lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222222 444444 11 33333333333333333 2
lowQualScore : 2 2 2 2 2 000000000 2 33 2 33 44 22 55 2 2 4 77 2 333 4 4 777 22 2 5555555555555555555555555 4 22 22 2 2 2 444 2 2 444 44 555555 2 33 2 333 00 4 22 2 333 22 2 2 33 2 2 33 0 66666 2 33 7777 2 2 2 44444444444444444 44 555 8 2 3 3 3
lowQualScore : . . . . . ......... . .. . .. .. .. .. . . . .. . ... . . ... .. . ......................... . .. .. . . . ... . . ... .. ...... . .. . ... .. . .. . ... .. . . .. . . .. . ..... . .. .... . . . ................. .. ... . . . . .
lowQualScore : 7 7 7 7 7 777777777 7 44 5 44 99 99 00 0 0 0 55 0 555 0 0 555 88 1 8888888888888888888888888 2 22 99 1 1 1 333 1 1 666 77 444444 1 55 1 777 11 2 88 0 555 88 2 2 22 4 5 44 1 22222 5 44 7777 5 5 7 00000000000000000 22 444 3 1 1 1 1
consensus : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--G-T--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCAT-AG---TCAG-TAG-GAGCCA-TT---AG-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--TTC--AAT-G----A--ATAAACT---CCGGT-CGTCGAA-AT-G-AAT
Reference ( gi|90389 ) : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--G-T--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCATCAG--CTCAG-TAG-GAGCCA-TT---AC-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--CTC--AAT-GA---A--ATAAACT---CCGGTCCGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90388 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TGAT-TT--G-T--AG-CATTA--C-A--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCAT-AG---TCAG-TAG-GAGCCA-TT---AC-T-C--CTT-A---T-C--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTATTTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--TCA--AAT-G----A--ATAAACT---CCGGT-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90390 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--G-T--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--ATACC-ATG---G---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CC--TAG---TCAG-TAG-GAGCCA-TT---AC-T-T--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TCA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--G----T-TTCAAAT-TGTCTGACT-AC--TCA--AAT-G----A--ATAAACT---CCGGT-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90391 : ATATCTTAC-CCTC-C-TG-C---------TAAT-TT--G-G--AG--AT-A--CCA--TT-GG-TT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA---T-CAGTA-GAATT-C--AT-CCAT-AG---TCAG-TAG--AGCCA-TT---AT-C-C--TTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CG-CTGACT-AC--TCA--AATAGAGAGA--ATAAACT---CCGGT-CGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90392 : ATATCTTAC-C-TC-CATG-C---------TATT-TG--G-T--AGGCATTA--CCAA-TT-GG-AT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATATCTCTC--AT-A-CA-TATGCT-CAGTA-GAAAT-T-CAT-CCAT-AG---TCAG-TAG-AGACCA-TT---AC-T-C--CTT-A---TAC--ACGGT-AAGA-G-ATGAG--GTA-TTTTCTCGTCT--C-AA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AT--CTCA-AAT-G----A--ATAACTT---CCGGTTCGTTGAA-AT-G-
gi|90393 : ATATATTTC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--G-T--AG-CATTA--ACA--TT-GG-TTT-AACCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AG--C-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-T-CCT-CCATTAG---TCAG-TAG-TAGCCA-TT---AC-T----CTT-A---TAC---CGGTTATGA-GAATGAG--TTA-TTTT------------A-----T-TT--GT---T-TTCAATG-CGTCCGACTAAG--TTCA-AAT-GT---A----AAACT---CCGGT--GTCGAA-AT-G-AAT
gi|90394 : ATATCTTAC-C-T----TG-C---------TA-T-TT--G-T--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---A---------------------TTAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT---CAT-CC--TAC--GTCAG-TAG-GAGCCATTT---AC-TCC--CTT-A---TAC--ACGGTTCAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--A------CTCAAA------TGGAT-AC-----------------------ACT---CCGTTTTGTTGAA-AT-GCAAT
gi|90395 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAATATT--GTT--AG-CATTA--CC---TT-GG--TT-A--CATGAA-T---C--C-GT---GA--AGA-C-ATG---G---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAAAT---CAT-ACATTAG---TCAGATAG-GAG-CA-TT---AG-T-CCACTTAA---TA---AAGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-TTTT---G--------------------GC---T-TTCAAAG-CGTATGACT-----TTC--AAT-GA---A--TTAAACT---CCGGT-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90396 : ATATCTTAC---TC-C-T------------CAAT-TTCTG-T--AG-CATTAAGCCAATTT-GG-TTT-A--CATCGA-T---CGACTGTTTGAA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--ATGA-CACTA-G-T-TAG---GAATT-C-CATACCAT-AGTACT-AG-TAG-GAGCCA-TTTTAAG-T-C--CCT-T---CACTAACGGTT
gi|90399 : ACATCTTAC-C-TC-C-CG-T---------AAAT-TT--G-C--AA-TATCA--TCT--TT-GG-TTT-G--CATCAA-T---C-AC-GT---GA--ATAC
gi|90398 : ATATCTTTC-C-TA-C-TG-C---------AAAT-TC--A-TCAAG---TTG--TTT--TT-GT-TTT-A--CATTGA-T---A-AT-GT---AA--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-------AT-A-TA-T--------------ATT-C-CAT-GCA-CTG---TCAG-TGA-TAGTCA-TT---AG-T-C--TTT-A---TAC--
gi|90397 : ATATCTTGC-C-TC-C-TG-C---------AAA-----------AA-TATTA--TCA--AT-TG-TTT-A--CCGTGA-T---C-ACAGT----A--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-AC-A-T-CAATA-GA------------------------------AGCCA-TT---GG-T-C--TTT-A---TAC--ATGGTAAATA-G-
gi|90400 : TATCTTAC-T-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--G-T--AG-TATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACAT-AG---TAAG-TAG-GAACCA-TT---AG-T-C--CTT-A---TAC--GTGGTTAAGA-G-ATAAT--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--TCA--AAT-G----A--ATAAGCT---ACGGT-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90401 : TATCTTACGC-TCGC-TGGC---------TAAT-TT--G-T--AGGCATTA--CCA--TT-GGGTTT-G--CATCGAGT---CTAC-GT---GA--AGACCGATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-AACA-TA-G-TTCAGTA-GAATTTC-CAT-CCAT-AG---TCAG-TAG-GAGCCA-TT---AGAT-C--TTT-ACTGTAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAGGTTTA-TGTTC-CGT-T--CAAA-----TGTT--GT---T-TTCAAAG-GGTCTGACT-A---CTCAGAAT-GA---ATCAAAAACT---CCGGT-CGTCGAAGAT-G-AAT
gi|90402 : TAC-C-TC-C-TG-CCTCATTATGTAAT-TT--G-T--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---T---------------------ACAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-CACGT-ACAT-AG---TCAG-TAG-GAGCCA-TT---AG-T-C--CTT-G---T--------TTAAGA-A-CTGAG--TCT-TTTCC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTATAACT-A---CTCAAAAT-G----A--ATAAAC----CCAGTCCGTGAAA-AT-G-
gi|90403 : -C-TC-C-TG-C---------CAAT-TT--A-T--A----TTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-C---C-AT-GT---TA--AGATC-ATG---C---------------------ATAC-TT-C--AT-A-CA-TA-G-C-CAATA-G-GTG-C-CAT-
gi|90404 : T--G-T--AG-CATTA--CCA--TTTGG-TTT-AA-CATCGA-TTTTC-AC-GT---GATGAGACC-ATG---G---------------------ATTT-TC-CCAGT-A-CA--A-G-T-CAGTAAGAATT-C-CATGCCAT-AGT-CTCAG-TAGTGAGCCA-TT---AA-GGC--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGACG-ATTAG--TTA-TTCT--CGTCTTCCAAA-----T-TT--GT---TCTTCAAAGTCGTC-GACT-ACTTTTC--AAT-G-------ATAAACTGACTCGGT-CGTC-AA-AT-G-AATtagtctttataca
gi|90405 : G-TATTA--CCA--CT-GG-TTT-A--AATCAG-T---C-AT-GT---GA--ACACC-ACA---T---------------------ATAT-TC---------CA-TA-------------------CA--CCGTCAG--C--AG-TGG----CCA-TT---AG-C-C--TTT-G---TAT--ATGGCTAATG-G-ACGAG--TCA-TTTTC-CTTCT--CAAA-----T-TTACGTTGGT-TTCAAAG-CAGCTGACT-
gi|90406 : -CATTA--CCA--TG-GA-TTT-AATCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-CTC---C---------------------ATATCTC-T--GT---CA------C-CAGTC-GAATgatca
