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lowQualScore                  :       .... . . ...            . ......  .   .... ..........   ... . ..... . . .......................... .. .  ....     ... .   .    .  . . ....  .  ...     .. .. . .. . . . . .     .    . . . . .  .  .  .........   .  .    . ..  . .    ... . . ..      
lowQualScore                  :       2222 0 0 555            9 555555  9   0000 3333333333   222 8 66666 9 9 44444444444444444444444444 55 8  9999     222 8   6    8  8 8 7777  8  555     55 33 8 55 5 8 8 6 8     8    2 6 6 8 8  8  8  555555555   8  8    9 55  7 8    333 9 0 88      
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Reference ( gi|78399 )        : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA----------T--A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78400                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----T-C-A--T----------CTA----------T--A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA---GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G---TT-CA-CG-----ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78402                      : ATTATA----T-C-G---CAACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT-----T-----G-C-A--T----------CTA----------T--A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG-----ATACCTG-C--ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ACTTTT
gi|78403                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------G--CCC----T----------TTT---C-T-----G-CAA--T----------CTA----------T--A-CA----ATGGG---C-TCA-TTTG-CA-A-A----AA-GT-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG-----ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---ACC-A--ATTTTT
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gi|78401                      : ATTATA------C-G---CGAC-TTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---CTT-----T-C-AT-T----------CTA----------T--A--A----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T------AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA--GCGCC-A-GTT-TT-CA-CG--AT-AC-CTTG-CT-ACAG-T--CACG-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78407                      : ATTATA----T-C-G---CGATCTT-AAAT-C------GCTCCC----T----------TTT---C-T-----G-C-AA-T----------CTAA---------T--A-TATCACATG-A---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--T-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-C--------ATCCG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78406                      : ATTATA----T-CCG---CGACCTTGAAAT-C------GC-CC-----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA----------TTTA-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CATT-A----AA-GA---GGTTA--T--C-GGTCCT-G-TAA-AACAA-TGCGCCAA-G-TATT-CA-CA--AT-ACCTTTG-CTGACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
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gi|78413                      : ATGATA----T-C-A---C-ACCTTGAA---C------GC-CCC----T----------TCT---C-T-----GGC-A--T--------------------------A-CA----ATG-A---C-TCA-TTT--CA-TCA----AA-GA-----TTA--T--C-G--CAT-G-T-A-AACAA-TGCAAC-A-T-T-TT-CA-CG--AT--CATCTG-CT-ATAG-T--CA-GTTTAC---A---A--ATTTTT
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Alignments
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lowQualScore                  :       .... . . ...            . ......  .   .... ..........   ... . ..... . . .............  ............... .  ....     ... .   .    .  . . ....  .  ...     .. .. . .. . . . . .     .      . . . .  .  .  .........   .  .    . ..  . .    ... . . ..      
lowQualScore                  :       0000 9 8 333            8 222222  8   9999 0000000000   000 6 22222 8 8 6666666666666  333333333333333 7  7777     000 7   5    7  7 7 4444  7  999     44 11 7 44 1 7 7 5 7     7      5 5 7 7  7  7  999999999   6  6    8 33  5 6    222 8 9 66      
