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lowQualScore                  :       22     1   9 22 1  9  1     1 1 1 1   77        1  1   3       3 22    3  22  444444444444        1 1 1       55       3   1     
lowQualScore                  :       ..     .   . .. .  .  .     . . . .   ..        .  .   .       . ..    .  ..  ............        . . .       ..       .   .     
lowQualScore                  :       22     5   3 11 5  7  5     5 5 5 5   22        5  5   1       1 11    1  11  888888888888        5 5 5       66       5   7     
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Reference ( gi|21168 )        : AGACCA--ACTTT-GCCCT--A-AAATA-CATTG-T-A-T-TAGA-AACATTTT-AA-GCC-ATGTTTG-C--ACTC-TG--GC--CA-T-T-GG-GGCGTTTG-G-G-CGTAACGAAGATTTAAGAAA-CGTTA
gi|21160                      : AGACCA--AGTTT-GCCTT--A-G--TA-CATTG-T-A-T-TAGA-AACATTTT-AA-GCC-ATGTTTG-C--ACTCTTG--GC--CG-T-T-GG-GGCGTTTG-G-G-CGTAACGGGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21169                      : AGGCCA--ACTTT-GCCTT--A-AAGTA-CAATG-T-A-T-TA-A-AATATTTT-AA-GCC-ATGTTTG-C--ACTC-TG--GC--CG-T-T-AG-GGCGTTGG-G-G-CGTAACGTGGATTTAAAAAA-TGTTA
gi|21158                      : AGACCA--ACTTT-CCCTT--A-AAGTA-CATTG-T-A-T-CAGT-AACATTTT-AA-GCC-ATGTTTG-C--ATTC-TG--GC--TG-T-T-GG-GGCGTTTG-G-G-TGTAACAGTGATTTAA-ATA-CGTTA
gi|21159                      : AGAC-A--ACTTT-GCCTT--A-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAGA-AACA-TTT-AA-GCC-ATGTTTG-C--ACTC-TG--G---CG-T-T--G-GGCGTTTG-GTG-CGTAACGGGGA-TTAAAAAA-CGTTA
gi|21166                      : AGACCA--AGTCT-GCCTT--A-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAGA-AGCATTTC-AA-GCC-ATGTTTG-C--ACTC-TG--GC--CG-T-T-G---------G-G-G-CGTAACGGGGATTTAAAAAA-CGTTA
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Alignments
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lowQualScore                  :       ..     .   ..   .     .     . . . .   ..        .     . .      . ..    . . ..  ... . . ...  .      . . .      ..       .     .     
lowQualScore                  :       11     5   00   5     5     5 5 5 5   55        0     5 5      0 00    5 5 00  999 0 5 999  5      5 5 5      66       4     7     
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Reference ( family-591 )      : AGACCA--ACTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-NAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGTTA
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Alignments
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lowQualScore                  :       ..     .   ..   .     .     . . . .   ..        .     . .      . ..    . . ..  ... . . ...  .      . . .      ..       .     .     