gi|90407 : ATTA--TCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGAC---TG---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACAT-AG---TCAG-TA--GAGCCA--T---AG-T-C--AAT-A---TAA--CCGGTT-AGA-G-AAGAG--TTT-TTTTC-CGTGT--C-AA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-A---CTC--AAT-G----A--ATAAACT---CCGGT-CGTCGAA-AT-A-
gi|90408 : -GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATGTACGTATATAATTTATAACTTACATATAT-CC-C--AT-A-CA-TA-T-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACAT-AG---TCAG-TAG-GGACCA-TT---AG-T-C--CTT-A---TAA--ACGATTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-AGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-TGTCTGACT-A---CTC--G---GA---A--ATGAATT---CCCATTCATTGAA-CTCG-AAT
gi|90409 : TCAG-TAG-TAGCCG-TT---AG-T-C--GTA-A---TAC--ACAGTTAATA-G-ACGAG--TCA-TCTTC-CTATT--CAAGTTTACT-TT--GG---T-TTCAAAG-CGGCTAACT-GC--
gi|90410 : g-TAG-GAGCCA-TT---AG-T-C--CTT-A---TAT--ACGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-Ttc
gi|90411 : --CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTA-TTTTC-TGGTT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 2 2 2 2 2 000000000 2 33 55 4 22 44 1 1 3 77 1 333 3 3 777 22 2 4444444444444444444444444 4 2 22 2 2 22 444 2 2 555 44 4 2 2 2 22 22 1 1 1 333 222 1 22 1 333 22 2 2 33 2 2 33 55555 2 33 5555 2 2 2 8888888 77777 2 2 555 777 2 2 5 2 2 2
lowQualScore : . . . . . ......... . .. .. . .. .. . . . .. . ... . . ... .. . ......................... . . .. . . .. ... . . ... .. . . . . .. .. . . . ... ... . .. . ... .. . . .. . . .. ..... . .. .... . . . ....... ..... . . ... ... . . . . . .
lowQualScore : 5 5 5 5 5 000000000 5 22 66 2 88 88 9 9 8 11 9 333 8 8 111 66 0 1111111111111111111111111 0 0 88 0 0 88 000 0 0 111 77 2 1 0 0 88 88 9 9 9 333 111 9 55 8 222 55 1 1 11 2 4 22 99999 4 22 2222 4 4 5 2222222 11111 9 9 000 999 9 9 7 9 9 9
consensus : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--TCC--AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
Reference ( family-660 ) : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--TTC--AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90388 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TGAT-TT--GT--AG-CATTA--C-A--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---T-C--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTATTTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--TCA--AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90389 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-TCA-GCT--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--CTC--AAT-----GAAA-T---AAACT---CCG-G-TCCGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90390 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--ATACC-ATG---G---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CC--T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-T--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TCA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--G----T-TTCAAAT-TGTCTGACT-AC--TCA--AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90391 : ATATCTTAC-CCTC-C-TG-C---------TAAT-TT--GG--AG--AT-A--CCA--TT-GG-TT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA---T-CAGTA-GAATT-C--AT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG--AGCCA-TT---A-T-C-C--TTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CG-CTGACT-AC--TCA--AATAGAGAG-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90392 : ATATCTTAC-C-TC-CATG-C---------TATT-TG--GT--AGGCATTA--CCAA-TT-GG-AT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATATCTCTC--AT-A-CA-TATGCT-CAGTA-GAAAT-T-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-AGACCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGG-TAAGA-G-ATGAG--GTA-TTTTCTCGTCT--C-AA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AT--CTCA-AAT-----G-AA-T---AACTT---CCG-GTT-CGTTGAA-AT-G-
gi|90393 : ATATATTTC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--ACA--TT-GG-TTT-AACCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AG--C-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-T-CCT-CCATT-A-G-T--C--AG-TAG-TAGCCA-TT---A-C-T----CTT-A---TAC---CGGTTATGA-GAATGAG--TTA-TTTT------------A-----T-TT--GT---T-TTCAATG-CGTCCGACTAAG--TTCA-AAT-----G-TA-----AAACT---CCG-G-T--GTCGAA-AT-G-AAT
gi|90394 : ATATCTTAC-C-T----TG-C---------TA-T-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---A---------------------TTAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT---CAT-CC--T-ACG-T--C--AG-TAG-GAGCCATTT---A-C-TCC--CTT-A---TAC--ACGGTTCAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-T--------------------------T-AC--TCA--AAT-----G-GA-T---ACACT---CCGTT-T-TGTTGAA-AT-GCAAT
gi|90395 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAATATT--GTT-AG-CATTA--CC---TT-GG-TT--A--CATGAA-T---C--C-GT---GA--AGAC--ATG---G---------------------ATAT-TC----AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAAAT---CAT-ACATT-A-G-T--C--AGATAG-GAG-CA-TT---A-G-T-CCACTTAA---TA---AAGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-TTTT---G--------------------GC---T-TTCAAAG-CGTATGACT-----TTC--AAT-----G-AATT---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90396 : ATATCTTAC---TC-C-T------------CAAT-TTCTGT--AG-CATTAAGCCAATTT-GG-TTT-A--CATCGA-T---CGACTGTTTGAA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--ATGA-CACTA-G-T-TAG---GAATT-C-CATACCA-T-A-G-TACT--AG-TAG-GAGCCA-TTTTAA-G-T-C--CCT-T---CACTAACGGTT
gi|90397 : ATATCTTGC-C-TC-C-TG-C---------AAA----------AA-TATTA--TCA--AT-TG-TTT-A--CCGTGA-T---C-ACAGT----A--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA----------------------------A-C-A---T--C--AA-TAG-AAGCCA-TT---G-G-T-C--TTT-A---TAC--ATGGTAAATA-G-
gi|90398 : ATATCTTTC-C-TA-C-TG-C---------AAAT-TC--ATCAAG---TTG--TTT--TT-GT-TTT-A--CATTGA-T---A-AT-GT---AA--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-------AT-A-TA-TA--------------TT-C-CAT-GCA-C-T-G-T--C--AG-TGA-TAGTCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--
gi|90399 : ACATCTTAC-C-TC-C-CG-T---------AAAT-TT--GC--AA-TATCA--TCT--TT-GG-TTT-G--CATCAA-T---C-AC-GT---GA--ATAC
gi|90400 : TATCTTAC-T-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-TATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--A--AG-TAG-GAACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--GTGGTTAAGA-G-ATAAT--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC--TCA--AAT-----G-AA-T---AAGCT---ACG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90401 : TATCTTACGC-TCGC-TGGC---------TAAT-TT--GT--AGGCATTA--CCA--TT-GGGTTT-G--CATCGAGT---CTAC-GT---GA--AGACCGATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-AACA-TA-G-TTCAGTA-GAATTTC-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-GAT-C--TTT-ACTGTAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAGGTTTA-TGTTC-CGT-T--CAAA-----TGTT--GT---T-TTCAAAG-GGTCTGACT-AC---TCAGAAT-----G-AA-TCAAAAACT---CCG-G-T-CGTCGAAGAT-G-AAT
gi|90402 : TAC-C-TC-C-TG-CCTCATTATGTAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---T---------------------ACAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-CACGT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-G---T--------TTAAGA-A-CTGAG--TCT-TTTCC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTATAACT-AC---TCAAAAT-----G-AA-T---AAAC----CCA-G-TCCGTGAAA-AT-G-
gi|90403 : -C-TC-C-TG-C---------CAAT-TT--AT--A----TTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-C---C-AT-GT---TA--AGATC-ATG---C---------------------ATAC-TT-C--AT-A-CA-TA-G-C-CAATA-G-------------------G-T--------------GCCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--A
