lowQualScore                  :                                                                                                                               111111        4444444                                            1111111111                1                                                
lowQualScore                  :      888  33       2  2    55  55  55  555     1 22 1 3 1  1  777777777        1   66666      1   22 8888888888  1 1  55  1   333333  2     3333333   55555 22      2     88     2   1 2    5  3333333333 2 66  777  2 2 3 2   444    2 33 2 2 2  3  44  3  3   4    4    
lowQualScore                  :      ...  ..       .  .    ..  ..  ..  ...     . .. . . .  .  .........        .   .....      .   .. ..........  . .  ..  .   ......  .     .......   ..... ..      .     ..     .   . .    .  .......... . ..  ...  . . . .   ...    . .. . . .  .  ..  .  .   .    .    
lowQualScore                  :      444  22       2  2    33  33  00  555     9 66 9 8 9  9  666666666        8   44444      8   55 0000000000  8 8  00  8   444444  0     4444444   33333 99      1     22     4   2 5    3  9999999999 7 33  333  7 7 3 7   777    9 99 9 9 7  1  22  1  3   3    4    
consensus                     : TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CC-G-GAAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTTT-----TA-GGATGAT-----ATA-----G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CATGCACG-TGCA
Reference ( gi|88583 )        : TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CC-G-GAAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTTC-----TA-GGATGAT----CATA-----G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CATACACG-TGCA
gi|88584                      : TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CC-G--AAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTTC-----TA-GGAT-------CATA-----G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CATACACG-TGCA
gi|88586                      : TTCTT-C-TT--CTTTGGC-AC-TTTTTTTT--GT--CC-G-GAAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CTT-----GGGATC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTTT-----TA-GGATG-------ATA-----G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTTGG-AACG-AT-A--------G-T--AATTTTT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CATGCATG-TGCA
gi|88585                      : TTCTTAT-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GT--CC-C-GAAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTAT-----TA-GGATG-------ATA-----G--TATATC-ATCTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-CAA-TG-CA--CG-TG-CAT
gi|88589                      : TTCTT-A-TC--CTCCGTTTAC-TTTT--TT--GT--CC-C-AAGTT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGAT--GAT--A----------TG-A-AAACCT-TTTT-----TA-GGA-G-------ATA-----G--TTTATC-ATTTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-ATCA--------G-TC-CA---TT-T-T-TCCTG---AAAA-T----C-A-TG-CA--TG-TG-CATGCACG-TGtgca
gi|88590                      : TTCTT-C-TT--CTTCAGC-AC-TTTT--TT--GT--CC-A-AAAGT-G--T-T-C-TC-AA---------AACCTCTA-CAT-----GGAATC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTT------TG-GTATG-------ATA-----G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTTGG-A
gi|88592                      : TTCTT-C-TT--CTTCGGC-AT-TTTTT-TT--GT--CC-G-GAAGT-G--T-T-C-TC-AA---------AACCTGTA-CAA-----GGGATC-GAT--A----------TG-T-AA--CC-TTTT-----TA-GGATGAT----
gi|88591                      : TTATT-A-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GTTCCC-G-AATGT-G--T-T-CCTC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GTC--A----------TG-A-AA--CCTTTTT-----TA-GGATGG------ATA-----G--CATa
gi|88593                      : TTCTT-T-TT--TTCCAGC-AC-TTTA--TT--GT--CT-G-GAAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTACA-CAT-----GGGACC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-cagggaacttggatcggtgttctgcatcatgttatt
gi|88594                      : TTCTT-AATT--CTCCGGC-AC-TTTT--TTTTGC--TC-G-GAAA---------C-T--AC---------AATAT-TA-AAA-----GGAATC-GATTCA----------TG-A-AA--CT-TATA-----TA-GGTTGA-----CACC-----A--TTTA---ATTTGT-AAACG-TGCAG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-TAT-CTG---AACA-T--G-C-G-T
gi|88595                      : TTCTT-C-TT--CCTCGGC-GT-TTTC--TC--GT--CT-G-GTAGT-G--A-T-G-TA-AG---------AAACTACA-AAA-----GAGAAA-AAT--A----------TG-A-AA--CC-TTTA-----TA-GGATG-------ATA-----G--CATACC-ATTCG
gi|88596                      :  TTTT-A-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GT--CT-C-GAAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CAT------GCATC-ATT--A----------TG----A--CC-TTTT-----TA-TGAGCAT----GATA-----G--TATAT--ATTTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-AT----------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CATGCACG-TGCA
