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lowQualScore                  :        33  333       4     4  4      2     555555555555555555  111    999999999999999999999999  2 2    11 666666666666666666666666666666  33333333333333333333333333  1  99  55555555555555  1 1 11 1   999 7777  11     4     111 4   555  22           999    2222222    2 2   4  999  2 4   2   1  1  888  5555   1   1     7777    1 8888888  1 1  2    888 777  111111    1  777 7777   1  888  2    2  2 2   0 0  0 88   88  666 888  99 99  99 00   2   9999 6  2 4  555555555555 2     4  22 22 4  4    
consensus                     : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C--------GA-----NTT---TTTT--------A-----A---------AT-T-TGGA--A----------A-T-----------C---G-TG----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GA-A-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-CGA-TG-AT--NAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---CAGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG-A--CCA-GTCG--C---AA--A--TG--T--ACG-TAC----CACCAA-TC------------G-TACTC-GT--A--C-GA-TCAT
Reference ( gi|86477 )        : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C--------GA-----ATT---TTTT--------A-----A---------AT-T-TGGA--A----------A-T-----------C---T-TG----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GA-A-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGA-TG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---GAGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG-A--CCA-TTCA--C---AA--A--TG--T--ACG-TAC----CGCCTA-TC------------G-TACTC-GT--A--C-GA-TCAT
gi|86478                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C--------GA-----ATT---TTTT--------T-----A---------AT-T-TGGA--A----------A-T-----------C---T-TG----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GA-A-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGA-TGTATTAAAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---CATA-TC---TT-GCAT-TG-T-AGT-A-CG-A--CCA-TTCG--C---AA--A--TG--T--ACGTTAC----CGCCAA-TC------------G-TACTC-GT--A--C-GA-TCAT
gi|86479                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C--------GA-----ATT---TTTT--------T-----A----------T-T-TGGA--A----------A-T-----------C---T-TG----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GA-A-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCA---T-TAA---TT--GTCACGAGAGC---AAAG-------TTAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGA-TG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---CAGA-TC---TT-GCAT-TGTT-CGT-A-CG-A--CCA-TTCG--C---AAATA--TA--T--ACG-TAC----CGCCAA-TC------------G-TACTC-GT--A--C-GA-TCAT
gi|86480                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-ATATTAGCT-GCGACGCA-------GA-----ATT---TTTT--------TT----A---------AT-A-TTGA--A----------A-T-----------C---T-TG--------------A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GA-A-CTG---A----TC--AC-AA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-TG---CA-A-GGT-TGA-TG-AT--AAT----TTTTCAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---CAGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG-A--CC--TTCG--C---AA--A--TG--T--ACG-TA-----CGCCAA-TCATACATGTACATG-TACTC-GT--A--C-GA-TCAT
gi|86481                      : CGAGCTT--AA---TACCTGG-TTACG-AC-CTAGCT-GCGAC-C--------GA-----TTT---TTTT--------A-----A---------AT-T-TGGA--A----------A-T-----------C---G-TGGACAACCGTAG---A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GG-A-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGATT---AA-----------AG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGA-TG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTA---G-----------------GG-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---CAGA-TCT--TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG-A--CCA-GTTG--C---AA--A--TG--T--ACG-TAC----CACCAA-TC------------G-TACTC-AT--A--C-GA-
gi|86483                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-A--------GA-----TTTCTGTTTT--------A-----A---------TT-T-GGGA--A----------A-T-----------T---G-TG----------G---A-----------AA-GA--GT--------------GC-A-GA-A-CTA---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-AGGGTGTGA-TG-AT--AAT----GTT-CAATAC--TC---GAAA-C-------AGCC-GA--TCG---A---AG------TCGC-AG---A---CAGA-CC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG-A--CCA-GTCG--C---AT--A--AG--TA-ACG-TAC----CACA-A-TC------------GCTACTC-AT--T--C-GA-TCAT
