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lowQualScore                  :     44    5   00 00    3    6    2  3  4444  1 333333 111111  55  111111    1  6 2 777777 4444 1 111111111111111111 0  4 66 0  1    77777777  1 777777 000000 99999     3  4444   4    1   2 2  777777      7   3 4   777        66  2   1   8           
consensus                     : CCTG-CGGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CT-TA----AG-A------C------TA--AG------ATAT-GT-C-T---N--A----G-AN-------TA------N-T-CTTAG-G-AC-ACAT--------CT-T------A------G-----TCCTA-AG-N--TAG-TTTCNTGA-A-GC--TG--TCCTAA-CTT-AAGATACNTCTTAAGA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
Reference ( gi|20692 )        : CCTG-GGGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CT-TA----AG-A------C------TA--AG------ATAT-GT-C-T---C--A----G-AC-------TA------C-T-CTTAG-G-AC-ACAT--------CT-T------A------G-----TCCTA-AG-T--TAG-TTTCTTGA-A-GC--CG--TCCTAA-CTT-ACGATACATCTTAAGA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
gi|20688                      : CCTG-TGGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CT-TA----AG-A------C------TA--AG------ATAT-GT-C-T---C--A----G-AC-------TA------C-T-CTTAG-G-AC-ACAT--------CT-T------A------G-----TCCTA-AG-T--TAG-TTTCTTGA-A-GC--CG--TCCTAA-CTT-ACGATACATCTTAAAA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
gi|20693                      : CCTG-AGGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CT-TA----AG-A------C------TA--AG------ATAT-GT-C-G---C--A----G-AC-------TA------C-T-CTTAG-G-AC-ACAT--------CT-T------A------G-----TCTTA-AG-T--TAG-TTTCTTGA-A-GC--CG--TCCTAA-CTTAACGATACATCTTAAAA-ATTGTCT-TAAAGTTAACACATC
gi|20689                      : CCTG-TGGCC-A-G--T--TCAT-GAAGGCTAT-CT-TA----AG-A------C------TA---G------AAAT-GT-C-T---C--A----G-AC-------TA------C-T-CTTAG-G-AC-ACAT--------CT-T------A------G-----TCCTAGAG-T--TAG-TTTCTTGA-A-GC--CG--TCCTAA-CTT-ACGATACATCTTAAAA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
gi|20690                      : CCTG-TGGCCCATG--T--TCAT-GAAA-GTAT-CT-TA----AG-ATTCGTCT------TA--AG------ATAT-GTCC-T---A--A----G-AA-------TA--------T-CTTAA-ATAC-ATAT--------CT-T------A------
gi|20691                      : CCTG-TGGCC-ATG--T--TCAT-GAAA-GTAT-C--TA----AG-ATTCGTCT------TA--AG------ATAT-GTCC-T---A--A----G-ATA------TA--------T-CTTAA-A-ACAATAT--------CT-T------A------
gi|20696                      : CCTG-CAGGC-ATGACT--TTAT-GAAG---AT-TT-TA----AG-A------T------TA--AG------ATAT-AT-C-T---T--A----G-GCAGGGGTTTA------C-------G-A-ACAACATACGTAAAACT-T------A------A-----TCC-A-AG-T--C---TTTC--GA-ACGC--TG--T-CTAATCTT-AAGAT--TTTTTTAGATATATCCT-TAACTTT
gi|20694                      : CCTGCAGGCG-ATG--C--TTAC-GAAA-CTATTCT-TA----AG-A------TATACCTTA--AG------ATAT-AT-C-T---T--ATTAGG-A------------------T-CT-AA-G-AC-ACAT--------CT-T------A------GGACTATCTTA-AG-
gi|20697                      :  CTG-CAGGC-ATG--T--TCAT-GAAA-CTAT-CT-TG----GG-A------C------AA--AG------ACGT-GT-C-T---T--A------AG-------TA------TGT-ATTAG-G-AC-ACGT--------CT-T------A------A-----T--TA-AG-T--CAG-TT