gi|88587                      :  TCTT-TATT--CTCCGGT-AC-TTTT--TTT-GTT-CC-C-GAAAT-GATT-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A----------TG-A-AAACCT-TTTT-----TA-GGATG-------ATA-----G--TATATC-ATCTG--AAGTG-TTC-G-AACG-AT-A--------G-T--CAT--TT-T-T-T-CTG---AAAATT--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CATGCACG-TGCA
gi|88588                      :    TT-C-TTATCTCCGGT-ATACTTT--TT--GT--CC-G--AAGT-G--T-TTC-TC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGATCGGAT--A----------TG-AGAA--CC-TTTT-----TA-GGATGA------ATA-----G--TTTATC-ATTTGA-AGGTG-TTCGC-AACG-AT-AAG------G-T--CA---TT-T-T-T-CTC---GAAA-T--G-C-ACTG-CA--TG--G-CATGCACG-TGCA
gi|88599                      :    TT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CC-G-GAAGT-A--T--------------------------A-CAA-----GGAATC-GAA--A----------TG-A-AA--CC-CTTA-----TA-GAATGATAGTACATGTACATG--TATATC-ATTTGT-AGATG-T
gi|88600                      :        -TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT---T--CT-C-GAAGTCG--T-TAC-TC-A----------AACCTGTA--AT-----GG-ATC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTTT-----TA-GGA-G-------ATA-----GTTTATATC-ATTTG--AAGTG-TTC-G-ATCG-AT-A--------G-T--CA----T-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG--ATTTG-TGCCATGCACGATGCA
gi|88597                      :        -TT--CTCCGGT-AC--TTT--TT--GT--CCTC-GAAGT-G--TGT-C-TCAAG---------AACCTGTA-CATC----GGGATC-GAT--A----------TGAA-AA--CC-TTTT-----TA-GGA-GAT------TG-----G--TATATC-ATCTGGAAGGTGTTTCGG-AACGCAT-C--------A-TCGCA---TTGTGT-T-CTGTAAAAAA-TCGA-C-A-TGCCA--CGTTG-CAT
gi|88598                      :     tttaaT--CTCCGAT-AC-TTTT--TT--GT--TC-TCGAAGT----T-T-C-TC-AG---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTTT-----TACGGATGAT----T--------G--TATATCAATCTGA-AGG-G-TTCGGTAACGAAT-A--------GTT--CA----T-T-T-T-CTG---AAAA-T--GTC-A-TG-CA--CG-TG-CAT
gi|88601                      :              ttatta-AC-CTTT--TT--GT--CC-T-GAAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AACCTACA-CAA-----AGGATC-GAT--A----------TA-A-AA--CC-TTtgca
gi|88602                      :                                   T--CT-G-GGAGT-G--T-T-C-TC-TG---------ACACTACA-CAC-----TAGATC-GAT--A----------T---------------------A-GGGTGAT-------A-----G--TATATC-ATTTGT-AGATG-TTCAA-AACG-AT-G--------A-T--CA---TT-T-TGT-CTG---
gi|88603                      :                                        tt-GGAGT-G--T-T-C-TC-AG---------AAACTACAATATCAAAAGGGATC-GAT--ACATGCATTCATA-A-AA--CT-TTTAATTTATA-GGTTGAT-------A-----A--CATGTA-ATTTGT-AAATG-TGCAG-AACG-AT-G--------G-T--CA---TT-T-TGT-CTG---AACA-T--G-C-G-T
gi|88604                      :                                             AAT-G--T-T-C-TC-GGGCATTACACAACTTGT--CAG-----GGGTTC-AAT--A----------TG-A-AC--AT-TTTC-----CA-GAATG-------ATA-----G--TATATC-ATTTG
gi|88605                      :                                                                           CTACA-CAA-----AGGATT-GAT--A----------TG-A-AA--CC-TTCT-----TA-GGGTGATAGTACAT------G--TATATC-ATTGGT-AGATG-TGCAG-TGCG-AT-ATATCGATTG-T--CA---TT-T-TGT-CTG---GACA-T--G-C-A-AG-CA--TT-AG-CGCGCACA-TGCA
gi|88606                      :                                                                                                                                                                  ATC-ATTTGT-AGAGG-TGCAG-AACG-AT-A--------G-C--CA---TT-T-TGC-CTG---GACA-T--G-T-A-TA-CA--TG-T
gi|88587                      :                                                                                                                                                                                                                                                -TG-CA--CG-TG-CATGCACG-TGCAatgtgc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                               2222222222222222                                    11111111                1                                                 
lowQualScore                  :         777  33       2  2    55  55  44  44     1 22 1 3 1   1 777777777        1   66666      1   22 22  7777777 1  44  1    555555  1  1   6666666666666666       2     77     2   0 2    5  2 22222222 2 55  666  2 2 2 2   444    2 33 2 2 2  3  555 3  3  6      4    
lowQualScore                  :         ...  ..       .  .    ..  ..  ..  ..     . .. . . .   . .........        .   .....      .   .. ..  ....... .  ..  .    ......  .  .   ................       .     ..     .   . .    .  . ........ . ..  ...  . . . .   ...    . .. . . .  .  ... .  .  .      .    