gi|86484                      : CGATCTT--ACTAAGGCCCAG-TTGC--AC-CTAGCT-GCGAC-C--------GA------TT---TTTT--------A-----A---------AT-T-TGGA--A----------A-T-----------C---G-TG----------G---ACAAACTGTAGAAA-GA--GC--------------GC-A-AG-A-C-----A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GCCACAAGAGC---GAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGA-TG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---AAA--C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---CAGA-TC---TT-GCAT-TG-T-TGT-A-AG-A--CCA-GTCG--C---AA--A--TG---------------------A-TC------------G-TACTC-GT--A--C-GA-TCAT
gi|86485                      : CGAGCTTT-AC---GACCTGGGCTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-A--------TATTTTTTTT---TTTT--------A-----A---------AT-T-TGGA--A----------ATT-----------C---G-TG----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GA-A-CTA---A----TC--ACCAATCTTCG---T-TAAT--TT--GTCACAAGAGC---ATAG-------TCAG-T-CGCGAG---CA-AGGGT-TG---------AAT----GTT-CGA-ACCT------------------TG-C-GATTTCG---A---AAGT----TCGC-AG---A---CAGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGC-A-CT-A--CCA--TCA--T---AA--A--TGTAT--ACGTTTC----CACCAATTC------------G-TACTC-GT--A--C-GA-TCAT
gi|86482                      : CGAGCTTTAAT---TACCTG--TTACGCAC-TTAGCT-GCGAC-CTCATAGTTGG-----ATTA--TTTT--------A-----A---------ATAT-TGGA--A----------A-TGCGGTGCAAACC---G-TA----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GC-ACGG-A-CTG---A----CT--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT---TCACAAGATT---AAA----------AG-TGCGC-AG---CA-A-A-T-TGAATG-AT--AATATGCGTT-CAA--CAT--------C-C-------TT-T-AG-GTCG---A---AG------TCGC-AGACCA---CAGATTC---TTGGCAT-TG-T-CGT-ATCGAA--CCA-GTTG--CA--AA--A--TG--T--ACG-T
gi|86487                      : CGAGCTT--AC---GACCTAT-TTACG-AT-CTAGCT-GCGGC-A--------GATT---ATT---TTTT--------A-----T---------AT-T-TGGA--A----------A-T-----------C---G-TG----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GA-A-CTgaactaaccaatacgactcaattacga
gi|86486                      : CGAGCCT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGAT-GCGAC-A--------GAT----TTT---TTTT--------T-----A---------AT-T-TGGA--A----------A-T-----------C---G-TG----------G---A-----------AA-GA--GC--------------AC-A-GA-A-
gi|86488                      : CGACCTA--GC---GACCTGG-TTACA-AC-GTAGCT-GCCAC---------------------------------------------------------GGA-------------------------------T-TG----------G---A-----------GG-GG--GT--------------GC-C-G-----TGGGCA----TC--GCAGA-AGTCG---T-CGG---TG--ATCACTAGAGC---AAAA-------TCGG-T-TGC-AA---AA-G-AGT-CTA-TG-AT--CGT----G----------TTC---GAAC-C-------TG-C-TA-TTCA---A---AG------TCGC-AC---A---TAAG-TC---T
gi|86489                      : CGATCTT--ACAA-GGCCCAG-TCAC--AC-CGAGCTTACGAC-C--------TA-----GCT---TTT---------------G---------AT-T-TGGA--A----------A-TAGTAGACAAA-C---TGTA----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GC-A-GG-A-TAA---A----TC--ACCAA-ATTC
gi|86490                      :  GAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCA-GCGAC-C--------AG-----ATT---TTTCTGTATTAAA-----A---------AT-T-TAGA--A----------C-T-----------C---G-TG----------GATAA-----------AA-GATTGC--------------GCGA-GA-A-CTT---A----AT--ACCAATGTTCGAAAT-TAA---TTGAGTCACCAGAGCACAAAAA-------TCAGAT-CGC-TG---CAGA-GGT-TG--TT-AT----C----GTT------CCT-----GAACGC-------TG-C-GA-TTAT---A---AGATAGTCTCGC-AG---A---CAGA-ACTATTT-GCAT-TG-TCCGC-A-C--A--CTA-TCCAG-CGCAAA--A--TG--T--AC--TACGTTACACCAA-TC------------G-TACTC-GTTGA--C-GATTCAT
gi|86491                      :  GAGCTT--AC---GACCTGC-TTACG-AT-CTAGCT-GCGCC-C--------GA-----
gi|86492                      :      TT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C--------GA-----ATT---TTTT--------T-----A---------AT-T-TGGA--A----------A-T-----------C---T-TG----------G---A-----------AAAGA--GC--------------GC-A-GA-AACTG---A----TC--ACCAA-ATTCA---T-TAA---TT--GTCACGAGAGC---AAAG-------TTAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGA-TG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---CAGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGTAA-CG-A--CCA-TTCG--C---AAATA--TA--T--ACG-TAC----C-CCAA-TC------------G-TACTC-GT--A--C-GA-TCAT
gi|86493                      :                      -TCACG-AC-CTAGTT-GCAAC-C--------GA-----ATG---TTTG--------A-----ATTTATCATTAT-T-TGGA--ATCGTGGACAAA-T-----------C---G-TA----------G---A-----------AA-GA--GC--------------GT-A-CG-A-CTG---G----TA--AACAA-AGTCA---T-GAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAA-------TCAG-T-CGC-AA---CA-A-GGC-CGA-TG-AT--CAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-AA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---CAGA-TC---TT-GCAT-GA-T-AGT-A-CG--------------C---GA--A--TG--T--ACG-TAC----CACCAA-TT------------G-TACTC-AT--A--C-GA-TCAT
