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Reference ( gi|65196 )        : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTTTA--AG-TAGATTG
gi|65192                      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCAG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTTTA--AT-TCGATTG
gi|65194                      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCAG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTTTA--AATTCGATTG
gi|65193                      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCAG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTTTA--AATTCGATTG
gi|65197                      : TTATGC-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGTGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTTGA--AT-TAGATTG
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Reference ( family-634 )      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
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Alignments
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Reference ( family-634 )      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
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blockSeqs                     :       T    T  C  C G TT  C C     A AC  TTTCTCTT          AAACAT A  T    G A TT A
blockSeqs                     :       .    .  .  . . C   . .     . .   CAACATA           .      .  .    . A T  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   CAACAT            .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   CAACAT            .      .  .    . . .  .
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blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   TT                .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :       .    .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :            .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :            .  .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :            .  .  . . .   . .     . .   C                 .      .  .    . . .  .
blockSeqs                     :               .  . . .   . .     . .   T                 .      .  .    . . .  .


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
finalCons                     : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG





Alignments
lowQualScore                  :                                        1111111111111                                    
lowQualScore                  :       1    1  1  1 1 33  1 1     1 22  5555555555555     444444 1  1    1 3 33 1        
lowQualScore                  :       .    .  .  . . ..  . .     . ..  .............     ...... .  .    . . .. .        
lowQualScore                  :       9    7  6  6 6 88  6 6     6 22  6666666666666     666666 6  6    6 2 88 6        
consensus                     : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
Reference ( family-634 )      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
gi|65192                      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCAG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTCGATTG
gi|65193                      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCAG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-TAA--A-TTCGATTG
gi|65194                      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCAG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-TAA--A-TTCGATTG
gi|65195                      : TTACGT-CGG---A-GT-A-T--GC-G-AGCAG-A--TC-----T-------AACAT------TATA-TTTT-T-A--A-TTCGAT
gi|65196                      : TTACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-GTAGATTG
gi|65197                      : TTATGC-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGTGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-G-A--A-TTAGATTG
gi|65198                      : TTATGT-AAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCAG-A--TCCAACAT-------AACAT------C-TA-ATTT-T-A--A-TCCGATTG
gi|65199                      : TTACAT-AAGC-AA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TCCAACAT-------AACAT------C-CG-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
gi|65200                      : TTACGT-AAGA-GA-GC-G-T--GC-G-ACCAG-A--TC-----T-------AACAT------C-GA-ATTT-T-A--A-CTAGATTG
gi|65201                      : TTACGT-CA-C-GA-GTCA-T--GC-ACAGCG--A--TC-----T-------AAC-T------T-TA-ATTT-T-A--AATTAGATTG
gi|65202                      :  TACGTTCGGCTGA-GT-A-TTTGCCG-AGCTG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-A-A--A-TTAGATTG
gi|65203                      :  TAAGT-CGAG-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTTGT-AT-T-TTCGATTG
gi|65204                      :   ACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GT-G-AGCGG-A---C-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATT
gi|65205                      :   ACGT-CAGG-GA-GT-GGT--GC-G-ATCGG-A--TT-----TTTCTCTTAACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
gi|65206                      :   ACAT-CAGC-GA-GT-A-T--AC-G-AGTGG-G--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
gi|65207                      :   ACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGC-G-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-
gi|65208                      :   ACGT-CAGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGGAA--TCT----T-------AACAT------T-----TTT-T-A--A-TTAGATTG
gi|65209                      :   ACGT-CAGC-GACGT-A-T--GC-G-AGCGG-AACTC-----T-------AACAT------C-TATAATT-T-A--A-TTAGATTG
gi|65210                      :   ACGT-CAGC-GA-GT-A-T--AT-G-AGTGG-A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-G--A-
gi|65211                      :   ACGT-AAGC-GA-GC-A-T--GA-G-AGCGG-A--TCCAACAT-------AACAT------T-TA-ATTT-C-A--A-TTAGATTG
gi|65212                      :    CGT-CAGC-GA-GC-A-T--AT-G-AGCGG-A--TT-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-ATTA-TTAGATTG
gi|65213                      :         AGC-GA-GT-A-T--GC-G-AGCGA-T--TC-----T-------AACAT------C-TG-ATTT-T-A--A-TTAGATT
gi|65214                      :           C-GA-GT-A-TC-GC-G-AGCGG-A--TC-----C-------AACATAAACATC-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
gi|65215                      :            -GA-GT-A-T--GC-G-AGCGG-A--TC-----CAACATA-AACAT------C-TA-ATTT-T-A--A-TTAGATTG
gi|65216                      :              A-GT-A-T--GC-G-AGCG--A--TC-----T-------AACAT------T-TA-ATTT-T-A--A-GTAGACTG