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Reference ( gi|116149 )       : TTTC-G-TCTCT--G-T-CACG---T-AT--T--ACT-A---AA-TA-TC--ACG-T--T--C-A-GTGACATTTT--TAA-G-A-GAGAA--GGCAT-GTAA-CT-CTTT-TCACGTCG-TCTGCG-TC-A-CCTG-GTTG-A---AACTTCGT-TT-G-A--T-TTTT-CATTC-A-----A-A-G-CA-AGTC-AAAATG--TTGGAT-ATG--C-----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AG-ACA--TT-C-TTC-TTTACG-TTCGTGCTTCCCTTA---TATT-TTTC-AA-ACTC-G-CCAATATT
gi|116147                     : TTTC-G-TCTCTCTG-T-CACG---T-AT--T--ACT-A---AA-TA-TC--ATG-T--T--C-A-GT-ACATTAT--AAA-G-A-GAGAA--GGCAT-GCAA-CT-CTTT-TCACGTCG-TCTGCC-TC-A-CCTG-GTAG-A---AACTTCGC-TC-G-A--T-TTTT-CATTCAA-----A-A-G-CA-AGTCAAAAATG--TTGGAT-ATG--C-----A-TATATCAA-T-ACATTGG-T--AG-ACA--TT-C-TTCTTTTACG-TTCGTGCTT-CCTTA---TATT-TTTC-AA-ACTC-G-TC-ATATT
gi|116148                     : TTTC-G-T-TCT--G-T-CACG---T-AT--T--ACT-A---AAATA-TC--ATG-T--T--C-A-GTGACATTAT--AAA-G-A-GAGAA--GGCAT-GCAAACT-CTTTCTTACGTCG-TCTGCC-TC-A-CCTG-GTAG-A---AACTTCGC-CTCG-A--T-TTTT-CATTC-A-----A-A-G-CA-AGTC-AA------TTGGAT-ATG--C-----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AG-ACATGTT-C-TTC-TTTACG-TTCGTGCTTCCTT-----TATT-TTTC-AA-ACTC-G-TCAATATT
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Reference ( family-682 )      : TTTC-G-TCTCT--G-T-CACG---T-ATT--ACT-AAA-TA-TC--ACG-T--T--C-A-GTGACATTN-TA--AA-GAGA-GA-A--GGCAT-GCAA-CT-CTTT-TCACGTCG-TCTGCC-TC-A-CCTG-GTTG-A---AACTTCG-C-TCG-AT-TT-TT-CATTC-A-----A-A-G-CA-AGTC-AAAACG--TTGGAT-ATG--C-----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AG-ACA--TT-C-TTC-TTTACG-TTCGTGCTTCCCTTA---TATT-TTTC-AA-ACTC-GT-CAATATT
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Reference ( family-682 )      : TTTC-G-TCTCT--G-T-CACG---T-ATT--ACT-AAA-TA-TC--ACG-T--T--C-A-GTGACATT-ATA--AA-GAGAG-A-A--GGCAT-GCAA-CT-CTTT-TCACGTCG-TCTGCC-TC-A-CCTG-GTTG-A---AACTTCG-C-TCG-AT-TT-TT-CATTC-A-----A-A-G-CA-AGTC-AAAACG--TTGGAT-ATG--C-----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AG-ACA--TT-C-TTC-TTTACG-TTCGTGCTTCCCTTA---TATT-TTTC-AA-ACTC-GT-CAATATT
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lowQualScore                  :     . .     .. . .    ... .   ..   .  ..  .  .. . . .. .. . .        .   ..  .     . . ..     .    .  .    .        .      .  . .    .  ... ...       . .   .  .  .  .     . ..... . . .  .    .  . ....      .   ........ .        . .         ..  .   ..  . .   .      .               ...    .    .  .    .  .       
