lowQualScore : 22 111 1111111111 22222 1111 11 111 1111111111 1111 22
lowQualScore : 22 99 4 2 2 333 2 2 2 2 4 1 333 4444 333 1 666 1 2222222222 1 2 22 2 2 55 2 333 2 99999 2 22 22 2 7777 2 6 2 2 11 22 2 22 2 2 2 555 44 2 4444 22 777777777 22 8888888888888 555 2 6666666666 33 4444 44 99 33 888888 4444 2 0000 5 2 2 2 2 333 77 2 4 2 2 99 2 2 33 33
lowQualScore : .. .. . . . ... . . . . . . ... .... ... . ... . .......... . . .. . . .. . ... . ..... . .. .. . .... . . . . .. .. . .. . . . ... .. . .... .. ......... .. ............. ... . .......... .. .... .. .. .. ...... .... . .... . . . . . ... .. . . . . .. . . .. ..
lowQualScore : 99 77 2 0 0 999 0 0 0 0 0 9 333 0000 333 9 777 9 9999999999 9 0 88 0 0 55 0 111 0 88888 0 88 88 0 2222 1 0 1 1 22 99 1 99 1 1 1 666 88 0 2222 88 777777777 88 0000000000000 888 1 3333333333 11 7777 99 22 11 666666 7777 2 9999 6 2 2 2 2 999 55 2 4 2 2 55 4 4 22 22
consensus : TTTTTTTTTTCG-TTTT-A-GTG-C-A--ATT-TG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--C--AA-A--TTC--CG-AC-G--TG-CTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-T-AA--C-T----T--TTA-GA------TA--TA-------T-----C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TT--T----TT-AATT-A--AAA------TTA----G-TTG--GAT-TT-A-T-GGT---TAA--AA-CA-TATC-T-A--C-CAAA-T--T--TGGTTA
Reference ( gi|86069 ) : TTTTTTTTTTCA-TTT--A-GTG-C-A--CTT-TG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------CA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--C--AA-A--TTC--CG-AC-T--TG-CTCC-GTGACC-CCA-TTTTT-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-G-AA--C-T----T--TTA-GA------TA--TA-------T-----C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TT--T----TT-AATC-A--AAA------TTA----G-TCA--GGT-TT-A-T-GGT---TAA--AA-CA-TATC-T-AC-C-CAAA-T--T--TGGTTA
gi|86068 : TTTTGTTTTTCG-TTTT-A-GTG-C-A--CTT-AG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-AC-C--AA-A--CTC--CG-AA-G--TG-CTCC-GTGACC-CCA-TGTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAG-C-AA--C-T----T--TT--GA------TA--TA-------T-----C---GAAATAT-ATTGG--AA-G--TT--T----TT-AATT-A--AAA------TTA----G-TTG--GAT-TT-A-T-GCT---TAT--AA-CA-TATC-T-A--C-CAAA-T--T--TGGTTA
gi|86067 : TTTTTTTTTTCA-TTTT-A-GTC-T-A--ATT-TG-T-C-A-GAGGC-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---C-ATA-------CA-GCG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--CC-AA-A--TTC--CG-AT-G--TG-CTCC-GTGACC-CCA-TTTTA-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-T-AA--C-T----T--TTA-GA------TA--TA-------C-----A---GGAATAT-ATTGG--AA-A--TT--T----TT-AATT-A--GAA------TTA----G-TTG--AAT-TT-A-T-GGT---TAA--AA-TA-TATC-T-A--C-CAAA-T--T--TGTTTA
gi|86070 : TTTCTTTTTCCG-TTTT-A-GTG-C-A--ATT-TG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--CC-AA-A--TTC--CG-AC-G--TG-CTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-C-AA--C-T----T--TTA-GA------TA--TA-------T-----C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TT--T----TT-GAAT-A--AAA------TTA----G-TTG--GAT-------------------------TATC-T-A--C-CAAA-T--T--TGGTTA
gi|86071 : TTTTTTTTTTCG-TTTT-A-GTG-C-A--ATT-TG-T-C-A-AAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------T--GTG-TAT----ATT-T-G--T-AT-G-GT-A--C--AA-A--TTC--CG-CC-G--TG-CTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-T-AA--C-T----T--TTA-AA-------A--TA-------C-----C---GGAATAT-ATG-A--AA-T--TT--T----TT-CATTAA--AAA------TTA----G-TTG--GAT-TT-A-T-GGT---T-A--AA-CA-TTCC-T-A--C-CAAA-T--T--TGGTTA
gi|86072 : TTTTTTTTTTCGTTTT--G-GTT-C-A--ATA-TA-T-C-A-GAAAT-AT---GA----CTTTAA---GCA-G---T-TTA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-AC-C--AA-A--TTC--CA-AC-G--TG-TTCC-GTTACC-TCA-TTTGC-ACAA--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-C-AA--C-G----T--CTA-GATAAATGTA--TA-------T-----C---GGAATAC-ATT-G--AATG--TT--T----TT-CATT-A--AAA------TTT----G-TTG--GAT-TT-A-T-GGT---TAA--AA-CA-CATC-T-A--C-CAAA-T--T--TGGTTA
gi|86073 : TTTTTTTTTTCA-TTTT-A-GTG-C-AAGTTC-TGAT-C-A-GAGA--AT---GATGAACTTTCA---ACA-T---T-ATA-------CA-GTG-C-T-T--GTT-T-G--T-AT-A-GTTA--C--AA-A--TTCACTG-ACGT--TG-CTCC-GTGACC-C-A-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-ATC-GAAA-T-AA--C-T----T--TTA-G-------TA--TA-------T---------GGAATAT-TTG-G--AA-----T--T----TT-AATT-A--GAT------TTA----G-TTG--GAT-TT-C-T-GGT---TAA--AACCA-TATCTT-ACGG-CAAA-TAAT--TGGTTA
gi|86074 : TTTATTTATTCA-TTTT-G-GTGGC-A--ATT-TT-T-CCA-GAGAT-ATAATGA----CTTTAACCAACA-T---T-GTA-------CAAGTG--AT-T--ATT-TCG--T-AT---GT-A--CC-AA-A--ATC--CA-AC-G--TG-CTCCCGTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TA--TA-A--TCT-GAAT-A-AA--G-T----T--T----A------TA--TG-------TGTCTGC---GAAATAT-ATT-GGGAA-G--TT--T----TT-AATC-A--AAAA-----TTA----G-CTG--GAT-TT-A-T-GGT---TAA--AA-GA-CAT--T-AC-C-AAAAGT--T--TGGTTA
gi|86078 : TTTTTTTTTT---TTG--A-GTA-C-A--ATT-T--T-----GATAT-AT---GT----CTTTCA---ACA-TAATT-ACA-------TA-GTG-TCT-T--GTT-T-G--T-GT-A-GT-AT-C--AC-A--TTC--CG-AC-G--TG-CTCC-GTGACC-CCA-TTT------------------------------G-AA--C-A----C--T-----------TA--TA-------T-----C---GGGATAT-ATT-T-----G--TT---------------A--AAA------TTA----A-TTG--GAT-TT-A-T-GGT---TAA--AA-CA-TATT-T-A--C-CACA-T--T--TGGTTA
