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lowQualScore                  :        222  1 1    1  1  0000 1 22  1 1   22 1  44 1  1  1  1    3     1 444       1 22 33333       1  1  77 6666 8 22  3   22  5 1   3333 6  22  1  22 44  111111111111111111111111111     1 22 1 22   1 66   2  3 00000 2  22  4444   2 8   3 2 333333   66 4    0     
lowQualScore                  :        ...  . .    .  .  .... . ..  . .   .. .  .. .  .  .  .    .     . ...       . .. .....       .  .  .. .... . ..  .   ..  . .   .... .  ..  .  .. ..  ...........................     . .. . ..   . ..   .  . ..... .  ..  ....   . .   . . ......   .. .    .     
lowQualScore                  :        888  6 6    6  6  4444 1 11  5 5   11 5  88 5  5  5  5    1     5 222       5 11 00000       5  5  55 3333 5 00  3   33  3 7   5555 1  55  9  66 55  444444444444444444444444444     9 66 9 66   9 55   0  1 00000 0  88  6666   4 8   0 4 555555   99 2    8     
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Reference ( gi|112992 )       : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AA--G-CGC--AG-A-AGA--A-TGG-C-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAGT-G--C-T---TTTGGCA-AA-AC-AC----ATTT-GG-TTC--ATTT-CTG----CCGA--AA-CC--T--TG--A-TA---G--AG----T-A--TA--AGGAA-T--G-A--TCA-T-AGGT-TGCA----TA-TT--TT-C--ACT-CGGACGT-TTA--A-AGA--TGGGCTTCATGC
gi|112993                     : AAGACCT---CG-T-AGTG--C-A---G-CGC--AG-A-AGA--A-TGG-C-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAGT-G--C-----TTTGGCA-AA-AC-AC----ATTT--G-TTC--A-TT-CTG----CCGA--AA-CC--T--TGA-A-TAAG-A--AG----T-A--T---AGGAA-T--G-A--TCA-T-A-GT-TGCA----TA-TT--TT-C--ACT-C-GACGT-TTA--A-AGA--TGGGCTTCATGC
gi|112995                     : AAGACCT---CG-T-AGTG--C-AA--G-CGC--AG-A-AGA--A-TGG-C-AG-CT-CA-TGGG-G-TCC-T-A-AAATAGT-G--C-T---TTTGGCATAA-AC-GC----ATTT-GGGTTC--ATTT-CTG----C-GA--AA-CA--T--TG--AATA---AGAAG----C-A--TA---GGAA-T--G-A--TCAAT-GGGG-TGCA----TA-TT--TT-C--ACT-CGAACGT-TAA--A-AGA--TGGGCTTCATGC
gi|112997                     : AAGAACT---CG-T-AGTG-GC-AA--G-CTC--AA-A-AGA--A-TGA-C-AG-CT-CA-CGGG-GGTCC-T-A-AACTAGT-A--A-T---TTTGACA-AA-AC-GC----ATTT-GG-TTA--ATCT-CTG----CTGA--AA-CC--T--TGA-A-TAAG-A--AG----T-A--T---AGGAA-T--T-A--TCA-T-GGGG-TGCA----TA-TT--TC-C--AAT-CGGACGT-TAA--G-AGA--TAGGCTTCATGC
gi|112996                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AA--G-TTC--AG-A-TGA--A-GGA-C-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAGT-G--C-T---TTTGGCA-AA-AC-GC----AAAC-GG-TTA--ATTT-CTG----CTAA--AA-AC--T--TGC-A-TAGG-G--AG----T-A--T---AGGAA-T--G-A--TCA-T-GGGT-TTTA----AC-GT--TC-C--ACT-CAGACAT-TAA--G-AAA--TAGACTTTATGC
gi|112989                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AT--T-CGC--AG-A-AGA--A-TAA-C-AG-CT-CC-TGGG-CGTCC-T-A-AAA---T-G--CAT---TTTGGCA-AA-AC-GC----AATC-GG-TTG--ATCT-CTG----CTGA--AT-CC--T--TG--AGTAGG-G--AG----T-A--T---AGGAA-T--G-A--TCA-T-GGGT-TGTA-----A-TT--TTAA--ACT-CAGACAT-TAA--G-AAA--TAGACTACATGCagcaaa
gi|113001                     : AAGATCT---CAAT-AGTG-GC-AA--G-CTC--AA-A-CGA--A-TGA-C-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAGT-G--C-T---CTTAGCA-AA-AT-GC----AATC-GG-ATC--ATCT-CTG----CTGA--AA-CC--T--TG--AGTA---GGAAG----T-A--T---AGAAA-T--T-A--TTA-T-GGGT-TGCA-----A-TT--TC-C--ACT-CAGACCT-Tatcaaa
gi|113002                     : AAGACCT---CG-C-AGTG-GC-AA--T-CTC--TG-G-AGA--A-TGA-C-AG-CT-TT-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAGT-G--C-T---TTTGGCA-AA-TC-GC----AATC-CG-TTC--ATCT-CTG----CTGA--AA-CA--T--TGA-A-TA---GGAAG----T-A--TATTAGG------G-A--TCA-T-GGGT-TGCA----AA-TT--TA-C--TTT-CAAAGGT-T----A-AGACGTGGGCTTCATGCa
gi|112994                     : AAGACCT---CG-TTAGTG-GC-AT--T-CAA--AG-A-AGA--A-TGA-C-AG-CC-CC-TGGG-CGTCCCT-A-AAATGGT-G--C-T---TTTGGCA-AA-AC-GC----AATC-GG-TTG--ATCT-CTG----CTGA--AATCC--T--TG--AGTAGG-G--AG----T-A--T---AGGAA-T--G-A--TCA-T-GGGT-TGTA-----A-TT--TT-TA-ACT-CAGATAT-TAA--G-AAA--TAGACTACATGCagtaaa
gi|112990                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AA--T-CGC--AG-A-AGA--A-TGA-C-AG-CT-CG-TAGG-CTTTC-C---AAATGGT-G--C-----TTTGGCA-AA-AC-AC----AATC-GG-TTG--ATCT-CTG----CTGA--AT-TC--C--TG--ACTAGG-G--AG----T-A--T---AGGAA-T--G-A--TCA-T-GGAT-TTTA-----A-TT--TT-TA-ACT-CAGACAT-TAA--G-AAA--TAGACTACATatcaaa
gi|113000                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AAATG-CTC--AG-A-GAACTA-TGG-C-AG-CT-CA-TGGG-GG-CA-T-A-AAATAGT-G--C-T---TTGGGC--AA-AC-GC----TCTTGGG-TTC--AGAT-TTG----CTGA--AA-CC--T--TGA-A-TAAG-A--AG----T-T--T----GGAA-T--G-A--TCG-T-AGGTACG-A----CA-TT--TT-CTTACTCCGAACGT-ATAAGA-AGA--TGGGCTTCATtcatcaaa
gi|112991                     : AAGAC-T---CG-T-AGTG-GC-AA--T-CGC--AG-A-AGA--A-TGA-C-AG-CT-CG-TAGG-CTTTC-C---AAATGGT-G--C-----TTTGGCA-AA-AC-AC----AATC-GG-TTG--ATCT-CTG----CTGA--AT-TC--C--TG--A-TAGG-G--AG----T-A--T---AGGAA-T--G-A--TCA-T-GGAT-TTTA-----A-TT--TT-TA-ACT-CAGACAT-TAA--G-AAA--TAGACTACAT
