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lowQualScore                  :          . .......... .    .. . ..   ..   .. ... .. .     . .. .. ...  ...........    .  ....  .... .....      ..  .. . ...     .  . .  .  ...  ... .. .... .       ......   ....       .   .... . ....  .  .... ........... .  ........  ... .............  ....  .  . ....  . .  .       .     ..  .  . ... .     .. .   .. .     . . .  .. .  ..  .  .. .   .  ........   ... . ... .    .  . . ..  .. . .  .   .....   ... .    .. .. .  .   ..   ..  . .  .......... .  .  ..   . ....  ...  .........         . . .. ..  .. . . ..  . . .    .     
lowQualScore                  :          2 3333333333 1    55 2 44   88   88 111 88 0     0 88 88 555  44444444444    0  5555  1111 00000      88  88 1 555     0  0 0  0  888  777 99 0000 0       888888   9999       6   9999 8 9999  8  9999 00000000000 8  55555555  222 0000000000000  9999  8  7 7777  5 7  5       7     44  8  6 777 8     11 7   44 7     8 9 9  00 8  55  9  66 9   8  99999999   777 8 333 8    9  9 9 66  66 9 9  8   55555   000 5    55 55 8  6   00   00  6 8  0000000000 8  8  33   8 4444  222  111111111         8 8 33 55  55 6 6 55  6 8 8    6     
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Reference ( gi|101466 )       : GGGATAGTT-GA-A-------T-TATC-AG-G-TGGT--GTT--A--TA--C-GGAAA-T--T--G---AA------A----GTTC-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--AGA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G--G-T-GTGAAGA------AAG----GTGAACT-ATC----A-A----AA-GC----CA-CA-------A-TC--------GC---C---GT--------GA----AA-TA-C----GG-T-GT-CCCACGC-AACAC--GC-TT-T---C-GACAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-AA-TA--AA-AT--T-AAC-GA--------TGC-A-T-A---T-GAAA-TG-A-G--TA--C-G-TT-TGG-----CCC-A-A-AGCG--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----AA---GT----T----ATATTGGAA-G-T--T--AA--C-TCC--GG-A-T-ATCT-CGAAC
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gi|101472                     : GGGATAGTT-G-G-A-------T-T-ATCGG---G-AG-GT----------GTT-A--G-A-CACG-GAAA-T--T--G---AA------A----G-T-C-AT----AC--CAA-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-GTG--AAGA------AAG----GTGAACT-ATC----A-----A----AA-GCC--G-TC-A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TA-C----GG-T-GT-CCCACG-AA-CAC--GC-TT-T---C-GATAT--G-G-T--G-AAAA-----------------------T-AAC-T---ATGT-GT-A---T-GAA-A-T---G-A-G--TA--T-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-T----GGT--GG-T-AA----------T-TT-AA------A----A--------A---ATT-AT----ATTGGAA-G-T--C--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAACacccc
gi|101473                     : GGGATAGT--G-G-A-------T-T-ATCTG---G-AG-GT----------G-T-A--A-A-A--G-GACA-T--T--G---AA------A----GTTCC-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AGTTT---AA---T--GAA-T-GTG--AAGA------A------GTGAACG-ATC----A-----A----AA-GCC--G-CC-A-T-C----GCC-------AAG----------GA----AA-TA-C----AG-T-GT-CCCACGCAA-CAC--GC-TT-T---CGGACAT--G-GCT--G-AAAAA-T---TC-GATTA--AA-AA--T-AAC-G---ATGC-GTAA---A-GAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGG-----CCC---A-A-GCG--A--TAAG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC------A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-GTT--T--AA--CATTC---G-A-T-A-CT-CGGAcccc
gi|101474                     : GGGATAGTT-G-A-A-------A-T--TCTG---G-AG-GC----------GTT-A--A-A-C--G-GAAA-T--T--G---AA-----------GTC-C-AT----A--------------------------A---TTCAA-AA-C-AG-TA---AA---T--A-A-T-GTG--AAGA------AAG----GCGAACT-ATC----A-----A----AA-GCC--G-CC-ATT-C----GCC-------AA-----------GA----AA-TA-C----AG-T-GT--CCACGCAA-CAT--GC-TT-T---C-AACAT--G-GCT--G--AAAA-T-G-TC-GA--A--AA-AT--T-AAC-A---ATGC-AT-A-----AAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGG-----CCC---A-A-GCG--A--T-AG-TGG--GAT--GG-T-AT----------T-TC-AA--AAC-A----A--------C---GTG-AT----ATTGGAA------T--AA--C-TT---GG-A-T-AT-T-CAAACaaccccc
