lowQualScore                  :                                                               222222222222222222                                            77777777777777777777777777777777777777777777777777777777                   11111                11         
lowQualScore                  :                                  1 1 1   66666666  4 4   3333 555555555555555555 33333 0  1 11 0  0 0  0 555   22   22 0  0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 22 0 11   0 0  00000  0   11  0     55         
lowQualScore                  :                                  . . .   ........  . .   .... .................. ..... .  . .. .  . .  . ...   ..   .. .  . ........................................................ .. .. . ..   . .  .....  .   ..  .     ..         
lowQualScore                  :                                  4 4 4   66666666  3 3   0000 333333333333333333 44444 9  7 11 8  8 8  8 777   00   00 8  9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 11 9 22   9 9  55555  9   22  9     22         
consensus                     :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-G-GAG----GG-N---T---T-TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AN-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-G--------T--C-ATCG----T------TC--TTC-----T---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TACTTACGAGGATGTA
Reference ( gi|12015 )        :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-G-GAG----GG-G---T---T-TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-G--------T--C-ATCG----T------TC--TTC-----T---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TACTTTGGAGGATGTA
gi|12009                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-G-GAG----GG-T---T---T-TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-G--------T--C-ATTT----T------TC--TTC-----A---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TTG--AT-TACTTACGAGGGTGTA
gi|12010                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-G-GAG----GG-T---T---T-TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-G--------T--C-ATTT----T------TC--TTC-----A---G--T--A-A--TCA-A-TT-A-C-AA-TCA--AT-TACTTACGAGTATGTA
gi|12016                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-G-GAG----GG-G---T---T-TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-G--------T--C-ATCG----T------TC--TTC-----T---G--T--A-A--TCG-A-TT-
gi|12016                      :                             AATCG-A-T-TAC-----------A-GAA----GA-A---C---G-AT-GACT-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AA-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-------------C-AAAA----C------CC--CTC-----CAA-G--T--A-A--TCG-A-TT-ATT-AA-TCG--AT-TACattaatcgattac
gi|12011                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-G-GAG----GG-T---T---T-TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AA-TAATA-CGA--T-TA-C---------A-G--------T--C-AATT----T------TT--TTC-----A---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TACTTACGAGGATGT
gi|12011                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TG-A-AAA----AA-A---T---T-GA-C--T-----G-TA-A--T-CGTA-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-------------C-AAAA----A------CC--CTC-----CAA-G--T--A-A--TCG-A-TT-
gi|12013                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-G-GAG----GG-T---T---T-TTTG--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CAA--T-AC-C---------A-G--------T--C-A-CT----T------TT--CTC-----A---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-CAAA-TCG--AT-TACTTACGAGGATGTAacaatcgattacttacgaggatgt
gi|12013                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TG-A-GAA----AA-G---T---GACT-G--------G-TA----T-TG-A-TT-AA-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-
gi|12014                      :    aatcgattacttggagggttttttgAATCG-AAT-TAC--------TT-G-GAG----GG-GGTTT---T-TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CAAT-T-TACC---------A-G--------T--C-ACTT----T------TC--TTC-----CA--G--T--A-A--TCG-A-TT-A-CAAA-TCG--AT-TACTTACGAGGATGTacaaatcgattacttacgaggatgta
gi|12014                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TG-G-AAGAAAAGT-G---A---C-TG-G--T-----A--A-A--T-TG-A-TT-AA-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-
gi|12017                      : aatcgaattacttggagggggttttttgAATCG-A-T--AC--------TTTG-GAG----GG-T---T---TGTT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGATGT-TA-C---------A-G--------T--A-ATTT----T------TC--TTC-----A---G--T--A-A--TCG-A--T-A-C-AA-TCG--AT-TACTTACGAGGATGTAacaaatcgattacttacgaggatgt
gi|12031                      :                             AATCG-A-T-TA----------T-A-GGA----GA-A---T---A-AT-GACT-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AA-TAAT--CGA--T-T
gi|12012                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-G-GAG----GGTT---T---T-TT-G--T-----GTTA-A--TGCG-AGTT-AA-TAATAGCGA--T-TA-C---------A-G--------T--CAATTT----T------TA--TTC-----A---G--TAAA-A--TCG-A-TT-A-CAAA-TCG--AT-TACTTACGAGGATGTgtaattaattacttaggagggtgta
gi|12019                      :                             AATCG-A-T-TACATATGTATTT-G-GAG----GG-G---T---T-TT-G--T-----G-CA-A--C-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-G--------T--C-ATTA----T------TC--TT
gi|12020                      :                             AATCG-A-T-T-C--------TT-G-GAG----CA-A---A---T-TT----T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-TG-CAAT--CGA--T-TA-C--------------------T--T-ATCT----T------TT--TTCTG---T---G--T--A-A--TCG-A-TT-G-C-AA-TCG--AT-TATTT
gi|12018                      :                             AATCG-A-TCTAC--------TT-G-AAG----G------T---T-TT-G--------G-TA-A--T-CG-A-T--ATCTAAT--CGA--T--A-C---------A-A--------G--T-ATTT----T------TC--TTC-----A---G--T--A-A--TCG-A-TT-A---------------ACTTACGAGGATGTA