lowQualScore                  :         222  11       1  1    00  00  88  66     8 55 8 6 8   8 333333333        7   11111      7   44 44  4444444 7  88  7    555555  9  9   0000000000000000       0     22     2   6 4    0  5 55555555 5 99  999  5 5 5 5   444    7 77 7 7 7  1  333 1  1  2      4    
consensus                     :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATGAT-A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
Reference ( family-665 )      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATGAT-A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88583                      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTC------TA-GG-ATGATCA-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TACACG-TGCA
gi|88584                      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG--AAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTC------TA-GG-AT--C-A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TACACG-TGCA
gi|88585                      :    TTCTTAT-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GT--CCC-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTAT------TA-GG-ATG---A-TA---------GTATATC-ATCTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-CAA-TG-CA--CG-TG-CATTGCA
gi|88586                      :    TTCTT-C-TT--CTTTGGC-AC-TTTTTTTT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CTT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATG---A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTTGG-AACG-AT-A--------G-T--AATTTTT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCATG-TGCA
gi|88587                      :     TCTT-TATT--CTCCGGT-AC-TTTT--TTT-GTT-CCC-GAAAT-GATT-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AAACCT-TTTT------TA-GG-ATG---A-TA---------GTATATC-ATCTG--AAGTG-TTC-G-AACG-AT-A--------G-T--CAT--TT-T-T-T-CTG---AAAATT--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88588                      :       TT-C-TTATCTCCGGT-ATACTTT--TT--GT--CCG--AAGT-G--T-TTC-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATCGGAT--A--TG-------AGAA--CC-TTTT------TA-GG-ATGA--A-TA---------GTTTATC-ATTTGA-AGGTG-TTCGC-AACG-AT-AAG------G-T--CA---TT-T-T-T-CTC---GAAA-T--G-C-ACTG-CA--TG--G-CA-TGCACG-TGCA
gi|88589                      :    TTCTT-A-TC--CTCCGTTTAC-TTTT--TT--GT--CCC-AAGTT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGAT--GAT--A--TG-------A-AAACCT-TTTT------TA-GG-A-G---A-TA---------GTTTATC-ATTTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-ATCA--------G-TC-CA---TT-T-T-TCCTG---AAAA-T----C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCACG-TG
gi|88590                      :    TTCTT-C-TT--CTTCAGC-AC-TTTT--TT--GT--CCA-AAAGT-G--T-T-C-TCA-A---------AACCTCTA-CAT-----GGAATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT---------GGTATG---A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTTGG-A
gi|88591                      :    TTATT-A-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GTTCCCG-AATGT-G--T-T-CCTCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GTC--A--TG-------A-AA--CCTTTTT------TA-GG-ATGG--A-TA---------GCAT
gi|88592                      :    TTCTT-C-TT--CTTCGGC-AT-TTTTT-TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-A---------AACCTGTA-CAA-----GGGATC-GAT--A--TG-------T-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATGAT-A-cagggaacttggatcggtgttctgcatcatgttatt
gi|88593                      :    TTCTT-T-TT--TTCCAGC-AC-TTTA--TT--GT--CTG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTACA-CAT-----GGGACC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-
gi|88594                      :    TTCTT-AATT--CTCCGGC-AC-TTTT--TTTTGC--TCG-GAAA---------C-T-A-C---------AATAT-TA-AAA-----GGAATC-GATTCA--TG-------A-AA--CT-TATA------TA-GG-TTGAC-A-CC---------ATTTA---ATTTGT-AAACG-TGCAG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-TAT-CTG---AACA-T--G-C-G-T
gi|88595                      :    TTCTT-C-TT--CCTCGGC-GT-TTTC--TC--GT--CTG-GTAGT-G--A-T-G-TAA-G---------AAACTACA-AAA-----GAGAAA-AAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTA------TA-GG-ATG---A-TA---------GCATACC-ATTCG
