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Reference ( family-669 )      : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGA-AGG--C--T--T--CCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
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gi|11924                      :  GGTTGT--A-T-GAGCATCTGTCTCTGCG----CCTCCAGGCGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CTTAAAGGAAC-AC-GCCATTTG-ATT-C-TT---GGAAGCGTGAAGGCTTTTCAT--GA--CTAATGGG-TTCCTTGTA
gi|11925                      :  GGTTGT--A-T-GACAATCTGCCCCTGTG----TCTCCAGAGGACA---AAGCAC--AAAC---A-GTTTTC--CT--CAGGGGC-TT-ACCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGTTTCTCCT--GA--CCAGTGGG-CTATCTGTA
gi|11926                      :  GGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCT------------ATGAGACA---T--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--TAGAAGC-AC-ACCAGTTG--TT-C-TT---GGCAACAAGAAGATTTCTCCT--GA--CTAGT-GA-CTCTCTGTA
gi|11927                      :  GGTTGT--A-T-GACGACCTGCCTCTGCG----CCTCTAGGAGACA---T--TAT--A--T---A-GTCTTT--CT--GGGAAGC-AA-ACCATTTG--TT-C-TT---GGCAACGAGA---TTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTGTATGTA
gi|11928                      :  GATTGT--AAT-GACCATCTGCCTCTGTG----CCTCTAGGAGACA---T--T----A--C---A-GTCTTC--CT--AAGACGCAAC-ACCAGT---GTT-C-TT---GGCAACAAGAATATTCCTTCT--GA--CTAGTGGGTTTCTC-GTA
gi|11929                      :  GATTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGTG----CCTCTAGAGGACA---T--T----A--C---A-GTC-TC--CT--AAGACGC-AC-ACCAGTTG--TT-C-TT---GGCAACAAGA----TATTCCTTCGA--GTAGTGGG-TTCTCGGTA
gi|11930                      :  GGGTGT--A-T-TACCATCTGCCTCT------------AGGAGACA---T--TAC--G--C---A-GTCTTC--CT--ATGAAGC-AC-ACCAGTAA-ATT-G-TTTTGGGCAAC-ACAA--TTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
gi|11931                      :  GGTTGT--A-T-TACCATCTGCCTCT------------AGGAGACA---T--TAC--G--C---A-GTCTTC--CT--ATGAAGC-AC-ACCAGTAA-ANT-C--C---GGCA
gi|11932                      :  GGTTGT--A-T-GACCAT--------GCG----C-TCCAGACGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-A
gi|11933                      :   GTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCATGAGCCA---A--TAC--A--C---A-GTCTTT--AT--AAGGAGC-AT-GTCAGTTG-ATT-
gi|11934                      :   GTTGTCCA-TAGCCCATCTGCCTTTGCAGAAACTACCAGGCGACACCAA--TACCAA--C---AAGTCTTATACT--AAGGAGC-ACAGCCAGTTG-ATT-C-GTAA-GGCAGCGAGAAGGCTTTCCCT--GA--CTAATGGG-TTCACTGT
gi|11935                      :    TTGT--A-T-GACCATCTGCCCCTGCT----CCTCCAAGAGACA---A--TAT--A--C---A-GTCTTC--CA--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCAAGAAGGCTTCTCCT--TA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
gi|11936                      :           -T-GTCCATCTGCTTATGCG----TCTCTAGGAGACA---A--TGC--A--C---G-GTCTT-------AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-------------GCAGCAAGAAGGCTTATCCT--GA--ATAGTGAG-CTCTCTGT
gi|11937                      :                   TCTGCCTCTACG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---G-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCC
gi|11938                      :                           TACG----CTTCCAGGAGACA---A--TAC--A--A---A-GTCTTC--CT--AAGAAGC-AC-ACCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGTGAGAAGGCTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
gi|11939                      :                                      CCAGGCGACA---A--TAC--A------A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-ACCAGTTG-ATT-CTTT---GGCAGCGAGAAAGCTT-TTCT--GA--CTAGTGAG-TTCCCTGT
gi|11940                      :                                            GACA---A--CAC--A--CCACA-GTCTTC--CTA-AAAGAGC-----CCAAGTGCGTT-A-TT---GGCTACGGAAAAGC--CTCAA--GAAGCTAGTGGG-CTCTC-GTA
gi|11941                      :                                                    --TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGAAGC-AC-ACCAGTT---TTGC-TT---GGCAACAAGAAGATTTCTCTT--GA--CTAGTGGG-CTCTATGTA





Alignments
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lowQualScore                  :        .. . .                 ....             ......   .. .. ... .      ..  ..       .  .        ..  . .  ...                .    ..  ..        .         
