lowQualScore                  :                                  1111111111111111111                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :        1  22 3  1 1  1 33 222    6666666666666666666 1  22  3   1 3 22  22    1    1    66 1 22 1 333   1 333 2 3 5 2   3    3  3 3  77  3 3 9 555    3      3 3   3    3     3  3  77  3  3          
lowQualScore                  :        .  .. .  . .  . .. ...    ................... .  ..  .   . . ..  ..    .    .    .. . .. . ...   . ... . . . .   .    .  . .  ..  . . . ...    .      . .   .    .     .  .  ..  .  .          
lowQualScore                  :        7  33 2  7 7  7 44 999    0000000000000000000 7  33  3   7 3 33  33    7    7    88 8 55 8 222   8 222 0 2 0 2   1    1  1 1  33  1 1 3 444    1      1 1   1    1     1  1  33  1  1          
consensus                     : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A---------A--G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-CAAGG-ACT-CGTT-CT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
Reference ( gi|95202 )        : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A---------A--G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-CAAAG-ACT-CGTT-CT-C-AG--GG-A-AAT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95203                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAA------A---------AA-G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-CAA-G-ACT-CGTT-CT-C-AG--GG-A-G-T---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95204                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A---------A--G-TCTAGG-TCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-GTTT-G---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-T-CT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGTCACCAGGTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95205                      : TTGCATG-AA--GTAAAG-AT-GA-G---TAAC------A---------AA-G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTGCAAAAA-GACA--C-G--T-----GAA-A---T-C-AAG-ACT-CGTT-CT-C-AG--GA-AGAGT---GCGA-CAATTG-GTAGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AAGTA-TGGTGTTTTC
gi|95206                      : TTGCATG-AA--GTA-------------------------------------G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-CAA-G-ACT-CGTT-CT-C--G--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTT
gi|95207                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-A--GA-G---TAAC------ACC-------A--G-TC--AGGTCG-T-TACCA--CTGC-AAAA-GACAGAC-G--TAG---GAA-A---T-CAA-G-ACT-CGTT-CT-CTAG--GG-A-AGT---GCGAGCAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTT-GT--A--AA-TACTGGTGTTTTC
gi|95208                      : TTGCATGCAA--GTAA-G-AT-GA-G---TAA-------A---------A--G-TC--GG-TCGTT-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAG-ACT--GTT-TT-C-AG--GG-A-AGT---G-GA-CCAT---G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GAG-AA-TA-TGGTGTT
gi|95210                      : TTGCCTG-AA--GTAA-G-ATTGA-G---TAAC------A---------A--G-TC--AG-TCG---T--TA--CTGC-AAAA-GAAA--C-G--G-G---AAA-A---T-CAAAGAACT-CGTT-CT----A--GG-A-AGT---GCGA-C-ATTG-G-AGA-ACCA--TTT--GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95209                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAA-----------------A--G-TC--AG-TCA-TAT--T----TGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAG-ACTCCGTT-CT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-ACT-ACCA-GTTTG-AT--A--AA-TA-
gi|95211                      : TTG-ATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A---------A--GGTC--A--TCT-T-T--TA--CTGC-AAAAAGACA--C-G--T-G---GAG-AAAGT-CAAA---CT-C-TT-CT-C-AG--GA---------GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTTTGTTC
gi|95212                      : TTGCAT--AA--GTAA-GCAT-GA-----CAAC------A---------A--G-T---AGCTCG-T-T--TAGATTGC-AAAA-GACA--CCG--T-G---GAA-A---T-CAAGA-ACT-CGTTTCT-C-AG--GGTA-AGT---GCGA-CAATTG---AGT-ACCA----TGTGT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95213                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A---------A--G-TC--AG-CCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-CAAGG-
gi|95214                      : TTGCATG-GA--GTAA-G-AT-GG-G---AAAC------A---------A--G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--C-G---GAA-A---T-CAAGG-gtcg
gi|95215                      : TTGCATG-AA--G------AT-GG-G---TAAC------A---------A--G-TC--AG-TCA-T-T--TA--CTGC-AGAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-CAAGG-gtcg
