lowQualScore : 111 1111111 22222222222222 1111111111111111 111 22222222222222222222 111
lowQualScore : 33 2 2 4 2 666 2 111 2 99 2 33 2 2 4 4 55 2 2 33 444 55 5555555 2 55 33 2 6 1 5 2 4 2 2 5555 22 1 55555555555555 1 3 22 22 33 1 1 5 1 5 1 3 44 1 44 1 2 2 2 33 2 2 33 5 2 33 2222222222222222 66666 2 111 2 2 2 444 2 7777777 444 2 666 2 444 33 22 11111111111111111111 555 55555 55 444 44 2 2 22 1 44 999 1 2 555 2
lowQualScore : .. . . . . ... . ... . .. . .. . . . . .. . . .. ... .. ....... . .. .. . . . . . . . . .... .. . .............. . . .. .. .. . . . . . . . .. . .. . . . . .. . . .. . . .. ................ ..... . ... . . . ... . ....... ... . ... . ... .. .. .................... ... ..... .. ... .. . . .. . .. ... . . ... .
lowQualScore : 22 4 4 7 4 555 4 222 4 99 4 22 4 4 7 7 66 4 4 22 111 66 7777777 4 66 22 4 6 2 0 4 7 4 4 0000 66 9 33333333333333 7 5 44 44 66 7 0 5 8 3 8 6 33 7 11 7 5 5 5 44 5 5 44 0 5 44 7777777777777777 22222 5 777 5 5 5 444 4 6666666 111 4 555 4 111 11 99 66666666666666666666 555 00000 55 888 88 0 0 66 9 55 111 8 0 555 1
consensus : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--N-AT-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--A-TTA-A-CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTG-A-TTAT-CT-C--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CGA--CG-A-AA--CT-----------TN---CACA-----T-ATTGT--AAA-GGACA-CT-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--G--AA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTG--GCTT-GT-CTAT-C-AATATCCCCCT-TAA
Reference ( gi|64916 ) : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-CT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--A-AT-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTCTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--A-TTAGA-CA------TTGTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCAGACCTG-A-TTGT-CT-C--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TGA--CG-A-AA--CT-----------TC---CACA-----T-ATTGT--GAA-GGACA-CT-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--G--AA---A-----A--TTC--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTA--GCTT-GT-CTAT-T-AATATCCCCCT-TAA
gi|64901 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-T--TTTTTTAAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--T-AA-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--A-TTA-A-CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTG-A-TTAT-CT-C--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TGA--CA-A-AA--CT-----------TG---CACA-----T-ATTGT--AAA-GGACA-CT-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--G--AAG--A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTG--GCAT-GT-CTAT-C-AATACCCCCCT-TAA
gi|64903 : agATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-A--T-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--A--T-T-TT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C-A-T-T----AAATAGAA--A-TTA-A-CA------TTTTT-AAAG--TAA--GGGGAGGT-AATT-AGACCTG-A-TTAT-CT-C--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TGA--CG-A-AA--CT-----------TC---CACA-----T-ATTGT--AAA-GGACA-CT-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AAT--G--------------A--GA-AA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTG--GCTT-GT-CTAT-CAAATATCCCCCT-TAA
gi|64915 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTT---GAA-TATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--T-AA-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAA-C-A-T-T----ACATAGAA--A-TTA-A-CA------TTTTT-AA-G--TAA--TGG-GGGT-AATTCGGACCTG-A-TTAT-CT-C--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TGA--CG-A-AA--CT-----------TG---CA-A-----T-ATTGT--AAT-GGACA-CT-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--GA-AA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTAG--GATT-GT-CTAT-C-AATATCCCACT-TAA
gi|64902 : ATATTC--A-ATA-AATGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTTA-AAAT-TCA-GCA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--T-TA-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--A-TTA-A-TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTA-A-TTAT-CT-C--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--TC-CA-CAA--TG-A-AA--CT-----------TG---CACA-----T-ATTTT--AAA-GGACA-TA-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AG-G--AA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTG--GCTT-GT-CTGT-C-AATATCCCCCT-TAA
gi|64904 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTTT--GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AA-T-TCA-ATA-AAA--A-TTAAT--TC---AAA--T--A--T-T-TT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C---T-T----AAATAGAA--A-TTA-A-CA------TTTTTTAA-G--TAA--GGGGAGGT-AATTCAGACCTG-A-TTAT--T-C--CCT-TAT-TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TGA--CG-A-AA--CT-----------TC---CACA-----T-ATTGT--AAA-GGACA-CT-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AAT--G--------------A--GA-AA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTG--GCTT-GT-CTAT-C-AA-ATTCCCCT-TAA
gi|64906 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---AATATTTT---GAAACATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA--TA-AAA----TTA-T--TC---AAA--T--TTATAT-TT--TTCA--GC-AGACCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATCGAA--A-TTA-A-CA------TTTTT-AA-G--TAA--GG--AGGT-AATTCAGACCTG---TTAT-CT-C--CCT-TA--TT-TGC-C-TA-GCTT--CC-CA-TGA--CG-A-AA--TT-----------TCTCACACA-----C-GTTG---AAA-GGACA-CT-TC---AAT-A-------TA-A---T-ATGT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--AGAAA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-AT-TTTTTG--GCTT-GT-CTAT-T-AATATCCCCCT-TAA
gi|64907 : aaATATTT--G-ATA-C-TGG-G---A-TACTTT---GAA-CATTC-TT-G--CTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--T-AA-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----GCATAAAA--A-TTA-A-TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTG-C-TTAT-CT-T--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GTTT--CC-CG-TTA--CG-A-AA--AT-----------TG---CACA-----T-ATTGT--AAA-GTACA-CT-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--G--AA---A-----A--
gi|64908 : aaATATT---A-ATA-C-TGG-A---A-AATTTT---GAA-CATT--TT-G--TTCAG-A--------------------TA-T--TC---AAAT-T--A-AT-T-TT--TTCA--GCAAGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--A-TTA-A-CA------TT-TT-AA-G--TAA--GG---GGT-AATT-GGA-CTG-A--TGA-CT-C--CCT-TA---T-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TGA--CG-A-AA--CT-----------TG---CACA-----T-A-TGT--AAA-GGACA-CT------AAT-A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---G---AAT--G--------------A--GA-AA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTCG--GCTT-GTCCTATCT-AATATCCCCCT-TAAat
