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Reference ( gi|94395 ) : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TG-CAC-AA-A-C-GTCAC--CAAT--A---CAA---AT----TC-----A----A-T---C----AG-TCAATCA-AT-A---AATC-A-----ATCAATAAAT
gi|94396 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT----TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGAT-AA-A--CG-CA--A-G-TG-CAC-AA-A-C-GTCAC--CAAT--A---CAA---AT----TT-----A----A-T---C----AA-TCAATCA-GT-C---AATG-A-----ATCAATCAAT
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Reference ( family-683 ) : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---N--CAA---AT----TC-----A----A---T---C----AG-TC-AA-TCA-AT-----AAATC--AAT-CAATNAAT
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Reference ( family-683 ) : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---T--CAA---AT----TC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-AT-AAAT-C--AAT-C-AATCAAT
gi|94395 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---A--CAA---AT----TC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-AT-AAAT-C--AAT-C-AATAAAT
gi|94396 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT----TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGAT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---A--CAA---AT----TT-----A----A---TC----AA-TC-AA-TCA-GT-CAAT-G--AAT-C-AATCAAT
gi|94397 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AATAT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC----A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--AGG-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---T--CAA---ATTCAATC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-ATAAAAT-C--AAT-C-AAT
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gi|94399 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--A-CC-C----AA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AACA--CC-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-ATCAC----CAAT---A--CAATTCAA----TC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-AT--ATT-C--AAT-C-AATCAAT
gi|94400 : CCTCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AG-AT--G-TG-AT-G--A-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--CAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-AA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---A--CAA---AT----TC-----A----A---TC----AA-TC-AG-TCA-AT-CAA--C--AAT-T-AA
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Alignments
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---T--CAA---AT----TC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-AT-AAAT-C--AAT-C-AATCAAT
finalCons : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---T--CAA---AT----TC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-AT-AAAT-C--AAT-C-AATCAAT
Alignments
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lowQualScore : 2 2 2 4 22 3 1 88888 3 1 1 1 22 11 1 1 1 22 1 1 2222 1 22 1 66 1 44 1 55 55 3 1 3 1 3 44 3 22 1 1 1 1 44 1 3 6666 999999 666 9999 00000 4444 555 4444 4 2 2 4 11 2 444 2 2
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lowQualScore : 0 0 0 0 88 8 9 88888 6 8 8 8 99 11 8 8 7 44 7 7 0000 7 44 7 55 7 11 7 99 99 5 7 5 7 5 88 5 44 7 7 7 7 11 7 5 4444 666666 222 8888 55555 2222 555 2222 0 0 0 0 55 2 999 2 4
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Reference ( family-683 ) : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---T--CAA---AT----TC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-AT-AAAT-C--AAT-C-AATCAAT
gi|94395 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---A--CAA---AT----TC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-AT-AAAT-C--AAT-C-AATAAAT
gi|94396 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT----TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGAT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---A--CAA---AT----TT-----A----A---TC----AA-TC-AA-TCA-GT-CAAT-G--AAT-C-AATCAAT