gi|86494                      :                      -TTACG-AC-CTAGTT-GCGAC-A--------GA-----TTT---TTTTTT------C-----C---------AT-T-TGGA--A------------T-----------C---G-TG----------G---A-----------CA-AA--TC--------------GT-A-AC-C-CTG---AGTAATA--ACAAA-AGTCA---T-GAA---CT--GTCATAAGAGC---GAAA-------TCAG-T-TGC-AG---CA-A-GGT-CGA-TG-AT--CAT----GTT-CAA-ACCTTC---CAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCGC-AG---A---G-GG-TC---TT-GCAT-GG-T-CAT-A-CG-A--CCA-GTCG--C---GA--A--TG--T--ACA-TAA----CACCAA-TC------------G-TAC
gi|86495                      :                                      -GCG-C-C--------GA-----TTT---TTTC--------A-----A---------AT-T-TGGA--A----------AAT-----------CAGCT-CG----------G---A-----------CA-GA--ACACCGGTAGAAAGGAGC-G-GAGA-CTG---A----TCCCGCCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAGCTCAGCATCAG-T-CGC-AGGCACA-G-AGT-TGA-TG-AT--CAT----GTT-CAA-ACTTTG---AAAC-A-------TG-CAGATTTCGC--ATGTAA------TCG--AG---AGACGAGA-TC---TT-GTAT-TG-T-CGT-AGCG-AACTCAGGTCG--C---AAT-A--TGC-T--ACG-TAT----C-CCAACTCCAG---------A-TACTCGGT--ATCT-GA-TCAT
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Reference ( family-620 )      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-NT--T---TTTT-------AA---------AT-TTG-GAA----------A------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-A-G---CA-A-GGT-CGATG-AT--NAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86477                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-AT--T---TTTT-------AA---------AT-TTG-GAA----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-A-G---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AG-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--TTC--AC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-GCCTA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86478                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-AT--T---TTTT-------TA---------AT-TTG-GAA----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-A-G---CA-A-GGT-TGATGTATTAAAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-ATA-TC---TT-GCAT-TG-T-AGT-A-CG--A-----CCA--TTC--GC-AA--A--TG--T--ACGTT--AC----C-GCCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
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gi|86488                      : CGACCTA--GC---GACCTGG-TTACA-AC-GTAGCT-GCCAC-G---------G--A----------------------------------TTG-GA----------------------------------------------G----------G------------------G-G--GT-GC-C-G----TGGGCA----TC--GCAGA-AGTCG---T-CGG---TG--ATCACTAGAGC---AAAA-------TCGG-T-TGC-A-A---AA-G-AGT-CTATG-AT--CGT----G----------TTC---GAAC-C-------TG-C-TA-TTCA---A---AG------TCG-C-AC--------AT-AAG-TC---T
gi|86489                      : CGATCTT--ACAA-GGCCCAG-TCAC--AC-CGAGCTTACGAC-C---------T--A-GC--T---TTT---------G---------AT-TTG-GAA----------A------TAGTAGACAAACTG-------------TA----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GGA-TAA---A----TC--ACCAA-ATTC
gi|86490                      :  GAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCA-GCGAC-CA--------G--A-TT--T---TTCTGTATTAAAA---------AT-TTA-GAA----------C------T-----------CG-------------TG----------GATAA-----------AA-G-ATTGC-GCGA-GAA-CTT---A----AT--ACCAATGTTCGAAAT-TAA---TTGAGTCACCAGAGCACAAAAA-------TCAGAT-CGC-T-G---CAGA-GGT-TG-----T--TATC---GTT------CCT-----GAACGC-------TG-C-GA-TTAT---A---AGATAGTCTCG-C-AG--------AC-AGA-ACTATTT-GCAT-TG-TCCGC-A-CACTAT----CCA--G-C--GCAAA--A--TG--T--AC--T--ACGTTAC-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--TTGA--C-GATTCAT
gi|86491                      :  GAGCTT--AC---GACCTGC-TTACG-AT-CTAGCT-GCGCC-C---------G--A-
gi|86492                      :      TT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-AT--T---TTTT-------TA---------AT-TTG-GAA----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AAAG-A--GC-GC-A-GAAACTG---A----TC--ACCAA-ATTCA---T-TAA---TT--GTCACGAGAGC---AAAG-------TTAG-T-CGC-A-G---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGTAA-CG--A-----CCA--TTC--GC-AAATA--TA--T--ACG-T--AC----C--CCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
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Reference ( family-620 )      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-TT--T---T-TTT-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-CGATG-AT--NAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86477                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-AT--T---T-TTT-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AG-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--TTC--AC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-GCCTA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
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gi|86488                      : CGACCTA--GC---GACCTGG-TTACA-AC-GTAGCT-GCCAC-G---------G--A-TT----------------------------------------------------------------------------------------G----------G---A-----------GG-G-G--GT-GC-C-G----TGGGCA----TC--GCAGA-AGTCG---T-CGG---TG--ATCACTAGAGC---AAAA-------TCGG-T-TGC-AA---AA-G-AGT-CTATG-AT--CGT----G----------TTC---GAAC-C-------TG-C-TA-TTCA---A---AG------TCG-C-AC--------AT-AAG-TC---T