gi|64917 : aaATATTT--A-TTA---TGA-G---A-TATTAT---GA--CATTC-TT-G--TTGAA-AATTCTCA-GTAGAAA--A-TTA-T--TT---TAA-----A-AT-TGTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TATTC-A-TGT----ACATGGTC--A-TTA-A-CA------TTTTT-AA-G--TAA--GTG-AGGT-AATTCAGACCTA-A-TTATAAT-C--CCT-TA--TT-TGT-T-AA-GCTT---C-CA-CTA--TG-A-AA---T-----------TG---CACA-----TAATTGT--AAT-GGACA-TA-TC---AAT-A-------TAGA---T-ACAT---GAAAA---GA--AAT--T--------------AAGG--AA---A-----A--TTT---A--TGA-TA-GA--TT-A--TTTGTG--GCTTGGT-CTGT-C-AATATCCCCCT-TAA
gi|64911 : ATATCT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GTA-CATTT-CT-G--TT-AA-CTAT-TAA-GTG-GAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--A-AC-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTGAA-TAT-T-C-T-T----ACATAGAA--A-ATA-A-CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGA-AGGT-TATTCAGACCAA-A-TTAT-AT-C--AAT-TA--TT-AGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CAC--CA-A-AA--CG-----------CG---CACA-----T-ATAAT--AAC-AGATA-CT-TT---AAT-A-------T--A---T-ATGG---A-AAA---GA--AAT--G--------------AG-G--AA---A-----A--TTG--AA--AAA-TA-AA--TT-A--TTTTTG--GATT-AT-ATAT-C-AATA-ACCCCT-TAA
gi|64913 : aaATAGTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TG-G--TTTAA-AAAT-TGA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--T-AT-T-TT--TTCA--GC-AGGCCT
gi|64912 : aaATATTTTAA-ATA-C-TGG-GG--A-TATTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTGA-AAAT-TCAGGTG-AAA--A-TTA-A--TC---AAA--TC-C-AT-T-TT--CT----GC-AGGTCTTTTTA-TAT-T-A-T-T----ACGAAG-A--A-TTA-A-CCTTTTTTTTTTT-AC-G--TAA--GGG-AGGA-AAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggcttgtctatcaatatcccccttaa
gi|64914 : aaATAGTT--A-ATA-A-TGGCG---A-TATTTTA--GCA-CATTG-AT----TGTAA-CAAT--CATATA-AAAG-A-TCA-T--TC---AAA--T--T-AT-T-TTT-TTCA--GC-AGGCC----TA-TAT-T-A-T-T----A
gi|64909 : aaTATTT--T-ATAAC-TGG-G-----TATTTTT--GAA-CATTC-TTTG--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AGAGAA-TTA-T--TCGCAAGA--T--T-AT-T-TTGTTTCAAGGC-AGGCCTTT-TA-TAT-C-AAT-T----ACATAGAA----TTA-A-CA------TTTTT-AA-G--TAA--GT--AGGT-AATTCAGACCTG-A-TTAT-CT-CTCCCT-TA--TT-TGT-CGTAAGCTT--CCGCA-TGA--CGGA-AA--CT-----------TT---CACA-----T-ATTGT--GAA-GGACA-CTGTC---AATAA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--G--AA---A-----AAGTTC--AA--TGATTA-GA--TT-ATGTTTTTAG-GCTT-GT-CTAT-T--ATATCGCCCTGTAA
gi|64905 : aacATTT--ATATA-C-TGG-G---A-TGTTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-GTA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA--T--T-AA-T-TT--TTCA--GC-AAGCCTTT-TAGTAT-C-A-T-T----ACATTGAA--A-TTA-A-CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG--GGT-AATTCGAACCTA-A-TTAT-CT-C--C-T-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TGA--TG-A-AA--CT-----------TG---CACA-----T-ATTGT--AAA-GGACA-TA-TC---AAT-A-------TAGA---T-ATATG--G-AAA---GAGGAAT--G---------------------A---A-----A--TTG--AT--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTG--GCTT-GT-CTGT-C-AATATCCCCCT-TAA
gi|64910 : aaaaATTT--A-ATA-C-TGG-GGCAA-TATTTTTTGGAA-CATTC--T-G--T--AA-AAAT-TCA-ATA-AAA--AATTA-T--TC---AAA--TTCC-AT-T-TT--TTC---GC-AGGCCCTTATACTAT-CCA-T-TCCTTACATAGAACAA-TTAAAACAAT----TTTTT-AA-AGCTAA--GG--AGGTCAATTCAGAC-TG-A-TTAT-CT-CT-CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CAATGA--CG-A-AAAACT-----------TC---CACA-----T-ATTGT--GAAAGGACA-CT-TC---AAT-A-------TAGAACCT-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--A--AA---AGAAAAA--TTC--AAA-TGA-TAAGA--CTCA--TTTTTACAGCTT-GT-CTAT-T-AATATCCCCCT-TAA
gi|64918 : aaaT--A-ATA-CCTGG-G---A-TATGTT---GAA-CATTCATT-GATTTTAA-AAAT-TCA-ATATCAA--A-TTA-TATTC---AAAATT--A-AT-G-TT--T-CA--GC-AG--CTTTATA-TAT-CGA-T-T----ACATCGAA--A-TTA-A-CA------TTTTT-AAAG--TAAAAGGG-AGGT-AATTCGGACCTT-A--TAT-CT-A--CCC-TA--TTCTGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CGACGCG-ACAA--CT-----------TT---GACA-----T-ATAGTACAAA-GAACA-TT-TCGAAAAT-ATACATGTTAGA---T-ATATACAA-AGA---GA--AATCGA--------------A--G--AACCCG-----A--TTG--AA--TGA--A-TA--TT-A--TTT-----GCTT-GT-CTAT-C-AATATCCCCCT-TAA
gi|64902 : T-C-A-T-T----G--TGGAA--AGCTAGA-CA-------------A-A--TAA--GGG-AGAT-AATTAAGTCCGA-A-TTAC-CT-C--CCT-TA--CT-T
gi|64901 : aaatattcaataaatgggatattttgaacattcttgttttaaaattcagcagaaattattcaaatttatttttcagcaggcctttatacatcattacatagaaattaatatttttGAA--G-CTAGA-CA-------------A-A--TAA--GGG-AGAT-AATCAAGTCCGA-A-TTAC-CT-C--CCT-TA--CT-Taacttgcacatattttaaaggacatatcaatatagatatatgaaagaaatgaggaaaattgaatgatagattatttttggcttgtctgtcaatatcccccttaa
gi|64903 : agatatttaatactgggatattttgaacattctttttttttaaattcaataaaaattattcaaattaatttttcagcaggcctttatacatcattacatagaaattaacatttttGAA--G-CTAGA-CA-------------A-A--TAA--GGG-AGAT-AA-TCAGGTCTA-A-TTAC-CTCC--CCT-TA--CT-Tccatgacaaaacttgcacatattgtaaaggacacttcaatatagatatatgaaagaaatgagaagaattgaatgatagattatttttggcatgtctatcaataccccccttaa
gi|64915 : aaatatttaatactgggatattttgaacattcttgtttaaattcaataaaaattattcaaatattttttcagcagacctttatcattaaatagaaattaacatttttaGAA--G-CTAGA-CA-------------A-A--TAA--GGG-AGAT-AA-TCAGGTCCGAA-TTAC-CC-C--CAT-TA--CT-Tccttgacgaaacttccacatattgtaaaggacacttcaatatagatatatgaaataaatgagaaaaattgaatgatagattatttttggcttgtctatcaaatatcccccttaa
gi|64904 : atatttaatactggatattttgaatattcttgtttaaaaattcaataaaaattattcaaattaatttttcagcaggcctttatataacattacatagaaattaacatttttGAA--G-CTAGA-CA------------AA-A--TAA--GGG-A-AT-AA-TCAGGTCTGAA-TTAC-CTCC--CCT-TA--CT-Tccatgacgaaacttgcaatattgtaatggacacttcaatatagatatatgaaagaaatgagaaaaattgaatgatagattattttaggattgtctatcaatatcccacttaa
gi|64907 : aaatatttaatactggatatttttgaacattcttgtttaaaattcaataaaaattaattcaaatattttttcagcagacctttatcttaaatagaaattaacattttttGAA--A-CTAGA-CA-------------A-A--TAA--GGA-AGAT-AAG-CAGGTCCG-AATTAC-CT-C--CCT-TA--CT-Tccttgacgaaacttccacatattgtaaaggacacttcaatatagatatatgaaataaatgagaaaaattgaatgatagattatttttggcttgtctatcaaattccccttaa
gi|64919 : aaatatttgatactgggatactttgaacattcttgcttaaaaattcaataaaaattattcaaattaatttttcagcaggcctttatatatcattgcataaaaattaatattttt------TTGTT-AA-G--TTA--GGG-AG-T-A-TTCGGACCTG-A-TTAT-AT-C--CCTCTATCTC-TGTCC-TA-GCTTAACC-CA--GG--GG-A-AC--CTGAGAGTGGCACTC---CATGACCTTT-GTTAT---AA-AGACATCT-T------T-T-------TAGA---TGATAC---A-AAATGTGA--AAT--GATTAGATAGAATCCA--G--AA---A-----AACCTCTGAACTTGA-TA-GA--TT-A--ATTT-----CTT-Gccgttacgaaaattgcacatattgtaaagtacacttcaatatagatatatgaaagaaatgagaaaaat