gi|90404 : T--GT--AG-CATTA--CCA--TTTGG-TTT-AA-CATCGA-TTTTC-AC-GT---GATGAGACC-ATG---G---------------------ATTT-TC-CCAGT-A-CA--A-G-T-CAGTAAGAATT-C-CATGCCA-T-A-G-T--CTCAG-TAGTGAGCCA-TT---AAG-G-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGACG-ATTAG--TTA-TTCT--CGTCTTCCAAA-----T-TT--GT---TCTTCAAAGTCGTC-GACT-ACTTTTC--AAT-----G--A-T---AAACTGACTCG-G-T-CGTC-AA-AT-G-AAT
gi|90405 : G-TATTA--CCA--CT-GG-TTT-A--AATCAG-T---C-AT-GT---GA--ACACC-ACA---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA--------------------------CC------G-T--C--AG-CAG-TGGCCA-TT---A-G-C-C--TTT-G---TAT--ATGGCTAATG-G-ACGAG--TCA-TTTTC-CTTCT--CAAA-----T-TTACGTTGGT-TTCAAAG-CAGCTGACT-
gi|90406 : -CATTA--CCA--TG-GA-TTT-AATCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-CTC---C---------------------ATATCTC-T--GT---CA------C-CAGTC-GAATgatca
gi|90407 : ATTA--TCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGAC---TG---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TA--GAGCCA--T---A-G-T-C--AAT-A---TAA--CCGGTT-AGA-G-AAGAG--TTT-TTTTC-CGTGT--C-AA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACT-AC---TC--AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-A-
gi|90408 : -GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATGTACGTATATAATTTATAACTTACATATAT-CC-C--AT-A-CA-TA-T-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GGACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAA--ACGATTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-AGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-TGTCTGACT-AC--TCG--GA--------AA-T---GAATTC--CCA-T-T-CATTGAA-CTCG-AAT
gi|90409 : -G-T--C--AG-TAG-TAGCCG-TT---A-G-T-C--GTA-A---TAC--ACAGTTAATA-G-ACGAG--TCA-TCTTC-CTATT--CAAGTTTACT-TT--GG---T-TTCAAAG-CGGCTAACT-GC--T
gi|90410 : -TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAT--ACGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-Tc
gi|90411 : --CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTA-TTTTC-TGGTT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222222 11
lowQualScore : 2 2 2 2 2 000000000 2 33 55 4 22 44 1 1 3 77 1 333 3 3 777 22 2 4444444444444444444444444 4 2 22 2 2 22 444 2 2 555 44 4 2 2 2 22 22 1 1 1 333 222 1 22 1 333 22 2 2 33 2 2 33 55555 2 33 5555 2 2 66 33 33 77777 2 2 555 777 2 2 5 2 2 2
lowQualScore : . . . . . ......... . .. .. . .. .. . . . .. . ... . . ... .. . ......................... . . .. . . .. ... . . ... .. . . . . .. .. . . . ... ... . .. . ... .. . . .. . . .. ..... . .. .... . . .. .. .. ..... . . ... ... . . . . . .
lowQualScore : 5 5 5 5 5 000000000 5 22 66 2 88 88 9 9 8 11 9 333 8 8 111 66 0 1111111111111111111111111 0 0 88 0 0 88 000 0 0 111 77 2 1 0 0 88 88 9 9 9 333 111 9 55 8 222 55 1 1 11 2 4 22 99999 4 22 2222 4 4 33 77 22 11111 9 9 000 999 9 9 7 9 9 9
consensus : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C--TC-GAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
Reference ( family-660 ) : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C--TC-CAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90388 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TGAT-TT--GT--AG-CATTA--C-A--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---T-C--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTATTTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C--TC-AAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90389 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-TCA-GCT--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C--CT-CAAT-----GAAA-T---AAACT---CCG-G-TCCGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90390 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--ATACC-ATG---G---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CC--T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-T--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TCA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--G----T-TTCAAAT-TGTCTGACTA--C--TC-AAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90391 : ATATCTTAC-CCTC-C-TG-C---------TAAT-TT--GG--AG--AT-A--CCA--TT-GG-TT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA---T-CAGTA-GAATT-C--AT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG--AGCCA-TT---A-T-C-C--TTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CG-CTGACTA--C--TC-AAATAGAGAG-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90392 : ATATCTTAC-C-TC-CATG-C---------TATT-TG--GT--AGGCATTA--CCAA-TT-GG-AT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATATCTCTC--AT-A-CA-TATGCT-CAGTA-GAAAT-T-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-AGACCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGG-TAAGA-G-ATGAG--GTA-TTTTCTCGTCT--C-AA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTAT-C--TC-AAAT-----G-AA-T---AACTT---CCG-GTT-CGTTGAA-AT-G-
gi|90393 : ATATATTTC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--ACA--TT-GG-TTT-AACCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AG--C-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-T-CCT-CCATT-A-G-T--C--AG-TAG-TAGCCA-TT---A-C-T----CTT-A---TAC---CGGTTATGA-GAATGAG--TTA-TTTT------------A-----T-TT--GT---T-TTCAATG-CGTCCGACTAAGT--TC-AAAT-----G-TA-----AAACT---CCG-G-T--GTCGAA-AT-G-AAT
gi|90394 : ATATCTTAC-C-T----TG-C---------TA-T-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---A---------------------TTAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT---CAT-CC--T-ACG-T--C--AG-TAG-GAGCCATTT---A-C-TCC--CTT-A---TAC--ACGGTTCAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-T--------------------------TA--C--TC-AAAT-----G-GA-T---ACACT---CCGTT-T-TGTTGAA-AT-GCAAT
gi|90395 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAATATT--GTT-AG-CATTA--CC---TT-GG-TT--A--CATGAA-T---C--C-GT---GA--AGAC--ATG---G---------------------ATAT-TC----AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAAAT---CAT-ACATT-A-G-T--C--AGATAG-GAG-CA-TT---A-G-T-CCACTTAA---TA---AAGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-TTTT---G--------------------GC---T-TTCAAAG-CGTATGACT------TT-CAAT-----G-AATT---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90396 : ATATCTTAC---TC-C-T------------CAAT-TTCTGT--AG-CATTAAGCCAATTT-GG-TTT-A--CATCGA-T---CGACTGTTTGAA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--ATGA-CACTA-G-T-TAG---GAATT-C-CATACCA-T-A-G-TACT--AG-TAG-GAGCCA-TTTTAA-G-T-C--CCT-T---CACTAACGGTT
gi|90397 : ATATCTTGC-C-TC-C-TG-C---------AAA----------AA-TATTA--TCA--AT-TG-TTT-A--CCGTGA-T---C-ACAGT----A--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA----------------------------A-C-A---T--C--AA-TAG-AAGCCA-TT---G-G-T-C--TTT-A---TAC--ATGGTAAATA-G-
gi|90398 : ATATCTTTC-C-TA-C-TG-C---------AAAT-TC--ATCAAG---TTG--TTT--TT-GT-TTT-A--CATTGA-T---A-AT-GT---AA--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-------AT-A-TA-TA--------------TT-C-CAT-GCA-C-T-G-T--C--AG-TGA-TAGTCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--
gi|90399 : ACATCTTAC-C-TC-C-CG-T---------AAAT-TT--GC--AA-TATCA--TCT--TT-GG-TTT-G--CATCAA-T---C-AC-GT---GA--ATAC
gi|90400 : TATCTTAC-T-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-TATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--A--AG-TAG-GAACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--GTGGTTAAGA-G-ATAAT--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C--TC-AAAT-----G-AA-T---AAGCT---ACG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90401 : TATCTTACGC-TCGC-TGGC---------TAAT-TT--GT--AGGCATTA--CCA--TT-GGGTTT-G--CATCGAGT---CTAC-GT---GA--AGACCGATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-AACA-TA-G-TTCAGTA-GAATTTC-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-GAT-C--TTT-ACTGTAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAGGTTTA-TGTTC-CGT-T--CAAA-----TGTT--GT---T-TTCAAAG-GGTCTGACTA--C--TCAGAAT-----G-AA-TCAAAAACT---CCG-G-T-CGTCGAAGAT-G-AAT
