lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 1 9 1 1 1 1 666 1 22 3 4 1 55 1 1 111 55555 33 1 333 1 1 222 222 1 1 1 1 22 1 22 22 0 6
lowQualScore : . . . . . . . ... . .. . . . .. . . ... ..... .. . ... . . ... ... . . . . .. . .. .. . .
lowQualScore : 6 6 8 6 6 5 5 777 5 11 1 6 5 22 5 5 666 00000 77 5 666 5 5 777 777 5 6 6 7 55 8 66 88 5 2
consensus : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCACC--CCCCAAAAAAAA
Reference ( gi|18927 ) : TCACC-CTTT-TAGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCACC--CCCCAACAAAAA
gi|18928 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TT---GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCACC--CCCCAAAAAAAA
gi|18929 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--AGA-----C--TC-AC--CC-GT-----G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCACC--CCCC--CAAAAA
gi|18930 : TCACG-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-AAA-C-A-A--T-ATC--TCGCC--CC
gi|18931 : TCACG-CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AT-G-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCACG--CATAAAAAAAAAtaaaaaa
gi|18934 : TCACC-CTTT-T-GG-GT-GAGACT-C-ACGC-C-T--TTTT-GAA-GC-AGATTC-T-C---CAA-C---C--TC-AC--CC-GT-G---G---G-GTA-C-A-A--T-ATC--TCACC--CCCCCGCAAAAA
gi|18933 : TCACC-CTTT-T-GG-GT-GAGACT-C-AC-C---T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-------------------AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCACC--CCCAAAAAAAaa
gi|18932 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C----TTTT-GAA-GC-AAG-TC-T-CA--C---T---C--TCTAC--CC-GA-G---G---G-TAA-C-AGA--T-ATC--TCACC--CCCAAAAAAA
gi|18935 : TCATG-CTTT-TGGC-GT-GAGAGT-C-AC-G-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GT-GT-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCATG--CATAAAAAAAAA
gi|18938 : TCACC-TTTT---GG-GT-GAGAC----AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--C-----------------CC-GC-A---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCACC--CCCAAAAAAA
gi|18937 : TCACC-CTTT--GGG-GT-GAGACT-C-AA-CGC-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-CCCGC--TA-GC--TCAGC-G---G---T-TAA-C-A-C--T-ATC--TCAAC--CCCC--CAAAAA
gi|18936 : TCACCTCTTT-TGGG-GT--AGACT-CTAC-CGCAT--TTTT-GAA-GCCAA--TC-T-CAA-CGAAC---C--TC-AC--CC-GC-G---G-----TAA-----A--T-ATC--TCACC--CCCCAAAAAAAA
gi|18939 : TCACC-GTTT-TAGG-GTAGAGACT---AC-C-C-TACTTTT-GAA--C-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-A---CC-GC-G---GTCAT-TAT-C-A-A--T-ATC--TCACG--CCCCAA
gi|18940 : TCACC--TTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--T----------------C--TC-AC--CC-GCTG---G---C-TAA-A-A-AGGTAATC--TCACCGAACCCAGCAAAAAaaga
gi|18941 : TCACA-CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CAA-G---C--TC-AC--GC-AC-G---G---G-TAaa
gi|18942 : TCACC-CTTT-T-GG-GT-GAGCTT-C-AC-A-T-T--TTTT-GAAGGC-AA--TCAT-CA----A-C---C--TC-A---CA-GT-G---G---G-T-A-C---A--T-ATC--TCACC--CGCAAAAAAA
gi|18943 : CACC----T-TGGG-GT--AGACT-C-AC-C-T-T--TTTC-AAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-CT--C--TC-AC--CC-G--G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TCTCC--CCCCAAAAAAAA
gi|18945 : CACG-CTTT-TGGT-GC-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-T---CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-TAG-C-A-A--T-ATC--TCA--------AGCAAAAA
gi|18944 : CACC-CTTTGTGGG-GT-GAGACTTC-GC-C-T-T--ATTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--TGA-C---CG-TC-AC--TC-GC-GGGCG---G-TAA-CTA-A--T-ATCGTTCACC--CCCCAAAAAAaaa
gi|18946 : CACC-CTTT-TGGGCGT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTTTGGA-GC-AAA-TC-T-C-----------C--TC-TCTACC-GA-G---G---GATAAAC-A-A--T-ATC--TCACC--CCCC--CAAAAA
gi|18947 : CACG-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTT-CAATGC-CA--TC-T-C---TGA-T---C--TC-AC--GT-GC-G---G---G-TAA-C-A-aa
gi|18948 : CACG-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTTCGAT-GC-AA--TA-T-C---CGA-T---C--TC-AT--GC-GC-G---G---A-AAA-A-A-A--T-