gi|95216                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A---------A--G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTAC-AAAA--ATA--C-G--T-T---GAA-A---gtcg
gi|95218                      : TTGCATG-AAAAGTAA-G-AT-G--G---TAAC------AACTGTTAACA--G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---TACAA
gi|95219                      : TTGCATG-AA--ATAA-G-AT-GG-G---TAAC------A---------ACAG-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTGC-AAAA-GAC
gi|95217                      : TTGCATG-AA--GGAA-A-AT-G--G---TAAC------A---------A--G-TC--AG-TCG-T-T--TA--CTAC-AAAA-ATTA--C-G--T-T---GAA-A---
gi|95222                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAACG-----A---------A--G-TC--AG-TGT-T-T--TA--CTGC-A
gi|95220                      : TTGTATG-AA--G------AT-GG-G---TAATGTACTTA---------C--G-TT--AG-TCG-C-T--TA--CTGC-GAAA-GACA--C-G--T-G---AAA-A---T-CAAGG-
gi|95221                      : TTGCATG-AA--G------AT-GG-G---TAACGT----A---------T--G-CA--AA-TCG-C-T--TA--CTGC-GAAA-GGCA--C-G--T-G---GAA-A---T-TAAGG-c
gi|95223                      : TTGCATG--------A-G-AT-GG-GCTATAGCGT----A---------C--G-TC--AG-TCG-C-T--TA--CTGC-GAAA-GACAT-C-G--T-G---GAATA---T-CAAc
gi|95224                      :  TGCATA-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A---------A--G-TC--AG-TCG---T--TA--CTGC-AAA---GCA--C-G--T-G---GAA-A---T-CAAGG-ACC---TT-CT-C-AGA-GG-A-AGT---GCGA-CAA-TG-G-AGT-ACCA-GTTT--GT-GA--AA-T----GAGTTTTC
gi|95225                      :  TGCATG-AA--G-AA-G-AT-GAAG---TAAC------A---------A--G-TT--AG-TCA-G-T--TA--C-GC-AAAA-GACA--C-T--T-GCGCGAA-A---T-C-AAG-ACT-C-TG-CT-C-AG--GA-A-AGT----CA---AATTG-G--GT-ACCA-GTTTG-GTGGA--AA-TA-T-GTGTTTTC
gi|95226                      :     ATG-AA--G-AA-G-AT-GA-G---TAAT------A---------ACAG-TC--AG-TCG-TGT--TA--CTGC-ATAA-AACATTC-G--T-G----AA-A---T-CAAAG-ACT-CGAT-CTTC-AGAAGG-A-AGTTTTGCGA-CAATTGTA-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GAATAG-TA-TGTTGTTTTC





Alignments
lowQualScore                  :                                  1111111111111111111                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :        1  22 2  1 1  1  1 222    4444444444444444444 1  22  3    3 22 1 22    1    1    66 1 22 1 333   1 333 1 1  88   2  2    2 2  66  2 2   555    2      2 2   2    2     2  2  66  2  2          
lowQualScore                  :        .  .. .  . .  .  . ...    ................... .  ..  .    . .. . ..    .    .    .. . .. . ...   . ... . .  ..   .  .    . .  ..  . .   ...    .      . .   .    .     .  .  ..  .  .          
lowQualScore                  :        6  22 7  6 6  6  6 888    6666666666666666666 6  22  2    2 22 6 22    6    7    55 7 44 7 000   7 000 9 9  44   9  9    9 9  88  9 9   000    9      9 9   9    9     9  9  88  9  9          
consensus                     : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
Reference ( family-647 )      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95202                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAAGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AAT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95203                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAA------A--AA--------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A--GT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95204                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TCTAGG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-GTTT-G---GAA-A---T-C-AA-GACT-CG--TCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGTCACCAGGTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95205                      : TTGCATG-AA--GTAAAG-AT-GA-G---TAAC------A--AA--------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGCAAAAA-GACA--C-G--T-----GAA-A---T-C-AA-GACT-CG-TTCT-C-AG--GA-AGAGT---GCGA-CAATTG-GTAGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AAGTA-TGGTGTTTTC
gi|95206                      : TTGCATG-AA--GTA-------------------------------------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-C--G--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTT
gi|95207                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-A--GA-G---TAAC------ACCA---------G-TC--AGGTCGT-TACC-A--CTGC-AAAA-GACAGAC-G--TAG---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-CTAG--GG-A-AGT---GCGAGCAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTT-GT--A--AA-TACTGGTGTTTTC