gi|88596                      :     TTTT-A-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GT--CTC-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT------GCATC-ATT--A--TG----------A--CC-TTTT------TA-TG-AGCATGA-TA---------GTATAT--ATTTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-AT----------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88597                      :           -TT--CTCCGGT-AC-TTTT--T---GT--CCTCGAAGT-G--TGT-C-TCAAG---------AACCTGTA-CATC----GGGATC-GAT--A--TGA------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-A-GAT---TG---------GTATATC-ATCTGGAAGGTGTTTCGG-AACGCAT-C--------A-TCGCA---TTGTGT-T-CTGTAAAAAA-TCGA-C-A-TGCCA--CGTTG-CA-T
gi|88598                      :        tttaaT--CTCCGAT-AC-TTTT--TT--GT--TCTCGAAGT----T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TACGG-ATGAT---T----------GTATATCAATCTGA-AGG-G-TTCGGTAACGAAT-A--------GTT--CA----T-T-T-T-CTG---AAAA-T--GTC-A-TG-CA--CG-TG-CATTGCA
gi|88599                      : ttattaTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-A--T--------------------------A-CAA-----GGAATC-GAA--A--TG-------A-AA--CC-CTTA------TA-GA-ATGAT-AGTACATGTACATGTATATC-ATTTGT-AGATG-T
gi|88600                      :           -TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT---T--CTC-GAAGTCG--T-TAC-TCA-----------AACCTGTA--AT-----GG-ATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-A-GAT-A-GT---------TTATATC-ATTTG--AAGTG-TTC-G-ATCG-AT-A--------G-T--CA----T-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG--ATTTG-TGCCA-TGCACGATGCA
gi|88601                      :                       -AC-CTTT--TT--GT--CCT-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTACA-CAA-----AGGATC-GAT--A--TA-------A-AA--CC-TT
gi|88602                      :                                      T--CTG-GGAGT-G--T-T-C-TCT-G---------ACACTACA-CAC-----TAGATC-GAT--A--T----------------------------A-GG-GTGAT-A------------GTATATC-ATTTGT-AGATG-TTCAA-AACG-AT-G--------A-T--CA---TT-T-TGT-CTG---
gi|88603                      :                                          tt-GGAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AAACTACAATATCAAAAGGGATC-GAT--ACATGCATTCATA-AA--AC-TTTTAATTTATA-GG-TTGAT-A------------ACATGTA-ATTTGT-AAATG-TGCAG-AACG-AT-G--------G-T--CA---TT-T-TGT-CTG---AACA-T--G-C-G-T
gi|88604                      :                                               AAT-G--T-T-C-TCG-GGCATTACACAACTTGT--CAG-----GGGTTC-AAT--A--TG-------A-AC--AT-TTTC------CA-GA-ATG---A-TA---------GTATATC-ATTTG
gi|88605                      :                                                                             CTACA-CAA-----AGGATT-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTCT------TA-GG-GTGAT-AGTACAT------GTATATC-ATTGGT-AGATG-TGCAG-TGCG-AT-ATATCGATTG-T--CA---TT-T-TGT-CTG---GACA-T--G-C-A-AG-CA--TT-AG-CG-CGCACA-TGCA
gi|88606                      :                                                                                                                                                                   ATC-ATTTGT-AGAGG-TGCAG-AACG-AT-A--------G-C--CA---TT-T-TGC-CTG---GACA-T--G-T-A-TA-CA--TG-TA-TG-TGC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                               2222222222222222                                    11111111                1                                                 
lowQualScore                  :         777  33       2  2    55  55  44  44     1 22 1 3 1   1 777777777        1   66666      1   22 22  7777777 1  44  1    555555  1  1   6666666666666666       2     77     2   0 2    5  2 22222222 2 55  666  2 2 2 2   444    2 33 2 2 2  3  555 3  3  6      4    
lowQualScore                  :         ...  ..       .  .    ..  ..  ..  ..     . .. . . .   . .........        .   .....      .   .. ..  ....... .  ..  .    ......  .  .   ................       .     ..     .   . .    .  . ........ . ..  ...  . . . .   ...    . .. . . .  .  ... .  .  .      .    