lowQualScore                  :     0 0     88 0 0    555 0   88   0  99  0  88 2 0 88 88 1 2        4   22  5     9 9 99     1    1  1    1        6      7  3 3    3  555 888       0 3   3  3  3  3     3 33333 7 3 3  3    7  3 7777      3   88888888 1        3 3         11  4   11  4 4   4      4               888    4    0  0    0  0       
consensus                     : TTTC-G-TCTCT--G-T-CACG---T-ATT--ACT-AAA-TA-TC--ACG-T--T--C-A-GTGACATT-ATA--AA-GAGAG-A-A--GGCAT-GCAA-CT-CTTT-TCACGTCG-TCTGCC-TC-A-CCTG-GTTG-A---AACTTCG-C-TCG-AT-TT-TT-CATTC-A-----A-A-G-CA-AGTC-AAAACG--TTGGAT-ATG--C-----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AG-ACA--TT-C-TTC-TTTACG-TTCGTGCTTCCCTTA---TATT-TTTC-AA-ACTC-GT-CAATATT
Reference ( family-682 )      : TTTC-G-TCTCT--G-T-CACG---T-ATT--ACT-AAA-TA-TC--ACG-T--T--C-A-GTGACATT-ATA--AA-GAGAG-A-A--GGCAT-GCAA-CT-CTTT-TCACGTCG-TCTGCC-TC-A-CCTG-GTTG-A---AACTTCG-C-TCG-AT-TT-TT-CATTC-A-----A-A-G-CA-AGTC-AAAACG--TTGGAT-ATG--C-----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AG-ACA--TT-C-TTC-TTTACG-TTCGTGCTTCCCTTA---TATT-TTTC-AA-ACTC-GT-CAATATT
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blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   A    .  A   .  .  C . G  .  . T        .   .   .     . . .      .    .  .    .        .      C  . .    .  AG  .         T .   .  .  .  .     . .     G . .  .    .  A AGT       .   GCC      .        . .         .   .   .   . .   .      .               .      .    A  .    G  .
blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  A   .  .  T . A  .  . .        .   .   .     . . .      .    .  .    .        .      .  . .    .  TG  .         T .   .  .  .  .     . .     . . .  .    .  A TG        .   C        .        . .         .   .   .   . .   .      .               .      .    .  .    .  .
blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  A   .  .  T . .  .  . .        .   .   .     . . .      .    .  .    .        .      .  . .    .  AG  .         . .   .  .  .  .     . .     . . .  .    .  T TG        .   C        .        . .         .   .   .   . .   .      .               .      .    .  .    .  .
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blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  C   .  .  G . .  .  . .        .   .   .     . . .      .    .  .    .        .      .  . .    .  TT  .         . .   .  .  .  .     . .     . . .  .    .  A CA        .   C        .        . .         .   .   .   . .   .      .               .      .    .  .    .  .
blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  A   .  .  G . .  .  . .        .   .   .     . . .      .    .  .    .        .      .  . .    .  CG  .         . .   .  .  .  .     . .     . . .  .    .  A CA        .   C        .        . .         .   .   .   . .   .      .               .      .    .  .    .  .
blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  A   .  .  C . .  .  . .        .   .   .     . . .      .    .  .    .        .      .  . .    .  TG  .         . .   .  .  .  .     . .     . . .  .    .  A CA        .   .        .        . .         .   .   .   . .   .      .               .      .                
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blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  A   .  .  T . .  .  . .        .   .   .     . . .                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  A   .  .  T . .  .  . .        .   .   .                                                                                                                                                                                                                                   
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blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  .   .  .  . . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :     . .     .  . .    .   .   .    .  .   .  .  . . .  .                                                                                                                                                                                                                                                         


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Alignments
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lowQualScore                  :     . .     .. . .    ... .   ..   .  ..  .  .. . . .. .. . .        .   ..  .     . . ..     .    .  .    .        .      .  . .    .  ... ...       . .   .  .  .  .     . ..... . . .  .    .  . ....      .   ........ .        . .         ..  .   ..  . .   .      .               ...    .    .  .    .  .       
