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lowQualScore                  :        1111111111  333 1  1 1  1 1   555  1 222   1    5555 44444   3      1 3 3  33 3  1   1    999999 1  3   1 1     22 1 00000 22 22 1 2       1     1    
lowQualScore                  :        ..........  ... .  . .  . .   ...  . ...   .    .... .....   .      . . .  .. .  .   .    ...... .  .   . .     .. . ..... .. .. . .       .     .    
lowQualScore                  :        4444444444  333 9  8 8  8 8   000  8 555   8    8888 00000   2      6 2 2  88 2  6   6    000000 6  2   6 6     22 6 55555 33 33 3 6       3     4    
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Reference ( gi|55764 )        : CTTCCCA--------TAAA---C-TA-T-CA-C-AGT---GC-TC--AAT-ATAA---AT-----GTA-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CGC-ACCA------T-AT-GAC-G-TCACA--A-TT--A-A--A--A-G-TACGTCA-TGACG-TACA
gi|55763                      : CTTCCCA--------TAAA---C-TA-T-CA-C-AGT---GC-TG--AAT-TCAA---AT-----GTA-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CCC-ACCA------T-AT-GAC-G-TCACA--A-TTG-A-A--A--A-G-TACGTCA-TGACG-TACA
gi|55766                      : CTTCCCA--------TGAA---C-TA-T-AA-C-AGT---GC-TG--AAT-ATAC---AT-----GTA-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CGC-ACCA------T-AT-GAC-G-CCACA--ATTT--A-A--A--A-G-TACGTCA-TGACG-TACAt
gi|55768                      : CTTCCCA--------TGAA---C-TA-T-CG-C-AGT---GC-TG--AAT-ATAA---AT-----GTA-CCTCTG-T-G-CT--C-TT-CGC-ACCA------T-AT-GAC-G-TCACA--A-TTG-A-A--A--A-C-TACGTCA-TGACG-TACA
gi|55767                      : CTTCCCA--------TGAA---C-TA-T-CA-C-AGT---GC-TG--AAT-ATAA---AT-----GTA-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CGC-ACCA------T-AC-GAC-G-TCACA--A-TT--G-AACA--G-G-TACGTCA-TGACG-TA
gi|55765                      : CTTCCCA--------TGAA---C-TA-T-CA-C-AGT---GC-CG--AAT-ATAA---AT-----GCA-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CCC-ACAA------T-AT-GAC-G-TCACA--A-TTG-A-A--A--A-G-TACGTCA-TGACG-TAC
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gi|55763                      :                                                                                                                                         -G-TACGTCA-TGACG-TAC
gi|55766                      :                                                            cttcccataaactatcacagtgctgaattcaaatgtacctctgtgcacttcccaccatatgacgtcacaattgaaaa-G-TACGTCA-TGACG-TACat
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Alignments
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lowQualScore                  :        ..   ........ ... .  . .  . .  . ...  . ..    .    .... .....  . .      . . .  .. .  .   .    ... . ...... .   . .     ..   .. . . . . .       .     .    
lowQualScore                  :        55   66666666 222 8  7 7  7 7  7 000  7 44    7    2222 88888  5 5      5 1 1  77 1  5   5    222 5 444444 1   5 5     11   77 6 6 6 2 2       7     8    
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Reference ( family-625 )      : CTTCCCA--TGA--------A---C-TA-T-CA-C-AG-T---GC-T--GAAT-ATAA---AT-----GT-A-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CGC-ACCA---T-A------T-GAC-G-TCACA--ATTG-A-A-A-A-G-TACGTCA-TGACG-TACA
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gi|55779                      : CCTCCGA--AGA--------A---C-AA-T-CA-C-AG-T---GC-T--GTAT-ATAA---ATCATATGT-A-CCTATG-T-G-CA--T-TT-TGC-ACCA---T-ACATGTAT-GAT-G-TCAAA--AGTA-G-A-A-A-G-TACGTCA-TGACG-TA
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gi|55783                      :  TCCCCA--AGA--------A---C-TA-T-CC-A-AG-T---GCCT--GAAT-ATAATGTGT-----GT-A-CCTCTGGT-G-CA--C-TTTCGC-ACC----T-A------T-GGA-G-TCACAGGATTG-T-A-A-A-G-TACGTCA-TGACG-TACA
gi|55784                      :   TTCCA--TGA--------A---C-TAAT-CG-C-AG-T---GC-T--GAAT-ATAA---AT------T-A-CCTCTG-T---CT--C-TT-CGC-ACCA-----A------T-GAC-G--CACA----TG-A-A-A-A-C-TACGT
gi|55785                      :                            A-T-CA-C-AG-C---AC-C--GGAT-ATAA---AT-----GG-A-CCTCAG-T-G-CA--C-TG-CAC-ACTA---T-A------T-GAC-A-TCACA--ATGA-A-A-A-A-G-TGTGTAA-CGACA-AACAagactacagtt
gi|55786                      :                                                           ---AT-----GT-A-CCTCCG-T-A-CA--T-TT-CCC-ACTG---T-A------T-GAC-G-TCACA--ATGA-A-A-A-A-GATGCATCA-gtt
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gi|55788                      :                                                           ---AT-----GT-A-CCTTCG-T-A-CA--T-TT-CCC-ACAT---T-A------T-GAC-G-TCACA--A-TG-ACA-A-A-G-TGCGTCA-





Alignments
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lowQualScore                  :        ..   ........ ... .  . .  . .  . ...  . ..    .    .... .....  . .      . . .  .. .  .   .    ... . ...... .   . .     ..   .. . . . . .       .     .    
lowQualScore                  :        55   66666666 222 8  7 7  7 7  7 000  7 44    7    2222 88888  5 5      5 1 1  77 1  5   5    222 5 444444 1   5 5     11   77 6 6 6 2 2       7     8    
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Reference ( family-625 )      : CTTCCCA--TGA--------A---C-TA-T-CA-C-AG-T---GC-T--GAAT-ATAA---AT-----GT-A-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CGC-ACCA---T-A------T-GAC-G-TCACA--ATTG-A-A-A-A-G-TACGTCA-TGACG-TACA
gi|55763                      : CTTCCCA--TAA--------A---C-TA-T-CA-C-AG-T---GC-T--GAAT-TCAA---AT-----GT-A-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CCC-ACCA---T-A------T-GAC-G-TCACA--ATTG-A-A-A-A-G-TACGTCA-TGACG-TACA
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blockSeqs                     :                                                           .    .      . .      . . .  .  .  .   .    .   . .      .   . .     .    .  . . . . .              
blockSeqs                     :                                                           .    .      . .      . . .  .  .  .   .    .   . .      .   . .     .                              


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lowQualScore                  :        55   66666666 222 8  7 7  7 7  7 000  7 44    7    2222 88888  5 5      5 1 1  77 1  5   5    222 5 444444 1   5 5     11   77 6 6 6 2 2       7     8    
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Reference ( family-625 )      : CTTCCCA--TGA--------A---C-TA-T-CA-C-AG-T---GC-T--GAAT-ATAA---AT-----GT-A-CCTCTG-T-G-CA--C-TT-CGC-ACCA---T-A------T-GAC-G-TCACA--ATTG-A-A-A-A-G-TACGTCA-TGACG-TACA
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gi|55788                      :                                                           ---AT-----GT-A-CCTTCG-T-A-CA--T-TT-CCC-ACAT---T-A------T-GAC-G-TCACA--A-TG-ACA-A-A-G-TGCGTCA-