lowQualScore                  :         222  11       1  1    00  00  88  66     8 55 8 6 8   8 333333333        7   11111      7   44 44  4444444 7  88  7    555555  9  9   0000000000000000       0     22     2   6 4    0  5 55555555 5 99  999  5 5 5 5   444    7 77 7 7 7  1  333 1  1  2      4    
consensus                     :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATGAT-A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
Reference ( family-665 )      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATGAT-A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88583                      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTC------TA-GG-ATGATCA-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TACACG-TGCA
gi|88584                      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG--AAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTC------TA-GG-AT--C-A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TACACG-TGCA
gi|88585                      :    TTCTTAT-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GT--CCC-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTAT------TA-GG-ATG---A-TA---------GTATATC-ATCTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-CAA-TG-CA--CG-TG-CATTGCA
gi|88586                      :    TTCTT-C-TT--CTTTGGC-AC-TTTTTTTT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CTT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATG---A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTTGG-AACG-AT-A--------G-T--AATTTTT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCATG-TGCA
gi|88587                      :     TCTT-TATT--CTCCGGT-AC-TTTT--TTT-GTT-CCC-GAAAT-GATT-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AAACCT-TTTT------TA-GG-ATG---A-TA---------GTATATC-ATCTG--AAGTG-TTC-G-AACG-AT-A--------G-T--CAT--TT-T-T-T-CTG---AAAATT--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88588                      :       TT-C-TTATCTCCGGT-ATACTTT--TT--GT--CCG--AAGT-G--T-TTC-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATCGGAT--A--TG-------AGAA--CC-TTTT------TA-GG-ATGA--A-TA---------GTTTATC-ATTTGA-AGGTG-TTCGC-AACG-AT-AAG------G-T--CA---TT-T-T-T-CTC---GAAA-T--G-C-ACTG-CA--TG--G-CA-TGCACG-TGCA
gi|88589                      :    TTCTT-A-TC--CTCCGTTTAC-TTTT--TT--GT--CCC-AAGTT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGAT--GAT--A--TG-------A-AAACCT-TTTT------TA-GG-A-G---A-TA---------GTTTATC-ATTTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-ATCA--------G-TC-CA---TT-T-T-TCCTG---AAAA-T----C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCACG-TG
gi|88590                      :    TTCTT-C-TT--CTTCAGC-AC-TTTT--TT--GT--CCA-AAAGT-G--T-T-C-TCA-A---------AACCTCTA-CAT-----GGAATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT---------GGTATG---A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTTGG-A
gi|88591                      :    TTATT-A-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GTTCCCG-AATGT-G--T-T-CCTCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GTC--A--TG-------A-AA--CCTTTTT------TA-GG-ATGG--A-TA---------GCAT
gi|88592                      :    TTCTT-C-TT--CTTCGGC-AT-TTTTT-TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-A---------AACCTGTA-CAA-----GGGATC-GAT--A--TG-------T-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATGAT-A-cagggaacttggatcggtgttctgcatcatgttatt
gi|88593                      :    TTCTT-T-TT--TTCCAGC-AC-TTTA--TT--GT--CTG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTACA-CAT-----GGGACC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-
gi|88594                      :    TTCTT-AATT--CTCCGGC-AC-TTTT--TTTTGC--TCG-GAAA---------C-T-A-C---------AATAT-TA-AAA-----GGAATC-GATTCA--TG-------A-AA--CT-TATA------TA-GG-TTGAC-A-CC---------ATTTA---ATTTGT-AAACG-TGCAG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-TAT-CTG---AACA-T--G-C-G-T
gi|88595                      :    TTCTT-C-TT--CCTCGGC-GT-TTTC--TC--GT--CTG-GTAGT-G--A-T-G-TAA-G---------AAACTACA-AAA-----GAGAAA-AAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTA------TA-GG-ATG---A-TA---------GCATACC-ATTCG
gi|88596                      :     TTTT-A-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GT--CTC-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT------GCATC-ATT--A--TG----------A--CC-TTTT------TA-TG-AGCATGA-TA---------GTATAT--ATTTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-AT----------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88597                      :           -TT--CTCCGGT-AC-TTTT--T---GT--CCTCGAAGT-G--TGT-C-TCAAG---------AACCTGTA-CATC----GGGATC-GAT--A--TGA------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-A-GAT---TG---------GTATATC-ATCTGGAAGGTGTTTCGG-AACGCAT-C--------A-TCGCA---TTGTGT-T-CTGTAAAAAA-TCGA-C-A-TGCCA--CGTTG-CA-T
gi|88598                      :        tttaaT--CTCCGAT-AC-TTTT--TT--GT--TCTCGAAGT----T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TACGG-ATGAT---T----------GTATATCAATCTGA-AGG-G-TTCGGTAACGAAT-A--------GTT--CA----T-T-T-T-CTG---AAAA-T--GTC-A-TG-CA--CG-TG-CATTGCA
gi|88599                      : ttattaTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-A--T--------------------------A-CAA-----GGAATC-GAA--A--TG-------A-AA--CC-CTTA------TA-GA-ATGAT-AGTACATGTACATGTATATC-ATTTGT-AGATG-T