gi|101475                     : GGGATAGTT-G-G-AATTCCGAT-T-ATCTG---G-AG-GT----------GTT-A--A-AAC--G-GAAA-T--T--GGAAAA------A----GAT-C-ATTATAAC--C-A-----TAGAAA--CT--A-CA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T----A-T-GTG--AAGA------AAGT---GTGAACT-ATC----A-----A----AA-GCC----TC-A-T-C----GCC-------GA-----------AA----AA-TA-C----GGCT-GT-CCCATGCAA-CAC--GCTTT-T---C-GACAT--G-GCT--G-AAAAATT-G-TCGGA-TA--AA-ATTAT-AAC-G---ATGT-GT-A---T-G-A-A-T---G-A-G--TA--T-G-TT-TGG-----CCA-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GGTTGGA-TAAA----------T-TCAAA--AACAA----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--C--AA--C-T-------G-T-ATCTGCGAACcccc
gi|101476                     : GGGATAGTT-G-G-A-------T-T-ATCTG---G-AG-G-----------GTT-A--A---C--G-GAAAAT--T--G---AA------A----GTT-C-AT----AT--C-G-----TAGAAA--TT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TATAAAA---T--A-A-T-GTG--AAGA------AAG----G--AA-T-ATC----A-----A----AAAGCC--G-CC-A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TA-C----GG-T-GT-TCCAGGCAAACAC--GC-TT-T---T--ACAT--G-GCT--T-GAAAA-T-G-TC-GA-TA--AA-AT--T-A----------C-G------------A-T---G-A-G--TA--C-G-TTCTGG-----CCC-A-A-AAGCG--A--T-AG-TGA--AGT--GG-T-AA----------TGTC-AA--AA-------A--------A-------AT----ATTGGAA-G-T--C--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CAActcc
gi|101477                     : GGGATAGT--G-G-A-------T-TTATCTGTACA-TA-GTTACCAGTATGGTT-A--ATG-CT-G-GAAA-T--TTTG---GATC----A----GTT-C-A-----AC--C-AATTACTAGAAT--CCTAA-AA---TGTCA-AG-C-AG-TA---AAATTT--G-A-T-GTGTGAAAA------ATGTGGTGTGACTT-ATCTTCAA-----A----AA-GCC--G-CC-A-T-C----GCCTAACCGAAA-----------GA----AA-TA-C----GA-TTGTTCCCACGCAA--ACTTGT-TT-TTT-C-GACATTTA-GCT--G-AAAAA-TTG-TC-AA-TATAAA-AT-----AC-A---ATGC-AT-AAATT-GAA-AAT---G-A-G--TT--TTG-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG-----T-AA-TGATTGATT-GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----AAGTGGAATA---GTG-AT----ATTGGAATA-T--T--AAACT-TTC--GG-A-C-ATCTGCGAAcccc
gi|101478                     : GGAATAGTT-G-G-A-------T-T-ATCTG---G-TG-GT----------GTT------------------T--T--G---AA------A----GTT-C-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCN-GG---AG-Ttc
gi|101479                     :   GGTAGTT-G-G-A-------TAT-ATCTG-----TG-CT----------GTTTA--A-A-T--G-GAAA-T-----G---GA------A----GTT-C-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-CTG--AAGA------AAGA---GTGAACT-ATC----A-----A----AA-G-C--G-CC-A-T-C----GCC-------AA-----------GA----AA-TA-C----GGAT-GT-CCCACGCAA-CAC--GC--T-T---C-GACAT--G-ACT--T-GAAAA-T-G-TC-AA--A--AA-AT--T-AACAG---ATGCAGT-A---T-T-A-A-T---G-A-T--GA--C-GTTT-TGG-----CCC-A-AGA-GC---A--T-AG-TGA--GAT--GGCT-AA----------C-TC-AA--AAC------A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAA
gi|101480                     :   GAAAATT-GAG-A-------T-A-ATTTG---G-TG-GT----------GTT-A------C--G-GGAA-T--T--G---A------------GTT---AT----AG--C-A-----TTGAAC--CT--AGAA---TTTCA-AG-C---------------------T-GT--------------AG----GTGGATT-ATC----A-----A----A--GCC--G-C--A-T-C----CCA-------GAATCGGAAATGGGACAAGAA-TA-C----GG-T-GT-CCAACA-AA-CAA--GC-TT-T---C-GA-AT--GCGCT--G-AACAT-T-G-GC-GA-TG--AAGAT-----AC-G---GAGC-GT-A---T-AAA-A-T---ATA-G--TA--T-G-TG-TGG-----ACC-A-CCA-ACA--A--T--G-TGA--GAT--GG-T-A-----------T-TC-AA--A-T-A----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAACacccc
gi|101481                     :     TAGTT-G-G-A-------T-T-ATCT------TG-GTCA--------GTT-A--A------T-GAAA-T--T--G---GA------A----GTT-C-AT----ACATC-A-----AGAAAA--CT--A-AT---TTTCA-AGGC-AG-TA---AA---T--G-ACT-GTG--AAGA------AAG-----TAAACTGATC----A-----A----AA-GCG--G-CCCA-TAC----GCC-------AA-----------GA----AAATA------GG-T-GTTCCCACGCAC-CAA--CC-TT-T---C-GACAT--G-ACT--G--AAAA-T-GATC-AA-TA--AA-AT--TAAAC-G---ATGC-CG-G---T-GAA-A-T---G-A-GACTA--C-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GATG-GG-T-AA----------C-TC-AA--AAC-A----A--------AAAGGAG-AT----ATTGGAA-G-T--TTAAA--C-TTC---G-A-T-ATC--CGAACcccc
gi|101482                     :     TAGTT-G-G-A-------T-T-ATCTG---G-TG-GT----------GTT-A--A-A-C--A-GAAA-T--T--G---AA------ACAAAGTT-C-AT----AT--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-GTG--AAGA------AAG----G-GATCT--------------------------------A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TA-T----GG-C-GT-CCCACGCAA-TAC--GC-TT-T---C-GACAT--G-GCT--GAAAAAA-T-G-TC-AA-TA--AA-AC--T-AAC-G---ATGC-GT-A---T-GAA-A-----G-A-G--TA----G-CT-AGA-----CTC---A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAA-AAC--A--------A---GTGAAT----ATTGGGA-A-TG-T--AA--C-TTC---G-A-T-ATCT-CGAACcc
gi|101483                     :     TAGTT-G-GGA-------T-T-ATCTG---G-TG-GT----------GTT-ATAA-A-C--A-GAAA-T--T--G---AACACAAAA----GTT-C-AT----AT----------TAGAAAT-CT--A-AA---TT-CATAG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-GTG--AAGA------AAG----G-GATCT--------------------------------A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TA-T----GG-C-GT-CCCACGC-A-TAC--GC-TTCT---C-GACAT--G-GCTAGA-AAAAA-T-G-TC-AA-TAC-AA-AC--T-AACAG---ATGC-GT-A---TGGAA-A-T---G-AGG--TA--C-G-TC-AGA-----CTC---A-A-GCG-----T-AGTTGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AAACAAA-A----A--------A---GTG-AA----TTTGGAA-G----T--AA--C-TTC--GG-A---ATCT-CGAACccc
gi|101484                     :     TAGTT-G-G-T-------C-T--TCTG---GGTG-GT----------GTT-T--A-A-T--AAGCAA-TGAT--A---AA------G----GTT-CCATTCTGAT--T-A-----TAGAAGTTCT--A-AACCTTTTCA-AG-T-TG-TAT--AA---TTTG-A-T-GTG--AAGAGACAATAGG----ATGATCT-ATA----ATATATA----TA-GTCTTGTCC-A---G----GCCT------GAG----------GA----AA-TA-CCTGTAG-T-GT-TCCTCGAAA------GC-TT-TAGGC-GACAT----GCT--G-CCATA---G-TA-G---A--AA-AT--T-AAC-GATTATG--GT-G---T-GGACA-TAAAG-G-G--TG--T-T-TT-CGGTATGATCC-ACA-G-GCC--ATTT-AG-TGAAGAAT--GG-T-GAAAACTTTGACT-TA-AAT-AAC-ACAGTA--------A---GTG-AT----ATTGGAA-C-TAGT--GA--T-TTTTGGG-A-TGATCT-CGccc
gi|101485                     :          -G-G-A-------T-T-ATCTG---GACG-GT----------GGT-A--A-A-C--G-GAAA-T--A--G---AA------A----GTT-C-AT----AC----A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---TA---T--G---T-GTG--AAAG------AAG----GTGAACT-ATC----A-----A----AA-ACT--G-TC-A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TAGC----GG-T-GT-CCCACGCAA-CAC--GC-TT-T---C-GGCATC-G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-GATTA--AA-AT--T-AAC-G---ATGT-GTAA---TGGAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGT-----CAC-A-A-A-G-G--A--T-AG-TGA--GGT--GG-T-AA----------A-T--AA--AAA-A----A--------A---ATT-AT-----TTGGAA-G-T--C--AA--A-TTC--GG-A-T-ATCT-CGA
gi|101486                     :                                      G-GC----------GTA-A--A-A-C--G-GAAG-T--T--A---AA------T----GT--A-ATG---AA--G-A-----TAGAGA--CC--A-AG---TACGA-GG-CTAT-TA---TA------G-C-T-GTT--GAAA------AAG----GTGAAAA-ATC----A-----A----AA-ACT--C-TC-A-T-T----GCC-------AA-----------AG----AA-TT-C----GG-A-GT-TCCACTTAA-CAC--CC-TG-T---C-TACTT--G-GCT--G-AAAAA-ccc
gi|101487                     :                                                                                                                                                                           -GTA--GAGA------AAG----GCGAAAA-ATC----A-----A----AG-ACT--A-TC-A-T-C----GCA-------AA-----------AG----AA-TT-C----GG-A-GC-TCCACTTAA-CAC---C-TTGT---C-TACCT--G-GCT--G-AAAA