gi|90402 : TAC-C-TC-C-TG-CCTCATTATGTAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---T---------------------ACAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-CACGT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-G---T--------TTAAGA-A-CTGAG--TCT-TTTCC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTATAACTA--C--TCAAAAT-----G-AA-T---AAAC----CCA-G-TCCGTGAAA-AT-G-
gi|90403 : -C-TC-C-TG-C---------CAAT-TT--AT--A----TTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-C---C-AT-GT---TA--AGATC-ATG---C---------------------ATAC-TT-C--AT-A-CA-TA-G-C-CAATA-G-------------------G-T--------------GCCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--A
gi|90404 : T--GT--AG-CATTA--CCA--TTTGG-TTT-AA-CATCGA-TTTTC-AC-GT---GATGAGACC-ATG---G---------------------ATTT-TC-CCAGT-A-CA--A-G-T-CAGTAAGAATT-C-CATGCCA-T-A-G-T--CTCAG-TAGTGAGCCA-TT---AAG-G-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGACG-ATTAG--TTA-TTCT--CGTCTTCCAAA-----T-TT--GT---TCTTCAAAGTCGTC-GACTA--CTTTT-CAAT-----G--A-T---AAACTGACTCG-G-T-CGTC-AA-AT-G-AAT
gi|90405 : G-TATTA--CCA--CT-GG-TTT-A--AATCAG-T---C-AT-GT---GA--ACACC-ACA---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA--------------------------CC------G-T--C--AG-CAG-TGGCCA-TT---A-G-C-C--TTT-G---TAT--ATGGCTAATG-G-ACGAG--TCA-TTTTC-CTTCT--CAAA-----T-TTACGTTGGT-TTCAAAG-CAGCTGACT
gi|90406 : -CATTA--CCA--TG-GA-TTT-AATCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-CTC---C---------------------ATATCTC-T--GT---CA------C-CAGTC-GAATgatca
gi|90407 : ATTA--TCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGAC---TG---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TA--GAGCCA--T---A-G-T-C--AAT-A---TAA--CCGGTT-AGA-G-AAGAG--TTT-TTTTC-CGTGT--C-AA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C--T--CAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-A-
gi|90408 : -GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATGTACGTATATAATTTATAACTTACATATAT-CC-C--AT-A-CA-TA-T-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GGACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAA--ACGATTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-AGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-TGTCTGACTA--C--TC-GGA--------AA-T---GAATTC--CCA-T-T-CATTGAA-CTCG-AAT
gi|90409 : -G-T--C--AG-TAG-TAGCCG-TT---A-G-T-C--GTA-A---TAC--ACAGTTAATA-G-ACGAG--TCA-TCTTC-CTATT--CAAGTTTACT-TT--GG---T-TTCAAAG-CGGCTAACTG--C--TC-
gi|90410 : -TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAT--ACGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-T
gi|90411 : --CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTA-TTTTC-TGGTT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222222 11
lowQualScore : 2 2 2 2 2 000000000 2 33 55 4 22 44 1 1 3 77 1 333 3 3 777 22 2 4444444444444444444444444 4 2 22 2 2 22 444 2 2 555 44 4 2 2 2 22 22 1 1 1 333 222 1 22 1 333 22 2 2 33 2 2 33 55555 2 33 5555 2 2 66 444 77 77777 2 2 555 777 2 2 5 2 2 2
lowQualScore : . . . . . ......... . .. .. . .. .. . . . .. . ... . . ... .. . ......................... . . .. . . .. ... . . ... .. . . . . .. .. . . . ... ... . .. . ... .. . . .. . . .. ..... . .. .... . . .. ... .. ..... . . ... ... . . . . . .
lowQualScore : 5 5 5 5 5 000000000 5 22 66 2 88 88 9 9 8 11 9 333 8 8 111 66 0 1111111111111111111111111 0 0 88 0 0 88 000 0 0 111 77 2 1 0 0 88 88 9 9 9 333 111 9 55 8 222 55 1 1 11 2 4 22 99999 4 22 2222 4 4 33 777 00 11111 9 9 000 999 9 9 7 9 9 9
consensus : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC-AAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
Reference ( family-660 ) : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC-GAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90388 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TGAT-TT--GT--AG-CATTA--C-A--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---T-C--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTATTTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC-AAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90389 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-TCA-GCT--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---CT-CAAT-----GAAA-T---AAACT---CCG-G-TCCGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90390 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--ATACC-ATG---G---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CC--T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-T--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TCA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--G----T-TTCAAAT-TGTCTGACTA--C---TC-AAAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90391 : ATATCTTAC-CCTC-C-TG-C---------TAAT-TT--GG--AG--AT-A--CCA--TT-GG-TT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA---T-CAGTA-GAATT-C--AT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG--AGCCA-TT---A-T-C-C--TTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CG-CTGACTA--C---TC-AAATAGAGAG-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90392 : ATATCTTAC-C-TC-CATG-C---------TATT-TG--GT--AGGCATTA--CCAA-TT-GG-AT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATATCTCTC--AT-A-CA-TATGCT-CAGTA-GAAAT-T-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-AGACCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGG-TAAGA-G-ATGAG--GTA-TTTTCTCGTCT--C-AA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTAT-C---TC-AAAT-----G-AA-T---AACTT---CCG-GTT-CGTTGAA-AT-G-
gi|90393 : ATATATTTC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--ACA--TT-GG-TTT-AACCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AG--C-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-T-CCT-CCATT-A-G-T--C--AG-TAG-TAGCCA-TT---A-C-T----CTT-A---TAC---CGGTTATGA-GAATGAG--TTA-TTTT------------A-----T-TT--GT---T-TTCAATG-CGTCCGACTAAGT---TC-AAAT-----G-TA-----AAACT---CCG-G-T--GTCGAA-AT-G-AAT
gi|90394 : ATATCTTAC-C-T----TG-C---------TA-T-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---A---------------------TTAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT---CAT-CC--T-ACG-T--C--AG-TAG-GAGCCATTT---A-C-TCC--CTT-A---TAC--ACGGTTCAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-T--------------------------TA--C---TC-AAAT-----G-GA-T---ACACT---CCGTT-T-TGTTGAA-AT-GCAAT
gi|90395 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAATATT--GTT-AG-CATTA--CC---TT-GG-TT--A--CATGAA-T---C--C-GT---GA--AGAC--ATG---G---------------------ATAT-TC----AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAAAT---CAT-ACATT-A-G-T--C--AGATAG-GAG-CA-TT---A-G-T-CCACTTAA---TA---AAGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-TTTT---G--------------------GC---T-TTCAAAG-CGTATGACT---T---TC--AAT-----G-AATT---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90396 : ATATCTTAC---TC-C-T------------CAAT-TTCTGT--AG-CATTAAGCCAATTT-GG-TTT-A--CATCGA-T---CGACTGTTTGAA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--ATGA-CACTA-G-T-TAG---GAATT-C-CATACCA-T-A-G-TACT--AG-TAG-GAGCCA-TTTTAA-G-T-C--CCT-T---CACTAACGGTT
gi|90397 : ATATCTTGC-C-TC-C-TG-C---------AAA----------AA-TATTA--TCA--AT-TG-TTT-A--CCGTGA-T---C-ACAGT----A--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA----------------------------A-C-A---T--C--AA-TAG-AAGCCA-TT---G-G-T-C--TTT-A---TAC--ATGGTAAATA-G-
