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Reference ( gi|96034 )        : AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-GAA-GAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GTC--GAA--TCCCC-G---CAA-----C--AG--TGTTTCT-T-T--C--GTT---G--G-AC-A-T---AA--G-GA--CAA-T---AA--GATT---ACTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----GAAA-TGT-TA-GCT-G-------------------T---TTTTACCACTCGA-TT----AATCA-TTG-AACAT
gi|96035                      : AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--AG-AG-A-CAGC---TC-CCTA-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-AAA-GAC-----G-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GTC--GAG--TCCCT-----CTA-----C--AT--TGTTTCT-T-T--A--GTC---G--G--T-A-A---AA--G-AA--CAA-T---AA--GATT---GCTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----GAAC-TGT-TA-GCT-G-------------------T---TTTTACCACTCGA-TT----TATCA-TTG-AACAT
gi|96036                      : AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-CTA-GAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-ATC--CTG--TCCCT-G---CAA-----T--AG--TGTTTCT-T-T--A--TTC---T--G-AC-A-T---AAT-T-GA--CAA-T---AA--GATT---ACTGTT-GAG-----------TA---GTCT-----GAAC-TGT-TT-GCT-G-------------------T---TTTCACAATTTAA-TT----TATCA-TTG-AACAT
gi|96037                      : AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--TG-AG-A-CAAT---AC-CCTG-C-AT--A--GGCGGA-GCG-T-GAA-GAA-----A-----G-G--TGCTATA------A-T-CA----C----T----CT---AAAC-GTT--TTG--TCCCT-G---CAA-----C--AACTTGTTTCT-T-T--A--GTC---G--C-AC-A-TA--AA--G-GA--CAA-T---AA--GACT---ACCGTT-GAG-----------TA---GTGT-----GAAC-TGT-TA-G-T-G-------------------T---TTTTACCATCCGA-TT----TATCA-TTA-AACA
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gi|96038                      : AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-C-TG-T-AT--A--GGCGGA-GCA-T-GAA-GAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-----------------------------GTC--CAG--TCCT--G---CTA-----C--AG--TGTTCTC-T-T--A--GTC---G--G-AC-A-T---AA--T-GA--CAA-T---AA--GATT---ACTGTT-GAG-----------TG-----GT-----GAAA-TGT-T--GCT-G-----------------------TTTTGCCATTTGA-TT----TATCA-TT--AACAT
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gi|96046                      : AAT-TGG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CTAT---CC-CCTG-T-AT--A--GGCAGA-GCG-T-GAG-GAA-----G-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GCC--GTG--TCCCT-G---CAA-----C--AG--TATTCGA-T-TGCC--ATT---GTTG-AC-A-T-------G-TT--CA-----------ATT---ACTGCT-G-G-----------AA---ACAA-----GAAA-GAT-TA-ACTCG-------------------T---TTTTATGACTTGC-TT----
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gi|96048                      : AAT-TAGGTTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CGAT---TC-CCTG-T-GT--AATAGCGCG-ACG-TGGAA-GAA-----A-----G-G--TGC--TA------ATT-TA----CT--GT----TT---GAAC-GTC--gttgcaacagtgtttctttttggtcggaccataagacaataagatactgttaagtagtgtgaaaatttaccctgtttttaccactcgattaatcattgaaacat
gi|96050                      : AATCTGG-TTA--A-TT-----------TTTGG-AG-A-CAACG--TC-CCTG-CGAT--T--GGCGGA-GCG-T-GAAAGAA-----A-----A-C--TGT--TA------A-T-TG----C---GT----TT---GAAC-TTT--GTA--GCAGC-GG--CAA-----C--TG--TGTTTCT-T-T--T--TTT-------------T---A---G-TC--CAA-CTCAAATTGAGT---ACTGTT-CAA-----------TATTTGTGT-----GAAC-TGTGTA-GTT-G-------------------T---TTcgatagtccc
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gi|96052                      :   T-TGG-TTA--A-TT-----------A--GGCAG-A-CAAT---TC-CCTG---AT--A--GGCGGG-GCG-T-GAA-GAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GCT--CAT--TCCTT-G---CTA-----C--GG--TGTTTTT-TGT--C----C---G--G-AC-A-T---AA--G-GA--CAA-T---AA--GATT---ACTGTTCGAG-----------TA---GTGT-----GAAC-TGT-TA-GCT-G-------------------T---TTTTACCATTCGA-TT----TATCATTTG-AACA
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Alignments
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Reference ( family-676 )      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CGAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-G-AAGAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GT-C--G--A----G--TCCCT-G--CAA----------------C-----AG--TGT--TT-C-----T-TT--A--G-T---CG--G-AC-A-T---A----A--G-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----G-AANTGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTACCACTCGA-TTTA----TCA-TTG-AACAT
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Reference ( family-676 )      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-G-AAGAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GT-C--G--A----G--TCCCT-G--CAA----------------C-----AG--TGT--TT-C-----T-TT--A--G-T---CG--G-AC-A-T---A----A--G-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----G-AACTGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTACCACTCGA-TTTA----TCA-TTG-AACAT
gi|96034                      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-G-AAGAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GT-C--G--A----A--TCCCC-G--CAA----------------C-----AG--TGT--TT-C-----T-TT--C--G-T---TG--G-AC-A-T---A----A--G-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----G-AAATGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTACCACTCGA-TTAA----TCA-TTG-AACAT
gi|96035                      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--AG-AG-A-CAGC---TC-CCTA-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-A-AAGAC-----G-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GT-C--G--A----G--TCCCT----CTA----------------C-----AT--TGT--TT-C-----T-TT--A--G-T---CG--G--T-A-A---A----A--G-AA--CAA-TAAGATT-GCTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----G-AACTGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTACCACTCGA-TTTA----TCA-TTG-AACAT
gi|96036                      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-C-TAGAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-AT-C--C--T----G--TCCCT-G--CAA----------------T-----AG--TGT--TT-C-----T-TT--A--T-T---CT--G-AC-A-T---A----AT-T-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TA---GTCT-----G-AACTGT-TTGC-T-G-------------------TTTTCACAATTTAA-TTTA----TCA-TTG-AACAT
gi|96037                      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--TG-AG-A-CAAT---AC-CCTG-C-AT--A--GGCGGA-GCG-T-G-AAGAA-----A-----G-G--TGCTATA------A-T-CA----C----T----CT---AAAC-GT-T--T--T----G--TCCCT-G--CAA----------------C-----AACTTGT--TT-C-----T-TT--A--G-T---CG--C-AC-A-TA--A----A--G-GA--CAA-TAAGACT-ACCGTT-GAG-----------TA---GTGT-----G-AACTGT-TAG--T-G-------------------TTTTTACCATCCGA-TTTA----TCA-TTA-AACA
gi|96038                      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-C-TG-T-AT--A--GGCGGA-GCA-T-G-AAGAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-----------------------------GT-C--C--A----G--TCC-T-G--CTA----------------C-----AG--TGT--TC-T-----C-TT--A--G-T---CG--G-AC-A-T---A----A--T-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TG-----GT-----G-AAATGT-T-GC-T-G--------------------TTTTGCCATTTGA-TTTA----TCA-TT--AACAT
