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gi|100696 : CGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAAATA-CG-T--A-G-A----A---T---GCGC-T-CTC-TTCTTTC---AAAAT-TATTT--------TTA-GAA---A--A---TTCAAA-GTTAAGCGCAC---ATTCA--TC--T------T-AT-TT--AAAAG-CA----TAGCTGTAATATTTT-AT----GA----AT-GT--ATGG-A--TTGTT--TCA-TCGGCA-TT-T--G---AT--T--------AGCTCTG--GA-AGC-TGG--TGT--TA-T-TAATA--T---T-TAAAACCA
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Reference ( family-623 ) : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-CTC-TT-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---T----TATTCT-AT----GA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AG--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-TAAAA--T---T-TAAAACCA
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finalCons : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-CTC-TT-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---T----TATTCT-AT----GA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AG--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-TAAAA--T---T-TAAAACCA
Alignments
lowQualScore : 1 22 22 1 22 6666 1 1 1 1 22 1 1 3333 1 555 1 1 1 1 3 444 3 1 99999999 1 333 44 222 1 222 222 1 22 44 666666 1 44 44 3333 77777777 1 66666 3333 1 55 1 44 22 44 1 1 1 1 22 333 44 88888888 22 22 2 2 4 22 22 2 2 22 666 2
lowQualScore : . .. .. . .. .... . . . . .. . . .... . ... . . . . . ... . . ........ . ... .. ... . ... ... . .. .. ...... . .. .. .... ........ . ..... .... . .. . .. .. .. . . . . .. ... .. ........ .. .. . . . .. .. . . .. ... .
lowQualScore : 9 55 55 8 55 4444 8 8 8 8 55 8 8 9999 8 000 7 7 7 7 5 888 5 7 88888888 7 000 11 999 7 999 999 7 33 00 555555 7 11 11 7777 33333333 7 33333 7777 7 99 8 33 55 33 8 8 8 9 66 333 55 88888888 88 88 0 0 0 88 88 0 0 99 666 1
consensus : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-CTC-TT-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---T----TATTCT-AT----GA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AG--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-TAAAA--T---T-TAAAACCA
Reference ( family-623 ) : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-CTC-TT-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---T----TATTCT-AT----GA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AG--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-TAAAA--T---T-TAAAACCA
gi|100678 : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-CT-T--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-CTC-TT-TGTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-GTGTT--AAAA--CA----T---T----TATTCT-AT----GA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---ACTAT--------AA--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-TAAAA--T---T-AAAAA
gi|100679 : TACGA-GG---C--CA-TT--C----AAA-AAA-TG-CG-T--A-G-A----AAA-T---GT-C-T-CTC-TT-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGCT--AAAA--CA----T---T----TATTCT-AT----AA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCT-TT-T--G---AT--T--------GG--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-TAAAA--T---T-TAAAACCAa
gi|100680 : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----AAA-T---GT-C-T-CTC-TT-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------G-ATGTT--AAAA--CA----T---T----TATTC------------------T--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AG--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-TAAAA--T---T-TAAAA
