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lowQualScore                  :    .    .   .    .   .. .  .  .  .  ....... .   .     .   . ..  .....       . .      
lowQualScore                  :    2    1   1    8   55 6  6  7  5  4444444 9   7     7   7 44  11111       1 1      
consensus                     : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
Reference ( gi|92032 )        : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92034                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATAA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92036                      : CAT-TGGC-GCC-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTAT-A-TACTAT
gi|92035                      : CAT-AGGC-GCT-CCCCCATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATAA-TGAAG-TTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92037                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GT-------AATGA-TGAAG-GTC-C--TAATCGTCCCCTCT-A-TGCTAT
gi|92038                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA--T-TT-GT-------AATGA-TGAA--GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92043                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ACA--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCC
gi|92040                      : CATCAGGC-GCT-CCCC-ATG--TTAA-TT-TTTGTA------AATGA-TGGAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TA
gi|92039                      : CAT-AGGCCGCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-T--GTA------A-TGA-TGAAG-GTC-C--TA------CCCTCT-A-TACTAT
gi|92042                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AATTT-TT-ATAT-----AATGA-TGAAG-GTC-CTATA-----CCCCTCT-A-
gi|92044                      : CAT-AGGC-ATT-CCCT-ATG--T-AA-TT-CT-GTA------AATGA-TGTAG-GT--C--TA-----CCCCTCA-G-AACTAT
gi|92045                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-AT-CT-GTA------AATGA-TGTAG---T-C--TA------CCCTCTAA-TACTA
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gi|92041                      : CAT-AGGC-GCT-CCC--ATGCGT-AA-TT-T--GTA------A-TGA--GAAG-GTC-C--TA-----CCCCT
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gi|92049                      :    -AGGC-ACTTCCCC-ATG--TTAA-TTCTT-GTC------A-TGA-TGAAG-GTC-C--T-------CCCTCT-A-
gi|92051                      :         -GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-ATA------AATGA-TGAAG-GCC-C--TAC----CCCCTTT-A-TA
gi|92053                      :               CCC-ATG--C-AA-TT-TT-GCA------AATGA-TAAAG-ATC-C--TA-----CCCCTCT-A-TAATAT
gi|92052                      :               CCC-A-G--T-AA-TT-TTCGTA------A-TGA-TGAAAAGTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92054                      :                  -ATG--T-AA-TT-TT-GTA------A-TGA-TGAAG-GTC-A--TA-----CCCCTCT-A-TA-TAT
gi|92055                      :                               -TT-GTA------A-TGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TAC





Alignments
lowQualScore                  :    2    2   2    1   22 3  3  1  3  8888888 5   1     1   1 22  55555       2 2      
lowQualScore                  :    .    .   .    .   .. .  .  .  .  ....... .   .     .   . ..  .....       . .      
lowQualScore                  :    1    0   0    7   44 5  5  7  3  7777777 3   7     7   7 33  88888       0 0      
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Reference ( family-661 )      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
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gi|92037                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GT-------AATGA-TGAAG-GTC-C--TAATCGTCCCCTCT-A-TGCTAT
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gi|92039                      : CAT-AGGCCGCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-T--GTA------A-TGA-TGAAG-GTC-C--TA------CCCTCT-A-TACTAT
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gi|92055                      :                               -TT-GTA------A-TGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TAC





Alignments
lowQualScore                  :    2    2   2    1   22 3  3  1  3  8888888 5   1     1   1 22  55555       2 2      
lowQualScore                  :    .    .   .    .   .. .  .  .  .  ....... .   .     .   . ..  .....       . .      
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consensus                     : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
Reference ( family-661 )      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92032                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92033                      : CAT-ACGC-GCT-CCCC-GTG--T-AA-TT-TT-GT-------AATGATTGGTG-GTC-C--TA-----CCCC
gi|92034                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATAA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92035                      : CAT-AGGC-GCT-CCCCCATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATAA-TGAAG-TTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
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blockSeqs                     :    .    .   .    .   .  .  .  .  .  A       .   .     .   . .   .           . .
blockSeqs                     :         .   .    .   .  .  .  .  .  .       .   .     .   . .   .           . .
blockSeqs                     :                  .   .  .  .  .  .  .       .   .     .   . .   .              
blockSeqs                     :                  .   .  .  .  .  .  .       .   .     .   . .   .              
blockSeqs                     :                  .   .  .  .  .  .  .       .   .     .   . .   .              
blockSeqs                     :                               .  .  .       .   .     .   . .   .              