gi|18949 : ACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-ACGA-T-T--TTTT-GAA-G--AA--TC-TACACCCGA-C---CGATC-AC--CC-GC-----G---G-TAA---A-A--T-ATC--TCA------CCAAAAAAAA
gi|18950 : ACA-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTT-CAATGC-AA--TC-T-C---CGA-T---C--TC-AC--GC-AC-G---G---G-TAA-C-
gi|18951 : -CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GT-AA--TC-C-C---CGA-C---C--TC-AC--AC-AC-G---G---G-TGA-C-A-A--T-ATC--
gi|18952 : -CTTT-CGGT-GC-AAGACT-C-AT-G-A-T--TTTT-TAA-GC-AA--TC-T-C---CGA-C---C--TC-AA--GC-AC-G---G---G-TAG-C-A-
gi|18953 : CT-C-AC-C-C-T--T----GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---A--TC-AC--TC-GC-G---G---G-TAA-C------T-ATC--TCACC--CCCC
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 666 1 22 3 4 1 55 1 1 000 44444 33 1 333 1 1 222 222 1 1 1 1 22 1 22 1 333 666
lowQualScore : . . . . . . ... . .. . . . .. . . ... ..... .. . ... . . ... ... . . . . .. . .. . ... ...
lowQualScore : 5 5 5 5 5 5 111 5 00 0 4 5 00 5 5 888 44444 55 5 111 5 5 666 666 5 5 5 6 44 7 55 9 333 000
consensus : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
Reference ( family-595 ) : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18927 : TCACC-CTTT-TAGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAACAAAAA
gi|18928 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TT---GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18929 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--AGA-----C--TC-AC--CC-GT-----G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CCAAAAA
gi|18930 : TCACG-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-AAA-C-A-A--T-ATC--TC-GCC---CCT---AAAAAA
gi|18931 : TCACG-CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AT-G-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACG---CAT---AAAAAAAAA
gi|18932 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C----TTTT-GAA-GC-AAG-TC-T-CA--C---T---C--TCTAC--CC-GA-G---G---G-TAA-C-AGA--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18933 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGACT-C-AC-C---T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-------------------AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18934 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGACT-C-ACGC-C-T--TTTT-GAA-GC-AGATTC-T-C---CAA-C---C--TC-AC--CC-GT-G---G---G-GTA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCCCCGCAAAAAAA
gi|18935 : TCATG-CTTT-TGGC-GT-GAGAGT-C-AC-G-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GT-GT-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ATG---CAT---AAAAAAAAA
gi|18936 : TCACCTCTTT-TGGG-GT--AGACT-CTAC-CGCAT--TTTT-GAA-GCCAA--TC-T-CAA-CGAAC---C--TC-AC--CC-GC-G---G-----TAA-----A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18937 : TCACC-CTTT--GGG-GT-GAGACT-C-AA-CGC-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-CCCGC--TA-GC--TCAGC-G---G---T-TAA-C-A-C--T-ATC--TCAACC---CCC---CAAAAA
gi|18938 : TCACC-TTTT---GG-GT-GAGAC----AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--C-----------------CC-GC-A---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18939 : TCACC-GTTT-TAGG-GTAGAGACT---AC-C-C-TACTTTT-GAA--C-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-A---CC-GC-G---GTCAT-TAT-C-A-A--T-ATC--TC-ACG---CCC---CAAAAGA
gi|18940 : TCACC--TTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--T----------------C--TC-AC--CC-GCTG---G---C-TAA-A-A-AGGTAATC--TC-ACCGAACCCAG-CAAAAAAA
gi|18941 : TCACA-CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CAA-G---C--TC-AC--GC-AC-G---G---G-TA
gi|18942 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGCTT-C-AC-A-T-T--TTTT-GAAGGC-AA--TCAT-CA----A-C---C--TC-A---CA-GT-G---G---G-T-A-C---A--T-ATC--TC-ACC---CGC---AAAAAAA
gi|18943 : CACC----T-TGGG-GT--AGACT-C-AC-C-T-T--TTTC-AAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-CT--C--TC-AC--CC-G--G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-TCC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18944 : CACC-CTTTGTGGG-GT-GAGACTTC-GC-C-T-T--ATTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--TGA-C---CG-TC-AC--TC-GC-GGGCG---G-TAA-CTA-A--T-ATCGTTC-ACC---CCC---CAAAAAA