gi|113006                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AA--C-CGC--AG-A-AGA--A-TGA-C-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATGGT-G--C-T---TTTGACA-GA-AC-GC----AATC-GG-TTG--ATCT-CTG----CTGA--Atcaatcaa
gi|113003                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GT-AA--T-CGC--AG-A-AGA--A-TGA-C-AG-CT-TA-TGGG-GATCC-T-G-AAATAGT-G--C-T---TTT-GCA-AA-AC-GC----AATT-GT-TTC--ATCT-CTA----CTGA--AG-CT--TC-TA--A-TA---G---G----T-T--CA--AG-------G-A--TCA-T-GGGT-TG-A----CA-TT--tc
gi|112998                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AA--T-CAC--AC-A-AGA--A-TGA-C-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAGT-G--C-T---TTTGGCA-AA-AT-GC----AATC-GG-TTC--ATCT-CTG----CTGaagagatagact
gi|113011                     : AAAACCT---AG-T-GGTG-GC-AA--G-CTC--A----AGA--A-TGG-CGAG-CT-CA-TGGG-GGTCA-T-ATAAATAGTTG--C-T---TTTG-CA-AA-ACGAC----ATTT-GG-TTA--GTT---TG----CTGAAGAA-CC--T--TGA-A-TAAAGA--AG----T-A--T---TGGAA-T--G-A--CGG-T-GGG--TACA----CA-TT--TTAT--ACT-C-GAC-T-ATA--AGAAA--T--GCTTCATGC
gi|113004                     : AAGACCTTCGCA-C-AGTG-GC-AA----CTC--TG-G-AGA--A-TGA-C-AG-CT-TT-TGGGTGGTCC-T-G-AAATAGT-G--C-T---TTT-GCA-AATCC-GC----AATC-CT-TTC--ATCT-CTG----CTGA--AA-CA--T--TGA-A-TA---GGAAGA---T-ACTTA--AGA------G-A--TCA-T-GGGT-TGCAAATTTA-CT--TT-C--A----AAAAGT-T----A-AGACGTGGGCTTCATGC
gi|112999                     : AAGAC-T---CG-T-AGTG-GC-TA--T-CGC--AG-A--GA--A-TGA-C-A---T-CA-TGGG-GGTCT-T-A-AAATGGT-G--G-C---TTTCAAA-AA-AT-GCA---AATC-GG-TTCGAATCTGCTG----CTGA--GT-CC--T--TG--AGTAG--G--AG----T-A--T---AGGAA-T--G-GATTCA-TGGGGT-TGTA-----A-TTAATC-C--ACT-CAGACCTATTA--AGATA--TAGACTACATGCagtaaa
gi|113008                     : AAGATCT---CA-T-AGTG-GC-AT--T-CGC--AG-A-AGA--A-TGA-C-AG-CT-CA-CGAG-GGCCC-T-A-AAATGGT-G--C-T---TTTGGCA-AA-AC-GC----Aatcaaa
gi|113010                     : AGGACC----CG-T-AAGGTGC-AA--C-CACTCAG-A-AGA--AATGGAC-AG-CTACA-TGGGTGGATC-T-A-AA-TAGT-GATT-T---TTTGGAA-AA-AC-CCGCAAATTT-GG-TTC--AGAT-TTG----GTGA--AA-CC--T--TGGAA-TA---A--AG----A-AG-TA--TTGAA-TTTG-T--GCG-T-GGGT--ACA----CAATT--TT-T--ACT-CGGACGT-TAA--G-AAA--T-GGCTTCATGCatc
gi|113005                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GT-AA--ATCGC--AG---AGA--A-TGA-C-AG-CT-TA-TGGG-GAT-C-T-G-AAATAG--G--T-T---TT--GCA-AA-AC-GCA---ACTT-GT-TTC--ATCT-CTA----CTGA--AG-TT--C--TAC-A-TA---C--GG----T----CA--AG-------G-A--TCA-T-GGGT-TG-A----CA-TT--
gi|113012                     : AAGACTT---CG-T-ATTG-GC-AA--G-CTT--TG-A-GGA--A-TGA-C-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAGT-G--C-G---TTTAGCA-AA-AC-GC----aagaatagact
gi|113007                     : AAGACT-----G-T-AGTG-GC-AA--T-CGC--AG-A-AGA--A-TGA-C-TG-CT-CT-TGAG-CGTCC-T---AAATGGT-G--C-T---TTAGG-A-AA-AC-TC----AATC-A---TG--ATAT-C-G----CCTG--AA-TC--TACTG--G-TA---G--TG----TGA--TA--A-GAA-T--G-A--TCA-T-GGG--TGCA-----A-CT--TT-
gi|113009                     : AAGATCT---CG-T-AGTG-GC-TA--T-CGC--AGCATAGA--A-TGA-C-AGTCT-CATTGAG-CGGCT-TAA-AAATAGT-G--C-TACCTTTGGCA-AA-ATGGA----ATCC-GGTTTC--CTAT-CTGTCTTCTGA--AT-CCTGT--TA--AGTA---A--GGGATTT-A--TA--GGGAATT--G-A--TCA-gaa
gi|113013                     :  AGACCT---CG-T-AGGG-GCTAA--T-CAC--AC-A-AGA--A-TGGAC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-TAA-AAATA-T-G--T-C---TTTGGCA-AA-AT-GC----AATC-GG-TTC--ATCT-CTG----CTG----T-TC--T--TG--AGTAG--G--AG----C-A--T---AGGAA-T--GAA--TTA-T-GGGT-TGTA----AA-TT--TTCC--ACT-C-GACA--TTA--G-AAA--TAGAC-ACATGCaatgggattaattttccaccttttcaagtacatataggaatataagaatatat
gi|113014                     :    ACCT---CG-T-TGTG-GC-AA--G-CTC--GG-A-AGA--A-TGG-C-AA-CG-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AATTAGT-G--A-T---TTTGGCA-CA-AC-GC----ATTT-GG-ATC--ATCT-CTG----CTGA--AA-CC--T--TGA-A-TAAG-A--AG----T-A--T---AGGAA-T--G-A--TCA-T-GGGG-TGCA----TA-TT--------A-------------A--G-AGA--TGGGCTTCATGCatcaaa
gi|113015                     :                             -CGC--AG-A-AGA--A-TGA-C-AG-CT-CG-TGGA-GGTCT-T-A-AAATAGT-G--C-T---TTTGGCA-AA-TC-GC----AATC-GG-TTC--ATCT-CTG----





Alignments
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lowQualScore                  :        222  1 1    1  3  2   5555  1 1    1  3  1  1  1  1    3     1 3 1      1  22 1 222       1  1  22 1 1  33 1 222  1  444444   22 1       22  1  22 44  5555 3 3   3 1  22 444     1 22 1 22  22 1 1   66666666   1 0 1  22  7777   2 99   333 2    2 1  3    0     
lowQualScore                  :        ...  . .    .  .  .   ....  . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .. . ...       .  .  .. . .  .. . ...  .  ......   .. .       ..  .  .. ..  .... . .   . .  .. ...     . .. . ..  .. . .   ........   . . .  ..  ....   . ..   ... .    . .  .    .     
