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Reference ( gi|85973 )        : CAGGCATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-T-CG---TA---AT-CGATT----GT-AA--T-C--A---TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TTG-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----T---G-AA-GCT--A--TTTT-C---A-A-TTA-C--TTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-T---C---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T--G--TG-------G--T-G-T--AAT-T-AT-----------A--ATT-ACTTT--TTC-AA-TTACA--TTC-C--ATTACTCTATTC-TGG-AA--T-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
gi|85972                      : CAGGCATG-GG--GTAA-TCGTAATCAA---G--TAA-T-CA---TA---AT-CGATT----GT-AA--T-C--A---TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TTG-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----T---G-AA-GCT--A--TTTT-C---A-A-TTA-C--TTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-T---C---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T--G--TG-------G--T-G-T--AAT-T-AT-----------A--ATT-ACTTT--TTC-AA-TTACA--TTC-A--ATTACTCTATTC-AGA-AA--T-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
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Reference ( family-650 )      : CAG-GNATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-T-CG---TA---AT-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TTG-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----TG-AA-G-CT--A--TTTT-C---A-A-TTA------------C--NTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-C--G-------G-----T--GT--AAT-TATA--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA-C--A---TTC-NA--TTACT--CTATTC---TGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
gi|85972                      : CAG-GCATG-GG--GTAA-TCGTAATCAA---G--TAA-T-CA---TA---AT-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TTG-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----TG-AA-G-CT--A--TTTT-C---A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-T--G-------G-----T--GT--AAT-TATA--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA-C--A---TTC-AA--TTACT--CTATTC---AGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
gi|85973                      : CAG-GCATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-T-CG---TA---AT-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TTG-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----TG-AA-G-CT--A--TTTT-C---A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-T--G-------G-----T--GT--AAT-TATA--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA-C--A---TTC-CA--TTACT--CTATTC---TGG-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
gi|85974                      : CAG-GCATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-TTCG---TA----T-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTA--TTG-AC-AGT-A-ATCTGT---A-T----CG-AA-G-CT--A--TTTT-C---A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-T--G-------------T--GT--AAT-TATA--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA-C--A---TTC-AA--TTACT--CTATTC---TGA-A-AT-A--T-TGTTCA-TTT-GTTAA
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Reference ( family-650 )      : CAG-GGATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-T-CG---TA---AT-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TT-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----C----GAA-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--NTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-C--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-TGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
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Alignments
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Reference ( family-650 )      : CAG-GGATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-T-CG---TA---AT-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TT-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----C----GAA-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--NTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-C--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-TGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
gi|85972                      : CAG-GCATG-GG--GTAA-TCGTAATCAA---G--TAA-T-CA---TA---AT-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TT-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----T----GAA-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-T--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-AGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
gi|85973                      : CAG-GCATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-T-CG---TA---AT-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TT-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----T----GAA-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-T--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-CATTACTCTATTC-TGG-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