gi|12030                      :                             AATCG-A-T-TACT-------TT-G-GAG----G---------------A--T-----G-TA-A--T-TA-A-TT-AA-TAAT--TGA--T-TA-
gi|12021                      :                             AAACG-A-T-T-T--------TT-G-GAA----CA-A---A---T-TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-TG-GAAT--C-A--T-TA-C--------------------T--C-ACCT----T------TC--TTCTG---T---G--T--A-A--TCG-A--T-G-C-AA-TCG--AT-TATTTgtaatcgattac
gi|12029                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TTAG-GAG----AA-A---------------------G-TA-A--T-CG-A-TT-AA-CAAT--CGA--T-TA-C---------
gi|12028                      :                             AATTG-A-T-TAC--------TT-ACGAG----GG-----------------T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AA-TAAT--CGA--T-TA-C---------gtaatcgattacaggat
gi|12026                      :                             AATCG-A-T-TAC--------TT-ACGAG----GA------------T-G--T-------TA-A--T-CG-A-TT-AA-TAAT--CGA--T-TA-C---------gtaatcgattact
gi|12027                      :                  ttttcgtcaaaAATCG-A-T-TAC--------TT-ACGAG----GATG---T---T-AC-A--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AA-TAAT--CGA--TATA-C---------gtaatcgattact
gi|12027                      :                  ttttgtcaaaaAATCG-A-T-TAC--------AT-G-TAA----CA-T---C---C-TC-G--TAA---G-TA-A--T-CG-A-TT-TG-TAAT--CGA--T-TA-C---------tgtaatcgattact
gi|12022                      :    ttttgtcaaaagtatatcgattattAATCGGA-T-TA---------TT-G-GAG----GA-T---T---T-TT----T-----G-TATA--T-AG-A-TTTAT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A----------T--A-ATCG----TATTACGTCATTTT-----T---GAAT--ACA--TC--A-TT---C-AA-TCGTTAT-TACTTCG--AGATGTAt
gi|12025                      :                             AATTA-A-T-TAC--------TTAG-GAG----GG-----------------T-----G-TA-A--T-TG-A-TT-AA-TAAT--CAA--T-TG-C---------
gi|12017                      :                      gttttccaATCG-A-T-TAC--------T--G-AAG----AA-A---A---A-TT-AC-T-----G-TA-ACAT-CG-A-TT-AA-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-acaatcgattataggagaat
gi|12023                      :     aatcgatactttggagggtttgttgATTG-A-T-TAC-------------GAG----GA-G---TCATT-TT-G--T-----A-TA-A--T-CG-A-TT-AT-CAAC--AGA--C-AA-C---------A-G--------T--C-ATTT----T------TA--TCC-----T---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TACTTAGGAGAAAGTAacaatcgattacttacgaggatgta
gi|12024                      :                                CG-A-T-TAC--------TC-A-AAA-----------------TT-G--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--C-----------------------------------ATTT----T------TC--TTC-----A---G--T--A-A--TCG-A-TT-G-C-AA-TCG--A
gi|12027                      :                                                                  ---T---T-TT-G--TCAAAAG-TATA--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------ATG--------TAAC-ATC-----C------TC--GTA-----A---G--T--A-A--TCG-ATTT-G-T-AA-TCG--AT-TACT
gi|12019                      :                                                                               --T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AA-TAAT--CGG--T-TG-C---------A-
gi|12029                      :                                               aatcgattacatatgtatttggaggggttttg--T-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AC--AAT--CGA--T-TA-CTTAGG----A-G--------A--A-A------------------------------G--T--A-A--TCG-A-TT-AAC-AA-TCG--AT-TACgtcattattctt
gi|12009                      :                                                                                  -----G-TA-A--T-CA-A-TT-GT--AAT--CGA--T-TA-CTGAAGAAA-A-A--------T--G-A--------------------C-----T---G--T--A-A--TCG-A-TTAA-T-AA-TCG--AT-TACggat
gi|12010                      :                                                         aatcgattacttggagggtttttgt-----G-TA-A--T-TG-A-TT-GT--AAT--TGA--T-TA-CTGAAGAAA-A-A--------T--G-A--------------------C-----T---G--T--A-A--TCG-A-TTAA-T-AA-TCG--AT-TACttacgagggtgta
gi|12016                      :                                                         aatcgattacttggagggtttttgt-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AA-TAAT--CGA--T-TA-CTTGG-----A-G--------G-------G----G------TT--TTG-----T---G--T--A-A--TCG-A-TT-ATT-AA-TCG--AT-TACttacgagtatgta
gi|12011                      :                                                         aatcgattacagaagaacgatgact-----G-TA-A--T-CG-A-TT-G--TAAT--CGA--T-TA-CTGAA-----A-A--------A--A-ATTG----------------AC-----T---G--T--A-A--TCGTA-TT-ATT-AA-TCG--AT-TAC
gi|12014                      :                                                         aatcgattacttggagggtttttgt-----G-TA-A--T-CG-A-TT-TG-TAAT--CGA--T-TA-CTGGAAGAAAA-G--------T--G-ACTG---------------------------G--TA-A-A--TTG-A-TTAA-T-AA-TCG--AT-TACttacgaggatgt
gi|12017                      :                                                     aatcgaattacttggagggggttttttgt-----G-TA-A--T-CG-A-TT-GT---AT--CGA--T-TA-CTGAAGAAA-A-A--------T--T-A--------------------C-----T---G--T--A-ACATCG-A-TT-AAT-AA-TCG--AT-TACttacgaggatgt
gi|12023                      :                                                        aatcgatactttggagggtttgttgt-----G-TA-A--T-CG-A-TT-GT--AAT--CGA--T-TA-C---------A-GGATAAAAAT--G-ACTG----TTG----TC--TGT-----T---GA-T--A-A--TCG-A-TT-A-T-Attacgaggatgta
gi|12031                      :                                                           attgattacgaggagtcattttg-----G-TA-A--T-TA-A-TT-AC--AAT--CGA--T-TA-T---------A-GGAGAA---T--A-ATGA-----------------C-----T---G--T--A-A--TCG-A-TTAA-T-AA-TCG--AT-Tttaggagaaagta
gi|12029                      :                                                                                  -----G-TA-A--T-CG-A-TT-GT-TAAT--CGA--T-TA-C--------------------T------------T------TC--TCC-----TAA-G--T--A-A--TCG-A-TT-G-T-AA-TCG--AT-TAC-----AGGATttaggagggtgta
gi|12028                      :                                                                                  -----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A----------C--C-CTCG----------------TA-----A---G--T--A-A--TCA-A-TT-G-T-AA-TCG--AT-TACT