gi|86489                      : CGATCTT--ACAA-GGCCCAG-TCAC--AC-CGAGCTTACGAC-C---------T--A-GC--T---T-TT----------G---------AT-T-TG-GA--A----------A------TAGTAGACAAACTG-------------TA----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GGA-TAA---A----TC--ACCAA-ATTC
gi|86490                      :  GAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCA-GCGAC-CA--------G--A-TT--T---T-TCTGTATTAAA-A---------AT-T-TA-GA--A----------C------T-----------CG-------------TG----------GATAA-----------AA-G-ATTGC-GCGA-GAA-CTT---A----AT--ACCAATGTTCGAAAT-TAA---TTGAGTCACCAGAGCACAAAAA-------TCAGAT-CGC-TG---CAGA-GGT-TG-----T--TATC---GTT------CCT-----GAACGC-------TG-C-GA-TTAT---A---AGATAGTCTCG-C-AG--------AC-AGA-ACTATTT-GCAT-TG-TCCGC-A-CACTAT----CCA--G-C--GCAAA--A--TG--T--AC--T--ACGTTAC-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--TTGA--C-GATTCAT
gi|86491                      :  GAGCTT--AC---GACCTGC-TTACG-AT-CTAGCT-GCGCC-C---------G--A-
gi|86492                      :      TT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-AT--T---T-TTT-------T-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AAAG-A--GC-GC-A-GAAACTG---A----TC--ACCAA-ATTCA---T-TAA---TT--GTCACGAGAGC---AAAG-------TTAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGTAA-CG--A-----CCA--TTC--GC-AAATA--TA--T--ACG-T--AC----C--CCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86493                      :                      -TCACG-AC-CTAGTT-GCAAC-C---------G--A-AT--G---T-TTG-------A-ATTTATCATTAT-T-TG-GA--ATCGTGGACAAA------T-----------CG-------------TA----------G---A-----------AA-G-A--GC-GT-A-CGA-CTG---G----TA--AACAA-AGTCA---T-GAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAA-------TCAG-T-CGC-AA---CA-A-GGC-CGATG-AT--CAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-AA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-GA-T-AGT-A------------------C--GC-GA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-T------------G-TACTC-A--T--A--C-GA-TCAT
gi|86494                      :                      -TTACG-AC-CTAGTT-GCGAC-A---------G--A-TT--T---T-TTTTT-----C-C---------AT-T-TG-GA--A-----------------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------CA-A-A--TC-GT-A-ACC-CTG---AGTAATA--ACAAA-AGTCA---T-GAA---CT--GTCATAAGAGC---GAAA-------TCAG-T-TGC-AG---CA-A-GGT-CGATG-AT--CAT----GTT-CAA-ACCTTC---CAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------A--GGG-TC---TT-GCAT-GG-T-CAT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-GA--A--TG--T--ACA-T--AA----C-ACCAA-T-C------------G-TAC
gi|86495                      :                                      -GCG-C-C---------G--A-TT--T---T-TTC-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------AATCAGCT-----------CGGACAGAACACCGGTA----------G---A-----------AA-GGA--GC-GG-A-GA--CTG---A----TCCCGCCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAGCTCAGCATCAG-T-CGC-AGGCACA-G-AGT-TGATG-AT--CAT----GTT-CAA-ACTTTG---AAAC-A-------TG-CAGATTTCGC--ATGTAA------TCGAG-AG--------ACGAGA-TC---TT-GTAT-TG-T-CGT-AGCG--AAC---TCAG-GTC--GC-AAT-A--TGC-T--ACG-T--AT----C--CCAACT-CCAG---------A-TACTCGG--T--ATCT-GA-TCAT
gi|86496                      :                                          AT-C---------G--T-TT--T---TATTT-------GGA---------AT-TGTG-AACAA----------A------T-----------CGG------------TA----------G---A-----------A--G-A--GCTGC-A-TGA-CTG---G----TG--AC-AA-AGTCG---TACAA---TC--GTCAAAAAAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---C--A-GGT-CGTTG-GT--CAT----GTT-CAA-GACTT----------------------GA-TTCG---A---AGC-----TCG-CTGG--------AG-AG--TC---TT-GCATGTG-T--GT-A-TG--A------CA--GTC--GC--G--A--TG--T--ACG-C--ACT---C-ACCAA-T-CG-----------G-TAATC-G--T--C--CTGA-TCAT
gi|86497                      :                                                                                 -A---------AT-G-TGAGA--A----------A------C-----------TG-------------CT----------G---A-----------AT-A-A--GT-GC-A-AGA-TTA---A----TC--GCAGA-GATCG---T-C-----------CGTA----T---AAAA-------TCAA-T-CGC-AG---CA-A-GGT-CTTTG-TT--CTT----GTT-CAA-CACTTT---TAGC-CAGTGTTTCG-C-GA-CTTGTGGG---GG------TCG-C-AG--------AC-AAG-TC---GT-ACAT-GG-T-CAC-A-CC--A-----CCT--ATC--G---------TG--T--ACG-
gi|86498                      :                                                                                                                                                                      -----------AA-G-A--GT-GC-A-CTA-CTG---A----TC--GCAAA-A---G---T-CAAGGGTG--ATCACAAGAGC---AAAA-------TCTG-T-TGC-AG----A-A-GGT-CGATG-AT--CAA----GTT---A-ACCTGCTTGGAAC-T-------TG-C-AA-TTCA---A---AG------TTG-C-AG--------AC-AGG-TC---TT-GCAT-GG-T-CAT-A-TC--A-----CCA--GTCATGC-AA------G--G--ACG-C--AC----T-ACCAA-T-C----------------CT--G--C--A--A-GA-TCAT