lowQualScore                  :        777  5 5    5  1  5   2222  5 5    5  0  5  5  5  5    0     5 0 5      5  00 5 666       5  5  00 5 5  77 5 777  6  666666   22 6       44  8  55 33  1111 6 0   6 8  55 777     8 55 8 55  55 8 8   99999999   8 7 8  55  2222   2 99   444 2    4 9  4    2     
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Reference ( family-599 )      : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--TA--AGGAA-T--G-A--TC--A-T-GGG-------TTGC-ACA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC
gi|112989                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-ATTCGC----AG-A-AGAA-TA-AC-AG-CT-CC-TGGG-CGTCC-T-A-AAAT----G--CAT---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AT-CC--T--TG--AGT-AGGGA-G-TA--T---AGGAA-T--G-A--TC--A-T-GGG-------TTGT-A-A-TT--TTAA--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTACATGC
gi|112990                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CG-TAGG-CTTTC-C-A-AA-TGG-TG--C-T---TT-GGCA-AA-AC--A-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AT-TC--C--TG--ACT-AGGGA-G-TA--T---AGGAA-T--G-A--TC--A-T-GGA-------TTTT-AAT-TT--TT-A--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTACATatcaaa
gi|112991                     : AAGAC-T---CG-T-AGTG-GC-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CG-TAGG-CTTTC-C-A-AA-TGG-TG--C-T---TT-GGCA-AA-AC--A-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AT-TC--C--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T---AGGAA-T--G-A--TC--A-T-GGA-------TTTT-AAT-TT--TT-A--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTACATtcatcaaa
gi|112992                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AAGCGC----AG-A-AGAA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--A-C-AT--T-T---GG-TT---C--ATT--T-CTGCCGA--AA-CC--T--TG--A-T-A--GA-G-TA--TA--AGGAA-T--G-A--TC--A-T-AGG-------TTGC-ATA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TTAA-AGATGGGCTTCATGCtcaatcaa
gi|112993                     : AAGACCT---CG-T-AGTG--C-A-GCGC----AG-A-AGAA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-----TTTGGCA-AA-AC--A-C--A--T-T---TG-TT---C--AT---T-CTGCCGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T---AGGAA-T--G-A--TC--A-T--AG-------TTGC-ATA-TT--TT-C--ACT-C--GAC--GT-TTAA-AGATGGGCTTCATGC
gi|112994                     : AAGACCT---CG-TTAGTG-GC-ATTCAA----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CC-CC-TGGG-CGTCCCT-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AATCC--T--TG--AGT-AGGGA-G-TA--T---AGGAA-T--G-A--TC--A-T-GGG-------TTGT-AAT-TT--TT-A--ACT-C-AGAT--AT-TAAG-AAATAGACTACATGC
gi|112995                     : AAGACCT---CG-T-AGTG--C-AAGCGC----AG-A-AGAA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-G-TCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCATAA-AC--G-C-AT--T-T---GGGTT---C--ATT--T-CTGC-GA--AA-CA--T--TG--AAT-AAGAA-G-CA--TA---GGAA-T--G-A--TC--AAT-GGG-------GTGC-ATA-TT--TT-C--ACT-C-GAAC--GT-TAAA-AGATGGGCTTCATGCatcaaa
gi|112996                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AAGTTC----AG-A-TGAA-GG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--A-C---GG-TT---A--ATT--T-CTGCTAA--AA-AC--T--TGC-A-T-AGGGA-G-TA--T---AGGAA-T--G-A--TC--A-T-GGG-------TTTT-AAC-GT--TC-C--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTTTATGC
gi|112997                     : AAGAACT---CG-T-AGTG-GC-AAGCTC----AA-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-CGGG-GGTCC-T-A-AACTAG-TA--A-T---TTTGACA-AA-AC--G-C-AT--T-T---GG-TT---A--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T---AGGAA-T--T-A--TC--A-T-GGG-------GTGC-ATA-TT--TC-C--AAT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATAGGCTTCATGCagcaaa
gi|112998                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AATCAC----AC-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTG
gi|112999                     : AAGAC-T---CG-T-AGTG-GC-TATCGC----AG-A--GAA-TG-AC-A---T-CA-TGGG-GGTCT-T-A-AAATGG-TG--G-C---TTTCAAA-AA-AT--G-CAAA--T-C---GG-TT---CGAATC--TGCTGCTGA--GT-CC--T--TG--AGT-A-GGA-G-TA--T---AGGAA-T--G-GATTC--A-TGGGG-------TTGT-A-A-TTAATC-C--ACT-C-AGACCTAT-TAAG-ATATAGACTACATGC
gi|113000                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AAATGCTCAGAG-A-ACTA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-GG-CA-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTGGGC--AA-AC--G-C-----T-CTTGGG-TT---C--AGA--T-TTGCTGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TT--T----GGAA-T--G-A--TC--G-T-AGG--------TACGACA-TT--TT-CTTACTCC-GAAC--GTATAAGAAGATGGGCTTCATatcaaa
gi|113001                     : AAGATCT---CAAT-AGTG-GC-AAGCTC----AA-A-CGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---CTTAGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-AT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--AGT-AGGAA-G-TA--T---AGAAA-T--T-A--TT--A-T-GGG-------TTGC-A-A-TT--TC-C--ACT-C-AGAC--CT-TA
gi|113002                     : AAGACCT---CG-C-AGTG-GC-AATCTC----TG-G-AGAA-TG-AC-AG-CT-TT-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-TC--G-C-AA--T-C---CG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CA--T--TGA-A-T-AGGAA-G-TA--TATTAGG------G-A--TC--A-T-GGG-------TTGC-AAA-TT--TA-C--TTT-C-AAAG--GT-TAAG-ACGTGGGCTTCATGC
gi|113003                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GT-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-TA-TGGG-GATCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTT-GCA-AA-AC--G-C-AA--T-T---GT-TT---C--ATC--T-CTACTGA--AG-CT--TC-TA--A-T-AG----G-TT--CA--AG-------G-A--TC--A-T-GGG-------TTG--ACA-TT--agtaaa