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gi|85986                      : CAG-ACATG-GG--GTAA-TGGTAAT-GT---G--TAA-T-GG---TA---AT-GCATT--GC-AA--TGC--A--TT-------A-C--T-T---TTTATCAA-GTAA--T-G-CCAAGT-A-ATGTGT---AAT-------------G-C----------------------A------------C---TGT-----A-A--T----GG-TAA--TG-----TAA-TG---C-A--TTAC--TTTCAAA----AT-TT-T--------T-------G-----T--GT--AAT-GGT-----------AGCA-TTA--TTT--GGC--A-TTA----C--A---TTTGAATTACTT--TTA-TAA-A-GT-A--T-TA-GTA--TT-GTTA
gi|85987                      : CAG-AGATG-GG---TAA-TCGTAA--GATCTG--TAT-T-CG---TA---AT-CAGCT--GT-AAATT-G--A--TT-------A-C--A-A---TTGTTCAA-GTAA-TC-A-AA-TGT-AGATTCGTGTGAAT----C----CGA-G--T--A--TT-TT-TTAAG-A-TTA------------C--ATGT-----A-A--TTTTGTA-TAG--TTG----TAAGTC-----A--TTACA-TTT---A----ATGTT-T---A-CCTT-------G-----T--AT--ACT-CAT-----------G--A-TTA-CCAT--TT
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gi|85990                      :  AG-GGATG-GG--GTAA-TTGAAA-AAA---G--TAA-T-TG---TA---AC-TGTGT--GT-AA--T-T--AA-TT-------A-C--A-T---ATTTTCGA-GAAA-TT-G-AA-AGT-A-ATTTGT---AAT----T----GAG-G-TT-----TT-TT-C---A-A-TTA------------C--AAGT-----A-A--T----TG-TAA--TT-----TAA-TT---A-A--TTACA
gi|85991                      :   G-AGATG-GG--TTAA-TCGTAATCT----G--TAAAT-CG---TA---AT-CAGCT--GT-AA--T-TG-A--TT-------A-CAAT-T---TTTTTCAA-GTAA-TC-G-AA-TGT-A-ATCTGT---AAT----C----GTG----T--A--TT-TTAC---G-A-TTA------------C--ATGT-----A-A--T----CT-TAA--CTTG---TAA-T----G-A--TTAC--TTT---A----AT-TT-T---A-C--G-------C-----T--GT---AT-CAT-----------G--A-TTA-CATT--Tttgcaaaataacattctgatgtttttatagccattgataagccgtttttcaaacactgatttgactac
gi|85992                      :       ATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-T-CG---TT---AA-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTC-A-GTAT-TG-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----T----GAA-G-CT--A--TT-TT-CA--A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CG-TA----T-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-T--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTCAAA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-TGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
gi|85993                      :       ATGAGG--GTA--TCGTAATCGA---G--CGA-T-CG---TACTGAT-CGATT--GTAAA--T-C--A---T-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA--T-G-AC-AGTAA-ATCTGT---AAA----T----GAG-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CG-TAATTTT-----TAA-TC---G-A--TTACAGC-T---A----CT-TT-T---GTT--G-------G-----TA-GT--AATATAT-----------G--A-TTA-CTTTCCTTC-AAGCTA----G--ACTTTCC-AAATATTCTACTT-T-----ATAA--T-TG-TCATTTT-GTTAA
gi|85994                      :         G-GG--GTAT-GCGTAATCGA---G--TAA-T-CGG--TA---AT-CGATT--GT-A---T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTT--CAA-G--A-TT-G-AC-AGT-A-AT-TGT---AAT----T----GA--G-CT--AC-TT-TT-C---A-A-TTAA-----------C--TTGT-----A-GACT----CGATAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-T--G-------GC----T--GT--AAT-TAT-----------A--AATTAACTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-TGACA-ATCA--TCTGATCA-TCT-GTTA
gi|85995                      :                                      A-T-CG---TA---CT--GAT---G--AA--T-C--AATTT-------AAC--TGT---TTTTTCAAAGTAA-TTGG-AC-AGT---ATCTGT---AAT----T----GAA-G-CTTAG--TT-TT-C---A-A-T-----------------------------------------A--TT-----TAA-TC---GCA--TTACAGCTT---A----AT-TTGT---G----G-------G-----T--GTAAAAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA--TA----C--A---TTC--ATTACTCTATTCTTGA-A-AT-A--T-TG-TCA--TT-GTTAA
gi|85996                      :                                                                                                                                                          ggt--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CA-TAA--TT-----TAA-TC---G----------------------T-TT-T---G-T--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT-------------------------C-AAATACTTTTTTC-TAA-A-AT-A--T-TA-TCATTTT-GTTAA


blockSeqs                     :    AGG   A  AG    A      GATCT   GA   A T  CGT  CTG  T     TG  A  AT CCG  AT  AAAAAAA A AAT  GAA        A    A  G G CT   A G      GTG   GCACTGAAAACTG           A  A ANGA  A   AATTAATTTTAC AAA   TTTTC C AC TTTGTA    TT  GTTGG   G  TGT C GT    AGC  CAA CAAA  G  G GCAAAATAACA            AA  AA   A   GATTACATTTAG   A   A T  CC   AA G   CTTGCA       TG             T   C G  A TT C  T   T   A
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blockSeqs                     :    GC    .  .     .      TCGA    .    . .  .    .    .     .   .  .  TG   A   .       . T    .          .    .  . . CT   . .      .     TGAAGCTATG              .  . TAG   .   .            T     .     . .  CGA       .   G       .  .   . .     AGC  .   .     .  . AAAACCG                A   A    .   AGC            .   . T  .    A  .   CTTT         C              .   . .  . .  .  A   T   .