gi|86075 : TTTTGTTTTTCG-TTTT-A-GTG-A-A--ATT-TG-T-C-AGGAGAT-AT---GG----ATTTAA---ACAGT---TAATA-------TAGGTG-TAT-G--GTT-G-G--TAATGA-GT-AACC--GACC--TTC--CG-A--T--CGTCTCC-G-GA-C-CCA-TTTTCAACGGGTT-CT--TA-AATTTT-GAAC-C-AA--T-TCTTGT--TTA-TT------TT--TATTATCACT-----C---GAGAT-T-CTT-G--GA-G--TC--TTATATT-AATT-A--AAA------GTA----GCTTA--GAT-TTCA-T-GGT---TAAC-AA-CATTTTC-TAAT-C-CAAA-T--TAATGGTTA
gi|86076 : TTTTTTTTTCG-TTTT-A-GAG-C-A--ATT-TG-T-C-A-GAGAT-AT---GA------------------------TA------------G-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--CC-AA-A--TTC--CG-AC-G--TG-CTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-GA-TCT-G----------C-T----CTATTA-GA------TA--TA-------T-----C---GGAATAT-ATTGG--AA-T--TT--T----TT-AATT-A--AAA------TTA----G-TTG--GAT-TT-A-T-GGT---TAA--AA-CA-TATC-T-A--C-TAAA-T--T--TGGTT
gi|86077 : TTTTTTATTCG-TTTTTA-TTG-C-A--ATT-TG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------T--TTGATAT-----TT-T-G--T-AT-G-GT-A--CA-AA-A--TTC--CG-CCGT--GG-CTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCA-GAAA-T-AA--CTT----T--TTA-GA------TA--TA-------C-----C---GGAATAT-ATT-G--AATGTTTT--T----TT-AATT-A--AAA------TTA----G-TTG--GAT-TT-A-T-ATT---TAT--AA--A-TATC-T-A--C-CAAA-T--T--TG
gi|86079 : TCTTATTTTTA-TTTT-A-GCG-C-A--ATT-TG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CATTAA---GTA-T---T-GTA-------CA-ATA-TA
gi|86080 : TTTTTTTTCA-TTTCTA-GTG-C-A--CTT-TG-T-C-A--AGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---C-ATA-------CA-GTG-TAT-T--GTT-T-GGTC-AT-A-GT-ATCC--AA-AATTCC--CA-AC-G--TG-CTCCGGTGGCT-CCATTTTTT-ACAG--T-TT--T--AA-TCA-GAAACG-AAT-C-T----T--TTATGA------TA--TA-------
gi|86081 : TTTTTTTTAG-TTT--A-GTG-CGA--ATT-T--T-C-A-AATAT-TA---GA----CTT--A---AC------T-ATA-------TA-TTG-CAT-TATGTTAT-GCTT-AT-GTGT-A--CCCAA-A--TTC--CG-GC-CGGTG-CTCC-GTAACC-CCA-TTT----CAG--TCTT--TACAA-TCT-GAAA-ATAA--C-T----T--TTA-AA------TA--TA-------TC----C---GG--TATCATT-G--AT-A--TT--T--------ATT-A--AAGCACTCTCTA----G--CA--ATT-TG-A-T-GGTCTGTAAACAA-CA-TTTC-T-A--C-CAAA-T--T--TGGTT
gi|86082 : TTTTTTTTA-TTT--AAGTG-C-A--ATT-TG-T-T-A-GA-------------------------CA-T---T-GTA-------CA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-G-GT-A--CT-AA-A--ATC--CG-GT-G--TG-CTCC-GTGACC-TCA-TTTTC-ACAG--T-TC--TA-AA-TCT-GAAA-T-AA--C-T----T--TTC-AA------CG--TA-------T-----C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TT--T----TT-AATT-A--AAA------CTA----A-TTA--GAT-TT-A-G-GGT---TAG--AA-CA-TATC-T-A--C-CAAA-T--T--TGATTA
gi|86083 : TTTTGTTCG-TTTTTA-GTG-A-A--TGT-TG-T-C-AAGAAATTAT---GA----CTTTTA---ACA-T---T-ATAA------TA-GTG-TATAT--GT----G--T-AT-G-GT-A--CCAAA-A--TTC--CG-TC-C---G-TCCC-GTGACCACCA-TTTT--ACAA--G-TT--TA-AA-TC--GAAA-T-AA--C-T----T--TAA-TA------TAATTA-------T-----CTCCGGAATAT-ATT-T--------TT--T----TT---TC-ATTAAA------TTA----G-TTG--GAT-TT-A-T-GGT---TAAG-AA-CA-TATC-T-AC-CGTAAA-T--T--T-GTTA
gi|86084 : TTTTTTCA-TTT--AGGTG-C-A--ATT-TG-TAC-C-AAGAT-AT---GG----CTTATA---ACA-CCGAT-ATAT------TA-GTG-TAT-T--ATA-T-A--T-AT-C-TT-ACCC--AA-T--TTC--CGCAC-G--TG-CTCCTGTGA---CCA--TTTC-ACAG--T-TCTGTA-AA-TCTAGAAA-T-AA--A-C----T--TTATCA------TA--AA-------C-----CT--GGAA-AT-AAT-G--AC-A--TT--T----TT-CATTAA--AAA------TTA----T-TCC--GATCTC-A-TGGGT---TAA--AA-CACTATC-T--T-A-CAAA----T--TGGTTA
gi|86085 : TTTTTCG-TTTT-A-GTG-C-A--ATT-TT-T-C-A-GACAT-AT---GA----CTTCAA---ACA-T---T-GCA-------TA-GTG-CAT-T--GTT-T-C--T-AT-G-GT-A--CT-AA-A--TTC--AG-AT-G--TG-CTCC-GTGGCC-CCT-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-TAAA-T-AACCC-T----T--ATA-TA------TA--TA-------T-----C---GAAA----ATT-A--AA-
gi|86086 : TT--A-GTG-C-A--TATATG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-GTA-------CA-GCG-TAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-AC-C--AA-A--ATC--CG-AC-a
gi|86087 : G-C-A--ATT-TG-T-C-A-GAGAT-AT---TA----CTTTAA---ACA-T---T-GTA-------TA-GCC-TAT-T--GTG-T-G--T-AT-A-GT-AC-C--AA-A--TTC--CG-AC-G--TG-ATCC-GTGCCC-CCA-TTTTA-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-gt
gi|86088 : T-AT---GA----TTTTAA---ACA-T---T-ATATAGTGACTA-GTG-TAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-GC-C--AA-A--TTC--CG-AC-G--TG-CTCC-G
gi|86089 : C-GTGACC-CCA-TTTTC-GCAG--T-TT--TA-AA-TCT-TCAA-T-GA--C-T----T--TTA-AT------TA--TA-------T-----C---GAAATTT-ATT-G--TA-A--TT--T----TCAAATT-A--AAA------TTACATTG-TAATTGGA-TT-ACT-GAT---TAA--AA-CA-TATT-T-
gi|86090 : AAA-T-AA--C-T----T--TTA-GA------TG--TA-------T-----C---AGAATAT-ATT-G--AA-AA-CT--T----TT-AATT-A--AAA------TTA----G-TTG--GAA-TG-A-T-GAT---TAA--AA-CA-TATC-T-A--C-CAAA-T--T--TGGTTA
gi|86091 : --C-T----T--TTA-GA------TA--TA-------T-----C---GGAATAT-ATT-G--GA-A--TTTGT----TT-TATT-A--GAT------TTA----G-TTG--AAT-TG-A-T-GAT---TAA--AA-CA-TATC-T-A--C-CAAA-C--T--TGGTTA
Alignments
lowQualScore : 22222 1111
lowQualScore : 2 4 1 1 1 22 1 1 1 1 3 1 333 3333 333 1 666 1 9999999 3 1 1 22 1 1 55 1 222 1 77777 1 22 22 1 1 22 3 5 2 2 2 22 2 22 2 2 2 2 55 1 4444 666666666 22 6666666 2 999 2 4 44 5555 7777 22 4 22 2 6666666 2 22 2 4 2 333 77 2 4 2 55 33 33 33 33 33
lowQualScore : . . . . . .. . . . . . . ... .... ... . ... . ....... . . . .. . . .. . ... . ..... . .. .. . . .. . . . . . .. . .. . . . . .. . .... ......... .. ....... . ... . . .. .... .... .. . .. . ....... . .. . . . ... .. . . . .. .. .. .. .. ..