gi|20698                      :  CTG-CAGGC-ATG--C--TTAT-GAAG-ATAT-CT-TA----AG-A------C------TA--AGAAATACATGT-AT-C-T---T--A----G-CA-------GG------G-T-CTTAC-G-AC-ACAT--------CG-T------A------
gi|20699                      :       GGCC-AGT--T--TCAC-AAAA-CTAT-CT-TA----CG-A------C------TA--AG------ATCT-GT-C-T---T--AC---G-AT-------CAAAATTTG-T-CATAA-G-AT-CTAT--------CA-T------A------G-------CT----------G-TTTCACAA-A-AC--TG--TTATAT-CTT-TTGATA-ATCTTAAG--ATAGTTTGGAATCTTAAGACATC
gi|20695                      :        GCC-ATG--TGTTTAT-GAAG-CTAT-CT-TA----GG-A------C------TA--AG------AAAT-A---------------------------------------CTTAA-A-AC-ACTT--------CT-T------A------A-----GTCTA-AG-TG-TTG-TTT-TCGA-A-AG--TA--TTCTAA-CTT-AAGAAAGTTCCTAAGA-ATTATCT-TAAATTTAGGACA
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gi|20702                      :          C-ATG--C--TTAT-GAAG-ATAT-CT-AAGAATAG-A------T------TA--AG------ATAT-AT-C-T---T--A----GCAG-------GA--------T-CTTAC-G-AC-ACAT--------CG-T------A------A-----ACTTA-AT-C--CAG-TCTTTCGA-A-GC--TG--TCCTAT-CTT-AAGCTTTTTCTTAGGA-TATATCT-TAACTTTAAGACCTC
gi|20703                      :          C-ATG--T--TTAT-GAAG-CTAT-CT-TA----GG-A------C------TA--AG----------------------------G-AA-------TA----------CTTAG-G-AC-ACTT--------CT-T------A------A-----GTCTC-AG-TGCT-G-TTT-TCGA-A-AG--TA--TCCTAA-CTT-AAAGT---TCCTAAGA-ATTATCT-TAAACTTAGGACA
gi|20704                      :          C-ATG--T--TTAT-GAAG-CTAT-CT-TA----GG-A------C------TA--AG------AAAC-GT-C-T---TA-A----G-ATA------TA------CTT-CTTAG-G-AC-ACAT--------
gi|20702                      :              G--T--TTAC-GATG--TGT-CG-TA----AG-ATCCTG-C------TA--AG------ATAT-AT-C-T---T--A----A-TC-------TA------T-T-CTTAG------ATAT--------CT-T------
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gi|20689                      :   cctgaggccatg--T--TCAA-GAAA-CTAA-CTCTA----GG-A------C------TA--AG------ATGT-GTCC-T---A--A----G-AG-------TA------G-T-CT----G-AG-ACAT--------TTCT------A------G-----TCTTA-AG-A--TAGCCTTCATGA-A-gccgtcctaacttaacgatacatcttaaaaattgtcttaaagttaacacatc
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gi|20707                      :               --T--TCAA-GAAA-CTAA-CT-TA----GG-A------C------TA--AG------ATGT-GTCC-T---A--A----G-AG-------TA------G-T-CTGA--G-AC-ATAT--------CT-T------A------G-----TCTTA-AG-A--TAG-CTTCATGA-A-
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gi|20705                      :               --T--TCAA-GAAA-CTAA-CT-TA----GG-A------C------TA--AG------ATGT-GTCC-T---A--A----G-AG-------TA------G-T-CTGA--G-AC-ATAT--------CT-T------A------G-----TCTTA-AG-A--TAG-CTTCATGA-A-
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gi|20708                      :               --T--TCAA-GAAA-CTAA-CT-TA----AG-A------C------TA--AG------ATGT-GTCC-T---A--A----G-AG-------TA------G-T-CT--GCG-AC-ATAT--------CT-T------A------G-----TCTTA-AG-A--TAG-CTTCATGA-A-
