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lowQualScore                  :          5     5    2            444444      9       9  9 9   0   0 88 666 0  222     0 0 0 0     88    0 3 0         11  2    2     
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Reference ( gi|5551 )         : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTT-TC-A-TCC-CCTAC--T--CG-GC---AAACT-A-T-G-AAATA--AATT-TAA-GTTTATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5552                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAT------GACACC-CCCGTTT-TC-A-TTC-CCTTC--T--CG-GC---AAACT-A-T-G-AAATA--AAT----A-GTTTATTGG--AC-TGGG-AATT
gi|5553                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCGTGAAG------GACACT-CCCGTTT-TC-----C-CCT-C--T--CG-GC---AAACT-A-T-G-AAGTA--AATA-TTA-GTTTATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5554                       : TAACACCTTTCTTGG-AGTT-TCATTCTAGAAG------GA-ACC-CCGTTTT-TC-A-TTC-CCTCA--T--CG-GC----AACT-A-T-G-AAATA--AATTCTTA-GTTTATTGG--AC-TGGG-CATTA
gi|5556                       : TAACACCCT-CTCGA-AGCA-TCGCTGTAGAAG------AACAAC-CCCGCTT-TC-A-TTC-CCT----C--CA-GCAT-AAACT-A-T-G-AAATA--AATT-TGA-GCTTATTGA--AC-AGGG-AATTA
gi|5555                       : TAACACCCT-CTTGA-AG-T-TAACTTTAGAAG------GACACCACCTGTTTATCAA-TCC-TC--C--T--CG-GC---AAACT-A-T-G-AAAAAT-AATT-TTA-GTTTATTAG--AA-TGGG-AAGTA
gi|5559                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTC-TCACTCTAAAGG------GACAAC-CCCGCTT-TC-G-TCC-CCTCC--T--GG-CC---AAACT---------------------A-GTTTATCGG--AC-TGGG-AAGTA
gi|5557                       : TAACACCTT-CTTGG----T-TCA-TCTAGAAG------G-CACC-CC-GTTT-TC-AATCC-CCTCC--T--CG--C---AT-CT-A-T-GCAAATA--AATT-TTA-GTT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5558                       : TACCACCTC-TTTGAGAGTT-TCACTCTTAGAG------GATACC-CCCGTTT-TT-A-TCC-CCTTCCGT--CG-GC---AAACTAA-TGG-AAATAGCATTT-TGA-GTTTATT-G--AC-T-GG-AATTA
gi|5560                       : TAACACC----TTGG-AGTT-TCGCTCTAGAAG------GACA-C-CCCGT------A-TTA-CCTCC--T--CG-GC---AATCT-A-T------T----------A-GTTTATTGG--AC-TGGG-AAT
gi|5561                       : TACCACCCT-ATTGA-AGTT-TCATTCTAGAAG------GACAAC-CCCGTTT-TC-A-TCC-CCT
gi|5562                       : TGACGCCCT-CTTGA-AGTC-CCAACAAAGAGG------GACACA-CCAACTT-TC-A-TTG-CCTCC--T--GC-GT---AAACT-T-T-G-AAATA--AATT-TTA-Gcc
gi|5563                       :   ACACCTT-CTTGG-AGTT-TTACTCTAGAAG------GGCACC-CCCGTTT-TC-A-TCC-CCTCC--T--CG-GC---AAACT-A-T-G-AAATA--CATT-TTA-GTTTATTGA--AC-TGGG-AATTA
gi|5564                       :   ACAACCT-CTCAA-AAAC-TCGCTATAGAAA---------ATC-CCCGTTT-CA-A-CCCTCCT----T--CG-G----AAACT-AAT-G-AAAT---AATT-GTA-GTTTATT
gi|5565                       :     ACCCT-CTTGA-AGTC-TCGATCAAGAGG------GACACG-CCCGCTA-TC-A-TTC-TCT-C--T--TGTGC---AATTT-A-T-G-AAATA--AATT-TTA-GTTTATCGG--AC-AGTG-AAT
gi|5566                       :     ACTCT-CTTGA-AGTTATGCCTCTAGAAGCTCAAGGACAAC-TACGATT-TC-A-TCC-CCTCC--TCACG-GCATAAAACT-ATT-G-AAATG--AATT-TAGTATTAATTGGAAAC-TGGGTAAT
gi|5567                       :        CT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------AACACC-CCTGTTT-TC-A-T-----------------------ACT-A-T-G-AAATA--AATT-TTA-GTTTATTAA--AC-TGGG-AATTA
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gi|5569                       :                    T-CCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTT-TC-A-T
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Alignments
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lowQualScore                  :          .     .    .            ......      .          .  ..      .. ..    ...     . . . .     . .   .  .   .  .     ..  .    .     
