lowQualScore                  :             1                     1   111         11              1111111111               1                                22222                                                  22222222    111111111111111111111  2222222222222222222222                                            
lowQualScore                  :      2   33 8 0      66  22 44  2 4   111 1       66 5555555 555  0000000000   5555 1 1    9 5  1                   1 22    77777       4  2   2       1  1  555  555   8888    44 00000000 1  222222222222222222222  6666666666666666666666     777777  22            6      2    2    
lowQualScore                  :      .   .. . .      ..  .. ..  . .   ... .       .. ....... ...  ..........   .... . .    . .  .                   . ..    .....       .  .   .       .  .  ...  ...   ....    .. ........ .  .....................  ......................     ......  ..            .      .    .    
lowQualScore                  :      1   22 1 9      44  88 88  8 5   444 9       00 9999999 777  5555555555   2222 8 7    1 2  7                   7 44    44444       1  0   0       8  8  222  000   2222    33 22222222 8  555555555555555555555  3333333333333333333333     000000  55            6      1    2    
consensus                     : CACCG-ATC-GCCTTCCCCTAN-AA--T--CTGTATCTC--T-GGGGCAT-CC-------T---CC----------CCG--A-G-C-CCACTC-AT-CCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AG-CT-C-AA---CCTCC-GGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C--------GATCC------AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
Reference ( gi|7507 )         : CACCG-ATC-ACATCCCCCTAT-AA--T--CTGTTTCTT--T-GGGGCAT-AC-------T---CC----------CCG--G-G-C-CCAC-C-AT-CCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AG-CT-T-AA---CCTTC-GGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C--------GATCC------AT--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7506                       : CACCG-ATC-ACCTCCCCCTAT-AA--T--CCCTTTCTC--T-GGGGCAT-CC-------T---AC----------CCG--A-G-C-CACC-C-AT-CCCTGGTTTCTCGAGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AG-CT-T-AT---CCTCC-GGGCT--G--------C-TA------------C--------AA-------------C--------GATCC------AT--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGT
gi|7508                       : CACCGTATC-AC-TCCCCCTAT-AA--T--CTGTATCTC--T-GGGGCAT-CC-------T---AC----------CCG--G-G-C-CCAC-C-AT-CCCTGGTTTCTCGTGTCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AG-CT-T-AA---CCTCC-AGGTT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C--------GA-CC------AT--ATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7511                       : CACCG-ATC-GCCTTCTCCTGG-AC--T--CCGTATCTC--T-GGGGCAT--C-------T---TTTG--------CCG--A-G-T-CCATTC-AT-CCCTGGTTCCTCGGGTCCA-T--TCCCCTGATTCTCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AG-CC-C-AA---CCTCC-GGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------T--------GATCC------AT--TTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7512                       : CACCG-ATC-GCCTTCCCC-ATGAA--T--CTCTATCTC--T-GGGGCAT-CT-------T---CC----------CCG--A-G-C-CCACTC-AC-CCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGATG-GCC-AAATTCC-AG-CT-C-AA---TCTCC-GGACT--G--------C-TATTACTGAGCATAC--------CG-------------C--------GATCC------AT--ATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGT
gi|7513                       : CATCG-ATC-GCTTTACCCTAT-AA--T--CTCTATCTC--T-TGGGCAT-CC-------T---CC----------TCA--A-A-C-CCAC-TTAT-CCCTGATTTCTTGGGTTCA-C--TCCC--CATTTCATAGGCG-ATC-AAACTCC-AG-CA-C-AA---CCTCT-AGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C--------GTTCC------AT--ATCCTCTCTACTGTCC
gi|7514                       : CACCG-ATCGAC-TTCCCCTGG-AA--T--GTCTATCTC--T-GGGACA--AT-------C---TT----------CCA--A-G-C-CCACTC-AT-TCCTGTTTCCTCGGATTTAAT--TCCCT-GACTTCCTAGGCG-AAC-AAACTCC-AG-CT-T-AT---CCTTT-GGGCTT-G--------C-TA------------C--------CA-------------C--------GATCC------AT--ATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGT
gi|7510                       : CACCG-ATC-ACCTCCCCCTAT-GA--T--CTGTATCTC--T-GGGGCAT-CC-------T---CC----------CCG--G-G-C-CCAC-C-AT-CCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7509                       : CACCG-ATC-ACCTCCCCCTAT-GA--T--CTGTATCTC--T-GGGGCAT-CC-------T---CC----------CCG--G-G-C-CCAC-C-AT-CCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7515                       : CACCA-TTC-TCCTTCCCCTGA-AC--T--CTCTACCGC--T-AGGGTAT-CC-------T---CC----------CCG--A---C-CCACTC-AT-CCCTGGTTTCTGGGGTCCA-C--CCCC--------TTGG-TG-ATT-AAACTTC-AG-CT-C-AA---CCTCC-CAGAT--G--------C-TA------------CCAGCCTACCA-------------C--------GATCC------AT--ATCATCGCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7517                       : CAGCG-ATC-GCCTTCCC--------------ATTTCT-----AGGTCAT-CC-------T---CC----------CCG--A-G-C-CCACTC-AT-CCCTGGTT-CTCGGGTTCA-C--TCCT---------TGGGTG-ATT-AAGCTTT-AG-CT-T-AA---CCTCT-TAACT--GGTACCAGCC-TA------------C--------CA-------------CAATCC---GATCC------AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7518                       : CACCG-ATC-GCCTTCCCCTGA-AA--T--CTAT--CTT--T-AAGGTAT-AC-------T---CC----------CTG--A-A-C-CTACTC-AT-CCCCGGTTTCTTGGATCAA-C--TTTT---------TGGGTG-ATT-AAACTT--GG-CT-C-AA---C-----------------------TA------------C--------CA-------------C--------GATCC------AT--ATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7516                       : CACCG-ATC-GCTTTCCCCTGG-AA--TAACTACCTCTG--T-GGG-CGT-CC-------G---TC----------TTG--A-G-C-CCACTC-AT-TC-TGGTTCCTCGGTTTCA-C--TCCCCCGATTCCCTGGGCG-ATC-AAACCCA-AA-CC-C-AA---CATGC-AGGCT--G--------C-CG------------C--------CA-------------C--------GATCT------AT--ATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGT
gi|7519                       : CACCG-ATC-GTCTTCGCCTGG-AA--T--CTATCTCA-----AGGGCAT-CC-------TAGCCC----------CCG--A-G-T-TCACTC-AT-CCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7520                       : CACCG-ATC-GCTTTCCCCTAG-AA--T--CTCTATCTT--G-AGGGCAT-CC-------T---TT----------C-G--A-G-T-CCAC-CCAT-TCCCCGTTTCTCGGGTTCA-C--TCC
gi|7521                       : CACCA-ATC-GCCTTCCCCTGG-GA--T--CTCTATCTC--T-AGGGTATTACATGTATAT---AT----------CCA--GAG-C-CCACTC-AT-CCCTGGTATCTAGGGTTCA-C-----------TCCTTGTGTG-ATT-AAGCTTT-AG-CT-A-AA---CTTCT-AAGCT--G--------NATAT-----------C--------CA-------------G--------AGCCC------AC---TCATCCCTGGT-TTCTCG-G
gi|7522                       :   CCG--TC-ACTCCCCCCTAT-AA--T--CTGTATCTC--T-GGGGCAT-CC-------T---AC----------CCG--G-G-C-CCAC-C-A--CCCTGGTTTCTCGG-TCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCCCAG-CT-TCAA---CCTCC-AGGTT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C--------GATCC------AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGT
gi|7523                       :    CG-ATC-GCCTTCCCCTTG-AA--TT-CTATATCTAGAT-AGGGCAT-CC-------T---CC----------C-G--A-G-C-CAACTC-AT-CCCTGGTTTCTC-GGTTCA-C-----------TCCTTGGGTGCGTA-AAGCTTT-AG-C--T-AA---ACTCT-AAGCT--G--------C-TA------------CG-------CA-------------C---------ATAC------ACAAATCCGATC-AATGT-CTCG-AAAA-
gi|7524                       :      -ATC-GCCTTCCCCTAG-AA--T--CTGTATTTC--T-GGGACAT--C-------TTT-CC----------CCG--A-G-T-CCAT-TTAT-CCCTGGTTCCTCGGGTCCA-CGCTCCT--GATTCTCTGGGCG-ATC-TAACTCC-AG-TC-C-AA---CCTCT-GGGCT--A--------C-TA------------C--------CA-------------T--------GATCC------AT--ATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGT
gi|7525                       :      -ATC-ACCTCCCCCTAT-AA--T--CTGTATCTC--T-GGGACAT-CC-------T---CC----------TCG--G-G-C-CCAC-C-AT-CCTTGGTTTTTCGGGTCCA-C--TCCC--GGNTCC
gi|7527                       :                CCCCTAT-AAATC--CTGTATCTC--TCGGGGCA---C-------T---CCTTCACATTATCCGAAG-A-CACTAA-T-AT-TCCTG---CCACGGGCCCA-C--C-------ATCCCTGGACG-ATCAAAACTCC-CGCCT-T-GA---ACTTCTGGGCT--GT-------C-TA------------C--------CAG------------T--------GATCC------AT--ATCCACTCCA
gi|7526                       :                                cacctCTC--T-GGGACAT-TC-------T---CC----------TCG--A-GAT-CCAT---ATATTTTGGTTTTTCGGGTGTA-C--C--------------------TC-A---TCC-AG-TT-C-AA---CCCTC-GGGCTCCGACCAGC--C-TA------------C--------CG-------------C--------GATTCA-----AT--ATC--CTCTACTGTCCGTG-GAAA-AGGT
gi|7528                       :                            atcgcctttccctggaactttccaaC-------T---CT----------CTG--A-G-C-CCAC-C-AT-CCCTGGTTGCTCGGGTCCT-C--GCGC--GATTTCTTGCATG-CCC-ACACTCC-CG-CT-C-AATGTCCTT----GCT--GCTATCACCC-TA------------C--------CA-------------C--------GATGC------AT--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGT
gi|7529                       :                                                                                    acc-CCACTC-AT-CCCTGGTTTCTCGGATCCA-C--TCC------------------TT-TAACTTC-CG-CT-C-AA---CTCCC-GGACT--G--------C-TA------------C--------CA-------------CCCTGCCACGATCCATATCCAT--ATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-
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Alignments
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lowQualScore                  :      1              1  44 1  6      22 1 1     3 22   0000000  7777777     1     999                      1 22    77777 1        1   1       1   22 3   1     1    5555555555555555 3  111111111111111111111  3333333333333333333333333333333     1 22                   2    2    
lowQualScore                  :      .              .  .. .  .      .. . .     . ..   .......  .......     .     ...                      . ..    ..... .        .   .       .   .. .   .     .    ................ .  .....................  ...............................     . ..                   .    .    