gi|18945 : CACG-CTTT-TGGT-GC-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-T---CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-TAG-C-A-A--T-ATC--TC-A------AG---CAAAAAAAA
gi|18946 : CACC-CTTT-TGGGCGT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTTTGGA-GC-AAA-TC-T-C-----------C--TC-TCTACC-GA-G---G---GATAAAC-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CCAAAAAAA
gi|18947 : CACG-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTT-CAATGC-CA--TC-T-C---TGA-T---C--TC-AC--GT-GC-G---G---G-TAA-C-A-
gi|18948 : CACG-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTTCGAT-GC-AA--TA-T-C---CGA-T---C--TC-AT--GC-GC-G---G---A-AAA-A-A-A--T-
gi|18949 : ACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-ACGA-T-T--TTTT-GAA-G--AA--TC-TACACCCGA-C---CGATC-AC--CC-GC-----G---G-TAA---A-A--T-ATC--TC-A-------C---CAAAAAAAA
gi|18950 : ACA-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTT-CAATGC-AA--TC-T-C---CGA-T---C--TC-AC--GC-AC-G---G---G-TAA-C-
gi|18951 : -CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GT-AA--TC-C-C---CGA-C---C--TC-AC--AC-AC-G---G---G-TGA-C-A-A--T-ATC--
gi|18952 : -CTTT-CGGT-GC-AAGACT-C-AT-G-A-T--TTTT-TAA-GC-AA--TC-T-C---CGA-C---C--TC-AA--GC-AC-G---G---G-TAG-C-A-
gi|18953 : CT-C-AC-C-C-T--T----GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---A--TC-AC--TC-GC-G---G---G-TAA-C------T-ATC--TC-ACC---CCC---
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 666 1 22 3 4 1 55 1 1 000 44444 33 1 333 1 1 222 222 1 1 1 1 22 1 22 1 333 666
lowQualScore : . . . . . . ... . .. . . . .. . . ... ..... .. . ... . . ... ... . . . . .. . .. . ... ...
lowQualScore : 5 5 5 5 5 5 111 5 00 0 4 5 00 5 5 888 44444 55 5 111 5 5 666 666 5 5 5 6 44 7 55 9 333 000
consensus : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
Reference ( family-595 ) : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18927 : TCACC-CTTT-TAGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAACAAAAA
gi|18928 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TT---GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18929 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--AGA-----C--TC-AC--CC-GT-----G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CCAAAAA
gi|18930 : TCACG-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-AAA-C-A-A--T-ATC--TC-GCC---CCT---AAAAAA
gi|18931 : TCACG-CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AT-G-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACG---CAT---AAAAAAAAA
gi|18932 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C----TTTT-GAA-GC-AAG-TC-T-CA--C---T---C--TCTAC--CC-GA-G---G---G-TAA-C-AGA--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18933 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGACT-C-AC-C---T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-------------------AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18934 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGACT-C-ACGC-C-T--TTTT-GAA-GC-AGATTC-T-C---CAA-C---C--TC-AC--CC-GT-G---G---G-GTA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCCCCGCAAAAAAA
gi|18935 : TCATG-CTTT-TGGC-GT-GAGAGT-C-AC-G-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GT-GT-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ATG---CAT---AAAAAAAAA
gi|18936 : TCACCTCTTT-TGGG-GT--AGACT-CTAC-CGCAT--TTTT-GAA-GCCAA--TC-T-CAA-CGAAC---C--TC-AC--CC-GC-G---G-----TAA-----A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18937 : TCACC-CTTT--GGG-GT-GAGACT-C-AA-CGC-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-CCCGC--TA-GC--TCAGC-G---G---T-TAA-C-A-C--T-ATC--TCAACC---CCC---CAAAAA
gi|18938 : TCACC-TTTT---GG-GT-GAGAC----AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--C-----------------CC-GC-A---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18939 : TCACC-GTTT-TAGG-GTAGAGACT---AC-C-C-TACTTTT-GAA--C-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-A---CC-GC-G---GTCAT-TAT-C-A-A--T-ATC--TC-ACG---CCC---CAAAAGA