gi|90398 : ATATCTTTC-C-TA-C-TG-C---------AAAT-TC--ATCAAG---TTG--TTT--TT-GT-TTT-A--CATTGA-T---A-AT-GT---AA--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-------AT-A-TA-TA--------------TT-C-CAT-GCA-C-T-G-T--C--AG-TGA-TAGTCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--
gi|90399 : ACATCTTAC-C-TC-C-CG-T---------AAAT-TT--GC--AA-TATCA--TCT--TT-GG-TTT-G--CATCAA-T---C-AC-GT---GA--ATAC
gi|90400 : TATCTTAC-T-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-TATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--A--AG-TAG-GAACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--GTGGTTAAGA-G-ATAAT--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC-AAAT-----G-AA-T---AAGCT---ACG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90401 : TATCTTACGC-TCGC-TGGC---------TAAT-TT--GT--AGGCATTA--CCA--TT-GGGTTT-G--CATCGAGT---CTAC-GT---GA--AGACCGATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-AACA-TA-G-TTCAGTA-GAATTTC-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-GAT-C--TTT-ACTGTAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAGGTTTA-TGTTC-CGT-T--CAAA-----TGTT--GT---T-TTCAAAG-GGTCTGACTA--C---TCAGAAT-----G-AA-TCAAAAACT---CCG-G-T-CGTCGAAGAT-G-AAT
gi|90402 : TAC-C-TC-C-TG-CCTCATTATGTAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---T---------------------ACAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-CACGT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-G---T--------TTAAGA-A-CTGAG--TCT-TTTCC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTATAACTA--C---TCAAAAT-----G-AA-T---AAAC----CCA-G-TCCGTGAAA-AT-G-
gi|90403 : -C-TC-C-TG-C---------CAAT-TT--AT--A----TTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-C---C-AT-GT---TA--AGATC-ATG---C---------------------ATAC-TT-C--AT-A-CA-TA-G-C-CAATA-G-------------------G-T--------------GCCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--A
gi|90404 : T--GT--AG-CATTA--CCA--TTTGG-TTT-AA-CATCGA-TTTTC-AC-GT---GATGAGACC-ATG---G---------------------ATTT-TC-CCAGT-A-CA--A-G-T-CAGTAAGAATT-C-CATGCCA-T-A-G-T--CTCAG-TAGTGAGCCA-TT---AAG-G-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGACG-ATTAG--TTA-TTCT--CGTCTTCCAAA-----T-TT--GT---TCTTCAAAGTCGTC-GACTA--CTTTTC--AAT-----G--A-T---AAACTGACTCG-G-T-CGTC-AA-AT-G-AAT
gi|90405 : G-TATTA--CCA--CT-GG-TTT-A--AATCAG-T---C-AT-GT---GA--ACACC-ACA---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA--------------------------CC------G-T--C--AG-CAG-TGGCCA-TT---A-G-C-C--TTT-G---TAT--ATGGCTAATG-G-ACGAG--TCA-TTTTC-CTTCT--CAAA-----T-TTACGTTGGT-TTCAAAG-CAGCTGACT
gi|90406 : -CATTA--CCA--TG-GA-TTT-AATCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-CTC---C---------------------ATATCTC-T--GT---CA------C-CAGTC-GAATgatca
gi|90407 : ATTA--TCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGAC---TG---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TA--GAGCCA--T---A-G-T-C--AAT-A---TAA--CCGGTT-AGA-G-AAGAG--TTT-TTTTC-CGTGT--C-AA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-A-
gi|90408 : -GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATGTACGTATATAATTTATAACTTACATATAT-CC-C--AT-A-CA-TA-T-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GGACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAA--ACGATTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-AGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-TGTCTGACTA--C---TC-GGA--------AA-T---GAATTC--CCA-T-T-CATTGAA-CTCG-AAT
gi|90409 : -G-T--C--AG-TAG-TAGCCG-TT---A-G-T-C--GTA-A---TAC--ACAGTTAATA-G-ACGAG--TCA-TCTTC-CTATT--CAAGTTTACT-TT--GG---T-TTCAAAG-CGGCTAACTG--C---TC-
gi|90410 : -TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAT--ACGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-T
gi|90411 : --CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTA-TTTTC-TGGTT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 2 2 2 2 2 000000000 2 33 55 4 22 44 1 1 3 77 1 333 3 3 777 22 2 4444444444444444444444444 4 2 22 2 2 22 444 2 2 555 44 4 2 2 2 22 22 1 1 1 333 222 1 22 1 333 22 2 2 33 2 2 33 55555 2 33 5555 2 2 55 444 1111 77777 2 2 555 555 2 2 5 2 2 2
lowQualScore : . . . . . ......... . .. .. . .. .. . . . .. . ... . . ... .. . ......................... . . .. . . .. ... . . ... .. . . . . .. .. . . . ... ... . .. . ... .. . . .. . . .. ..... . .. .... . . .. ... .... ..... . . ... ... . . . . . .
lowQualScore : 5 5 5 5 5 000000000 5 22 66 2 88 88 9 9 8 11 9 333 8 8 111 66 0 1111111111111111111111111 0 0 88 0 0 88 000 0 0 111 77 2 1 0 0 88 88 9 9 9 333 111 9 55 8 222 55 1 1 11 2 4 22 99999 4 22 2222 4 4 99 444 0000 11111 9 9 000 000 9 9 7 9 9 9
consensus : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
Reference ( family-660 ) : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90388 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TGAT-TT--GT--AG-CATTA--C-A--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---T-C--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTATTTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90389 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-TCA-GCT--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---CT--C-AAT-----GAAA-T---AAACT---CCG-G-TCCGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90390 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--ATACC-ATG---G---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CC--T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-T--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TCA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--G----T-TTCAAAT-TGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90391 : ATATCTTAC-CCTC-C-TG-C---------TAAT-TT--GG--AG--AT-A--CCA--TT-GG-TT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA---T-CAGTA-GAATT-C--AT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG--AGCCA-TT---A-T-C-C--TTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CG-CTGACTA--C---TC--A-AATAGAGAG-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90392 : ATATCTTAC-C-TC-CATG-C---------TATT-TG--GT--AGGCATTA--CCAA-TT-GG-AT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATATCTCTC--AT-A-CA-TATGCT-CAGTA-GAAAT-T-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-AGACCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGG-TAAGA-G-ATGAG--GTA-TTTTCTCGTCT--C-AA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTAT-C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AACTT---CCG-GTT-CGTTGAA-AT-G-
gi|90393 : ATATATTTC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--ACA--TT-GG-TTT-AACCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AG--C-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-T-CCT-CCATT-A-G-T--C--AG-TAG-TAGCCA-TT---A-C-T----CTT-A---TAC---CGGTTATGA-GAATGAG--TTA-TTTT------------A-----T-TT--GT---T-TTCAATG-CGTCCGACTAAGT---TC--A-AAT-----G-TA-----AAACT---CCG-G-T--GTCGAA-AT-G-AAT
gi|90394 : ATATCTTAC-C-T----TG-C---------TA-T-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---A---------------------TTAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT---CAT-CC--T-ACG-T--C--AG-TAG-GAGCCATTT---A-C-TCC--CTT-A---TAC--ACGGTTCAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-T--------------------------TA--C---TC--A-AAT-----G-GA-T---ACACT---CCGTT-T-TGTTGAA-AT-GCAAT