gi|12028                      :                                                                                  -----G-TA-A--T-CG-A-TT-AC--AAT--TGA--T-TA-C--------------------T--T-A--------------------CGAGGGT---G--T--A-A--TCG-A-TTAA-T-AA-TCG--AT-TAC
gi|12026                      :                                                                                  -----G-TA-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-----------A-------------C-ATC-----C------TC--GTA-----A---G--T--A-A--TCG-A-TT-G-T-AA-TCG--AT-TACTt
gi|12026                      :                                                                       ttttcgtcaaa-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AC--AAT--CGA--T-TA-C--------------------T--T-A-CG----A------GG--ATG-----T------T--A-A--TCG-A-TT-AAT-AA-TCG--AT-TACTTTG
gi|12027                      :                                                                           ttttcgt-----G-TA-A--T-CG-A-TT-AC-AAAT--CGA--T-TA-C--------------------T--T-A-CGAGGAT------GT--TACA----T---G--T--A-A--TCG-A-TTAA-T-AA-TCG--ATATACTTTTGAt
gi|12025                      :                                                                             ttttg-----G-CA-A--T-TG-A-TT-AT-TAAT--CAA--T-TA-C---------A-----------------------C------CC--TCC-----TAA-G--T--A-A--TTA-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TA--TAGGAGAATt
gi|12030                      :                                                                                gttttcca-TA-A--T-CA-A-TT-AT-TAAT--TAA--T-TA-C---------A------------------------------TC--CTC-----CAAAG--T--A-A--TCG-A-TT-G-T-AA-TCG--AT-TAC
gi|12031                      :                                                                                          A-A--T-CG-A-TT-AT-TAAT--CGA--T-TA-C---------A-G--------T--C-ATTA----T------TC--TCC-----T---A--T--A-A--TCG-A-TT-G-T-AA-TTA--AT-TACTTAGGAGGGTGTA
gi|12023                      :                                                                                                                                                          ----T------TC--TCC-----TAA-G--T--A-A--TCG-A-TT-G-T-AA-TCG--AT-TAC-----AGGAT
gi|12025                      :                                                                                                 attgattacgaggagtcattttgtataatcgattatcaacagacaacagtcattttt----T------TC--TCC-----T---A--T--A-A--TCG-A-TT-G-T-AA-TTA--AT-TACTTAGGAGGGTGTAagta
gi|12031                      :                                                                                                                                          gttttccagcaattgattattaatcaatC--TCC-----TAA-G--T--A-A--TTA-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TA--TAGGAGAATt
gi|12029                      :                                                                                                                                           aatcgattattaatcgattacagtcatt--TCC-----T---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TACTTAGGAGAAAGTAggtgta
gi|12016                      :                                                                                                                                                              gtaatcgattgttaatcgat---G--T--A-A--TCG-A-TT-AAT-AA-TCG--AT-TAC-TTGGAGGt
gi|12014                      :                                                                                                                          aatcgattacagaagaacgatgactgtaatcgattaataatcgattacacaaaacc---G--T--A-A--TCG-A-TTTG-T-AA-TCG--AT-TAC--TGGAAGA
gi|12030                      :                                                                                                                   aatcgaattacttggagggggttttttgtgtaatcgattattaatcaatttaccagtcacttt---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TACTTTGGAGGATGTAttacgaggatgt
gi|12028                      :                                                                                                                                                               taatcaattattaattaat---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TTG--AT-TACTTACGAGGGTGTA
gi|12026                      :                                                                                                                                                              gtaatcgattattaatcgat---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AA-TCG--AT-TACTTACGAGGATGTt
gi|12027                      :                                                                                                                                                 ttttcgtcaaagtaatcgattattaatcgatta---G--T--A-A--TCG-A-TT-A-C-AAATCG--AT-TACTTACGAGGATGTt
gi|12020                      :                                                                                                                                              ttttgtcaaaagtatatcgattattaatcgattacatgta--T--A-A--TCG-A-TT-G-C-AA-TCG--AT-TACt
gi|12024                      :                                                                                                                                 aatcgattcttggagcaaattttgtaatcgatttgcaatcgattacttatcttttttctgt--TCG-A-TT-G-C-AA-TCG--AT-TACTttt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                           11111111111111111111111       111111                                              
lowQualScore                  :                               2 2 2   99999999  2      6666  2  4  44444  1 3  1   1  1 1    44   1 22  1 88888888888888888888888  22   888888 22  1 22    1   1 3  3   22                  
lowQualScore                  :                               . . .   ........  .      ....  .  .  .....  . .  .   .  . .    ..   . ..  . .......................  ..   ...... ..  . ..    .   . .  .   ..                  