gi|101488                     :                                                                                                                                                                                              ----GTGAACT-ATC----A-----A----AA-GCT--G-CC-A-T-C----GCC-------GA-----------GA----A--TA-T----GG-T-GT-CCTACGCAA-CAC--GC-TT-T---C-GACAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-GA-TA--AA-AT--T-AAC-G---ATAT-GT-A---T-GAA-A-T---A-G-G--TA--C-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCA--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTT--GG-A-T-ATCT-CGAAC
gi|101489                     :                                                                                                                                                                                                       CT-ATC----A-----A----AA-GCC--A-TC-A-T-CTCTCGCC-------GA-----------GA----AA-TA-C----GG-T-GT-CTCACGCAA-CAC--cccc
gi|101490                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                    -C----GG-T-GT-CCCATGCAA-CAT--GC-TT-T---C-GAAAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-AA-TA--AA-AT--T-AAC-G---ATGC-AT-A---T-GAA-A-T---G-A-G--TATAC-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--AAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAAC
gi|101491                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TT-GA-TA--AA-AT--T-AAC-----ATGT-GT-A---T-GAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGG-----GCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GGT--GGTT-AA----------T-T--AA--AA--A----A--------A---ATT-AT----ATTGGAA-G-T--C--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAACcctc
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Reference ( family-613 )      : GGGATAGTT-G-G-A-------T-T-ATCTG---G-TG-GT----------GTT-A--A-A-C--G-GAAA-T--T--G---AA------A----GTT-C-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-GTG--AAGA------AAG----GTGAACT-ATC----A-----A----AA-GCC--G-CC-A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TA-C----GG-T-GT-CCCACGCAA-CAC--GC-TT-T---C-GACAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-GA-TA--AA-AT--T-AAC-G---ATGC-GT-A---T-GAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAAC
gi|101466                     : GGGATAGTT-G-A-A-------T-T-ATCAG---G-TG-GT----------GTT-A--T-A-C--G-GAAA-T--T--G---AA------A----GTT-C-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--A-GA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G-G-T-GTG--AAGA------AAG----GTGAACT-ATC----A-----A----AA-GCC--A-CA-A-T-C----GCC-------GT-----------GA----AA-TA-C----GG-T-GT-CCCACGCAA-CAC--GC-TT-T---C-GACAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-AA-TA--AA-AT--T-AAC-G---ATGC-AT-A---T-GAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----A--------A---GTT-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TCC--GG-A-T-ATCT-CGAAC
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gi|101478                     : GGAATAGTT-G-G-A-------T-T-ATCTG---G-TG-GT----------GTT------------------T--T--G---AA------A----GTT-C-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCN-GG---AG-Ttc
gi|101479                     :   GGTAGTT-G-G-A-------TAT-ATCTG-----TG-CT----------GTTTA--A-A-T--G-GAAA-T-----G---GA------A----GTT-C-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-CTG--AAGA------AAGA---GTGAACT-ATC----A-----A----AA-G-C--G-CC-A-T-C----GCC-------AA-----------GA----AA-TA-C----GGAT-GT-CCCACGCAA-CAC--GC--T-T---C-GACAT--G-ACT--T-GAAAA-T-G-TC-AA--A--AA-AT--T-AACAG---ATGCAGT-A---T-T-A-A-T---G-A-T--GA--C-GTTT-TGG-----CCC-A-AGA-GC---A--T-AG-TGA--GAT--GGCT-AA----------C-TC-AA--AAC------A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAA
gi|101480                     :   GAAAATT-GAG-A-------T-A-ATTTG---G-TG-GT----------GTT-A------C--G-GGAA-T--T--G---A------------GTT---AT----AG--C-A-----TTGAAC--CT--AGAA---TTTCA-AG-C---------------------T-GT--------------AG----GTGGATT-ATC----A-----A----A--GCC--G-C--A-T-C----CCA-------GAATCGGAAATGGGACAAGAA-TA-C----GG-T-GT-CCAACA-AA-CAA--GC-TT-T---C-GA-AT--GCGCT--G-AACAT-T-G-GC-GA-TG--AAGAT-----AC-G---GAGC-GT-A---T-AAA-A-T---ATA-G--TA--T-G-TG-TGG-----ACC-A-CCA-ACA--A--T--G-TGA--GAT--GG-T-A-----------T-TC-AA--A-T-A----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAACacccc
gi|101481                     :     TAGTT-G-G-A-------T-T-ATCT------TG-GTCA--------GTT-A--A------T-GAAA-T--T--G---GA------A----GTT-C-AT----ACATC-A-----AGAAAA--CT--A-AT---TTTCA-AGGC-AG-TA---AA---T--G-ACT-GTG--AAGA------AAG-----TAAACTGATC----A-----A----AA-GCG--G-CCCA-TAC----GCC-------AA-----------GA----AAATA------GG-T-GTTCCCACGCAC-CAA--CC-TT-T---C-GACAT--G-ACT--G--AAAA-T-GATC-AA-TA--AA-AT--TAAAC-G---ATGC-CG-G---T-GAA-A-T---G-A-GACTA--C-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GATG-GG-T-AA----------C-TC-AA--AAC-A----A--------AAAGGAG-AT----ATTGGAA-G-T--TTAAA--C-TTC---G-A-T-ATC--CGAACcccc
gi|101482                     :     TAGTT-G-G-A-------T-T-ATCTG---G-TG-GT----------GTT-A--A-A-C--A-GAAA-T--T--G---AA------ACAAAGTT-C-AT----AT--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-GTG--AAGA------AAG----G-GATCT--------------------------------A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TA-T----GG-C-GT-CCCACGCAA-TAC--GC-TT-T---C-GACAT--G-GCT--GAAAAAA-T-G-TC-AA-TA--AA-AC--T-AAC-G---ATGC-GT-A---T-GAA-A-----G-A-G--TA----G-CT-AGA-----CTC---A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAA-AAC--A--------A---GTGAAT----ATTGGGA-A-TG-T--AA--C-TTC---G-A-T-ATCT-CGAACcc
gi|101483                     :     TAGTT-G-GGA-------T-T-ATCTG---G-TG-GT----------GTT-ATAA-A-C--A-GAAA-T--T--G---AACACAAAA----GTT-C-AT----AT----------TAGAAAT-CT--A-AA---TT-CATAG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-GTG--AAGA------AAG----G-GATCT--------------------------------A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TA-T----GG-C-GT-CCCACGC-A-TAC--GC-TTCT---C-GACAT--G-GCTAGA-AAAAA-T-G-TC-AA-TAC-AA-AC--T-AACAG---ATGC-GT-A---TGGAA-A-T---G-AGG--TA--C-G-TC-AGA-----CTC---A-A-GCG-----T-AGTTGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AAACAAA-A----A--------A---GTG-AA----TTTGGAA-G----T--AA--C-TTC--GG-A---ATCT-CGAACccc
gi|101484                     :     TAGTT-G-G-T-------C-T--TCTG---GGTG-GT----------GTT-T--A-A-T--AAGCAA-TGAT--A---AA------G----GTT-CCATTCTGAT--T-A-----TAGAAGTTCT--A-AACCTTTTCA-AG-T-TG-TAT--AA---TTTG-A-T-GTG--AAGAGACAATAGG----ATGATCT-ATA----ATATATA----TA-GTCTTGTCC-A---G----GCCT------GAG----------GA----AA-TA-CCTGTAG-T-GT-TCCTCGAAA------GC-TT-TAGGC-GACAT----GCT--G-CCATA---G-TA-G---A--AA-AT--T-AAC-GATTATG--GT-G---T-GGACA-TAAAG-G-G--TG--T-T-TT-CGGTATGATCC-ACA-G-GCC--ATTT-AG-TGAAGAAT--GG-T-GAAAACTTTGACT-TA-AAT-AAC-ACAGTA--------A---GTG-AT----ATTGGAA-C-TAGT--GA--T-TTTTGGG-A-TGATCT-CGccc
gi|101485                     :          -G-G-A-------T-T-ATCTG---GACG-GT----------GGT-A--A-A-C--G-GAAA-T--A--G---AA------A----GTT-C-AT----AC----A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---TA---T--G---T-GTG--AAAG------AAG----GTGAACT-ATC----A-----A----AA-ACT--G-TC-A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TAGC----GG-T-GT-CCCACGCAA-CAC--GC-TT-T---C-GGCATC-G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-GATTA--AA-AT--T-AAC-G---ATGT-GTAA---TGGAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGT-----CAC-A-A-A-G-G--A--T-AG-TGA--GGT--GG-T-AA----------A-T--AA--AAA-A----A--------A---ATT-AT-----TTGGAA-G-T--C--AA--A-TTC--GG-A-T-ATCT-CGA