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Reference ( family-620 )      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-TT--T---T-TTT-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-CGATG-AT--NAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86477                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-AT--T---T-TTT-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AG-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--TTC--AC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-GCCTA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86478                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-AT--T---T-TTT-------T-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGATGTATTAAAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-ATA-TC---TT-GCAT-TG-T-AGT-A-CG--A-----CCA--TTC--GC-AA--A--TG--T--ACGTT--AC----C-GCCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86479                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--AATT--T---T-TTT-------A------------T-T-TG-GA--A----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCA---T-TAA---TT--GTCACGAGAGC---AAAG-------TTAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TGTT-CGT-A-CG--A-----CCA--TTC--GC-AAATA--TA--T--ACG-T--AC----C-GCCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86480                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-ATATTAGCT-GCGACGC---------AGAA-TT--T---T-TTT-------T-A---------AT-A-TT-GA--A----------A------T-----------CT-------------TG--------------A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--AC-AA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-TG---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----TTTTCAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CC---TTC--GC-AA--A--TG--T--ACG-T--A-----C-GCCAA-T-CATACATGTACATG-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86481                      : CGAGCTT--AA---TACCTGG-TTACG-AC-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-TT--T---T-TTT-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CG-------------TGGACAACCGTAG---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GGA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGATT---AA-----------AG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTA---G-----------------GG-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TCT--TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--GTT--GC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-A--T--A--C-GA-
gi|86482                      : CGAGCTTTAAT---TACCTG--TTACGCAC-TTAGCT-GCGAC-CTCATAGTTGG--A-TT--A---T-TTT-------A-A---------ATAT-TG-GA--A----------A------TGCGGTGCAAACCG-------------TA----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-ACGGA-CTG---A----CT--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT---TCACAAGATT---AAA----------AG-TGCGC-AG---CA-A-ATT-GAATG-AT--AATATGCGTT-C-A-ACAT--------C-C-------TT-T-AG-GTCG---A---AG------TCG-C-AGACC-----AC-AGATTC---TTGGCAT-TG-T-CGT-ATCGA-A-----CCA--GTT--GCAAA--A--TG--T--ACG-TGAAC----TAACCAA-TAC------------G--ACTC-AATT--A--C-GA-
gi|86483                      : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-A---------G--A-TT--TCTGT-TTT-------A-A---------TT-T-GG-GA--A----------A------T-----------TG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GT-GC-A-GAA-CTA---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-AGGGTGTGATG-AT--AAT----GTT-CAATAC--TC---GAAA-C-------AGCC-GA--TCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-CC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-AT--A--AG--TA-ACG-T--AC----C-A-CAA-T-C------------GCTACTC-A--T--T--C-GA-TCAT
gi|86484                      : CGATCTT--ACTAAGGCCCAG-TTGC--AC-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-TT--T---T-TT--------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CG-------------TG----------G---ACAAACTGTAGAAA-G-A--GC-GC-A-AGA-C-----A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GCCACAAGAGC---GAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---AAA--C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-TGT-A-AG--A-----CCA--GTC--GC-AA--A--TG------------------------A-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86485                      : CGAGCTTT-AC---GACCTGGGCTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-A---------T--A-TT--T---T-TTTTTTTT--A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------TT----------CG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTA---A----TC--ACCAATCTTCG---T-TAAT--TT--GTCACAAGAGC---ATAG-------TCAG-T-CGCGAG---CA-A-GG---GTTG-A----AT----GTT-CGA-ACCT------------------TG-C-GATTTCG---A---AAGT----TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGC-A-CT--A-----CCA---TC--AT-AA--A--TGTAT--ACGTT--TC----C-ACCAATT-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86486                      : CGAGCCT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGAT-GCGAC-A---------G--ATTT--T---T-TTT-------T-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-AC-A-GAA-