lowQualScore                  :                               5 5 5   11111111  5      9999  4  7  55555  7 3  7   7  7 0    00   7 33  7 55555555555555555555555  33   000000 11  5 11    5   6 2  2   22                  
consensus                     :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----A-GT--CA-TCTT------TC--TTC--N---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
Reference ( family-684 )      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ANTAAT--CGA-T--TA-C----A-GT--CA-TCGT------TC--TTC--T---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12009                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----A-GT--CA-TTTT------TC--TTC--A---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AA-TTG--ATTACTTACGAGGGTGTA
gi|12010                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----A-GT--CA-TTTT------TC--TTC--A---G--TA-A--TCAA-TTA-C-AA-TCA--ATTACTTACGAGTATGTA
gi|12011                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AATAATA-CGA-T--TA-C----A-GT--CA-ATTT------TT--TTC--A---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12012                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GTTA-ATGCGAGTT-AATAATAGCGA-T--TA-C----A-GT--CAATTTT------TA--TTC--A---G--TA-AAATCGA-TTA-C-AAATCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12013                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CAA-T--AC-C----A-GT--CA--CTT------TT--CTC--A---G--TA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12014                      :                          AATCG-AAT-TAC--------TT-GGAGGGGGTTTT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CAATT--TACC----A-GT--CA-CTTT------TC--TTC--CA--G--TA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12015                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----A-GT--CA-TCGT------TC--TTC--T---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12016                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----A-GT--CA-TCGT------TC--TTC--T---G--TA-A--TCGA-TT
gi|12016                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AATAAT--CGA-T--TA-CTTGGA-G-------GGG------TT--TTG--T---G--TA-A--TCGA-TTATT-AA-TCG--ATTACattaatcgattac
gi|12017                      : aatcgattacagaagaacgatgactAATCG-A-T--AC--------TTTGGAGGGT---TTGTT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-TGTTA-C----A-GT--AA-TTTT------TC--TTC--A---G--TA-A--TCGA-T-A-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12018                      :                          AATCG-A-TCTAC--------TT-GAAGG-----TT-TT-G------GT-A-AT-CGA-TA-TCTAAT--CGA-T---A-C----A-AG--TA-TTTT------TC--TTC--A---G--TA-A--TCGA-TTA--------------ACTTACGAGGATGTA
gi|12019                      :                          AATCG-A-T-TACATATGTATTT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GC-A-AC-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----A-GT--CA-TTAT------TC--TT
gi|12020                      :                          AATCG-A-T-T-C--------TT-GGAGCAA---AT-TT--T-----GT-A-AT-CGA-TT-TGCAAT--CGA-T--TA-C-------T--TA-TCTT------TT--TTCTGT---G--TA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12021                      :                          AAACG-A-T-T-T--------TT-GGAACAA---AT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-TGGAAT--C-A-T--TA-C-------T--CA-CCTT------TC--TTCTGT---G--TA-A--TCGA--TG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12022                      :                          AATCGGA-T-TA---------TT-GGAGGAT---TT-TT--T-----GT-ATAT-AGA-TTTATTAAT--CGA-T--TA-C----A--T--AA-TCGTATTACGTCATTTT--T---GAATACA--TC-A-TT--C-AA-TCGTTATTACTT-CGA-GATGTA
gi|12023                      :                           ATTG-A-T-TAC--------GA-GGAGTCA---TT-TT-GT-----AT-A-AT-CGA-TT-ATCAAC--AGA-C--AA-C----A-GT--CA-TTTT------TA--TCC--T---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTAGGAGAAAGTA
gi|12024                      :                             CG-A-T-TAC--------TC-AAAA---------TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAA---------------------T--CA-TTTT------TC--TTC--A---G--TA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--
gi|12025                      :                                                                    -----GC-A-AT-TGA-TT-ATTAAT--CAA-T--TA-C----A-----------C------CC--TCC--TAA-G--TA-A--TTAA-TTA-C-AA-TCG--ATTA--TAGGAGAAT
gi|12026                      :                                                            gttttcca-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA------A-----CA-TC-C------TC--GTA--A---G--TA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12026                      :                                                                                                                                 ttttcgtcaaa---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12027                      :                        ttttcgtcaaagtaatcgattattaatcgatta---TT-TT-GTCAAAAGT-ATAT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----ATGTAACA-TC-C------TC--GTA--A---G--TA-A--TCGATTTG-T-AA-TCG--ATTACTt
gi|12027                      :                                                                                                                                            ---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AAATCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12028                      :                            ttttgtcaaaagtatatcgattattaatcgattacatgta-----GT-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----A--C--CC-TCG------------TA--A---G--TA-A--TCAA-TTG-T-AA-TCG--ATTACTt
gi|12029                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-GTTAAT--CGA-T--TA-C-------------T--T------TC--TCC--TAA-G--TA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC-----AGGAT
gi|12030                      :                                                                          T-A-AT-CAA-TT-ATTAAT--TAA-T--TA-C----A------------------TC--CTC--CAAAG--TA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC
gi|12030                      :                                                                                                                                            ---G--TA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12031                      :                                                        taatcaattattaattaat-A-AT-CGA-TT-ATTAAT--CGA-T--TA-C----A-GT--CA-TTAT------TC--TCC--T---A--TA-A--TCGA-TTG-T-AA-TTA--ATTACTTAGGAGGGTGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                             11111111111                                                                     
lowQualScore                  :                               2 2 2   99999999  2      6666  2  4  44444  1 3  1   1  1  1    44   1 22  1  33333333333  2222 5555555    1 88888   1 22    1   1 3  1   22                  
lowQualScore                  :                               . . .   ........  .      ....  .  .  .....  . .  .   .  .  .    ..   . ..  .  ...........  .... .......    . .....   . ..    .   . .  .   ..                  