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Reference ( family-678 )      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78399                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78400                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----T-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA---GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G---TT-CA-CG-----ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
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gi|78411                      : ATTACA----T-T-G---TGACCTTGAAAT-C------GC-AAC----A----------TAT---C-T-----G------T----------TT----T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTAG-CA-T-A----AA-TA-G-GGGTA--T--C-G--TTT-G-T-A-TACAA-TACGAA-A-G-T-TT-TA-GG--GC-AT--CAG-CG-ATAA-C--CA-G-TAAT---A-C-A--ATTTTT
gi|78412                      : ATTACT----T-C-G---TGACCTTGATAG-T------TC-CTC----C----------TCT---C-T-----G-C-A--A----------CTA---TGGTGCGTCTTA-CA----GTAGC---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-AGTTA--T--T-G--TAT-G-T-A-AACAA-TGCGAA-C-G-T-TT-CA-CG--TC-AT--TTG-CG-ATAG-A--TA-G-TTAC---A-C-A--ATTTCT
gi|78413                      : ATGATA----T-C-A---C-ACCTTGAA---C------GC-CCC----T----------TCT---C-T-----GGC-A--T---------------------------A-CA----ATG-A---C-TCA-TTT--CA-TCA----AA-GA-----TTA--T--C-G--CAT-G-T-A-AACAA-TGCAAC-A-T-T-TT-CA-CG--AT--CATCTG-CT-ATAG-T--CA-GTTTAC---A---A--ATTTTT
gi|78414                      : ATTATA----T-C-G---TGACCTTGAAAT-C------AC-CCC----C----------TAT---C-T-----A-C-A--CATGTGGTGTACTAGCTT----------A-CA----ATGGA---C-TCG-TTTG-CA-T------AA-TT-G-GGTTA--T--C-G--TAG-G-A-A-AACAG-TGCGAA-A-G-T-TTACA-TGTAACAACATCTA-CT-ATAG-CTATA-G-TAAT---A-C-A--ATTTTT
gi|78415                      : ATCATT----T-C-G---TGACCT-GATAT-C------AC-CCC----T----------TCTGTACGT-----G-C-ACGT----------CT----T----------G-CA----ATAGA---C-TTG-TTTG-CA-T-ACTTTAG-GA------TA--T--T-A--TAT-G-C-A-AACAA-TGTGAA-A-A-T-TT-CA-CG--AC-AT-CTTC-CT--TAG-T--GA-G-TTAC---A-C-A--TTTTTT
gi|78416                      : ATAATA----T-T-G---TGACATTGAAAT-T------GC-CCC----TAATCTGAATGTTTG--A-T-----G-C-A--T----------AT----T----------A-AA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-T----TA-TA-A-TCTCA--T--T-G--TGT-A-T-A-AACAG-TGCGAA-A-G---TT-CA-AG---T-GTATCTG-CT-ATAG-C--CA-G-CAAC---A-G-A--AATTT
gi|78417                      :  TTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-T-A-TTTG-CA-T-A----AA-GT-GTGGTTA--TG-C-G--CCT-G-TAA-AACAACTGCGCC-A-A-G-TT-CA-CG-----ATACCTGCCT-ACAG-T--CA-G-TTAA---A-C-A--ATTTTT
gi|78418                      :   TATA----C-T-G---TAACCTTGAAAT-C------AC-CTC----T----------TTT---T-TATGGTG-C-G--T----------C-G---T----------A-TA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--TAC-G-T-A-AACAA-TGTGAA-A-G-T-TT-CA-CG--AT-AT--CTG-CC-ATAG-C--CA-G-TT-----A-C-A--ATCTTT
gi|78419                      :    ATA----T-C-GATCCGACGTTGGAAA-CTACTGAGC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTAA--T----------AGCA----ATGGG---C-TCAGTTTG-CA-T-A----TA-GT-G-GGTTA--TTTC-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-A
gi|78420                      :                      CCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-TA----G-C-A--TT---------CTA--------------A-CA----ATGGA---C-T-A-TTTGGCA-T-A----AAAGA-G-GGTTA--T--C-G--CTT-G-T-A-ACGAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-ACA--TG-CTAACAGAT--CAGG-TTACTATA-C-A--ATTTTTc
gi|78421                      :                                                                                               ---T----------A-TA----ATGGATCTC-TCA-TT-G-C--T-AG---AA-GA-G-G-TTA--A--T-G--TAC-G-T-A-A-CAA-TGTGAA-A-G-T-TT-CA-CG--AT-AT-TCTG-CC-ATAG-C--CA-G-TTAC---A-





Alignments
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lowQualScore                  :       .... . . ...            . ......  .   .... ..........   ... . ..... . . .............  ............... .  ....     ... .   .    .  . . ....  .  ...     .. .. . .. . . . . .     .      . . . .  .  .  .........   .  .    . ..  . .    ... . . ..      