lowQualScore                  :          4     4    1            111111      8          8  66      55 55    000     9 8 9 9     9 9   9  9   0  0     99  1    1     
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Reference ( family-680 )      : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5551                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTAC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TA-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5552                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAT------GACACC-CCCGTTTTCA-TT--CCCTTC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-A----T-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATT
gi|5553                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCGTGAAG------GACACT-CCCGTTTTC------CCCTC---T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAGTA-A-ATA-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
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gi|5555                       : TAACACCCT-CTTGA-AG-T-TAACTTTAGAAG------GACACCACCTGTTT--A-TCAATCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAAAATA-ATT-TT-AGT-TT-ATTAG--AA-TGGG-AAGTA
gi|5556                       : TAACACCCT-CTCGA-AGCA-TCGCTGTAGAAG------AACAAC-CCCGCTTTCA-TT--CCCTC------CAGCAT-AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TG-AGC-TT-ATTGA--AC-AGGG-AATTA
gi|5557                       : TAACACCTT-CTTGG----T-TCA-TCTAGAAG------G-CACC-CC-GTTTTCAATC--CCCTCC--T--CG-C---AT-CT-A-T-GCAAATA-A-ATT-TT-AGT-T--ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5558                       : TACCACCTC-TTTGAGAGTT-TCACTCTTAGAG------GATACC-CCCGTTTTTA-TC--CCCTTCCGT--CGGC---AAACTAA-TGG-AAATA-GCATT-TTGAGT-TT-ATT-G--AC-T-GG-AATTA
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gi|5560                       : TAACACC----TTGG-AGTT-TCGCTCTAGAAG------GACA-C-CCCGT----A-TT--ACCTCC--T--CGGC---AATCT-A-----------------TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AAT
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gi|5564                       :   ACAACCT-CTCAA-AAAC-TCGCTATAGAAA---------ATC-CCCGTTT-CA-AC--CCTCCT--T--CGG----AAACT-AAT-G-AAATA-A--TT-GT-AGT-TT-ATT
gi|5565                       :     ACCCT-CTTGA-AGTC-TCGATCAAGAGG------GACACG-CCCGCTATCA-TT--CTCTCT--T--GTGC---AATTT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATCGG--AC-AGTG-AAT
gi|5566                       :     ACTCT-CTTGA-AGTTATGCCTCTAGAAGCTCAAGGACAAC-TACGATTTCA-TC--CCCTCC--TCACGGCATAAAACT-ATT-G-AAATG-A-A-T-TT-AGTATTAATTGGAAAC-TGGGTAAT
gi|5567                       :        CT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------AACACC-CCTGTTTTCA-T-----------------------ACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTAA--AC-TGGG-AATTA
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gi|5569                       :                    T-CCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-T
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Alignments
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lowQualScore                  :          4     4    1            111111      8          8  66      55 55    000     9 8 9 9     9 9   9  9   0  0     99  1    1     
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Reference ( family-680 )      : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5551                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTAC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TA-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5552                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAT------GACACC-CCCGTTTTCA-TT--CCCTTC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-A----T-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATT
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gi|5564                       :   ACAACCT-CTCAA-AAAC-TCGCTATAGAAA---------ATC-CCCGTTT-CA-AC--CCTCCT--T--CGG----AAACT-AAT-G-AAATA-A--TT-GT-AGT-TT-ATT
gi|5565                       :     ACCCT-CTTGA-AGTC-TCGATCAAGAGG------GACACG-CCCGCTATCA-TT--CTCTCT--T--GTGC---AATTT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATCGG--AC-AGTG-AAT
gi|5566                       :     ACTCT-CTTGA-AGTTATGCCTCTAGAAGCTCAAGGACAAC-TACGATTTCA-TC--CCCTCC--TCACGGCATAAAACT-ATT-G-AAATG-A-A-T-TT-AGTATTAATTGGAAAC-TGGGTAAT
gi|5567                       :        CT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------AACACC-CCTGTTTTCA-T-----------------------ACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTAA--AC-TGGG-AATTA
gi|5568                       :                   TC-TCACTCTAGAGG------GACACC-CCCGCTTTCA-TC--CCCTCC--T---GGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT--TCGG--AC-AGGG-AATCA
gi|5569                       :                    T-CCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-T
gi|5570                       :                                         ACACT-CTC-TTTTAA------CCTCT--TA-CA-----AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATCGG--AC-AGGG-GAT
gi|5571                       :                                           ACC-CCCGTTTCTA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5572                       :                                             C-CCCGCTTTCA-TC--CCCTCC--T--GTGT---AAAGT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--TCATGGG-
gi|5573                       :                                                                CTCC--T--GGCC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-GT-ATCGG--AA-TGGG-AATTA


blockSeqs                     :          T     G    A            CTCAAG      A          A  AA      CG CA    ATA     A A G C     T C   C  G   A  A     AA  A    T
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  A     AT      . T . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
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blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :          .     .    .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :                     .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :                     .            .           .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .     .   .    .
blockSeqs                     :                                              .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .   .  .               
blockSeqs                     :                                              .          .  .       .  .     .       . . . .     . .   .  .                      