lowQualScore                  :                               5 5 5   11111111  5      9999  4  7  55555  7 3  7   7  7  7    00   7 33  7  99999999999  7777 4444444    7 11111   7 33    7   7 5  7   44                  
consensus                     :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA-----GT----CA-TCTT-------TCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
Reference ( family-684 )      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA-----GT----CA-TCTT-------TCTT-C--N--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12009                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA-----GT----CA-TTTT-------TCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TTG--ATTACTTACGAGGGTGTA
gi|12010                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA-----GT----CA-TTTT-------TCTT-C--A--GTA-A--TCAA-TTA-C-AA-TCA--ATTACTTACGAGTATGTA
gi|12011                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AA-TAATA-CGA-T--TA-CA-----GT----CA-ATTT-------TTTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12012                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GTTA-ATGCGAGTT-AA-TAATAGCGA-T--TA-CA-----GT----CAATTTT-------TATT-C--A--GTA-AAATCGA-TTA-C-AAATCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12013                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CAA-T--AC-CA-----GT----CA--CTT-------TTCT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12014                      :                          AATCG-AAT-TAC--------TT-GGAGGGGGTTTT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CAATT--TACCA-----GT----CA-CTTT-------TCTTCC--A--GTA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12015                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA-----GT----CA-TCGT-------TCTT-C--T--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12016                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA-----GT----CA-TCGT-------TCTT-C--T--GTA-A--TCGA-TT
gi|12016                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AA-TAAT--CGA-T--TA------------------CTTGGAGGGGTTTT-G--T--GTA-A--TCGA-TTATT-AA-TCG--ATTACattaatcgattac
gi|12017                      : aatcgattacagaagaacgatgactAATCG-A-T--AC--------TTTGGAGGGT---TTGTT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-TGTTA-CA-----GT----AA-TTTT-------TCTT-C--A--GTA-A--TCGA-T-A-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12018                      :                          AATCG-A-TCTAC--------TT-GAAGG-----TT-TT-G------GT-A-AT-CGA-T--ATCTAAT--CGA-T---A-CA-----AG----TA-TTTT-------TCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA--------------ACTTACGAGGATGTA
gi|12019                      :                          AATCG-A-T-TACATATGTATTT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GC-A-AC-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA-----GT----CA-TTAT-------TCTT-
gi|12020                      :                          AATCG-A-T-T-C--------TT-GGAGCAA---AT-TT--T-----GT-A-AT-CGA-TT-TG-CAAT--CGA-T--TA-C-------T----TA-TCTT-------TTTT-CTGT--GTA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12021                      :                          AAACG-A-T-T-T--------TT-GGAACAA---AT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-TG-GAAT--C-A-T--TA-C-------T----CA-CCTT-------TCTT-CTGT--GTA-A--TCGA--TG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12022                      :                          AATCGGA-T-TA---------TT-GGAGGAT---TT-TT--T-----GT-ATAT-AGA-TTTAT-TAAT--CGA-T--TA-CATAATCGTATTACG-TCAT-------TTTT-G--A--ATACA--TC-A-TT--C-AA-TCGTTATTACTT-CGA-GATGTA
gi|12023                      :                           ATTG-A-T-TAC--------GA-GGAGTCA---TT-TT-GT-----AT-A-AT-CGA-TT-AT-CAAC--AGA-C--AA-CA-----GT----CA-TTTT-------TATC-C--T--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTAGGAGAAAGTA
gi|12024                      :                             CG-A-T-TAC--------TC-AAAA---------TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAA---------------------T----CA-TTTT-------TCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--
gi|12025                      :                                                                    -----GC-A-AT-TGA-TT-AT-TAAT--CAA-T--TA-CA---------------CCC-------TCCT-A--A--GTA-A--TTAA-TTA-C-AA-TCG--ATTA--TAGGAGAAT
gi|12026                      :                                                            gttttcca-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA--A-----------CA-TC-C-------TCGT-A--A--GTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12027                      :                                              ttttcgtcaaa---TT-TT-GTCAAAAGT-ATAT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CAT----GTAA--CA-TC-C-------TCGT-A--A--GTA-A--TCGATTTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12028                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA---------------CCC-------TCGT-A--A--GTA-A--TCAA-TTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12029                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-GT-TAAT--CGA-T--TA-C---------------TTTC-------TCCT-A--A--GTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC-----AGGAT
gi|12030                      :                                                                          T-A-AT-CAA-TT-AT-TAAT--TAA-T--TA-CA-----------------T-------CCTC-C--AAAGTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC
gi|12030                      :                                                                                                                                               --GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12031                      :                                                        taatcaattattaattaat-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-CA-----GT----CA-TTAT-------TCTC-C--T--ATA-A--TCGA-TTG-T-AA-TTA--ATTACTTAGGAGGGTGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                            1111111111111111                                                              
lowQualScore                  :                               2 2 2   99999999  2      6666  2  4  44444  1 3  1   1  1  1    44   1 22  1 4444444444444444  3333     1 77777   1 22    1   444  1   22                  
lowQualScore                  :                               . . .   ........  .      ....  .  .  .....  . .  .   .  .  .    ..   . ..  . ................  ....     . .....   . ..    .   ...  .   ..                  