gi|96039                      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAATAAATC-C-TG-T-AT--A--GGCGGG-GCG-T-G-AGGAA-----A-----G----TGC--TA------A-T-T-------------------------GT------------G--CCCCT-G--TAA----------------T-----CG--TGT--TT-C-----T-GT--A--G-T---TG--G-AC-A-C---A----A--TCGA--CGA-TAAGATT-ACTATT-GAG-----------TA---TTGT-----G-AACTGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTACCACTCAA-TTTA----TCA-TTG-AACAT
gi|96040                      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------TT-GG-AG-A-CGAT---TC-CCTGAT-ATTTA--GGCGGA-GCG-T-G-AAGAA-----AAAAAAG-G--TGC--TA------A-TGTA----CT--GTCT--TT---GAAC-GT-C--C--A----GGTTCCCTTG--CTA----------------CCA---AGATTGT--TT-C-----TATT--A--G-TTCGCG--A-CC-A-TTTAA----A--T-GA--CAA-TGAGATTTATTGTT-GAG-----------TAA--GTGTTCATTG-AAATGT-TAGC-T-G-------------------TTTTCACCACTCGACTTTA----TCA-CTG-AACAT
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gi|96042                      :                                           AAT-T-G-TGA--ACTT-----------T--GG-AG-ATCAGC---TC-CTTG-T-TTTAA--GGCGGA-GTGCT-G-AAGAA-----A-----G-AGTTGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TTTTTGAAC-AT-AA-G--A----G--TCCCT----CAA----------------C-----CA--TGT--TTGT-----T-TT--A--GGT---CC--G-GT-A-----A----A--G-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TAG--GTGT-----GAAATTGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTA-CATTCCA-TTTA----TCA-TTG-AACAT
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blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      G  CCT          .      . .    T                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    AT    .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .      .   .
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      G  TTT          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    G     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .      .   .
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      G  CCA          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    G     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .      .   .
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      A  CCA          .      . .    T                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    T     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .      .   .
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  T          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      T  TCT          .      . .    T                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    T     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .      .   .
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      G  GGT          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    G     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .      .   .
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      G  TCA          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    G     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .      .   .
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      G  GGA          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    G     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .      .   .
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  T          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      T  CGT          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    G     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                .    .           
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  T          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      T  CCA          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    G     .    .       .      .   .            .      .     .      .    . . .                                                 
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blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      G  TGT          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    G     .    .       .      .   .                                                                                           
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blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  T          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      G  CCA          .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    T     .    .       .                                                                                                      
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .  .           .   .  . .    .    .    . .  A          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      .  .            .      . .    C                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .    .     .    .                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                . .  .          .   . . .     .     .     . .    .   .      . .  .     .   .     .      .  .            .      . .    .                       .    .   . .     .  .  .  . .    .  .  . . .   .                                                                                                                              
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blockSeqCons                  :                                           
originalCons                  :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-G-AAGAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GT-C--G--A----G--TCCCT-G--CAA----------------C-----AG--TGT--TT-C-----T-TT--A--G-T---CG--G-AC-A-T---A----A--G-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----G-AACTGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTACCACTCGA-TTTA----TCA-TTG-AACAT
finalCons                     :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-G-AAGAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GT-C--G--A----G--TCCCT-G--CAA----------------C-----AG--TGT--TT-C-----T-TT--A--G-T---CG--G-AC-A-T---A----A--G-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----G-AACTGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTACCACTCGA-TTTA----TCA-TTG-AACAT





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Reference ( family-676 )      :                                           AAT-TAG-TTA--A-TT-----------T--GG-AG-A-CAAT---TC-CCTG-T-AT--A--GGCGGA-GCG-T-G-AAGAA-----A-----G-G--TGC--TA------A-T-TA----CT--GT----TT---GAAC-GT-C--G--A----G--TCCCT-G--CAA----------------C-----AG--TGT--TT-C-----T-TT--A--G-T---CG--G-AC-A-T---A----A--G-GA--CAA-TAAGATT-ACTGTT-GAG-----------TA---GTGT-----G-AACTGT-TAGC-T-G-------------------TTTTTACCACTCGA-TTTA----TCA-TTG-AACAT
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