gi|18940 : TCACC--TTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--T----------------C--TC-AC--CC-GCTG---G---C-TAA-A-A-AGGTAATC--TC-ACCGAACCCAG-CAAAAAAA
gi|18941 : TCACA-CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CAA-G---C--TC-AC--GC-AC-G---G---G-TA
gi|18942 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGCTT-C-AC-A-T-T--TTTT-GAAGGC-AA--TCAT-CA----A-C---C--TC-A---CA-GT-G---G---G-T-A-C---A--T-ATC--TC-ACC---CGC---AAAAAAA
gi|18943 : CACC----T-TGGG-GT--AGACT-C-AC-C-T-T--TTTC-AAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-CT--C--TC-AC--CC-G--G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-TCC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18944 : CACC-CTTTGTGGG-GT-GAGACTTC-GC-C-T-T--ATTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--TGA-C---CG-TC-AC--TC-GC-GGGCG---G-TAA-CTA-A--T-ATCGTTC-ACC---CCC---CAAAAAA
gi|18945 : CACG-CTTT-TGGT-GC-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-T---CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-TAG-C-A-A--T-ATC--TC-A------AG---CAAAAAAAA
gi|18946 : CACC-CTTT-TGGGCGT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTTTGGA-GC-AAA-TC-T-C-----------C--TC-TCTACC-GA-G---G---GATAAAC-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CCAAAAAAA
gi|18947 : CACG-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTT-CAATGC-CA--TC-T-C---TGA-T---C--TC-AC--GT-GC-G---G---G-TAA-C-A-
gi|18948 : CACG-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTTCGAT-GC-AA--TA-T-C---CGA-T---C--TC-AT--GC-GC-G---G---A-AAA-A-A-A--T-
gi|18949 : ACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-ACGA-T-T--TTTT-GAA-G--AA--TC-TACACCCGA-C---CGATC-AC--CC-GC-----G---G-TAA---A-A--T-ATC--TC-A-------C---CAAAAAAAA
gi|18950 : ACA-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTT-CAATGC-AA--TC-T-C---CGA-T---C--TC-AC--GC-AC-G---G---G-TAA-C-
gi|18951 : -CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GT-AA--TC-C-C---CGA-C---C--TC-AC--AC-AC-G---G---G-TGA-C-A-A--T-ATC--
gi|18952 : -CTTT-CGGT-GC-AAGACT-C-AT-G-A-T--TTTT-TAA-GC-AA--TC-T-C---CGA-C---C--TC-AA--GC-AC-G---G---G-TAG-C-A-
gi|18953 : CT-C-AC-C-C-T--T----GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---A--TC-AC--TC-GC-G---G---G-TAA-C------T-ATC--TC-ACC---CCC---
blockSeqs : T G C A T T GC A AC T G C AT A A ACC CCCG GA T TAC A T GGC TCA A A T G GG A GT A GAA CCG
blockSeqs : . . . . . . CG . . C T . G . . AA AC G . C . . . . . . . . . . . . . AG
blockSeqs : . . . . . . CG . . . T . A . . A CT . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GA . . . . . . . . A C . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . A C . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . A C . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . A T . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . A C . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . A C . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . A C . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . A G . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . A C . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . A C . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . A C . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . A T . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . A T . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . C . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . C . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . C . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . C . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
finalCons : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 666 1 22 3 4 1 55 1 1 000 44444 33 1 333 1 1 222 222 1 1 1 1 22 1 22 1 333 666
lowQualScore : . . . . . . ... . .. . . . .. . . ... ..... .. . ... . . ... ... . . . . .. . .. . ... ...