gi|86487                      : CGAGCTT--AC---GACCTAT-TTACG-AT-CTAGCT-GCGGC-A---------G--A-TTATT---T-TTT-------A-T---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CT
gi|86488                      : CGACCTA--GC---GACCTGG-TTACA-AC-GTAGCT-GCCAC-G---------G--A-TT----------------------------------------------------------------------------------------G----------G---A-----------GG-G-G--GT-GC-C-G----TGGGCA----TC--GCAGA-AGTCG---T-CGG---TG--ATCACTAGAGC---AAAA-------TCGG-T-TGC-AA---AA-G-AGT-CTATG-AT--CGT----G----------TTC---GAAC-C-------TG-C-TA-TTCA---A---AG------TCG-C-AC--------AT-AAG-TC---T
gi|86489                      : CGATCTT--ACAA-GGCCCAG-TCAC--AC-CGAGCTTACGAC-C---------T--A-GC--T---T-TT----------G---------AT-T-TG-GA--A----------A------TAGTAGACAAACTG-------------TA----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GGA-TAA---A----TC--ACCAA-ATTC
gi|86490                      :  GAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCA-GCGAC-CA--------G--A-TT--T---T-TCTGTATTAAA-A---------AT-T-TA-GA--A----------C------T-----------CG-------------TG----------GATAA-----------AA-G-ATTGC-GCGA-GAA-CTT---A----AT--ACCAATGTTCGAAAT-TAA---TTGAGTCACCAGAGCACAAAAA-------TCAGAT-CGC-TG---CAGA-GGT-TG-----T--TATC---GTT------CCT-----GAACGC-------TG-C-GA-TTAT---A---AGATAGTCTCG-C-AG--------AC-AGA-ACTATTT-GCAT-TG-TCCGC-A-CACTAT----CCA--G-C--GCAAA--A--TG--T--AC--T--ACGTTAC-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--TTGA--C-GATTCAT
gi|86491                      :  GAGCTT--AC---GACCTGC-TTACG-AT-CTAGCT-GCGCC-C---------G--A-
gi|86492                      :      TT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-AT--T---T-TTT-------T-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CT-------------TG----------G---A-----------AAAG-A--GC-GC-A-GAAACTG---A----TC--ACCAA-ATTCA---T-TAA---TT--GTCACGAGAGC---AAAG-------TTAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-TGATG-AT--AAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGTAA-CG--A-----CCA--TTC--GC-AAATA--TA--T--ACG-T--AC----C--CCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86493                      :                      -TCACG-AC-CTAGTT-GCAAC-C---------G--A-AT--G---T-TTG-------A-ATTTATCATTAT-T-TG-GA--ATCGTGGACAAA------T-----------CG-------------TA----------G---A-----------AA-G-A--GC-GT-A-CGA-CTG---G----TA--AACAA-AGTCA---T-GAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAA-------TCAG-T-CGC-AA---CA-A-GGC-CGATG-AT--CAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-AA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-GA-T-AGT-A------------------C--GC-GA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-T------------G-TACTC-A--T--A--C-GA-TCAT
gi|86494                      :                      -TTACG-AC-CTAGTT-GCGAC-A---------G--A-TT--T---T-TTTTT-----C-C---------AT-T-TG-GA--A-----------------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------CA-A-A--TC-GT-A-ACC-CTG---AGTAATA--ACAAA-AGTCA---T-GAA---CT--GTCATAAGAGC---GAAA-------TCAG-T-TGC-AG---CA-A-GGT-CGATG-AT--CAT----GTT-CAA-ACCTTC---CAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------A--GGG-TC---TT-GCAT-GG-T-CAT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-GA--A--TG--T--ACA-T--AA----C-ACCAA-T-C------------G-TAC
gi|86495                      :                                      -GCG-C-C---------G--A-TT--T---T-TTC-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------AATCAGCT-----------CGGACAGAACACCGGTA----------G---A-----------AA-GGA--GC-GG-A-GA--CTG---A----TCCCGCCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAGCTCAGCATCAG-T-CGC-AGGCACA-G-AGT-TGATG-AT--CAT----GTT-CAA-ACTTTG---AAAC-A-------TG-CAGATTTCGC--ATGTAA------TCGAG-AG--------ACGAGA-TC---TT-GTAT-TG-T-CGT-AGCG--AAC---TCAG-GTC--GC-AAT-A--TGC-T--ACG-T--AT----C--CCAACT-CCAG---------A-TACTCGG--T--ATCT-GA-TCAT
gi|86496                      :                                          AT-C---------G--T-TT--T---TATTT-------GGA---------AT-TGTG-AACAA----------A------T-----------CGG------------TA----------G---A-----------A--G-A--GCTGC-A-TGA-CTG---G----TG--AC-AA-AGTCG---TACAA---TC--GTCAAAAAAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---C--A-GGT-CGTTG-GT--CAT----GTT-CAA-GACTT----------------------GA-TTCG---A---AGC-----TCG-CTGG--------AG-AG--TC---TT-GCATGTG-T--GT-A-TG--A------CA--GTC--GC--G--A--TG--T--ACG-C--ACT---C-ACCAA-T-CG-----------G-TAATC-G--T--C--CTGA-TCAT
