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lowQualScore                  :        33    999 66   7   999    333   3   888   222222222222222 3   5555    2       2 4      2 00000   2  2  2  999       
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Reference ( gi|8127 )         : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-TCGCA-CGC---AAA------A--------CTAAC----CTCT-TCCATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
gi|8126                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC---AAA------A--------CTAAC----CTCT-TCCATAT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
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Alignments
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Alignments
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Reference ( family-616 )      : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CCAAC----CTCT-TCCATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
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gi|8151                       :                                                                           CT-TCCATGT-A-GGTATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTCC


blockSeqs                     :        AC    GCC TA   A   GTG    ATC   A   TA   AAAAGAAAC           CCTA    C       C C      A TCGAC   C  T  C  AAA
blockSeqs                     :        .     .   TA   .   .      ATC   A   TA   AAAAACA             .       .       . G      . A       .  .  .  AA 
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      TC    .   .    A                   .       .       . .      . T       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CT    .   .    G                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  G  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CT    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      TC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  G  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      TC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  G  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    G                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      TC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  A  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      TC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  .  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  .  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      CC    .   .    A                   .       .       . .      . .       .  .  .  .  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      T     .   .    A                   .                                              
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      T     .   .    A                                                                  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      T     .   .    .                                                                  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      C     .   .    .                                                                  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      T     .   .    .                                                                  
blockSeqs                     :        .     .   .    .   .      T     .   .    .                                                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CCAAC----CTCT-TCCATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
finalCons                     : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CCAAC----CTCT-TCCATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC





Alignments
lowQualScore                  :        22    222 44   1   222    444   3   44   888888888888888     4444    2       2 4      2 99999   2  2  2  666       
lowQualScore                  :        ..    ... ..   .   ...    ...   .   ..   ...............     ....    .       . .      . .....   .  .  .  ...       
lowQualScore                  :        22    888 44   6   888    222   2   44   444444444444444     2222    1       1 2      1 55555   1  1  1  111       
consensus                     : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CCAAC----CTCT-TCCATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
Reference ( family-616 )      : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CCAAC----CTCT-TCCATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
gi|8126                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CTAAC----CTCT-TCCATAT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
gi|8127                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-TCGCA-CGC--AAA------A--------CTAAC----CTCT-TCCATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
gi|8128                       : CAAACTT--CCAC---C--AGA-GGTGTGCGTT-CTGTA-CGC--AAA------G--------CTAAC----CTCT-TCCATGT-A--GCATT-GA----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
gi|8129                       : CAAACTT--CCAC---C--AGA-GGT---CGTT-CCACA-CAC--TAA------A--------CCAAC----CTCT-TCCATGC-A-GGCATT-T-----CAG-GA-TT-GG--AAATTTCC
gi|8130                       : CAAATTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CAAAC----CTCT-GCTATGA-A-GGCATT-G-----TGA-GA-TT-GG--AAATTT
gi|8131                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AA---------------------------CT-TCCATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GGA-AAATTTCC
gi|8132                       : CAAATTT--CCGC---C--AGA-GGC---TGTT-T-GCA-CGC--AAA------A--------CCAAT----CTCT-ACCATGC-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--GAATTTCC
gi|8133                       : CAAACTT--CCAC------AGA-GGT---CGTA-CT-CA-CAC--AAA------A--------CCAAC----CTTT-TCCATGT-A-GACATA-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTTCC
gi|8134                       : CAAACTT--CTGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CA-------------------------------------CATGT-A-GGCATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AGATTTC
gi|8135                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GTT---CGTT-T-ACA-CGC--AAA---------------CCAAA----CTCT-TCCAGTT-A-GGCATT-A-----TGG-GA-TA-GG---GGTTTCC
gi|8136                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GTT---CGTT-T-ACA-CGC--AAA---------------CCAAA----CTCT-TCCAGTT-A-GGCATT-A-----TGG-GA-TA-GG---GGTTTCC
gi|8137                       : CAAACTTACCCGC---C--AGA-GGT---CGTT-TCGCA-CGC--AAA------AAAAGAAACTTAACCCTACTCTCTCCATGTCACGGCATT-GTCGACTGGCGA-TTCGG--AAATTTCC
gi|8138                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CTAA
gi|8139                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-AGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CTAAC----
gi|8140                       : CAAACTT--TCGC---C--AGA-G-------TT-C-----------AA------A--------CCAAA----CTTT-TCCAAGC-A-GGCATT-GT----TGA-GA-TA-GG--AAATTCCC
gi|8141                       : CAAACTT--CCAC---C--GGA-GGT---CGTT-TCGCA-TGC--AAA------A--------CCAA
gi|8142                       : CAAACTT--CCAC---A--AGA-GGT---CGTT-CCGCG-AGC--AAA------A--------CTAA
gi|8143                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CATT-TCGCA-CGC--AAA------G--------CTA
gi|8144                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GGT---CGTT--TGCA-CGC--AAA------A--------CCAAC----
gi|8145                       : CAAACTT--CCGC---C--AGA-GAT---CGTT-TCGTA-CGC--AAA------A--------CCAA
gi|8146                       :  AAACTT--CCACGCCC--AGAAGGT---CGTT-CCGCA-CGC--AAAAAAAACA--------TTAAC----CTCT-TCCATAT-AGGGCATTAG-----TGG-GA-TT-GGAAAAATTTC
gi|8147                       :  AAACTT--CTGC---C--AGA-GTT---GGTT-T-ACA-CG---GAA------A--------CCAAA----CTCT-TCCAGTT-G-GGCATT-A-----TGG-GA-TA-GG---GGTTTCC
gi|8148                       :       T--CCGC---CTAAGA-GGT---CGTTATCGCAACGCTAAAG------A--------ACTAC----CTCA-TCCATGT-A-GGCATT-T-----T---GA-CT-GG--GAATTTTC
gi|8149                       :       T--CCGC---CTAAGA-GGT---CGTTATCGCAACGCTAAAG------A--------ACTAC----CTCA-TCCATGT-A-GGCATT-T-----T---GA-CT-GG--GAATTTTC
gi|8150                       :        --CCAC---C--AAA-------CGTT-CCGCA-CGC--AAA------A--------CTAAC----CTC--TCCATAT-A-GCAATT-G-----TGG-GATTT-GG--AAATTTCC
gi|8151                       :                                                                           CT-TCCATGT-A-GGTATT-G-----TGG-GA-TT-GG--AAATTCC