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Reference ( gi|3581 )         : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAG-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ATTAG-G-AA-C--T-CG--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TG-CC-ACTT--A-C-TGCC
gi|3582                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-ATTG----ATTAG-G-AA-C--T-CG--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--A-------AT--G----CGTTGTT-AA-TG-CC-ACTA--A-C-TGCC
gi|3580                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CA-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ATTAG-G-AA-C--T-CG--G-T-AT-A------T-------TGT-T-ACT--A-------AC--G----CG-TGTT-AA-TG-CC-ACTA--A-C-TGCC
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Alignments
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Reference ( family-626 )      : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ATTAG-GAA-C--T-C-G--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--AAC-TGCC
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gi|3605                       :                            C--TTG-TTCA-G-A----AAA-TATA-TTCA---CC-A-TG----ATTAGTAAA-C--T-C-G--G-T-AT-A------TCGTGATCTGT-T-ATC--ACATATAGAT--GA---CG-TATT-AA-TC-CC-ATTT--AAC-





Alignments
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lowQualScore                  :     .     . . .... . ..  .  ..   . .  . . ....   .  ... .  ...  . .  ....     .   . .. . .... . .  . ...... .......   . .   .. .......  .. ....  .    .  .  .  . .  ..   .    
lowQualScore                  :     0     6 6 6666 6 22  6  77   5 2  5 5 3333   5  333 5  777  5 5  3333     1   1 11 5 3333 6 6  6 666666 8888888   6 6   22 7777777  33 9999  7    7  7  5  5 7  55   1    
consensus                     : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ATTAG-GAA-C--T-C-G--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--AAC-TGCC
Reference ( family-626 )      : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ATTAG-GAA-C--T-C-G--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--AAC-TGCC
gi|3580                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CA-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ATTAG-GAA-C--T-C-G--G-T-AT-A------T-------TGT-T-ACT--A-------AC--G----CG-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--AAC-TGCC
gi|3581                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAG-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ATTAG-GAA-C--T-C-G--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--TAC-TGCC
gi|3582                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-ATTG----ATTAG-GAA-C--T-C-G--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--A-------AT--G----CGTTGTT-AA-TG-CC-A-CT--AAC-TGCC
gi|3583                       : CAGA-TCTTT-AAT----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CAAACCC-A-TA----TTTAG-GAA-A--C-T-G--G-T-AT-C------T-------T---T-ATT--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--AAC-TGCC
gi|3584                       : CAGA-TCTTT-T-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G--------A-TA-T-T-CA---GC-G-TG----TTCAA-GAA-T--T-C--------AT-C---------------G----ATG--A-------AA--A----CG-TGTT-CA-TG-CC-
gi|3585                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-TTCA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ATTAG-GAA-C--T-C-G--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TGCCC-A-TTA-AAC-TGCC
gi|3586                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA----C-A-TG----ATTAG-GAA-T--T-C-G--T-T-AT-C------T-------TGT-T-A-T--A-------AT--G----CA-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--AAC-TGCC
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gi|3588                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--TG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA---T-CA---CT-A-TG----ACTAG-GAA-C--T-C-A--G-T-AT-C------T-------CGT-T-ATC--A-------AT--G----CA-TGTT-AA-TT-CC-A-CT--
gi|3589                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G-G----TAA-TA-A-T-TA---CC-A-TA----ACTCG-GAA-C--T-C-A--G-T-AG-C------T-------TGT-T-GTT--A-------AT--T----TG-TGTT-AA-TG-TC-A-TT--ATC-TGTC