gi|88600                      :           -TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT---T--CTC-GAAGTCG--T-TAC-TCA-----------AACCTGTA--AT-----GG-ATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-A-GAT-A-GT---------TTATATC-ATTTG--AAGTG-TTC-G-ATCG-AT-A--------G-T--CA----T-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG--ATTTG-TGCCA-TGCACGATGCA
gi|88601                      :                       -AC-CTTT--TT--GT--CCT-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTACA-CAA-----AGGATC-GAT--A--TA-------A-AA--CC-TT
gi|88602                      :                                      T--CTG-GGAGT-G--T-T-C-TCT-G---------ACACTACA-CAC-----TAGATC-GAT--A--T----------------------------A-GG-GTGAT-A------------GTATATC-ATTTGT-AGATG-TTCAA-AACG-AT-G--------A-T--CA---TT-T-TGT-CTG---
gi|88603                      :                                          tt-GGAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AAACTACAATATCAAAAGGGATC-GAT--ACATGCATTCATA-AA--AC-TTTTAATTTATA-GG-TTGAT-A------------ACATGTA-ATTTGT-AAATG-TGCAG-AACG-AT-G--------G-T--CA---TT-T-TGT-CTG---AACA-T--G-C-G-T
gi|88604                      :                                               AAT-G--T-T-C-TCG-GGCATTACACAACTTGT--CAG-----GGGTTC-AAT--A--TG-------A-AC--AT-TTTC------CA-GA-ATG---A-TA---------GTATATC-ATTTG
gi|88605                      :                                                                             CTACA-CAA-----AGGATT-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTCT------TA-GG-GTGAT-AGTACAT------GTATATC-ATTGGT-AGATG-TGCAG-TGCG-AT-ATATCGATTG-T--CA---TT-T-TGT-CTG---GACA-T--G-C-A-AG-CA--TT-AG-CG-CGCACA-TGCA
gi|88606                      :                                                                                                                                                                   ATC-ATTTGT-AGAGG-TGCAG-AACG-AT-A--------G-C--CA---TT-T-TGC-CTG---GACA-T--G-T-A-TA-CA--TG-TA-TG-TGC


blockSeqs                     :         AT   AT       T  A    TT  TT  TC  TC     C AT G T C   A GCATTACAC        A   CAAAA      G   TC CA  CATTCAT G  AC  T    AATTTA  C  T   ATAGTACATGTACAT        A     GA     T     T    C  C TATCGATT T CG  TTT  G G A C   TAA    T CG T A C  C  TTT T  C  T      A
blockSeqs                     :         TA   .        .  .    T   T   T   TC     . .  . A .   . .                .   C          .   .  .   A       .  AC  .    .       .  .   ATAGTACAT              .     T      .     .    A  . AG       . C   T    . . G .   .      . .  . . .  .  T   .  .  T      .
blockSeqs                     :         AA   .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATGATA                 .     A      .     .    .  . .        . .   .    . . G .   .      . .  . . .  .  C   .  .  .      .
blockSeqs                     :         C    .        .  .    .   .   .   C      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ACACC                  .     T      .     .    .  . .        . .   .    . . G .   .      . .  . . .  .  T   .  .  .      .
blockSeqs                     :         C    .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATAGT                  .     A      .     .    .  . .        . .   .    . . G .   .      . .  . . .  .  C   .  .  .      .
blockSeqs                     :         C    .        .  .    .   .   .   C      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   CATA                   .     A      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .  .  T   .  .  .      .
blockSeqs                     :         A    .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   AATA                   .     T      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .  .  T   .  .  .      .
blockSeqs                     :         C    .        .  .    .   .   .   C      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   GATA                   .     T      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .  .  T   .  .  .      .
blockSeqs                     :         A    .        .  .    .   .   .   A      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATTG                   .     A      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .  .  C   .  .  .       
blockSeqs                     :         C    .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .     A      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .  .  C   .  .  .       
blockSeqs                     :         T    .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .     T      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .  .  T   .  .  .       
blockSeqs                     :         C    .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .     T      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .  .  T   .  .  .       
blockSeqs                     :         A    .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .     T      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .                       
blockSeqs                     :         C    .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .     T      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .      . .  . . .                       