lowQualScore                  :      9              6  33 8  6      55 8 8     5 44   4444444  4444444     7     999                      7 33    44444 8        9   9       7   44 5   7     0    3333333333333333 5  555555555555555555555  3333333333333333333333333333333     7 44                   0    1    
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Reference ( family-583 )      : CACCG-ATCGCCTTCCCCTANAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT-------G--------C-TA------------C--------CA-------------C-----G-----------ATCCA-T--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7506                       : CACCG-ATCACCTCCCCCTATAA--T-CCCTTTCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGAG-CC-ACC--CATCCCTGGTTTCTCGAGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAT-CCTCCGGGCT-------G--------C-TA------------C--------AA-------------C-----G-----------ATCCA-T--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGT
gi|7507                       : CACCG-ATCACATCCCCCTATAA--T-CTGTTTCTT--T-G-GGGCA-T--ACT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAA-CCTTCGGGCT-------G--------C-TA------------C--------CA-------------C-----G-----------ATCCA-T--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7508                       : CACCGTATCAC-TCCCCCTATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGTGTCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAA-CCTCCAGGTT-------G--------C-TA------------C--------CA-------------C-----G-----------A-CCA-T--ATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGT
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gi|7516                       : CACCG-ATCGCTTTCCCCTGGAA--T-AACTACCTC--T-GTGGGCG-T--CCG-------TC-------TTGAG-CCCACT--CATTC-TGGTTCCTCGGTTTCA-C--TCCCCCGATTCCCTGGGCG-ATC-AAACCCA-AAC--C-CAA-CATGCAGGCT-------G--------C-CG------------C--------CA-------------C-----G-----------ATCTA-T--ATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGT
gi|7517                       : CAGCG-ATCGCCTTCCC--------------ATTTC--T-A-GGTCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTT-CTCGGGTTCA-C--TCCT---------TGGGTG-ATT-AAGCTTT-AGC--T-TAA-CCTCTTAACT-------GGTACCAGCC-TA------------C--------CA-------------CAATCCG-----------ATCCA-T--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7518                       : CACCG-ATCGCCTTCCCCTGAAA--T-CT--ATCTT--T-A-AGGTA-T--ACT-------CC-------CTGAA-CCTACT--CATCCCCGGTTTCTTGGATCAA-C--T-------TT--TTGGGTG-ATT-AAACT-T-GGC--T-CAA---------------------------C-TA------------C--------CA-------------C-----G-----------ATCCA-T--ATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7519                       : CACCG-ATCGTCTTCGCCTGGAA--T-CT--ATCTC--A-A-GGGCA-T--CCTAGC----CC-------CCGAG-TTCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7520                       : CACCG-ATCGCTTTCCCCTAGAA--T-CTCTATCTT--G-A-GGGCA-T--CCT--------T-------TCGAG-TCCACC--CATTCCCCGTTTCTCGGGTTCA-C--TCC
gi|7521                       : CACCA-ATCGCCTTCCCCTGGGA--T-CTCTATCTC--T-A-GGGTA-TTACATGTATATATC-------CAGAG-CCCACT--CATCCCTGGTATCTAGGGTTCA-C-----------TCCTTGTGTG-ATT-AAGCTTT-AGC--T-AAA-CTTCTAAGCT-------G--------NATAT-----------C--------CA-------------G-----A-----------GCCCA-C---TCATCCCTGGT-TTCTCG-G
gi|7522                       :   CCG--TCACTCCCCCCTATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGGG-CCCAC---CA-CCCTGGTTTCTCGG-TCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCCCAGC--TTCAA-CCTCCAGGTT-------G--------C-TA------------C--------CA-------------C-----G-----------ATCCA-T--ATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGT
gi|7523                       :    CG-ATCGCCTTCCCCTTGAA--TTCTATATCTAGAT-A-GGGCA-T--CCT-------CC-------C-GAG-CCAACT--CATCCCTGGTTTCTC-GGTTCA-C-----------TCCTTGGGTGCGTA-AAGCTTT-AGC--T--AA-ACTCTAAGCT-------G--------C-TA------------CG-------CA-------------C-----------------ATACA-CAAATCCGATC-AATGT-CTCG-AAAA-
