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lowQualScore                  :           .      .  .  .   .    ..   .   .    .. .. ...    . .. .     .....            
lowQualScore                  :           5      7  7  7   7    33   7   2    33 33 666    0 33 7     22222            
consensus                     :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGAG-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
Reference ( gi|7989 )         :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCATGCC--A--T---AGAG-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|7986                       :    AGAAGACATATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCA-GTCGTGCC--A--T---AGAG-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|7992                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GTG-GTTGTGCC--A--T---GGAG-A--T-GCTTC-----AAATGGATATAC
gi|7988                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTACC--A--T---AGAG-A--T-GCTTA-----AAATGGA-ATGC
gi|7987                       :    AGAAGACATATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCA-GTCGTG-C--A--T---AGAG-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|7991                       :    AGACGACTTATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCA-GTTGTGCC--A--G---AGAG-A--T-GCTTC-----AAATCGATATGC
gi|7995                       :    AGATGACATAAGGA-TG-TA-TAG-CAGG--GCG-GTCGTGCC--A--T---CAAG-A--T-GCTTC-----AAATGCATATGC
gi|7990                       :    AGACGACACATGGA-TA-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGAG-ATGT-GCTCC-----AA
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gi|7997                       :    AGATGACTTATGGA-TG-TA--AG-TAGA--GCG-GTCGTACC--AATT---AAAGGA--T--CTTC-----AAATGAATATGC
gi|7999                       :    AGATGACTTATGGAATT-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AAAGAA--T-G-TTC-----AAATGAA-ATGC
gi|8000                       :    AGATGACTTATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTACC--A--TAACAAGG-A--TGGCTTTCAGAAAAATGAATATGC
gi|8001                       :    AGACGACTTATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--G------AT-----------------A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
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gi|8004                       :     agaGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GTG-GTCGTGCC--A--T---ATAC-A--T-AGTTC-----AAATGGATATAC
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gi|8006                       :        GACATATGGG-TG-TT-CAGTCAGA--GCG-GTCGTGC---A--T---AGAACA--G-GCTTA-----AAATGGATATGC
gi|8007                       :        GACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GTG-GT-GTACC--A--T---ATAC-A--T-AGTTC-----AAAT-GATATAC
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gi|8008                       :         ACATATGGA--G-TA-CAG-CAGA--GAC-GTCGTACC--A--T---AGAG-A--T-GCTTA-----AAATGGATATGC
gi|8009                       :              TGGA-TAATATCAG-TAGG--GCATGTC-TGGC--A--T---AGAG-A--T-GCTTC-----AAACAGATATGC
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Alignments
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lowQualScore                  :           .      .  .  .   .    ..   .        .. .. ...   . . .. .     .....            
lowQualScore                  :           0      7  6  6   6    22   6        22 22 444   6 2 22 6     00000            
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Reference ( family-645 )      :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
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gi|7988                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTACC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTA-----AAATGGA-ATGC
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gi|7994                       : aaaAGAC-ACTTAGGAA-TG-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC-----T---AGA-G-A----GC-TC-----A---GGATA
gi|7995                       : aaaAGATGACATAAGGA-TG-TA-TAG-CAGG--GCG-GTCGTGCC--A--T---CAA-G-A--T-GCTTC-----AAATGCATATGC
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gi|7997                       :    AGATGACTTATGGA-TG-TA--AG-TAGA--GCG-GTCGTACC--AATT---AAAGG-A--T--CTTC-----AAATGAATATGC
gi|7998                       :      ACGAC-TATG-A-TG-TA-CAG-CAGAAAGCG-GT-GTGCC--A--TC--AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATA
gi|7999                       : agaAGATGACTTATGGAATT-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AAA-GAA--T-G-TTC-----AAATGAA-ATGC
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gi|8003                       :        GACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTTGTACCAAA--T---GGA-T-A--T-GTTCC-----AA
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gi|8005                       :        GACATATGGG-TG-TT-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCT--A--T---AGA-C-A--G-GCTTA-----AAATGGATATGC
gi|8006                       :        GACATATGGG-TG-TT-CAGTCAGA--GCG-GTCGTG-C--A--T---AGA-ACA--G-GCTTA-----AAATGGATATGC
gi|8007                       :        GACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GTG-GT-GTACC--A--T---ATA-C-A--T-AGTTC-----AAAT-GATATAC
gi|8008                       :         ACATATGGA--G-TA-CAG-CAGA--GAC-GTCGTACC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTA-----AAATGGATATGC
gi|8009                       :              TGGA-TAATATCAG-TAGG--GCATGTC-TGGC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAACAGATATGC
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Alignments
lowQualScore                  :           1      1  1  1   1    22   1        22 22 444   1 3 22 1     44444            
lowQualScore                  :           .      .  .  .   .    ..   .        .. .. ...   . . .. .     .....            