lowQualScore                  :       0000 9 8 333            8 222222  8   9999 0000000000   000 6 22222 8 8 6666666666666  333333333333333 7  7777     000 7   5    7  7 7 4444  7  999     44 11 7 44 1 7 7 5 7     7      5 5 7 7  7  7  999999999   6  6    8 33  5 6    222 8 9 66      
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Reference ( family-678 )      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78399                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78400                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----T-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA---GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G---TT-CA-CG-----ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78401                      : ATTATA------C-G---CGAC-TTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---CTT-----T-C-AT-T----------CTA---T----------A--A----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T------AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA--GCGCC-A-GTT-TT-CA-CG--AT-AC-CTTG-CT-ACAG-T--CACG-TTAC---A-C-A--ATTTTT
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gi|78405                      : ATTATA----T-C-G---CAACCTTGAAAT-C------GT-CCC----T----------TTT---C-T-----G---A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---CTTCATTTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTATTT--C-G--CCT-GAT-A-AAC-A-TGCGCC-AGG-T-TT-CA-CG-----ATACCTG-CT-ACAG-TA-CA-GTTTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78406                      : ATTATA----T-CCG---CGACCTTGAAAT-C------GC-CC-----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---TTT--------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CATT-A----AA-GA---GGTTA--T--C-GGTCCT-G-TAA-AACAA-TGCGCCAA-G-TATT-CA-CA--AT-ACCTTTG-CTGACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
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gi|78410                      : ATTAAA----TTC-A---CGATCTTGAAAT-C------GC-C------T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CT----T----------A-CA----ATGGA-----TCA-TT-G-CA-T-A----AA-GAAG-GGTTT--T--C-----CT-G-T-A---CAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CAGCG--AT-A---CTG-T---CAG-T--CA-G----C---A-C-AACATTTTT
gi|78411                      : ATTACA----T-T-G---TGACCTTGAAAT-C------GC-AAC----A----------TAT---C-T-----G------T----------TT----T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTAG-CA-T-A----AA-TA-G-GGGTA--T--C-G--TTT-G-T-A-TACAA-TACGAA-A-G-T-TT-TA-GG--GC-AT--CAG-CG-ATAA-C--CA-G-TAAT---A-C-A--ATTTTT
gi|78412                      : ATTACT----T-C-G---TGACCTTGATAG-T------TC-CTC----C----------TCT---C-T-----G-C-A--A----------CTA---TGGTGCGTCTTA-CA----GTAGC---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-AGTTA--T--T-G--TAT-G-T-A-AACAA-TGCGAA-C-G-T-TT-CA-CG--TC-AT--TTG-CG-ATAG-A--TA-G-TTAC---A-C-A--ATTTCT
gi|78413                      : ATGATA----T-C-A---C-ACCTTGAA---C------GC-CCC----T----------TCT---C-T-----GGC-A--T---------------------------A-CA----ATG-A---C-TCA-TTT--CA-TCA----AA-GA-----TTA--T--C-G--CAT-G-T-A-AACAA-TGCAAC-A-T-T-TT-CA-CG--AT--CATCTG-CT-ATAG-T--CA-GTTTAC---A---A--ATTTTT
gi|78414                      : ATTATA----T-C-G---TGACCTTGAAAT-C------AC-CCC----C----------TAT---C-T-----A-C-A--CATGTGGTGTACTAGCTT----------A-CA----ATGGA---C-TCG-TTTG-CA-T------AA-TT-G-GGTTA--T--C-G--TAG-G-A-A-AACAG-TGCGAA-A-G-T-TTACA-TGTAACAACATCTA-CT-ATAG-CTATA-G-TAAT---A-C-A--ATTTTT
gi|78415                      : ATCATT----T-C-G---TGACCT-GATAT-C------AC-CCC----T----------TCTGTACGT-----G-C-ACGT----------CT----T----------G-CA----ATAGA---C-TTG-TTTG-CA-T-ACTTTAG-GA------TA--T--T-A--TAT-G-C-A-AACAA-TGTGAA-A-A-T-TT-CA-CG--AC-AT-CTTC-CT--TAG-T--GA-G-TTAC---A-C-A--TTTTTT
gi|78416                      : ATAATA----T-T-G---TGACATTGAAAT-T------GC-CCC----TAATCTGAATGTTTG--A-T-----G-C-A--T----------AT----T----------A-AA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-T----TA-TA-A-TCTCA--T--T-G--TGT-A-T-A-AACAG-TGCGAA-A-G---TT-CA-AG---T-GTATCTG-CT-ATAG-C--CA-G-CAAC---A-G-A--AATTT
gi|78417                      :  TTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-T-A-TTTG-CA-T-A----AA-GT-GTGGTTA--TG-C-G--CCT-G-TAA-AACAACTGCGCC-A-A-G-TT-CA-CG-----ATACCTGCCT-ACAG-T--CA-G-TTAA---A-C-A--ATTTTT
gi|78418                      :   TATA----C-T-G---TAACCTTGAAAT-C------AC-CTC----T----------TTT---T-TATGGTG-C-G--T----------C-G---T----------A-TA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--TAC-G-T-A-AACAA-TGTGAA-A-G-T-TT-CA-CG--AT-AT--CTG-CC-ATAG-C--CA-G-TT-----A-C-A--ATCTTT
gi|78419                      :    ATA----T-C-GATCCGACGTTGGAAA-CTACTGAGC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTAA--T----------AGCA----ATGGG---C-TCAGTTTG-CA-T-A----TA-GT-G-GGTTA--TTTC-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-A
gi|78420                      :                      CCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-TA----G-C-A--TT---------CTA--------------A-CA----ATGGA---C-T-A-TTTGGCA-T-A----AAAGA-G-GGTTA--T--C-G--CTT-G-T-A-ACGAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-ACA--TG-CTAACAGAT--CAGG-TTACTATA-C-A--ATTTTTc
gi|78421                      :                                                                                               ---T----------A-TA----ATGGATCTC-TCA-TT-G-C--T-AG---AA-GA-G-G-TTA--A--T-G--TAC-G-T-A-A-CAA-TGTGAA-A-G-T-TT-CA-CG--AT-AT-TCTG-CC-ATAG-C--CA-G-TTAC---A-