gi|7524                       :      -ATCGCCTTCCCCTAGAA--T-CTGTATTTC--T-G-GGACA-T--CTTT------CC-------CCGAG-TCCATT--TATCCCTGGTTCCTCGGGTCCA-CGCTCCT--GATTCTCTGGGCG-ATC-TAACTCC-AGT--C-CAA-CCTCTGGGCT-------A--------C-TA------------C--------CA-------------T-----G-----------ATCCA-T--ATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGT
gi|7525                       :      -ATCACCTCCCCCTATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGACA-T--CCT-------CC-------TCGGG-CCCAC---CATCCTTGGTTTTTCGGGTCCA-C--TCCC--GGNTCC
gi|7526                       :      -ATCGCCTTTCCCTGGAAC-T-TTCCAACTC--T-G-GGACA-T--TCT-------CC-------TCGAGATCCATA--TATTT-TGGTTTTTCGGGTGTA-C--C--------------------TC-A---TCC-AGT--T-CAA-CCCTCGGGCTCCGACCAG--------CCTA------------C--------CG-------------C-----G-----------ATTCAAT--ATCCTCT--ACTGTCCGTG-GAAA-AGGT
gi|7527                       :            CCTCCCCTATAAATC-CTGTATCTC--TCG-GGGCACT--CCT-------TCACATTATCCGAA-GACACTAATATTCCTG---CCACGGGCCCA-C-----C--A--TCCCTGGACG-ATCAAAACTCC-CGCCTT-GAA-CTTCTGGGCT-------GT-------C-TA------------C--------CAG------------T-----G-----------ATCCA-T--ATCCACTCCA
gi|7528                       :                                             caA-C--CCT-------CT-------CTGAG-CCCAC---CATCCCTGGTTGCTCGGGTCCT-C--GCGC--GATTTCTTGCATG-CCC-ACACTCC-CGC--T-CAA-TGTCCTTGCT-------GCTATCACCC-TA------------C--------CA-------------C-----G-----------ATGCA-T--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGT
gi|7529                       :                                                                              CCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGATCCA-C--TCCT----TT---------------AACTTC-CGC--T-CAA-CTCCCGGACT-------G--------C-TA------------C--------CA-------------CCCT--GCCACGATCCATATCCA-T--ATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-
gi|7530                       :                                                                                                                        TCCCTGGGCG-ATT-TAACTCC-AAC--C-CGA-TCTCCGGGCT-------A--------C-TG------------T--------TA-------------C-----A-----------GCCCA-T--TTCCCCTC------CCTCT-GAAA-
gi|7531                       :                                                                                                                            TGGGTG-ATT-AAACTTT-AGC--T-CA----------C-----------------C-TA------------T--------CA-------------C-----G-----------ATCCA-T--ATTCTCTCTACTGTCCTC
gi|7532                       :                                                                                                                                         ACTTA-AGC--TATAAGCCTCTAAGCT-------G--------C-TA------------T--------CAGCCTACCACAATCC-----G-----------ATCCC-T--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7533                       :                                                                                                                                              -AGC--T-AAA-CATCTAAGCT-------G--------C-TA------------T--------CAGCCTACCCCAATCC-----G-----------ATCCA-T--AACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGT





Alignments
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lowQualScore                  :      1            1 33  44 1  5      22 1 1     3 22   0000000  7777777     1     999                      1 333   66666 0        1   1       1   22 3   1     1    44 99999999 1  111111111111111111111  5555555555555 333 88888888888    1  22                   2    2    
lowQualScore                  :      .            . ..  .. .  .      .. . .     . ..   .......  .......     .     ...                      . ...   ..... .        .   .       .   .. .   .     .    .. ........ .  .....................  ............. ... ...........    .  ..                   .    .    