gi|64906 : -AA-A--TAA--GGG-AGAT-AA--CAGGTCTGAA-TTAC-CT----CCT-TA--CT-Tcgccagttgtatctaagatttcaatgttctctt
gi|64920 : aaatatttaatactgggaatattttgaaacattcttgtttaaaaattcataaaattattcaaatttatatttttcagcagacctttatatatcattacatcgaaattaacatttttCT-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--C---A-TGA--AGGA-AA--CT-----------TC---CACA-----T-ATTGT----A-GGA-A-CT-TC---AAT---------TAGA---T-ATAT---G--AA---GA--ATT--G--------------A--G--AA---A-----A--TT---AA--TGA-TA-GATTTT-A--TTTTTG--GCAT-GT-TAGT-T-AATATCCCCTT-gcctagcttcccatgacgaaatttctcacacacgttgaaaggacacttcaatataatatgtgaaagaaatgaagaaaaattgaatgatagattattttttggcttgtctattaatatcccccttaa
gi|64921 : -A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A--GA-AA---A-----A--TTG--TA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTG--GCTT-G
gi|64922 : --AAT--G--------------A--GG-AA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-AA--TT-A--TTTTTG--GATT-GT-CTAT-T-AATATCCCCC
gi|64923 : AT--G--------------A--G--AA---A-----A--TTG--AA--TGA-TA-GA--TT-A--TTTTTG--GCTT--T-CTAT-C-AATATCCCCCT-TAA
gi|64924 : ---A-----G--TTG--AA--TGA-TA-TA--TT-A--TTTTTG--GCTT-GT-CTAT-C-AATATCCCCCT-TAA
gi|64925 : A--TGA-TA-GA--TA-A--TTTTTA--GCTT-GC-CTAT-C-AATATCCCCCT-TAA
gi|64926 : A--TT-A--TTTTTG--GCTT-GT-CTGT-C-ATTATCCCCCT-TAA
gi|64913 : TTTG--GCTT-GT-CTAT-C-AATATCCCCCT-TAA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 222222222222222222222 1111
lowQualScore : 33 2 2 4 2 888 2 888 2 4 2 33 2 2 4 4 55 2 2 33 333 4 1111 444 2 33 33 2 0 4 2 4 2 2 5555 33 2 33 000000 2 4 33 33 4 2 2 55 2 55 2 2 2 2 33 2 55 444 33 33 4 2 777 1 444 2 5555 2 55 2 2 2 444 9999999 333 2 666 2 333 22 22 111111111111111111111 555 1111 22 1 1 22 1 44 1 22 44 333 1 22 1 44444 3 1
lowQualScore : .. . . . . ... . ... . . . .. . . . . .. . . .. ... . .... ... . .. .. . . . . . . . .... .. . .. ...... . . .. .. . . . .. . .. . . . . .. . .. ... .. .. . . ... . ... . .... . .. . . . ... ....... ... . ... . ... .. .. ..................... ... .... .. . . .. . .. . .. .. ... . .. . ..... . .
lowQualScore : 11 2 2 4 2 333 2 333 2 4 2 11 2 2 4 4 33 2 2 11 999 4 4444 999 2 11 11 2 6 7 4 7 4 4 0000 44 5 44 000000 4 7 22 22 7 4 5 99 4 66 4 4 4 4 22 4 11 111 22 22 7 4 444 0 111 4 0000 4 66 4 4 4 111 4444444 999 2 111 2 999 99 88 000000000000000000000 222 2222 66 9 9 55 8 33 8 44 11 000 7 44 8 55555 6 9
consensus : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
Reference ( family-631 ) : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-N--A-T-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTNCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64901 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-T--TTTTTTAAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--A-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AAG--AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---AT-G--T-CTA-----TC-AATACCCCCCT-TAA
gi|64902 : agATATTC--A-ATA-AATGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTTA-AAAT-TCA-GCA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--T-A-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTAATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--TC-CA-CA---A--T--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTT-T--A-AAGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AG---G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64903 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-A--T-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T----A-T-T-TT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C-A-T-T----AAATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AAAG--TAA--GGGGAGGT-AATT-AGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TCAAATATCCCCCT-TAA
gi|64904 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTTT--GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AA-T-TCA-ATA-AAA--A-TTAAT--TC---AAA-T----A-T-T-TT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C---T-T----AAATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTTTAA-G--TAA--GGGGAGGT-AATTCAGACCTGATTAT--TC--CCT-TAT-TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AA-ATTCCCCT-TAA
gi|64905 : aaATTT--ATATA-C-TGG-G---A-TGTTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-GTA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-T-TT--TTCA--GC-AAGCCTTT-TAGTAT-C-A-T-T----ACATTGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG--GGT-AATTCGAACCTAATTAT-CTC--C-T-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--T--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ATATG--G-AAA---GAGGAAT--G----------------------A---AA----TTGAT--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64906 : aaaaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---AATATTTT---GAAACATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TC--AT--AAA--A-TTA-T--TC---AAATT-T--A-TAT-TT--TTCA--GC-AGACCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATCGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA---GG-AGGT-AATTCAGACCTG-TTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGC-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AATTTCTCACA---CAC-G----TTG----A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TA-A---T-ATGT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AAG--A-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-AT-T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64907 : aaATATTT--G-ATA-C-TGG-G---A-TACTTT---GAA-CATTC-TT-G--CTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----GCATAAAA--ATTA-A--TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGCTTAT-CTT--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GTTT--CC-CG-TT---A--C--G-A-AA---ATTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGTACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----
gi|64908 : aaATATT---A-ATA-C-TGG-A---A-AATTTT---GAA-CATT--TT-G--TTCAG-ATAT-TC-------AA--A-TTA------------------A-T-T-TT--TTCA--GCAAGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA-------TTTT-AA-G--TAA--GG---GGT-AATT-GGA-CTGATGA--CTC--CCT-TA---T-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A-----TG-T--A-AAGGACA-CT------AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---G---AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTC--G--GC---TT-G--TCCTA-----TCTAATATCCCCCT-TAAat