lowQualScore                  :       11     5   00   5     5     5 5 5 5   44        0     5 5      0 00    5 5 00  999 0 5 999  5      5 5 5      66       4     7     
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Reference ( family-591 )      : AGACCA--ACTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21148                      : AGACTA--ACTTT-GAT--TTA-ACTTA-CATTG-T-A-T-AAG-CAACATCTT-AAGTC-A-TGTTTG-T--GCTC-T-G--GT--TG-C-TCT-AA-CGTTTA-G-A-CGTAATG-GGTATTTATAGAA-CGTTA
gi|21149                      : AGACTA--ACTTT-GAT--TTA-ACTTA-CATTG-T-A-T-AAG-CAACATCTT-AAGTC-A-TGTTTG-T--GCTC-T-G--GT--TG-C-TCT-AA-CGTTTA-G-A-CGTAATG-GGTATTTATAGAA-CGTTAt
gi|21150                      : AGACTA--ACTTT-GAT--TTA-AATTG-CATTG-C-A-T-TAG-CAACATCTT-AAGTC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--TG-C-TAT-AA-CGTTTG-G-A-CGTAATA-GGTATTTATAGAA-CGTTAt
gi|21151                      : AGGCTA--ACTTT-GA---TTA-ACTTA-CATTG-T---T-AAG-CAACATCTT-AAGTC-A-TGTTTGTT--GCTC-T-GGTGC--C--T-----AA-CGTTTA-G-A-CGTAAT--GGGATTTATAGAA-CGTTAt
gi|21152                      : AGACCA--CTTTT-GCC--TTA-AAGGA-CATTA-T-A-T-TAG-CAACATTTA-AAGCT-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--TA-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACA-GGGCTT--AAAAA-CGTTAt
gi|21153                      : AGACCA--CTTTT-GCC--TTA-AAGGA-CATTA-T-A-T-TAG-CAACATTTA-AAGCT-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--TA-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACA-GGGCTT--AAAAA-CGTTA
gi|21154                      : AGACTA--ATTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-AAACATTTT-AAGCA-A-TATTTG-C--ACTC-T-T--GC--CG-T-TGG-GG-CGTATG-G-G-CGTAACGCGGAATTCAAAAA---GTTA
gi|21155                      : AGACTA--ACTTT-GCC--TTA-AAGTG-CATTG-T-A-T-TAG-AAACATTTT-AAGCA-A-TG-TTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TGG-GG-CGTATG-G-G-CGCAA
gi|21156                      : AGACCA--CCTTT-ACC--TTA-AAGGA-CATTG-T-A-T-AAG-GAACATTTA-AAGCT-A-TGTTTG-C--A----------C--CA-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACA-TGG-TTT-AAAAA-CGTTA
gi|21157                      : AGACCA--ACTTT-GAT--TTG-AATTA-CAATG-T-A-T-TGG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--AATC-T-G--GC--------------TGTTTG-G-G-CGTAATG-GGGTTTTAAAAAA-TGTTA
gi|21158                      : AGACCA--ACTTT-CCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-CAG-TAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ATTC-T-G--GC--TG-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-TGTAACA-GTGATTT-AAATA-CGTTA
gi|21159                      : AGAC-A--ACTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-AAACA-TTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--G---CG-T-T-G-GG-CGTTTG-GTG-CGTAACG-GGGA-TTAAAAAA-CGTTA
gi|21160                      : AGACCA--AGTTT-GCC--TTA---GTA-CATTG-T-A-T-TAG-AAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-TTG--GC--CG-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21161                      : AGACCA--ACTTT-GA---TTG-AATTA-CATTG-T-A-T-TGA-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--A-TC-T-G--GC--------------TGTTTG-G-G-CGTAATG-GGGATTT--AAAA-TGTTA
gi|21162                      : AGACCA--ACTTT-GC---TTA-AAGTA-CATGG-T-A-T-TAG-AAACATTTA-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TTG---------G-G-G-CGTAAC--GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21163                      : AAACCA--ACTTTTACC--TTA-AAGTA-CATTG-TCA-T-TAG-CAACATTTT-AAGC--A-TGTTT--C--ACTCGT-G--GC--TG-T--GG-GG-CGTTTGAG-G-TGTAAC--GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21164                      : AAACCA--ACTGT--CC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-TACAG-TAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--AC-C-T-G--GC--TG-T-T-T-GG-CGTTTG-G-G-GTTAACA-GTGATTTA
gi|21165                      : AAACCA--AGTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TG----------G-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGT
gi|21166                      : AGACCA--AGTCT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-AAGCATTTC-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TG----------G-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21167                      : AGACCA--ACTTT-CCC--TTC-AAGTG-CATTG-T-A-T-CAG-TGACATTTT-AATTA-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--TT-T-TGG-GC-CGTTTG-G-G-TGTAACA-GTGATTT-AAATA-CGTTA
