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lowQualScore                  :       .  ...   ..  ..   .....   ..         ....  .   ....... . .            ... ..... .   .  ....     .   ............ .. . ..           
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Alignments
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gi|82230                      : AAATTG-GGTAAAAAGGAC--T-------CTT---TTTTTGGA----TT-GGG-------A-ATGGGGCTGAATAT---C-----G-GAC-CC----AAGTC-AGT-------T----T--G-AT-TGACAGCCCTG
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gi|82232                      :  AATTG-GG---AAA--AG--TTT------TT--ATTT-CCAA----TTGGGG-------A-A-GGGT-CTTTTAT---C-----G-GAC-CC-----AATC--GG-------G----A--G-AG-TGACAGCC
gi|82233                      :  AATCGTGA---AAA--AG--TTT-G---CAT--AGTTTCCAA----TT-GGA-------A-A-GGGTCCATTTATATACATGTAG-GAC-CC----AAATC-AGG-------G----A--G-AT-TGACAGGCCTG
gi|82234                      :  AATTG-G-----AA--AT--TTT-G---CTT--AATTTTCA------T-GGG---------A-CGGTCCTTTTAT---------A-GAC-CC-----AGTC-AAG-------G----A--G-A--TGACAGC
gi|82235                      :   ATTG-GG---AAC--AT--TTTTG---CTT--ATTTTCCAA----TT-GGG-------A-A-GGGTCCTATTAT---T-----A-GAC-CC----AAATC-AGG-------A----ACTGCAG-TGACAGCCC
gi|82236                      :   ATTG-GG---AAA--ATATTTT-G---TTT--ATTTTCCAT----TT-GGG-------A-C-GGGTCCCTTTAT---C-----A-GAC-AC----AAATA-AGG-------G----A--A-AG-TGACAGTCTTG
gi|82237                      :          ---AAA--AT--ATT-T---CTT--ATTTTCCAA----TT-GGG-------A-A-GGGTCCTTTTAT---C-----G-GAC-CC----AAATG-AGG-------G----A--G-AG-TGAGGGCCCTG
gi|82238                      :               A--AT--TTT-----CTT--ATTTTC-AA----TT-GGG-------A-A-GAGTCCTTTTAT---C-----G-GACTCC----AAATCAAGG-------G----A--G-A--TGACAGCCCTG
gi|82239                      :                    --TTT-G---CC---GTTTTCCCG----T--GGG-------A-A-GGGTCCTTTTAT---C-----G-GAC-CC----CGTTT-AGG-------G----A--G-AA-TGACGACCCTG
gi|82240                      :                                 --ATTTTCCAA----TT-AGG-------A-A-GGGTCCTTTTAT---T-----G-GAC-CT----AAATC-AGG-------G----A--G-AT-TGACAGCCCTG
gi|82241                      :                                      TTGCAA----TT-GGG-------A-A-GGGTCCTTTTAT---C-----G-GAC-C


blockSeqs                     :       T  TAA   GG  AG   GGAC    TA         AATT  A   AACTGGG T T            ATA ATGTA C   T  ATTG     A   GAAGATTG     CT C AT
blockSeqs                     :       .  .     .   AT   TG      T          .     G   .       . T            .   .     .   .  .        .   GATCT        .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    TG      .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   A            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   C            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . T 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . T 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    T       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . T 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   T            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   T            .  . T 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . T 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    A       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . T 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   A            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    T       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    G       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . G 
blockSeqs                     :       .  .     .   .    .       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . A 
blockSeqs                     :          .     .   .    .       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . T 
blockSeqs                     :                .   .    .       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   G            .  . . 
blockSeqs                     :                    .    .       .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .   .            .  . . 
blockSeqs                     :                                 .          .     .   .       . .            .   .     .   .  .        .                       
blockSeqs                     :                                            .     .   .       . .            .   .     .   .                                   


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Alignments
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lowQualScore                  :       .  ...   ..  ..   .....   ..         ....  .   ....... . .            ... ..... .   .  ....     .   ............ .. . ..           
lowQualScore                  :       8  000   33  44   66666   77         1111  0   8888888 5 0            666 77777 5   5  3333     5   333333333333 22 6 99           
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Reference ( family-598 )      : AAATTG-GG---AAA--AT--TTT-G---CTT--ATTTTCCAA----TT-GGG-------A-A-GGGTCCTTTTAT---C-----G-GAC-CC----AAATC-AGG-------G----A--G-AG-TGACAGCCCTG
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gi|82237                      :          ---AAA--AT--ATT-T---CTT--ATTTTCCAA----TT-GGG-------A-A-GGGTCCTTTTAT---C-----G-GAC-CC----AAATG-AGG-------G----A--G-AG-TGAGGGCCCTG
gi|82238                      :               A--AT--TTT-----CTT--ATTTTC-AA----TT-GGG-------A-A-GAGTCCTTTTAT---C-----G-GACTCC----AAATCAAGG-------G----A--G-A--TGACAGCCCTG
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gi|82240                      :                                 --ATTTTCCAA----TT-AGG-------A-A-GGGTCCTTTTAT---T-----G-GAC-CT----AAATC-AGG-------G----A--G-AT-TGACAGCCCTG
gi|82241                      :                                      TTGCAA----TT-GGG-------A-A-GGGTCCTTTTAT---C-----G-GAC-C