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gi|20706                      :               --T--TCAA-GAAA-CTAA-CTCTA----GG-A------C------TA--AG------ATGT-GTCC-T---A--A----G-AG-------TA------G-T-CT----G-AG-ACAT--------TTCT------A------G-----TCTTA-AG-A--TAGCCTTCATGA-A-
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gi|20709                      :                      AT-GAAG-ATAT-CT-TA----AG-A------T------TA--AG------ATAT-AT-C-TTCGC--A----G-G---------A--------T-TTTGC-G-AC-ACAT--------TG-T------A------A-----ACTTA-AT-C--CAG-TCTTTTGA-A-GCTATA--TCCTAT-CTT-AAGATTTTTCTTA
gi|20711                      :                       T-AAAG-CCAT-CT-TA----GG-A------C------TA--AG------A-------C-T---T--A----G-ATATA----TA------A-T-CTTAG-T-AT-GTGT--------CT-TTAT---A------G-----TCCTA-TG-T--GAG-ATAATCGA-A-TA--TG--TCCTAA-ATG-AAGGCACATTCTAGGA-TTTCTCC-TAAAGTTAAGACATC
gi|20697                      :                                  -CT-TA----A---------T------TA--AG------ACGT-GT-C-C---T--A----A----------TA------CATACTTAA-G-AC-ACGT--------CT-T------T------G-----TCCCA-AG-A--TAG-TTTCATGA-A-
gi|20712                      :                       ctgcaggcatg-CC-TA----AGGA------C------CAGCAG------ACAT-GT---T---C--A----A-AG-------TA------TGT-CCTAG-G-AC-ACAT--------CT-T----------------------TA--G-T--CAG-CTTCTCAA-A-GC--TT--TCCTAA-ATTCAGGCTTCGCCATAAGA--TTGTCC-TAACTTTAGGGCtcagtt
gi|20694                      :                                  -CT-TA----AG-ATAGTC-C------TA--AG------ATGT-GT-C-T---T--A----G-A--------TC------C-T-AATAA-G-AT-ATAT--------CT-T------AAGGTATA-----TCTTA-AGAA--TAG-TTTCGT-A-A-GC--
gi|20700                      :                         cctgcaggcgat-TA----GG-A------C------TA--AG------ATAC-AT-CCT---A--A----G-TT-------TA--------T-CTTAA-G-AT-ATGA--------TT-T------A------G-----TCCTA-AG-A--TAG-CT--TTGATA-GC--
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gi|20691                      :                                          cctgtggcccatg------TA--AG------ATATTGT-T-T---T--A----A-GA-------TA------TAT-CTTAG-G-AC-ATAT--------CT-TAAGACGA------A-----TCTT--AG-A--TAC-TTTCATGA-A-
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gi|20699                      :                                                                                                               catg-T-CGTAA-G-AC-AGAT--------CT-T------A------G-----TCGTA-AG-A--TAG-TTTTGTGA-A-AC--TG--GCCtatacttcttaggacacat
gi|20694                      :                                                                                                                                               -T------A------G-----TCCTA-AG-A--T-G-TGTCTTAG-A---------TCCTAA---T-AAGATATATCTTAAGG-TATATCT-TAAtcaaaatttgtcataagatctatcatagctgtttcacaaaactgttatatcttttgataatcttaagatagtttggaatcttaagacatc





Alignments
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lowQualScore                  :     ..    .   .. ..    .    .    .    ....  . ...... ......  ..  ...... .    .  . . .. ....  ..........     .  .  .    ........   ...  .....     .... . ...      ..   .  ..  ..      .     .  . ...        ..  .    .  .           