gi|64909 : aaTATTT--T-ATAAC-TGG-GT--A-T-TTTT---GAA-CATTC-TTTG--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AGAGAA-TTA-T--TCGCAAGA-T-T--A-T-T-TTGTTTCAAGGC-AGGCCTTT-TA-TAT-C-AAT-T----ACATAGAA---TTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GT--AGGT-AATTCAGACCTGATTAT-CTCTCCCT-TA--TT-TGT-CGTAAGCTT--CCGCA-TG---A--C--GGA-AA---CTTTCA---CAT-A----TTG-T--G-AAGGACA-CTGTC---AATAA------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AAAG--TTCAA--TGATTA-GA--TT-A--TGTTTTTAG--GC---TT-G--T-CTA-----TT--ATATCGCCCTGTAA
gi|64910 : aacATTT--A-ATA-C-TGG-GGCAA-TATTTTTTGGAA-CATTC-T--G--T--AA-AAAT-TCA-ATA-AAA--AATTA-T--TC---AAA-T-TCCA-T-T-TT--TTC---GC-AGGCCCTTATACTAT-CCA-T-TCCTTACATAGAACAATTA-AAACAAT----TTTTT-AA-AGCTAA--GG--AGGTCAATTCAGAC-TGATTAT-CTCT-CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CAATG---A--C--G-A-AAAA-CTTCCA---CAT-A----TTG-TG-A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGAACCT-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AAAAAG-AA---AAAT--TCAAA--TGA-TAAGA--CTCA--T-TTTT--ACAGC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64911 : aaaATATCT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GTA-CATTT-CT-G--TT-AA-CTAT-TAA-GTG-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-A--A-C-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTGAA-TAT-T-C-T-T----ACATAGAA--AATA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGA-AGGT-TATTCAGACCAAATTAT-ATC--AAT-TA--TT-AGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CA---C--C--A-A-AA---CGCGCA---CAT-A----TAA-T--A-ACAGATA-CT-TT---AATA-------T--A---T-ATGG---A-AAA---GA--AAT--G--------------AG---G-AA---AA----TTGAA--AAA-TA-AA--TT-A--T-TTTT--G--GA---TT-A--T-ATA-----TC-AATA-ACCCCT-TAA
gi|64912 : aaATATTTTAA-ATA-C-TGG-GG--A-TATTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTGA-AAAT-TCAGGTG-AAA--A-TTA-A--TC---AAA-TCC--A-T-T-TT--CT----GC-AGGTCTTTTTA-TAT-T-A-T-T----ACGAAG-A--ATTA-A--CCTTTTTTTTTTT-AC-G--TAA--GGG-AGGA-AA
gi|64913 : aaATAGTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TG-G--TTTAA-AAAT-TGA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-T-TT--TTCA--GC-AGGCCT
gi|64913 : aaTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggcttgtctatcaatatcccccttaa
gi|64914 : aaatagttaatactgggatattttgaacattctggtttaaaaattgaataaaaattattcaaattattttttcagcaggcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAGTT--A-ATA-A-TGGCG---A-TATTTTA--GCA-CATTGATT-G--T--AA-CAAT--CATATA-AAAG-A-TCA-T--TC---AAA-T-T--ATT-T-TT--TTCA--GC-AGGCC----TA-TAT-T-A-T-T----A
gi|64915 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTT---GAA-TATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAA-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--TGG-GGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTGCA----AT-A----TTG-T--A-ATGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTA--G--GA---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCACT-TAA
gi|64916 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-CT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-A--A-T-T-TT--TTCA--GC-AGGCCTCTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTAGA--CA------TTGTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCAGACCTGATTGT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--G-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTCAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--A--GC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64917 : ATATTT--A-TTA---TGA-G---A-TATTAT---GA--CATTC-TT-G--TTGAA-AATTCTCA-GTAGAAA--A-TTA-T--TT---TAA---A--A-T-TGTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TATTC-A-TGT----ACATGGTC--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GTG-AGGT-AATTCAGACCTAATTATAATC--CCT-TA--TT-TGT-T-AA-GCTT---C-CA-CT---A--T--G-A-AA----TTGCA---CATAA----TTG-T--A-ATGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ACAT---GAAAA---GA--AAT--T--------------AAG--G-AA---AA----TTT-A--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTGT--G--GC---TTGG--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64918 : T--A-ATA-CCTGG-G---A-TATGTT---GAA-CATTCATT-GATTTTAA-AAAT-TCA-ATATCAA--A-TTA-TATTC---AAAAT-T--A-A-T-GT--TTCA--GC-AG--CTTTATA-TAT-CGA-T-T----ACATCGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AAAG--TAAAAGGG-AGGT-AATTCGGACCTTA-TAT-CTA--CCC-TA--TTCTGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---ACGC--G-ACAA---CTTTGA---CAT-A----TAG-TACA-AAGAACA-TT-TCGAAAATATACATGTTAGA---T-ATATACAA-AGA---GA--AATCGA--------------A----G-AACCCGA----TTGAA--TGA--A-TA--TT-A--T-TT-------GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64919 : ------TTGTT-AA-G--TTA--GGG-AG-T-A-TTCGGACCTGATTAT-ATC--CCTCTATCTC-TGTCC-TA-GCTTAACC-CA-GGGGAA--CCTG-A-GA---GTGGCACTCCAT-GACCTTTGTT--ATAAAGACATCT-T------TT-------TAGA---TGATAC---A-AAATGTGA--AAT--GATTAGATAGAATCCA----G-AA---AAACCTCTGAACTTGA-TA-GA--TT-AATT-TCTT--GC-GCCAGTT-GTAT-CTAAGATTTC-AATGTTCTCTT-
gi|64920 : CT-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--C---A-TG---A--A--GGA-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T-----AGGA-A-CT-TC---AAT--------TAGA---T-ATAT---G--AA---GA--ATT--G--------------A----G-AA---AA----TT-AA--TGA-TA-GATTTT-A--T-TTTT--G--GC---AT-G--T-TAG-----TT-AATATCCCCTT-
gi|64921 : A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AAA---TTGTA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--
gi|64922 : --AAT--G--------------A----GGAA---AA----TTGAA--TGA-TA-AA--TT-A--T-TTTT--G--GA---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCC
gi|64923 : AT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT----T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64924 : ---AG----TTGAA--TGA-TA-TA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64925 : A--TGA-TA-GA--TA-A--T-TTTT--A--GC---TT-G--C-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64926 : A--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-ATTATCCCCCT-TAA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222222222 1111
lowQualScore : 33 2 2 4 2 888 2 888 2 4 2 33 2 2 4 4 55 2 2 33 666 4 7777 444 33 33 2 0 4 2 4 2 2 5555 33 2 33 000000 2 4 33 33 4 2 2 55 2 55 2 2 2 2 33 2 55 444 33 33 4 2 777 1 444 2 5555 2 55 2 2 2 444 9999999 333 2 666 2 333 22 22 111111111111111111111 555 1111 22 1 1 22 1 44 1 22 44 333 1 22 1 44444 3 1
lowQualScore : .. . . . . ... . ... . . . .. . . . . .. . . .. ... . .... ... .. .. . . . . . . . .... .. . .. ...... . . .. .. . . . .. . .. . . . . .. . .. ... .. .. . . ... . ... . .... . .. . . . ... ....... ... . ... . ... .. .. ..................... ... .... .. . . .. . .. . .. .. ... . .. . ..... . .