gi|21168                      : AGACCA--ACTTT-GCC--CTA-AAATA-CATTG-T-A-T-TAG-AAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CA-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACG-AAGATTTAAGAAA-CGTTA
gi|21169                      : AGGCCA--ACTTT-GCC--TTA-AAGTA-CAATG-T-A-T-TAA--AATATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TAG-GG-CGTTGG-G-G-CGTAACG-TGGATTTAAAAAA-TGTTA
gi|21170                      : AGACCA--ACTTT-GCC--TTATAAGTAACATTG-T-A-T-TAG-AAACATACT-AAGCC-AATGTTTG-C--ACTC-T-G--GG--CGTT-TGG-GG-GTTTTG-G-GCCGTGACG-GAGATTTAAAAAATCGTTA
gi|21171                      : AAACCA--ACTTT-CCC--TTA-AAGTA-CATTGGC-A-T-TAG-CAATATTTTTAAGCCCA-TGTTTA-T--ACTC-T-G--GT--TG-T-TGG-GGGCGTTTG-G-G-T-TAACG-GGGATTTAAAATA-CGT
gi|21172                      : AGACCATAACTTT-GAT--TTC-AATTA-CATTG-T-A-T-TTGACAACATTTA-AAGCC-A-TG-TTG-CCAAATC-T-G--GC--TG-T-----GG-TG---G-A-A-CGTAATG-GGGATTTTAAAA
gi|21173                      :  GACCA--ACTTT-GCTCTTTA-AAGTA-CATTG-T-A---TAG-AAACATTTTAAAGCC-A-TGTTTGCC--ACTC-T-T--GCGGCG-TATGGCGG-C-TCTT-G-G-CCTAACG-GATATTTTTAAAA-CCTTA
gi|21174                      :            TT-GAT--TTG-AATTA-CACTG-T-AAT-TAG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-T--ACTC-T-G--GC--TGTT-TTG-GG-CACGTG-G-G-CGTGATG-GGGTTTTACAAAT-TGTTA


blockSeqs                     :       TA     T   CT   T     A     G C A A   AC        T     C A      T CA    G T GT  GGC T A GGC  G      A T C      GC       A     T
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         A     . .      C .     . . .   T   T . CT   .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   T   . . AT   .      . . .      A        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   C   . . GG   .      . . .      A        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   T   . . GG   .      . . .      A        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   T   . . GG   .      . . .      A        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   C   . . GG   .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   C   . . GG   .      . . .      A        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   G         .     . .      . .     . . .   C   . . GG   .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   T   . . GG   .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   T         .     . .      . .     . . .   C   . . TG   .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   C   . . GG   .      . . .      A        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   C   . . GG   .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   T   . . GG   .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   T   . . AG   .      . . .      A        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   C   . . GG   .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   T         .     . .      . .     . . .   C   . . GG   .      . . .      G        T     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   T   . . TG   .      . . .      G        T     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   C   . . G    .      . . .      G        A     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   T         .     . .      . .     . . .   C   . . T    .      . . .      G        .     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   C   . . G    .      . . .      G        .     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   T   . . G    .      . . .      G        .     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   T   . . .    .      . . .      .        .     .
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   A         .     . .      . .     . . .   T   . . .    .      . . .      .        .      
blockSeqs                     :       .      .   .    .     .     . . . .   C         .     . .      . .     . . .   .   . . .    .      . . .      .        .      
blockSeqs                     :              .   .    .     .     . . . .   .         .     . .      . .     . . .   .   . . .    .      . . .                      