gi|100681 : TACGA-GG--GT--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-TG-T--A-G-A----AAA-A---GC-C-T-GTG-TA-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAT-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---T----TATCCT-AT----GA----GT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AG--ATT--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-CAAAA--T---T-TAAAACCA
gi|100682 : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-ACA-TA-CG-T--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-CTT-TT-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-TGA---A--C---TCCAAA-GTCAA---CAC---ATT-G--TT--T------T-ATGTT--AAAA--CA-------------TATTCT-AT----AC----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GTA-TT-T--G---AT--T--------AG--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--CA-T-TAAAA--TATAT-TAAAACCA
gi|100683 : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-GAA-CA-CG-T--A-G-A----AAA-T---GT-C-T-CTA-TT-TGTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTTAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATCTT--AAAA--CA----T---T----TATTCA-AT----AA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCT-TT-T--G---AT--T--------TG--ATG--GA-T-C-TGG--TG---TG-T-TATAT--T---T-TAAAA
gi|100684 : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-C--T--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-CTC-TT-TTCC---AAA-T-TATTC--------GTA-A-----A--A---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--T---T------T-ATGTT--TAAA--CA----T---A----TATT-T-AT----TA----AT-GT---TGA-A--T--TT---CA-TC-TCA-TT-T--T---AT--T--------AG--ATG--GA-A-A-TGG--TGT--TA-T-TAAAC--T---T-TAAAAa
gi|100685 : TACGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--ATG-A----AAC-T---GC-C-T-CTC-TT-TTTC---GAA-T-CATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAT-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---T----TATTAT-AT----TA----AT-GT--AT
gi|100686 : TACGA-GG--GT--CA-TT--A----AAA-AAT-TA-CG-T--A-G-A----AAA-AA--GA-C-T-GCA-TT-TTTC---AAA-T-TATT---------GTT--GA---A--A---TTCAAG-ATCAA----A----ATT-AGATC--T------T-ATGTT--AAAA--CT----T---T----TTATCT-AT----GA----GT-GT--ATGA-AA-T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AG--AT---GA-A-C-TGGTTTTT--TA-T-CAAAA--T---T-TAAAA
gi|100687 : TACGA-GG--GC--CA-TT-------AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----CAA-T---GC-T-T-CTC-TT-ATTC---AAA-T-TATTT--------ATA-AGA---A--A---TTTAAA-GTCAA---CAC---ATC-A--TC--T------T-ATG
gi|100688 : TACGA-GG--GC--CA-TT--A----AAA-AAA-TA-TG-T--G-G-A----AAA-T---GC-C-T-CT---T-TTTC---AAT-T-TAAATA-------GTA-AGA---A--A---TTTGAA-TTTAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATATT--AAAA--CA----T---T----TATTC
gi|100689 : TACGA-GC--GC--CA-TT--T----CAA-AAA-TA-TG-TTAA-G-A----AAA-T---GT-C-T-CTCCTT-TTTC---AAA-C-TCATT--------ATA-AGA---AT-A---TTATAA-TTCAA---CAC---ACT-A--TC--C------T-ATGCTTAAAAA--C--------------TATTAT-TT----GA----AA-GT--ATGA-A--T--TT--CCA-TC-GCA-T
gi|100690 : TACGA-GG--GC--CA--T--C----AAA-AAA-TACCG-T--A-G------AAA-T---GC-C-T-CTC-CTATTTC---AAA---TA-TG--------GTAGAAA---A--A---TTCAAA--TCAA----AC---A-G-A--TC--TC-----T-GTTTT--AAA-------------C----TATTCTAAT----TA----AT-GTC-ATGG-A--T--TTC-TCA--C-GCA-TT-T--A---TT--T--------AG--ATGAAAA-A-T-CGG--TGT--TATT-TAACACTT---T-CAAAAC
gi|100691 : TACGA-GGTGGT--TA-TT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-TTC-TT-
gi|100692 : ACGA-GG--AC--CA-TT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----AGA-T---GC-C-T-CTC-TT-TTCC---CAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAT-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---A----TATTCT-AT----GA----AT-GT--ATGA-A--C--TT--TCA-TC-GCT-TT-T--T---AT--T--------A---ATG-----A-T-TGG--TGT--TA-T-TAAAA--T---T-TAAA
