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lowQualScore                  :          . . .. .. .     .... ................   .  .   .  .. ..      .      . ... ..  .   . .  .       ...   .. ....    .  . .   ....    . ....   .   . .        .. . .  . .......  .. .... . ..   .   .. .  .  ......        
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Reference ( gi|106641 )       : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----GCCA-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CGG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-TTT----TTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
gi|106642                     : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----GCCA-TG-AAC-ACATTAATTTGAA-AAATTA-G---A--AT-CAG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGAAGGA-T-TTT----CTCC-T----GGG-CTA-G-TAAA-TTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAGCCCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
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lowQualScore                  :          . . .. .. .     .... ......... .....    .  .   .  .. ..      .      . ... ..  .   . .  .       ...   .. ...     .  . .   ....    . ....   .   . .        .. . .  . .......  .. .... . ..   .   .. .  .  ......        
lowQualScore                  :          9 9 66 66 9     0000 444444444 88888    7  9   9  66 66      9      8 222 55  8   7 5  7       777   55 222     7  7 7   7777    7 7777   8   9 9        22 9 9  9 2222222  66 0000 9 66   9   88 0  0  888888        
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Reference ( family-653 )      : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----ACCA-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CGG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-TTT----TTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
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gi|106659                     :   AGTAAAA-A-T--G--ATACACT----T----AGTTAC-----ACCA-TG-AAA-AC--T--TTTGAA-AAACTA-A---ACGCT-CGC-G-AG-CCAAGTT---GGG--A----AATG-AT-T-TTT----TTCC-T----GTG-C-----------TT--G-T-GA-A-------CC--T----A-C--ATG-TCC--T-AC-TG------GCTATTGG
gi|106660                     :      AGAA-G-T--A--A-ACACT----T----G----C-----ACTA-TG-AAA-GA--T--TTTGAA-AAATCA-A---A--AT-CGA-A-AG-CAAAATT---GGG--C---CAGTG-GA-T-TTT----TTTC-T----GGG-CTA-G-TGAATT-----------------------T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTG
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Alignments
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lowQualScore                  :          . . .. .. .     .... ......... .....    .  .   .  .. ..      .      . ... ..  .   . .  .       ...   .. ...     .  . .   ....    . ....   .   . .        .. . .  . .......  .. .... . ..   .   .. .  .  ......        
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Reference ( family-653 )      : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----ACCA-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CGG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-TTT----TTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
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gi|106649                     : TAAGTAAAG-A-T--A--A-ACACT----T----G----C-----ACCAATG-A-C-G---T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-TAT-G-TA-CCAAGTT---GGG--A---TAGAA-AA-T-TTT----GTCC-
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blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    G         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    A         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    G         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    A         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    G         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    A         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    A         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    G         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    G         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .   .  .  .  .     
blockSeqs                     :          . . .  .  .     .    .         .        .  .   .  .  .       .      . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .   . .        .  . .  . .        .  .    . .    .                  
blockSeqs                     :                                                                              . .   .   .   . .  .       .     .  .       .  . .   .       . .      .                                                                   
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finalCons                     : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----ACCA-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CGG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-TTT----TTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG





Alignments
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lowQualScore                  :          . . .. .. .     .... ......... .....    .  .   .  .. ..      .      . ... ..  .   . .  .       ...   .. ...     .  . .   ....    . ....   .   . .        .. . .  . .......  .. .... . ..   .   .. .  .  ......        
lowQualScore                  :          9 9 66 66 9     0000 444444444 88888    7  9   9  66 66      9      8 222 55  8   7 5  7       777   55 222     7  7 7   7777    7 7777   8   9 9        22 9 9  9 2222222  66 0000 9 66   9   88 0  0  888888        
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Reference ( family-653 )      : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----ACCA-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CGG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-TTT----TTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
gi|106641                     : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----GCCA-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CGG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-TTT----TTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