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originalCons                  : AGACCA--ACTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGTTA
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Reference ( family-591 )      : AGACCA--ACTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGTTA
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gi|21154                      : AGACTA--ATTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-AAACATTTT-AAGCA-A-TATTTG-C--ACTC-T-T--GC--CG-T-TGG-GG-CGTATG-G-G-CGTAACGCGGAATTCAAAAA---GTTA
gi|21155                      : AGACTA--ACTTT-GCC--TTA-AAGTG-CATTG-T-A-T-TAG-AAACATTTT-AAGCA-A-TG-TTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TGG-GG-CGTATG-G-G-CGCAA
gi|21156                      : AGACCA--CCTTT-ACC--TTA-AAGGA-CATTG-T-A-T-AAG-GAACATTTA-AAGCT-A-TGTTTG-C--A----------C--CA-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACA-TGG-TTT-AAAAA-CGTTA
gi|21157                      : AGACCA--ACTTT-GAT--TTG-AATTA-CAATG-T-A-T-TGG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--AATC-T-G--GC--------------TGTTTG-G-G-CGTAATG-GGGTTTTAAAAAA-TGTTA
gi|21158                      : AGACCA--ACTTT-CCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-CAG-TAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ATTC-T-G--GC--TG-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-TGTAACA-GTGATTT-AAATA-CGTTA
gi|21159                      : AGAC-A--ACTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-AAACA-TTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--G---CG-T-T-G-GG-CGTTTG-GTG-CGTAACG-GGGA-TTAAAAAA-CGTTA
gi|21160                      : AGACCA--AGTTT-GCC--TTA---GTA-CATTG-T-A-T-TAG-AAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-TTG--GC--CG-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21161                      : AGACCA--ACTTT-GA---TTG-AATTA-CATTG-T-A-T-TGA-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--A-TC-T-G--GC--------------TGTTTG-G-G-CGTAATG-GGGATTT--AAAA-TGTTA
gi|21162                      : AGACCA--ACTTT-GC---TTA-AAGTA-CATGG-T-A-T-TAG-AAACATTTA-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TTG---------G-G-G-CGTAAC--GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21163                      : AAACCA--ACTTTTACC--TTA-AAGTA-CATTG-TCA-T-TAG-CAACATTTT-AAGC--A-TGTTT--C--ACTCGT-G--GC--TG-T--GG-GG-CGTTTGAG-G-TGTAAC--GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21164                      : AAACCA--ACTGT--CC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-TACAG-TAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--AC-C-T-G--GC--TG-T-T-T-GG-CGTTTG-G-G-GTTAACA-GTGATTTA
gi|21165                      : AAACCA--AGTTT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TG----------G-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGT
gi|21166                      : AGACCA--AGTCT-GCC--TTA-AAGTA-CATTG-T-A-T-TAG-AAGCATTTC-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TG----------G-G-G-CGTAACG-GGGATTTAAAAAA-CGTTA
gi|21167                      : AGACCA--ACTTT-CCC--TTC-AAGTG-CATTG-T-A-T-CAG-TGACATTTT-AATTA-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--TT-T-TGG-GC-CGTTTG-G-G-TGTAACA-GTGATTT-AAATA-CGTTA
gi|21168                      : AGACCA--ACTTT-GCC--CTA-AAATA-CATTG-T-A-T-TAG-AAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CA-T-TGG-GG-CGTTTG-G-G-CGTAACG-AAGATTTAAGAAA-CGTTA
gi|21169                      : AGGCCA--ACTTT-GCC--TTA-AAGTA-CAATG-T-A-T-TAA--AATATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-C--ACTC-T-G--GC--CG-T-TAG-GG-CGTTGG-G-G-CGTAACG-TGGATTTAAAAAA-TGTTA
gi|21170                      : AGACCA--ACTTT-GCC--TTATAAGTAACATTG-T-A-T-TAG-AAACATACT-AAGCC-AATGTTTG-C--ACTC-T-G--GG--CGTT-TGG-GG-GTTTTG-G-GCCGTGACG-GAGATTTAAAAAATCGTTA
gi|21171                      : AAACCA--ACTTT-CCC--TTA-AAGTA-CATTGGC-A-T-TAG-CAATATTTTTAAGCCCA-TGTTTA-T--ACTC-T-G--GT--TG-T-TGG-GGGCGTTTG-G-G-T-TAACG-GGGATTTAAAATA-CGT
gi|21172                      : AGACCATAACTTT-GAT--TTC-AATTA-CATTG-T-A-T-TTGACAACATTTA-AAGCC-A-TG-TTG-CCAAATC-T-G--GC--TG-T-----GG-TG---G-A-A-CGTAATG-GGGATTTTAAAA
gi|21173                      :  GACCA--ACTTT-GCTCTTTA-AAGTA-CATTG-T-A---TAG-AAACATTTTAAAGCC-A-TGTTTGCC--ACTC-T-T--GCGGCG-TATGGCGG-C-TCTT-G-G-CCTAACG-GATATTTTTAAAA-CCTTA
gi|21174                      :            TT-GAT--TTG-AATTA-CACTG-T-AAT-TAG-CAACATTTT-AAGCC-A-TGTTTG-T--ACTC-T-G--GC--TGTT-TTG-GG-CACGTG-G-G-CGTGATG-GGGTTTTACAAAT-TGTTA