gi|3590                       : CAGA-TCTTT-A-T----GGT--CGGAC--TTG-T-CA-GGA----AAA-TA-A-T-CA---CTTA-TG----ATTAGCGAA-C--T-C-G--T-T-A--C------T-------TGT---ATG--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TG-CCAA-CT--AACTTGCC
gi|3591                       : CAGA-TCTTT-T-T----G-T--CG-AC--TTG-T-CA-G--------A-TA-T-T-CA----C-G-TG----TTCAA-GAA-T--T-C--------------------------------ATT--A-------AT--GAAAACG-TGTTCAA-TG-CC-
gi|3592                       : CAGA-T-TTT-A-T----G-TTCCG-AC--TTGCT-CAAG-A----AAA-TA-A-T-CA---CT-A-TG----ATTAG-GAA-CCGC-C-G--T-T-ATCC------T-------TGT-TAATT--A-------AT--G----CG-TGTT-AA-TG-TCAA-CT--AAC-
gi|3593                       : CAGA-GCTTT-A-T----G-T--AG-AC--TTA-T-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---GC-A-TG----ACTAG-GAA-C--T-C-A--ACT-AT-CTTCGAAT-------TGT-T-ATG--T-------AT--G----TA-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--
gi|3594                       : CAGACTCTTT-A-TTTTGG-T--CG-ACGTTTG-T-CA-T-ACCTTAAA-TA-AAT-CA---CC-A-TG----ATTAG-GAAAC--T-CCG--G-T-AT-C------T-------TTTGT-ATT--A-------AT--GG---CG-TGTT-AA-TG-CC-A-CT--AAC-
gi|3595                       : CAGA-TTATT-A-T----G-T--CG-AT--TTG-T-CG-G-G----TAA-TA-C-C-CA---TC-A-TG----ACCAG-GAA-C--T-C-C--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--T-------AA--G----CG-TGTT-GA-AG-CC-A-CT--AAC-
gi|3596                       : CAGA-TCTTT-A-TAT--G-T--CG-AC--TTA-T-CA-T-A----AAA-CA-A-C-CA---CC-A-TG----ACTAG-GAA-C--T-C-A--A-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--
gi|3597                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--TG-AC--TTA-T-CA-T-A----AAA-CA-A-C-CA---CC-G-TG----ACTAG-GAA-C--T-C-A--A-T-AT-C------T-------TGT-T-ATTTAA-------A---------N-TGTC-AA-T
gi|3598                       : CAAA-TCTTT---T----G-T--CG-AC--ATG-C-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TG----ACAAG-AAA-C--T-T-A--A-T-AT-C------T-------TG-----TT--A-------AT--T----C--CACT-AA-CG-CC-ATCC--AAT-TACC
gi|3599                       : CAGA-TCTTT-A-T----G-T--CG-AC--CTG-TTCA-G-A----AAT-TA-A-T-CA---GC-A-TG----ACTAG-GAA-T--T-
gi|3600                       :        TCT-A-A----G-T--TG-AC--TTG-T-CA-G-A----AAA-TA---T-CA---CC-A-TG----ATT-G-GAA-C--T-C-G--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATC--AAT-----AT--G----CG-TATT-AA-TG-CC-A-TT--AAC-TGCC
gi|3601                       :        TTT-A-T----G-T--CG-ACA-TTG-T-CA-G-A----AAA-TA-G-A-TA---CC-A-TG----ATTAG-GAA-C--T-C-G--G-GAAT-C------T-------GTT-T-ATT--A-------ATTAG----CG-TTAT-AA-TGCCC-A-CTTGAAG-TGCC
gi|3602                       :         TT-A-T----G-T--CG-AT--TTG-T-CG-G-G----TAA-TA-C-C-CA---TC-A-TG----ACCAG-GAA-C--T-C-C--G-T-AT-C------T-------TGT-T-ATT--T-------AA--G----CG-TGTT-GA-AG-CC-A-CT--AAC-
gi|3603                       :          T-A-T----G-T--CG-AC--TTG-T-C--G-G----CTA-TA-T-C-CA---TC-A-TG----ATC-G-GAA-C--TCC-GTTG-T-CT-C------T-------TGT-T-ATG--A-------AG--G----TG-T-TT-AA-AG-CC-A-CT--AAC-
gi|3604                       :           -A-T----G-T--CA-AC--TTG-C-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TGCATGACTAG-GAA-C--T-C-A--G-T-AT-C------T-------TGA-T-ATC--A-------AT--G----C--TTCT-AATTG-CC-ATCT--AAT-TG
gi|3605                       :                            C--TTG-TTCA-G-A----AAA-TATA-TTCA---CC-A-TG----ATTAGTAAA-C--T-C-G--G-T-AT-A------TCGTGATCTGT-T-ATC--ACATATAGAT--GA---CG-TATT-AA-TC-CC-ATTT--AAC-


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blockSeqs                     :     .     . . AT   . .   .  A    . T  . . .      .  TA  .  .    . .  .        T   A .  . CG   . .  . .      G         . .   .  AT       .  G     .    .  .  C  A T  A    .
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blockSeqs                     :     .     . . .    . .   .  .    . .  . . .      .  A   .  .    . .  .        .   . .  . G    . .  . .      .         . .   .  .        .  .     .    .  .  .  . .  .    .
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gi|3604                       :           -A-T----G-T--CA-AC--TTG-C-CA-G-A----AAA-TA-A-T-CA---CC-A-TGCATGACTAG-GAA-C--T-C-A--G-T-AT-C------T-------TGA-T-ATC--A-------AT--G----C--TTCT-AATTG-CC-ATCT--AAT-TG
gi|3605                       :                            C--TTG-TTCA-G-A----AAA-TATA-TTCA---CC-A-TG----ATTAGTAAA-C--T-C-G--G-T-AT-A------TCGTGATCTGT-T-ATC--ACATATAGAT--GA---CG-TATT-AA-TC-CC-ATTT--AAC-