lowQualScore : 5 5 5 5 5 5 111 5 00 0 4 5 00 5 5 888 44444 55 5 111 5 5 666 666 5 5 5 6 44 7 55 9 333 000
consensus : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
Reference ( family-595 ) : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18927 : TCACC-CTTT-TAGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAACAAAAA
gi|18928 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TT---GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18929 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--AGA-----C--TC-AC--CC-GT-----G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CCAAAAA
gi|18930 : TCACG-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-AAA-C-A-A--T-ATC--TC-GCC---CCT---AAAAAA
gi|18931 : TCACG-CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AT-G-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACG---CAT---AAAAAAAAA
gi|18932 : TCACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C----TTTT-GAA-GC-AAG-TC-T-CA--C---T---C--TCTAC--CC-GA-G---G---G-TAA-C-AGA--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18933 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGACT-C-AC-C---T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-------------------AC--CC-GC-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18934 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGACT-C-ACGC-C-T--TTTT-GAA-GC-AGATTC-T-C---CAA-C---C--TC-AC--CC-GT-G---G---G-GTA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCCCCGCAAAAAAA
gi|18935 : TCATG-CTTT-TGGC-GT-GAGAGT-C-AC-G-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-AC--GT-GT-G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ATG---CAT---AAAAAAAAA
gi|18936 : TCACCTCTTT-TGGG-GT--AGACT-CTAC-CGCAT--TTTT-GAA-GCCAA--TC-T-CAA-CGAAC---C--TC-AC--CC-GC-G---G-----TAA-----A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18937 : TCACC-CTTT--GGG-GT-GAGACT-C-AA-CGC-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-CCCGC--TA-GC--TCAGC-G---G---T-TAA-C-A-C--T-ATC--TCAACC---CCC---CAAAAA
gi|18938 : TCACC-TTTT---GG-GT-GAGAC----AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--C-----------------CC-GC-A---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---AAAAAAA
gi|18939 : TCACC-GTTT-TAGG-GTAGAGACT---AC-C-C-TACTTTT-GAA--C-AA--TC-T-CA--CGA-C---C--TC-A---CC-GC-G---GTCAT-TAT-C-A-A--T-ATC--TC-ACG---CCC---CAAAAGA
gi|18940 : TCACC--TTT-TGGG-GT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--T----------------C--TC-AC--CC-GCTG---G---C-TAA-A-A-AGGTAATC--TC-ACCGAACCCAG-CAAAAAAA
gi|18941 : TCACA-CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--CAA-G---C--TC-AC--GC-AC-G---G---G-TA
gi|18942 : TCACC-CTTT-TGGG--T-GAGCTT-C-AC-A-T-T--TTTT-GAAGGC-AA--TCAT-CA----A-C---C--TC-A---CA-GT-G---G---G-T-A-C---A--T-ATC--TC-ACC---CGC---AAAAAAA
gi|18943 : CACC----T-TGGG-GT--AGACT-C-AC-C-T-T--TTTC-AAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-CT--C--TC-AC--CC-G--G---G---G-TAA-C-A-A--T-ATC--TC-TCC---CCC---CAAAAAAAA
gi|18944 : CACC-CTTTGTGGG-GT-GAGACTTC-GC-C-T-T--ATTT-GAA-GC-AA--TC-T-CA--TGA-C---CG-TC-AC--TC-GC-GGGCG---G-TAA-CTA-A--T-ATCGTTC-ACC---CCC---CAAAAAA
gi|18945 : CACG-CTTT-TGGT-GC-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GC-AA--TC-T-T---CGA-C---C--TC-AC--GC-GC-G---G---G-TAG-C-A-A--T-ATC--TC-A------AG---CAAAAAAAA
gi|18946 : CACC-CTTT-TGGGCGT-GAGACT-C-AC-C-C-T--TTTTTGGA-GC-AAA-TC-T-C-----------C--TC-TCTACC-GA-G---G---GATAAAC-A-A--T-ATC--TC-ACC---CCC---CCAAAAAAA
gi|18947 : CACG-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTT-CAATGC-CA--TC-T-C---TGA-T---C--TC-AC--GT-GC-G---G---G-TAA-C-A-
gi|18948 : CACG-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTTCGAT-GC-AA--TA-T-C---CGA-T---C--TC-AT--GC-GC-G---G---A-AAA-A-A-A--T-
gi|18949 : ACC-CTTT-TGGG-GT-GAGACT-C-ACGA-T-T--TTTT-GAA-G--AA--TC-TACACCCGA-C---CGATC-AC--CC-GC-----G---G-TAA---A-A--T-ATC--TC-A-------C---CAAAAAAAA
gi|18950 : ACA-CTTT-TGGC-AT-GAGACT-C-AC-G-C-T--TTTT-CAATGC-AA--TC-T-C---CGA-T---C--TC-AC--GC-AC-G---G---G-TAA-C-
gi|18951 : -CTTT-TGGC-GT-GAGACT-C-AC-A-C-T--TTTT-GAA-GT-AA--TC-C-C---CGA-C---C--TC-AC--AC-AC-G---G---G-TGA-C-A-A--T-ATC--
gi|18952 : -CTTT-CGGT-GC-AAGACT-C-AT-G-A-T--TTTT-TAA-GC-AA--TC-T-C---CGA-C---C--TC-AA--GC-AC-G---G---G-TAG-C-A-
gi|18953 : CT-C-AC-C-C-T--T----GAA-GC-AA--TC-T-CA--CGA-C---A--TC-AC--TC-GC-G---G---G-TAA-C------T-ATC--TC-ACC---CCC---