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Reference ( gi|85497 )        : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GG---A---A--CGA-ATT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GA-T-----CC----A--------T--------A-----G-TA-A--ACG-CGC-T-TTC---AC-GTTA-G-G---T--A--G----------GA--TGG---T-AT-A-C-A-----------ACAC-----------AA---A-AA--TA-A-A--GAAAAAAG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CAGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-TA-A-T-CAT-TTA--AGCG-TCAT-AGTCT
gi|85498                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GA---A---A--CAA-GTT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA-------T--G-GC--G--GA-T-----CC----AA-------T--------A-----G-TA-AC-ACG-CGC-T-TTC---AT-GTTG-G-G---T--A--G----------GA--TGG---T-AT-A-C-A-----------ACACGGTGACAACACAG---A-AA--TA-A-A--GAAAA-AG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CAGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-TA-A-T-CAT-TTA--AGCG-TCAT-AGTCT
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Reference ( family-664 )      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GG---A---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GAT-----CC----A--------T--------A-----GC-AA-CA-CG-CGCT-TTC---AC-GTTA-G-G---T--A--G----------GA--T-GG---T-AT-AC-A-----------ACACA----------AG--AA-AT-A-A-A-GAAAAAAG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CGGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-TA-A-T-CAT-TTA--AGCG-TCAT-AGTCT
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blockSeqs                     :       . . .  .     . .    .   .   .     .  .     .  .  .   .  .  .    . . .  .   .  .    .  .  .  .  .    .      AATA                          .  .  .  .    .   .    .    GGCTAG                    TG    .   .  .  . .               .           .   .  . . . .        .   .          .     .    .     . .       .   .   .    .  . G   . . .  . . .   .   .     .    .
blockSeqs                     :       . . .  .     . .    .   .   .     .  .     .  .  .   .  .  .    . . .  .   .  .    .  .  .  .  .    .      AATA                          .  .  .  .    .   .    .    GGTAG                     TT    .   .  .  . .               .           .   .  . . . .        .   .          .     .    .     . .       .   .   .    .  . G   . . .  . . .   .   .     .    .
blockSeqs                     :       . . .  .     . .    .   .   .     .  .     .  .  .   .  .  .    . . .  .   .  .    .  .  .  .  .    .      AATA                          .  .  .  .    .   .    .    GGTAG                     TG    .   .  .  . .               .           .   .  . . . .        .   .          .     .    .     . .       .   .   .    .  . T   . . .  . . .   .   .     .    .
blockSeqs                     :       . . .  .     . .    .   .   .     .  .     .  .  .   .  .  .    . . .  .   .  .    .  .  .  .  .    .      AATA                          .  .  .  .    .   .    .    GGTAG                     AG    .   .  .  . .               .           .   .  . . . .        .   .          .     .    .     . .       .   .   .    .  . G   . . .  . . .   .   .     .    .
blockSeqs                     :       . . .  .     . .    .   .   .     .  .     .  .  .   .  .  .    . . .  .   .  .    .  .  .  .  .    .      ATTA                          .  .  .  .    .   .    .    GGTAG                     TG    .   .  .  . .               .           .   .  . . . .        .   .          .     .    .     . .       .   .   .    .  . G   . . .  . . .   .   .     .    .
blockSeqs                     :       . . .  .     . .    .   .   .     .  .     .  .  .   .  .  .    . . .  .   .  .    .  .  .  .  .    .      AATA                          .  .  .  .    .   .    .    GGTAG                     GG    .   .  .  . .               .           .   .  . . . .        .   .          .     .    .     . .       .   .   .    .  . G   . . .  . . .   .   .           