gi|94397 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AATAT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC----A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--AGG-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---T--CAA---ATTCAATC-----A----A---TC----AG-TC-AA-TCA-ATAAAAT-C--AAT-C-AAT
gi|94398 : CCCCTC-A-AACA-A--T-CA-T-----CC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAGC-C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCACAA-A--A-C-GTCAC----CAAT---T--CAA---AT----TCAATCAA----A---TC----AG-TC-AA-TCA-ATAAAAT-C--AAT-C-
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gi|94400 : CCTCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AG-AT--G-TG-AT-G--A-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--CAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-AA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---A--CAA---AT----TC-----A----A---TC----AA-TC-AG-TCA-AT-CAA--C--AAT-T-AA
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gi|94402 : CCCGTC-A-A-CA-A--TTCA-A-----TCCA-AT-C-AA--T--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-TA-GAGC-C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-AC-A-C-GTCAC----CAAT---T--CAA---AT----TA-----A----A---TC----AA-TC-AA-TC--AT-AAA-----AAT-CAAATCAAT
gi|94403 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG--C-G--G-TC-C----CA-AG--T-G-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-G--CGACA--A-G-TGCAC-A-A--A-CAGTCAC----CAAT---T--CAA---AC----TCA----A----A---TC----AGATC-AA-TCA-ATAAAAT-C---AT-C-AA
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gi|94405 : CCCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-A---G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGC-C-ACA--A-C-GC--C----CAAT---T--CA
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gi|94408 : CCCCTC-A-C-CA-A--T-CA-A-----TC---AT-CAAA-ATG-G-TG-AC-G--GCCC-C----CA-AGCCTGGCGC--G-AC-AT-T--GAGCCC-A-CTGGGGT-AA-A--CG-CA--A-GATGCAC-A-A--A-C-AT-AC----CA-----T--TAA---AT----TC-----A----ATCCTC----AG-TC-AA-TCA-AT-CAATAA--AAT-C-TATCA
gi|94409 : CCGCTC-A-A-AA-A--T-CA-AAATCATC-A-AT-T-AA-TTT-G-TG-ACCGATG-CCTC----CAGAG--TGG-GC--GGA--AT-T--GAG--C-A-CTTGGGT-AA-A--CG-CCCCA-G-TG-AC-A-A--ATC-GTCAT----CAAT---A--CAA---AT----TA-----AGATCA---TC----AG-TC-AA-TCA-AT-
gi|94410 : CTCCTCTA-A-CA-A--T-GGTA-----T--A-ATGC-AA-----G-TG-CC-G--A-CC-C-----A-AG--TGG-GC--T-A--ATCT--GTG--C-A-CT-GGGT-AA-A---G-CA--A-G-TTCTC-A-A--A-T-G
gi|94411 : CCCTC-A-A-CA-A--T-CA-A-----TC-A-AT-C-AA-AT--G-TG-AC-G--G-CC-C----CA-AG--TGG-GC--G-A--AT-T--GAG--C-A-CT-GGGT-AA-A--CG-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---A--CAA---AT----TC-----A----A---TCAATGAG-TC-AA-TCA-AT-CATT-C--AAT-C-AATCAATcaaaatac
gi|94412 : CCTC-GCA-CA-A-----A-A------C-A-AT-A-AA-ATATG-TG-AT-T--G-CC-CAT--CA-A---TAG-ACTCG-ATCAT-T--GTG--C-A-AT-GGGT-AG-G--TG-TA--A-A-TGCAC-A-A--G-C-GTCAC----AAATACAT--CAA---ATCA--TC-----A----AT--TC----AG-----A-TCACAC-AAAT-C---AT-C-AAT
gi|94413 : CTC-C-A-CA-A--T-GA-AAAGG-TT-ACAG-C-AA-----G-TG-AC-A--A-CC-CA---CA-AA--CGG-GT--A-A--AT-TT-GTG--C-A-CT-GGGT-TA-ATTCT-CA--A-G-CGCAC-A-A--A-T-GTCAC----CAAT---
gi|94414 : C-A-A-CA-AAAT-CA--------C-A-AC-A-AA-ATAGG-TG-AC-G--G-TC-CAAATCA-AA--TAG-AC--T-C--AT-T--GTG--C-A-AT-GG-T-AG-G--CGGCA--A-A-TGCAC-A-A--A-C-GTCA-----CAA-------CAA---CA----TC-----A----A---TC----A--TC-AATTCA-Aac
gi|94415 : -CA-A-----CA-A-AT-C-AA-----G-TG-AC-G--A-CC-CA---CA-AG--TGG-GTT-G-A--TT-T--GTG--C-A-CT-GGGT-TG-ATTCT-CA--A-G-TGCAC-A-A--A-C-GTCAC----CAAT---A--CAA---GT----TA-----A----G---TA----AA-AC-AA-TCA----AAGT-C--AAT-gtcacacaaaaatc
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gi|94417 : C-G--G-TC-C----CA-TA--TGA-AT--G-A--AA-T--GTT--C-A--T-GAGT-GGGA--CG-TA--A-A-ATAAC-A-ACAA-C-AACAA----CAA-------CAA---------TC-----A----A---TC----AA-TC-AA-TCA-AT-CAAT-C--AAT-C-AATCAAT