lowQualScore                  :                               5 5 5   11111111  5      9999  4  7  55555  7 3  7   7  7  7    00   7 33  7 5555555555555555  3333     6 55555   6 22    6   111  7   33                  
consensus                     :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
Reference ( family-684 )      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12009                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TTG--ATTACTTACGAGGGTGTA
gi|12010                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCAA-TTA-C-AA-TCA--ATTACTTACGAGTATGTA
gi|12011                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AA-TAATA-CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-ATTTTTTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12012                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GTTA-ATGCGAGTT-AA-TAATAGCGA-T--TA-C----A-----GT----CAATTTTTATT-C--A--GTA-AAATCGA-TTA-C-AAATCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12013                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CAA-T--AC-C----A-----GT----CA--CTTTTCT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12014                      :                          AATCG-AAT-TAC--------TT-GGAGGGGGTTTT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CAATT--TACC----A-----GT----CA-CTTTTCTTCC--A--GTA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12015                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCGTTCTT-C--T--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12016                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCGTTCTT-C--T--GTA-A--TCGA-TT
gi|12016                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AA-TAAT--CGA-T--TA-CTTGGA-----GG----GG-T-TTTGT--------GTA-A--TCGA-TTATT-AA-TCG--ATTACattaatcgattac
gi|12017                      : aatcgattacagaagaacgatgactAATCG-A-T--AC--------TTTGGAGGGT---TTGTT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-TGTTA-C----A-----GT----AA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-T-A-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12018                      :                          AATCG-A-TCTAC--------TT-GAAGG-----TT-TT-G------GT-A-AT-CGA-T--ATCTAAT--CGA-T---A-C----A-----AG----TA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA--------------ACTTACGAGGATGTA
gi|12019                      :                          AATCG-A-T-TACATATGTATTT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GC-A-AC-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTATTCTT-
gi|12020                      :                          AATCG-A-T-T-C--------TT-GGAGCAA---AT-TT--T-----GT-A-AT-CGA-TT-TG-CAAT--CGA-T--TA-C-----------T----TA-TCTTTTTT-CTGT--GTA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12021                      :                          AAACG-A-T-T-T--------TT-GGAACAA---AT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-TG-GAAT--C-A-T--TA-C-----------T----CA-CCTTTCTT-CTGT--GTA-A--TCGA--TG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12022                      :                          AATCGGA-T-TA---------TT-GGAGGAT---TT-TT--T-----GT-ATAT-AGA-TTTAT-TAAT--CGA-T--TA-C----ATAATCGTATTACG-TCATTTTT-G--A--ATACA--TC-A-TT--C-AA-TCGTTATTACTT-CGA-GATGTA
gi|12023                      :                           ATTG-A-T-TAC--------GA-GGAGTCA---TT-TT-GT-----AT-A-AT-CGA-TT-AT-CAAC--AGA-C--AA-C----A-----GT----CA-TTTTTATC-C--T--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTAGGAGAAAGTA
gi|12024                      :                             CG-A-T-TAC--------TC-AAAA---------TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAA-------------------------T----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--
gi|12025                      :                                                                    -----GC-A-AT-TGA-TT-AT-TAAT--CAA-T--TA-C----A---------------CCCTCCT-A--A--GTA-A--TTAA-TTA-C-AA-TCG--ATTA--TAGGAGAAT
gi|12026                      :                                                                                                                         gttttccaTTTCGT-C--AAAGTA-A--TCGA-TTATT-AA-TCG--ATTA
gi|12026                      :                                                                   t-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA------A-----------CA-TC-CTCGT-A--A--GTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTACTacatcctcgtaagtaatcgattgtaatcgattact
gi|12027                      :                                              ttttcgtcaaa---TT-TT-GTCAAAAGT-ATAT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----AT----GTAA--CA-TC-CTCGT-A--A--GTA-A--TCGATTTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12028                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A---------------CCCTCGT-A--A--GTA-A--TCAA-TTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12029                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-GT-TAAT--CGA-T--TA-C-------------------TTTCTCCT-A--A--GTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC-----AGGAT
gi|12030                      :                                                                          T-A-AT-CAA-TT-AT-TAAT--TAA-T--TA-C----A-----------------TCCTC-C--AAAGTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC
gi|12030                      :                                                                                                                                            --GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12031                      :                                                        taatcaattattaattaat-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTATTCTC-C--T--ATA-A--TCGA-TTG-T-AA-TTA--ATTACTTAGGAGGGTGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                            1111111111111111                                                              
lowQualScore                  :                               2 2 2   99999999  2      6666  2  4  44444  1 3  1   1  1  1    44   1 22  1 4444444444444444  3333     1 77777   1 22    1   444  1   22                  
lowQualScore                  :                               . . .   ........  .      ....  .  .  .....  . .  .   .  .  .    ..   . ..  . ................  ....     . .....   . ..    .   ...  .   ..                  
