lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 22 111 4 2 777 4 3 1 1 3 1 1 1 333 3 3 3 1 1 3 1 1 22 1 3 5 3 1 1 44 333 3 333 1 1 1 3
lowQualScore : . .. ... . . ... . . . . . . . . ... . . . . . . . . .. . . . . . . .. ... . ... . . . .
lowQualScore : 1 88 666 0 0 555 5 8 9 9 6 8 8 7 000 5 5 5 7 7 5 7 7 44 7 5 2 5 7 8 66 222 6 222 8 8 8 0
consensus : GGT-TTGAT--A-AAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-A-T-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-A-ATATANTT
Reference ( gi|64800 ) : GGT-TTGAT--A-AGAA-TGT-A---TACCAAA-T-A-T-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-A-ATATATTT
gi|64801 : GGT-TTGAT--A-AAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-A-T-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-A-CTAT
gi|64806 : GGT-TTGAT--A--GAA-TGT-A---TACCAAA-T-A-T-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-GC-A-G-CCCTT-T--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-A-ATA
gi|64802 : GGT-TTGAT--A-AAAAATGT-A---TGCCAAA-T-A-T-T-T-CCTC-AA---AA-TATTT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-A-TGG-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-A-ATATA
gi|64804 : GGT-TTGAT--A-GAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-A-T-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-G-AC-C-ACAA-G-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-T-ATATAATTa
gi|64803 : GGT-TTGAT--A-GAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-A-T-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-G-AC-C-ACAA-G-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-T-ATATAATT
gi|64807 : GGT-TTGAT--A-AAAA-TGT-A---TGCCAA--T-A-T-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-C-AC-C-GCAA-G-CACTTAT--G-C-T-A-T-G-CCTTT-AAAA---TTG-G---T-ACAG-A-ATATATTT
gi|64808 : GGT-TTGAT--A--GAA-TGT-A---TGCCAAA-T-AAT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TTTG-AC-C-GCAC-A-CCCTTAT--G-CTT-A-T-G-CATTT-AAAA---ATGCG---T-ACAT-A-ATTTATTT
gi|64810 : GGT-TTGAT--A-A-AA-TGTTA---TACCAAA-T-A-T-T-T-CCTCCAA---AA-TG-TT-G-AC-T-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-ATT-G-CA-TT-AGAA---ATG-G---T-ACAT---ATAAAT
gi|64809 : GGT-TTGAT--A-A-AA-TAT-A---TGC-AAA-T-A-T-T-T-CTCC-AA---AA-TG-TT-G-ACAC-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT--AAA---ATG-G---T-ACA--A-ATGTA
gi|64812 : GGT-TTGAA--A-AAAA-TGT-A---TGC-AAA-T-A-T-T-T-CCTC-AA---AAACA-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT-AAAATGGATGCA---T-ACAT-A-ATat
gi|64811 : GGTATTGAT--A-AAAA-AGT-A---TGC--AA-T-A-T-T-T-CT-C-AA---AA-TG-TT-G-TC-C-GCAA-T-CCCT-AT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---TAACAT-ACATA-ATt
gi|64814 : GGT-TTAAT--A-AGAA-----G---TGCCAAA-CCA-TGT-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-G-AC-CAGCAA-GACTCTTAT--G-CAT-A-T-G-CATTT--AAA---ATA-GTACT-ACAT-A-ATATA
gi|64805 : GGT-TTGAT--AGAAAA-TGT-AA--TGCCAAAAT-A-T-T-TTCCTC-AA---AAATA-TTTG-AC-C-ACAA-G-CC--TAT--G-C-T-ACT-G-CATTTTAAAA---ATG-G---T-ACAT-T-ATATAATT
gi|64813 : GGT-TTGAT--A-AAAAATGT-AA--TGCCAAA-T-A-T-T-T-CCTC-AGTATAG-TG-TT-G-AC-C-GCAA-A-GCCTTATTGG-C-TAA-T-G-CATTT--AAA---AT--G---T-GCATCA-ATATAATT
gi|64815 : GAT-TTGAT--A-A-AT-TGT-ACTTTGCCAAAAT-A-T-TAT-CCTC-AA---AA-TAATT-G-AT-C-GCAT-G-CC-TTAT--G-C-T-A-T-G-CATGA-AAAA---ATG-G---A-GCAT-A-ATATA
gi|64816 : GT-TTGAT--G-AAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-A-T-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-C-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ACG-G---T-ACAT-A-ATATATTTat