blockSeqs                     :              .        .  .    .   .   .   C      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .     T      .     .    .  . .        . .   .    . . . .   .                                       
blockSeqs                     :              .        .  .    .   .   .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATT                    .     .      .     .                                                                               
blockSeqs                     :              .        .  .    .   .   .   C      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .     .      .                                                                                     
blockSeqs                     :                       .  .    .   .   .   T      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .                                                                                                  
blockSeqs                     :                                       .   G      . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .   ATA                    .                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                  . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .    .       .  .                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                  . .  . . .   . .                .   .          .   .  .   .       .  .   .                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                  .   .          .   .  .   .       .  .   .                                                                                                                                             


blockSeqCons                  :                                                                                                                                               ATA*************
originalCons                  :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATGAT-A-TA---------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
finalCons                     :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------TA-GG-ATGATA-------------GTATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                          111111111111                                      11111111                1                                                 
lowQualScore                  :         777  33       2  2    55  55  44  44     1 22 1 3 1   1 777777777        1   66666      1   22 22  5555555 1  66  1    555555 333 1  1  1 555 1  555555555555 22      2     77     2   0 2    5  2 22222222 2 55  666  2 2 2 2   444    2 33 2 2 2  3  555 3  3  6      4    
lowQualScore                  :         ...  ..       .  .    ..  ..  ..  ..     . .. . . .   . .........        .   .....      .   .. ..  ....... .  ..  .    ...... ... .  .  . ... .  ............ ..      .     ..     .   . .    .  . ........ . ..  ...  . . . .   ...    . .. . . .  .  ... .  .  .      .    
lowQualScore                  :         222  11       1  1    00  00  88  66     8 55 8 6 8   8 333333333        7   11111      7   44 44  7777777 7  55  7    555555 333 9  9  9 222 9  222222222222 88      0     22     2   6 4    0  5 55555555 5 99  999  5 5 5 5   444    7 77 7 7 7  1  333 1  1  2      4    
consensus                     :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------T---A-GG-AT-G---A-TA------------G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
Reference ( family-665 )      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------T---A-GG-AT-G---A-TA------------G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88583                      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTC------T---A-GG-AT-GATCA-TA------------G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TACACG-TGCA
gi|88584                      :    TTCTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG--AAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTC------T---A-GG-AT-C---A-TA------------G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TACACG-TGCA
gi|88585                      :    TTCTTAT-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GT--CCC-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTAT------T---A-GG-AT-G---A-TA------------G--TATATC-ATCTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-CAA-TG-CA--CG-TG-CATTGCA
gi|88586                      :    TTCTT-C-TT--CTTTGGC-AC-TTTTTTTT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CTT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------T---A-GG-AT-G---A-TA------------G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTTGG-AACG-AT-A--------G-T--AATTTTT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCATG-TGCA
gi|88587                      :     TCTT-TATT--CTCCGGT-AC-TTTT--TTT-GTT-CCC-GAAAT-GATT-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AAACCT-TTTT------T---A-GG-AT-G---A-TA------------G--TATATC-ATCTG--AAGTG-TTC-G-AACG-AT-A--------G-T--CAT--TT-T-T-T-CTG---AAAATT--G-C-A-TG-CA--CG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88588                      :       TT-C-TTATCTCCGGT-ATACTTT--TT--GT--CCG--AAGT-G--T-TTC-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATCGGAT--A--TG-------AGAA--CC-TTTT------T---A-GG-AT-GA--A-TA------------G--TTTATC-ATTTGA-AGGTG-TTCGC-AACG-AT-AAG------G-T--CA---TT-T-T-T-CTC---GAAA-T--G-C-ACTG-CA--TG--G-CA-TGCACG-TGCA