gi|90395 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAATATT--GTT-AG-CATTA--CC---TT-GG-TT--A--CATGAA-T---C--C-GT---GA--AGAC--ATG---G---------------------ATAT-TC----AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAAAT---CAT-ACATT-A-G-T--C--AGATAG-GAG-CA-TT---A-G-T-CCACTTAA---TA---AAGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-TTTT---G--------------------GC---T-TTCAAAG-CGTATGACT---T---TC----AAT-----G-AATT---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90396 : ATATCTTAC---TC-C-T------------CAAT-TTCTGT--AG-CATTAAGCCAATTT-GG-TTT-A--CATCGA-T---CGACTGTTTGAA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--ATGA-CACTA-G-T-TAG---GAATT-C-CATACCA-T-A-G-TACT--AG-TAG-GAGCCA-TTTTAA-G-T-C--CCT-T---CACTAACGGTT
gi|90397 : ATATCTTGC-C-TC-C-TG-C---------AAA----------AA-TATTA--TCA--AT-TG-TTT-A--CCGTGA-T---C-ACAGT----A--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA----------------------------A-C-A---T--C--AA-TAG-AAGCCA-TT---G-G-T-C--TTT-A---TAC--ATGGTAAATA-G-
gi|90398 : ATATCTTTC-C-TA-C-TG-C---------AAAT-TC--ATCAAG---TTG--TTT--TT-GT-TTT-A--CATTGA-T---A-AT-GT---AA--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-------AT-A-TA-TA--------------TT-C-CAT-GCA-C-T-G-T--C--AG-TGA-TAGTCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--
gi|90399 : ACATCTTAC-C-TC-C-CG-T---------AAAT-TT--GC--AA-TATCA--TCT--TT-GG-TTT-G--CATCAA-T---C-AC-GT---GA--ATAC
gi|90400 : TATCTTAC-T-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-TATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--A--AG-TAG-GAACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--GTGGTTAAGA-G-ATAAT--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAGCT---ACG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90401 : TATCTTACGC-TCGC-TGGC---------TAAT-TT--GT--AGGCATTA--CCA--TT-GGGTTT-G--CATCGAGT---CTAC-GT---GA--AGACCGATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-AACA-TA-G-TTCAGTA-GAATTTC-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-GAT-C--TTT-ACTGTAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAGGTTTA-TGTTC-CGT-T--CAAA-----TGTT--GT---T-TTCAAAG-GGTCTGACTA--C---TC--AGAAT-----G-AA-TCAAAAACT---CCG-G-T-CGTCGAAGAT-G-AAT
gi|90402 : TAC-C-TC-C-TG-CCTCATTATGTAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---T---------------------ACAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-CACGT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-G---T--------TTAAGA-A-CTGAG--TCT-TTTCC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTATAACTA--C---TCA-A-AAT-----G-AA-T---AAAC----CCA-G-TCCGTGAAA-AT-G-
gi|90403 : -C-TC-C-TG-C---------CAAT-TT--AT--A----TTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-C---C-AT-GT---TA--AGATC-ATG---C---------------------ATAC-TT-C--AT-A-CA-TA-G-C-CAATA-G-------------------G-T--------------GCCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--A
gi|90404 : T--GT--AG-CATTA--CCA--TTTGG-TTT-AA-CATCGA-TTTTC-AC-GT---GATGAGACC-ATG---G---------------------ATTT-TC-CCAGT-A-CA--A-G-T-CAGTAAGAATT-C-CATGCCA-T-A-G-T--CTCAG-TAGTGAGCCA-TT---AAG-G-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGACG-ATTAG--TTA-TTCT--CGTCTTCCAAA-----T-TT--GT---TCTTCAAAGTCGTC-GACTA--CTTTTC----AAT-----G--A-T---AAACTGACTCG-G-T-CGTC-AA-AT-G-AAT
gi|90405 : G-TATTA--CCA--CT-GG-TTT-A--AATCAG-T---C-AT-GT---GA--ACACC-ACA---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA--------------------------CC------G-T--C--AG-CAG-TGGCCA-TT---A-G-C-C--TTT-G---TAT--ATGGCTAATG-G-ACGAG--TCA-TTTTC-CTTCT--CAAA-----T-TTACGTTGGT-TTCAAAG-CAGCTGACTG--A---TC--A-
gi|90406 : -CATTA--CCA--TG-GA-TTT-AATCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-CTC---C---------------------ATATCTC-T--GT---CA------C-CAGTC-GAAT
gi|90407 : ATTA--TCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGAC---TG---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TA--GAGCCA--T---A-G-T-C--AAT-A---TAA--CCGGTT-AGA-G-AAGAG--TTT-TTTTC-CGTGT--C-AA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC----AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-A-
gi|90408 : -GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATGTACGTATATAATTTATAACTTACATATAT-CC-C--AT-A-CA-TA-T-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GGACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAA--ACGATTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-AGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-TGTCTGACTA--C---TCGGA-AAT-----G-AA-T------TC---CCA-T-T-CATTGAA-CTCG-AAT
gi|90409 : -G-T--C--AG-TAG-TAGCCG-TT---A-G-T-C--GTA-A---TAC--ACAGTTAATA-G-ACGAG--TCA-TCTTC-CTATT--CAAGTTTACT-TT--GG---T-TTCAAAG-CGGCTAACTG--C---TC--
gi|90410 : -TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAT--ACGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-T
gi|90411 : --CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTA-TTTTC-TGGTT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 2 2 2 2 2 000000000 2 33 55 4 22 44 1 1 3 77 1 333 3 3 777 22 2 4444444444444444444444444 4 2 22 2 2 22 444 2 2 555 44 4 2 2 2 22 22 1 1 1 333 222 1 22 1 333 22 2 2 33 2 2 33 55555 2 33 5555 2 2 55 444 1111 77777 2 2 555 555 2 2 5 2 2 2
lowQualScore : . . . . . ......... . .. .. . .. .. . . . .. . ... . . ... .. . ......................... . . .. . . .. ... . . ... .. . . . . .. .. . . . ... ... . .. . ... .. . . .. . . .. ..... . .. .... . . .. ... .... ..... . . ... ... . . . . . .
lowQualScore : 5 5 5 5 5 000000000 5 22 66 2 88 88 9 9 8 11 9 333 8 8 111 66 0 1111111111111111111111111 0 0 88 0 0 88 000 0 0 111 77 2 1 0 0 88 88 9 9 9 333 111 9 55 8 222 55 1 1 11 2 4 22 99999 4 22 2222 4 4 99 444 0000 11111 9 9 000 000 9 9 7 9 9 9
consensus : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
Reference ( family-660 ) : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90388 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TGAT-TT--GT--AG-CATTA--C-A--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---T-C--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTATTTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90389 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-TCA-GCT--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---CT--C-AAT-----GAAA-T---AAACT---CCG-G-TCCGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90390 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--ATACC-ATG---G---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CC--T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-T--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TCA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--G----T-TTCAAAT-TGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90391 : ATATCTTAC-CCTC-C-TG-C---------TAAT-TT--GG--AG--AT-A--CCA--TT-GG-TT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA---T-CAGTA-GAATT-C--AT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG--AGCCA-TT---A-T-C-C--TTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CG-CTGACTA--C---TC--A-AATAGAGAG-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90392 : ATATCTTAC-C-TC-CATG-C---------TATT-TG--GT--AGGCATTA--CCAA-TT-GG-AT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATATCTCTC--AT-A-CA-TATGCT-CAGTA-GAAAT-T-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-AGACCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGG-TAAGA-G-ATGAG--GTA-TTTTCTCGTCT--C-AA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTAT-C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AACTT---CCG-GTT-CGTTGAA-AT-G-
gi|90393 : ATATATTTC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--ACA--TT-GG-TTT-AACCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AG--C-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-T-CCT-CCATT-A-G-T--C--AG-TAG-TAGCCA-TT---A-C-T----CTT-A---TAC---CGGTTATGA-GAATGAG--TTA-TTTT------------A-----T-TT--GT---T-TTCAATG-CGTCCGACTAAGT---TC--A-AAT-----G-TA-----AAACT---CCG-G-T--GTCGAA-AT-G-AAT
gi|90394 : ATATCTTAC-C-T----TG-C---------TA-T-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---A---------------------TTAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT---CAT-CC--T-ACG-T--C--AG-TAG-GAGCCATTT---A-C-TCC--CTT-A---TAC--ACGGTTCAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-T--------------------------TA--C---TC--A-AAT-----G-GA-T---ACACT---CCGTT-T-TGTTGAA-AT-GCAAT
gi|90395 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAATATT--GTT-AG-CATTA--CC---TT-GG-TT--A--CATGAA-T---C--C-GT---GA--AGAC--ATG---G---------------------ATAT-TC----AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAAAT---CAT-ACATT-A-G-T--C--AGATAG-GAG-CA-TT---A-G-T-CCACTTAA---TA---AAGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-TTTT---G--------------------GC---T-TTCAAAG-CGTATGACT---T---TC----AAT-----G-AATT---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90396 : ATATCTTAC---TC-C-T------------CAAT-TTCTGT--AG-CATTAAGCCAATTT-GG-TTT-A--CATCGA-T---CGACTGTTTGAA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--ATGA-CACTA-G-T-TAG---GAATT-C-CATACCA-T-A-G-TACT--AG-TAG-GAGCCA-TTTTAA-G-T-C--CCT-T---CACTAACGGTT
gi|90397 : ATATCTTGC-C-TC-C-TG-C---------AAA----------AA-TATTA--TCA--AT-TG-TTT-A--CCGTGA-T---C-ACAGT----A--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA----------------------------A-C-A---T--C--AA-TAG-AAGCCA-TT---G-G-T-C--TTT-A---TAC--ATGGTAAATA-G-
gi|90398 : ATATCTTTC-C-TA-C-TG-C---------AAAT-TC--ATCAAG---TTG--TTT--TT-GT-TTT-A--CATTGA-T---A-AT-GT---AA--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-------AT-A-TA-TA--------------TT-C-CAT-GCA-C-T-G-T--C--AG-TGA-TAGTCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--
gi|90399 : ACATCTTAC-C-TC-C-CG-T---------AAAT-TT--GC--AA-TATCA--TCT--TT-GG-TTT-G--CATCAA-T---C-AC-GT---GA--ATAC
gi|90400 : TATCTTAC-T-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-TATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--A--AG-TAG-GAACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--GTGGTTAAGA-G-ATAAT--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAGCT---ACG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90401 : TATCTTACGC-TCGC-TGGC---------TAAT-TT--GT--AGGCATTA--CCA--TT-GGGTTT-G--CATCGAGT---CTAC-GT---GA--AGACCGATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-AACA-TA-G-TTCAGTA-GAATTTC-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-GAT-C--TTT-ACTGTAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAGGTTTA-TGTTC-CGT-T--CAAA-----TGTT--GT---T-TTCAAAG-GGTCTGACTA--C---TC--AGAAT-----G-AA-TCAAAAACT---CCG-G-T-CGTCGAAGAT-G-AAT
gi|90402 : TAC-C-TC-C-TG-CCTCATTATGTAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---T---------------------ACAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-CACGT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-G---T--------TTAAGA-A-CTGAG--TCT-TTTCC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTATAACTA--C---TCA-A-AAT-----G-AA-T---AAAC----CCA-G-TCCGTGAAA-AT-G-
gi|90403 : -C-TC-C-TG-C---------CAAT-TT--AT--A----TTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-C---C-AT-GT---TA--AGATC-ATG---C---------------------ATAC-TT-C--AT-A-CA-TA-G-C-CAATA-G-------------------G-T--------------GCCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--A
gi|90404 : T--GT--AG-CATTA--CCA--TTTGG-TTT-AA-CATCGA-TTTTC-AC-GT---GATGAGACC-ATG---G---------------------ATTT-TC-CCAGT-A-CA--A-G-T-CAGTAAGAATT-C-CATGCCA-T-A-G-T--CTCAG-TAGTGAGCCA-TT---AAG-G-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGACG-ATTAG--TTA-TTCT--CGTCTTCCAAA-----T-TT--GT---TCTTCAAAGTCGTC-GACTA--CTTTTC----AAT-----G--A-T---AAACTGACTCG-G-T-CGTC-AA-AT-G-AAT
gi|90405 : G-TATTA--CCA--CT-GG-TTT-A--AATCAG-T---C-AT-GT---GA--ACACC-ACA---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA--------------------------CC------G-T--C--AG-CAG-TGGCCA-TT---A-G-C-C--TTT-G---TAT--ATGGCTAATG-G-ACGAG--TCA-TTTTC-CTTCT--CAAA-----T-TTACGTTGGT-TTCAAAG-CAGCTGACTG--A---TC--A-
gi|90406 : -CATTA--CCA--TG-GA-TTT-AATCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-CTC---C---------------------ATATCTC-T--GT---CA------C-CAGTC-GAAT
gi|90407 : ATTA--TCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGAC---TG---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TA--GAGCCA--T---A-G-T-C--AAT-A---TAA--CCGGTT-AGA-G-AAGAG--TTT-TTTTC-CGTGT--C-AA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC----AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-A-
gi|90408 : -GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATGTACGTATATAATTTATAACTTACATATAT-CC-C--AT-A-CA-TA-T-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GGACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAA--ACGATTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-AGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-TGTCTGACTA--C---TCGGA-AAT-----G-AA-T------TC---CCA-T-T-CATTGAA-CTCG-AAT
gi|90409 : -G-T--C--AG-TAG-TAGCCG-TT---A-G-T-C--GTA-A---TAC--ACAGTTAATA-G-ACGAG--TCA-TCTTC-CTATT--CAAGTTTACT-TT--GG---T-TTCAAAG-CGGCTAACTG--C---TC--
gi|90410 : -TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAT--ACGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-T
gi|90411 : --CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTA-TTTTC-TGGTT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGT
blockSeqs : G C G A G CTCATTATG A CT CA G AG AT T G T AC G TTT G T TTG TG G TACGTATATAATTTATAACTTACAT C T CA G A CT TGC T A TC AC T C C C AC TC A T T TTA GA C CA A CTG TA C A GT . T TC TTTAC G AC TTGG C T AG TTT GGA AGAGA A T CAA GAC T T C G C C
blockSeqs : . . . . . . . . T G . A . . T AT . . T A T . . GG C . . . . T G . . CA GC T . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . T . . T . AG . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . GG . . . . . T G . . C C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . AA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T G . . C C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T G . . C C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T G . . T C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T G . . T C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T G . . C C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T G . . C A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T G . . C G . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T G . . C A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T G . . C C . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T G . . C A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T T . . . C . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
finalCons : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 2 2 2 2 2 000000000 2 33 55 4 22 44 1 1 3 77 1 333 3 3 777 22 2 4444444444444444444444444 4 2 22 2 2 22 444 2 2 555 44 4 2 2 2 22 22 1 1 1 333 222 1 22 1 333 22 2 2 33 2 2 33 55555 2 33 5555 2 2 55 444 1111 77777 2 2 555 555 2 2 5 2 2 2
lowQualScore : . . . . . ......... . .. .. . .. .. . . . .. . ... . . ... .. . ......................... . . .. . . .. ... . . ... .. . . . . .. .. . . . ... ... . .. . ... .. . . .. . . .. ..... . .. .... . . .. ... .... ..... . . ... ... . . . . . .
lowQualScore : 5 5 5 5 5 000000000 5 22 66 2 88 88 9 9 8 11 9 333 8 8 111 66 0 1111111111111111111111111 0 0 88 0 0 88 000 0 0 111 77 2 1 0 0 88 88 9 9 9 333 111 9 55 8 222 55 1 1 11 2 4 22 99999 4 22 2222 4 4 99 444 0000 11111 9 9 000 000 9 9 7 9 9 9
consensus : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
Reference ( family-660 ) : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90388 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TGAT-TT--GT--AG-CATTA--C-A--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---T-C--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTATTTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90389 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CCA-TCA-GCT--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---CT--C-AAT-----GAAA-T---AAACT---CCG-G-TCCGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90390 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--ATACC-ATG---G---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-CC--T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-C-T-T--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TCA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--G----T-TTCAAAT-TGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90391 : ATATCTTAC-CCTC-C-TG-C---------TAAT-TT--GG--AG--AT-A--CCA--TT-GG-TT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA---T-CAGTA-GAATT-C--AT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG--AGCCA-TT---A-T-C-C--TTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CG-CTGACTA--C---TC--A-AATAGAGAG-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTTGAA-AT-G-AAT
gi|90392 : ATATCTTAC-C-TC-CATG-C---------TATT-TG--GT--AGGCATTA--CCAA-TT-GG-AT--A--CATCGA-T---C-AC-GTT--GA--AGACC-ATG---GG--------------------ATATCTCTC--AT-A-CA-TATGCT-CAGTA-GAAAT-T-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-AGACCA-TT---A-C-T-C--CTT-A---TAC--ACGG-TAAGA-G-ATGAG--GTA-TTTTCTCGTCT--C-AA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-CGTCTGACTAT-C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AACTT---CCG-GTT-CGTTGAA-AT-G-
gi|90393 : ATATATTTC-C-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-CATTA--ACA--TT-GG-TTT-AACCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AG--C-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-T-CCT-CCATT-A-G-T--C--AG-TAG-TAGCCA-TT---A-C-T----CTT-A---TAC---CGGTTATGA-GAATGAG--TTA-TTTT------------A-----T-TT--GT---T-TTCAATG-CGTCCGACTAAGT---TC--A-AAT-----G-TA-----AAACT---CCG-G-T--GTCGAA-AT-G-AAT
gi|90394 : ATATCTTAC-C-T----TG-C---------TA-T-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---A---------------------TTAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT---CAT-CC--T-ACG-T--C--AG-TAG-GAGCCATTT---A-C-TCC--CTT-A---TAC--ACGGTTCAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-T--------------------------TA--C---TC--A-AAT-----G-GA-T---ACACT---CCGTT-T-TGTTGAA-AT-GCAAT
gi|90395 : ATATCTTAC-C-TC-C-TG-C---------TAATATT--GTT-AG-CATTA--CC---TT-GG-TT--A--CATGAA-T---C--C-GT---GA--AGAC--ATG---G---------------------ATAT-TC----AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAAAT---CAT-ACATT-A-G-T--C--AGATAG-GAG-CA-TT---A-G-T-CCACTTAA---TA---AAGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-TTTT---G--------------------GC---T-TTCAAAG-CGTATGACT---T---TC----AAT-----G-AATT---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90396 : ATATCTTAC---TC-C-T------------CAAT-TTCTGT--AG-CATTAAGCCAATTT-GG-TTT-A--CATCGA-T---CGACTGTTTGAA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--ATGA-CACTA-G-T-TAG---GAATT-C-CATACCA-T-A-G-TACT--AG-TAG-GAGCCA-TTTTAA-G-T-C--CCT-T---CACTAACGGTT
gi|90397 : ATATCTTGC-C-TC-C-TG-C---------AAA----------AA-TATTA--TCA--AT-TG-TTT-A--CCGTGA-T---C-ACAGT----A--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-T--C--AT-A-CA----------------------------A-C-A---T--C--AA-TAG-AAGCCA-TT---G-G-T-C--TTT-A---TAC--ATGGTAAATA-G-
gi|90398 : ATATCTTTC-C-TA-C-TG-C---------AAAT-TC--ATCAAG---TTG--TTT--TT-GT-TTT-A--CATTGA-T---A-AT-GT---AA--AGACC-ACA---T---------------------ATAT-------AT-A-TA-TA--------------TT-C-CAT-GCA-C-T-G-T--C--AG-TGA-TAGTCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--
gi|90399 : ACATCTTAC-C-TC-C-CG-T---------AAAT-TT--GC--AA-TATCA--TCT--TT-GG-TTT-G--CATCAA-T---C-AC-GT---GA--ATAC
gi|90400 : TATCTTAC-T-TC-C-TG-C---------TAAT-TT--GT--AG-TATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--A--AG-TAG-GAACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAC--GTGGTTAAGA-G-ATAAT--TTA-TTTTC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC--A-AAT-----G-AA-T---AAGCT---ACG-G-T-CGTCGAA-AT-G-AAT
gi|90401 : TATCTTACGC-TCGC-TGGC---------TAAT-TT--GT--AGGCATTA--CCA--TT-GGGTTT-G--CATCGAGT---CTAC-GT---GA--AGACCGATG---G---------------------ATAT-TC-C--AT-AACA-TA-G-TTCAGTA-GAATTTC-CAT-CCA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-GAT-C--TTT-ACTGTAC--ACGGTTAAGA-G-ATGAGGTTTA-TGTTC-CGT-T--CAAA-----TGTT--GT---T-TTCAAAG-GGTCTGACTA--C---TC--AGAAT-----G-AA-TCAAAAACT---CCG-G-T-CGTCGAAGAT-G-AAT
gi|90402 : TAC-C-TC-C-TG-CCTCATTATGTAAT-TT--GT--AG-CATTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATG---T---------------------ACAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-CACGT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-G---T--------TTAAGA-A-CTGAG--TCT-TTTCC-CGTCT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTATAACTA--C---TCA-A-AAT-----G-AA-T---AAAC----CCA-G-TCCGTGAAA-AT-G-
gi|90403 : -C-TC-C-TG-C---------CAAT-TT--AT--A----TTA--CCA--TT-GG-TTT-A--CATCGA-C---C-AT-GT---TA--AGATC-ATG---C---------------------ATAC-TT-C--AT-A-CA-TA-G-C-CAATA-G-------------------G-T--------------GCCA-TT---A-G-T-C--TTT-A---TAC--A
gi|90404 : T--GT--AG-CATTA--CCA--TTTGG-TTT-AA-CATCGA-TTTTC-AC-GT---GATGAGACC-ATG---G---------------------ATTT-TC-CCAGT-A-CA--A-G-T-CAGTAAGAATT-C-CATGCCA-T-A-G-T--CTCAG-TAGTGAGCCA-TT---AAG-G-C--CTT-A---TAC--ACGGTTAAGACG-ATTAG--TTA-TTCT--CGTCTTCCAAA-----T-TT--GT---TCTTCAAAGTCGTC-GACTA--CTTTTC----AAT-----G--A-T---AAACTGACTCG-G-T-CGTC-AA-AT-G-AAT
gi|90405 : G-TATTA--CCA--CT-GG-TTT-A--AATCAG-T---C-AT-GT---GA--ACACC-ACA---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA--------------------------CC------G-T--C--AG-CAG-TGGCCA-TT---A-G-C-C--TTT-G---TAT--ATGGCTAATG-G-ACGAG--TCA-TTTTC-CTTCT--CAAA-----T-TTACGTTGGT-TTCAAAG-CAGCTGACTG--A---TC--A-
gi|90406 : -CATTA--CCA--TG-GA-TTT-AATCATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-CTC---C---------------------ATATCTC-T--GT---CA------C-CAGTC-GAAT
gi|90407 : ATTA--TCA--TT-GG-TTTTA--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGAC---TG---T---------------------ATAT-TC-C--AT-A-CA-TA-G-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TA--GAGCCA--T---A-G-T-C--AAT-A---TAA--CCGGTT-AGA-G-AAGAG--TTT-TTTTC-CGTGT--C-AA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGTCTGACTA--C---TC----AAT-----G-AA-T---AAACT---CCG-G-T-CGTCGAA-AT-A-
gi|90408 : -GG-TTT-A--CATCGA-T---C-AC-GT---GA--AGACC-ATGTACGTATATAATTTATAACTTACATATAT-CC-C--AT-A-CA-TA-T-T-CAGTA-GAATT-C-CAT-ACA-T-A-G-T--C--AG-TAG-GGACCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAA--ACGATTAAGA-G-ATGAG--TTA-TTTTC-AGTCT--CAAA-----T-TT--GT---T-TTCAAAG-TGTCTGACTA--C---TCGGA-AAT-----G-AA-T------TC---CCA-T-T-CATTGAA-CTCG-AAT
gi|90409 : -G-T--C--AG-TAG-TAGCCG-TT---A-G-T-C--GTA-A---TAC--ACAGTTAATA-G-ACGAG--TCA-TCTTC-CTATT--CAAGTTTACT-TT--GG---T-TTCAAAG-CGGCTAACTG--C---TC--
gi|90410 : -TAG-GAGCCA-TT---A-G-T-C--CTT-A---TAT--ACGGTTAAGC-T-ATGAG--TTA-T
gi|90411 : --CTT-A---TAC--ACGGTTAAGA-A-ATGAG--TTA-TTTTC-TGGTT--CAAA-----T-TT--GC---T-TTCAAAG-CGT