blockSeqs                     :       ATTC T C ATC            T TACTGA  T   CTAT AATCTGAATG   GTA T ATGGT G A CATGTGGTGTA    ATGGTGCGTCTT    G  TCAC     TCT T   T    G  T C CTTT  A  AG      TT TT G GT   A A A T     C      A G T A  A  G  TAACAACAT   C  G    A TA  C T    TAT C A AC
blockSeqs                     :       .    . C .              . .       .   .    .            G   G T     . . CGT            AGCTT           .  .        .   .   G    .  . . G     .  GT      .  G  . .    . . A .     .      A G . .  .  .  ATACCT      C  A    . A   C T    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . A     . . TT             ATTT            .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATACC       .  .    . .   G .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . AT             AAT             .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATCAT       .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . AT             AGT             .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ACATC       .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . TT             AAT             .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  TGTAT       .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              AT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATACA       .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              AT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATATT       .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              AT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATAC        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              AT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATAC        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              AT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATAC        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              AT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATAC        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              TT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATAC        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              AT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  A       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATAT        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              GT              .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  GCAT        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . A              T               .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  TCAT        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              T               .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATAC        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              T               .  .        .   .   .    .  . . .     .  G       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATAT        .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              T               .  .        .   .   .    .  . . .     .  .       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATA         .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :       .    . . .              . .       .   .    .            .   . .     . . T              A               .  .        .   .   .    .  . . .     .  .       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  ATA         .  .    . .   . .    .   . . . 
blockSeqs                     :                               . .       .   .    .            .   . .     . . T              .               .  .        .   .   .    .  . . .     .  .       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .  AT          .  .    . .   . .    .   .     
blockSeqs                     :                                                                                                              .  .        .   .   .    .  . . .     .  .       .  .  . .    . . . .     .      . . . .  .  .                                             


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                              ATAC*****
originalCons                  : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CG--AT-ATACCTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
finalCons                     : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-CA-CGATAC-----CTG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                               1111111111111  111111111111111                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :       4444 1 3 333            1 555555  1   3333 8888888888   555 3 88888 1 1 0000000000000  555555555555555 1  3333     333 1   3    1  1 1 5555  1  222     22 44 1 22 0 1 1 3 1     1      3 3 1 1  1 44444 1  44  1 33 44  3  3    1 44  5 3    333 1 1 22      
lowQualScore                  :       .... . . ...            . ......  .   .... ..........   ... . ..... . . .............  ............... .  ....     ... .   .    .  . . ....  .  ...     .. .. . .. . . . . .     .      . . . .  . ..... .  ..  . .. ..  .  .    . ..  . .    ... . . ..      
