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gi|47059                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-C-A-ATG-TTA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---AAT-T---TT-C-AA--A-AA-AGAA-A-TA-CT-------T--T-CAG-TT-GACTT--TC--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----AC-A-
gi|47060                      :     AAAT-AA--AAAATAA-TT---A-----GA-C-A-ATG-ATA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------C--A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---AAT-T---TT-C-GA--A-AA-AGTA-A-TA-CTAATGTCTT--T-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGT-A-TG--T---A-G-T--AA-A-AT-----GC-A-G-CTTGT-A--A-T--CTTTAA
gi|47061                      :     AAAT-AA--AA--TA--TT---A-----GA-C-A-ATG-AT--T-T-----GA--A-TTTTT-GAAACGCGAT----------CG-AATAGATTTTTTAATTTT-CGAAAAGGTATACT-ANNNNN-NNN-N---NNN-N---NN-N-NN--N-NN-NNNN-A-TGTCT-------T--T-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TT-CTTTAA
gi|47062                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-C-A-ATG-TTAAT-T-----GAT-A-TTTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---AAT-T---TTAC-GA--A-AAGAGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GACTT---C--A--AAAA---T-A-TG-CAAGAT-T--T-T-ATG-TTTA--TT-TGA-TG--T---A-GAT--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTTTAA
gi|47063                      :     AAATTAA--AA--TA--TT---A-----GA-C-A-ATG-TTA---T-----GAT-ATTCTTT-GAAACGC-------------CG-A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-GTT-A---ATT-T---TT-C-GG--ATAA-AGTA-ATTA-CT-------T--T-CAG-ATGGACTT--GC--A--AAAA---T-ATTG-CAAGCC-A--T-T-A---TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T---A-A-ATG----GC-A-G-CTTGT----A-TC-CTTGAA
gi|47064                      :     AAAT-AA--AA--TAAATT---AT----GA-CCA-ATG-TTA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAATG--------------CG-A----------------T-TGAA---------T-ATGATT-GTG-T---AAT-T---TT-C-AA--A-AG-AGCA-A-TA-CT-------T--T-CAG-GT-GA-TT--AC------AAA---C-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-CG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTTTAA
gi|47065                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-C-A-ATG-TT--T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-----AAT-T---T--C-GA--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAG---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-TG--TTTGATG-T--AACACATG----CG-A-G-CTTGT-A--A-TC-TGTTAA
gi|47066                      :     AAAT-AA--AA----A-TT---A-----GA-C-A-ATG-TTA-T-C-----GATTA-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---AAT-T---TT-CAAA--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GACAT--AC-----AAAA---T-A-TG-CAAGCATT--T-T-ATTATTTA--TTGTGAGTG--T---A-G-T---A-A-ATG----GC-A-GCCTCGT----A-TC-CTTAAA
gi|47067                      : aaatAAAT-AATAAA--TAA-TT---A-----GAAC-A-ATG-TTA-TGT-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------C--A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---AAT-T---TT-C-----A-AA-AGTATA-T--TT-------T--T-CAG-AT-GATT----C--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTAAATTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-C-TGT----A-TC-CTTTAA
gi|47068                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-C-A-ATT-TTA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-TG-A---------T-ATGATTGTGG-TAA-AAA-T---TT-C-AA--A-AA-GGAA-A-TA-CT-------T--T-CAG-GT-GACCT--ACCAA--AAAA---C-A-TG-CAAGCA-T--T-T-A---TTTA--TT-TGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-AGG-CTTGT-A--A-TC-TCTTA
gi|47069                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GC-C-A-AT--TTA-T-T-----GAT-A-TCTTTTGAAACGG-------------CG-GAGT-------------T-CGAA---------T-ACTATC-TTT-TTTGAAT-T---TTTC-GA--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-TAGGAT-G--CT--AC--A--GAAAAATT-A-TG-CA-GCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGTGA--A-TCGCTTTAA
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gi|47071                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TTTATG-----TA-C-A-ATG-CTA----------AT-A-TCTTT-GAA-CG--------------CGCA----------------CACGAA---------T-ACGATT-TTT-TTT-AATAT---TT-C-AATAA-AA-AGTATA-TA-CT-------TCAT-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAA---TAA-TGTCAAGCA-T--TGT-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--CATA-ATG----GC-A-G-CTTGT-ATTT-TC-CTTTAA