lowQualScore : 0 0 9 9 9 66 9 9 9 9 8 8 222 9999 222 8 444 8 5555555 6 8 9 66 9 9 22 9 666 9 99999 9 66 66 9 9 66 8 7 0 0 0 88 0 88 0 0 0 0 22 9 0000 444444444 66 2222222 0 000 0 0 88 9999 4444 88 2 99 1 8888888 1 99 1 2 1 777 11 1 2 1 33 11 11 11 11 11
consensus : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T-C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
Reference ( family-651 ) : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--C--AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T-C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86067 : TTTTTTTTTTCATTT-T-AGTC-T-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGGC-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---C-ATA-------CA-GCG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--CC-AA-A--TTC--CG-A-T--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTA-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------C-A---GGAATAT-ATTGG--AA-A--TTT----TT-AATT-AGA--A-T-------TAG-TTGA--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-TA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGTTTA
gi|86068 : TTTTGTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-C--T-TAG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--CC-AA-A--CTC--CG-A-A--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TGTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAG-CAA--C-T----TTT--GA------TA--TA-------T-C---GAAATAT-ATTGG--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GCT---TAT--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86069 : TTTTTTTTTTCA-TT-T-AGTG-C-A-C--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------CA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--C--AA-A--TTC--CG-A-C--TT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTT-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-GAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T-C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATC-AAA--A-T-------TAG-TCAG--GT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TAC-C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86070 : TTTCTTTTTCCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-CAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T-C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TTT----TT-GAAT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT------------------------TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86071 : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-AAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------T--GTG-TAT----ATT-T-G--T-AT-G-GT-A--C--AA-A--TTC--CG-C-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-AA-------A--TA-------C-C---GGAATAT-ATG-A--AA-T--TTT----TT-CATTAAAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---T-A--AA-CA-TTCC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86072 : TTTTTTTTTTCGTTT-T-GGTT-C-A-A--T-ATA-T-C-A-GAAAT-AT---GA----CTTTAA---GCA-G---T-TTA-------TA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-AC-C--AA-A--TTC--CA-A-C--GT-GTTCC-GTTACC-TCA-TTTGC-ACAA--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-CAA--C-G----TCTA-GATAAATGTA--TA-------T-C---GGAATAC-ATT-G--AATG--TTT----TT-CATT-AAA--A-T-------TTG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-CATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86073 : TTTTTTTTTTCATTT-T-AGTG-C-A-AGTT-CTGAT-C-A-GAGA--AT---GATGAACTTTCA---ACA-T---T-ATA-------CA-GTG-C-T-T--GTT-T-G--T-AT-A-GTTA--C--AA-A--TTCACTG-A-C--GTTGCTCC-GTGACC-C-A-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-ATC-GAAA-TAA--C-T----TTTA-G-------TA--TA-------T-----GGAATAT-TTG-G--AA-----TT----TT-AATT-AGA--T-T-------TAG-TTGG--AT-TT-CT-GGT---TAA--AACCA-TATCTTA--CGGC--AAA--TAAT--TGGTTA
gi|86074 : TTTATTTATTCATTT-T-GGTGGC-A-A--T-TTT-T-CCA-GAGAT-ATAATGA----CTTTAACCAACA-T---T-GTA-------CAAGTG--AT-T--ATT-TCG--T-AT---GT-A--CC-AA-A--ATC--CA-A-C--GT-GCTCCCGTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TA--TA-A--TCT-GAA--TAA--A-G----TTTA-TA------TG--TG-------T-CTGCGAAATAT-ATT-GGGAA-G--TTT----TT-AATC-AAA--AAT-------TAG-CTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-GA-CAT--TA--C--C--AAAAGT--T--TGGTTA
gi|86075 : TTTTGTTTTTCGTTT-T-AGTG-A-A-A--T-TTG-T-C-AGGAGAT-AT---GG----ATTTAA---ACAGT---TAATA-------TAGGTG-TAT-G--GTT-G-G--TAATGA-GT-AACC--GACC--TTC--CG-ATC--GT--CTCC-G-GA-C-CCA-TTTTCAACGGGTT-CT--TA-AATTTT-GAAC-CAA--T-TCTTGTTTA-TT------TT--TATTATCACT-C---GAGAT-T-CTT-G--GA-G--TCTTATATT-AATT-AAA--A-G-------TAGCTTAG--AT-TTCAT-GGT---TAAC-AA-CATTTTC-TAATC--C--AAA--T--TAATGGTTA
gi|86076 : TTTTTTTTTCGTTT-T-AGAG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA---------------------------------TA-GT---AT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A--CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-GA-TCT-GC---T----C-T----ATTA-GA------TA--TA-------T-C---GGAATAT-ATT-GG-AA-T--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--T--AAA--T--T--TGGTT
gi|86077 : TTTTTTATTCGTTT-TTATTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-ATA-------T--TTGATAT-----TT-T-G--T-AT-G-GT-A--CA-AA-A--TTC--CG-C-C--GTGGCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCA-GAAA-TAA--CTT----TTTA-GA------TA--TA-------C-C---GGAATAT-ATT-G--AATGTTTTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-ATT---TAT--AA--A-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TG
gi|86078 : TTTTTTTTT--TTT-G-AGTA-C-A-A--T-TT--T-----GATAT-AT---GT----CTTTCA---ACA-TAATT-ACA-------TA-GTG-TCT-T--GTT-T-G--T-GT-A-GT-AT-C--AC-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TT------------------------T-GAA---CA--C-T-----------------TA--TA-------T-C---GGGATAT-ATT----------T----------GTT-AAA--A-T-------TAA-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATT-TA--C--C--ACA--T--T--TGGTTA
gi|86079 : TCTTATTTTTATTT-T-AGCG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CATTAA---GTA-T---T-GTA-------CA-ATA-TA
gi|86080 : TTTTTTTTCATTTCT-AGTG-C-A-C--T-TTG-T-C-A--AGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---C-ATA-------CA-GTG-TAT-T--GTT-T-GGTC-AT-A-GT-ATCC--AA-AATTCC--CA-A-C--GT-GCTCCGGTGGCT-CCATTTTTT-ACAG--T-TT--T--AA-TCA-GAAA-CGAATC-T----TTTATGA------TA--TA-------
gi|86081 : TTTTTTTTAGTTT---AGTG-CGA-A--T-TT--T-C-A-AATAT-TA---GA----CTT--A---AC------T-ATA-------TA-TTG-CAT-TATGTTAT-GCTT-AT-GTGT-A--CCCAA-A--TTC--CG-G-CCGGT-GCTCC-GTAACC-CCA-TTT----CAG--TCTT--TACAA-TCT-GAAAATAA--C-T----TTTA-AA------TA--TA-------TCC---GG--TATCATT-G--AT-A--TTT--------ATT-AAAGCA-C-------TCT-CTAGCAAT-TTGAT-GGTCTGTAAACAA-CA-TTTC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTT
gi|86082 : TTTTTTTTATTT-A-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-T-A-GA-------------------------CA-T---T-GTA-------CA-GTG-TAT-T--GTT-T-G--T-AT-G-GT-A--CT-AA-A--ATC--CG-G-T--GT-GCTCC-GTGACC-TCA-TTTTC-ACAG--T-TC--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTC-AA------CG--TA-------T-C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TTT----TT-AATT-AAA--A-C-------TAA-TTAG--AT-TT-AG-GGT---TAG--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGATTA
gi|86083 : TTTTGTTCGTTT-TTAGTG---A-A--TGTTG-T-C-AAGAAATTAT---GA----CTTTTA---ACA-T---T-ATAA------TA-GTG-TATAT--GT----G--T-AT-G-GT-A--CCAAA-A--TTC--CG-T-C---C-GTCCC-GTGACCACCA-TTTT--ACAA--G-TT--TA-AA-TC--GAAA-TAA--C-T----TTAA-TA------TAATTA-------T-CTCCGGAATAT-ATT-T-----T--TTT----TT-CATT-AAA----T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAAG-AA-CA-TATC-TA--C--CGTAAA--T--T--T-GTTA
gi|86084 : TTTTTTCATTT-A-GGTG-C-A-A--T-TTG-TAC-C-AAGAT-AT---GG----CTTATA---ACA-CCGAT-ATAT------TA-GTG-TAT-T--ATA-T-A--T-AT-C-TT-ACCC--AA-T--TTC--CGCA-C--GT-GCTCCTGTGA---CCA--TTTC-ACAG--T-TCTGTA-AA-TCTAGAAA-TAA--A-C----TTTATCA------TA--AA-------C-CT--GGAA-AT-AAT-G--AC-A--TTT----TT-CATTAAAA--A-T-------TAT-TCCG--ATCTC-ATGGGT---TAA--AA-CACTATC-TT--A--C--AAA-----T--TGGTTA
gi|86085 : TTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTT-T-C-A-GACAT-AT---GA----CTTCAA---ACA-T---T-GCA-------TA-GTG-CAT-T--GTT-T-C--T-AT-G-GT-A--CT-AA-A--TTC--AG-A-T--GT-GCTCC-GTGGCC-CCT-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-TAAA-TAACCC-T----TATA-TA------TA--TA-------T-C---GAAA----ATT-A--AA-
gi|86086 : T-T-AGTG-C-ATA--T-ATG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---ACA-T---T-GTA-------CA-GCG-TAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-AC-C--AA-A--ATC--CG-A-C--GT-a
gi|86087 : G-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---TA----CTTTAA---ACA-T---T-GTA-------TA-GCC-TAT-T--GTG-T-G--T-AT-A-GT-AC-C--AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GATCC-GTGCCC-CCA-TTTTA-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-
gi|86088 : T-AT---GA----TTTTAA---ACA-T---T-ATATAGTGACTA-GTG-TAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-GC-C--AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-G
gi|86089 : C-GTGACC-CCA-TTTTC-GCAG--T-TT--TA-AA-TCT-TCAA-TGA--C-T----TTTA-AT------TA--TA-------T-C---GAAATTT-ATT-G--TA-A--TTT----TCAAATT-AAA--A-TTACATTGTAA-TTGG--AT-TA-CT-GAT---TAA--AA-CA-TATT-T
gi|86090 : AAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TG--TA-------T-C---AGAATAT-ATT-G--AA-AA-CTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AA-TG-AT-GAT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86091 : --C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T-C---GGAATAT-ATT-G--GA-A--TTTGT--TT-TATT-AGA--T-T-------TAG-TTGA--AT-TG-AT-GAT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--C--T--TGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 555 1 1 1 22 1 1 1 1 3 1 333 3333 333 333 1 333 1 1 1 3 7777777 1 22 1 1 55 1 222 1 1 3 1 44 22 1 1 22 3 5 2 2 2 22 2 22 2 2 2 2 55 1 4444 666666666 22 6666666 555 555 2 6 22 5555 7777 22 4 22 2 6666666 2 22 2 4 2 333 77 2 4 2 55 33 33 33 33 33
lowQualScore : ... . . . .. . . . . . . ... .... ... ... . ... . . . . ....... . .. . . .. . ... . . . . .. .. . . .. . . . . . .. . .. . . . . .. . .... ......... .. ....... ... ... . . .. .... .... .. . .. . ....... . .. . . . ... .. . . . .. .. .. .. .. ..
lowQualScore : 777 9 9 9 66 9 9 9 9 8 8 222 9999 222 222 8 222 8 8 8 6 7777777 9 66 9 9 22 9 666 9 9 8 9 55 66 9 9 66 8 7 0 0 0 88 0 88 0 0 0 0 22 9 0000 444444444 66 2222222 555 555 0 0 88 9999 4444 88 2 99 1 8888888 1 99 1 2 1 777 11 1 2 1 33 11 11 11 11 11
consensus : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
Reference ( family-651 ) : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86067 : TTTTTTTTTTCATTT-T-AGTC-T-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGGC-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---C-AT-A-CA-GCG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-T--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTA-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------C---A---GGAATAT-ATTGG--AA-A--TTT----TT-AATT-AGA--A-T-------TAG-TTGA--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-TA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGTTTA
gi|86068 : TTTTGTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-C--T-TAG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--CTC--CG-A-A--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TGTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAG-CAA--C-T----TTT--GA------TA--TA-------T---C---GAAATAT-ATTGG--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GCT---TAT--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86069 : TTTTTTTTTTCATTT---AGTG-C-A-C--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-C--AA-A--TTC--CG-A-C--TT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTT-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-GAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATC-AAA--A-T-------TAG-TCAG--GT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TAC-C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86070 : TTTCTTTTTCCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-CAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TTT----TT-GAAT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT------------------------TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86071 : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-AAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-T--GTG-------TAT----ATT-T-G--T-AT-G-GT-A-C--AA-A--TTC--CG-C-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-AA-------A--TA-------C---C---GGAATAT-ATG-A--AA-T--TTT----TT-CATTAAAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---T-A--AA-CA-TTCC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86072 : TTTTTTTTTTCGTTT-T-GGTT-C-A-A--T-ATA-T-C-A-GAAAT-AT---GA----CTTTAA---GC---A-G---T-TT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CA-A-C--GT-GTTCC-GTTACC-TCA-TTTGC-ACAA--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-CAA--C-G----TCTA-GATAAATGTA--TA-------T---C---GGAATAC-ATT-G--AATG--TTT----TT-CATT-AAA--A-T-------TTG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-CATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86073 : TTTTTTTTTTCATTT-T-AGTG-C-A-AGTT-CTGAT-C-A-GAGA--AT---GATGAACTTTCA---AC---A-T---T-AT-A-CA-GTG-------C-T-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-T-AC-AA-A--TTCACTG-A-C--GTTGCTCC-GTGACC-C-A-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-ATC-GAAA-TAA--C-T----TTTA-G-------TA--TA-------T-------GGAATAT-TTG-G--AA-----TT----TT-AATT-AGA--T-T-------TAG-TTGG--AT-TT-CT-GGT---TAA--AACCA-TATCTTA--CGGC--AAA--TAAT--TGGTTA