gi|113004                     : AAGACCTTCGCA-C-AGTG-GC-AA-CTC----TG-G-AGAA-TG-AC-AG-CT-TT-TGGGTGGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTTG-CA-AATCC--G-C-AA--T-C---CT-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CA--T--TGA-A-T-AGGAA-GATACTTA--AGA------G-A--TC--A-T-GGG-------TTGC-AAA-TT--TA-C--TTT-CAAAAA--GT-TAAG-ACGTGGGCTTCATGCaagagatagact
gi|113005                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GTAAATCGC----AG---AGAA-TG-AC-AG-CT-TA-TGGG-GAT-C-T-G-AAATAG--G--T-T---TT--GCA-AA-AC--G-C-AAC-T-T---GT-TT---C--ATC--T-CTACTGA--AG-TT--C--TAC-A-T-ACG---G-T---CA--AG-------G-A--TC--A-T-GGG-------TTG--ACA-TT--agtaaa
gi|113006                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AACCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGACA-GA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--Aaagaatagact
gi|113007                     : AAGACT-----G-T-AGTG-GC-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-TG-CT-CT-TGAG-CGTCC-T---AAATGG-TG--C-T---TTAGG-A-AA-AC--T-C-AA--T-C---A---T---G--ATA--T-CGCCTG---AA-TC--TACTG--G-T-AGTGT-G--A--TA--A-GAA-T--G-A--TC--A-T-GGG--------TGC-A-A-CT--TT-tc
gi|113008                     : AAGATCT---CA-T-AGTG-GC-ATTCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-CGAG-GGCCC-T-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---gaa
gi|113009                     : AAGATCT---CG-T-AGTG-GC-TATCGC----AGCATAGAA-TG-AC-AGTCT-CATTGAG-CGGCT-TAA-AAATAG-TG--C-TACCTTTGGCA-AA-AT--G-G-AA--TCC---GG-TTTCCT--ATCTGT-CTTCTGA--AT-CCTGT--TA--AGTAAGGGATT-TA--TA--GGGAATT--G-A--TCAAA-T-GGGATTAATTTTCC-ACC-TT--TT-C--A
gi|113010                     : AGGACC----CG-T-AAGGTGC-AACCACTC--AG-A-AGAAATGGAC-AG-CTACA-TGGGTGGATC-T-A-AA-TAG-TGATT-T---TTTGGAA-AA-ACCCG-C-AAATT-T---GG-TT---C--AGA--T-TTGGTGA--AA-CC--T--TGGAA-T-AAAGAAG-TA--T----TGAA-TTTG-T--GC--G-T-GGG-------T-AC-ACAATT--TT-T--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AAAT-GGCTTCATGCagtacatataggaatataagaatatat
gi|113011                     : AAAACCT---AG-T-GGTG-GC-AAGCTC----A----AGAA-TG-GCGAG-CT-CA-TGGG-GGTCA-T-ATAAATAGTTG--C-T---TTT-GCA-AA-AC--GAC-AT--T-T---GG-TT---A--G----T-TTGCTGAAGAA-CC--T--TGA-A-TAAAGAA-G-TA--T---TGGAA-T--G-A--CG--G-T-GGG--------TAC-ACA-TT--TTAT--ACT-C--GAC--TA-TAAG-AAAT--GCTTCATGC
gi|113012                     : AAGACTT---CG-T-ATTG-GC-AAGCTT----TG-A-GGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-G---TTTAGCA-AA-AC--G-C-
gi|113013                     :  AGACCT---CG-T-AGGG-GCTAATCAC----AC-A-AGAA-TGGAC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-TAA-AAATA--TG--T-C---TTTGGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTG----T-TC--T--TG--AGT-A-GGA-G-CA--T---AGGAA-T--GAA--TT--A-T-GGG-------TTGT-AAA-TT--TTCC--ACT-C--GAC--AT-T-AG-AAATAGAC-ACATGC
gi|113014                     :    ACCT---CG-T-TGTG-GC-AAGCTC----GG-A-AGAA-TG-GC-AA-CG-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AATTAG-TG--A-T---TTTGGCA-CA-AC--G-C-AT--T-T---GG-AT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T---AGGAA-T--G-A--TC--A-T-GGG-------GTGC-ATA------------------------T-TAAG-AGATGGGCTTCATGCatcaaa
gi|113015                     :                           CGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CG-TGGA-GGTCT-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-TC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTG





Alignments
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lowQualScore                  :        777  5 5    5  1  5   2222  5 5    5  0  5  5  5  5    0     5 0 5      5  00 5 666       5  5  00 5 5  77 5 777  6  666666   22 6       44  8  55 33  1111 6 0   6 8  55 8     55  8 55 8 55 8 8   88 1 8 0 8  55  9999   1 22   666 1    2 3  6    2     
consensus                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-ANA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC
Reference ( family-599 )      : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-ANA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC
gi|112989                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-ATTCGC----AG-A-AGAA-TA-AC-AG-CT-CC-TGGG-CGTCC-T-A-AAAT----G--CAT---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AT-CC--T--TG--AGT-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGT-A-A-TT--TTAA--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTACATGC
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gi|113002                     : AAGACCT---CG-C-AGTG-GC-AATCTC----TG-G-AGAA-TG-AC-AG-CT-TT-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-TC--G-C-AA--T-C---CG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CA--T--TGA-A-T-AGGAA-G-TA--T-ATTAG--GG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-AAA-TT--TA-C--TTT-C-AAAG--GT-TAAG-ACGTGGGCTTCATGC
gi|113003                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GT-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-TA-TGGG-GATCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTT-GCA-AA-AC--G-C-AA--T-T---GT-TT---C--ATC--T-CTACTGA--AG-CT--TC-TA--A-T-AG----G-TT--C-AAG-----G-A--T-C--A-T-GGG-TT------------------------GAC--AT-TAAG-AGATAGACTagtaaa
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gi|113005                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GTAAATCGC----AG---AGAA-TG-AC-AG-CT-TA-TGGG-GAT-C-T-G-AAATAG--G--T-T---TT--GCA-AA-AC--G-C-AAC-T-T---GT-TT---C--ATC--T-CTACTGA--AG-TT--C--TAC-A-T-ACG---G-T-------CAA--GG-A--T-C--A-T-GGG-TTG--ACA-TT--agtaaa
gi|113006                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AACCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGACA-GA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--Aaagaatagact
