lowQualScore : 1 1 333 1 22 1 1 1 555555 1 44 1 1
lowQualScore : . . ... . .. . . . ...... . .. . .
lowQualScore : 8 8 222 8 55 8 8 8 222222 8 33 9 7
consensus : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
Reference ( gi|58461 ) : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58463 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGCAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58464 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---AG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGA-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58465 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TTGTAGCCTGATAAAATGTGTTT
gi|58462 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGC--A-TTTTG-T-ATAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATCAAATGTGTTT
gi|58467 : ACCTA-CAT-GGTTTGA---TG-CCGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GCA--ATGATGG-TTGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58468 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CCAGAT------TATT-GA-----CATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58466 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAAA--A-TTTAA-T-ATAGAT------TATG-GAA--AGGATGG-TCGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58470 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TATTG-T-CAAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TTGTAGTCTGATAAAAATTGTTT
gi|58471 : ACCTAATAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTT--T-CTAGAT------TATG-GAGGTATGATGG-TCGTAGTTTGATTAAATGTGTT
gi|58473 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-CTAGAT------TATG-GAA--GTGATGG-TCGTAGTGTCATCAAATG
gi|58469 : ACCTA-TAG-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-CTAGAT------TACG-AGA--ATTATGG-TTGTAATTTGATAAAATGTGCTT
gi|58474 : ACCTA-TAT-GGTTGAA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-AAA--ATGATGGTTCGT
gi|58475 : ACCTA-TAT-G-TTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-AGATAAAAACTATGCGAA--ATGATGG-TTCTAGTTTGATTAAATGTGCT
gi|58476 : ACCTA-TTT-GGTATAA---TG-CAGA--A-TTGTG-A-CAAGAT------AATG-GAA--ATGATGA-TCGTAGTTTGATAAAAT
gi|58477 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGTT------TATG-GAA--ATTATG
gi|58472 : ACCTA-TATTGGTTTGA---TG-CAGA--ATTTTTGCT-CTAGAT------TATG-GAAC-ATGATAG-T
gi|58479 : CCTA-TAT-GGTTTTA---TG-CAGA--A-TTTAG-T-CTACAT------TATG-GAA--ATGATGG-TGGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58480 : CCTA-TAT-GGTGTGA---TG-CAGA--A-TTGTG-T-CACGAT------TATG-AAA--CTGATGG-TTGTAGTCTGATAAAATGTGTT
gi|58478 : CCTA--AT-G-TTTGA---TG-CAAG--A-ATTTG-T-CTAGAT------TATG-G-A--ATGAT-G-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58481 : CCTA-TAT-GGTT-GA---TGGCAGA--A-TTTTA-TTCTAGAT------TGTG-G----------G-TCGTAGTATGATAAAATGTGTTT
gi|58482 : TA-TAT-GGTTTGA---AG-CAAA--C-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58483 : TA-TAT---TTTGAGTTTG-CCGTGTA-TTTTG-T-TTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
Alignments
lowQualScore : 1 1 333 1 22 1 1 1 555555 1 44 1 1
lowQualScore : . . ... . .. . . . ...... . .. . .