blockSeqs                     :    GC    .  .     .      TCGA    .    . .  .    .    .     .   .  .  TG   .   .       . T    .          .    .  . . CA   . .      .     TGAAGCTTAG              .  . TAG   .   .            T     .     . .  CG        .   G       .  .   . .     AGC  .   .     .  . ACCTTG                 .   .    .   A              .   . T  .    A  .   TTT          C              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AG    .  .     .      ACTA    .    . .  .    .    .     .   .  .  TG   .   .       . T    .          .    .  . . C    . .      .     TGAAAGCTA               .  . TGG   .   .            A     .     . .  CG        .   G       .  .   . .     AGC  .   .     .  . GTTGG                  .   .    .   A              .   . A  .    G  .   CTC          T              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AG    .  .     .      TCGA    .    . .  .    .    .     .   .  .  TG   .   .       . A    .          .    .  . . C    . .      .     TGAAGCTA                .  . AG    .   .            A     .     . .  TG        .   .       .  .   . .     AGC  .   .     .  . GTGGC                  .   .    .   A              .   . A  .    G  .   CA           T              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AG    .  .     .      TACT    .    . .  .    .    .     .   .  .  CA   .   .       . A    .          .    .  . . C    . .      .     CGAAGCTA                .  . AG    .   .            A     .     . .  CA        .   .       .  .   . .     AGC  .   .     .  . GTGG                   .   .    .   G              .   . A  .    A  .   CA           C              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AG    .  .     .      TCGA    .    . .  .    .    .     .   .  .  TA   .   .       . A    .          .    .  . . T    . .      .     TGTGTGTA                .  . AA    .   .            C     .     . .  CG        .   .       .  .   . .     AGC  .   .     .  . GTGG                   .   .    .   G              .   . T  .    A  .   CA           G              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    GC    .  .     .      TCGA    .    . .  .    .    .     .   .  .  GC   .   .       . A    .          .    .  . . A    . .      .     CGTGTATA                .  . A     .   .            T     .     . .  GG        .   .       .  .   . .     AG   .   .     .  . ACCC                   .   .    .   A              .   . T  .    G  .   CA           C              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AG    .  .     .      TCGA    .    . .  .    .    .     .   .  .  GC   .   .       . T    .          .    .  . . A    . .      .     AAAAAAAA                .  . A     .   .            T     .     . .  GG        .   .       .  .   . .     AT   .   .     .  . ACCC                   .   .    .   G              .   . C  .    A  .   CT           C              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AC    .  .     .      TAT     .    . .  .    .    .     .   .  .  GC   .   .       . T    .          .    .  . . A    . .      .     TTAAATTT                .  . A     .   .            A     .     . .  GG        .   .       .  .   . .     A    .   .     .  . ACCC                   .   .    .   G              .   . A  .    A  .   CA           C              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AC    .  .     .      TCT     .    . .  .    .    .     .   .  .  GC   .   .       . C    .          .    .  . . C    . .      .     TGAAGCTA                .  . A     .   .            A     .     . .  TG        .   .       .  .   . .     A    .   .     .  . ACCC                   .   .    .   G              .   . T  .    A  .   CA           C              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AC    .  .     .      TCT     .    . .  .    .    .     .   .  .  TG   .   .       . T    .          .    .  . . A    . .      .     TGAGGCTA                .  . A     .   .            A     .     . .  TG        .   .       .  .   . .     A    .   .     .  . AAGA                   .   .    .   A              .   . T  .    A  .   CA           C              .   . .  . .  .  .   .   .
blockSeqs                     :    AC    .  .     .      TCT     .    . .  .    .    .     .   .  .  TG   .   .       . A    .          .    .  . . A    . .      .     TGAGCTAC                .  . A     .   .            A     .     . .  TG        .   .       .  .   . .     A    .   .     .  . ACGC                   .   .    .   A              .   . T  .    A  .   CA           C              .                         