gi|113007                     : AAGACT-----G-T-AGTG-GC-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-TG-CT-CT-TGAG-CGTCC-T---AAATGG-TG--C-T---TTAGG-A-AA-AC--T-C-AA--T-C---A---T---G--ATA--T-CGCCTG---AA-TC--TACTG--G-T-AGTGT-G--A--T-AAGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG--TGC-AAC-TT--Ttc
gi|113008                     : AAGATCT---CA-T-AGTG-GC-ATTCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-CGAG-GGCCC-T-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---gaa
gi|113009                     : AAGATCT---CG-T-AGTG-GC-TATCGC----AGCATAGAA-TG-AC-AGTCT-CATTGAG-CGGCT-TAA-AAATAG-TG--C-TACCTTTGGCA-AA-AT--G-G-AA--TCC---GG-TTTCCT--ATCTGT-CTTCTGA--AT-CCTGT--TA--AGTAAGGGATT-TA--T-AGGGAATTG-A--T-CAAA-T-GGGATT----AA-TT--TT-C--
gi|113010                     : AGGACC----CG-T-AAGGTGC-AACCACTC--AG-A-AGAAATGGAC-AG-CTACA-TGGGTGGATC-T-A-AA-TAG-TGATT-T---TTTGGAA-AA-ACCCG-C-AAATT-T---GG-TT---C--AGA--T-TTGGTGA--AA-CC--T--TGGAA-T-AAAGAAG-TA--T-TGAAT--TT-G--TGC--G-T-GGG-T-AC-ACAATT--TT-T--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AAAT-GGCTTCATGCcaccttttcaagtacatataggaatataagaatatat
gi|113011                     : AAAACCT---AG-T-GGTG-GC-AAGCTC----A----AGAA-TG-GCGAG-CT-CA-TGGG-GGTCA-T-ATAAATAGTTG--C-T---TTT-GCA-AA-AC--GAC-AT--T-T---GG-TT---A--G----T-TTGCTGAAGAA-CC--T--TGA-A-TAAAGAA-G-TA--T-TGGAA--TG-A--C-G--G-T-GGG--TAC-ACA-TT--TTAT--ACT-C--GAC--TA-TAAG-AAAT--GCTTCATGC
gi|113012                     : AAGACTT---CG-T-ATTG-GC-AAGCTT----TG-A-GGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-G---TTTAGCA-AA-AC--G-C-
gi|113013                     :  AGACCT---CG-T-AGGG-GCTAATCAC----AC-A-AGAA-TGGAC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-TAA-AAATA--TG--T-C---TTTGGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTG----T-TC--T--TG--AGT-A-GGA-G-CA--T-AGGAA--TGAA--T-T--A-T-GGG-TTGT-AAA-TT--TTCC--ACT-C--GAC--AT-T-AG-AAATAGAC-ACATGC
gi|113014                     :    ACCT---CG-T-TGTG-GC-AAGCTC----GG-A-AGAA-TG-GC-AA-CG-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AATTAG-TG--A-T---TTTGGCA-CA-AC--G-C-AT--T-T---GG-AT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-GTGC-ATA------------------------T-TAAG-AGATGGGCTTCATGCatcaaa
gi|113015                     :                           CGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CG-TGGA-GGTCT-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-TC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTG





Alignments
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consensus                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-ANA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC
Reference ( family-599 )      : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-ANA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC
gi|112989                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-ATTCGC----AG-A-AGAA-TA-AC-AG-CT-CC-TGGG-CGTCC-T-A-AAAT----G--CAT---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AT-CC--T--TG--AGT-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGT-A-A-TT--TTAA--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTACATGC
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gi|112993                     : AAGACCT---CG-T-AGTG--C-A-GCGC----AG-A-AGAA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-----TTTGGCA-AA-AC--A-C--A--T-T---TG-TT---C--AT---T-CTGCCGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T--AG-TTGC-ATA-TT--TT-C--ACT-C--GAC--GT-TTAA-AGATGGGCTTCATGC
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gi|112998                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AATCAC----AC-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTG
gi|112999                     : AAGAC-T---CG-T-AGTG-GC-TATCGC----AG-A--GAA-TG-AC-A---T-CA-TGGG-GGTCT-T-A-AAATGG-TG--G-C---TTTCAAA-AA-AT--G-CAAA--T-C---GG-TT---CGAATC--TGCTGCTGA--GT-CC--T--TG--AGT-A-GGA-G-TA--T-AGGAA--TG-GATT-C--A-TGGGG-TTGT-A-A-TTAATC-C--ACT-C-AGACCTAT-TAAG-ATATAGACTACATGC
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gi|113002                     : AAGACCT---CG-C-AGTG-GC-AATCTC----TG-G-AGAA-TG-AC-AG-CT-TT-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-TC--G-C-AA--T-C---CG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CA--T--TGA-A-T-AGGAA-G-TA--T-ATTAG--GG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-AAA-TT--TA-C--TTT-C-AAAG--GT-TAAG-ACGTGGGCTTCATGC
gi|113003                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GT-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-TA-TGGG-GATCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTT-GCA-AA-AC--G-C-AA--T-T---GT-TT---C--ATC--T-CTACTGA--AG-CT--TC-TA--A-T-AG----G-TT--C-AAG-----G-A--T-C--A-T-GGG-TT------------------------GAC--AT-TAAG-AGATAGACTagtaaa
gi|113004                     : AAGACCTTCGCA-C-AGTG-GC-AA-CTC----TG-G-AGAA-TG-AC-AG-CT-TT-TGGGTGGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTTG-CA-AATCC--G-C-AA--T-C---CT-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CA--T--TGA-A-T-AGGAA-GATACTT-AAGA----G-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-AAA-TT--TA-C--TTT-CAAAAA--GT-TAAG-ACGTGGGCTTCATGC
gi|113005                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GTAAATCGC----AG---AGAA-TG-AC-AG-CT-TA-TGGG-GAT-C-T-G-AAATAG--G--T-T---TT--GCA-AA-AC--G-C-AAC-T-T---GT-TT---C--ATC--T-CTACTGA--AG-TT--C--TAC-A-T-ACG---G-T-------CAA--GG-A--T-C--A-T-GGG-TTG--ACA-TT--agtaaa
gi|113006                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AACCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGACA-GA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--Aaagaatagact