lowQualScore : 11 2 2 4 2 333 2 333 2 4 2 11 2 2 4 4 33 2 2 11 999 4 7777 999 11 11 2 6 7 4 7 4 4 0000 44 5 44 000000 4 7 22 22 7 4 5 99 4 66 4 4 4 4 22 4 11 111 22 22 7 4 444 2 111 4 0000 4 66 4 4 4 111 4444444 999 2 111 2 999 99 88 000000000000000000000 222 2222 66 9 9 55 8 33 8 44 11 000 7 44 8 55555 6 9
consensus : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
Reference ( family-631 ) : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64901 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-T--TTTTTTAAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--A-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AAG--AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---AT-G--T-CTA-----TC-AATACCCCCCT-TAA
gi|64902 : agATATTC--A-ATA-AATGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTTA-AAAT-TCA-GCA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--T-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTAATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--TC-CA-CA---A--T--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTT-T--A-AAGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AG---G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64903 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-A--T-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T----A-T-TTT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C-A-T-T----AAATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AAAG--TAA--GGGGAGGT-AATT-AGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TCAAATATCCCCCT-TAA
gi|64904 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTTT--GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AA-T-TCA-ATA-AAA--A-TTAAT--TC---AAA-T----A-T-TTT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C---T-T----AAATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTTTAA-G--TAA--GGGGAGGT-AATTCAGACCTGATTAT--TC--CCT-TAT-TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AA-ATTCCCCT-TAA
gi|64905 : aaATTT--ATATA-C-TGG-G---A-TGTTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-GTA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AAGCCTTT-TAGTAT-C-A-T-T----ACATTGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG--GGT-AATTCGAACCTAATTAT-CTC--C-T-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--T--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ATATG--G-AAA---GAGGAAT--G----------------------A---AA----TTGAT--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64906 : aaaaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---AATATTTT---GAAACATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TC--AT--AAA--A-TTA-T--TC---AAATT-T--A-TATTT--TTCA--GC-AGACCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATCGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA---GG-AGGT-AATTCAGACCTG-TTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGC-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AATTTCTCACA---CAC-G----TTG----A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TA-A---T-ATGT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AAG--A-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-AT-T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64907 : aaATATTT--G-ATA-C-TGG-G---A-TACTTT---GAA-CATTC-TT-G--CTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----GCATAAAA--ATTA-A--TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGCTTAT-CTT--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GTTT--CC-CG-TT---A--C--G-A-AA---ATTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGTACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----
gi|64908 : aaATATT---A-ATA-C-TGG-A---A-AATTTT---GAA-CATT--TT-G--TTCAG-A--------------------TA-T--TC---AAA-T-TA-A-T-TTT--TTCA--GCAAGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA-------TTTT-AA-G--TAA--GG---GGT-AATT-GGA-CTGATGA--CTC--CCT-TA---T-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A-----TG-T--A-AAGGACA-CT------AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---G---AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTC--G--GC---TT-G--TCCTA-----TCTAATATCCCCCT-TAAat
gi|64909 : aaTATTT--T-ATAAC-TGG-GT--A-T-TTTT---GAA-CATTC-TTTG--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AGAGAA-TTA-T--TCGCAAGA-T-T--A-T-TTTGTTTCAAGGC-AGGCCTTT-TA-TAT-C-AAT-T----ACATAGAA---TTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GT--AGGT-AATTCAGACCTGATTAT-CTCTCCCT-TA--TT-TGT-CGTAAGCTT--CCGCA-TG---A--C--GGA-AA---CTTTCA---CAT-A----TTG-T--G-AAGGACA-CTGTC---AATAA------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AAAG--TTCAA--TGATTA-GA--TT-A--TGTTTTTAG--GC---TT-G--T-CTA-----TT--ATATCGCCCTGTAA
gi|64910 : aacATTT--A-ATA-C-TGG-GGCAA-TATTTTTTGGAA-CATTC-T--G--T--AA-AAAT-TCA-ATA-AAA--AATTA-T--TC---AAA-T-TCCA-T-TTT--TTC---GC-AGGCCCTTATACTAT-CCA-T-TCCTTACATAGAACAATTA-AAACAAT----TTTTT-AA-AGCTAA--GG--AGGTCAATTCAGAC-TGATTAT-CTCT-CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CAATG---A--C--G-A-AAAA-CTTCCA---CAT-A----TTG-TG-A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGAACCT-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AAAAAG-AA---AAAT--TCAAA--TGA-TAAGA--CTCA--T-TTTT--ACAGC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64911 : aaaATATCT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GTA-CATTT-CT-G--TT-AA-CTAT-TAA-GTG-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-A--A-C-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTGAA-TAT-T-C-T-T----ACATAGAA--AATA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGA-AGGT-TATTCAGACCAAATTAT-ATC--AAT-TA--TT-AGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CA---C--C--A-A-AA---CGCGCA---CAT-A----TAA-T--A-ACAGATA-CT-TT---AATA-------T--A---T-ATGG---A-AAA---GA--AAT--G--------------AG---G-AA---AA----TTGAA--AAA-TA-AA--TT-A--T-TTTT--G--GA---TT-A--T-ATA-----TC-AATA-ACCCCT-TAA
gi|64912 : aaATATTTTAA-ATA-C-TGG-GG--A-TATTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTGA-AAAT-TCAGGTG-AAA--A-TTA-A--TC---AAA-TCC--A-T-TTT--CT----GC-AGGTCTTTTTA-TAT-T-A-T-T----ACGAAG-A--ATTA-A--CCTTTTTTTTTTT-AC-G--TAA--GGG-AGGA-AA
gi|64913 : aaATAGTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TG-G--TTTAA-AAAT-TGA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCT
gi|64913 : aaTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggcttgtctatcaatatcccccttaa
gi|64914 : aaatagttaatactgggatattttgaacattctggtttaaaaattgaataaaaattattcaaattattttttcagcaggcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAGTT--A-ATA-A-TGGCG---A-TATTTTA--GCA-CATTGATT-G--T--AA-CAAT--CATATA-AAAG-A-TCA-T--TC---AAA-T-T--ATT-TTT--TTCA--GC-AGGCC----TA-TAT-T-A-T-T----A
gi|64915 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTT---GAA-TATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAA-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--TGG-GGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTGCA----AT-A----TTG-T--A-ATGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTA--G--GA---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCACT-TAA
gi|64916 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-CT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-A--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTCTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTAGA--CA------TTGTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCAGACCTGATTGT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--G-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTCAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--A--GC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64917 : ATATTT--A-TTA---TGA-G---A-TATTAT---GA--CATTC-TT-G--TTGAA-AATTCTCA-GTAGAAA--A-TTA-T--TTTA-AAA-T-T--G-T-TTT----CA--GC-AGGCCTTTATA-TATTC-A-TGT----ACATGGTC--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GTG-AGGT-AATTCAGACCTAATTATAATC--CCT-TA--TT-TGT-T-AA-GCTT---C-CA-CT---A--T--G-A-AA----TTGCA---CATAA----TTG-T--A-ATGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ACAT---GAAAA---GA--AAT--T--------------AAG--G-AA---AA----TTT-A--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTGT--G--GC---TTGG--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64918 : T--A-ATA-CCTGG-G---A-TATGTT---GAA-CATTCATT-GATTTTAA-AAAT-TCA-ATATCAA--A-TTA-TATTC---AAAAT-T--A-A-TGT--TTCA--GC-AG--CTTTATA-TAT-CGA-T-T----ACATCGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AAAG--TAAAAGGG-AGGT-AATTCGGACCTTA-TAT-CTA--CCC-TA--TTCTGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---ACGC--G-ACAA---CTTTGA---CAT-A----TAG-TACA-AAGAACA-TT-TCGAAAATATACATGTTAGA---T-ATATACAA-AGA---GA--AATCGA--------------A----G-AACCCGA----TTGAA--TGA--A-TA--TT-A--T-TT-------GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64919 : ------TTGTT-AA-G--TTA--GGG-AG-T-A-TTCGGACCTGATTAT-ATC--CCTCTATCTC-TGTCC-TA-GCTTAACC-CA-GGGGAA--CCTG-A-GA---GTGGCACTCCAT-GACCTTTGTT--ATAAAGACATCT-T------TT-------TAGA---TGATAC---A-AAATGTGA--AAT--GATTAGATAGAATCCA----G-AA---AAACCTCTGAACTTGA-TA-GA--TT-AATT-TCTT--GC-GCCAGTT-GTAT-CTAAGATTTC-AATGTTCTCTT-
gi|64920 : CT-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--C---A-TG---A--A--GGA-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T-----AGGA-A-CT-TC---AAT--------TAGA---T-ATAT---G--AA---GA--ATT--G--------------A----G-AA---AA----TT-AA--TGA-TA-GATTTT-A--T-TTTT--G--GC---AT-G--T-TAG-----TT-AATATCCCCTT-
gi|64921 : A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AAA---TTGTA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--
gi|64922 : --AAT--G--------------A----GGAA---AA----TTGAA--TGA-TA-AA--TT-A--T-TTTT--G--GA---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCC
gi|64923 : AT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT----T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64924 : ---AG----TTGAA--TGA-TA-TA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64925 : A--TGA-TA-GA--TA-A--T-TTTT--A--GC---TT-G--C-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64926 : A--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-ATTATCCCCCT-TAA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222222222222 1111
lowQualScore : 33 2 2 4 2 888 2 888 2 4 2 33 2 2 4 4 55 2 2 33 666 4 7777 444 33 33 2 0 4 2 4 2 2 5555 33 2 33 000000 2 4 33 33 4 2 2 55 2 55 2 2 2 2 33 2 55 444 33 33 4 2 777 1 444 2 5555 2 55 2 2 2 444 9999999 333 2 666 2 333 22 22 111111111111111111111 555 1111 22 1 1 22 1 44 1 22 44 333 1 22 1 44444 3 1
lowQualScore : .. . . . . ... . ... . . . .. . . . . .. . . .. ... . .... ... .. .. . . . . . . . .... .. . .. ...... . . .. .. . . . .. . .. . . . . .. . .. ... .. .. . . ... . ... . .... . .. . . . ... ....... ... . ... . ... .. .. ..................... ... .... .. . . .. . .. . .. .. ... . .. . ..... . .
