lowQualScore                  :                                                                                                  111111                    
lowQualScore                  :        2   22 1       1 5 3 8888888888888  44444 22 0 1  1 1 1   1 1    3   1  1   444 444  3    000000  5555 1 1  3       
lowQualScore                  :        .   .. .       . . . .............  ..... .. . .  . . .   . .    .   .  .   ... ...  .    ......  .... . .  .       
lowQualScore                  :        0   66 9       7 2 5 0000000000000  22222 33 7 7  6 5 5   5 5    1   5  6   666 666  9    999999  4444 7 7  5       
consensus                     : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTGAG------TA----C-A-AT-ATTGACC
Reference ( gi|86432 )        : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTGAG------TA----C-A-AT-ATTGACC
gi|86433                      : ATACAAT-TAT--A-ACATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTGAG------TA----C-A-AT-ATTGACC
gi|86434                      : ATACAAT-TAC--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GA-----T--CTA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTGAG------TA----T-A-AT-ATTGACC
gi|86435                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-AT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCGGAG------TACATGC-A-AT-ATTGACC
gi|86436                      : ATATAAT-TGT--A-GCATATT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--ATA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CTCTGAG------TA----C-A-AT-AT
gi|86437                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CTA-TT-C-G-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCATAGA---CCCCGAGTAGGCCTA----C-A-AC-ATCGA
gi|86438                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----AGGGGTTT--CTA-TT-C-ATTGG-TGTTTATTAG-CA-CCA---A---CCCTGTGT-----TA----C-A-AC-ATTGACC
gi|86439                      : ATATAATCTAT--A-GCTTGTA-G-A-T-----C-A-----GG-----T--CAATTT-C-A-T-G-T-TTTA--AG-CA-CCA---A---CCCTTTG------T-----C-A-AT-ATT
gi|86440                      : ATACAAT-TAT--T-GC-TGTT-T---T-----G-A-----GG-----T--CAA-TA-CGA-TGA-T-TT----AGACA-CC-----------TGAG------TA----C-A-AT-ATTCACC
gi|86441                      :  TACAAT-T-T--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTGAA------TA----C-A-ATAATTGACC
gi|86442                      :  TACAAT-CAT--A-CCATGGT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTACTAG-C
gi|86443                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----TTC-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TCTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTGAG------TA----C-A-AT-ATAGACCtcaaagccacaatgcaa
gi|86444                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-GTA-T-----T-C-----AG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTCAG------TA----C-A-AT-ATAGACC
gi|86446                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-AAT-----T-C-----GG-----T--ATA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CACCCA---C---CCCTCAC------TT----C-A-AT-ATAGACC
gi|86448                      :   ACAAT-TA------CATGTT-T-A-TCATGAG-AAATTCGA-----T--TAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---TATTGAG------TA----C-G-AT-ATAGATC
gi|86447                      :   ACAAT-TAT----GCATGTT-G-AAT-----T-C-----GG-----T--CAA-TTTC-A-TGGTT-TTTA-TAG--A-CCA---A---CCCTGAGT-----TA----C-ATAT-
gi|86445                      :   ACAAG-TAT--A-GCATGTTCA-A-T-----T-C-----GG-----T--GTA-TC-C-A-GGG-T-TTCA-TAG-CA-CGA---A---CCCCGAC------TT----C-A-AT-AT
gi|86449                      :    CAAT-TAT--A-GCATGTT-GTA-T-----T-T-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCG---A---CCCTGAG------TA----C-A-AT-ATTGATC
gi|86450                      :    CAAT-TGTTAACGCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--ATA-TT-C-G-TGG-T-TTTG-TAG-CA-CCA---A---CTCTGAG------TA----C-A-AT-AT
gi|86451                      :     AAT-TAT--A-GCATGTT-ATA-C-----T-AC----GG-----TTCCAA-TA-C-A--GG-T-TGTA-TAG-CA-CCA---AC--CCCTGAG------TA----CAA-AT-ATTGACC
gi|86452                      :       T-TAT--A-GCATGAT-G-T-T-----G-A-----TG-----T--CTA-CC-C-A-TAG-T-TCTA-TAT-AA-CCAC--AAACCCCTGAGTT----TA----C-A-ATAATTGACC
gi|86453                      :          AC--A-GCAT-TT-A-A-T-----G-A-----AA-----T----A-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG
gi|86454                      :                  ATGTT-G-A-T-----G-A-----GT-----G--CA--TT-C-A-TGG-T-TTTA--AG-CA-CCA---A---CCTGTAG------TAT---C----T-ATTGACC
gi|86455                      :                  ATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG---TTTA-TAG-CG-C
gi|86456                      :                                     -----GA-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTGAG------TA----C-A-AT-ATAGACC
gi|86457                      :                                                          -C-A-TGG-T-GTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTGAG------TA----C-A-AC--TTGACC
gi|86458                      :                                                            -A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTGAG------TA----C-A-AT-ATGGACC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                   111111                   
lowQualScore                  :        1   22 1       1 5 3 6666666666666  44444 22 0 1  1 1 1   1 1    3   1  1   444 444     1  000000  5555 1   3       
lowQualScore                  :        .   .. .       . . . .............  ..... .. . .  . . .   . .    .   .  .   ... ...     .  ......  .... .   .       
lowQualScore                  :        9   55 8       7 0 3 8888888888888  00000 22 3 6  5 5 5   5 5    0   5  5   222 222     5  000000  0000 6   3       
consensus                     : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
Reference ( family-615 )      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86432                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86433                      : ATACAAT-TAT--A-ACATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86434                      : ATACAAT-TAC--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GA-----T--CTA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-AG------TA----T-AAT-ATTGACC
gi|86435                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-AT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCGG-AG------TACATGC-AAT-ATTGACC
gi|86436                      : ATATAAT-TGT--A-GCATATT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--ATA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CTCTG-AG------TA----C-AAT-AT
gi|86437                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CTA-TT-C-G-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCATAGA---CCCCG-AGTAGGCCTA----C-AAC-ATCGA
gi|86438                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----AGGGGTTT--CTA-TT-C-ATTGG-TGTTTATTAG-CA-CCA---A---CCCTG-TGT-----TA----C-AAC-ATTGACC
gi|86439                      : ATATAATCTAT--A-GCTTGTA-G-A-T-----C-A-----GG-----T--CAATTT-C-A-T-G-T-TTTA--AG-CA-CCA---A---CCCTT-TG------T-----C-AAT-ATT
gi|86440                      : ATACAAT-TAT--T-GC-TGTT-T---T-----G-A-----GG-----T--CAA-TA-CGA-TGA-T-TT----AGACA-CC-----------TG-AG------TA----C-AAT-ATTCACC
gi|86441                      :  TACAAT-T-T--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AA------TA----C-AATAATTGACC
gi|86442                      :  TACAAT-CAT--A-CCATGGT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTACTAG-CT-CAA---A---GCCAC-AA------TG----C-AA
gi|86443                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----TTC-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TCTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86444                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-GTA-T-----T-C-----AG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTC-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86445                      :   ACAAG-TAT--A-GCATGTTCA-A-T-----T-C-----GG-----T--GTA-TC-C-A-GGG-T-TTCA-TAG-CA-CGA---A---CCCCG-AC------TT----C-AAT-AT
gi|86446                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-AAT-----T-C-----GG-----T--ATA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CACCCA---C---CCCTC-AC------TT----C-AAT-ATAGACC
gi|86447                      :   ACAAT-TAT----GCATGTT-G-AAT-----T-C-----GG-----T--CAA-TTTC-A-TGGTT-TTTA-TAG--A-CCA---A---CCCTG-AGT-----TA----C--AT-AT
gi|86448                      :   ACAAT-TA------CATGTT-T-A-TCATGAG-AAATTCGA-----T--TAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---TATTG-AG------TA----C-GAT-ATAGATCa