gi|113007                     : AAGACT-----G-T-AGTG-GC-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-TG-CT-CT-TGAG-CGTCC-T---AAATGG-TG--C-T---TTAGG-A-AA-AC--T-C-AA--T-C---A---T---G--ATA--T-CGCCTG---AA-TC--TACTG--G-T-AGTGT-G--A--T-AAGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG--TGC-AAC-TT--Ttc
gi|113008                     : AAGATCT---CA-T-AGTG-GC-ATTCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-CGAG-GGCCC-T-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---gaa
gi|113009                     : AAGATCT---CG-T-AGTG-GC-TATCGC----AGCATAGAA-TG-AC-AGTCT-CATTGAG-CGGCT-TAA-AAATAG-TG--C-TACCTTTGGCA-AA-AT--G-G-AA--TCC---GG-TTTCCT--ATCTGT-CTTCTGA--AT-CCTGT--TA--AGTAAGGGATT-TA--T-AGGGAATTG-A--T-CAAA-T-GGGATT----AA-TT--TT-C--
gi|113010                     : AGGACC----CG-T-AAGGTGC-AACCACTC--AG-A-AGAAATGGAC-AG-CTACA-TGGGTGGATC-T-A-AA-TAG-TGATT-T---TTTGGAA-AA-ACCCG-C-AAATT-T---GG-TT---C--AGA--T-TTGGTGA--AA-CC--T--TGGAA-T-AAAGAAG-TA--T-TGAAT--TT-G--TGC--G-T-GGG-T-AC-ACAATT--TT-T--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AAAT-GGCTTCATGCcaccttttcaagtacatataggaatataagaatatat
gi|113011                     : AAAACCT---AG-T-GGTG-GC-AAGCTC----A----AGAA-TG-GCGAG-CT-CA-TGGG-GGTCA-T-ATAAATAGTTG--C-T---TTT-GCA-AA-AC--GAC-AT--T-T---GG-TT---A--G----T-TTGCTGAAGAA-CC--T--TGA-A-TAAAGAA-G-TA--T-TGGAA--TG-A--C-G--G-T-GGG--TAC-ACA-TT--TTAT--ACT-C--GAC--TA-TAAG-AAAT--GCTTCATGC
gi|113012                     : AAGACTT---CG-T-ATTG-GC-AAGCTT----TG-A-GGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-G---TTTAGCA-AA-AC--G-C-
gi|113013                     :  AGACCT---CG-T-AGGG-GCTAATCAC----AC-A-AGAA-TGGAC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-TAA-AAATA--TG--T-C---TTTGGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTG----T-TC--T--TG--AGT-A-GGA-G-CA--T-AGGAA--TGAA--T-T--A-T-GGG-TTGT-AAA-TT--TTCC--ACT-C--GAC--AT-T-AG-AAATAGAC-ACATGC
gi|113014                     :    ACCT---CG-T-TGTG-GC-AAGCTC----GG-A-AGAA-TG-GC-AA-CG-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AATTAG-TG--A-T---TTTGGCA-CA-AC--G-C-AT--T-T---GG-AT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-GTGC-ATA------------------------T-TAAG-AGATGGGCTTCATGCatcaaa
gi|113015                     :                           CGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CG-TGGA-GGTCT-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-TC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTG


blockSeqs                     :        TCG  A T    T  A  T   TCAG  C T    A  G  G  T  A  T    T     C A T      T  AT . ACC       T  T  CC A A  AT C TTG  G  TCCT     TG G       AG  T  TG AC  GAA  A G   T A  CT A     AT  A AT G AA A G   AT   G A A  AA  CTT    C AA   CTA A    A A  A
blockSeqs                     :        .    . .    .  T  T   TC    . .    .  G  .  .  .  .    T     . A .      .  .  . .         .  .  .  . .  C  . .    .  CGA      .  .       .   .  .  C   AC   A G   A .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . A .  .   AT     . A    A   .    . A  A
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  G        .  .       .   .  .  .   AA   . A   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . T .  .   CC     . A    A   .    . G  G
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  G        .  .       .   .  .  .   AG   . G   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . T .  .   A      . G    G   .    . G  G
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   AA   . A   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . A .  .   A      . A    G   .    . A  A
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   CA   . G   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . T .  .   C      . G    A   .    . G  G
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  G        .  .       .   .  .  .   AA   . A   . .  .  .     .   . .  . .  . .   G    . A .  .   C      . A    G   .    . A  A
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   AG   . A   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . T .  .   A      . G    A   .    . G  A
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  A        .  .       .   .  .  .   AA   . G   . .  .  .     .   . .  . .  . .   G    . C .  .   C      . A    G   .    . T  A
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  A        .  .       .   .  .  .   AG   . G   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . A .  .   C      . G    G   .    . G  G
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  A   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   AA   . G   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . A .  .   C      . A    C   .    . C  G
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   AA   . G   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . C .  .   C      . A    G   .    . G  A
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   CA   . C   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . A .  .   C      . G    A   .    . C  G
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   AG   . G   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . A .  .   C      . .    G   .    . A  A
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   AA   . G   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . C .  .   C      . .    G   .    . A  G
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  C   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   AG   . A   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . C .  .   C      . .    T   .    . A  .