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Reference ( family-682 )      : TTTC-G-TCTCT--G-T-CACG---T-ATT--ACT-AAA-TA-TC--ACG-T--T--C-A-GTGACATT-ATA--AA-GAGAG-A-A--GGCAT-GCAA-CT-CTTT-TCACGTCG-TCTGCC-TC-A-CCTG-GTTG-A---AACTTCG-C-TCG-AT-TT-TT-CATTC-A-----A-A-G-CA-AGTC-AAAACG--TTGGAT-ATG--C-----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AG-ACA--TT-C-TTC-TTTACG-TTCGTGCTTCCCTTA---TATT-TTTC-AA-ACTC-GT-CAATATT
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gi|116152                     : TTTC-G-T-TCT--G-T-CACG---T-ATT--ACT-AAA-TAATC--A-G-TG-T--C-A-GTGACATT-ATACCAATGAGCG-A-A--GGCAT-GCAA-CTGCTTT-CCACGTCG-TCTGCCCTCTA-CCTG--TTG-C---AACTTCG-C-TCG-AT-TT-TTTCATTC-A-----A-A-GGCA-AGTC-AATATG--TTGGATTATGGCC-----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AGAACA---T-C-TTC-TTTACG-TTCGTGCTTCCCTTAGATCATT-TTTCAAA-ACTC-GTCCAATATT
gi|116153                     : TTTC-GGTCTCT--G-TTCA-G---T-ATTGAACT-AAC-TA-TC--ATGCT--T--C-A-GTGACATTTATA--AA-GAGAG-A-ATGGGCAT-GCAA-CT-CTTT-TCACGTCGCTCTGCC-TC-A-CCTG-GTTGAA---AACTTCG-C-TC--ATGTT-TT-CATTC-ACGCCCA-ACG-CACAGTCGAAAATGGTTTGGAT-ATG--C-----ATTATATCAA-T-ACATT-GTT---G-ACA--TT-C-TTC-TTTACGTTTCGTGCTTCCATTA---TATTCTTTC-AAGACTCGGT-CATTATT
gi|116154                     : TTCC-G-TTTCT--G-T-CACGCAAT-ATT--GCT-A-----------------T--C-A-G--ATATC-ATA--AG-AAGAG-A-A--GGCCT-ACAA-CT-CTTT-CTACGTCG-TCTGCC-TC-A-TCTG-AATT-A---AACTTCATC-TGA-AT-TTCTT-TACTC-A-----AGA-G-CA-ATTT-AAAACA--TTGGAT-ATA--CAATATA-TATATCAA-T-ACCTTGGT
gi|116155                     : TTCC-G-TTTCT--GGT-CACG---C-AAT--AGT-GC--TA-TC--AGA-TA-T--C-A-G--------ATA--AA-GAGAG-A-A--GGCCT-ACAA-CT-CTTT-CTACGTCG-TCT-CC-TC-ATTCTGCATT------AACTTCATC-TGA-AT-TC-TT-TACTC-A-----AGA-G-CA-ATTC-TAAACA--TT-GAT-ATA--------A-TATATCAA-T-ACCTTGGT
gi|116156                     : TTCC-G-TTTCT--G-T-CACG---C-AAT--AT---GC-TA-TC--A---------------GATATA-ATA--AG-AAGAGGA-A--GGCCT-ACAA-CT-CTTT-CTAC-TCG-TCTGCC-TC-A-T-----TCG-ACATAACTTCATC-TTGCAT-TC-TT--ACTC-A-----A-G-A-GA-ATTT--AAACA--TTGACT-AT---------A-TATATCAA-TAACCTTGGT
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gi|116160                     : TTTCTG-TCTCT--G-T-CGCG---TTATT--TCT-AA--TA-TC--ACG-T--T----A-GTGACATT-AAA--AA-GAG
gi|116161                     : TTTC-G-TATCT--G-T-CACG---T-ATT--GGT-AAA-AA-TC--ACG-T--TAAC-A-GTGACTTT-ATA--AG-AAGAG-A-A--GGCAT------CT-TTTC-TAATGTC
gi|116162                     : TTTC-G-TTTCT--G-T-CACG---T-ATT--AAT-AAA-AA-TC--CCG-TTAT--C-A-GTGACATT-ATA--A
gi|116163                     : TTTC-C-TCTCT--G-T-CACG---T-ATT--ACT-AAA-AA-TC--ATG-T--T--C-A--TGAGAT
gi|116164                     : TTTC-C-TCTAT--G-T-CACG---T-ATTA-ACTGAAA-AA-CC--ATG-T--T--C-ATGTGACATT-TTA--AT-GGGGC-A-A--GG
gi|116165                     :  TTC-G-TCTCT--G-T-CAC----T-ATT--ACT-AAA-TA-TCCGATG-T--T--C-A-GTGATA
gi|116166                     :  TTG-G-TCTCT--G-T-CACG---T-ATT--ACT-AAA-TA-TC--ACG-T--T--
gi|116167                     :                                                                                                                  TCG-TCTGCC-TG-A-CCTG-GTTG-A---AACTTCG-C-TCG-GT-TT-TT-CTTTC-A-----A-A-G-CA-TGTC-AA--------------------------------AA-T-------GTT--GG-ATA--TT-C-T----TTACG-TTCGTGCTTCCCTTA---TATT-T
gi|116168                     :                                                                                                                        TGCC-CG-A-CCTG-GTTT-A---AACTT-------G-AT-TT-TT-CATTT-A-----A-A-G-CA-AGTC-AAAATA--CTGGAT-ATG--C-----A-TATAT
gi|116169                     :                                                                                                                                                                                                                      -----A-TATATCAA-T-ACATTGGTT--AG-ACA--TT-C-TT----TGCG-TTCGTGCTTGCCTTA---TGTT-TTCC-AA-ATTC-GC-CAATACT