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blockSeqs                     :       . . .  .     . .    .   .   .     .  .     .  .  .   .  .  .    . . .  .   .  .    .  .  .  .  .    .      ATA                           .  .  .  .    .   .    .    GGCAA                     TG    .   .  .  . .               .           .   .  . . . .        .   .          .     .    .     . .       .   .   .    .  . .   . .                            
blockSeqs                     :       . . .  .     . .    .   .   .     .  .     .  .  .   .  .  .    . . .  .   .  .    .  .  .  .  .    .      ATT                           .  .  .  .    .   .    .    TGAAG                     TA    .   .  .  . .               .           .   .  . . . .        .   .          .     .    .     .                                                              
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lowQualScore                  :       9 9 9  9     9 333  333 333 66    9  0000  9  8  55  8  8  4444 7 7 5  5   7  4444 44 44 5  66 33   00000000  33333333  4444444 33 2222222222222 7  7  333     7   999  7    555555555555555555555555  22222 999 7  66666666666  7 5555     3333333333  33  7  3 7 7 7        8   99999999   8     6    55    8 88 4    0   0   2222 0  0 888 0 0 1  4 4 5   5   44    7    3     
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Reference ( family-664 )      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GG---A---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------C-AA-CA-C-GCGCT-TTC---AC-GTTA-G-G---T--A--G----------GA--T-GG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT-A-A-A-GAAAAAAG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CGGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-TA-A-T-CAT-TTA--AGCG-TCAT-AGTCT
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gi|85495                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-T---G----A---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AT-AGA-AA----A--T--G-GC-----GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------C-AA-CA---GCGTT-TTC---AC--TTATA-G---T--AC-A----------GG--T-TG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT-A-A-A-G-AAAAAG-ACG--------AAA-AACGT-G-AG--AATA-T--CGG--A-TTA-AAG----A-TA-A---A-T-A-TA-A-T--AT-TTA--GGCG-TCAT-AGTCT
gi|85496                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-T---G----A---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AT-AGA-AA----A--T--G-GC-----GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------C-AA-CA---GCGTT-TTC---AC--TTATA-G---T--AC-A----------GG--T-TG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT-A-A-A-G-AAAAAG-ACG--------AAA-AACGT-G-AG--AATA-T--CGG--A-TTA-AAG----A-TA-A---A-T-A-TA-A-T--AT-TTA--GGCG-TCAT-AGTCT
gi|85497                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GG---A---A--CGAA-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GAT--------CC--------A--------T--A-----G-------T-AA--A-C-GCGCT-TTC---AC-GTTA-G-G---T--A--G----------GA--T-GG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------A---AA-AT-A-A-A-GAAAAAAG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CAGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-TA-A-T-CAT-TTA--AGCG-TCAT-AGTCT
gi|85498                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GA---A---A--CAAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA-------T--G-GC--G--GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------T-AA-CA-C-GCGCT-TTC---AT-GTTG-G-G---T--A--G----------GA--T-GG---T-AT-----------AC-A----ACACGGTGACAACACAG--AA-AT-A-A-A-GAAAA-AG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CAGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-TA-A-T-CAT-TTA--AGCG-TCAT-AGTCT