lowQualScore                  :      9            8 77  33 8  2      55 8 8     5 44   4444444  4444444     7     999                      7 777   22222 6        9   9       7   44 5   7     0    11 33333333 7  555555555555555555555  2222222222222 000 33333333333    7  44                   0    1    
consensus                     : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGNAA--T-CTNTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
Reference ( family-583 )      : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGNAA--T-CTNTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7506                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATAA--T-CCCTTTCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGAG-CC-ACC--CATCCCTGGTTTCTCGAGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAT-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------AA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGT
gi|7507                       : CACCG-ATCACATCCCCC-TATAA--T-CTGTTTCTT--T-G-GGGCA-T--ACT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAA-CCTTCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7508                       : CACCGTATCAC-TCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGTGTCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAA-CCTCCAGGTT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------A-CC-AT--ATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7509                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATGA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7510                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATGA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7511                       : CACCG-ATCGCCTTCTCC-TGGAC--T-CCGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CTT-------TTG------CCGAG-TCCATT--CATCCCTGGTTCCTCGGGTCCA-T--TCCCCTGATTCTCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--C-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------T---G-----------ATCC-AT--TTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7512                       : CACCG-ATCGCCTTCCCCATG-AA--T-CTCTATCTC--T-G-GGGCA-T--CTT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CACCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGATG-GCC-AAATTCC-AGC--T-CAA-TCTCCGGACT--G--------C-TATTACTGAGCATAC--------CG-------------C---G-----------ATCC-AT--ATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGT
gi|7513                       : CATCG-ATCGCTTTACCC-TATAA--T-CTCTATCTC--T-T-GGGCA-T--CCT-------CC-------TCAAA-CCCACT--TATCCCTGATTTCTTGGGTTCA-C--TCCC--CATTTCATAGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--A-CAA-CCTCTAGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------TTCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCC
gi|7514                       : CACCG-ATCGACTTCCCC-TGGAA--T-GTCTATCTC--T-G-GGACAAT--CTT-------CC---------AAG-CCCACT--CATTCCTGTTTCCTCGGATTTAAT--TCCCT-GACTTCCTAGGCG-AAC-AAACTCC-AGC--T-TAT-CCTTTGGGCTT-G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGT
gi|7515                       : CACCA-TTCTCCTTCCCC-TGAAC--T-CTCTACCGC--T-A-GGGTA-T--CCT-------CC-------CCGA--CCCACT--CATCCCTGGTTTCTGGGGTCCA-C--CCCC----TT-----GGTG-ATT-AAACTTC-AGC--T-CAA-CCTCCCAGAT--G--------C-TA------------CCAGCCTACCA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCATCGCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7516                       : CACCG-ATCGCTTTCCCC-TGGAA--T-AACTACCTC--T-GTGGGCG-T--CCG-------TC-------TTGAG-CCCACT--CATTC-TGGTTCCTCGGTTTCA-C--TCCCCCGATTCCCTGGGCG-ATC-AAACCCA-AAC--C-CAA-CATGCAGGCT--G--------C-CG------------C--------CA-------------C---G-----------ATCT-AT--ATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGT
gi|7517                       : CAGCG-ATCGCCTTCCC---------------ATTTC--T-A-GGTCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGG-TTCTCGGGTTCA-C-----------TCCTTGGGTG-ATT-AAGCTTT-AGC--T-TAA-CCTCTTAACT--GGTACCAGCC-TA------------C--------CACAATC--------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7518                       : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGAAA--T-CT--ATCTT--T-A-AGGTA-T--ACT-------CC-------CTGAA-CCTACT--CATCCCCGGTTTCTTGGATCAA-C--T-------TT--TTGGGTG-ATT-AAACT-T-GGC--T-CAA----------------------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7519                       : CACCG-ATCGTCTTCGCC-TGGAA--T-CT--ATCTC--A-A-GGGCA-T--CCTAGC----CC-------CCGAG-TTCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7520                       : CACCG-ATCGCTTTCCCC-TAGAA--T-CTCTATCTT--G-A-GGGCA-T--CCT--------T-------TCGAG-TCCACC--CATTCCCCGTTTCTCGGGTTCA-C--TCC
gi|7521                       : CACCA-ATCGCCTTCCCC-TGGGA--T-CTCTATCTC--T-A-GGGTA-TTACATGTATATATC-------CAGAG-CCCACT--CATCCCTGGTATCTAGGGTTCA-C-----------TCCTTGTGTG-ATT-AAGCTTT-AGC--T-AAA-CTTCTAAGCT--G--------NATAT-----------C--------CA-------------G---A-----------GCCC-AC---TCATCCCTGGT-TTCTCG-G
gi|7522                       :   CCG--TCACTCCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGGG-CCCAC---CA-CCCTGGTTTCTCGG-TCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCCCAGC--TTCAA-CCTCCAGGTT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGT
gi|7523                       :    CG-ATCGCCTTCCCC-TTGAA--TTCTATATCTAGAT-A-GGGCA-T--CCT-------CC-------C-GAG-CCAACT--CATCCCTGGTTTCTC-GGTTCA-C-----------TCCTTGGGTGCGTA-AAGCTTT-AGC--T--AA-ACTCTAAGCT--G--------C-TA------------CG-------CA-------------C---------------ATAC-ACAAATCCGATC-AATGT-CTCG-AAAA-
gi|7524                       :      -ATCGCCTTCCCC-TAGAA--T-CTGTATTTC--T-G-GGACA-T--CTTT------CC-------CCGAG-TCCATT--TATCCCTGGTTCCTCGGGTCCA-CGCTCCT--GATTCTCTGGGCG-ATC-TAACTCC-AGT--C-CAA-CCTCTGGGCT--A--------C-TA------------C--------CA-------------T---G-----------ATCC-AT--ATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGT
gi|7525                       :      -ATCACCTCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGACA-T--CCT-------CC-------TCGGG-CCCAC---CATCCTTGGTTTTTCGGGTCCA-C--TCCC--GGNTCC