lowQualScore                  :       0000 9 8 333            8 222222  8   9999 0000000000   000 6 22222 8 8 6666666666666  333333333333333 7  7777     000 7   5    7  7 7 4444  7  999     44 11 7 44 1 7 7 5 7     7      5 5 7 7  7 33333 7  11  7 00 33  6  6    8 33  5 6    222 8 9 66      
consensus                     : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----A-CG--AT-A-CC--TG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
Reference ( family-678 )      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----A-CG--AT-A-CC--TG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78399                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----A-CGATAT-A-CC--TG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78400                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----T-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA---GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G---TT-C-----A-CG--AT-A-CC--TG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78401                      : ATTATA------C-G---CGAC-TTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---CTT-----T-C-AT-T----------CTA---T----------A--A----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T------AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA--GCGCC-A-GTT-TT-C-----A-CG--AT-A-CCT-TG-CT-ACAG-T--CACG-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78402                      : ATTATA----T-C-G---CAACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT-----T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----A-CG--AT-A-CC--TG-C--ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ACTTTT
gi|78403                      : ATTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------G--CCC----T----------TTT---C-T-----G-CAA--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGG---C-TCA-TTTG-CA-A-A----AA-GT-G-GGTTA--T--C-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----A-CG--AT-A-CC--TG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---ACC-A--ATTTTT
gi|78404                      : ATTATA----T-CCA---CGACCTTGAAAT-T------GC-CCC----T----------TT----C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-G--G-GGTTA--T--C-G--CCTAG-T-A-AACAA-TGCGCCAA-G-T-TT-C-----A-CG--AT-A-CC--CG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--TTTTTT
gi|78405                      : ATTATA----T-C-G---CAACCTTGAAAT-C------GT-CCC----T----------TTT---C-T-----G---A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---CTTCATTTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTATTT--C-G--CCT-GAT-A-AAC-A-TGCGCC-AGG-T-TT-C-----A-CG--AT-A-CC--TG-CT-ACAG-TA-CA-GTTTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78406                      : ATTATA----T-CCG---CGACCTTGAAAT-C------GC-CC-----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---TTT--------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CATT-A----AA-GA---GGTTA--T--C-GGTCCT-G-TAA-AACAA-TGCGCCAA-G-TATT-C-----A-CA--AT-A-CCTTTG-CTGACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78407                      : ATTATA----T-C-G---CGATCTT-AAAT-C------GCTCCC----T----------TTT---C-T-----G-C-AA-T----------CTAA--T----------A-TATCACATG-A---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--T-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----A-C------A-TC--CG-CT-ACAG-T--CA-G-TTAC---A-C-A--ATTTTT
gi|78408                      : ATTATA----T-C-G---TGACCTTCAAAT-T------AC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-T-A--T----------CTT---T----------A-CA----ATGAA---C-TAA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTGA--G--T-G--TAT-G-C-A-AACAA-TTTGAA-A-G-T-TT-C-----A-CA--AT-A-TC--TG-CT-ATAG-C--CA-G-TTAC---A-C-A--GTTTTT