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gi|47074                      :      AAT-AA--AA--TA--TT---A-----GA-C-A--TG-TTA-T-T-----GATTA-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-TGAC---------T-ACGATT-TTT-----AAT-T---TT-C--A--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GA-TT--AC--A--AAA----T-A-TG-CA-GCA-T--T-TTAT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T---A-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTT
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blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   T      . C .   .   . . TT      T .     .      CGAT            . AGT              .    .         .      .   TAA     . .    T G  .  .  .    T A  .  .       .  .   .  A     .   A  .     .   . .  .      T .  A .  G     .       .  .  .   . T .   T .   C     . G .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      C               . CC               .    .         .      .   TTT     . .    . G  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . T .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      G               . .                .    .         .      .   GT      . .    . G  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   TT      . .    . A  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   T       . .    . G  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   T       . .    . N  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   T       . .    . G  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   T       . .    . G  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   T       . .    . A  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
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blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   T       . .    . A  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   A       . .    . G  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   T       . .    . A  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
blockSeqs                     :         .  .   .    .  .   .      . . .   .   . . .       . .     .      .               . .                .    .         .      .   T       . .    . A  .  .  .    . .  .  .       .  .   .  .     .   .  .     .   . .  .      . .  . .  .     .       .  .  .   . . .   . .   .     . . .     . .  .  .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                             .                   .   . . .   . .   .     . .                


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lowQualScore                  :         .  ..  ..   .  ... .....  . . .   .   . . .....   . .     .      ..............  . ................ .    ......... .      .   .....   . ...  . .. .. .  .    . .  .  ....... .. .   .  .     ..  .. ..    ... . .  .      . .. . .  ..    ..      .  .. ... . . ..  . .   ....  . . .     . .. .  .      
lowQualScore                  :         9  66  66   8  222 44444  8 6 8   7   7 7 77777   5 7     7      77777777777777  7 2222222222222222 7    777777777 7      7   55555   7 999  3 77 33 6  6    2 2  6  2222222 22 6   6  2     22  88 22    888 6 6  6      2 22 2 6  77    22      6  22 777 5 6 11  1 5   8888  5 1 6     6 22 6  6      
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Reference ( family-592 )      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-C-A-ATG-TTA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---AAT-T---TT-C-GA--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTTTAA
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gi|47066                      :     AAAT-AA--AA----A-TT---A-----GA-C-A-ATG-TTA-T-C-----GATTA-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---AAT-T---TT-CAAA--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GACAT--AC-----AAAA---T-A-TG-CAAGCATT--T-T-ATTATTTA--TTGTGAGTG--T---A-G-T---A-A-ATG----GC-A-GCCTCGT----A-TC-CTTAAA