gi|64817 : GT-TTGAT--T-TTAA-CGT-A---TGCCAAA-T-G-T-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTTT--G-C-T-A-T-G-CATTT--AAA---ATG-G---T-ATAG-A-ATATA
gi|64818 : T-TTGAT--A-AAAA-TGT-A---TGACATA-T-A-T-T-T-TCTC-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-ACAA-G-CCATTAT--G-C-T-A-T-G-TATTTAAAAA---ATG-G---T-ACAT-G-ATAAAT
gi|64819 : -TTGATTTA-A-AA-TGT-A---TGCCAAA-T-A-TGC-T-C-----A---AA-TA-TT-GGAC-CTGCAAAG-CCCTTAT--GCC-T-A-T-GTCATT---AAA---ATG-G---T-ACAT-A-ATAT
gi|64820 : T--A-AAAA-TGT-A---TGACAAA-T-A-T-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTC-AAAA---ATG-G---T-ACAT-A-ATATATTTgaatt
gi|64821 : CAAA-T-A-T-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-A-ATATAATT
gi|64822 : -T-T-CTTT-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-CCAT-A-ATATAATT
gi|64823 : TC-AA---AA-TG-TT-G-AC-C-GCAA-G-CCCTTAT--G-C-T-G-T-
Alignments
lowQualScore : 2 3 666 1 777 3 3 1 1 1 1 222 3 5 3 1 3 1 1 22 1 3 5 3 1 1 44 333 3 333 1 1 2 1
lowQualScore : . . ... . ... . . . . . . ... . . . . . . . .. . . . . . . .. ... . ... . . . .
lowQualScore : 0 8 555 9 111 6 6 7 7 7 7 999 3 0 3 7 3 7 7 33 7 3 0 3 7 7 00 000 5 000 7 7 0 0
consensus : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
Reference ( family-670 ) : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-AATAT-ANTT
gi|64800 : GGT-TTGATA-AGA-A-TGT-A---TACCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64801 : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-ACTAT-
gi|64802 : GGT-TTGATA-AAAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TATTT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-TGG-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-AATAT-A
gi|64803 : GGT-TTGATA-GAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-AC-AAG-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-TATAT-AATTa
gi|64804 : GGT-TTGATA-GAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-AC-AAG-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64805 : GGT-TTGATAGAAA-A-TGT-AA--TGCCAAAAT-AT-T-TTCCTC-AA---AAATA-TTTGAC-C-AC-AAG-CC--TAT--G-C-T-ACT-G-CATTTTAAAA---ATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64806 : GGT-TTGATA-GAA---TGT-A---TACCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC--AG-CCCTT-T--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-AATA
gi|64807 : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAA--T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-CAC-C-GC-AAG-CACTTAT--G-C-T-A-T-G-CCTTT-AAAA---TTG-G---T-ACAG-AATAT-ATTT
gi|64808 : GGT-TTGATA-GAA---TGT-A---TGCCAAA-TAAT-T-T-CTTC-AA---AA-TGTTT-GAC-C-GC-ACA-CCCTTAT--G-CTT-A-T-G-CATTT-AAAA---ATGCG---T-ACAT-AATTT-ATTT
gi|64809 : GGT-TTGATA-AAA---TAT-A---TGC-AAA-T-AT-T-T-CTCC-AA---AA-TG-TT-GACAC-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT--AAA---ATG-G---T-ACA--AATGT-AA
gi|64810 : GGT-TTGATA-AAA---TGTTA---TACCAAA-T-AT-T-T-CCTCCAA---AA-TG-TT-GAC-T-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-ATT-G-CA-TT-AGAA---ATG-G---T-ACAT-A
gi|64811 : GGTATTGATA-AAA-A-AGT-A---TGC--AA-T-AT-T-T-C-TC-AA---AA-TG-TT-GTC-C-GC-AAT-CCCT-AT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---TAACAT--ACAT-AATTtaaatt
gi|64812 : GGT-TTGAAA-AAA-A-TGT-A---TGC-AAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AAACA-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT-AAAATGGATGCA---T-ACAT-AAT