gi|101486                     :                                      G-GC----------GTA-A--A-A-C--G-GAAG-T--T--A---AA------T----GT--A-ATG---AA--G-A-----TAGAGA--CC--A-AG---TACGA-GG-CTAT-TA---TA------G-C-T-GTT--GAAA------AAG----GTGAAAA-ATC----A-----A----AA-ACT--C-TC-A-T-T----GCC-------AA-----------AG----AA-TT-C----GG-A-GT-TCCACTTAA-CAC--CC-TG-T---C-TACTT--G-GCT--G-AAAAA-ccc
gi|101487                     :                                                                                                                                                                           -GTA--GAGA------AAG----GCGAAAA-ATC----A-----A----AG-ACT--A-TC-A-T-C----GCA-------AA-----------AG----AA-TT-C----GG-A-GC-TCCACTTAA-CAC---C-TTGT---C-TACCT--G-GCT--G-AAAA
gi|101488                     :                                                                                                                                                                                              ----GTGAACT-ATC----A-----A----AA-GCT--G-CC-A-T-C----GCC-------GA-----------GA----A--TA-T----GG-T-GT-CCTACGCAA-CAC--GC-TT-T---C-GACAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-GA-TA--AA-AT--T-AAC-G---ATAT-GT-A---T-GAA-A-T---A-G-G--TA--C-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCA--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTT--GG-A-T-ATCT-CGAAC
gi|101489                     :                                                                                                                                                                                                       CT-ATC----A-----A----AA-GCC--A-TC-A-T-CTCTCGCC-------GA-----------GA----AA-TA-C----GG-T-GT-CTCACGCAA-CAC--cccc
gi|101490                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                    -C----GG-T-GT-CCCATGCAA-CAT--GC-TT-T---C-GAAAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-AA-TA--AA-AT--T-AAC-G---ATGC-AT-A---T-GAA-A-T---G-A-G--TATAC-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--AAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAAC
gi|101491                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TT-GA-TA--AA-AT--T-AAC-----ATGT-GT-A---T-GAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGG-----GCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GGT--GGTT-AA----------T-T--AA--AA--A----A--------A---ATT-AT----ATTGGAA-G-T--C--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAACcctc
gi|101492                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TGG-----CTC-G-AGA-GTC--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--A-C-A----A--------A---GTG-ATTGATATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GGAA-T-ATCT-CGAACcccc


blockSeqs                     :          T A G ATTCCGA A T     TAC GT T  TACCAGTATG   T TA ACAC   A    A GA TT GAA  CACAAAA       C C  TATA  AT A ATTAC      TT  TA G  CCT     T  G T  T  TAA  ATT TT A C G   TG    GACAAT   TGGT       A   TTCA TATAT AATT  A   TT T  C T A TCTC   TAACCGA  ATCGGAAATGG  CAAG  A  G CTGT  C T  T         A   TT  T  C AGG G     TT C   AG A     T T A  G  T  TA  G  TA A   GATT     A  A AAT G   C A AAA T G AC  TA T T  C   TATGA   AA  G A   AT TT A  T   TT   TG  C A  AAACTTTGAC G  A  AC   A CAGT AGTGGAAT AAG   A  TGAT       T T AG TA  AC T   TG  A T G    G
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   AC .  CA           . .  TGCT   .    . .  .  .    ACAAA         . .  TCTG  .  . .          T   .  .  .       .  . .  .  T    .   .  . . .   .     .        T          G   .    .     .     .   .  .  . . . TCTC   T        G            .     .  . .     A .  T         .   .   .  G TT  .     C  .   .  .     . . .  .  T  C   .  .  .   AG       A  A .   G   . . .   . . .   .  . .  .   .       AC  C .   .  .  .  T   AG   G   T .  .          .  .  T    . AC   .        .     .  .          . . G  .   .  A   .   A . .    G
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  AAC    .    . .  .  .    TCA           . .  G     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        A          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        G            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   AG       .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   G .   .  .  .  .   .    T   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   A  .  .            . .  AC     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   A        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    G   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  AC     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   A  .  .            . .  AC     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   A        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   A  .  .            . .  AT     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   A  .  .            . .  AA     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   T        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   A  .  .            . .  AC     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   A  .  .            . .  AT     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   A        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   A  .  .            . .  AC     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  AC     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   A        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  AT     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  AC     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  AC     .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  C      .    . .  .  .    G             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  C      .    . .  .  .    A             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       A   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   T  .  .            . .  C      .    . .  .  .    T             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   G        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       G   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
blockSeqs                     :          . . . .       . .     .   .  .  .            . .  .      .    . .  .  .    .             . .  .     .  . .          .   .  .  .       .  . .  .  .    .   .  . . .   .     .        .          .   .    .     .     .   .  .  . . . .      .        .            .     .  . .     . .  .         .   .   .  . .   .     .  .   .  .     . . .  .  .  .   .  .  .   .        .  . .   .   . . .   . . .   .  . .  .   .       .   . .   .  .  .  .   .    .   . .  .          .  .  .    . .    .        .     .  .          . . .  .   .  .   .   . . .    .
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blockSeqCons                  : 
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finalCons                     : GGGATAGTT-G-G-A-------T-T-ATCTG---G-TG-GT----------GTT-A--A-A-C--G-GAAA-T--T--G---AA------A----GTT-C-AT----AC--C-A-----TAGAAA--CT--A-AA---TTTCA-AG-C-AG-TA---AA---T--G-A-T-GTG--AAGA------AAG----GTGAACT-ATC----A-----A----AA-GCC--G-CC-A-T-C----GCC-------GA-----------GA----AA-TA-C----GG-T-GT-CCCACGCAA-CAC--GC-TT-T---C-GACAT--G-GCT--G-AAAAA-T-G-TC-GA-TA--AA-AT--T-AAC-G---ATGC-GT-A---T-GAA-A-T---G-A-G--TA--C-G-TT-TGG-----CCC-A-A-A-GCG--A--T-AG-TGA--GAT--GG-T-AA----------T-TC-AA--AAC-A----A--------A---GTG-AT----ATTGGAA-G-T--T--AA--C-TTC--GG-A-T-ATCT-CGAAC