lowQualScore : 7 7 000 7 44 7 7 7 000000 7 11 8 2
consensus : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
Reference ( family-679 ) : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58461 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58462 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGC--A-TTTTG-T-ATAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATCAAATGTGTTT
gi|58463 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGCAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58464 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---AG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGA-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58465 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TTGTAGCCTGATAAAATGTGTTT
gi|58466 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAAA--A-TTTAA-T-ATAGAT------TATG-GAA--AGGATGG-TCGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58467 : ACCTA-CAT-GGTTTGA---TG-CCGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GCA--ATGATGG-TTGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58468 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CCAGAT------TATT-GA-----CATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58469 : ACCTA-TAG-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-CTAGAT------TACG-AGA--ATTATGG-TTGTAATTTGATAAAATGTGCTT
gi|58470 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TATTG-T-CAAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TTGTAGTCTGATAAAAATTGTTT
gi|58471 : ACCTAATAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTT--T-CTAGAT------TATG-GAGGTATGATGG-TCGTAGTTTGATTAAATGTGTT
gi|58472 : ACCTA-TATTGGTTTGA---TG-CAGA--ATTTTTGCT-CTAGAT------TATG-GAAC-ATGATAG-T
gi|58473 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-CTAGAT------TATG-GAA--GTGATGG-TCGTAGTGTCATCAAATG
gi|58474 : ACCTA-TAT-GGTTGAA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-AAA--ATGATGGTTCGT
gi|58475 : ACCTA-TAT-G-TTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-AGATAAAAACTATGCGAA--ATGATGG-TTCTAGTTTGATTAAATGTGCT
gi|58476 : ACCTA-TTT-GGTATAA---TG-CAGA--A-TTGTG-A-CAAGAT------AATG-GAA--ATGATGA-TCGTAGTTTGATAAAAT
gi|58477 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGTT------TATG-GAA--ATTATG
gi|58478 : CCTA--AT-G-TTTGA---TG-CAAG--A-ATTTG-T-CTAGAT------TATG-G-A--ATGAT-G-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58479 : CCTA-TAT-GGTTTTA---TG-CAGA--A-TTTAG-T-CTACAT------TATG-GAA--ATGATGG-TGGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58480 : CCTA-TAT-GGTGTGA---TG-CAGA--A-TTGTG-T-CACGAT------TATG-AAA--CTGATGG-TTGTAGTCTGATAAAATGTGTT
gi|58481 : CCTA-TAT-GGTT-GA---TGGCAGA--A-TTTTA-TTCTAGAT------TGTG-G----------G-TCGTAGTATGATAAAATGTGTTT
gi|58482 : TA-TAT-GGTTTGA---AG-CAAA--C-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58483 : TA-TAT---TTTGAGTTTG-CCGTGTA-TTTTG-T-TTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
Alignments
lowQualScore : 1 1 333 1 22 1 1 1 555555 1 44 1 1
lowQualScore : . . ... . .. . . . ...... . .. . .
lowQualScore : 7 7 000 7 44 7 7 7 000000 7 11 8 2
consensus : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
Reference ( family-679 ) : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58461 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58462 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGC--A-TTTTG-T-ATAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATCAAATGTGTTT
gi|58463 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGCAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58464 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---AG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGA-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58465 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TTGTAGCCTGATAAAATGTGTTT
gi|58466 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAAA--A-TTTAA-T-ATAGAT------TATG-GAA--AGGATGG-TCGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58467 : ACCTA-CAT-GGTTTGA---TG-CCGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GCA--ATGATGG-TTGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58468 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CCAGAT------TATT-GA-----CATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58469 : ACCTA-TAG-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-CTAGAT------TACG-AGA--ATTATGG-TTGTAATTTGATAAAATGTGCTT
gi|58470 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TATTG-T-CAAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TTGTAGTCTGATAAAAATTGTTT
gi|58471 : ACCTAATAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTT--T-CTAGAT------TATG-GAGGTATGATGG-TCGTAGTTTGATTAAATGTGTT
gi|58472 : ACCTA-TATTGGTTTGA---TG-CAGA--ATTTTTGCT-CTAGAT------TATG-GAAC-ATGATAG-T
gi|58473 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-CTAGAT------TATG-GAA--GTGATGG-TCGTAGTGTCATCAAATG
gi|58474 : ACCTA-TAT-GGTTGAA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-AAA--ATGATGGTTCGT
gi|58475 : ACCTA-TAT-G-TTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-AGATAAAAACTATGCGAA--ATGATGG-TTCTAGTTTGATTAAATGTGCT
gi|58476 : ACCTA-TTT-GGTATAA---TG-CAGA--A-TTGTG-A-CAAGAT------AATG-GAA--ATGATGA-TCGTAGTTTGATAAAAT
gi|58477 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGTT------TATG-GAA--ATTATG
gi|58478 : CCTA--AT-G-TTTGA---TG-CAAG--A-ATTTG-T-CTAGAT------TATG-G-A--ATGAT-G-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58479 : CCTA-TAT-GGTTTTA---TG-CAGA--A-TTTAG-T-CTACAT------TATG-GAA--ATGATGG-TGGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58480 : CCTA-TAT-GGTGTGA---TG-CAGA--A-TTGTG-T-CACGAT------TATG-AAA--CTGATGG-TTGTAGTCTGATAAAATGTGTT
gi|58481 : CCTA-TAT-GGTT-GA---TGGCAGA--A-TTTTA-TTCTAGAT------TGTG-G----------G-TCGTAGTATGATAAAATGTGTTT
gi|58482 : TA-TAT-GGTTTGA---AG-CAAA--C-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58483 : TA-TAT---TTTGAGTTTG-CCGTGTA-TTTTG-T-TTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
blockSeqs : A T GTT G GT T C T AAAAAC C GT T C
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
finalCons : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
Alignments
lowQualScore : 1 1 333 1 22 1 1 1 555555 1 44 1 1
lowQualScore : . . ... . .. . . . ...... . .. . .