lowQualScore                  :                               5 5 5   11111111  5      9999  4  7  55555  7 3  7   7  7  7    00   7 33  7 5555555555555555  3333     6 55555   6 22    6   111  7   33                  
consensus                     :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
Reference ( family-684 )      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12009                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TTG--ATTACTTACGAGGGTGTA
gi|12010                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCAA-TTA-C-AA-TCA--ATTACTTACGAGTATGTA
gi|12011                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AA-TAATA-CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-ATTTTTTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12012                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GTTA-ATGCGAGTT-AA-TAATAGCGA-T--TA-C----A-----GT----CAATTTTTATT-C--A--GTA-AAATCGA-TTA-C-AAATCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12013                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CAA-T--AC-C----A-----GT----CA--CTTTTCT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12014                      :                          AATCG-AAT-TAC--------TT-GGAGGGGGTTTT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CAATT--TACC----A-----GT----CA-CTTTTCTTCC--A--GTA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12015                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCGTTCTT-C--T--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12016                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCGTTCTT-C--T--GTA-A--TCGA-TT
gi|12016                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AA-TAAT--CGA-T--TA-CTTGGA-----GG----GG-T-TTTGT--------GTA-A--TCGA-TTATT-AA-TCG--ATTACattaatcgattac
gi|12017                      : aatcgattacagaagaacgatgactAATCG-A-T--AC--------TTTGGAGGGT---TTGTT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-TGTTA-C----A-----GT----AA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-T-A-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12018                      :                          AATCG-A-TCTAC--------TT-GAAGG-----TT-TT-G------GT-A-AT-CGA-T--ATCTAAT--CGA-T---A-C----A-----AG----TA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA--------------ACTTACGAGGATGTA
gi|12019                      :                          AATCG-A-T-TACATATGTATTT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GC-A-AC-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTATTCTT-
gi|12020                      :                          AATCG-A-T-T-C--------TT-GGAGCAA---AT-TT--T-----GT-A-AT-CGA-TT-TG-CAAT--CGA-T--TA-C-----------T----TA-TCTTTTTT-CTGT--GTA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12021                      :                          AAACG-A-T-T-T--------TT-GGAACAA---AT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-TG-GAAT--C-A-T--TA-C-----------T----CA-CCTTTCTT-CTGT--GTA-A--TCGA--TG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12022                      :                          AATCGGA-T-TA---------TT-GGAGGAT---TT-TT--T-----GT-ATAT-AGA-TTTAT-TAAT--CGA-T--TA-C----ATAATCGTATTACG-TCATTTTT-G--A--ATACA--TC-A-TT--C-AA-TCGTTATTACTT-CGA-GATGTA
gi|12023                      :                           ATTG-A-T-TAC--------GA-GGAGTCA---TT-TT-GT-----AT-A-AT-CGA-TT-AT-CAAC--AGA-C--AA-C----A-----GT----CA-TTTTTATC-C--T--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTAGGAGAAAGTA
gi|12024                      :                             CG-A-T-TAC--------TC-AAAA---------TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAA-------------------------T----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--
gi|12025                      :                                                                    -----GC-A-AT-TGA-TT-AT-TAAT--CAA-T--TA-C----A---------------CCCTCCT-A--A--GTA-A--TTAA-TTA-C-AA-TCG--ATTA--TAGGAGAAT
gi|12026                      :                                                                                                                         gttttccaTTTCGT-C--AAAGTA-A--TCGA-TTATT-AA-TCG--ATTA
gi|12026                      :                                                                   t-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA------A-----------CA-TC-CTCGT-A--A--GTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTACTacatcctcgtaagtaatcgattgtaatcgattact
gi|12027                      :                                              ttttcgtcaaa---TT-TT-GTCAAAAGT-ATAT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----AT----GTAA--CA-TC-CTCGT-A--A--GTA-A--TCGATTTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12028                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A---------------CCCTCGT-A--A--GTA-A--TCAA-TTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12029                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-GT-TAAT--CGA-T--TA-C-------------------TTTCTCCT-A--A--GTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC-----AGGAT
gi|12030                      :                                                                          T-A-AT-CAA-TT-AT-TAAT--TAA-T--TA-C----A-----------------TCCTC-C--AAAGTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC
gi|12030                      :                                                                                                                                            --GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12031                      :                                                        taatcaattattaattaat-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTATTCTC-C--T--ATA-A--TCGA-TTG-T-AA-TTA--ATTACTTAGGAGGGTGTA


blockSeqs                     :                               G A C   ATATGTAT  T      GGTT  G  T  CAAAA  T T  G   G  T  C    AG   T GT  C ATAATCGTATTA      ATTT     C TGT     C AA    T   CA   A   TT
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      T     .  T  .      . T  .   .  .  .    A    . .   . TTGGAGG           TTT      . TGT     . .     .   CA   .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      T     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . ATGTAA            ATT      . AAA     . .     .   TT   .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      T     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               CTT      . AAA     . .     .   TT   .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      T     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TCG      . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      G     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TCG      . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      G     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TTT      . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      T     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TTT      . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      G     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TTA      . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      A     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TCT      . T       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      A     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               CCT      . T       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      T     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AAG               TCA      . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      A     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TTT      . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      .     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TTT      . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                               . . .   .         .      .     .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . AGT               TTT      . T       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                                                              .  .  .      . .  .   .  .  .    .    . .   . T                 TTA      . A       . .     .   T    .   . 
blockSeqs                     :                                                                    .      . .  .   .  .  .    .    . .   . T                 CT       . A       . .     .   T    .   . 
blockSeqs                     :                                                                    .      . .  .   .  .  .    .    . .   . T                 TT       . A       . .     .   T    .   . 
blockSeqs                     :                                                                    .      . .  .   .  .  .    .    . .   . A                 CC       . A       . .     .   T    .   . 
blockSeqs                     :                                                                    .      . .  .   .  .  .    .    . .   . A                 TC       . A       . .     .   T    .   . 
blockSeqs                     :                                                                    .      . .  .   .  .  .    .    . .   . A                 TC       . A       . .     .   C    .   . 
blockSeqs                     :                                                                           . .  .   .  .  .    .    . .   . A                 CC       . T       . .     .   T    .   . 
blockSeqs                     :                                                                           . .  .   .  .  .    .    . .   . .                 .        . .       . .     .   .    .   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                       .         . .     .              


blockSeqCons                  :                          
originalCons                  :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
finalCons                     :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                            1111111111111111                                                              
lowQualScore                  :                               2 2 2   99999999  2      6666  2  4  44444  1 3  1   1  1  1    44   1 22  1 4444444444444444  3333     1 77777   1 22    1   444  1   22                  
lowQualScore                  :                               . . .   ........  .      ....  .  .  .....  . .  .   .  .  .    ..   . ..  . ................  ....     . .....   . ..    .   ...  .   ..                  
lowQualScore                  :                               5 5 5   11111111  5      9999  4  7  55555  7 3  7   7  7  7    00   7 33  7 5555555555555555  3333     6 55555   6 22    6   111  7   33                  
consensus                     :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
Reference ( family-684 )      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGN---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12009                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TTG--ATTACTTACGAGGGTGTA
gi|12010                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCAA-TTA-C-AA-TCA--ATTACTTACGAGTATGTA
gi|12011                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AA-TAATA-CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-ATTTTTTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12012                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GTTA-ATGCGAGTT-AA-TAATAGCGA-T--TA-C----A-----GT----CAATTTTTATT-C--A--GTA-AAATCGA-TTA-C-AAATCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12013                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGT---TT-TTTGT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CAA-T--AC-C----A-----GT----CA--CTTTTCT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12014                      :                          AATCG-AAT-TAC--------TT-GGAGGGGGTTTT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CAATT--TACC----A-----GT----CA-CTTTTCTTCC--A--GTA-A--TCGA-TTA-CAAA-TCG--ATTACTTACGAGGATGT
gi|12015                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCGTTCTT-C--T--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12016                      :                          AATCG-A-T-TAC--------TT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TCGTTCTT-C--T--GTA-A--TCGA-TT
gi|12016                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AA-TAAT--CGA-T--TA-CTTGGA-----GG----GG-T-TTTGT--------GTA-A--TCGA-TTATT-AA-TCG--ATTACattaatcgattac
gi|12017                      : aatcgattacagaagaacgatgactAATCG-A-T--AC--------TTTGGAGGGT---TTGTT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-TGTTA-C----A-----GT----AA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-T-A-C-AA-TCG--ATTACTTACGAGGATGTA
gi|12018                      :                          AATCG-A-TCTAC--------TT-GAAGG-----TT-TT-G------GT-A-AT-CGA-T--ATCTAAT--CGA-T---A-C----A-----AG----TA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTA--------------ACTTACGAGGATGTA
gi|12019                      :                          AATCG-A-T-TACATATGTATTT-GGAGGGG---TT-TT-GT-----GC-A-AC-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTATTCTT-
gi|12020                      :                          AATCG-A-T-T-C--------TT-GGAGCAA---AT-TT--T-----GT-A-AT-CGA-TT-TG-CAAT--CGA-T--TA-C-----------T----TA-TCTTTTTT-CTGT--GTA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12021                      :                          AAACG-A-T-T-T--------TT-GGAACAA---AT-TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-TG-GAAT--C-A-T--TA-C-----------T----CA-CCTTTCTT-CTGT--GTA-A--TCGA--TG-C-AA-TCG--ATTATTT
gi|12022                      :                          AATCGGA-T-TA---------TT-GGAGGAT---TT-TT--T-----GT-ATAT-AGA-TTTAT-TAAT--CGA-T--TA-C----ATAATCGTATTACG-TCATTTTT-G--A--ATACA--TC-A-TT--C-AA-TCGTTATTACTT-CGA-GATGTA
gi|12023                      :                           ATTG-A-T-TAC--------GA-GGAGTCA---TT-TT-GT-----AT-A-AT-CGA-TT-AT-CAAC--AGA-C--AA-C----A-----GT----CA-TTTTTATC-C--T--GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTAGGAGAAAGTA
gi|12024                      :                             CG-A-T-TAC--------TC-AAAA---------TT-GT-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAA-------------------------T----CA-TTTTTCTT-C--A--GTA-A--TCGA-TTG-C-AA-TCG--
gi|12025                      :                                                                    -----GC-A-AT-TGA-TT-AT-TAAT--CAA-T--TA-C----A---------------CCCTCCT-A--A--GTA-A--TTAA-TTA-C-AA-TCG--ATTA--TAGGAGAAT
gi|12026                      :                                                                                                                         gttttccaTTTCGT-C--AAAGTA-A--TCGA-TTATT-AA-TCG--ATTA
gi|12026                      :                                                                   t-----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA------A-----------CA-TC-CTCGT-A--A--GTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTACTacatcctcgtaagtaatcgattgtaatcgattact
gi|12027                      :                                              ttttcgtcaaa---TT-TT-GTCAAAAGT-ATAT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----AT----GTAA--CA-TC-CTCGT-A--A--GTA-A--TCGATTTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12028                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A---------------CCCTCGT-A--A--GTA-A--TCAA-TTG-T-AA-TCG--ATTACT
gi|12029                      :                                                                    -----GT-A-AT-CGA-TT-GT-TAAT--CGA-T--TA-C-------------------TTTCTCCT-A--A--GTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC-----AGGAT
gi|12030                      :                                                                          T-A-AT-CAA-TT-AT-TAAT--TAA-T--TA-C----A-----------------TCCTC-C--AAAGTA-A--TCGA-TTG-T-AA-TCG--ATTAC
gi|12030                      :                                                                                                                                            --GTA-A--TCGA-TTA-C-AA-TCG--ATTACTTTGGAGGATGTA
gi|12031                      :                                                        taatcaattattaattaat-A-AT-CGA-TT-AT-TAAT--CGA-T--TA-C----A-----GT----CA-TTATTCTC-C--T--ATA-A--TCGA-TTG-T-AA-TTA--ATTACTTAGGAGGGTGTA