lowQualScore                  :        11 1 1                 0000             111111   33 33 999 7      44  11       7  8        88  9 0  222                8    99  99        1         
consensus                     : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
Reference ( family-669 )      : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
gi|11918                      : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGGTACA---A--TAC--G--C---A-GTCTTC--CT--AAGGGGC-AC-ATCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTT---CT--GA--CTAGTGAG-CTCTCTGTA
gi|11919                      : TGGTTGT--A-T-GAGCATCTGCCTTTGCG----ACTCCAGGC-ACA---A--TAC--A--C---A-GTTTCC--CT--AAGGAGC-AC-GCCA-TTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTTTCCT--GA--CTAATGGG-TTCCCTGTA
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gi|11934                      :   GTTGTCCA-TAGCCCATCTGCCTTTGCAGAAACTACCAGGCGACACCAA--TACCAA--C---AAGTCTTATACT--AAGGAGC-ACAGCCAGTTG-ATT-C-GTAA-GGCAGCGAGAAGGCTTTCCCT--GA--CTAATGGG-TTCACTGT
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blockSeqs                     :                               .                A        .  .  .   .      .   .        .  .        .   .                                           
blockSeqs                     :                                                A        .  .  .   .      .   .        .  .                                                        
blockSeqs                     :                                                A        .  .  .   .      .   .        .                                                           
blockSeqs                     :                                                         .  .  .   .                                                                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
finalCons                     : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA





Alignments
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lowQualScore                  :        .. . .                 ....             ......   .. .. ... .      ..  ..       .  .        ..  . .  ...                .    ..  ..        .         
lowQualScore                  :        11 1 1                 0000             111111   33 33 999 7      44  11       7  8        88  9 0  222                8    99  99        1         
consensus                     : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
Reference ( family-669 )      : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
gi|11918                      : TGGTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCAGGGTACA---A--TAC--G--C---A-GTCTTC--CT--AAGGGGC-AC-ATCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTT---CT--GA--CTAGTGAG-CTCTCTGTA
gi|11919                      : TGGTTGT--A-T-GAGCATCTGCCTTTGCG----ACTCCAGGC-ACA---A--TAC--A--C---A-GTTTCC--CT--AAGGAGC-AC-GCCA-TTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTTTCCT--GA--CTAATGGG-TTCCCTGTA
gi|11920                      : TGGTTAT--A-T-GACCATTTGCCTTTGTG----CCTCCAGGCGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAAC-AA-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCGAGAAGGCTTTTC-----------ATGGG-TTCCCTGTA
gi|11921                      : TGGTTGT--A-T-GACCACCTGCCTCTGTG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--T--C---A-GT
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gi|11932                      :  GGTTGT--A-T-GACCAT--------GCG----C-TCCAGACGACA---A--TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGGAGC-A
gi|11933                      :   GTTGT--A-T-GACCATCTGCCTCTGCG----CCTCCATGAGCCA---A--TAC--A--C---A-GTCTTT--AT--AAGGAGC-AT-GTCAGTTG-ATT-
gi|11934                      :   GTTGTCCA-TAGCCCATCTGCCTTTGCAGAAACTACCAGGCGACACCAA--TACCAA--C---AAGTCTTATACT--AAGGAGC-ACAGCCAGTTG-ATT-C-GTAA-GGCAGCGAGAAGGCTTTCCCT--GA--CTAATGGG-TTCACTGT
gi|11935                      :    TTGT--A-T-GACCATCTGCCCCTGCT----CCTCCAAGAGACA---A--TAT--A--C---A-GTCTTC--CA--AAGGAGC-AC-GCCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGCAAGAAGGCTTCTCCT--TA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
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gi|11937                      :                   TCTGCCTCTACG----CCTCCAGGAGACA---A--TAC--A--C---G-GTCTTC--CT--AAGGAGC-AC-GCC
gi|11938                      :                           TACG----CTTCCAGGAGACA---A--TAC--A--A---A-GTCTTC--CT--AAGAAGC-AC-ACCAGTTG-ATT-C-TT---GGCAGTGAGAAGGCTTCTCCT--GA--CTAGTGGG-CTCTCTGTA
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gi|11940                      :                                            GACA---A--CAC--A--CCACA-GTCTTC--CTA-AAAGAGC-----CCAAGTGCGTT-A-TT---GGCTACGGAAAAGC--CTCAA--GAAGCTAGTGGG-CTCTC-GTA
gi|11941                      :                                                    --TAC--A--C---A-GTCTTC--CT--AAGAAGC-AC-ACCAGTT---TTGC-TT---GGCAACAAGAAGATTTCTCTT--GA--CTAGTGGG-CTCTATGTA