A-----CT-AGATTACACGCCAGCCG-CTA-----GT--AAAATCAGGAGTG--------TGCGACTGGCC-------AAGGG-CTAGTAAAA
gi|88048 : AAAACT-TACTAGCCAGA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACAGCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--TG---ATGGG-CTAGTAGAAA
gi|88049 : AAAATT-CATTAGCCCGA-C-------ATCTGAGCC-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATT--CGAGTAG-------TTC-ACTGGCT--CATCTATGGG-CTAG-AAAAA
gi|88050 : AAAACT-CACTAGCCCGA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--A-CTA-----GT--AAATCT-CGAGTA--------TGC-ATTGGCC--CA---ATGGG-CATGTAGAAA
gi|88051 : AAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CA-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CAAGCA--------TTC-ACTGGCC--AT---ATGGG-CTAGTAAAAA
gi|88052 : AAAACT-CGCTAGCCCGA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ATTGGC
gi|88053 : AAAACT-CACTAGCCTGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTAAGGCTGG--T-CTA-----GT--AAATTC-CAAGTACCCCGGTTTTC-ATTGGCC--CT---ATGGG-CTAGTAAAAA
gi|88054 : AAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTTCATGCTGG--G-CTA-----GT--AAATTC-TGAGTT--------TGC-ACTGGCC--TG---ACGGT-CTAGTAAAAA
gi|88055 : AAACTGCACTAGCCGGA-C-------G-------C-------C----GAGGCTTT-CGATTTCACGCCGG--GGCTA-----GT--AAATTC-TGAGT---------TGC-ACTGG-C--CG---AC-AG-CTAGTAAA
gi|88056 : AAACT-CACTAGCCTGT-C-------G-------C-------T----A-----TTTAAATTTCAGACCGG--G-CTA-----AT--ATGTTC-CGAGTA--------TTT-ACAGACCATAT---ACGGT-CTAGTA
blockSeqs : T T ACCCAAG TCTGAGC CCGAGGC GAGT AGGCT T CC G TATTA TA A CCCCGGTT G CATCT A A
blockSeqs : G . . AAA CCTCGGC . . . . . . . . CAGTA . ATAT A .
blockSeqs : . . . . CCGAGGA . . . . . . . . G . CG T .
blockSeqs : . . . . CCAAGGC . . . . . . . . . . CA T .
blockSeqs : . . . . CTGAGGC . . . . . . . . . . CA T .
blockSeqs : . . . . CCGAGGC . . . . . . . . . . CG T .
blockSeqs : . . . . CTGAGGC . . . . . . . . . . CG C .
blockSeqs : . . . . CCGAGGC . . . . . . . . . . GT T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CT C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CG C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TG A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CA T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TG T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CA T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AT T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CT T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TG C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CG C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CG---ACGGG-CTAGTAAAAA
finalCons : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CG---ACGGG-CTAGTAAAAA
Alignments
lowQualScore : 4444444 11111111
lowQualScore : 3 1 5555555 8888888 5555555 3333 44444 1 0 22 1 44444 22 1 22222222 1 5555555 2 2
lowQualScore : . . ....... ....... ....... .... ..... . . .. . ..... .. . ........ . ....... . .