gi|95208                      : TTGCATGCAA--GTAA-G-AT-GA-G---TAA-------A--A---------G-TC--GG-TCGT-T--TTA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AA-GACT--G-TTTT-C-AG--GG-A-AGT---G-GA-CCAT---G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GAG-AA-TA-TGGTGTT
gi|95209                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAA----------A---------G-TC--AG-TCATAT--T-----TGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AA-GACTCCG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-ACT-ACCA-GTTTG-AT--A--AA-TA-
gi|95210                      : TTGCCTG-AA--GTAA-G-ATTGA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCG--T--T-A--CTGC-AAAA-GAAA--C-G--G-G---AAA-A---T-CAAAGAACT-CG-TTCT----A--GG-A-AGT---GCGA-C-ATTG-G-AGA-ACCA--TTT--GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95211                      : TTG-ATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------GGTC--A--TCTT-T--T-A--CTGC-AAAAAGACA--C-G--T-G---GAG-AAAGT-C-AA--ACT-C--TTCT-C-AG--GA---------GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTTTGTTC
gi|95212                      : TTGCAT--AA--GTAA-GCAT-GA-----CAAC------A--A---------G-T---AGCTCGT-T--T-AGATTGC-AAAA-GACA--CCG--T-G---GAA-A---T-C-AAGAACT-CGTTTCT-C-AG--GGTA-AGT---GCGA-CAATT--G-AGT-ACCA----TGTGT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95213                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-CCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGG
gi|95214                      : TTGCATG-GA--GTAA-G-AT-GG-G---AAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--C-G---GAA-A---T-C-AAGGgtcg
gi|95215                      : TTGCATG-AA--G------AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCAT-T--T-A--CTGC-AGAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGgtcg
gi|95216                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTAC-AAAA--ATA--C-G--T-T---GAA-A---gtcg
gi|95217                      : TTGCATG-AA--GGAA-A-AT-GG-----TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTAC-AAAA-ATTA--C-G--T-T---GAA-A---
gi|95218                      : TTGCATG-AAAAGTAA-G-AT-GG-----TAAC------A--ACTGTTAACAG-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---TAC-AA
gi|95219                      : TTGCATG-AA--ATAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--ACA-------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GAC
gi|95220                      : TTGTATG-AA--G------AT-GG-G---TAATGTACTTA--C---------G-TT--AG-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GACA--C-G--T-G---AAA-A---T-C-AAGG
gi|95221                      : TTGCATG-AA--G------AT-GG-G---TAACGT----A--T---------G-CA--AA-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GGCA--C-G--T-G---GAA-A---T-T-AAGGc
gi|95222                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAACG-----A--A---------G-TC--AG-TGTT-T--T-A--CTGC-Ac
gi|95223                      : TTGCATG--------A-G-AT-GG-GCTATAGCGT----A--C---------G-TC--AG-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GACAT-C-G--T-G---GAATA---T-C-AA
gi|95224                      :  TGCATA-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCG--T--T-A--CTGC-AAA---GCA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACC----TTCT-C-AGA-GG-A-AGT---GCGA-CAA-TG-G-AGT-ACCA-GTTT--GT-GA--AA-T----GAGTTTTC
gi|95225                      :  TGCATG-AA--G-AA-G-AT-GAAG---TAAC------A--A---------G-TT--AG-TCAG-T--T-A--C-GC-AAAA-GACA--C-T--T-GCGCGAA-A---T-C-AAG-ACT-C--TGCT-C-AG--GA-A-AGT----CAA---ATTG-G--GT-ACCA-GTTTG-GTGGA--AA-TA-T-GTGTTTTC
gi|95226                      :     ATG-AA--G-AA-G-AT-GA-G---TAAT------A--ACA-------G-TC--AG-TCGTGT--T-A--CTGC-ATAA-AACATTC-G--T-G----AA-A---T-C-AAAGACT-CG-ATCTTC-AGAAGG-A-AGTTTTGCGA-CAATTGTA-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GAATAG-TA-TGTTGTTTTC





Alignments
lowQualScore                  :                                  1111111111111111111                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :        1  22 2  1 1  1  1 222    4444444444444444444 1  22  3    3 22 1 22    1    1    66 1 22 1 333   1 333 1 1  88   2  2    2 2  66  2 2   555    2      2 2   2    2     2  2  66  2  2          
lowQualScore                  :        .  .. .  . .  .  . ...    ................... .  ..  .    . .. . ..    .    .    .. . .. . ...   . ... . .  ..   .  .    . .  ..  . .   ...    .      . .   .    .     .  .  ..  .  .          