gi|78409                      : ATTATAATTCC-C-G---CGACATTGAAATTC------GT-CCCCTATT----------TTT---C-TT----G-C-AA-T----------CTAG--T----------A-CA----ATGGA---C-TAA-TTTG-CA-T-G----AA-AG-G-GGTTA--T--CGG--CCT-G-T-ATAACAA-TGCGCC-AGG-T-TT-C-----A-CG--AT-A--C--TGCCT-ACGA-T--TGCG-TTAC---A-CAA--ATTTTT
gi|78410                      : ATTAAA----TTC-A---CGATCTTGAAAT-C------GC-C------T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CT----T----------A-CA----ATGGA-----TCA-TT-G-CA-T-A----AA-GAAG-GGTTT--T--C-----CT-G-T-A---CAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----AGCG--AT-A--C--TG-T---CAG-T--CA-G----C---A-C-AACATTTTT
gi|78411                      : ATTACA----T-T-G---TGACCTTGAAAT-C------GC-AAC----A----------TAT---C-T-----G------T----------TT----T----------A-CA----ATGGA---C-TCA-TTAG-CA-T-A----AA-TA-G-GGGTA--T--C-G--TTT-G-T-A-TACAA-TACGAA-A-G-T-TT-T-----A-GG--GC-A-TC--AG-CG-ATAA-C--CA-G-TAAT---A-C-A--ATTTTT
gi|78412                      : ATTACT----T-C-G---TGACCTTGATAG-T------TC-CTC----C----------TCT---C-T-----G-C-A--A----------CTA---TGGTGCGTCTTA-CA----GTAGC---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-AGTTA--T--T-G--TAT-G-T-A-AACAA-TGCGAA-C-G-T-TT-C-----A-CG--TC-A-TT--TG-CG-ATAG-A--TA-G-TTAC---A-C-A--ATTTCT
gi|78413                      : ATGATA----T-C-A---C-ACCTTGAA---C------GC-CCC----T----------TCT---C-T-----GGC-A--T---------------------------A-CA----ATG-A---C-TCA-TTT--CA-TCA----AA-GA-----TTA--T--C-G--CAT-G-T-A-AACAA-TGCAAC-A-T-T-TT-C-----A-CG--ATCA-TC--TG-CT-ATAG-T--CA-GTTTAC---A---A--ATTTTT
gi|78414                      : ATTATA----T-C-G---TGACCTTGAAAT-C------AC-CCC----C----------TAT---C-T-----A-C-A--CATGTGGTGTACTAGCTT----------A-CA----ATGGA---C-TCG-TTTG-CA-T------AA-TT-G-GGTTA--T--C-G--TAG-G-A-A-AACAG-TGCGAA-A-G-T-TTACATGTAA-CA--AC-A-TC--TA-CT-ATAG-CTATA-G-TAAT---A-C-A--ATTTTT
gi|78415                      : ATCATT----T-C-G---TGACCT-GATAT-C------AC-CCC----T----------TCTGTACGT-----G-C-ACGT----------CT----T----------G-CA----ATAGA---C-TTG-TTTG-CA-T-ACTTTAG-GA------TA--T--T-A--TAT-G-C-A-AACAA-TGTGAA-A-A-T-TT-C-----A-CG--AC-A-TC--TT-CC-TTAG-T--GA-G-TTAC---A-C-A--TTTTTT
gi|78416                      : ATAATA----T-T-G---TGACATTGAAAT-T------GC-CCC----TAATCTGAATGTTTG--A-T-----G-C-A--T----------AT----T----------A-AA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-T----TA-TA-A-TCTCA--T--T-G--TGT-A-T-A-AACAG-TGCGAA-A-G---TT-C-----A-AGT-GT-A-TC--TG-CT-ATAG-C--CA-G-CAAC---A-G-A--AATTT
gi|78417                      :  TTATA----T-C-G---CGACCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTA---T----------A-CA----ATGGA---C-T-A-TTTG-CA-T-A----AA-GT-GTGGTTA--TG-C-G--CCT-G-TAA-AACAACTGCGCC-A-A-G-TT-C-----A-CG--AT-A-CC--TGCCT-ACAG-T--CA-G-TTAA---A-C-A--ATTTTT
gi|78418                      :   TATA----C-T-G---TAACCTTGAAAT-C------AC-CTC----T----------TTT---T-TATGGTG-C-G--T----------C-G---T----------A-TA----ATGGA---C-TCA-TTTG-CA-T-A----AA-GA-G-GGTTA--T--C-G--TAC-G-T-A-AACAA-TGTGAA-A-G-T-TT-C-----A-CG--AT-A-TC--TG-CC-ATAG-C--CA-G-TT-----A-C-A--ATCTTT
gi|78419                      :    ATA----T-C-GATCCGACGTTGGAAA-CTACTGAGC-CCC----T----------TTT---C-T-----G-C-A--T----------CTAA--T----------AGCA----ATGGG---C-TCAGTTTG-CA-T-A----TA-GT-G-GGTTA--TTTC-G--CCT-G-T-A-AACAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----A-CG--AT-A-C
gi|78420                      :                      CCTTGAAAT-C------GC-CCC----T----------TTT---C-TA----G-C-A--TT---------CTA--------------A-CA----ATGGA---C-T-A-TTTGGCA-T-A----AAAGA-G-GGTTA--T--C-G--CTT-G-T-A-ACGAA-TGCGCC-A-G-T-TT-C-----A-CG--AT-A-CA--TG-CTAACAGAT--CAGG-TTACTATA-C-A--ATTTTT
gi|78421                      :                                                                                               ---T----------A-TA----ATGGATCTC-TCA-TT-G-C--T-AG---AA-GA-G-G-TTA--A--T-G--TAC-G-T-A-A-CAA-TGTGAA-A-G-T-TT-C-----A-CG--AT-ATTC--TG-CC-ATAG-C--CA-G-TTAC---A-