lowQualScore                  :           0      7  6  6   6    22   6        22 22 444   6 2 22 6     00000            
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Reference ( family-645 )      :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
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gi|7987                       :    AGAAGACATATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCA-GTCGTG-C--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|7988                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTACC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTA-----AAATGGA-ATGC
gi|7989                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCATGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
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gi|7992                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GTG-GTTGTGCC--A--T---GGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATAC
gi|7993                       :    AGAC-ACTTAGGAA-TG-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC-----T---AGA-G-A----GC-TC-----A---GGATA
gi|7994                       : aaaAGAC-ACTTAGGAA-TG-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC-----T---AGA-G-A----GC-TC-----A---GGATA
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gi|7999                       : agaAGATGACTTATGGAATT-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AAA-GAA--T-G-TTC-----AAATGAA-ATGC
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gi|8009                       :              TGGA-TAATATCAG-TAGG--GCATGTC-TGGC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAACAGATATGC
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blockSeqs                     :           T      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           T      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           T      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           A      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           A      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           A      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           A      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           A      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           A      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           A      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :           .      .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :                  .  .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    
blockSeqs                     :                     .  .   .    .    .        .  .  .     . . .  .     .    


blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
finalCons                     :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC





Alignments
lowQualScore                  :           1      1  1  1   1    22   1        22 22 444   1 3 22 1     44444            
lowQualScore                  :           .      .  .  .   .    ..   .        .. .. ...   . . .. .     .....            
lowQualScore                  :           0      7  6  6   6    22   6        22 22 444   6 2 22 6     00000            
consensus                     :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
Reference ( family-645 )      :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|7986                       :    AGAAGACATATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCA-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|7987                       :    AGAAGACATATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCA-GTCGTG-C--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|7988                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTACC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTA-----AAATGGA-ATGC
gi|7989                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCATGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|7990                       :    AGACGACACATGGA-TA-TA-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-ATGT-GCTCC-----AA
gi|7991                       :    AGACGACTTATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCA-GTTGTGCC--A--G---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATCGATATGC
gi|7992                       :    AGACGACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GTG-GTTGTGCC--A--T---GGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATATAC
gi|7993                       :    AGAC-ACTTAGGAA-TG-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC-----T---AGA-G-A----GC-TC-----A---GGATA
gi|7994                       : aaaAGAC-ACTTAGGAA-TG-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC-----T---AGA-G-A----GC-TC-----A---GGATA
gi|7995                       : aaaAGATGACATAAGGA-TG-TA-TAG-CAGG--GCG-GTCGTGCC--A--T---CAA-G-A--T-GCTTC-----AAATGCATATGC
gi|7996                       :    AGATGACAAATAGA-TG-GA-CAA-CAGA--GTG-GTTGTGCC--A--T---AAA-C-A--T-GCTTC-----AAATGGGTATAC
gi|7997                       :    AGATGACTTATGGA-TG-TA--AG-TAGA--GCG-GTCGTACC--AATT---AAAGG-A--T--CTTC-----AAATGAATATGC
gi|7998                       :      ACGAC-TATG-A-TG-TA-CAG-CAGAAAGCG-GT-GTGCC--A--TC--AGA-G-A--T-GCTTC-----AAATGGATA
gi|7999                       : agaAGATGACTTATGGAATT-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AAA-GAA--T-G-TTC-----AAATGAA-ATGC
gi|8000                       :    AGATGACTTATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTACC--A--TAACAAG-G-A--TGGCTTTCAGAAAAATGAATATGC
gi|8001                       :    AGACGACTTATGGA-TG-TA-CAG-TAGA--G-------------A--T---------A--T-GCTTC-----AAATGGATATGC
gi|8002                       :    AGACGATACACTGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTC---------------GA-G-A--T-GTTTC-----AAATGGATAT
gi|8003                       :        GACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GCG-GTTGTACCAAA--T---GGA-T-A--T-GTTCC-----AA
gi|8004                       :        GACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GTG-GTCGTGCC--A--T---ATA-C-A--T-AGTTC-----AAATGGATATAC
gi|8005                       :        GACATATGGG-TG-TT-CAG-CAGA--GCG-GTCGTGCT--A--T---AGA-C-A--G-GCTTA-----AAATGGATATGC
gi|8006                       :        GACATATGGG-TG-TT-CAGTCAGA--GCG-GTCGTG-C--A--T---AGA-ACA--G-GCTTA-----AAATGGATATGC
gi|8007                       :        GACATATGGA-TG-TA-CAG-CAGA--GTG-GT-GTACC--A--T---ATA-C-A--T-AGTTC-----AAAT-GATATAC
gi|8008                       :         ACATATGGA--G-TA-CAG-CAGA--GAC-GTCGTACC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTA-----AAATGGATATGC
gi|8009                       :              TGGA-TAATATCAG-TAGG--GCATGTC-TGGC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AAACAGATATGC
gi|8010                       :                    G-TA-CAG-TAGA--GCG-GTCGTGCC--A--T---AGA-G-A--T-GCTTC-----AA