lowQualScore : 11 2 2 4 2 333 2 333 2 4 2 11 2 2 4 4 33 2 2 11 999 4 7777 999 11 11 2 6 7 4 7 4 4 0000 44 5 44 000000 4 7 22 22 7 4 5 99 4 66 4 4 4 4 22 4 11 111 22 22 7 4 444 2 111 4 0000 4 66 4 4 4 111 4444444 999 2 111 2 999 99 88 000000000000000000000 222 2222 66 9 9 55 8 33 8 44 11 000 7 44 8 55555 6 9
consensus : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
Reference ( family-631 ) : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64901 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-T--TTTTTTAAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--A-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AAG--AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---AT-G--T-CTA-----TC-AATACCCCCCT-TAA
gi|64902 : agATATTC--A-ATA-AATGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTTA-AAAT-TCA-GCA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--T-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTAATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--TC-CA-CA---A--T--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTT-T--A-AAGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AG---G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64903 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-A--T-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T----A-T-TTT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C-A-T-T----AAATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AAAG--TAA--GGGGAGGT-AATT-AGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TCAAATATCCCCCT-TAA
gi|64904 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTTT--GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AA-T-TCA-ATA-AAA--A-TTAAT--TC---AAA-T----A-T-TTT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C---T-T----AAATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTTTAA-G--TAA--GGGGAGGT-AATTCAGACCTGATTAT--TC--CCT-TAT-TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AA-ATTCCCCT-TAA
gi|64905 : aaATTT--ATATA-C-TGG-G---A-TGTTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-GTA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AAGCCTTT-TAGTAT-C-A-T-T----ACATTGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG--GGT-AATTCGAACCTAATTAT-CTC--C-T-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--T--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ATATG--G-AAA---GAGGAAT--G----------------------A---AA----TTGAT--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64906 : aaaaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---AATATTTT---GAAACATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TC--AT--AAA--A-TTA-T--TC---AAATT-T--A-TATTT--TTCA--GC-AGACCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATCGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA---GG-AGGT-AATTCAGACCTG-TTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGC-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AATTTCTCACA---CAC-G----TTG----A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TA-A---T-ATGT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AAG--A-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-AT-T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64907 : aaATATTT--G-ATA-C-TGG-G---A-TACTTT---GAA-CATTC-TT-G--CTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----GCATAAAA--ATTA-A--TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGCTTAT-CTT--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GTTT--CC-CG-TT---A--C--G-A-AA---ATTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGTACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----
gi|64908 : aaATATT---A-ATA-C-TGG-A---A-AATTTT---GAA-CATT--TT-G--TTCAG-A--------------------TA-T--TC---AAA-T-TA-A-T-TTT--TTCA--GCAAGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA-------TTTT-AA-G--TAA--GG---GGT-AATT-GGA-CTGATGA--CTC--CCT-TA---T-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A-----TG-T--A-AAGGACA-CT------AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---G---AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTC--G--GC---TT-G--TCCTA-----TCTAATATCCCCCT-TAAat
gi|64909 : aaTATTT--T-ATAAC-TGG-GT--A-T-TTTT---GAA-CATTC-TTTG--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AGAGAA-TTA-T--TCGCAAGA-T-T--A-T-TTTGTTTCAAGGC-AGGCCTTT-TA-TAT-C-AAT-T----ACATAGAA---TTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GT--AGGT-AATTCAGACCTGATTAT-CTCTCCCT-TA--TT-TGT-CGTAAGCTT--CCGCA-TG---A--C--GGA-AA---CTTTCA---CAT-A----TTG-T--G-AAGGACA-CTGTC---AATAA------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AAAG--TTCAA--TGATTA-GA--TT-A--TGTTTTTAG--GC---TT-G--T-CTA-----TT--ATATCGCCCTGTAA
gi|64910 : aacATTT--A-ATA-C-TGG-GGCAA-TATTTTTTGGAA-CATTC-T--G--T--AA-AAAT-TCA-ATA-AAA--AATTA-T--TC---AAA-T-TCCA-T-TTT--TTC---GC-AGGCCCTTATACTAT-CCA-T-TCCTTACATAGAACAATTA-AAACAAT----TTTTT-AA-AGCTAA--GG--AGGTCAATTCAGAC-TGATTAT-CTCT-CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CAATG---A--C--G-A-AAAA-CTTCCA---CAT-A----TTG-TG-A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGAACCT-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------AAAAAG-AA---AAAT--TCAAA--TGA-TAAGA--CTCA--T-TTTT--ACAGC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64911 : aaaATATCT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GTA-CATTT-CT-G--TT-AA-CTAT-TAA-GTG-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-A--A-C-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTGAA-TAT-T-C-T-T----ACATAGAA--AATA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGA-AGGT-TATTCAGACCAAATTAT-ATC--AAT-TA--TT-AGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CA---C--C--A-A-AA---CGCGCA---CAT-A----TAA-T--A-ACAGATA-CT-TT---AATA-------T--A---T-ATGG---A-AAA---GA--AAT--G--------------AG---G-AA---AA----TTGAA--AAA-TA-AA--TT-A--T-TTTT--G--GA---TT-A--T-ATA-----TC-AATA-ACCCCT-TAA
gi|64912 : aaATATTTTAA-ATA-C-TGG-GG--A-TATTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTGA-AAAT-TCAGGTG-AAA--A-TTA-A--TC---AAA-TCC--A-T-TTT--CT----GC-AGGTCTTTTTA-TAT-T-A-T-T----ACGAAG-A--ATTA-A--CCTTTTTTTTTTT-AC-G--TAA--GGG-AGGA-AA
gi|64913 : aaATAGTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TG-G--TTTAA-AAAT-TGA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCT
gi|64913 : aaTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggcttgtctatcaatatcccccttaa
gi|64914 : aaatagttaatactgggatattttgaacattctggtttaaaaattgaataaaaattattcaaattattttttcagcaggcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAGTT--A-ATA-A-TGGCG---A-TATTTTA--GCA-CATTGATT-G--T--AA-CAAT--CATATA-AAAG-A-TCA-T--TC---AAA-T-T--ATT-TTT--TTCA--GC-AGGCC----TA-TAT-T-A-T-T----A
gi|64915 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTT---GAA-TATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAA-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--TGG-GGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTGCA----AT-A----TTG-T--A-ATGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----GAAA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTA--G--GA---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCACT-TAA