lowQualScore                  :        6  22 7  6 6  6  6 888    6666666666666666666 6  22  2    2 22 6 22    6    7    55 7 44 7 000   7 000 9 9  44   9  9    9 9  88  9 9   000    9      9 9   9    9     9  9  88  9  9          
consensus                     : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
Reference ( family-647 )      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95202                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAAGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AAT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95203                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAA------A--AA--------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A--GT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95204                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TCTAGG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-GTTT-G---GAA-A---T-C-AA-GACT-CG--TCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGTCACCAGGTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95205                      : TTGCATG-AA--GTAAAG-AT-GA-G---TAAC------A--AA--------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGCAAAAA-GACA--C-G--T-----GAA-A---T-C-AA-GACT-CG-TTCT-C-AG--GA-AGAGT---GCGA-CAATTG-GTAGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AAGTA-TGGTGTTTTC
gi|95206                      : TTGCATG-AA--GTA-------------------------------------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-C--G--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTT
gi|95207                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-A--GA-G---TAAC------ACCA---------G-TC--AGGTCGT-TACC-A--CTGC-AAAA-GACAGAC-G--TAG---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-CTAG--GG-A-AGT---GCGAGCAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTT-GT--A--AA-TACTGGTGTTTTC
gi|95208                      : TTGCATGCAA--GTAA-G-AT-GA-G---TAA-------A--A---------G-TC--GG-TCGT-T--TTA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AA-GACT--G-TTTT-C-AG--GG-A-AGT---G-GA-CCAT---G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GAG-AA-TA-TGGTGTT
gi|95209                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAA----------A---------G-TC--AG-TCATAT--T-----TGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AA-GACTCCG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-ACT-ACCA-GTTTG-AT--A--AA-TA-
gi|95210                      : TTGCCTG-AA--GTAA-G-ATTGA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCG--T--T-A--CTGC-AAAA-GAAA--C-G--G-G---AAA-A---T-CAAAGAACT-CG-TTCT----A--GG-A-AGT---GCGA-C-ATTG-G-AGA-ACCA--TTT--GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95211                      : TTG-ATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------GGTC--A--TCTT-T--T-A--CTGC-AAAAAGACA--C-G--T-G---GAG-AAAGT-C-AA--ACT-C--TTCT-C-AG--GA---------GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTTTGTTC
gi|95212                      : TTGCAT--AA--GTAA-GCAT-GA-----CAAC------A--A---------G-T---AGCTCGT-T--T-AGATTGC-AAAA-GACA--CCG--T-G---GAA-A---T-C-AAGAACT-CGTTTCT-C-AG--GGTA-AGT---GCGA-CAATT--G-AGT-ACCA----TGTGT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95213                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-CCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGG
gi|95214                      : TTGCATG-GA--GTAA-G-AT-GG-G---AAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--C-G---GAA-A---T-C-AAGGgtcg
gi|95215                      : TTGCATG-AA--G------AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCAT-T--T-A--CTGC-AGAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGgtcg
gi|95216                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTAC-AAAA--ATA--C-G--T-T---GAA-A---gtcg
gi|95217                      : TTGCATG-AA--GGAA-A-AT-GG-----TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTAC-AAAA-ATTA--C-G--T-T---GAA-A---
gi|95218                      : TTGCATG-AAAAGTAA-G-AT-GG-----TAAC------A--ACTGTTAACAG-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---TAC-AA
gi|95219                      : TTGCATG-AA--ATAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--ACA-------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GAC
gi|95220                      : TTGTATG-AA--G------AT-GG-G---TAATGTACTTA--C---------G-TT--AG-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GACA--C-G--T-G---AAA-A---T-C-AAGG
gi|95221                      : TTGCATG-AA--G------AT-GG-G---TAACGT----A--T---------G-CA--AA-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GGCA--C-G--T-G---GAA-A---T-T-AAGGc
gi|95222                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAACG-----A--A---------G-TC--AG-TGTT-T--T-A--CTGC-Ac
gi|95223                      : TTGCATG--------A-G-AT-GG-GCTATAGCGT----A--C---------G-TC--AG-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GACAT-C-G--T-G---GAATA---T-C-AA
gi|95224                      :  TGCATA-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCG--T--T-A--CTGC-AAA---GCA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACC----TTCT-C-AGA-GG-A-AGT---GCGA-CAA-TG-G-AGT-ACCA-GTTT--GT-GA--AA-T----GAGTTTTC