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   AA   . A   . .  .  .     .   . .  . .  . .   T    . A .  .   T      . .    A   .    . G  .
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  G        .  .       .   .  .  .   A    . A   . .  .  .     .   . .  . .  . .   G    . T .  .   .      . .    .   .          
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  G        .  .       .   .  .  .   A    . .   . .  .  .     .   . .  . .  . .   .    . . .  .   .                            
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  C   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .   .  .  .   A    . .   . .  .  .     .   . .  . .  . .   .    . . .  .                                
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  A        .  .       .   .  .  .   G    . .   . .  .  .     .   . .  . .  . .   .    . . .  .                                
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .       .                                                                                                       
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  T   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .                                                                                                               
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  G   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .    .  C        .  .                                                                                                               
blockSeqs                     :        .    . .    .  .  .   .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .  .  . .                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                              .     . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .  . .         .  .  .  . .                                                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                            C***
originalCons                  : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-ANA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC
finalCons                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-ANA-TT--TTC---ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                               2222                                                                  11                            
lowQualScore                  :        222  1 1    1  3  2   5555  1 1    1  3  1  1  1  1    3     1 3 1      1  22 1 222       1  1  22 1 1  33 1 222  1  444444   22 1       22  1  22 44  5555 3 3   3 1  22 1     22  1 22 1 22 1 1   22 0 1 7 1  22  7777   2 00   333 2    2 1  3    0     
lowQualScore                  :        ...  . .    .  .  .   ....  . .    .  .  .  .  .  .    .     . . .      .  .. . ...       .  .  .. . .  .. . ...  .  ......   .. .       ..  .  .. ..  .... . .   . .  .. .     ..  . .. . .. . .   .. . . . .  ..  ....   . ..   ... .    . .  .    .     
lowQualScore                  :        777  5 5    5  1  5   2222  5 5    5  0  5  5  5  5    0     5 0 5      5  00 5 666       5  5  00 5 5  77 5 777  6  666666   22 6       44  8  55 33  1111 6 0   6 8  55 8     55  8 55 8 55 8 8   88 1 8 0 8  55  9999   1 22   666 1    2 3  6    2     
consensus                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-ANA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC
Reference ( family-599 )      : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AANCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-ANA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATGGGCTTCATGC
gi|112989                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-ATTCGC----AG-A-AGAA-TA-AC-AG-CT-CC-TGGG-CGTCC-T-A-AAAT----G--CAT---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AT-CC--T--TG--AGT-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGT-A-A-TT--TTAA--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTACATGC
gi|112990                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CG-TAGG-CTTTC-C---AAATGG-TG--C-----TTTGGCA-AA-AC--A-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AT-TC--C--TG--ACT-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGA-TTTT-AAT-TT--TT-A--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTACATatcaaa
gi|112991                     : AAGAC-T---CG-T-AGTG-GC-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CG-TAGG-CTTTC-C-A-AA-TGG-TG--C-T---TT-GGCA-AA-AC--A-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AT-TC--C--TG--A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGA-TTTT-AAT-TT--TT-A--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTACATtcatcaaa
gi|112992                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AAGCGC----AG-A-AGAA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--A-C-AT--T-T---GG-TT---C--ATT--T-CTGCCGA--AA-CC--T--TG--A-T-A--GA-G-TA--TAAGGAA--TG-A--T-C--A-T-AGG-TTGC-ATA-TT--TT-C--ACT-C-GGAC--GT-TTAA-AGATGGGCTTCATGCtcaatcaa
gi|112993                     : AAGACCT---CG-T-AGTG--C-A-GCGC----AG-A-AGAA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-----TTTGGCA-AA-AC--A-C--A--T-T---TG-TT---C--AT---T-CTGCCGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T--AG-TTGC-ATA-TT--TT-C--ACT-C--GAC--GT-TTAA-AGATGGGCTTCATGC
gi|112994                     : AAGACCT---CG-TTAGTG-GC-ATTCAA----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CC-CC-TGGG-CGTCCCT-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--AATCC--T--TG--AGT-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTGT-AAT-TT--TT-A--ACT-C-AGAT--AT-TAAG-AAATAGACTACATGC
gi|112995                     : AAGACCT---CG-T-AGTG--C-AAGCGC----AG-A-AGAA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-G-TCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCATAA-AC--G-C-AT--T-T---GGGTT---C--ATT--T-CTGC-GA--AA-CA--T--TG--AAT-AAGAA-G-CA--T-AGGAA--TG-A--T-C--AAT-GGG-GTGC-ATA-TT--TT-C--ACT-C-GAAC--GT-TAAA-AGATGGGCTTCATGCatcaaa