gi|86497                      :                                                                                 -A---------AT-G-TGAGA--A----------A------C-----------TG-------------CT----------G---A-----------AT-A-A--GT-GC-A-AGA-TTA---A----TC--GCAGA-GATCG---T-C-----------CGTA----T---AAAA-------TCAA-T-CGC-AG---CA-A-GGT-CTTTG-TT--CTT----GTT-CAA-CACTTT---TAGC-CAGTGTTTCG-C-GA-CTTGTGGG---GG------TCG-C-AG--------AC-AAG-TC---GT-ACAT-GG-T-CAC-A-CC--A-----CCT--ATC--G---------TG--T--ACG-
gi|86498                      :                                                                                                                                                                      -----------AA-G-A--GT-GC-A-CTA-CTG---A----TC--GCAAA-A---G---T-CAAGGGTG--ATCACAAGAGC---AAAA-------TCTG-T-TGC-AG----A-A-GGT-CGATG-AT--CAA----GTT---A-ACCTGCTTGGAAC-T-------TG-C-AA-TTCA---A---AG------TTG-C-AG--------AC-AGG-TC---TT-GCAT-GG-T-CAT-A-TC--A-----CCA--GTCATGC-AA------G--G--ACG-C--AC----T-ACCAA-T-C----------------CT--G--C--A--A-GA-TCAT
gi|86499                      :                                                                                                                                                                                                      TA---A----TC--ACCAA-ATT-G---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGCAAG---CA-A-GGT-TGATG-----------------------TTC---GAAC-C-------TG-T-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGC-A-CT--A-----CCA--GTC--GC-AA--A--TGTAT--ACG-T--AC----C-ACTAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TTAT
gi|86500                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GATG-AT--CAT----ATT-CAA-ACCTTC---GA-------------------TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-TGA-TC---TT-GCAT-GG-T-CGA-G-GG--A-----CCA--GTC--GA-GA--A--TG--T--ACG-T--TC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
gi|86501                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     C-C-------CG-T-GA-TTCG---A---AT------TAA-C-AATCCAAGTAAC-AAG-TC---CT-TTAT-TT-T-TGTTA-CG--ATACTACCACCGTT------------TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-CCAT
gi|86502                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-AA--AAGTG--TTTAAG-T--AC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-


blockSeqs                     :        TA  TAA       G     C  A      T     G TCATAGTTG GA A  AT CTG A   AATTTATCATT          A G  A  CA AATCAGCTCGGACAGAACACCGG                       GACAACCGTA ATA CAAACTGTAGA  A G TT  T  G C   A   GGC GTAA  CC     T     AAA A   GGG  GA           ACA    CTCAGCA    A G   G  GCA  G G   GT    T  TAA  ATGC   T   T      TTG    G AGTGTTT  C A  T    TGG TGT  ATAGTC   A T  TCCAAGTA  G   T  TAT  G    G  T C   A T  CT TACTA   CCG  AT  A  AT AG  TA TT   T GA  GTTA AA    T A ATACATGTACAT C     G AT TG TC T  T
blockSeqs                     :        T   AA        .     .  .      .     . A         .  T  .  .   .   GTATTAAAA            . .  .  .  ATGCGGTGCAAACCG                               .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      T     .   .   T    .            .      .          . .   A  .    . .   T     .  A    C      .   .      .      . .        . .  T    C   .    GT       . .  ACC       .   .  T    .    .  . .   T G  A  AC      GG   .   A  AT .   TA A    T .   T    G     C . CAG          .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   TTTTTAA              . .  .  .  ATAGTAGACAAACTG                               .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   T     .  A    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    C        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  T       T    .   .  T  .   C  .    . .   .    G     . . G            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   TTCC                 . .  .  .  TCGTGGACAAATCG                                .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   T     .  A    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       T    .   .  .  .   .  .    . .   .    G     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   GGA                  . .  .  .  ATTCG                                         .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   T     .  A    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       T    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   TA                   . .  .  .  ATCGG                                         .