blockSeqs                     :                                              .          .          .                                                            


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
finalCons                     : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA





Alignments
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lowQualScore                  :          4     4    1            111111      8          8  66      55 55    000     9 8 9 9     9 9   9  9   0  0     99  1    1     
consensus                     : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
Reference ( family-680 )      : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5551                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTAC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TA-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5552                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAT------GACACC-CCCGTTTTCA-TT--CCCTTC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-A----T-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATT
gi|5553                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTT-TCACTCGTGAAG------GACACT-CCCGTTTTC------CCCTC---T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAGTA-A-ATA-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5554                       : TAACACCTTTCTTGG-AGTT-TCATTCTAGAAG------GA-ACC-CCGTTTTTCA-TT--CCCTCA--T--CGGC---AA-CT-A-T-G-AAATA-A-ATTCTT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-CATTA
gi|5555                       : TAACACCCT-CTTGA-AG-T-TAACTTTAGAAG------GACACCACCTGTTT--A-TCAATCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAAAATA-ATT-TT-AGT-TT-ATTAG--AA-TGGG-AAGTA
gi|5556                       : TAACACCCT-CTCGA-AGCA-TCGCTGTAGAAG------AACAAC-CCCGCTTTCA-TT--CCCTC------CAGCAT-AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TG-AGC-TT-ATTGA--AC-AGGG-AATTA
gi|5557                       : TAACACCTT-CTTGG----T-TCA-TCTAGAAG------G-CACC-CC-GTTTTCAATC--CCCTCC--T--CG-C---AT-CT-A-T-GCAAATA-A-ATT-TT-AGT-T--ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5558                       : TACCACCTC-TTTGAGAGTT-TCACTCTTAGAG------GATACC-CCCGTTTTTA-TC--CCCTTCCGT--CGGC---AAACTAA-TGG-AAATA-GCATT-TTGAGT-TT-ATT-G--AC-T-GG-AATTA
gi|5559                       : TAACACCCT-CTTGA-AGTC-TCACTCTAAAGG------GACAAC-CCCGCTTTCG-TC--CCCTCC--T--GGCC---AAAC---------------------T-AGT-TT-ATCGG--AC-TGGG-AAGTA
gi|5560                       : TAACACC----TTGG-AGTT-TCGCTCTAGAAG------GACA-C-CCCGT----A-TT--ACCTCC--T--CGGC---AATCT-A-----------------TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AAT
gi|5561                       : TACCACCCT-ATTGA-AGTT-TCATTCTAGAAG------GACAAC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTCC--
gi|5562                       : TGACGCCCT-CTTGA-AGTC-CCAACAAAGAGG------GACACA-CCAACTTTCA-TT--GCCTCC--T--GCGT---AAACT-T-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AG
gi|5563                       :   ACACCTT-CTTGG-AGTT-TTACTCTAGAAG------GGCACC-CCCGTTTTCA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-C-ATT-TT-AGT-TT-ATTGA--AC-TGGG-AATTA
gi|5564                       :   ACAACCT-CTCAA-AAAC-TCGCTATAGAAA---------ATC-CCCGTTT-CA-AC--CCTCCT--T--CGG----AAACT-AAT-G-AAATA-A--TT-GT-AGT-TT-ATT
gi|5565                       :     ACCCT-CTTGA-AGTC-TCGATCAAGAGG------GACACG-CCCGCTATCA-TT--CTCTCT--T--GTGC---AATTT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATCGG--AC-AGTG-AAT
gi|5566                       :     ACTCT-CTTGA-AGTTATGCCTCTAGAAGCTCAAGGACAAC-TACGATTTCA-TC--CCCTCC--TCACGGCATAAAACT-ATT-G-AAATG-A-A-T-TT-AGTATTAATTGGAAAC-TGGGTAAT
gi|5567                       :        CT-CTTGA-AGTT-TCACTCTAGAAG------AACACC-CCTGTTTTCA-T-----------------------ACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTAA--AC-TGGG-AATTA
gi|5568                       :                   TC-TCACTCTAGAGG------GACACC-CCCGCTTTCA-TC--CCCTCC--T---GGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT--TCGG--AC-AGGG-AATCA
gi|5569                       :                    T-CCACTCTAGAAG------GACACC-CCCGTTTTCA-T
gi|5570                       :                                         ACACT-CTC-TTTTAA------CCTCT--TA-CA-----AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATCGG--AC-AGGG-GAT
gi|5571                       :                                           ACC-CCCGTTTCTA-TC--CCCTCC--T--CGGC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--AC-TGGG-AATTA
gi|5572                       :                                             C-CCCGCTTTCA-TC--CCCTCC--T--GTGT---AAAGT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-TT-ATTGG--TCATGGG-
gi|5573                       :                                                                CTCC--T--GGCC---AAACT-A-T-G-AAATA-A-ATT-TT-AGT-GT-ATCGG--AA-TGGG-AATTA