gi|112996                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AAGTTC----AG-A-TGAA-GG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--A-C---GG-TT---A--ATT--T-CTGCTAA--AA-AC--T--TGC-A-T-AGGGA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-TTTT-AAC-GT--TC-C--ACT-C-AGAC--AT-TAAG-AAATAGACTTTATGC
gi|112997                     : AAGAACT---CG-T-AGTG-GC-AAGCTC----AA-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-CGGG-GGTCC-T-A-AACTAG-TA--A-T---TTTGACA-AA-AC--G-C-AT--T-T---GG-TT---A--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T-AGGAA--TT-A--T-C--A-T-GGG-GTGC-ATA-TT--TC-C--AAT-C-GGAC--GT-TAAG-AGATAGGCTTCATGCagcaaa
gi|112998                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AATCAC----AC-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTG
gi|112999                     : AAGAC-T---CG-T-AGTG-GC-TATCGC----AG-A--GAA-TG-AC-A---T-CA-TGGG-GGTCT-T-A-AAATGG-TG--G-C---TTTCAAA-AA-AT--G-CAAA--T-C---GG-TT---CGAATC--TGCTGCTGA--GT-CC--T--TG--AGT-A-GGA-G-TA--T-AGGAA--TG-GATT-C--A-TGGGG-TTGT-A-A-TTAATC-C--ACT-C-AGACCTAT-TAAG-ATATAGACTACATGC
gi|113000                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AAATGCTCAGAG-A-ACTA-TG-GC-AG-CT-CA-TGGG-GG-CA-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTGGGC--AA-AC--G-C-----T-CTTGGG-TT---C--AGA--T-TTGCTGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-T---T-TGGAA--TG-A--T-C--G-T-AGG--TACGACA-TT--TT-CTTACTCC-GAAC--GTATAAGAAGATGGGCTTCATatcaaa
gi|113001                     : AAGATCT---CAAT-AGTG-GC-AAGCTC----AA-A-CGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATAG-TG--C-T---CTTAGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-AT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TG--AGT-AGGAA-G-TA--T-AGAAA--TT-A--T-T--A-T-GGG-TTGC-A-A-TT--TC-C--ACT-C-AGAC--CT-TA
gi|113002                     : AAGACCT---CG-C-AGTG-GC-AATCTC----TG-G-AGAA-TG-AC-AG-CT-TT-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-TC--G-C-AA--T-C---CG-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CA--T--TGA-A-T-AGGAA-G-TA--T-ATTAG--GG-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-AAA-TT--TA-C--TTT-C-AAAG--GT-TAAG-ACGTGGGCTTCATGC
gi|113003                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GT-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-TA-TGGG-GATCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTT-GCA-AA-AC--G-C-AA--T-T---GT-TT---C--ATC--T-CTACTGA--AG-CT--TC-TA--A-T-AG----G-TT--C-AAG-----G-A--T-C--A-T-GGG-TT------------------------GAC--AT-TAAG-AGATAGACTagtaaa
gi|113004                     : AAGACCTTCGCA-C-AGTG-GC-AA-CTC----TG-G-AGAA-TG-AC-AG-CT-TT-TGGGTGGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-T---TTTG-CA-AATCC--G-C-AA--T-C---CT-TT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CA--T--TGA-A-T-AGGAA-GATACTT-AAGA----G-A--T-C--A-T-GGG-TTGC-AAA-TT--TA-C--TTT-CAAAAA--GT-TAAG-ACGTGGGCTTCATGC
gi|113005                     : AATACCT---CG-T-AGTG-GTAAATCGC----AG---AGAA-TG-AC-AG-CT-TA-TGGG-GAT-C-T-G-AAATAG--G--T-T---TT--GCA-AA-AC--G-C-AAC-T-T---GT-TT---C--ATC--T-CTACTGA--AG-TT--C--TAC-A-T-ACG---G-T-------CAA--GG-A--T-C--A-T-GGG-TTG--ACA-TT--agtaaa
gi|113006                     : AAGACCT---CG-T-AGTG-GC-AACCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGACA-GA-AC--G-C-AA--T-C---GG-TT---G--ATC--T-CTGCTGA--Aaagaatagact
gi|113007                     : AAGACT-----G-T-AGTG-GC-AATCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-TG-CT-CT-TGAG-CGTCC-T---AAATGG-TG--C-T---TTAGG-A-AA-AC--T-C-AA--T-C---A---T---G--ATA--T-CGCCTG---AA-TC--TACTG--G-T-AGTGT-G--A--T-AAGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG--TGC-AAC-TT--Ttc
gi|113008                     : AAGATCT---CA-T-AGTG-GC-ATTCGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CA-CGAG-GGCCC-T-A-AAATGG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-AC--G-C-AA--T-C---gaa
gi|113009                     : AAGATCT---CG-T-AGTG-GC-TATCGC----AGCATAGAA-TG-AC-AGTCT-CATTGAG-CGGCT-TAA-AAATAG-TG--C-TACCTTTGGCA-AA-AT--G-G-AA--TCC---GG-TTTCCT--ATCTGT-CTTCTGA--AT-CCTGT--TA--AGTAAGGGATT-TA--T-AGGGAATTG-A--T-CAAA-T-GGGATT----AA-TT--TT-C--
gi|113010                     : AGGACC----CG-T-AAGGTGC-AACCACTC--AG-A-AGAAATGGAC-AG-CTACA-TGGGTGGATC-T-A-AA-TAG-TGATT-T---TTTGGAA-AA-ACCCG-C-AAATT-T---GG-TT---C--AGA--T-TTGGTGA--AA-CC--T--TGGAA-T-AAAGAAG-TA--T-TGAAT--TT-G--TGC--G-T-GGG-T-AC-ACAATT--TT-T--ACT-C-GGAC--GT-TAAG-AAAT-GGCTTCATGCcaccttttcaagtacatataggaatataagaatatat
gi|113011                     : AAAACCT---AG-T-GGTG-GC-AAGCTC----A----AGAA-TG-GCGAG-CT-CA-TGGG-GGTCA-T-ATAAATAGTTG--C-T---TTT-GCA-AA-AC--GAC-AT--T-T---GG-TT---A--G----T-TTGCTGAAGAA-CC--T--TGA-A-TAAAGAA-G-TA--T-TGGAA--TG-A--C-G--G-T-GGG--TAC-ACA-TT--TTAT--ACT-C--GAC--TA-TAAG-AAAT--GCTTCATGC
gi|113012                     : AAGACTT---CG-T-ATTG-GC-AAGCTT----TG-A-GGAA-TG-AC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-T-G-AAATAG-TG--C-G---TTTAGCA-AA-AC--G-C-
gi|113013                     :  AGACCT---CG-T-AGGG-GCTAATCAC----AC-A-AGAA-TGGAC-AG-CT-CA-TGGG-GGTCC-TAA-AAATA--TG--T-C---TTTGGCA-AA-AT--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTGCTG----T-TC--T--TG--AGT-A-GGA-G-CA--T-AGGAA--TGAA--T-T--A-T-GGG-TTGT-AAA-TT--TTCC--ACT-C--GAC--AT-T-AG-AAATAGAC-ACATGC
gi|113014                     :    ACCT---CG-T-TGTG-GC-AAGCTC----GG-A-AGAA-TG-GC-AA-CG-CA-TGGG-GGTCC-T-A-AATTAG-TG--A-T---TTTGGCA-CA-AC--G-C-AT--T-T---GG-AT---C--ATC--T-CTGCTGA--AA-CC--T--TGA-A-T-AAGAA-G-TA--T-AGGAA--TG-A--T-C--A-T-GGG-GTGC-ATA------------------------T-TAAG-AGATGGGCTTCATGCatcaaa
gi|113015                     :                           CGC----AG-A-AGAA-TG-AC-AG-CT-CG-TGGA-GGTCT-T-A-AAATAG-TG--C-T---TTTGGCA-AA-TC--G-C-AA--T-C---GG-TT---C--ATC--T-CTG