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
finalCons                     : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT





Alignments
lowQualScore                  :    2    2   2    1   22 3  3  1  3  8888888 5   1     1   1 22  55555       2 2      
lowQualScore                  :    .    .   .    .   .. .  .  .  .  ....... .   .     .   . ..  .....       . .      
lowQualScore                  :    1    0   0    7   44 5  5  7  3  7777777 3   7     7   7 33  88888       0 0      
consensus                     : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
Reference ( family-661 )      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92032                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92033                      : CAT-ACGC-GCT-CCCC-GTG--T-AA-TT-TT-GT-------AATGATTGGTG-GTC-C--TA-----CCCC
gi|92034                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATAA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92035                      : CAT-AGGC-GCT-CCCCCATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATAA-TGAAG-TTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92036                      : CAT-TGGC-GCC-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTAT-A-TACTAT
gi|92037                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GT-------AATGA-TGAAG-GTC-C--TAATCGTCCCCTCT-A-TGCTAT
gi|92038                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA--T-TT-GT-------AATGA-TGAA--GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92039                      : CAT-AGGCCGCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-T--GTA------A-TGA-TGAAG-GTC-C--TA------CCCTCT-A-TACTAT
gi|92040                      : CATCAGGC-GCT-CCCC-ATG--TTAA-TT-TTTGTA------AATGA-TGGAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TA
gi|92041                      : CAT-AGGC-GCT-CCC--ATGCGT-AA-TT-T--GTA------A-TGA--GAAG-GTC-C--TA-----CCCCT
gi|92042                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AATTT-TT-ATAT-----AATGA-TGAAG-GTC-CTATA-----CCCCTCT-A-
gi|92043                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ACA--T-AA-TT-TT-GTA------AATGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCC
gi|92044                      : CAT-AGGC-ATT-CCCT-ATG--T-AA-TT-CT-GTA------AATGA-TGTAG-GT--C--TA-----CCCCTCA-G-AACTAT
gi|92045                      : CAT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-AT-CT-GTA------AATGA-TGTAG---T-C--TA------CCCTCTAA-TACTA
gi|92046                      : CAT-AGGC-TCT-CCC--ATT--C-AA-TT-CT-GTA------A-TGA-TGTAG-GTC----TA-----CCACTCT-A-TACTA
gi|92047                      :  AT-AGGC-GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-GTAAATACTAATGA-TGAAG-GTC-C--GA-----CCCCTCT-A-
gi|92048                      :  AT-GGGC-GCT-CCCG-ATG--T-AA-TT-TT-GT-------AATGA-TGAAG-GCC-T--TA-----CCC
gi|92049                      :    -AGGC-ACTTCCCC-ATG--TTAA-TTCTT-GTC------A-TGA-TGAAG-GTC-C--T-------CCCTCT-A-
gi|92050                      :    -AGGC-GCT-GCCC-ATG--T-AATTT-TT-GT--------ATGA-TGAGG-GTCAA--TA-----CCCTCAT-ATTACTAT
gi|92051                      :         -GCT-CCCC-ATG--T-AA-TT-TT-ATA------AATGA-TGAAG-GCC-C--TAC----CCCCTTT-A-TA
gi|92052                      :               CCC-A-G--T-AA-TT-TTCGTA------A-TGA-TGAAAAGTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TACTAT
gi|92053                      :               CCC-ATG--C-AA-TT-TT-GCA------AATGA-TAAAG-ATC-C--TA-----CCCCTCT-A-TAATAT
gi|92054                      :                  -ATG--T-AA-TT-TT-GTA------A-TGA-TGAAG-GTC-A--TA-----CCCCTCT-A-TA-TAT
gi|92055                      :                               -TT-GTA------A-TGA-TGAAG-GTC-C--TA-----CCCCTCT-A-TAC