lowQualScore : 5 7 7777777 7777777 2222222 7777 33333 7 7 44 7 33333 44 7 44444444 7 9999999 6 0
consensus : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CG---ACGGG-CTAGTAAAAA
Reference ( family-685 ) : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CG---ACGGG-CTAGTAAAAA
gi|88034 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCTGG--G-CTA-----GT--AAATTC-TGAGTA--------TGC-ATTGGCG--CG---ATGGG-CTAGTAAA
gi|88035 : GAAAACT-CACTAACTCGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAAATT-GGAGTA--------TAC-ACTGGCC--CG---AAGGG-CTAGTAAAAA
gi|88036 : GAAAACT-CGCTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAAATT-GGAGTA--------TGC-ACTGGCC--CA---AAGGG-CTAGTAAAAA
gi|88037 : GAAAACC-CACTTGCCCGA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCATGTGGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGT-ACTGGCC--CA---ATGGG-CTTATAA
gi|88038 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-G-------G-------C-------TGAGTA-----CT-AGCTTTCATGCCAG--G-CTA-----AT--AAATTC-TGAGTG--------TGC-ACTTGCC--CG---ATGGA-CTAGTAAAAA
gi|88039 : GAAAACT-CACTAGCCTGA-C-------G-------CCCTCGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCTGA--G-CTA-----GT--AAATTT-TGAGTA--------TGC-GCTGGCC--CG---ATGGG-CT
gi|88040 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-T-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GTTAAAATTC-TGAGTA--------TTC-ACTGGCT--GT---ATGGG-CAAGTAAAAA
gi|88041 : GAAAATT-CACTAGCCCAA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-TGAGTA--------ATA-ACTGGCC--CT---ACAGG-CTAGTAAAAA
gi|88042 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-G-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACACCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CAAGTA--------TGC-A
gi|88043 : GAAAACT-CACTAGCCCGATC-------GAAA----C-------T----G-----CT-AAATTTCATGCCAG--T-CTATATTAGT--AAATTT-CGAGTACAGTA---TGC-ACTGGCC--CG---ATGGG-CTAGTAGAAA
gi|88044 : GAAAACT-CACTGGCCTGA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTTCATGCCGG--G-CTC-----GT--AAAATC-AGACTA--------CAC-ACTGGCC--TG---ACGGG-CTAGGGAAAA
gi|88045 : GAAAACT-CACTAGCCCGA-CACCCAAGG-------C-------T----G-----CT-AGATTTCATGCTCG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ATTGTCC--C
gi|88046 : GAAAACT-CACTAGCCTGA-C-------T-------CCCGAGGAT----A-----GT-GGATTTCACACCCG--G-CAA-----GT--AAATTC-C-AGTA--------TGC-AATGG-C--CA---ACGGGACTAGTAAAAAtagtgattgggc
gi|88047 : GAAAACTTCACTAGCCTGA-C-------G-------CCCAAGGCT----A-----CT-AGATTACACGCCAGCCG-CTA-----GT--AAAATCAGGAGTG--------TGCGACTGGCC-------AAGGG-CTAGTAAAA
gi|88048 : AAAACT-TACTAGCCAGA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACAGCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ACTGGCC--TG---ATGGG-CTAGTAGAAA
gi|88049 : AAAATT-CATTAGCCCGA-C-------ATCTGAGCC-------T----A-----CT-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATT--CGAGTAG-------TTC-ACTGGCT--CATCTATGGG-CTAG-AAAAA
gi|88050 : AAAACT-CACTAGCCCGA-C-------A-------C-------T----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--A-CTA-----GT--AAATCT-CGAGTA--------TGC-ATTGGCC--CA---ATGGG-CATGTAGAAA
gi|88051 : AAAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CA-AGATTTCAGGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTC-CAAGCA--------TTC-ACTGGCC--AT---ATGGG-CTAGTAAAAA
gi|88052 : AAAACT-CGCTAGCCCGA-T-------G-------CCTGAGGCT----A-----CT-AGATTTCACGCCGG--G-CTA-----GT--AAATTT-CGAGTA--------TGC-ATTGGC
gi|88053 : AAAACT-CACTAGCCTGA-C-------G-------C-------T----A-----CT-AGATTTAAGGCTGG--T-CTA-----GT--AAATTC-CAAGTACCCCGGTTTTC-ATTGGCC--CT---ATGGG-CTAGTAAAAA
gi|88054 : AAACT-CACTAGCCCGA-C-------G-------CCCGAGGCT----A-----CT-AGATTTCATGCTGG--G-CTA-----GT--AAATTC-TGAGTT--------TGC-ACTGGCC--TG---ACGGT-CTAGTAAAAA
gi|88055 : AAACTGCACTAGCCGGA-C-------G-------C-------C----GAGGCTTT-CGATTTCACGCCGG--GGCTA-----GT--AAATTC-TGAGT---------TGC-ACTGG-C--CG---AC-AG-CTAGTAAA
gi|88056 : AAACT-CACTAGCCTGT-C-------G-------C-------T----A-----TTTAAATTTCAGACCGG--G-CTA-----AT--ATGTTC-CGAGTA--------TTT-ACAGACCATAT---ACGGT-CTAGTA