gi|95225                      :  TGCATG-AA--G-AA-G-AT-GAAG---TAAC------A--A---------G-TT--AG-TCAG-T--T-A--C-GC-AAAA-GACA--C-T--T-GCGCGAA-A---T-C-AAG-ACT-C--TGCT-C-AG--GA-A-AGT----CAA---ATTG-G--GT-ACCA-GTTTG-GTGGA--AA-TA-T-GTGTTTTC
gi|95226                      :     ATG-AA--G-AA-G-AT-GA-G---TAAT------A--ACA-------G-TC--AG-TCGTGT--T-A--CTGC-ATAA-AACATTC-G--T-G----AA-A---T-C-AAAGACT-CG-ATCTTC-AGAAGG-A-AGTTTTGCGA-CAATTGTA-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GAATAG-TA-TGTTGTTTTC


blockSeqs                     :        C  AA T  A C  T  A CTA    AACTGTTAACA         G  TA  G    A AC T GA    A    A    GA C TT A CGC   T AAG A A  GA   C  T    T T  AA  T G   TTT    G      T T   C    G     T  G  AT  G  C
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      GTACTTAC            .  .   C    G .  . .     .    .    TT . .  . .     . .   . .  GA   .  .    . .  A   . .   .      .      . .   .    .     .  .  G   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      ACCA                .  .   .    . .  . .     .    .    T  . .  . .     . .   . .  GG   .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AACA                .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  GG   .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      GTAT                .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  GG   .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      GTAC                .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  GG   .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AACA                .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  GG   .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AAA                 .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  GG   .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AAA                 .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  AG   .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      GAA                 .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  G    .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  G    .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  G    .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  G    .  .    . .  .   . .   .      .      . .   .    .     .  .  .   .  .
blockSeqs                     :        .  .  G  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  G                                                                        
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  G                                                                        
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  G                                                                        
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  G                                                                        
blockSeqs                     :        .  .  T  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .  .                                                                        
blockSeqs                     :        .  .  .  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .                                                                           
blockSeqs                     :        .  .  .  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .   . .                                                                           
blockSeqs                     :        .  .  .  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .                                                                                 
blockSeqs                     :        .  .  .  . .  .  . .      AA                  .  .   .    . .  . .     .    .    .  . .  . .     . .                                                                                 
blockSeqs                     :        .  .  .  . .  .  . .      A                   .  .   .    . .  . .     .    .                                                                                                        
blockSeqs                     :        .  .  .  . .  .  . .      .                   .  .   .    . .  . .     .                                                                                                             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
finalCons                     : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC





Alignments
lowQualScore                  :                                  1111111111111111111                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :        1  22 2  1 1  1  1 222    4444444444444444444 1  22  3    3 22 1 22    1    1    66 1 22 1 333   1 333 1 1  88   2  2    2 2  66  2 2   555    2      2 2   2    2     2  2  66  2  2          
lowQualScore                  :        .  .. .  . .  .  . ...    ................... .  ..  .    . .. . ..    .    .    .. . .. . ...   . ... . .  ..   .  .    . .  ..  . .   ...    .      . .   .    .     .  .  ..  .  .          
lowQualScore                  :        6  22 7  6 6  6  6 888    6666666666666666666 6  22  2    2 22 6 22    6    7    55 7 44 7 000   7 000 9 9  44   9  9    9 9  88  9 9   000    9      9 9   9    9     9  9  88  9  9          
consensus                     : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