lowQualScore                  :     77    4   66 66    7    3    6    4444  6 222222 666666  22  666666 8    6  1 6 22 4444  1111111111     6  6  2    88888888   222  88888     9999 9 222      88   1  77  77      7     7  7 666        33  1    1  8           
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Reference ( family-654 )      : CCTGC-GGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CTTA----AG-A------C------TA--AG------ATATGT-CTNA-G--AN---TA---N------TCTTA-GG-AC-ACAT--------CTT---AG-----TCCTA----A-GN-TAGTTTCNTGAA-GC--TG--TCCTAA-CTTAA-GA-TACNTCTTAAGA-ATTGTCTT-AACTTTAAGACATC
gi|20688                      : CCTGT-GGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CTTA----AG-A------C------TA--AG------ATATGT-CTCA-G--AC---TA---C------TCTTA-GG-AC-ACAT--------CTT---AG-----TCCTA----A-GT-TAGTTTCTTGAA-GC--CG--TCCTAA-CTTAC-GA-TACATCTTAAAA-ATTGTCTT-AACTTTAAGACATC
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lowQualScore                  :     77    4   66 66    7    3    6    4444  6 222222 666666  22  666666 8    6  8888 6 7777777  111111111     6  6  2    88888888   999  444444    8   888     6     1  000 77      7     7  7 666        88  1   1   8           
consensus                     : CCTGC-GGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CTTA----AG-A------C------TA--AG------ATATGT-CT---CA-G--AN---TA------N--TCTTA-GG-AC-ACAT--------CTT---AG-----TCCTA-AGT--TAGTTTCTCGAA-GC--CG--TCCTAA-CTTAA-GA-TACNTCTTAAGA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
Reference ( family-654 )      : CCTGC-GGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CTTA----AG-A------C------TA--AG------ATATGT-CT---CA-G--AN---TA------N--TCTTA-GG-AC-ACAT--------CTT---AG-----TCCTA-AGT--TAGTTTCTCGAA-GC--CG--TCCTAA-CTTAA-GA-TACNTCTTAAGA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
gi|20688                      : CCTGT-GGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CTTA----AG-A------C------TA--AG------ATATGT-CT---CA-G--AC---TA------C--TCTTA-GG-AC-ACAT--------CTT---AG-----TCCTA-AGT--TAGTTTCTTGAA-GC--CG--TCCTAA-CTTAC-GA-TACATCTTAAAA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
gi|20689                      : CCTGT-GGCC-A-G--T--TCAT-GAAGGCTAT-CTTA----AG-A------C------TA---G------AAATGT-CT---CA-G--AC---TA------C--TCTTA-GG-AC-ACAT--------CTT---AG-----TCCTAGAGT--TAGTTTCTTGAA-GC--CG--TCCTAA-CTTAC-GA-TACATCTTAAAA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
gi|20690                      : CCTGT-GGCCCATG--T--TCAT-GAAA-GTAT-CTTA----AG-ATTCGTCT------TA--AG------ATATGTCCT---AA-G--AA---TA---------TCTTA-AATAC-ATAT--------CTT---A
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gi|20698                      :  CTGC-AGGC-ATG--C--TTAT-GAAG-ATAT-CTTA----AG-A------C------TA--AGAAATACATGTAT-CT---TA-G--CA---GG------G--TCTTA-CG-AC-ACAT--------CGT---A
gi|20699                      :      -GGCC-AGT--T--TCAC-AAAA-CTAT-CTTA----CG-A------C------TA--AG------ATCTGT-CT---TACG--AT---CAAAATTTG--TCATA-AG-AT-CTAT--------CAT---AG-------CT---------GTTTCACAAA-AC--TG--TTATAT-CTTTT-GA-TA-ATCTTAAG--ATAGTTTGGAATCTTAAGACATC
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gi|20709                      :                      AT-GAAG-ATAT-CTTA----AG-A------T------TA--AG------ATATAT-CTTCGCA-G--------G------A--TTTTG-CG-AC-ACAT--------TGT---AA-----ACTTA-ATC--CAGTCTTTTGAA-GCTATA--TCCTAT-CTTAA-GA-TTTTTCTTA
gi|20710                      :                      AT-GAAG-CTAT-CTTA----GG-G------C------TA--AG------AAACGT-CT---AA-G--A----TA------T--ACTGA-GG-AC-ACTT--------CTT---AA-----GTCTA-AAT---------------GC--TGTTTCCTAA-CTTTA-GA-AAGTTCCTAAGA-ATTATC
gi|20711                      :                       T-AAAG-CCAT-CTTA----GG-A------C------TA--AG------A------CT---TA-G--ATATATA------A--TCTTA-GT-AT-GTGT--------CTTTATAG-----TCCTA-TGT--GAGATAATCGAA-TA--TG--TCCTAA-ATGAA-GG-CACATTCTAGGA-TTTCTCC-TAAAGTTAAGACATC