gi|64916 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-CT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-A--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTCTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTAGA--CA------TTGTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCAGACCTGATTGT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--G-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTCAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--A--GC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64917 : ATATTT--A-TTA---TGA-G---A-TATTAT---GA--CATTC-TT-G--TTGAA-AATTCTCA-GTAGAAA--A-TTA-T--TTTA-AAA-T-T--G-T-TTT----CA--GC-AGGCCTTTATA-TATTC-A-TGT----ACATGGTC--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GTG-AGGT-AATTCAGACCTAATTATAATC--CCT-TA--TT-TGT-T-AA-GCTT---C-CA-CT---A--T--G-A-AA----TTGCA---CATAA----TTG-T--A-ATGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ACAT---GAAAA---GA--AAT--T--------------AAG--G-AA---AA----TTT-A--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTGT--G--GC---TTGG--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64918 : T--A-ATA-CCTGG-G---A-TATGTT---GAA-CATTCATT-GATTTTAA-AAAT-TCA-ATATCAA--A-TTA-TATTC---AAAAT-T--A-A-TGT--TTCA--GC-AG--CTTTATA-TAT-CGA-T-T----ACATCGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AAAG--TAAAAGGG-AGGT-AATTCGGACCTTA-TAT-CTA--CCC-TA--TTCTGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---ACGC--G-ACAA---CTTTGA---CAT-A----TAG-TACA-AAGAACA-TT-TCGAAAATATACATGTTAGA---T-ATATACAA-AGA---GA--AATCGA--------------A----G-AACCCGA----TTGAA--TGA--A-TA--TT-A--T-TT-------GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64919 : ------TTGTT-AA-G--TTA--GGG-AG-T-A-TTCGGACCTGATTAT-ATC--CCTCTATCTC-TGTCC-TA-GCTTAACC-CA-GGGGAA--CCTG-A-GA---GTGGCACTCCAT-GACCTTTGTT--ATAAAGACATCT-T------TT-------TAGA---TGATAC---A-AAATGTGA--AAT--GATTAGATAGAATCCA----G-AA---AAACCTCTGAACTTGA-TA-GA--TT-AATT-TCTT--GC-GCCAGTT-GTAT-CTAAGATTTC-AATGTTCTCTT-
gi|64920 : CT-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--C---A-TG---A--A--GGA-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T-----AGGA-A-CT-TC---AAT--------TAGA---T-ATAT---G--AA---GA--ATT--G--------------A----G-AA---AA----TT-AA--TGA-TA-GATTTT-A--T-TTTT--G--GC---AT-G--T-TAG-----TT-AATATCCCCTT-
gi|64921 : A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AAA---TTGTA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--
gi|64922 : --AAT--G--------------A----GGAA---AA----TTGAA--TGA-TA-AA--TT-A--T-TTTT--G--GA---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCC
gi|64923 : AT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT----T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64924 : ---AG----TTGAA--TGA-TA-TA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64925 : A--TGA-TA-GA--TA-A--T-TTTT--A--GC---TT-G--C-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64926 : A--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-ATTATCCCCCT-TAA
blockSeqs : TA T A A C GCA A TTG A A T AT . C G G GA A A AT GCA T TCC TA GT AG A G T C A G CCTT CA G AA TTTTTT T A GC AA G C A TC C TC C C G A AA G AT GGA CG CT G C TTT G CTC A ACCT T AC T T G GAA TACATGT ACC G ACA A TGT GG CG ATTAGATAGAATCCAG CCC ACCT CT T A TT C AT G TA CA CAG G TA C AGATT A G
blockSeqs : . . . C . T . T . A . . . . T T G . . . TA A TA TT . . . C . G . . . . . . AT . A . . G . . T . T . . . . . . C . . . G . AA C . . . . G . . . . A . . G . . . . AAAAAG . AG . . . . . T . . C . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . CC A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AAGA . AT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AAGG . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AGG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AGG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AGG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : AGA****************** ***
originalCons : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--G--------------A----G-AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
finalCons : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AAT--GAGA------------------AA---AA----TTGAA--TGA-TA-GA--TT-A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111111
lowQualScore : 33 2 2 4 2 888 2 888 2 4 2 33 2 2 4 4 55 2 2 33 666 4 7777 444 33 33 2 0 4 2 4 2 2 5555 33 2 33 000000 2 4 33 33 4 2 2 55 2 55 2 2 2 2 33 2 55 444 33 33 4 2 777 1 444 2 5555 2 55 2 2 2 444 9999999 333 2 666 2 333 22 2 2 33333333333333 4444 333 555 2 22 1 1 44 44 1 22 44 333 1 22 1 44444 3 1
lowQualScore : .. . . . . ... . ... . . . .. . . . . .. . . .. ... . .... ... .. .. . . . . . . . .... .. . .. ...... . . .. .. . . . .. . .. . . . . .. . .. ... .. .. . . ... . ... . .... . .. . . . ... ....... ... . ... . ... .. . . .............. .... ... ... . .. . . .. .. . .. .. ... . .. . ..... . .
lowQualScore : 11 2 2 4 2 333 2 333 2 4 2 11 2 2 4 4 33 2 2 11 999 4 7777 999 11 11 2 6 7 4 7 4 4 0000 44 5 44 000000 4 7 22 22 7 4 5 99 4 66 4 4 4 4 22 4 11 111 22 22 7 4 444 2 111 4 0000 4 66 4 4 4 111 4444444 999 2 111 2 999 99 0 0 88888888888888 2222 333 222 0 66 9 9 33 33 8 44 11 000 7 44 8 55555 6 9
consensus : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GAAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
Reference ( family-631 ) : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GAAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64901 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-T--TTTTTTAAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--A-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GAAG---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---AT-G--T-CTA-----TC-AATACCCCCCT-TAA
gi|64902 : agATATTC--A-ATA-AATGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTTA-AAAT-TCA-GCA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--T-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-CAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACTTAATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--TC-CA-CA---A--T--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTT-T--A-AAGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GGAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64903 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-A--T-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T----A-T-TTT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C-A-T-T----AAATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AAAG--TAA--GGGGAGGT-AATT-AGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AA-T-G--------------A----GAAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TCAAATATCCCCCT-TAA
gi|64904 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTTT--GAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AA-T-TCA-ATA-AAA--A-TTAAT--TC---AAA-T----A-T-TTT--TTCA--GC-AGACCTTTAT------C---T-T----AAATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTTTAA-G--TAA--GGGGAGGT-AATTCAGACCTGATTAT--TC--CCT-TAT-TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CT-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---TA--AA-T-G--------------A----GAAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AA-ATTCCCCT-TAA