gi|86074 : TTTATTTATTCATTT-T-GGTGGC-A-A--T-TTT-T-CCA-GAGAT-ATAATGA----CTTTAACCAAC---A-T---T-GT-A-CAAGTG--------AT-T--ATT-TCG--T-AT---GT-A-CC-AA-A--ATC--CA-A-C--GT-GCTCCCGTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TA--TA-A--TCT-GAA--TAA--A-G----TTTA-TA------TG--TG-------T---CTGCGAAATAT-ATT-GGGAA-G--TTT----TT-AATC-AAA--AAT-------TAG-CTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-GA-CAT--TA--C--C--AAAAGT--T--TGGTTA
gi|86075 : TTTTGTTTTTCGTTT-T-AGTG-A-A-A--T-TTG-T-C-AGGAGAT-AT---GG----ATTTAA---AC---AGT---TAAT-A-TAGGTG-------TAT-G--GTT-G-G--TAATGA-GTAA-CC-GACC--TTC--CG-ATC--GT--CTCC-G-GA-C-CCA-TTTTCAACGGGTT-CT--TA-AATTTT-GAAC-CAA--T-TCTTGTTTA-TT------TT--TATTATCACT---C---GAGAT-T-CTT-G--GA-G--TCTTATATT-AATT-AAA--A-G-------TAGCTTAG--AT-TTCAT-GGT---TAAC-AA-CATTTTC-TAATC--C--AAA--T--TAATGGTTA
gi|86076 : TTTTTTTTTCGTTT-T-AGAG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA-------------------------------TA-GT---------AT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-GA-TCT-G--C-T----C-T----ATTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATTGG--AA-T--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--T--AAA--T--T--TGGTT
gi|86077 : TTTTTTATTCGTTT-TTATTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-T--TTGA------TAT-----TT-T-G--T-AT-G-GT-A-CA-AA-A--TTC--CG-C-C--GTGGCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCA-GAAA-TAA--CTT----TTTA-GA------TA--TA-------C---C---GGAATAT-ATT-G--AATGTTTTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-ATT---TAT--AA--A-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TG
gi|86078 : TTTTTTTTT---TTT-G-AGTA-C-A-A--T-TT--T-----GATAT-AT---GT----CTTTCA---ACATAA-T---T-AC-A-TA-GTG-------TCT-T--GTT-T-G--T-GT-A-GT-A-TC-AC-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TT------------------------T-GAA---CA--C-T-----------------TA--TA-------T---C---GGGATAT-ATT----------T----------GTT-AAA--A-T-------TAA-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATT-TA--C--C--ACA--T--T--TGGTTA
gi|86079 : TCTTATTTTTATTT-T-AGCG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CATTAA---GT---A-T---T-GT-A-CA-ATA-------TA
gi|86080 : TTTTTTTTCATTTCT-AGTG-C-A-C--T-TTG-T-C-A--AGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---C-AT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-GGTC-AT-A-GT-ATCC-AA-AATTCC--CA-A-C--GT-GCTCCGGTGGCT-CCATTTTTT-ACAG--T-TT--T--AA-TCA-GAAA-CGAATC-T----TTTATGA------TA--TA-------
gi|86081 : TTTTTTTTAGTTT---AGTG-CGA-A--T-TT--T-C-A-AATAT-TA---GA----CTT--A---AC---------T-AT-A-TA-TTG-------CAT-TATGTTAT-GCTT-AT-GTGT-A-CCCAA-A--TTC--CG-G-CCGGT-GCTCC-GTAACC-CCA-TTT----CAG--TCTT--TACAA-TCT-GAAAATAA--C-T----TTTA-AA------TA--TA-------TC--C---GG--TATCATT-G--AT-A--TTT--------ATT-AAAGCA-C-------TCT-CTAGCAAT-TTGAT-GGTCTGTAAACAA-CA-TTTC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTT
gi|86082 : TTTTTTTTATTT-A-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-T-A-GA-------------------------C---A-T---T-GT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-G-GT-A-CT-AA-A--ATC--CG-G-T--GT-GCTCC-GTGACC-TCA-TTTTC-ACAG--T-TC--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTC-AA------CG--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TTT----TT-AATT-AAA--A-C-------TAA-TTAG--AT-TT-AG-GGT---TAG--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGATTA
gi|86083 : TTTTGTTCGTTT-TTAGTG---A-A--TGTTG-T-C-AAGAAATTAT---GA----CTTTTA---AC---A-T---T-ATAA-TA-GTG-------TATAT--G---T-G--T-AT-G-GT-A-CCAAA-A--TTC--CG-T-C---C-GTCCC-GTGACCACCA-TTTT--ACAA--G-TT--TA-AA-TC--GAAA-TAA--C-T----TTAA-TA------TAATTA-------TCTCC---GGAATAT-ATT-T-----T--TTT----TT-CATT--AA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAAG-AA-CA-TATC-TA--C--CGTAAA--T--T--T-GTTA
gi|86084 : TTTTTTCATTT-A-GGTG-C-A-A--T-TTG-TAC-C-AAGAT-AT---GG----CTTATA---AC---A-CCGAT-AT-ATTA-GTG-------TAT-T--ATA-T-A--T-AT-C-TT-A-CC-CA-AT-TTC--CGCA-C--GT-GCTCCTGTGA---CCA--TTTC-ACAG--T-TCTGTA-AA-TCTAGAAA-TAA--A-C----TTTATCA------TA--AA-------C---CT--GGAA-AT-AAT-G--AC-A--TTT----TT-CATTAAAA--A-T-------TAT-TCCG--ATCTC-ATGGGT---TAA--AA-CACTATC-TT--A--C--AAA-----T--TGGTTA
gi|86085 : TTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTT-T-C-A-GACAT-AT---GA----CTTCAA---AC---A-T---T-GC-A-TA-GTG-------CAT-T--GTT-T-C--T-AT-G-GT-A-CT-AA-A--TTC--AG-A-T--GT-GCTCC-GTGGCC-CCT-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-TAAA-TAACCC-T----TATA-TA------TA--TA-------T---C---GAAA----ATT-A--AA-
gi|86086 : T-T-AGTG-C-ATA--T-ATG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-GT-A-CA-GCG-------TAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--ATC--CG-A-C--GT-a
gi|86087 : G-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---TA----CTTTAA---AC---A-T---T-GT-A-TA-GCC-------TAT-T--GTG-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GATCC-GTGCCC-CCA-TTTTA-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-
gi|86088 : T-AT---GA----TTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTGACTAGTGTAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-G-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-G
gi|86089 : C-GTGACC-CCA-TTTTC-GCAG--T-TT--TA-AA-TCT-TCAA-TGA--C-T----TTTA-AT------TA--TA-------T---C---GAAATTT-ATT-G--TA-A--TTT----TCAAATT-AAA--A-TTACATTGTAA-TTGG--AT-TA-CT-GAT---TAA--AA-CA-TATT-T
gi|86090 : AAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TG--TA-------T---C---AGAATAT-ATT-G--AA-AA-CTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AA-TG-AT-GAT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86091 : --C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GA-A--TTTGT--TT-TATT-AGA--T-T-------TAG-TTGA--AT-TG-AT-GAT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--C--T--TGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 555 1 1 1 22 1 1 1 1 3 1 333 3333 333 333 1 333 1 1 1 3 7777777 1 22 1 1 55 1 222 1 1 3 1 44 22 1 1 22 3 5 2 2 2 22 2 22 2 2 2 2 55 1 4444 666666666 22 6666666 555 555 2 6 22 5555 7777 22 4 22 2 6666666 2 22 2 4 2 333 77 2 4 2 55 33 33 33 33 33
lowQualScore : ... . . . .. . . . . . . ... .... ... ... . ... . . . . ....... . .. . . .. . ... . . . . .. .. . . .. . . . . . .. . .. . . . . .. . .... ......... .. ....... ... ... . . .. .... .... .. . .. . ....... . .. . . . ... .. . . . .. .. .. .. .. ..