gi|64813 : GGT-TTGATA-AAA-AATGT-AA--TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AGTATAG-TG-TT-GAC-C-GC-AAA-GCCTTATTGG-C-TAA-T-G-CATTT--AAA---AT--G---T-GCATCAATAT-AATTt
gi|64814 : GGT-TTAATA-AGA-A-----G---TGCCAAA-CCATGT-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-CAGC-AAGACTCTTAT--G-CAT-A-T-G-CATTT--AAA---ATA-GTACT-ACAT-AATAT-A
gi|64815 : GAT-TTGATA-AAT---TGT-ACTTTGCCAAAAT-AT-TAT-CCTC-AA---AA-TAATT-GAT-C-GC-ATG-CC-TTAT--G-C-T-A-T-G-CATGA-AAAA---ATG-G---A-GCAT-AATAT-AA
gi|64816 : GT-TTGATG-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-CAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ACG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64817 : GT-TTGATT-TTA-A-CGT-A---TGCCAAA-T-GT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTTT--G-C-T-A-T-G-CATTT--AAA---ATG-G---T-ATAG-AATAT-A
gi|64818 : T-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGACATA-T-AT-T-T-TCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-AC-AAG-CCATTAT--G-C-T-A-T-G-TATTTAAAAA---ATG-G---T-ACAT-GATA--AATT
gi|64819 : -TTGATTTAAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-A----T-GCTC--A---AA-TA-TTGGAC-CTGCAAAG-CCCTTAT--GCC-T-A-T-GTCATT---AAA---ATG-G---T-ACAT-AATATGAATT
gi|64820 : TA-AAA-A-TGT-A---TGACAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTC-AAAA---ATG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64821 : CAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
gi|64822 : -T-T-CTTT-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAA---ATG-G---T-CCAT-AATAT-AATT
gi|64823 : TC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-G-T-
Alignments
lowQualScore : 2 3 666 1 777 3 3 1 1 1 1 222 3 5 3 1 3 1 1 22 1 3 5 3 1 1 66 1 444 1 33 1
lowQualScore : . . ... . ... . . . . . . ... . . . . . . . .. . . . . . . .. . ... . .. .
lowQualScore : 0 8 555 9 111 6 6 7 7 7 7 999 3 0 3 7 3 7 7 33 7 3 0 3 7 7 22 7 888 7 22 8
consensus : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
Reference ( family-670 ) : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
gi|64800 : GGT-TTGATA-AGA-A-TGT-A---TACCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64801 : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-ACTAT-
gi|64802 : GGT-TTGATA-AAAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TATTT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-TGG-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AA
gi|64803 : GGT-TTGATA-GAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-AC-AAG-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64804 : GGT-TTGATA-GAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-AC-AAG-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64805 : GGT-TTGATAGAAA-A-TGT-AA--TGCCAAAAT-AT-T-TTCCTC-AA---AAATA-TTTGAC-C-AC-AAG-CC--TAT--G-C-T-ACT-G-CATTTTAAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64806 : GGT-TTGATA-GAA---TGT-A---TACCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC--AG-CCCTT-T--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATA
gi|64807 : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAA--T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-CAC-C-GC-AAG-CACTTAT--G-C-T-A-T-G-CCTTT-AAAATTG-G---T-ACAG-AATAT-ATTT
gi|64808 : GGT-TTGATA-GAA---TGT-A---TGCCAAA-TAAT-T-T-CTTC-AA---AA-TGTTT-GAC-C-GC-ACA-CCCTTAT--G-CTT-A-T-G-CATTT-AAAAATGCG---T-ACAT-AATTT-ATTT