gi|64905 : aaATTT--ATATA-C-TGG-G---A-TGTTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-GTA-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AAGCCTTT-TAGTAT-C-A-T-T----ACATTGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG--GGT-AATTCGAACCTAATTAT-CT---CCT-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--T--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ATATG--G-AAA---GAGGAA-T-G----------------------A---AA---TT-GAT--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64906 : aaaaATATTT--A-ATA-C-TGG-G---AATATTTT---GAAACATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TC--AT--AAA--A-TTA-T--TC---AAATT-T--A-TATTT--TTCA--GC-AGACCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATCGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA---GG-AGGT-AATTCAGACCTG-TTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGC-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AATTTCTCACA---CAC-G----TTG----A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TA-A---T-ATGT---G-AAA---GA--AA-T-GA-------------A----GAAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--AT-T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64907 : aaATATTT--G-ATA-C-TGG-G---A-TACTTT---GAA-CATTC-TT-G--CTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----GCATAAAA--ATTA-A--TA------TTTTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCGGACCTGCTTAT-CTT--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GTTT--CC-CG-TT---A--C--G-A-AA---ATTGCA---CAT-A----TTG-T--A-AAGTACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GAAA---AA---T
gi|64908 : aaATATT---A-ATA-C-TGG-A---A-AATTTT---GAA-CATT--TT-G--TTCAG-A--------------------TA-T--TC---AAA-T-TA-A-T-TTT--TTCA--GCAAGGCCTTTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA-------TTTT-AA-G--TAA--GG---GGT-AATT-GGA-CTGATGA--CTC--CCT-TA---T-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTGCA---CAT-A-----TG-T--A-AAGGACA-CT------AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---G---AA-T-G--------------A----GAAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTC--G--GC---TT-G--TCCTA-----TCTAATATCCCCCT-TAA
gi|64909 : aaTATTT--T-ATAAC-TGG-GT--A-T-TTTT---GAA-CATTC-TTTG--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AGAGAA-TTA-T--TCGCAAGA-T-T--A-T-TTTGTTTCAAGGC-AGGCCTTT-TA-TAT-C-AAT-T----ACATAGAA---TTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GT--AGGT-AATTCAGACCTGATTAT-CTCTCCCT-TA--TT-TGT-CGTAAGCTT--CCGCA-TG---A--C--GGA-AA---CTTTCA---CAT-A----TTG-T--G-AAGGACA-CTGTC---AATAA------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GAAA---AAG--TT-CAA--TGATTA-GATT--A--TGTTTTTAG--GC---TT-G--T-CTA-----TT--ATATCGCCCTGTAA
gi|64910 : aacATTT--A-ATA-C-TGG-GGCAA-TATTTTTTGGAA-CATTC-T--G--T--AA-AAAT-TCA-ATA-AAA--AATTA-T--TC---AAA-T-TCCA-T-TTT--TTC---GC-AGGCCCTTATACTAT-CCA-T-TCCTTACATAGAACAATTA-AAACAAT----TTTTT-AA-AGCTAA--GG--AGGTCAATTCAGAC-TGATTAT-CTCT-CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CAATG---A--C--G-A-AAAA-CTTCCA---CAT-A----TTG-TG-A-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGAACCT-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------AAAAAGAAA---AA---TTCAAA--TGA-TAAGACTC-A--T-TTTT--ACAGC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64911 : aaaATATCT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GTA-CATTT-CT-G--TT-AA-CTAT-TAA-GTG-GAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-A--A-C-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTGAA-TAT-T-C-T-T----ACATAGAA--AATA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GGA-AGGT-TATTCAGACCAAATTAT-ATC--AAT-TA--TT-AGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CA---C--C--A-A-AA---CGCGCA---CAT-A----TAA-T--A-ACAGATA-CT-TT---AATA-------T--A---T-ATGG---A-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GGAA---AA---TT-GAA--AAA-TA-AATT--A--T-TTTT--G--GA---TT-A--T-ATA-----TC-AATA-ACCCCT-TAA
gi|64912 : aaATATTTTAA-ATA-C-TGG-GG--A-TATTTT---AAA-CATTC-TT-G--TTTGA-AAAT-TCAGGTG-AAA--A-TTA-A--TC---AAA-TCC--A-T-TTT--CT----GC-AGGTCTTTTTA-TAT-T-A-T-T----ACGAAG-A--ATTA-A--CCTTTTTTTTTTT-AC-G--TAA--GGG-AGGA-AA
gi|64913 : aaATAGTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-TG-G--TTTAA-AAAT-TGA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCT
gi|64913 : aaTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggcttgtctatcaatatcccccttaa
gi|64914 : aaatagttaatactgggatattttgaacattctggtttaaaaattgaataaaaattattcaaattattttttcagcaggcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAGTT--A-ATA-A-TGGCG---A-TATTTTA--GCA-CATTGATT-G--T--AA-CAAT--CATATA-AAAG-A-TCA-T--TC---AAA-T-T--ATT-TTT--TTCA--GC-AGGCC----TA-TAT-T-A-T-T----A
gi|64915 : aaATATTT--A-ATA-C-TGG-----A-TATTTT---GAA-TATTC-TT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-T--A-A-TTT--TTCA--GC-AGGCCTTTATA-TAA-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--TGG-GGGT-AATTCGGACCTGATTAT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTGCA----AT-A----TTG-T--A-ATGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GAAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTA--G--GA---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCACT-TAA
gi|64916 : ATATTT--A-ATA-C-TGG-G---A-TATTTT---GAA-CATTC-CT-G--TTTAA-AAAT-TCA-ATA-AAA--A-TTA-T--TC---AAA-T-A--A-T-TTT--TTCA--GC-AGGCCTCTATA-TAT-C-A-T-T----ACATAGAA--ATTAGA--CA------TTGTT-AA-G--TAA--GGG-AGGT-AATTCAGACCTGATTGT-CTC--CCT-TA--TT-TGT-C-TA-GCTT--CC-CA-TG---A--C--G-A-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--G-AAGGACA-CT-TC---AATA-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----G-AA---AA---TT-CAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--A--GC---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCCT-TAA
gi|64917 : ATATTT--A-TTA---TGA-G---A-TATTAT---GA--CATTC-TT-G--TTGAA-AATTCTCA-GTAGAAA--A-TTA-T--TTTA-AAA-T-T--G-T-TTT----CA--GC-AGGCCTTTATA-TATTC-A-TGT----ACATGGTC--ATTA-A--CA------TTTTT-AA-G--TAA--GTG-AGGT-AATTCAGACCTAATTATAATC--CCT-TA--TT-TGT-T-AA-GCTT---C-CA-CT---A--T--G-A-AA----TTGCA---CATAA----TTG-T--A-ATGGACA-TA-TC---AATA-------TAGA---T-ACAT---GAAAA---GA--AATT-A--------------A----GGAA---AA---TT-T-A--TGA-TA-GATT--A--T-TTGT--G--GC---TTGG--T-CTG-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64918 : T--A-ATA-CCTGG-G---A-TATGTT---GAA-CATTCATT-GATTTTAA-AAAT-TCA-ATATCAA--A-TTA-TATTC---AAAAT-T--A-A-TGT--TTCA--GC-AG--CTTTATA-TAT-CGA-T-T----ACATCGAA--ATTA-A--CA------TTTTT-AAAG--TAAAAGGG-AGGT-AATTCGGACCTTA-TAT-CTA--CCC-TA--TTCTGT-C-TA-GCTT--CC-CA-CG---ACGC--G-ACAA---CTTTGA---CAT-A----TAG-TACA-AAGAACA-TT-TCGAAAATATACATGTTAGA---T-ATATACAA-AGA---GA--AA-TCG--------------A----AGAACCCGA---TT-GAA--TGA--A-TATT--A--T-TT-------GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64919 : ------TTGTT-AA-G--TTA--GGG-AG-T-A-TTCGGACCTGATTAT-ATC--CCTCTATCTC-TGTCC-TA-GCTTAACC-CA-GGGGAA--CCTG-A-GA---GTGGCACTCCAT-GACCTTTGTT--ATAAAGACATCT-T------TT-------TAGA---TGATAC---A-AAATGTGA--AA-T-GATTAGATAGAATCCA----GAAA---AACCTCT-GAACTTGA-TA-GATT--AATT-TCTT--GC-GCCAGTT-GTAT-CTAAGATTTC-AATGTTCTCTT-
gi|64920 : CT-TG--TT-TGT-C-TA-GCTT--C---A-TG---A--A--GGA-AA---CTTCCA---CAT-A----TTG-T--A---GGA-A-CT-TC---AAT--------TAGA---T-ATAT---G-AA----GA--AT-T-G--------------A----GAAA---A----TT--AA--TGA-TA-GATTTTA--T-TTTT--G--GC---AT-G--T-TAG-----TT-AATATCCCCTT-
gi|64921 : A-------TAGA---T-ATAT---G-AAA---GA--AA-T-G--------------A----GAAA---AA---TT-GTA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--
gi|64922 : --AA-T-G--------------A----GGAA---AA---TT-GAA--TGA-TA-AATT--A--T-TTTT--G--GA---TT-G--T-CTA-----TT-AATATCCCCC
gi|64923 : A-T-G--------------A----GAAA---A----TT-GAA--TGA-TA-GATT--A--T-TTTT--G--GC---TT----T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64924 : ---AG---TT-GAA--TGA-TA-TATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64925 : A--TGA-TA-GATA--A--T-TTTT--A--GC---TT-G--C-CTA-----TC-AATATCCCCCT-TAA
gi|64926 : ATT--A--T-TTTT--G--GC---TT-G--T-CTG-----TC-ATTATCCCCCT-TAA