gi|100693 : ACGACGG--GC--CA-TT--C----AAATAAA-TA-CGGT--A-G-A----AA--T---GC-C-T-CTC-TT-TTTCA--AAA-T-TATTT--------GGA-A-A---G--A---TTCAAAGGTCAA---CAC----TT-A--T
gi|100693 : --T------T-ATGTTT-AAAA--CA----T---T----TAT-CT-AT-----A----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AA--ATG--GA-A-C-AGG--T-T--T--T-TAAGG--T---TATAAacaaaaaggcgaagttaacatttgtcaaacgtaaccttattgtcttatgttaaagtttatgtttaaaacatttatctataatgtatgaattttcatcgcatttgattaaatggaacaggtttttaaggttataa
gi|100694 : acgacgggccattcaaataaatacggtagaaatgcctctctttttcaaaattatttggaaagattcaaaggtcaacacttatacaaaaaggcgaagttaacatttgtcaaacgtaaccttattgtcttatgttaaagtACGA-GG--GCGCCA-TT--TCA--AAA-AAA-TA-CG-T--A-A-A----AAAGT---GC-C-TTCTT-TT-TTTTGCAAAA-TGTATTTT-------GTA-AAAGAAA--A---TATAAA-GT-AA---CAA---TTT-T--TC--T------TTATGTT--AAAAAACA----T---T----TATTCT-ATTTATAATTTTAT-GTT-GTGA-AATT--TT--CCA-TC-GCT-TT-TTTG---GT--TTTAAGAGAAA--ATT--GG-A-C-TGA--TGTATTA-T-TAAAA--T---T-TAAAACCA
gi|100695 : CGA-GG--GC--CA-TTACCGGTAAAA-AAA-TA-CG-T--A-T-ATCTAAAA-T---GC-C-T-CTC-TT-TTTC---AAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-TTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--ACAA--CA----T---T----TATTCT-AT----GA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TGA-TC-GCA-TT-T--G---AT--T--------AA--ATG--GA-A-C-GAG--TGT--TA-T-TTAAA--T---T-AATAAC
gi|100696 : CGA-GG--GC--CA-TT--C----AAA-AAAATA-CG-T--A-G-A----A---T---GCGC-T-CTC-TTCTTTC---AAAAT-TATTT--------TTA-GAA---A--A---TTCAAA-GTTAAGCGCAC---ATTCA--TC--T------T-AT-TT--AAAAG-CA----TAGCTGTAATATTTT-AT----GA----AT-GT--ATGG-A--TTGTT--TCA-TCGGCA-TT-T--G---AT--T--------AGCTCTG--GA-AGC-TGG--TGT--TA-T-TAATA--T---T-TAAAACCA
gi|100697 : CGA-GG---T--CA-TT--C----AAA-AAA-TA--G-T--A-GTG----AAA-T---GC-CAT-CTC-TT-TTCC---AAATT-TATGT--------GCT-AAA---A--A---TTCAAA-GT-AA---CA----ATT-A--TCA-T------T-ATTTT--AAAC--AA----T---CA---TATTCT-AT-----A----AT-GT--ATGATA--T--TTTATCACTC-GCA-TA-T------ATA-T--------GG--A-G--GA-A-TGTGT--TGT--TA-T-T-AAA--C---T-TAAA
gi|100698 : A-AG--GC--AAGTT--C----AAA-AAA-TA-CG-T--A-G-A----AAA-CATGGT-C-T-CTC-GT-TTTC---TCA-T-TATTTTATGAATTGGA-AGA---A--AAAATCCCAG-GTCAA---AACCTAATT-A--TCCGT------T-ATGAT--ATAA--TA----T---T-----ATTCT-AT----GA----AT-GTTTATGA-A--T--TT--TCA-TC-GCATTT-T--GAATAT--TG-------AC--ATG--GATA-CATGG--CGT--AA-TATAAAA--TGA-T-TAAA
gi|100699 : --GC--CA-TT--A----AAA-AAA-TA-CG-A--A-G-A----AAA-T---GC-C-T-CTC-TT-TTTC---AAA-T-TATT---------GTA-AGT---ATTA---TCCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---T----TATTCT-AT----GA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TCA-TT-GCA-TT-T--G---AT--T--------AA--ATG--GA-A-C-TGG--TGT--TA---TAAAA--T---T-AAAAACtac
gi|100700 : -C-T-CTC-GT-TTTC---GAA-T-TATTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-GTCAT---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--AAAA--CA----T---G----TAGTC---T----GA----AT-GT--ATGG-A--T--TT--TTA-AC-GCA-TT-T--T---AT--T--------AG--ATG--GG-A-C-TGG--TGT--TA-T-T
gi|100701 : TC---AAA-T-TGTTT--------GTA-AGA---A--A---TTCAAA-TTCAG---CAC---ACT-A--CC--CTACATGT-ATGTT--GAAA--CATAATT---T----TATTCT-AT----GA----AT-AT--ATGA-A--T--TT--T-A-TT-ACA-CTGT--G---AT--T--------
gi|100702 : ---TTCAAA-GTCAA---CAC---ATT-A--TC--T------T-ATGTT--TAAA--TA----T---A----TATTCT-AT----TA----AT-GT--ATGA-A--T--TT--TTA-TC-GCA-AT-T--G---AT--T--------AA--ATG--GA-A-A-TGG--TGT--TA-T-TAAAC--T---T-TAA
gi|100703 : TTAT-GT----GG----ATTAT--ATGG-A--T--TT--TCA-TC-GCA-TT-T--G---GT--C--------AA--TTG--GA-A-C-TGG--TGT--TA-T-TCAAA--T---T-CAAAACCA