lowQualScore : 7 7 000 7 44 7 7 7 000000 7 11 8 2
consensus : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
Reference ( family-679 ) : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58461 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58462 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGC--A-TTTTG-T-ATAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATCAAATGTGTTT
gi|58463 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGCAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58464 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---AG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--ATGATGA-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58465 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TTGTAGCCTGATAAAATGTGTTT
gi|58466 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAAA--A-TTTAA-T-ATAGAT------TATG-GAA--AGGATGG-TCGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58467 : ACCTA-CAT-GGTTTGA---TG-CCGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GCA--ATGATGG-TTGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58468 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CCAGAT------TATT-GA-----CATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58469 : ACCTA-TAG-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-CTAGAT------TACG-AGA--ATTATGG-TTGTAATTTGATAAAATGTGCTT
gi|58470 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TATTG-T-CAAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TTGTAGTCTGATAAAAATTGTTT
gi|58471 : ACCTAATAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTT--T-CTAGAT------TATG-GAGGTATGATGG-TCGTAGTTTGATTAAATGTGTT
gi|58472 : ACCTA-TATTGGTTTGA---TG-CAGA--ATTTTTGCT-CTAGAT------TATG-GAAC-ATGATAG-T
gi|58473 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-CTAGAT------TATG-GAA--GTGATGG-TCGTAGTGTCATCAAATG
gi|58474 : ACCTA-TAT-GGTTGAA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-AAA--ATGATGGTTCGT
gi|58475 : ACCTA-TAT-G-TTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-AGATAAAAACTATGCGAA--ATGATGG-TTCTAGTTTGATTAAATGTGCT
gi|58476 : ACCTA-TTT-GGTATAA---TG-CAGA--A-TTGTG-A-CAAGAT------AATG-GAA--ATGATGA-TCGTAGTTTGATAAAAT
gi|58477 : ACCTA-TAT-GGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-CTAGTT------TATG-GAA--ATTATG
gi|58478 : CCTA--AT-G-TTTGA---TG-CAAG--A-ATTTG-T-CTAGAT------TATG-G-A--ATGAT-G-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58479 : CCTA-TAT-GGTTTTA---TG-CAGA--A-TTTAG-T-CTACAT------TATG-GAA--ATGATGG-TGGTAGTTTGATTAAATGTGTTT
gi|58480 : CCTA-TAT-GGTGTGA---TG-CAGA--A-TTGTG-T-CACGAT------TATG-AAA--CTGATGG-TTGTAGTCTGATAAAATGTGTT
gi|58481 : CCTA-TAT-GGTT-GA---TGGCAGA--A-TTTTA-TTCTAGAT------TGTG-G----------G-TCGTAGTATGATAAAATGTGTTT
gi|58482 : TA-TAT-GGTTTGA---AG-CAAA--C-TTTTG-T-CTAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT
gi|58483 : TA-TAT---TTTGAGTTTG-CCGTGTA-TTTTG-T-TTAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCGTAGTTTGATAAAATGTGTTT