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lowQualScore                  :        ..  . ..  .   ........     ..  ...  .  ......  .    .  ....  . ..........  .  ....    ..   . . .  ...  ... .   .   .   . .    ..  . .  ..  . .. .   .... ... .    ...  .   
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Reference ( gi|110001 )       : AAAAGTT--TG-T--AT-CGG---AG---TTTTC--TT---GA-CG------GC-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-G-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--T-T---G-CATT---TT-TTT
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lowQualScore                  :        ..  . ..  .    ... ... .    ..  ...  .  ...... . .    .  ....  . ... .. ...  .  ....    ..   . . .  . .  ... .   .   .   . .    ..  . .  ..  . .. .   ... ... .    ...  .   
lowQualScore                  :        00  9 66  9    333 000 8    55  000  8  222222 8 5    7  7777  3 999 33 666  5  4444    55   8 8 9  9 7  555 0   0   0   0 0    88  0 0  88  0 88 0   888 555 0    555  1   
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Reference ( family-657 )      : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGG---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--NT---G-CATT---TT-TTT
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Alignments
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lowQualScore                  :        ..  . ..  .    ... ... .    ..  ...  .  ...... . .    .  ....  . ... .. ...  .  ....    ..   . . .  . .  ... .   .   .   . .    ..  . .  ..  . .. .   ... ... .    ...  .   
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consensus                     : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGG---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--NT---G-CATT---TT-TTT
Reference ( family-657 )      : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGG---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--NT---G-CATT---TT-TTT
gi|110001                     : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGA---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-G-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--TT---G-CATT---TT-TTT
gi|110002                     : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGG---GGCGT-TTTC--TT---GA-CG------G-T-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCAA--CG-T-CA--AC-T--T-TCTACAT---G-CATT---TT-TTT
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gi|110017                     :  AAAGTT--TG-T--GT-CGGG---GG--T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACT-AA----AA-T---G--C---TA-TT----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCATT-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--GT---G-CATT---TT-
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blockSeqs                     :        G   . .   .    .   G   .    .   T    .  .      . A    .  .     A .   .  G    T  G       .    . . .  . T  .   .   .   .   T G    A   A .  .   . A  C   AC  .   .    A    .
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blockSeqs                     :        .   . .   .    .   G   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   T   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   G   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   G   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   T   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   T   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   C   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   A   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   T   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   A   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   A   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   T   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   A   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   G   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   A   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   T   .   .    .    .
blockSeqs                     :        .   . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   T   .   .    .    .
blockSeqs                     :            . .   .    .   .   .    .   .    .  .      . .    .  .     . .   .  .    .  .       .    . . .  . .  .   .   .   .   . .    .   . .  .   . .  .   A   .   .    .     
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Alignments
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lowQualScore                  :        55  1 22  1    333 111 1    22  555  1  555555 1 5    1  3333  3 222 22 444  3  5555    22   1 1 1  1 5  333 2   2   2   4 4    44  4 2  22  2 44 4   777 333 2    555  2   
lowQualScore                  :        ..  . ..  .    ... ... .    ..  ...  .  ...... . .    .  ....  . ... .. ...  .  ....    ..   . . .  . .  ... .   .   .   . .    ..  . .  ..  . .. .   ... ... .    ...  .   
lowQualScore                  :        00  9 66  9    333 000 8    55  000  8  222222 8 5    7  7777  3 999 33 666  5  4444    55   8 8 9  9 7  555 0   0   0   0 0    88  0 0  88  0 88 0   888 555 0    555  1   
consensus                     : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGG---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--NT---G-CATT---TT-TTT
Reference ( family-657 )      : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGG---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--NT---G-CATT---TT-TTT
gi|110001                     : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGA---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-G-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--TT---G-CATT---TT-TTT
gi|110002                     : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGG---GGCGT-TTTC--TT---GA-CG------G-T-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCAA--CG-T-CA--AC-T--T-TCTACAT---G-CATT---TT-TTT
gi|110003                     : AAAAGTT--TA-T--AT-CGGG---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AG-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTC-G-G-TG-C-TC---C-GTA-ACA-TTA-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TTT--TTTGGG-TATT---TT-TTT
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gi|110005                     : AACAGTT--TT-T--AT-CGGG---G---T-TTTC--CT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AAAT---G--A---TA-TC----GCTA--CTC-G-C-TGCC-TC---C-GTA-ACG-T-A-T-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--TT---GTCATT---TT-TT
gi|110006                     : AAAAGTT--TG-T--AT-CGGG---G---C-TCCC--TT---GA-CT------G-C-AACA-AA----AC-T---T--A---TA-TA----GCTT--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--AG-T-CA--AT-T--T-TCT--TT---G-GATT---TTATTT
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gi|110014                     : AAAAGTTATTG-T--AT-TCGG---T---TGTTTC--TT---GA-CG------G-CTAACA-AAGCAGAA-T------C---TA-TC----GCTA--TTC-G-CATG-C-TC---CAGTA-ACG-TCA-T-GCGA--CGAT-CAATAC-TA-T-CCT--AT-----CATT---TT-GTT
gi|110015                     : AAAAGTT--TG-T--AT---GG---A---T-TTTT--TT---TA-CG------G-G-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCT
gi|110016                     : AAAAGTTG-TG-A--TT-CGGGTGAG---T-TTTC--AT---GA-CG------G-C-AGCA-AA----AT-T---G--C---CATTC----GCTA--CTC-G-
gi|110017                     :  AAAGTT--TG-T--GT-CGGG---GG--T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACT-AA----AA-T---G--C---TA-TT----GCTA--CTC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCATT-GCGA--CG-T-CA--AC-T--T-TCT--GT---G-CATT---TT-
gi|110018                     :   AAGTT--TG-A--AT-CGGG---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---
gi|110019                     :   AAGTT--TG-T--AT-CGGG---A---T-TTTCACTT---GA-CG---------------------AG-T---G------TA--C----GTT-----CAG-C-TG-C-TC---A-ATA-A-G-TCA-T-GCAA--CG-T-CA--AC-TTCT-TCT--AT---G-CATTA--TT-TTT
gi|110020                     :            -T--AT-CGTG---G---T-TTTC--TT---GA-CG------G-C-AACA-AA----AA-T---G--C---TA-TC----GCTA--CTT-G-C-TG-C-TC---C-GTA-ACG-TCA-T-GCGA--CG-T-CA--ACTT--T-TTT--TT---G-CATT---TT-
gi|110021                     :           t-T--AT-CTGG---G---G-TTTC--TT---GA-CA------G-C-AACAGAA----AA-T---G--CTCGTA-TCG---GCTA--CTC-G-C-TG-CATCGAAC-GCA-ACG-TCA-TGGCAA--CG-T-C----C-T--T-ACTA-CT---A-CATTATATT-TTT
gi|110022                     :                               -TTTC--TT---GA-CGAGCGATG-T-AGCA-AA----AAAT---G--A---AA-TC----ACTA--CTT-G-C-TG-C-T----C-GTA-ACG-TCA-T-GCGGATCG-T-C---AC-T--T-TCTG-AT---G-CATT---TT-TT
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gi|110024                     :                                                                      A-T---A--C---TA-TCTCCCACTA---TC-G-C-TG-C-TC---C-GTA-AAT-TTA-T-GTGA--CT-T-CA--AC-T--T-TCT--AT---G-CATA---TT-TT