gi|88589                      :    TTCTT-A-TC--CTCCGTTTAC-TTTT--TT--GT--CCC-AAGTT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGAT--GAT--A--TG-------A-AAACCT-TTTT------T---A-GG-A--G---A-TA------------G--TTTATC-ATTTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-ATCA--------G-TC-CA---TT-T-T-TCCTG---AAAA-T----C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCACG-TG
gi|88590                      :    TTCTT-C-TT--CTTCAGC-AC-TTTT--TT--GT--CCA-AAAGT-G--T-T-C-TCA-A---------AACCTCTA-CAT-----GGAATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------------GGTAT-G---A-TA------------G--TATATC-ATTTGT-AGGTG-TTTGG-A
gi|88591                      :    TTATT-A-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GTTCCCG-AATGT-G--T-T-CCTCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GTC--A--TG-------A-AA--CCTTTTT------T---A-GG-ATGG---A-TA------------G--CAT
gi|88592                      :    TTCTT-C-TT--CTTCGGC-AT-TTTTT-TT--GT--CCG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-A---------AACCTGTA-CAA-----GGGATC-GAT--A--TG-------T-AA--CC-TTTT------T---A-GG-AT-G---A-TA------------cagggaacttggatcggtgttctgcatcatgttatt
gi|88593                      :    TTCTT-T-TT--TTCCAGC-AC-TTTA--TT--GT--CTG-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTACA-CAT-----GGGACC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-
gi|88594                      :    TTCTT-AATT--CTCCGGC-AC-TTTT--TTTTGC--TCG-GAAA---------C-T-A-C---------AATAT-TA-AAA-----GGAATC-GATTCA--TG-------A-AA--CT-TATA------T---A-GG-TT-G---A-CA------------C--CATTTA-ATTTGT-AAACG-TGCAG-AACG-AT-A--------G-T--CA---TT-T-TAT-CTG---AACA-T--G-C-G-T
gi|88595                      :    TTCTT-C-TT--CCTCGGC-GT-TTTC--TC--GT--CTG-GTAGT-G--A-T-G-TAA-G---------AAACTACA-AAA-----GAGAAA-AAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTA------T---A-GG-AT-G---A-TA------------G--CATACC-ATTCG
gi|88596                      :     TTTT-A-TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT--GT--CTC-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT------GCATC-ATT--A--TG----------A--CC-TTTT------TATGA-GC-AT-G---A-TA------------G--TATAT--ATTTGA-AGGTG-TTCGG-AACG-AT----------G-T--CA---TT-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG-CA--TG-TG-CA-TGCACG-TGCA
gi|88597                      :           -TT--CTCCGGT-AC-TTTT--T---GT--CCTCGAAGT-G--TGT-C-TCAAG---------AACCTGTA-CATC----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AAA-CC-TTTT------T---A-GG-A--G---ATTG------------G--TATATC-ATCTGGAAGGTGTTTCGG-AACGCAT-C--------A-TCGCA---TTGTGT-T-CTGTAAAAAA-TCGA-C-A-TGCCA--CGTTG-CA-T
gi|88598                      :        tttaaT--CTCCGAT-AC-TTTT--TT--GT--TCTCGAAGT----T-T-C-TCA-G---------AACCTGTA-CAT-----GGGATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------T---ACGG-AT-G---A-TT------------G--TATATCAATCTGA-AGG-G-TTCGGTAACGAAT-A--------GTT--CA----T-T-T-T-CTG---AAAA-T--GTC-A-TG-CA--CG-TG-CATTGCA
gi|88599                      : ttattaTT-C-TT--CTCCGGC-AC-TTTT--TT--GT--CCG-GAAG-----------------------------TATA-CAA-----GGAATC-GAA--A--TG-------A-AA--CC-CTTA------T---A-GA-AT-G---A-TAGTACATGTACATG--TATATC-ATTTGT-AGATG-T
gi|88600                      :           -TT--CTCCGGT-AC-TTTT--TT---T--CTC-GAAGTCG--T-TAC-TCA-----------AACCTGTA--AT-----GG-ATC-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTTT------T---A-GG-A--G---A-TA------------GTTTATATC-ATTTG--AAGTG-TTC-G-ATCG-AT-A--------G-T--CA----T-T-T-T-CTG---AAAA-T--G-C-A-TG--ATTTG-TGCCA-TGCACGATGCA
gi|88601                      :                       -AC-CTTT--TT--GT--CCT-GAAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AACCTACA-CAA-----AGGATC-GAT--A--TA-------A-AA--CC-TT
gi|88602                      :                                      T--CTG-GGAGT-G--T-T-C-TCT-G---------ACACTACA-CAC-----TAGATC-GAT--A--T-------------------------------A-GG-GT-G---A-TA------------G--TATATC-ATTTGT-AGATG-TTCAA-AACG-AT-G--------A-T--CA---TT-T-TGT-CTG---
gi|88603                      :                                          tt-GGAGT-G--T-T-C-TCA-G---------AAACTACAATATCAAAAGGGATC-GAT--ACATGCATTCATA-AA--AC-TTTTAATTTAT---A-GG-TT-G---A-TA------------A--CATGTA-ATTTGT-AAATG-TGCAG-AACG-AT-G--------G-T--CA---TT-T-TGT-CTG---AACA-T--G-C-G-T
gi|88604                      :                                               AAT-G--T-T-C-TCG-GGCATTACACAACTTGT--CAG-----GGGTTC-AAT--A--TG-------A-AC--AT-TTTC------C---A-GA-AT-G---A-TA------------G--TATATC-ATTTG
gi|88605                      :                                                                             CTACA-CAA-----AGGATT-GAT--A--TG-------A-AA--CC-TTCT------T---A-GG-GT-G---A-TAGTACAT------G--TATATC-ATTGGT-AGATG-TGCAG-TGCG-AT-ATATCGATTG-T--CA---TT-T-TGT-CTG---GACA-T--G-C-A-AG-CA--TT-AG-CG-CGCACA-TGCA
gi|88606                      :                                                                                                                                                                            ATC-ATTTGT-AGAGG-TGCAG-AACG-AT-A--------G-C--CA---TT-T-TGC-CTG---GACA-T--G-T-A-TA-CA--TG-TA-TG-TGC