gi|86449                      :    CAAT-TAT--A-GCATGTT-GTA-T-----T-T-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCG---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGATC
gi|86450                      :    CAAT-TGTTAACGCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--ATA-TT-C-G-TGG-T-TTTG-TAG-CA-CCA---A---CTCTG-AG------TA----C-AAT-AT
gi|86451                      :     AAT-TAT--A-GCATGTT-ATA-C-----T-AC----GG-----TTCCAA-TA-C-A--GG-T-TGTA-TAG-CA-CCA---AC--CCCTG-AG------TA----CAAAT-ATTGACC
gi|86452                      :       T-TAT--A-GCATGAT-G-T-T-----G-A-----TG-----T--CTA-CC-C-A-TAG-T-TCTA-TAT-AA-CCAC--AAACCCCTG-AGTT----TA----C-AATAATTGACC
gi|86453                      :          AC--A-GCAT-TT-A-A-T-----G-A-----AA-----T----A-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-
gi|86454                      :                  ATGTT-G-A-T-----G-A-----GT-----G--CA--TT-C-A-TGG-T-TTTA--AG-CA-CCA---A----CCTGTAG------TAT---C---T-ATTGACC
gi|86455                      :                  ATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG---TTTA-TAG-CG-C
gi|86456                      :                                     -----GA-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86457                      :                                                          -C-A-TGG-T-GTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAC--TTGACC
gi|86458                      :                                                            -A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATGGACC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                   111111                   
lowQualScore                  :        1   22 1       1 5 3 6666666666666  44444 22 0 1  1 1 1   1 1    3   1  1   444 444     1  000000  5555 1   3       
lowQualScore                  :        .   .. .       . . . .............  ..... .. . .  . . .   . .    .   .  .   ... ...     .  ......  .... .   .       
lowQualScore                  :        9   55 8       7 0 3 8888888888888  00000 22 3 6  5 5 5   5 5    0   5  5   222 222     5  000000  0000 6   3       
consensus                     : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
Reference ( family-615 )      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86432                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86433                      : ATACAAT-TAT--A-ACATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86434                      : ATACAAT-TAC--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GA-----T--CTA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-AG------TA----T-AAT-ATTGACC
gi|86435                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-AT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCGG-AG------TACATGC-AAT-ATTGACC
gi|86436                      : ATATAAT-TGT--A-GCATATT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--ATA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CTCTG-AG------TA----C-AAT-AT
gi|86437                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CTA-TT-C-G-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCATAGA---CCCCG-AGTAGGCCTA----C-AAC-ATCGA
gi|86438                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----AGGGGTTT--CTA-TT-C-ATTGG-TGTTTATTAG-CA-CCA---A---CCCTG-TGT-----TA----C-AAC-ATTGACC
gi|86439                      : ATATAATCTAT--A-GCTTGTA-G-A-T-----C-A-----GG-----T--CAATTT-C-A-T-G-T-TTTA--AG-CA-CCA---A---CCCTT-TG------T-----C-AAT-ATT
gi|86440                      : ATACAAT-TAT--T-GC-TGTT-T---T-----G-A-----GG-----T--CAA-TA-CGA-TGA-T-TT----AGACA-CC-----------TG-AG------TA----C-AAT-ATTCACC
gi|86441                      :  TACAAT-T-T--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AA------TA----C-AATAATTGACC
gi|86442                      :  TACAAT-CAT--A-CCATGGT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTACTAG-CT-CAA---A---GCCAC-AA------TG----C-AA
gi|86443                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----TTC-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TCTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86444                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-GTA-T-----T-C-----AG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTC-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86445                      :   ACAAG-TAT--A-GCATGTTCA-A-T-----T-C-----GG-----T--GTA-TC-C-A-GGG-T-TTCA-TAG-CA-CGA---A---CCCCG-AC------TT----C-AAT-AT
gi|86446                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-AAT-----T-C-----GG-----T--ATA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CACCCA---C---CCCTC-AC------TT----C-AAT-ATAGACC
gi|86447                      :   ACAAT-TAT----GCATGTT-G-AAT-----T-C-----GG-----T--CAA-TTTC-A-TGGTT-TTTA-TAG--A-CCA---A---CCCTG-AGT-----TA----C--AT-AT
gi|86448                      :   ACAAT-TA------CATGTT-T-A-TCATGAG-AAATTCGA-----T--TAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---TATTG-AG------TA----C-GAT-ATAGATCa
gi|86449                      :    CAAT-TAT--A-GCATGTT-GTA-T-----T-T-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCG---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGATC
gi|86450                      :    CAAT-TGTTAACGCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--ATA-TT-C-G-TGG-T-TTTG-TAG-CA-CCA---A---CTCTG-AG------TA----C-AAT-AT
gi|86451                      :     AAT-TAT--A-GCATGTT-ATA-C-----T-AC----GG-----TTCCAA-TA-C-A--GG-T-TGTA-TAG-CA-CCA---AC--CCCTG-AG------TA----CAAAT-ATTGACC
gi|86452                      :       T-TAT--A-GCATGAT-G-T-T-----G-A-----TG-----T--CTA-CC-C-A-TAG-T-TCTA-TAT-AA-CCAC--AAACCCCTG-AGTT----TA----C-AATAATTGACC
gi|86453                      :          AC--A-GCAT-TT-A-A-T-----G-A-----AA-----T----A-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-
gi|86454                      :                  ATGTT-G-A-T-----G-A-----GT-----G--CA--TT-C-A-TGG-T-TTTA--AG-CA-CCA---A----CCTGTAG------TAT---C---T-ATTGACC
gi|86455                      :                  ATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG---TTTA-TAG-CG-C
gi|86456                      :                                     -----GA-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86457                      :                                                          -C-A-TGG-T-GTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAC--TTGACC
gi|86458                      :                                                            -A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATGGACC


blockSeqs                     :        C   TA C       C T A CATGAGAAATTC   GGGTT TC   T  T G T   T G    T   A  C   TAG AAC     T  TAGGCC  CATG A   A
blockSeqs                     :        .   .  .       . T A TTC            .     .    .  . . .   . .    C   .  .   C   C       .  TT      T    .   A
blockSeqs                     :        .   .  .       . T . TAC            .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  T       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  T       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . CA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . TC             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . TC             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . TC             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . TC             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . TT             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :        .   .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :            .  .       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :                       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :                       . . . GA             .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .   .
blockSeqs                     :                                            .     .    .  . . .   . .    .   .  .   .   .       .  .       .    .    
blockSeqs                     :                                                          . . .   . .    .   .  .   .   .       .                    
blockSeqs                     :                                                            . .   . .    .   .  .                                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
finalCons                     : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                   111111                   
lowQualScore                  :        1   22 1       1 5 3 6666666666666  44444 22 0 1  1 1 1   1 1    3   1  1   444 444     1  000000  5555 1   3       
lowQualScore                  :        .   .. .       . . . .............  ..... .. . .  . . .   . .    .   .  .   ... ...     .  ......  .... .   .       