gi|64809 : GGT-TTGATA-AAA---TAT-A---TGC-AAA-T-AT-T-T-CTCC-AA---AA-TG-TT-GACAC-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT--AAAATG-G---T-ACA--AATGT-AAT
gi|64810 : GGT-TTGATA-AAA---TGTTA---TACCAAA-T-AT-T-T-CCTCCAA---AA-TG-TT-GAC-T-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-ATT-G-CA-TT-AGAAATG-G---T-ACAT--ATA--AATT
gi|64811 : GGTATTGATA-AAA-A-AGT-A---TGC--AA-T-AT-T-T-C-TC-AA---AA-TG-TT-GTC-C-GC-AAT-CCCT-AT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---TAACAT--ACAT-AATT
gi|64812 : GGT-TTGAAA-AAA-A-TGT-A---TGC-AAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AAACA-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT--AAAATG-GA--T-GCAT--ACAT-AATT
gi|64813 : GGT-TTGATA-AAA-AATGT-AA--TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AGTATAG-TG-TT-GAC-C-GC-AAA-GCCTTATTGG-C-TAA-T-G-CATTT--AAAAT--G---T-GCATCAATAT-AATT
gi|64814 : GGT-TTAATA-AGA-A-----G---TGCCAAA-CCATGT-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-CAGC-AAGACTCTTAT--G-CAT-A-T-G-CATTT--AAAATA-GTACT-ACAT-AATAT-
gi|64815 : GAT-TTGATA-AAT---TGT-ACTTTGCCAAAAT-AT-TAT-CCTC-AA---AA-TAATT-GAT-C-GC-ATG-CC-TTAT--G-C-T-A-T-G-CATGA-AAAAATG-G---A-GCAT-AATAT-AAT
gi|64816 : GT-TTGATG-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-CAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAACG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64817 : GT-TTGATT-TTA-A-CGT-A---TGCCAAA-T-GT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTTT--G-C-T-A-T-G-CATTT--AAAATG-G---T-ATAG-AATAT-
gi|64818 : T-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGACATA-T-AT-T-T-TCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-AC-AAG-CCATTAT--G-C-T-A-T-G-TATTTAAAAAATG-G---T-ACAT-GATA--AATT
gi|64819 : -TTGATTTAAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-A----T-GCTC--A---AA-TA-TTGGAC-CTGCAAAG-CCCTTAT--GCC-T-A-T-GTCATT---AAAATG-G---T-ACAT-AATATGAATT
gi|64820 : TA-AAA-A-TGT-A---TGACAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTC-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64821 : CAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
gi|64822 : -T-T-CTTT-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-CCAT-AATAT-AATT
gi|64823 : TC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-G-T-
Alignments
lowQualScore : 2 3 666 1 777 3 3 1 1 1 1 222 3 5 3 1 3 1 1 22 1 3 5 3 1 1 66 1 444 1 33 1
lowQualScore : . . ... . ... . . . . . . ... . . . . . . . .. . . . . . . .. . ... . .. .
lowQualScore : 0 8 555 9 111 6 6 7 7 7 7 999 3 0 3 7 3 7 7 33 7 3 0 3 7 7 22 7 888 7 22 8
consensus : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
Reference ( family-670 ) : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
gi|64800 : GGT-TTGATA-AGA-A-TGT-A---TACCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64801 : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-ACTAT-
gi|64802 : GGT-TTGATA-AAAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TATTT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-TGG-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AA
gi|64803 : GGT-TTGATA-GAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-AC-AAG-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64804 : GGT-TTGATA-GAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-AC-AAG-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64805 : GGT-TTGATAGAAA-A-TGT-AA--TGCCAAAAT-AT-T-TTCCTC-AA---AAATA-TTTGAC-C-AC-AAG-CC--TAT--G-C-T-ACT-G-CATTTTAAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64806 : GGT-TTGATA-GAA---TGT-A---TACCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC--AG-CCCTT-T--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATA
gi|64807 : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAA--T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-CAC-C-GC-AAG-CACTTAT--G-C-T-A-T-G-CCTTT-AAAATTG-G---T-ACAG-AATAT-ATTT
gi|64808 : GGT-TTGATA-GAA---TGT-A---TGCCAAA-TAAT-T-T-CTTC-AA---AA-TGTTT-GAC-C-GC-ACA-CCCTTAT--G-CTT-A-T-G-CATTT-AAAAATGCG---T-ACAT-AATTT-ATTT
gi|64809 : GGT-TTGATA-AAA---TAT-A---TGC-AAA-T-AT-T-T-CTCC-AA---AA-TG-TT-GACAC-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT--AAAATG-G---T-ACA--AATGT-AAT
gi|64810 : GGT-TTGATA-AAA---TGTTA---TACCAAA-T-AT-T-T-CCTCCAA---AA-TG-TT-GAC-T-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-ATT-G-CA-TT-AGAAATG-G---T-ACAT--ATA--AATT
gi|64811 : GGTATTGATA-AAA-A-AGT-A---TGC--AA-T-AT-T-T-C-TC-AA---AA-TG-TT-GTC-C-GC-AAT-CCCT-AT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---TAACAT--ACAT-AATT
gi|64812 : GGT-TTGAAA-AAA-A-TGT-A---TGC-AAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AAACA-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT--AAAATG-GA--T-GCAT--ACAT-AATT
gi|64813 : GGT-TTGATA-AAA-AATGT-AA--TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AGTATAG-TG-TT-GAC-C-GC-AAA-GCCTTATTGG-C-TAA-T-G-CATTT--AAAAT--G---T-GCATCAATAT-AATT
gi|64814 : GGT-TTAATA-AGA-A-----G---TGCCAAA-CCATGT-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-CAGC-AAGACTCTTAT--G-CAT-A-T-G-CATTT--AAAATA-GTACT-ACAT-AATAT-
gi|64815 : GAT-TTGATA-AAT---TGT-ACTTTGCCAAAAT-AT-TAT-CCTC-AA---AA-TAATT-GAT-C-GC-ATG-CC-TTAT--G-C-T-A-T-G-CATGA-AAAAATG-G---A-GCAT-AATAT-AAT
gi|64816 : GT-TTGATG-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-CAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAACG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64817 : GT-TTGATT-TTA-A-CGT-A---TGCCAAA-T-GT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTTT--G-C-T-A-T-G-CATTT--AAAATG-G---T-ATAG-AATAT-
gi|64818 : T-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGACATA-T-AT-T-T-TCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-AC-AAG-CCATTAT--G-C-T-A-T-G-TATTTAAAAAATG-G---T-ACAT-GATA--AATT
gi|64819 : -TTGATTTAAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-A----T-GCTC--A---AA-TA-TTGGAC-CTGCAAAG-CCCTTAT--GCC-T-A-T-GTCATT---AAAATG-G---T-ACAT-AATATGAATT
gi|64820 : TA-AAA-A-TGT-A---TGACAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTC-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64821 : CAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
gi|64822 : -T-T-CTTT-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-CCAT-AATAT-AATT
gi|64823 : TC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-G-T-
blockSeqs : A G AA T CTT A A G A T C TAT A T T A A A A TG C T A C G T TA C TAC A CA G
blockSeqs : . T AA . A A C . . . . . A T G . T . . . . A A T . . AA . A . A .
blockSeqs : . . A . A . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
finalCons : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
Alignments
lowQualScore : 2 3 666 1 777 3 3 1 1 1 1 222 3 5 3 1 3 1 1 22 1 3 5 3 1 1 66 1 444 1 33 1
lowQualScore : . . ... . ... . . . . . . ... . . . . . . . .. . . . . . . .. . ... . .. .