Reference ( family-647 )      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95202                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAAGACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A-AAT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95203                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAA------A--AA--------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-C-AG--GG-A--GT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95204                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TCTAGG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-GTTT-G---GAA-A---T-C-AA-GACT-CG--TCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGTCACCAGGTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95205                      : TTGCATG-AA--GTAAAG-AT-GA-G---TAAC------A--AA--------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGCAAAAA-GACA--C-G--T-----GAA-A---T-C-AA-GACT-CG-TTCT-C-AG--GA-AGAGT---GCGA-CAATTG-GTAGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AAGTA-TGGTGTTTTC
gi|95206                      : TTGCATG-AA--GTA-------------------------------------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-C--G--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTT
gi|95207                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-A--GA-G---TAAC------ACCA---------G-TC--AGGTCGT-TACC-A--CTGC-AAAA-GACAGAC-G--TAG---GAA-A---T-C-AAG-ACT-CG-TTCT-CTAG--GG-A-AGT---GCGAGCAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTT-GT--A--AA-TACTGGTGTTTTC
gi|95208                      : TTGCATGCAA--GTAA-G-AT-GA-G---TAA-------A--A---------G-TC--GG-TCGT-T--TTA--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AA-GACT--G-TTTT-C-AG--GG-A-AGT---G-GA-CCAT---G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GAG-AA-TA-TGGTGTT
gi|95209                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAA----------A---------G-TC--AG-TCATAT--T-----TGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AA-GACTCCG-TTCT-C-AG--GG-A-AGT---GCGA-CAATTG-G-ACT-ACCA-GTTTG-AT--A--AA-TA-
gi|95210                      : TTGCCTG-AA--GTAA-G-ATTGA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCG--T--T-A--CTGC-AAAA-GAAA--C-G--G-G---AAA-A---T-CAAAGAACT-CG-TTCT----A--GG-A-AGT---GCGA-C-ATTG-G-AGA-ACCA--TTT--GT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95211                      : TTG-ATG-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------GGTC--A--TCTT-T--T-A--CTGC-AAAAAGACA--C-G--T-G---GAG-AAAGT-C-AA--ACT-C--TTCT-C-AG--GA---------GCGA-CAATTG-G-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GA--AA-TA-TGGTTTGTTC
gi|95212                      : TTGCAT--AA--GTAA-GCAT-GA-----CAAC------A--A---------G-T---AGCTCGT-T--T-AGATTGC-AAAA-GACA--CCG--T-G---GAA-A---T-C-AAGAACT-CGTTTCT-C-AG--GGTA-AGT---GCGA-CAATT--G-AGT-ACCA----TGTGT-GA--AA-TA-TGGTGTTTTC
gi|95213                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-CCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGG
gi|95214                      : TTGCATG-GA--GTAA-G-AT-GG-G---AAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--C-G---GAA-A---T-C-AAGGgtcg
gi|95215                      : TTGCATG-AA--G------AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCAT-T--T-A--CTGC-AGAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGgtcg
gi|95216                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTAC-AAAA--ATA--C-G--T-T---GAA-A---gtcg
gi|95217                      : TTGCATG-AA--GGAA-A-AT-GG-----TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTAC-AAAA-ATTA--C-G--T-T---GAA-A---
gi|95218                      : TTGCATG-AAAAGTAA-G-AT-GG-----TAAC------A--ACTGTTAACAG-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GACA--C-G--T-G---GAA-A---TAC-AA
gi|95219                      : TTGCATG-AA--ATAA-G-AT-GG-G---TAAC------A--ACA-------G-TC--AG-TCGT-T--T-A--CTGC-AAAA-GAC
gi|95220                      : TTGTATG-AA--G------AT-GG-G---TAATGTACTTA--C---------G-TT--AG-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GACA--C-G--T-G---AAA-A---T-C-AAGG
gi|95221                      : TTGCATG-AA--G------AT-GG-G---TAACGT----A--T---------G-CA--AA-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GGCA--C-G--T-G---GAA-A---T-T-AAGGc
gi|95222                      : TTGCATG-AA--GTAA-G-AT-GG-G---TAACG-----A--A---------G-TC--AG-TGTT-T--T-A--CTGC-Ac
gi|95223                      : TTGCATG--------A-G-AT-GG-GCTATAGCGT----A--C---------G-TC--AG-TCGC-T--T-A--CTGC-GAAA-GACAT-C-G--T-G---GAATA---T-C-AA
gi|95224                      :  TGCATA-AA--GTAA-G-AT-GA-G---TAAC------A--A---------G-TC--AG-TCG--T--T-A--CTGC-AAA---GCA--C-G--T-G---GAA-A---T-C-AAGGACC----TTCT-C-AGA-GG-A-AGT---GCGA-CAA-TG-G-AGT-ACCA-GTTT--GT-GA--AA-T----GAGTTTTC
gi|95225                      :  TGCATG-AA--G-AA-G-AT-GAAG---TAAC------A--A---------G-TT--AG-TCAG-T--T-A--C-GC-AAAA-GACA--C-T--T-GCGCGAA-A---T-C-AAG-ACT-C--TGCT-C-AG--GA-A-AGT----CAA---ATTG-G--GT-ACCA-GTTTG-GTGGA--AA-TA-T-GTGTTTTC
gi|95226                      :     ATG-AA--G-AA-G-AT-GA-G---TAAT------A--ACA-------G-TC--AG-TCGTGT--T-A--CTGC-ATAA-AACATTC-G--T-G----AA-A---T-C-AAAGACT-CG-ATCTTC-AGAAGG-A-AGTTTTGCGA-CAATTGTA-AGT-ACCA-GTTTG-GT-GAATAG-TA-TGTTGTTTTC