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   G     .  A    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   TA                   . .  .  .  ATCT                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   T     .  A    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   AA                   . .  .  .  ATCT                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   C     .  C    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   AA                   . .  .  .  ATCT                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   T     .  T    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   AA                   . .  .  .  ATCG                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   T     .  A    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   AA                   . .  .  .  ATTG                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   C     .  C    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       T    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   TA                   . .  .  .  ATCG                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   C     .  C    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   AT                   . .  .  .  ATCG                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   T     .  C    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   TA                   . .  .  .  ATCG                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   C     .  C    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       A    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :        .   .         .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   AA                   . .  .  .  CTCG                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   C     .  C    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :                      .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   A                    . .  .  .  ATCT                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   C     .  C    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    A     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :                      .     .  .      .     . .         .  .  .  .   .   G                    . .  .  .  ACTG                                          .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   T     .  C    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    .     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :                                      .     . .         .  .  .  .   .   .                    . .  .  .  TCG                                           .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .     .   .   .    .            .      .          . .   .  .    . .   .     .  .    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       G    .   .  .  .   .  .    . .   .    .     . . .            .     . .  .  .  .  .
blockSeqs                     :                                            . .         .  .                                  . .  .  .  .                                             .          .   .            . . .   .  . .   .   .   .     .      .                                                                           .  .    .      .   .      .      . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .    .    .  . .   . .  .  .       .    .   .  .  .   .  .    . .   .    .     . . .            .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                      .            . . .   .  . .   .                                                                                                                                 . .        . .  .    .   .    .        . .  .         .   .  .                  . .  .  .       .    .   .  .  .   .  .    .                                                      


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-TT--T---T-TTT-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-CGATG-AT--NAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT
finalCons                     : CGAGCTT--AC---GACCTGG-TTACG-AT-CTAGCT-GCGAC-C---------G--A-TT--T---T-TTT-------A-A---------AT-T-TG-GA--A----------A------T-----------CG-------------TG----------G---A-----------AA-G-A--GC-GC-A-GAA-CTG---A----TC--ACCAA-ATTCG---T-TAA---TT--GTCACAAGAGC---AAAG-------TCAG-T-CGC-AG---CA-A-GGT-CGATG-AT--NAT----GTT-CAA-ACCTTC---GAAC-C-------TG-C-GA-TTCG---A---AG------TCG-C-AG--------AC-AGA-TC---TT-GCAT-TG-T-CGT-A-CG--A-----CCA--GTC--GC-AA--A--TG--T--ACG-T--AC----C-ACCAA-T-C------------G-TACTC-G--T--A--C-GA-TCAT