gi|85499                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GA---G---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------T-AA-CA-C-GCGCT-TTC---AC-GTTA-G-G---T--A--G----------GA--T-GG---T-AT-----------AC-A----ACACA--------------AA-AT---A-A-GAAAAAAG-CCG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CAGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-
gi|85500                      : ATGTGGGA-A-TA-GAAAA-C---GG---A---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-GGAA-AGA-AA----A--T--G-G------GAT--------CC--------AA-------T--A----------------A-CG-C-GCGCT-TTG---AT-GTTA-G-G---T--A--G----------GA--T-GG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT---A-A-GAAAAAAG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CAGGCA--TA-AAG----A-TA-A---A-T-A-TA-A-T-CAC-TTA--AGCG-TCAT-AGTCTaa
gi|85501                      : ATGTGG-A-A-TA-GGAAA-C---GG---A---A--CGAG-TT-----T-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------T-AA-CA-CGGCGCT-TTC---AC-GTTA-G-G---T--A--G----------GA--TGGG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT---A-A-GAAAAAAG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CAGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-
gi|85502                      : ATATGG-A-A-TG-GAAAA-C---GG---A---A--TGAG-TT----AT-CA-AA--GT-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GT--G--GAT--------CC--------AATGCAGATT--A-----G-------C-AA-CA-C-GCGCT-TTC---AC-GTTA-----------------------------------T-AT-----------AC-AGGATACACA----------AG--AA-AT-A-A-A-GAAAAGGG-ATG--------AAA-ACATT-GAAG--AATT-GC-CGGGCA-TTA-CAGA---A-TA-A-G-A-T-A-TA-T-T-CAT-TTA--AGC--TCAT-AGTCTaa
gi|85503                      : ATGTGG-A-A-TG-GAAAA-C---GGCGAA---A--TGAG-TT----AT-CA-AA--GT-G------------G-AA-AGA-AA-------T--GCGT--G--GAT--------CC--------AG-------C--A-----GACTTATGCGAA-CA-C-GCGCTGTTC---AC-GTTA-T-----T--AC-G----------GA-----------AT-----------AC-A-------CA----------AGCCAA-AT-A-C-A-AGAAAAGG-ATG--------AAA-ACATT-GAAG--AATC-AGCCGGGCA-TTA-CAG----A-TA-A-G-A-TCA-TA-ATT-CAT-TTA--AGCC-TCATAAGTCT
gi|85504                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-T---GG---A---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GT-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GAT--------CC--------AA-------T----------------------------GCT-TTC---AC-GTTA-T-G---T--AC-A----------GA--T-TG---T-AT-----------AC-T----ACGCA----------AG--AA-AT-A-A-A-GAAAA
gi|85505                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GG---ACCAA--CGAG-TT----ATGCA-AAAGGC-GA-AA----G-TCG-AA-AGA-AAG---A--T--G-GCCAG--GAT--------CC--------AA-------T--A-------------T-AA-CA-C-GCGCT-TTC---A--GTTA-G-GGGTT--A--G----------GAAAT-GG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------GA--CA-AT-A-A-A-GAAAAAGA-TCG--------AAA-AC-GT-G-AG--AA-T-A--CAGGC--TTA-AAG----A-TA-A-GAA-TAA-TA-A-T-CAT-TTAAGAGCGTTCAT-AGTCTgg
gi|85506                      : ATGGAA-A-A-TA-GAAAAAC---GG---A---A--CAAG-TT----AT-CACAA--GC-GA-AACAGTG-T-A-AA-GGA-AA----A--T--G--C--A--GAT--------CC--------A--------T--A-----G-------T-AA-CA-C-GCGCT---C---AC-GTTA-G-GC--T--A--G----------GA--T-GG---T-AT-----------AC-A-----C-CA----------AG--AA-AT-A-A-A-GCAAAAAG-ACAC-------GAA-ACA-T--AAG--AATT-A--CAGGCACTTA-AAGC---ATTA-A-G-ACT-A-TA-C-T-CATCTTA--AGCG-TCATAAGTCT
gi|85507                      : ATGTAG-A-AGTAAGAAAA-C---GG---A---GACCGAG-TCTTAAAT-CC-AA--GC-GA-AAC---G-T-G-AA-AGA-AATCAGA--T--G-GCCTGTCGATATCGCCCGCT--------AA-------T--A-----G-------T-AA-CA-C-GCGAT-TTC----C-GTTC-GCGAT-T--A--G----------GC--A-GG---T--T-----------ACCA----ACACA----------AG--AA-ATTACA-A-GAAAAAAG-CCGCCGAGAGAAAACACAGT-GAAG--AATT-A--C-GACA-TT--AAG----A-TA-A-G-A-T-