lowQualScore                  :        9   55 8       7 0 3 8888888888888  00000 22 3 6  5 5 5   5 5    0   5  5   222 222     5  000000  0000 6   3       
consensus                     : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
Reference ( family-615 )      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86432                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86433                      : ATACAAT-TAT--A-ACATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGACC
gi|86434                      : ATACAAT-TAC--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GA-----T--CTA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-AG------TA----T-AAT-ATTGACC
gi|86435                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-AT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCGG-AG------TACATGC-AAT-ATTGACC
gi|86436                      : ATATAAT-TGT--A-GCATATT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--ATA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CTCTG-AG------TA----C-AAT-AT
gi|86437                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CTA-TT-C-G-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCATAGA---CCCCG-AGTAGGCCTA----C-AAC-ATCGA
gi|86438                      : ATACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----AGGGGTTT--CTA-TT-C-ATTGG-TGTTTATTAG-CA-CCA---A---CCCTG-TGT-----TA----C-AAC-ATTGACC
gi|86439                      : ATATAATCTAT--A-GCTTGTA-G-A-T-----C-A-----GG-----T--CAATTT-C-A-T-G-T-TTTA--AG-CA-CCA---A---CCCTT-TG------T-----C-AAT-ATT
gi|86440                      : ATACAAT-TAT--T-GC-TGTT-T---T-----G-A-----GG-----T--CAA-TA-CGA-TGA-T-TT----AGACA-CC-----------TG-AG------TA----C-AAT-ATTCACC
gi|86441                      :  TACAAT-T-T--A-GCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AA------TA----C-AATAATTGACC
gi|86442                      :  TACAAT-CAT--A-CCATGGT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTACTAG-CT-CAA---A---GCCAC-AA------TG----C-AA
gi|86443                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-A-T-----TTC-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TCTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86444                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-GTA-T-----T-C-----AG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTC-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86445                      :   ACAAG-TAT--A-GCATGTTCA-A-T-----T-C-----GG-----T--GTA-TC-C-A-GGG-T-TTCA-TAG-CA-CGA---A---CCCCG-AC------TT----C-AAT-AT
gi|86446                      :   ACAAT-TAT--A-GCATGTT-G-AAT-----T-C-----GG-----T--ATA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CACCCA---C---CCCTC-AC------TT----C-AAT-ATAGACC
gi|86447                      :   ACAAT-TAT----GCATGTT-G-AAT-----T-C-----GG-----T--CAA-TTTC-A-TGGTT-TTTA-TAG--A-CCA---A---CCCTG-AGT-----TA----C--AT-AT
gi|86448                      :   ACAAT-TA------CATGTT-T-A-TCATGAG-AAATTCGA-----T--TAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---TATTG-AG------TA----C-GAT-ATAGATCa
gi|86449                      :    CAAT-TAT--A-GCATGTT-GTA-T-----T-T-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCG---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATTGATC
gi|86450                      :    CAAT-TGTTAACGCATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--ATA-TT-C-G-TGG-T-TTTG-TAG-CA-CCA---A---CTCTG-AG------TA----C-AAT-AT
gi|86451                      :     AAT-TAT--A-GCATGTT-ATA-C-----T-AC----GG-----TTCCAA-TA-C-A--GG-T-TGTA-TAG-CA-CCA---AC--CCCTG-AG------TA----CAAAT-ATTGACC
gi|86452                      :       T-TAT--A-GCATGAT-G-T-T-----G-A-----TG-----T--CTA-CC-C-A-TAG-T-TCTA-TAT-AA-CCAC--AAACCCCTG-AGTT----TA----C-AATAATTGACC
gi|86453                      :          AC--A-GCAT-TT-A-A-T-----G-A-----AA-----T----A-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCTTG-
gi|86454                      :                  ATGTT-G-A-T-----G-A-----GT-----G--CA--TT-C-A-TGG-T-TTTA--AG-CA-CCA---A----CCTGTAG------TAT---C---T-ATTGACC
gi|86455                      :                  ATGTT-G-A-T-----G-A-----GG-----T--CAA-TT-C-A-TGG---TTTA-TAG-CG-C
gi|86456                      :                                     -----GA-----T--CAA-TT-C-A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATAGACC
gi|86457                      :                                                          -C-A-TGG-T-GTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAC--TTGACC
gi|86458                      :                                                            -A-TGG-T-TTTA-TAG-CA-CCA---A---CCCTG-AG------TA----C-AAT-ATGGACC