lowQualScore : 0 8 555 9 111 6 6 7 7 7 7 999 3 0 3 7 3 7 7 33 7 3 0 3 7 7 22 7 888 7 22 8
consensus : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
Reference ( family-670 ) : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
gi|64800 : GGT-TTGATA-AGA-A-TGT-A---TACCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64801 : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-ACTAT-
gi|64802 : GGT-TTGATA-AAAAA-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TATTT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-TGG-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AA
gi|64803 : GGT-TTGATA-GAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-AC-AAG-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64804 : GGT-TTGATA-GAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AA-TA-TT-GAC-C-AC-AAG-CCC-TAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64805 : GGT-TTGATAGAAA-A-TGT-AA--TGCCAAAAT-AT-T-TTCCTC-AA---AAATA-TTTGAC-C-AC-AAG-CC--TAT--G-C-T-ACT-G-CATTTTAAAAATG-G---T-ACAT-TATAT-AATT
gi|64806 : GGT-TTGATA-GAA---TGT-A---TACCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC--AG-CCCTT-T--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATA
gi|64807 : GGT-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGCCAA--T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-CAC-C-GC-AAG-CACTTAT--G-C-T-A-T-G-CCTTT-AAAATTG-G---T-ACAG-AATAT-ATTT
gi|64808 : GGT-TTGATA-GAA---TGT-A---TGCCAAA-TAAT-T-T-CTTC-AA---AA-TGTTT-GAC-C-GC-ACA-CCCTTAT--G-CTT-A-T-G-CATTT-AAAAATGCG---T-ACAT-AATTT-ATTT
gi|64809 : GGT-TTGATA-AAA---TAT-A---TGC-AAA-T-AT-T-T-CTCC-AA---AA-TG-TT-GACAC-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT--AAAATG-G---T-ACA--AATGT-AAT
gi|64810 : GGT-TTGATA-AAA---TGTTA---TACCAAA-T-AT-T-T-CCTCCAA---AA-TG-TT-GAC-T-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-ATT-G-CA-TT-AGAAATG-G---T-ACAT--ATA--AATT
gi|64811 : GGTATTGATA-AAA-A-AGT-A---TGC--AA-T-AT-T-T-C-TC-AA---AA-TG-TT-GTC-C-GC-AAT-CCCT-AT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---TAACAT--ACAT-AATT
gi|64812 : GGT-TTGAAA-AAA-A-TGT-A---TGC-AAA-T-AT-T-T-CCTC-AA---AAACA-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-TAA-T-G-CATTT--AAAATG-GA--T-GCAT--ACAT-AATT
gi|64813 : GGT-TTGATA-AAA-AATGT-AA--TGCCAAA-T-AT-T-T-CCTC-AGTATAG-TG-TT-GAC-C-GC-AAA-GCCTTATTGG-C-TAA-T-G-CATTT--AAAAT--G---T-GCATCAATAT-AATT
gi|64814 : GGT-TTAATA-AGA-A-----G---TGCCAAA-CCATGT-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-CAGC-AAGACTCTTAT--G-CAT-A-T-G-CATTT--AAAATA-GTACT-ACAT-AATAT-
gi|64815 : GAT-TTGATA-AAT---TGT-ACTTTGCCAAAAT-AT-TAT-CCTC-AA---AA-TAATT-GAT-C-GC-ATG-CC-TTAT--G-C-T-A-T-G-CATGA-AAAAATG-G---A-GCAT-AATAT-AAT
gi|64816 : GT-TTGATG-AAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-CAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAACG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64817 : GT-TTGATT-TTA-A-CGT-A---TGCCAAA-T-GT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTTT--G-C-T-A-T-G-CATTT--AAAATG-G---T-ATAG-AATAT-
gi|64818 : T-TTGATA-AAA-A-TGT-A---TGACATA-T-AT-T-T-TCTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-AC-AAG-CCATTAT--G-C-T-A-T-G-TATTTAAAAAATG-G---T-ACAT-GATA--AATT
gi|64819 : -TTGATTTAAA-A-TGT-A---TGCCAAA-T-A----T-GCTC--A---AA-TA-TTGGAC-CTGCAAAG-CCCTTAT--GCC-T-A-T-GTCATT---AAAATG-G---T-ACAT-AATATGAATT
gi|64820 : TA-AAA-A-TGT-A---TGACAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTC-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-ATTT
gi|64821 : CAAA-T-AT-T-T-CTTC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-ACAT-AATAT-AATT
gi|64822 : -T-T-CTTT-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-A-T-G-CATTT-AAAAATG-G---T-CCAT-AATAT-AATT
gi|64823 : TC-AA---AA-TG-TT-GAC-C-GC-AAG-CCCTTAT--G-C-T-G-T-