gi|85508                      : ATGTGG-A-A-TA-GAAAA-C---GG---A---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-CA----GTT-G-AA-AGA-AA----A--T--GTGC--A--GAT--------CC--------AA-------TCAA-----G-------C-AACCA-C-GCACT-TTC---ACGGTTA-G-G---T--A-------------GA--T-GG---TGATA----------AA-A----ACAC-----------AG--AA-AT-A------AAAAAAG-AGG--------AAA-ACAGTGGAAG--AAT------GCATA-TTAGAAGAATAA-TA-A-T-G-C-A-TA-A-T-TAG-T----AGCG--CAT-AG
gi|85509                      : ATGTGG-AGA-TA-GGAAA-CACGGA---A---A--CGAG-TT----AC-TA-A----C-GA-AA----G-T-G-GATAGACAA----A--TTGG-GT--G--GAT--------TCCGTGTTAGAT-------T--A-----G-------C-AA-TA-C-AAGCC-TTCGTCAT-GTTA-T-A---TCAA--A----------GA--G-GGACGT-AT-----------AC-A----ACA-A----------AG--AATAT-A-A-TTGAAAAGAG-ACG--------AAA-ACATT-GAGG----TT-A--TGGGCA-TTA-AAGA---A-TA-AGG-A-T-ATTATA-T-CAT-TTA--A
gi|85510                      : ATGTGG-A---TG-AAAAA-G---GA---A---A--CGAGATT----AT--A-AG--GC-GAGAA----G-T-G-AA-AAA-AA----AAAT--G-A---G--GAT--------T---------AA-------T--T-----A-------C-AA-CAAC-GTGCT-T-------------------------------------------G---T-AC-----------AC-A----A-ACA----------AG--AA-AT-A-A-A-GAAAAAGG-A-G--------GAA-ACAGTGGAAGGAAATTGA--CGGGCA-TT--AAG----A-TATA-G-A-C-A-TA-A-
gi|85511                      :  TGTGG-A-A-TA-AAAAA-G---GG---C---A--CGAG-TT----AT-CA-AA--GC-GA-AA----G-T-G-GACAGA-AA----T--T--G-GC--G--GAT--------TCCA------AA-------T--A-------------C-AA-CA-C-GCACT-TT----AC-GTTA-G-GC--T--A--GAGCCGTTTCTGT--T-AA---T-AC-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT-A-T-A-CAGAGAAgtaatgttta
gi|85512                      :   GTGG-A-A-TA-----A-C---GG---A---A--CAAG-TT----AT-CA-A---GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------T-AA-CA-C-GCGC--TTC---AC-G-TG-G-G---T--A--G----------GA--TGGG---T-ATACACACAGTGGAC-A----ACACA----------AG--AA-ATAA-A-A-GAAAAAAG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--C-AGCA-TT--AAG----A-TA-A-G-A-T-A-TA-A-T-CAT-TTA--AGCG-TCAT-AGTCTtgataaataaagacggcacaatataggca
gi|85513                      :      G-A-A-TA-GAA---C---GG---A---A--CGAA-TT----AT-CA-AA--GCAGA-AA----G-T-GCAA-AGA-AA----A--T--G-GC--G--GAT--------CC--------AT-------T--A-----G-------T-AA-CA-C-GCCCT-TTC---AC-GTAT-G-C---T--A--G----------GAA-T-TA---T-A------------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT-A-GCA-GAAAAAAGCACGGA------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-A--CGGGCA-TTA-AAG----A-TA-A-G-A-T-A-TA-C-TCCAT-TTA--AGCG-TCAT-AGTCT
gi|85514                      :                                                    A-AA--GC-GA-AA----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GC--A--GAT--------CC--------AA----------A-----G-------C-TA-CA-T-GCACT-TTT---AT-GTCG-T-G---T--ACAG----------GA--T-TG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT-A-A-A-GAAAAAGG-ACG--------GAA-ACAGT-AAAG--AATT-A--CGGACA-TTA-AAG----C-TA-A-G-A-T-A-TA-A-T-CAT-TTA--AGCA-TCAT-AGTCT
gi|85515                      :                                                                  ----G-T-G-AA-AGA-AA----A--T--G-GT--G--GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------C-AA-CA-A-GCGCT-TTC---AC-GTTA-G-G---C--A--A----------GA--T-GG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT-A-A-A-GAAAAAAT-ACA--------AAA-ACAGT-GAAG--AACT-
gi|85516                      :                                                                                                  C--G--GAT--------CC--------AA-------T--A-----G-------C-AA-CA-C-GCGCT-TTC---AC-GTTC-T-G---A--A--G----------AA--T-AG---T-AT-----------AC-A----ACACA----------AG--AA-AT-A-A-A-GAAAAAAG-ACG--------AAA-ACAGT-GAAG--AATT-