gi|20712                      :                                  -CCTA----AGGA------C------CAGCAG------ACATGT--T---CA-A--AG---TA------TG-TCCTA-GG-AC-ACAT--------CTT-------------TA--GT--CAGCTTCTCAAA-GC--TT--TCCTAA-ATTCA-GGCTTCGCCATAAGA--TTGTCC-TAACTTTAGGGC


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blockSeqs                     :     T     .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      T    .  A    . AC       GGA           .  .  .    .          .    T         .   T       C     .  C   .       .     .  . ACA        A   G   .   A
blockSeqs                     :     T     .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      T    .  T    . AA       TA            .  .  .    .          .    T         .   T       T     .  C   .       .     .  . AGT        A   A   .   A
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blockSeqs                     :     A     .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      T    .  C    . AC       TG            .  .  .    .          .    T         .   C       A     .  T   .       .     .  . TCT        A   G   .   T
blockSeqs                     :     C     .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      T    .  T    . AC       C             .  .  .    .          .    T         .   G       T     .  T   .       .     .  . TTT        T   C   .   C
blockSeqs                     :     C     .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      C    .  T    . AA       C             .  .  .    .          .    T         .   C       T     .  A   .       .     .  . TTT        T   A   .   C
blockSeqs                     :     C     .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      T    .  T    . AG       C             .  .  .    .          .    A         .   C       C     .  T   .       .     .  . AGT        T   A   .   A
blockSeqs                     :     C     .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      T    .  T    . CA       G             .  .  .    .          .    A         .   T       C     .  T   .       .     .  . ACA        A   A   .   A
blockSeqs                     :           .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      C    .  T    . AT       G             .  .  .    .          .    G         .   T       C     .  T   .       .     .  . TCG        A   A   .   C
blockSeqs                     :           .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      T    .  T    . GA       A             .  .  .    .          .    T         .   T       C     .  T   .       .     .  . AA         T   C   .   .
blockSeqs                     :           .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      T    .  T    . CA       G             .  .  .    .          .    T         .   T       T     .  T   .       .     .  . T          .   G        
blockSeqs                     :           .   .  .     .    .    .    .     . .      .       .   .      A    .  T    . CA       A             .  .  .    .          .    T         .   C       A     .  T   .       .     .  . .                       
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lowQualScore                  :     77    4   66 66    7    3    6    4444  6 222222 666666  22  666666 8    6  8888 6 7777777  111111111     6  6  2    88888888   999  444444    8   888     6     1  000 77      7     7  7 666        88  1   1   8           
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Reference ( family-654 )      : CCTGC-GGCC-ATG--T--TCAT-GAAG-CTAT-CTTA----AG-A------C------TA--AG------ATATGT-CT---CA-G--AN---TA------N--TCTTA-GG-AC-ACAT--------CTT---AG-----TCCTA-AGT--TAGTTTCTCGAA-GC--CG--TCCTAA-CTTAA-GA-TACNTCTTAAGA-ATTGTCT-TAACTTTAAGACATC
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