blockSeqs                     :    AG    .  .     .      TGT     .    . .  .    .    .     .   .  .  C    .   .       . T    .          .    .  . . A    . .      .     CGTGGTA                 .  . A     .   .            A     .     . .  CT        .   .       .  .   . .     T    .   .     .  . GTGG                   .   .    .   G              .   . T  .    .  .   CA           .                                        
blockSeqs                     :    GG    .  .     .      TGT     .    . .  .    .    .     .   .  .  C    .   .       . T    .          .    .  . . A    . .      .     CCGAGTA                 .  . G     .   .            A     .     . .  CG        .   .       .  .   . .     T    .   .     .  . GTGG                   .   .    .   A              .   . T  .    .  .   CA           .                                        
blockSeqs                     :    GG    .  .     .      TGT     .    . .  .    .    .     .   .  .  G    .   .       . A    .          .    .  . . A    . .      .     TGAATTT                 .  . A     .   .            A     .     . .  CG        .   .       .  .   . .     A    .   .     .  . GTG                    .   .    .   G              .   . .  .    .  .   .                                                     
blockSeqs                     :    GG    .  .     .      TGT     .    . .  .    .    .     .   .  .  T    .   .       . A    .          .    .  . . A    . .      .     TGAGGTT                 .  . A     .   .            T     .     . .  CA        .   .       .  .   . .     T    .   .     .  . GGG                    .   .    .   A              .   . .  .                                                                 
blockSeqs                     :    AG    .  .     .      AAC     .    . .  .    .    .     .   .  .  T    .   .       . A    .          .    .  . . C    . .      .     CGTGTA                  .  . A     .   .            T     .     . .  T         .   .       .  .   . .     .    .   .     .  . GG                     .   .    .   A              .   . .  .                                                                 
blockSeqs                     :          .  .     .      AAA     .    . .  .    .    .     .   .  .  C    .   .       . A    .          .    .  . . C    . .      .     AATGTA                  .  . A     .   .            T     .     . .  T         .   .       .  .   . .     .    .   .     .  . TG                     .   .    .   A              .   . .  .                                                                 
blockSeqs                     :          .  .     .      TCT     .    . .  .    .    .     .   .  .  C    .   .       . T    .          .    .  . . C    . .      .     CGTGTA                  .  . .     .   .            T     .     . .  A         .   .       .  .   . .                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :          .  .     .      .       .    . .  .    .    .     .   .  .  C    .   .       . T    .          .    .  . . C    . .      .     GC                      .  . .     .   .            .     .     . .  T         .                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                       . .  .    .    .     .   .  .  C    .   .       . T    .          .    .  . . .    . .      .                             .  . .     .   .            .     .     . .  .         .                                                                                                                                                                            


blockSeqCons                  :                          TCTA***                                     TG**                                                                                                                                                                         AGC
originalCons                  : CAG-GGATG-GG--GTAA-TCGTAATCGA---G--TAA-T-CG---TA---AT-CGATT--GT-AA--T-C--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TT-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----C----GAA-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--NTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-C--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-TGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
finalCons                     : CAG-GGATG-GG--GTAA-TCGTAATCTA---G--TAA-T-CG---TA---AT-CGATT--GT-AA--TTG--A--TT-------A-C--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TT-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----C----GAA-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--NTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-C--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-TGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA





Alignments
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lowQualScore                  :    ...   .  ..    .      .. ...... .. .   .  ...  ...  .     ..    . ....   .......  .... ...        .    .  . . ..   . .      ...   ......................  .  . ..... .   ............ ...   ..... . .. .......   ..  .....   .  ... . ..    ...  ... ....  .  . ...................... ..  ..   .   .............. .   . .  ..   .. .   ...........  ..             .   . .  . .. .  .   .   .     
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Reference ( family-650 )      : CAG-GGATG-GG--GTAA-TCGTAA--T-CTA--G--T-AAT-CG---TA---AT-CGATT--GTAA-T-T-GATT-------AC--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TT-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----C----GAA-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--NTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-C--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-TGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
gi|85972                      : CAG-GCATG-GG--GTAA-TCGTAA--T-CAA--G--T-AAT-CA---TA---AT-CGATT--GTAA-T-C--ATT-------AC--T-T---TTTTTCAA-GTAA-TT-G-AC-AGT-A-ATCTGT---AAT----T----GAA-G-CT--A--TT-TT-C---A-A-TTA------------C--TTGT-----A-A--T----CG-TAA--TT-----TAA-TC---G-A--TTACAGCTT---A----AT-TT-T---G-T--G-------G-----T--GT--AAT-TAT-----------A--A-TTA-CTTT--TTC-AA-TTA----C--A---TTC-AATTACTCTATTC-AGA-A-AT-A--T-TG-TCA-TTT-GTTAA
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