gi|47067                      : aaatAAAT-AATAAA--TAA-TT---A-----GAAC-A-ATG-TTA-TGT-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------C--A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---AAT-T---TT-C-----A-AA-AGTATA-T--TT-------T--T-CAG-AT-GATT----C--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTAAATTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-C-TGT----A-TC-CTTTAA
gi|47068                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-C-A-ATT-TTA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-TG-A---------T-ATGATTGTGG-TAA-AAA-T---TT-C-AA--A-AA-GGAA-A-TA-CT-------T--T-CAG-GT-GACCT--ACCAA--AAAA---C-A-TG-CAAGCA-T--T-T-A---TTTA--TT-TGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-AGG-CTTGT-A--A-TC-TCTTA
gi|47069                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GC-C-A-AT--TTA-T-T-----GAT-A-TCTTTTGAAACGG-------------CG-GAGT-------------T-CGAA---------T-ACTATC-TTT-TTTGAAT-T---TTTC-GA--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-TAGGAT-G--CT--AC--A--GAAAAATT-A-TG-CA-GCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGTGA--A-TCGCTTTAA
gi|47070                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-C-A-ATG-TTA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACA--------------CA-A----------------T-CGAA---------T-ACGA---GTG-T---AAT-T---TT-C-AA--A-AA-AGTA-A-TA-AT-------C--C-CAG-GT-GACTT--AC--A--AAAA---T-A-TG-AAAGCA-T--T-T-AT--TTT
gi|47071                      :     AAAT-AA--AA--TAA-TTTATG-----TA-C-A-ATG-CTA----------AT-A-TCTTT-GAA-CG--------------CGCA----------------CACGAA---------T-ACGATT-TTT-TTT-AATAT---TT-C-AATAA-AA-AGTATA-TA-CT-------TCAT-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAA---TAA-TGTCAAGCA-T--TGT-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--CATA-ATG----GC-A-G-CTTGT-ATTT-TC-CTTTAA
gi|47072                      :     AAAT-AA--AA--TGA-TT---ATAATAGA-C-AGATG-TTA-T-TCGGATGAT-A-T-------GACG--------------CG-A----------------T--GAA---------TTATGATT-GGTGT---ATT-T---TT-C-AA--A-AA-AG-A-A-TA-CT-------T--T-TAG-GT-GACTT--ACA-A--AAAA---A-A-TG-CAAGCA-TTGT-T-A---TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-TTAAA-A-ATG----GC-AGG-CTTGT-A--A-TC-CTTT
gi|47073                      :      AAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-C-A-ATG-TTA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-TGAC---------T-ACGATT-TTT------AT-T---TT-C--A--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GA-TT--AC-----AAAA---T-A-TG-C-AGCT-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTT
gi|47074                      :      AAT-AA--AA--TA--TT---A-----GA-C-A--TG-TTA-T-T-----GATTA-TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-TGAC---------T-ACGATT-TTT-----AAT-T---TT-C--A--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GA-TT--AC--A--AAA----T-A-TG-CA-GCA-T--T-TTAT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T---A-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTT
gi|47075                      :   aatAAT-AA--AA--TAA-TT---A-----GA-CCA-ATG-TTA-G-T-----GAT-A-ACTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-TGAA---------T-ACGAAT-TTT-T---AAT-T---TT-C-GA--A-AA-AGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--TAT-AT--TTTA--TTGTGT-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTTTA
gi|47076                      :                    A-TT---A-----GA-C-A-ATG-TTA-T-T-----GAT-A-TCTTT-GAAACA--------------TG-A----------------A-CGAA---------T-ACGATT-TTT-TT--CAT-T---TT-C-AA--A-AA-ATTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTA--TTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTTTAA
gi|47077                      :                                          G-TTA-T-TTT---GAT-A-TCTTT-TGAACGTGTTTTACTTTGTGCG-ACC--------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---ATT-TAATTT-C-GA--A-GA-TTTA-AATA-CT-------T--TTCAG-ATAGACTTTAAC--AGTAAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--T-----TTGTGA-TGTTT---A-GTT--AA-A-ATGC---AC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTT
gi|47078                      :                                                             -TCTTT-GAAACG--------------CG-A----------------T-CGAA---------T-ACGATT-TTT-T---ATT-T---TT-C-GA--A-AA-TGTA-A-TA-CT-------T--T-CAG-AT-GACTT--AC--A--AAAA---T-A-TG-CAAGCA-T--T-T-AT--TTTT--TTGTGA-TG--T---A-G-T--AA-A-ATG----GC-A-G-CTTGT-A--A-TC-CTTTA
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