lowQualScore : 777 9 9 9 66 9 9 9 9 8 8 222 9999 222 222 8 222 8 8 8 6 7777777 9 66 9 9 22 9 666 9 9 8 9 55 66 9 9 66 8 7 0 0 0 88 0 88 0 0 0 0 22 9 0000 444444444 66 2222222 555 555 0 0 88 9999 4444 88 2 99 1 8888888 1 99 1 2 1 777 11 1 2 1 33 11 11 11 11 11
consensus : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
Reference ( family-651 ) : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86067 : TTTTTTTTTTCATTT-T-AGTC-T-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGGC-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---C-AT-A-CA-GCG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-T--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTA-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------C---A---GGAATAT-ATTGG--AA-A--TTT----TT-AATT-AGA--A-T-------TAG-TTGA--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-TA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGTTTA
gi|86068 : TTTTGTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-C--T-TAG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--CTC--CG-A-A--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TGTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAG-CAA--C-T----TTT--GA------TA--TA-------T---C---GAAATAT-ATTGG--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GCT---TAT--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86069 : TTTTTTTTTTCATTT---AGTG-C-A-C--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-C--AA-A--TTC--CG-A-C--TT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTT-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-GAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATC-AAA--A-T-------TAG-TCAG--GT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TAC-C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86070 : TTTCTTTTTCCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-CAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TTT----TT-GAAT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT------------------------TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86071 : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-AAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-T--GTG-------TAT----ATT-T-G--T-AT-G-GT-A-C--AA-A--TTC--CG-C-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-AA-------A--TA-------C---C---GGAATAT-ATG-A--AA-T--TTT----TT-CATTAAAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---T-A--AA-CA-TTCC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86072 : TTTTTTTTTTCGTTT-T-GGTT-C-A-A--T-ATA-T-C-A-GAAAT-AT---GA----CTTTAA---GC---A-G---T-TT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CA-A-C--GT-GTTCC-GTTACC-TCA-TTTGC-ACAA--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-CAA--C-G----TCTA-GATAAATGTA--TA-------T---C---GGAATAC-ATT-G--AATG--TTT----TT-CATT-AAA--A-T-------TTG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-CATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86073 : TTTTTTTTTTCATTT-T-AGTG-C-A-AGTT-CTGAT-C-A-GAGA--AT---GATGAACTTTCA---AC---A-T---T-AT-A-CA-GTG-------C-T-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-T-AC-AA-A--TTCACTG-A-C--GTTGCTCC-GTGACC-C-A-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-ATC-GAAA-TAA--C-T----TTTA-G-------TA--TA-------T-------GGAATAT-TTG-G--AA-----TT----TT-AATT-AGA--T-T-------TAG-TTGG--AT-TT-CT-GGT---TAA--AACCA-TATCTTA--CGGC--AAA--TAAT--TGGTTA
gi|86074 : TTTATTTATTCATTT-T-GGTGGC-A-A--T-TTT-T-CCA-GAGAT-ATAATGA----CTTTAACCAAC---A-T---T-GT-A-CAAGTG--------AT-T--ATT-TCG--T-AT---GT-A-CC-AA-A--ATC--CA-A-C--GT-GCTCCCGTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TA--TA-A--TCT-GAA--TAA--A-G----TTTA-TA------TG--TG-------T---CTGCGAAATAT-ATT-GGGAA-G--TTT----TT-AATC-AAA--AAT-------TAG-CTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-GA-CAT--TA--C--C--AAAAGT--T--TGGTTA
gi|86075 : TTTTGTTTTTCGTTT-T-AGTG-A-A-A--T-TTG-T-C-AGGAGAT-AT---GG----ATTTAA---AC---AGT---TAAT-A-TAGGTG-------TAT-G--GTT-G-G--TAATGA-GTAA-CC-GACC--TTC--CG-ATC--GT--CTCC-G-GA-C-CCA-TTTTCAACGGGTT-CT--TA-AATTTT-GAAC-CAA--T-TCTTGTTTA-TT------TT--TATTATCACT---C---GAGAT-T-CTT-G--GA-G--TCTTATATT-AATT-AAA--A-G-------TAGCTTAG--AT-TTCAT-GGT---TAAC-AA-CATTTTC-TAATC--C--AAA--T--TAATGGTTA
gi|86076 : TTTTTTTTTCGTTT-T-AGAG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA-------------------------------TA-GT---------AT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-GA-TCT-G--C-T----C-T----ATTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATTGG--AA-T--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--T--AAA--T--T--TGGTT
gi|86077 : TTTTTTATTCGTTT-TTATTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-T--TTGA------TAT-----TT-T-G--T-AT-G-GT-A-CA-AA-A--TTC--CG-C-C--GTGGCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCA-GAAA-TAA--CTT----TTTA-GA------TA--TA-------C---C---GGAATAT-ATT-G--AATGTTTTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-ATT---TAT--AA--A-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TG
gi|86078 : TTTTTTTTT---TTT-G-AGTA-C-A-A--T-TT--T-----GATAT-AT---GT----CTTTCA---ACATAA-T---T-AC-A-TA-GTG-------TCT-T--GTT-T-G--T-GT-A-GT-A-TC-AC-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TT------------------------T-GAA---CA--C-T-----------------TA--TA-------T---C---GGGATAT-ATT----------T----------GTT-AAA--A-T-------TAA-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATT-TA--C--C--ACA--T--T--TGGTTA
gi|86079 : TCTTATTTTTATTT-T-AGCG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CATTAA---GT---A-T---T-GT-A-CA-ATA-------TA
gi|86080 : TTTTTTTTCATTTCT-AGTG-C-A-C--T-TTG-T-C-A--AGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---C-AT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-GGTC-AT-A-GT-ATCC-AA-AATTCC--CA-A-C--GT-GCTCCGGTGGCT-CCATTTTTT-ACAG--T-TT--T--AA-TCA-GAAA-CGAATC-T----TTTATGA------TA--TA-------
gi|86081 : TTTTTTTTAGTTT---AGTG-CGA-A--T-TT--T-C-A-AATAT-TA---GA----CTT--A---AC---------T-AT-A-TA-TTG-------CAT-TATGTTAT-GCTT-AT-GTGT-A-CCCAA-A--TTC--CG-G-CCGGT-GCTCC-GTAACC-CCA-TTT----CAG--TCTT--TACAA-TCT-GAAAATAA--C-T----TTTA-AA------TA--TA-------TC--C---GG--TATCATT-G--AT-A--TTT--------ATT-AAAGCA-C-------TCT-CTAGCAAT-TTGAT-GGTCTGTAAACAA-CA-TTTC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTT
gi|86082 : TTTTTTTTATTT-A-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-T-A-GA-------------------------C---A-T---T-GT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-G-GT-A-CT-AA-A--ATC--CG-G-T--GT-GCTCC-GTGACC-TCA-TTTTC-ACAG--T-TC--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTC-AA------CG--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TTT----TT-AATT-AAA--A-C-------TAA-TTAG--AT-TT-AG-GGT---TAG--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGATTA
gi|86083 : TTTTGTTCGTTT-TTAGTG---A-A--TGTTG-T-C-AAGAAATTAT---GA----CTTTTA---AC---A-T---T-ATAA-TA-GTG-------TATAT--G---T-G--T-AT-G-GT-A-CCAAA-A--TTC--CG-T-C---C-GTCCC-GTGACCACCA-TTTT--ACAA--G-TT--TA-AA-TC--GAAA-TAA--C-T----TTAA-TA------TAATTA-------TCTCC---GGAATAT-ATT-T-----T--TTT----TT-CATT--AA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAAG-AA-CA-TATC-TA--C--CGTAAA--T--T--T-GTTA
gi|86084 : TTTTTTCATTT-A-GGTG-C-A-A--T-TTG-TAC-C-AAGAT-AT---GG----CTTATA---AC---A-CCGAT-AT-ATTA-GTG-------TAT-T--ATA-T-A--T-AT-C-TT-A-CC-CA-AT-TTC--CGCA-C--GT-GCTCCTGTGA---CCA--TTTC-ACAG--T-TCTGTA-AA-TCTAGAAA-TAA--A-C----TTTATCA------TA--AA-------C---CT--GGAA-AT-AAT-G--AC-A--TTT----TT-CATTAAAA--A-T-------TAT-TCCG--ATCTC-ATGGGT---TAA--AA-CACTATC-TT--A--C--AAA-----T--TGGTTA
gi|86085 : TTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTT-T-C-A-GACAT-AT---GA----CTTCAA---AC---A-T---T-GC-A-TA-GTG-------CAT-T--GTT-T-C--T-AT-G-GT-A-CT-AA-A--TTC--AG-A-T--GT-GCTCC-GTGGCC-CCT-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-TAAA-TAACCC-T----TATA-TA------TA--TA-------T---C---GAAA----ATT-A--AA-
gi|86086 : T-T-AGTG-C-ATA--T-ATG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-GT-A-CA-GCG-------TAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--ATC--CG-A-C--GT-a
gi|86087 : G-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---TA----CTTTAA---AC---A-T---T-GT-A-TA-GCC-------TAT-T--GTG-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GATCC-GTGCCC-CCA-TTTTA-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-
gi|86088 : T-AT---GA----TTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTGACTAGTGTAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-G-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-G
gi|86089 : C-GTGACC-CCA-TTTTC-GCAG--T-TT--TA-AA-TCT-TCAA-TGA--C-T----TTTA-AT------TA--TA-------T---C---GAAATTT-ATT-G--TA-A--TTT----TCAAATT-AAA--A-TTACATTGTAA-TTGG--AT-TA-CT-GAT---TAA--AA-CA-TATT-T
gi|86090 : AAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TG--TA-------T---C---AGAATAT-ATT-G--AA-AA-CTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AA-TG-AT-GAT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86091 : --C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GA-A--TTTGT--TT-TATT-AGA--T-T-------TAG-TTGA--AT-TG-AT-GAT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--C--T--TGGTTA
blockSeqs : TT G G T GT G A A C G T AAT TGAA CCA ATA G CGA A A T A ACTAGTG A AT A C GT A GA A T C C AT AC C T CG T C A T A GT C TG C T A A AT T CTTG GATAAATG AT TTATCAC CTC TGC C G GG TGTT TATA AA A GC A TACATTG C CA C C G CTG AC C T T AT GG GT AG AA AA
blockSeqs : CT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G A . . . . CT . GT . . A . T . . . . G G . . . . . . . . . . CC . . TGA . . C T . G . TG GT A A . . . . . . G . . C . C . C . . . . .
blockSeqs : TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . TCA . . . . . . . TG . A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . TG . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . AA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . G . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
finalCons : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 555 1 1 1 22 1 1 1 1 3 1 333 3333 333 333 1 333 1 1 1 3 7777777 1 22 1 1 55 1 222 1 1 3 1 44 22 1 1 22 3 5 2 2 2 22 2 22 2 2 2 2 55 1 4444 666666666 22 6666666 555 555 2 6 22 5555 7777 22 4 22 2 6666666 2 22 2 4 2 333 77 2 4 2 55 33 33 33 33 33
lowQualScore : ... . . . .. . . . . . . ... .... ... ... . ... . . . . ....... . .. . . .. . ... . . . . .. .. . . .. . . . . . .. . .. . . . . .. . .... ......... .. ....... ... ... . . .. .... .... .. . .. . ....... . .. . . . ... .. . . . .. .. .. .. .. ..
lowQualScore : 777 9 9 9 66 9 9 9 9 8 8 222 9999 222 222 8 222 8 8 8 6 7777777 9 66 9 9 22 9 666 9 9 8 9 55 66 9 9 66 8 7 0 0 0 88 0 88 0 0 0 0 22 9 0000 444444444 66 2222222 555 555 0 0 88 9999 4444 88 2 99 1 8888888 1 99 1 2 1 777 11 1 2 1 33 11 11 11 11 11
consensus : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
Reference ( family-651 ) : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86067 : TTTTTTTTTTCATTT-T-AGTC-T-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGGC-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---C-AT-A-CA-GCG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-T--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTA-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------C---A---GGAATAT-ATTGG--AA-A--TTT----TT-AATT-AGA--A-T-------TAG-TTGA--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-TA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGTTTA
gi|86068 : TTTTGTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-C--T-TAG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--CTC--CG-A-A--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TGTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAG-CAA--C-T----TTT--GA------TA--TA-------T---C---GAAATAT-ATTGG--AA-G--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GCT---TAT--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86069 : TTTTTTTTTTCATTT---AGTG-C-A-C--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-C--AA-A--TTC--CG-A-C--TT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTT-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-GAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--AA-G--TTT----TT-AATC-AAA--A-T-------TAG-TCAG--GT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TAC-C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86070 : TTTCTTTTTCCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-CAA--C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TTT----TT-GAAT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT------------------------TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86071 : TTTTTTTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-AAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-T--GTG-------TAT----ATT-T-G--T-AT-G-GT-A-C--AA-A--TTC--CG-C-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTA-AA-------A--TA-------C---C---GGAATAT-ATG-A--AA-T--TTT----TT-CATTAAAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---T-A--AA-CA-TTCC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86072 : TTTTTTTTTTCGTTT-T-GGTT-C-A-A--T-ATA-T-C-A-GAAAT-AT---GA----CTTTAA---GC---A-G---T-TT-A-TA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CA-A-C--GT-GTTCC-GTTACC-TCA-TTTGC-ACAA--T-TT--TA-AA-TCT-GAAA-CAA--C-G----TCTA-GATAAATGTA--TA-------T---C---GGAATAC-ATT-G--AATG--TTT----TT-CATT-AAA--A-T-------TTG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-CATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86073 : TTTTTTTTTTCATTT-T-AGTG-C-A-AGTT-CTGAT-C-A-GAGA--AT---GATGAACTTTCA---AC---A-T---T-AT-A-CA-GTG-------C-T-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-T-AC-AA-A--TTCACTG-A-C--GTTGCTCC-GTGACC-C-A-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-AA-ATC-GAAA-TAA--C-T----TTTA-G-------TA--TA-------T-------GGAATAT-TTG-G--AA-----TT----TT-AATT-AGA--T-T-------TAG-TTGG--AT-TT-CT-GGT---TAA--AACCA-TATCTTA--CGGC--AAA--TAAT--TGGTTA
gi|86074 : TTTATTTATTCATTT-T-GGTGGC-A-A--T-TTT-T-CCA-GAGAT-ATAATGA----CTTTAACCAAC---A-T---T-GT-A-CAAGTG--------AT-T--ATT-TCG--T-AT---GT-A-CC-AA-A--ATC--CA-A-C--GT-GCTCCCGTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TA--TA-A--TCT-GAA--TAA--A-G----TTTA-TA------TG--TG-------T---CTGCGAAATAT-ATT-GGGAA-G--TTT----TT-AATC-AAA--AAT-------TAG-CTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-GA-CAT--TA--C--C--AAAAGT--T--TGGTTA
gi|86075 : TTTTGTTTTTCGTTT-T-AGTG-A-A-A--T-TTG-T-C-AGGAGAT-AT---GG----ATTTAA---AC---AGT---TAAT-A-TAGGTG-------TAT-G--GTT-G-G--TAATGA-GTAA-CC-GACC--TTC--CG-ATC--GT--CTCC-G-GA-C-CCA-TTTTCAACGGGTT-CT--TA-AATTTT-GAAC-CAA--T-TCTTGTTTA-TT------TT--TATTATCACT---C---GAGAT-T-CTT-G--GA-G--TCTTATATT-AATT-AAA--A-G-------TAGCTTAG--AT-TTCAT-GGT---TAAC-AA-CATTTTC-TAATC--C--AAA--T--TAATGGTTA
gi|86076 : TTTTTTTTTCGTTT-T-AGAG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA-------------------------------TA-GT---------AT-T--GTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ACAG--T-TT--TA-GA-TCT-G--C-T----C-T----ATTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATTGG--AA-T--TTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--T--AAA--T--T--TGGTT
gi|86077 : TTTTTTATTCGTTT-TTATTG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-T--TTGA------TAT-----TT-T-G--T-AT-G-GT-A-CA-AA-A--TTC--CG-C-C--GTGGCTCC-GTGACC-CCA-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCA-GAAA-TAA--CTT----TTTA-GA------TA--TA-------C---C---GGAATAT-ATT-G--AATGTTTTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-ATT---TAT--AA--A-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TG
gi|86078 : TTTTTTTTT---TTT-G-AGTA-C-A-A--T-TT--T-----GATAT-AT---GT----CTTTCA---ACATAA-T---T-AC-A-TA-GTG-------TCT-T--GTT-T-G--T-GT-A-GT-A-TC-AC-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-GTGACC-CCA-TT------------------------T-GAA---CA--C-T-----------------TA--TA-------T---C---GGGATAT-ATT----------T----------GTT-AAA--A-T-------TAA-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAA--AA-CA-TATT-TA--C--C--ACA--T--T--TGGTTA
gi|86079 : TCTTATTTTTATTT-T-AGCG-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CATTAA---GT---A-T---T-GT-A-CA-ATA-------TA
gi|86080 : TTTTTTTTCATTTCT-AGTG-C-A-C--T-TTG-T-C-A--AGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---C-AT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-GGTC-AT-A-GT-ATCC-AA-AATTCC--CA-A-C--GT-GCTCCGGTGGCT-CCATTTTTT-ACAG--T-TT--T--AA-TCA-GAAA-CGAATC-T----TTTATGA------TA--TA-------
gi|86081 : TTTTTTTTAGTTT---AGTG-CGA-A--T-TT--T-C-A-AATAT-TA---GA----CTT--A---AC---------T-AT-A-TA-TTG-------CAT-TATGTTAT-GCTT-AT-GTGT-A-CCCAA-A--TTC--CG-G-CCGGT-GCTCC-GTAACC-CCA-TTT----CAG--TCTT--TACAA-TCT-GAAAATAA--C-T----TTTA-AA------TA--TA-------TC--C---GG--TATCATT-G--AT-A--TTT--------ATT-AAAGCA-C-------TCT-CTAGCAAT-TTGAT-GGTCTGTAAACAA-CA-TTTC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTT
gi|86082 : TTTTTTTTATTT-A-AGTG-C-A-A--T-TTG-T-T-A-GA-------------------------C---A-T---T-GT-A-CA-GTG-------TAT-T--GTT-T-G--T-AT-G-GT-A-CT-AA-A--ATC--CG-G-T--GT-GCTCC-GTGACC-TCA-TTTTC-ACAG--T-TC--TA-AA-TCT-GAAA-TAA--C-T----TTTC-AA------CG--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GATG--TTT----TT-AATT-AAA--A-C-------TAA-TTAG--AT-TT-AG-GGT---TAG--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGATTA
gi|86083 : TTTTGTTCGTTT-TTAGTG---A-A--TGTTG-T-C-AAGAAATTAT---GA----CTTTTA---AC---A-T---T-ATAA-TA-GTG-------TATAT--G---T-G--T-AT-G-GT-A-CCAAA-A--TTC--CG-T-C---C-GTCCC-GTGACCACCA-TTTT--ACAA--G-TT--TA-AA-TC--GAAA-TAA--C-T----TTAA-TA------TAATTA-------TCTCC---GGAATAT-ATT-T-----T--TTT----TT-CATT--AA--A-T-------TAG-TTGG--AT-TT-AT-GGT---TAAG-AA-CA-TATC-TA--C--CGTAAA--T--T--T-GTTA
gi|86084 : TTTTTTCATTT-A-GGTG-C-A-A--T-TTG-TAC-C-AAGAT-AT---GG----CTTATA---AC---A-CCGAT-AT-ATTA-GTG-------TAT-T--ATA-T-A--T-AT-C-TT-A-CC-CA-AT-TTC--CGCA-C--GT-GCTCCTGTGA---CCA--TTTC-ACAG--T-TCTGTA-AA-TCTAGAAA-TAA--A-C----TTTATCA------TA--AA-------C---CT--GGAA-AT-AAT-G--AC-A--TTT----TT-CATTAAAA--A-T-------TAT-TCCG--ATCTC-ATGGGT---TAA--AA-CACTATC-TT--A--C--AAA-----T--TGGTTA
gi|86085 : TTTTTCGTTT-T-AGTG-C-A-A--T-TTT-T-C-A-GACAT-AT---GA----CTTCAA---AC---A-T---T-GC-A-TA-GTG-------CAT-T--GTT-T-C--T-AT-G-GT-A-CT-AA-A--TTC--AG-A-T--GT-GCTCC-GTGGCC-CCT-TTTTC-ATAG--T-TT--TA-AA-TCT-TAAA-TAACCC-T----TATA-TA------TA--TA-------T---C---GAAA----ATT-A--AA-
gi|86086 : T-T-AGTG-C-ATA--T-ATG-T-C-A-GAGAT-AT---GA----CTTTAA---AC---A-T---T-GT-A-CA-GCG-------TAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--ATC--CG-A-C--GT-a
gi|86087 : G-C-A-A--T-TTG-T-C-A-GAGAT-AT---TA----CTTTAA---AC---A-T---T-GT-A-TA-GCC-------TAT-T--GTG-T-G--T-AT-A-GT-A-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GATCC-GTGCCC-CCA-TTTTA-ACAG--T-TT--TA-AA-TCT-
gi|86088 : T-AT---GA----TTTTAA---AC---A-T---T-AT-A-TA-GTGACTAGTGTAT-T--TTT-T-G--T-AT-A-GT-G-CC-AA-A--TTC--CG-A-C--GT-GCTCC-G
gi|86089 : C-GTGACC-CCA-TTTTC-GCAG--T-TT--TA-AA-TCT-TCAA-TGA--C-T----TTTA-AT------TA--TA-------T---C---GAAATTT-ATT-G--TA-A--TTT----TCAAATT-AAA--A-TTACATTGTAA-TTGG--AT-TA-CT-GAT---TAA--AA-CA-TATT-T
gi|86090 : AAA-TAA--C-T----TTTA-GA------TG--TA-------T---C---AGAATAT-ATT-G--AA-AA-CTT----TT-AATT-AAA--A-T-------TAG-TTGG--AA-TG-AT-GAT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--T--T--TGGTTA
gi|86091 : --C-T----TTTA-GA------TA--TA-------T---C---GGAATAT-ATT-G--GA-A--TTTGT--TT-TATT-AGA--T-T-------TAG-TTGA--AT-TG-AT-GAT---TAA--AA-CA-TATC-TA--C--C--AAA--C--T--TGGTTA