gi|106642                     : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----GCCA-TG-AAC-ACATTAATTTGAA-AAATTA-G---A--AT-CAG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGAAGGA-T-TTT----CTCC-T----GGG-CTA-G-TAAA-TTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAGCCCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
gi|106643                     : TAAGTAAAA-A-C--A--A-ACAAT----T----A----CCATACACCA-TT-AAT-GT--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CTT-G-GG-CAGAGTT---GGG--A---TGGTA-GA-T-TTT----CTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-G-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
gi|106644                     : TAAGTAAAACA-T--A--A-ACAAT----T----ATA--C-----ACCA-TT-AAT-GT--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CTT-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGCA-GA-T-TTT----CTCC-T----GGG-CTA-G-TGATTTTT--G-G-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CTC--T-AC-TG------GCTAGTGG
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gi|106646                     : TAAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----CCCT-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--TT-CGG-G-GGGCAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-TCT----CCCC-A----TGG-CTA-C-TAAATTTC--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-CC-TGCCAGGAGTTAGTGG
gi|106647                     : TAAGTAAAG-A-TTAA--A-ACACT----T----A----C-----CCCT-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-AAATA--AT-CGG-G--G-CAAAGTT---GGA--G---AAGTA-GA-T-TCT----CCCCAT----GGC-TTACG-AAAATTTCAAG-T-GA-A-------TC-------A-C--TA--CCC--T-CC-TG------
gi|106648                     : TAAGTAAAG-A-T--A--A-ACACT----T----G----C-----ACCAATG-A-C-A---T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-TAT-G-AA-CCAAGTT---G-----------TA-AA-T-TTT----TTCA-T----AGG-CTA-A-TGAATTTT--G-G-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
gi|106649                     : TAAGTAAAG-A-T--A--A-ACACT----T----G----C-----ACCAATG-A-C-G---T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-TAT-G-TA-CCAAGTT---GGG--A---TAGAA-AA-T-TTT----GTCC-
gi|106650                     : TAAGAAAAA-A-T--A--A-AAACT----TTTAAA----C-----ACCA-TT-AAC-TT--T--TTTGAATAAATGA-A---G--AT-CGG-G-AG-GAATTTT---CAG--A---TAGTA-CA-T-CTT----TTCC-T----TGG-CTA-G-TGAAGTTT--G-G-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCCTAT-AC-TG------GCCAATGG
gi|106651                     : TAAGTAAAA-T-T--A--A-ACATT----C----A----C-----ACCA-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-TGG-G-GG-CAATGTT---GGG--C---TAGTA-GA-T-TTT----TTTC-T----GGG-
gi|106652                     : TAAGGAAAA-AGT--A--A-ACACT----T----G----C-----ATCACTG-AAC-GC--T--TTCGAA-AA-TTA-A---A--AT-TGG-GGAG-CAATGTT---GGG--C---CAGTA-GA-TTTTT----TTCT-T----AGG-CAA-G-TG-ATTTT--A-T-T----------TA--T----A-C--TGG-CCC--T-ACTTG------GCT-GTGG
gi|106653                     : TAAG-AAAA-A-C--A--A-ACACT----T----A----A-----ACCT-TA-AAC-AC--T--TTAGAA-AAATTA-A---A--TT-TGG-G-GG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-T
gi|106654                     : TATGTAAAA-A-T--ATAA-ACACT----T----G----C-----ATCA-TC-AAC-GC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AC-CGG-G-AG-C
gi|106655                     :  AAGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----------------------------------TTTGAA-AAATTA-A---C--AT-CAG-G-AG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-A-TGT----TTCC-T----GGGGCTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--C----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTGG
gi|106656                     :   AGTAAAA-A-T--A--A-ACACT----T----A----C-----GCCA-TG-AAC-GC--T--TTTGAA-ATATTA-A---A--AT-CAG-G-TG-CAAAGTT---GGGATA---TAGTA-GA-T-TTT----TTCC-T----GGG-CTA-G-CGAATTTTTGG-T-GA-ATCTAGATTC--T----A-C--TAG--CC--T-AC-TG------GCTAGTGG
gi|106657                     :   AGTAAAA-A-T--G--A-ACACT----T----AGTTAC-----ACCT-TG-AAC-AC--T--TTTGAA-AAATTA-A---A--AT-CGC-G-AG-CCAAGTT---GGG--A----A--A-GATT-TTT----TTCC-T----GTG-C-----------TT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTATTGG
gi|106658                     :   AGTAAAA-T-G--C--A-ACACTATAAC----A----C-----ACCA-TGGAACAGC--T--TTTGAA-AAGATACA---A--AT-CAGCG-AG-CAAACTTTT-GGG--A---TA-TA--A-T-TTTATTATTCC-TC---GGG-CTT-GATGAATTTT--G-TTGACA-------TC--T----AAC--TAG-CCC--TTAC-TG------GCTAGTGG
gi|106659                     :   AGTAAAA-A-T--G--ATACACT----T----AGTTAC-----ACCA-TG-AAA-AC--T--TTTGAA-AAACTA-A---ACGCT-CGC-G-AG-CCAAGTT---GGG--A----AATG-AT-T-TTT----TTCC-T----GTG-C-----------TT--G-T-GA-A-------CC--T----A-C--ATG-TCC--T-AC-TG------GCTATTGG
gi|106660                     :      AGAA-G-T--A--A-ACACT----T----G----C-----ACTA-TG-AAA-GA--T--TTTGAA-AAATCA-A---A--AT-CGA-A-AG-CAAAATT---GGG--C---CAGTG-GA-T-TTT----TTTC-T----GGG-CTA-G-TGAATT-----------------------T----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------GCTAGTG
gi|106661                     :        AA-G-T--A--A-ACACT----T----G----C-----ACTA-TG-AAA-GC--T--TTTGAA-AAATCA-A---A--AT-CGG-G-AG-CAAAATT---GGG--G---CAGTG-GA-T-TTT----TTTC-T----GGG-CTA-G-TAAATTTT--ATT-AA-A-------TTAAT----A-C--TAC-CCC--T-AC-TG------GCTAGTG
gi|106662                     :                                                                         AATTA-A---A--GTACAT-GTAG--AACGTTTCAGGG--ACTGTACTA-GA-T-TCT----TTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--T----A-C--TAG-C
gi|106663                     :                                                                                            -G-GG-CAAAGTT---GGG--A---TAGTA-GA-T-TTT----TTCC-T----GAG-CTA-T-TGAAATTT--G-T-GA-A-------TC--A----A-C--TAG-CCC--T-AC-TG------CCTAGTAG
gi|106664                     :                                                                                                                        TA-GA-T-TTT----TTTC-TTTCTGGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-AA-A-------TC--T----A-C--TTG-CCC--T-AC-CG------GCTAGTGG
gi|106665                     :                                                                                                                             -T-TCT----TTCC-T----GGG-CTA-G-TGAATTTT--G-T-GA-A-------TC--G----A-C--TAG-TCC--T-AC-TG------GCTACTGG