gi|7526                       :      -ATCGCCTTTCCC-TGGAAC-T-TTCCAACTC--T-G-GGACA-T--TCT-------CC-------TCGAGATCCATA--TAT-TTTGGTTTTTCGGGTGTA-C--C--------------------TC-A---TCC-AGT--T-CAA-CCCTCGGGCTCCGACCAGC--C-TA------------C--------CG-------------C---G-----------ATTCAAT--ATC--CTCTACTGTCCGTG-GAAA-AGGT
gi|7527                       :            CCTCCCC-TATAAATC-CTGTATCTC--TCG-GGGCACT--CCT-------TCACATTATCCGAA-GACACTAATATTCCTG---CCACGGGCCCA-C-----C--A--TCCCTGGACG-ATCAAAACTCC-CGCCTT-GAA-CTTCTGGGCT--GT-------C-TA------------C--------CAG------------T---G-----------ATCC-AT--ATCCACTCCA
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gi|7530                       :                                                                                                                         TCCCTGGGCG-ATT-TAACTCC-AAC--C-CGA-TCTCCGGGCT--A--------C-TG------------T--------TA-------------C---A-----------GCCC-AT--TTCCCCTC------CCTCT-GAAA-
gi|7531                       :                                                                                                                             TGGGTG-ATT-AAACTTT-AGC--T-CA----------C------------C-TA------------T--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATTCTCTCTACTGTCCTC
gi|7532                       :                                                                                                                                          ACTTA-AGC--TATAAGCCTCTAAGCT--G--------C-TA------------T--------CAGCCTACCACAATCC---G-----------ATCC-CT--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
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Alignments
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lowQualScore                  :      1            1 33  44 1  5      22 1 1     3 22   0000000  7777777     1     999                      1 333   66666 0        1   1       1   22 3   1     1    44 99999999 1  111111111111111111111  5555555555555 333 88888888888    1  22                   2    2    
lowQualScore                  :      .            . ..  .. .  .      .. . .     . ..   .......  .......     .     ...                      . ...   ..... .        .   .       .   .. .   .     .    .. ........ .  .....................  ............. ... ...........    .  ..                   .    .    
lowQualScore                  :      9            8 77  33 8  2      55 8 8     5 44   4444444  4444444     7     999                      7 777   22222 6        9   9       7   44 5   7     0    11 33333333 7  555555555555555555555  2222222222222 000 33333333333    7  44                   0    1    
consensus                     : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGNAA--T-CTNTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
Reference ( family-583 )      : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGNAA--T-CTNTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7506                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATAA--T-CCCTTTCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGAG-CC-ACC--CATCCCTGGTTTCTCGAGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAT-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------AA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGT
gi|7507                       : CACCG-ATCACATCCCCC-TATAA--T-CTGTTTCTT--T-G-GGGCA-T--ACT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAA-CCTTCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7508                       : CACCGTATCAC-TCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGTGTCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAA-CCTCCAGGTT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------A-CC-AT--ATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7509                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATGA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7510                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATGA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7511                       : CACCG-ATCGCCTTCTCC-TGGAC--T-CCGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CTT-------TTG------CCGAG-TCCATT--CATCCCTGGTTCCTCGGGTCCA-T--TCCCCTGATTCTCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--C-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------T---G-----------ATCC-AT--TTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7512                       : CACCG-ATCGCCTTCCCCATG-AA--T-CTCTATCTC--T-G-GGGCA-T--CTT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CACCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGATG-GCC-AAATTCC-AGC--T-CAA-TCTCCGGACT--G--------C-TATTACTGAGCATAC--------CG-------------C---G-----------ATCC-AT--ATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGT
gi|7513                       : CATCG-ATCGCTTTACCC-TATAA--T-CTCTATCTC--T-T-GGGCA-T--CCT-------CC-------TCAAA-CCCACT--TATCCCTGATTTCTTGGGTTCA-C--TCCC--CATTTCATAGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--A-CAA-CCTCTAGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------TTCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCC
gi|7514                       : CACCG-ATCGACTTCCCC-TGGAA--T-GTCTATCTC--T-G-GGACAAT--CTT-------CC---------AAG-CCCACT--CATTCCTGTTTCCTCGGATTTAAT--TCCCT-GACTTCCTAGGCG-AAC-AAACTCC-AGC--T-TAT-CCTTTGGGCTT-G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGT
gi|7515                       : CACCA-TTCTCCTTCCCC-TGAAC--T-CTCTACCGC--T-A-GGGTA-T--CCT-------CC-------CCGA--CCCACT--CATCCCTGGTTTCTGGGGTCCA-C--CCCC----TT-----GGTG-ATT-AAACTTC-AGC--T-CAA-CCTCCCAGAT--G--------C-TA------------CCAGCCTACCA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCATCGCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7516                       : CACCG-ATCGCTTTCCCC-TGGAA--T-AACTACCTC--T-GTGGGCG-T--CCG-------TC-------TTGAG-CCCACT--CATTC-TGGTTCCTCGGTTTCA-C--TCCCCCGATTCCCTGGGCG-ATC-AAACCCA-AAC--C-CAA-CATGCAGGCT--G--------C-CG------------C--------CA-------------C---G-----------ATCT-AT--ATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGT
gi|7517                       : CAGCG-ATCGCCTTCCC---------------ATTTC--T-A-GGTCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGG-TTCTCGGGTTCA-C-----------TCCTTGGGTG-ATT-AAGCTTT-AGC--T-TAA-CCTCTTAACT--GGTACCAGCC-TA------------C--------CACAATC--------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7518                       : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGAAA--T-CT--ATCTT--T-A-AGGTA-T--ACT-------CC-------CTGAA-CCTACT--CATCCCCGGTTTCTTGGATCAA-C--T-------TT--TTGGGTG-ATT-AAACT-T-GGC--T-CAA----------------------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7519                       : CACCG-ATCGTCTTCGCC-TGGAA--T-CT--ATCTC--A-A-GGGCA-T--CCTAGC----CC-------CCGAG-TTCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7520                       : CACCG-ATCGCTTTCCCC-TAGAA--T-CTCTATCTT--G-A-GGGCA-T--CCT--------T-------TCGAG-TCCACC--CATTCCCCGTTTCTCGGGTTCA-C--TCC
gi|7521                       : CACCA-ATCGCCTTCCCC-TGGGA--T-CTCTATCTC--T-A-GGGTA-TTACATGTATATATC-------CAGAG-CCCACT--CATCCCTGGTATCTAGGGTTCA-C-----------TCCTTGTGTG-ATT-AAGCTTT-AGC--T-AAA-CTTCTAAGCT--G--------NATAT-----------C--------CA-------------G---A-----------GCCC-AC---TCATCCCTGGT-TTCTCG-G
gi|7522                       :   CCG--TCACTCCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGGG-CCCAC---CA-CCCTGGTTTCTCGG-TCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCCCAGC--TTCAA-CCTCCAGGTT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGT
gi|7523                       :    CG-ATCGCCTTCCCC-TTGAA--TTCTATATCTAGAT-A-GGGCA-T--CCT-------CC-------C-GAG-CCAACT--CATCCCTGGTTTCTC-GGTTCA-C-----------TCCTTGGGTGCGTA-AAGCTTT-AGC--T--AA-ACTCTAAGCT--G--------C-TA------------CG-------CA-------------C---------------ATAC-ACAAATCCGATC-AATGT-CTCG-AAAA-
gi|7524                       :      -ATCGCCTTCCCC-TAGAA--T-CTGTATTTC--T-G-GGACA-T--CTTT------CC-------CCGAG-TCCATT--TATCCCTGGTTCCTCGGGTCCA-CGCTCCT--GATTCTCTGGGCG-ATC-TAACTCC-AGT--C-CAA-CCTCTGGGCT--A--------C-TA------------C--------CA-------------T---G-----------ATCC-AT--ATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGT
gi|7525                       :      -ATCACCTCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGACA-T--CCT-------CC-------TCGGG-CCCAC---CATCCTTGGTTTTTCGGGTCCA-C--TCCC--GGNTCC
gi|7526                       :      -ATCGCCTTTCCC-TGGAAC-T-TTCCAACTC--T-G-GGACA-T--TCT-------CC-------TCGAGATCCATA--TAT-TTTGGTTTTTCGGGTGTA-C--C--------------------TC-A---TCC-AGT--T-CAA-CCCTCGGGCTCCGACCAGC--C-TA------------C--------CG-------------C---G-----------ATTCAAT--ATC--CTCTACTGTCCGTG-GAAA-AGGT
gi|7527                       :            CCTCCCC-TATAAATC-CTGTATCTC--TCG-GGGCACT--CCT-------TCACATTATCCGAA-GACACTAATATTCCTG---CCACGGGCCCA-C-----C--A--TCCCTGGACG-ATCAAAACTCC-CGCCTT-GAA-CTTCTGGGCT--GT-------C-TA------------C--------CAG------------T---G-----------ATCC-AT--ATCCACTCCA
gi|7528                       :                                              caA-C--CCT-------CT-------CTGAG-CCCAC---CATCCCTGGTTGCTCGGGTCCT-C--GCGC--GATTTCTTGCATG-CCC-ACACTCC-CGC--T-CAA-TGTCCTTGCT--GCTATCACCC-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATGC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGT
gi|7529                       :                                                                               CCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGATCCA-C--TCCT----TT---------------AACTTC-CGC--T-CAA-CTCCCGGACT--G--------C-TA------------C--------CA-------------CCCTGCCACGATCCATATCC-AT--ATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-
gi|7530                       :                                                                                                                         TCCCTGGGCG-ATT-TAACTCC-AAC--C-CGA-TCTCCGGGCT--A--------C-TG------------T--------TA-------------C---A-----------GCCC-AT--TTCCCCTC------CCTCT-GAAA-
gi|7531                       :                                                                                                                             TGGGTG-ATT-AAACTTT-AGC--T-CA----------C------------C-TA------------T--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATTCTCTCTACTGTCCTC
gi|7532                       :                                                                                                                                          ACTTA-AGC--TATAAGCCTCTAAGCT--G--------C-TA------------T--------CAGCCTACCACAATCC---G-----------ATCC-CT--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7533                       :                                                                                                                                               -AGC--T-AAA-CATCTAAGCT--G--------C-TA------------T--------CAGCCTACCCCAATCC---G-----------ATCC-AT--AACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGT


blockSeqs                     :      T            A AT  AT T  G      GA C T     A TA   GTATATA  ACATTAT     A     TAA                      A GCT   CTGAT          C   A       C   CT T   G     G    CC GTACCAGC A  TTACTGAGCATAC          GCCTACCACAATC CCT CCACGATCCAT    A  AA                   C    T
blockSeqs                     :      .            . AT  C  .  G      .  . .     C .    AGC      G           .     T                        . T     CCGAT          .   .       .   .  A   .     A    T  CTATCACC .  CCAGCCTAC              GCCTACCCCAATC .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . AT  .  .  G      .  . .     . .    T        .           .     T                        . T     TGAC           .   .       .   .  .   .     G    .  ACCAGC   .  TC                     CAATC         .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . AT  .  .  G      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     GAA            .   .       .   .  .   .     G    .  T        .  CG                     G             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . GG  .  .  G      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     AAA            .   .       .   .  .   .     A    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . AT  .  .  C      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     GAT            .   .       .   .  .   .     G    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . GG  .  .  C      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     CAT            .   .       .   .  .   .     C    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . GA  .  .  C      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     AAA            .   .       .   .  .   .     A    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . GG  .  .  C      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     GAT            .   .       .   .  .   .     T    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . GA  .  .  C      .  . .     . .    .        .           .     T                        . C     GGN            .   .       .   .  .   .     A    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . GG  .  .  C      .  . .     . .    .        .           .     C                        . T     GAT            .   .       .   .  .   .     A    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . AG  .  .  C      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     T              .   .       .   .  .   .     A    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . GG  .  .  G      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     T              .   .       .   .  .   .     G    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . AT  .  .  A      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     A              .   .       .   .  .   .     G    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . TG  .  .  G      .  . .     . .    .        .           .     A                        . T     T              .   .       .   .  .   .     G    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . AG  .  .  G      .  . .     . .    .        .           .     T                        . T     .              .   .       .   .  .   .     T    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . AT  .  .  C      .  . .     . .    .        .           .     .                        . C     .              .   .       .   .  .   .     G    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . GG  .  .  G      .  . .     . .    .        .           .     .                        . G     .              .   .       .   .  .   .     G    .  .        .  C                      .             .   .              .  .                    .    .
blockSeqs                     :      .            . AT  .  .  .      .  . .     . .    .        .           .     .                        . T     .              .   .       .   .  .   .     A    .  .        .  T                      .             .   .              .  .                    .     
blockSeqs                     :      .            . G   .  .  .      .  . .     . .    .        .           .     .                        . .                    .   .       .   .  .   .     A    .  .        .  T                      .             .   .              .  .                          
blockSeqs                     :                   . .   .  .  .      .  . .     . .    .        .           .     .                        . .                                .   .  .   .     .    .  .        .  T                      .             .   .              .  .                          
blockSeqs                     :                                                 . .    .        .           .     .                        . .                                .   .  .   .     .    .  .        .  T                      .             .   .              .  .                          
blockSeqs                     :                                                                                   .                        . .                                                                                                                                                           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGNAA--T-CTNTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
finalCons                     : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGNAA--T-CTNTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT





Alignments
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lowQualScore                  :      1            1 33  44 1  5      22 1 1     3 22   0000000  7777777     1     999                      1 333   66666 0        1   1       1   22 3   1     1    44 99999999 1  111111111111111111111  5555555555555 333 88888888888    1  22                   2    2    
lowQualScore                  :      .            . ..  .. .  .      .. . .     . ..   .......  .......     .     ...                      . ...   ..... .        .   .       .   .. .   .     .    .. ........ .  .....................  ............. ... ...........    .  ..                   .    .    
lowQualScore                  :      9            8 77  33 8  2      55 8 8     5 44   4444444  4444444     7     999                      7 777   22222 6        9   9       7   44 5   7     0    11 33333333 7  555555555555555555555  2222222222222 000 33333333333    7  44                   0    1    
consensus                     : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGNAA--T-CTNTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
Reference ( family-583 )      : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGNAA--T-CTNTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--T-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7506                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATAA--T-CCCTTTCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGAG-CC-ACC--CATCCCTGGTTTCTCGAGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAT-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------AA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGT
gi|7507                       : CACCG-ATCACATCCCCC-TATAA--T-CTGTTTCTT--T-G-GGGCA-T--ACT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAA-CCTTCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7508                       : CACCGTATCAC-TCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGTGTCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCC-AGC--T-TAA-CCTCCAGGTT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------A-CC-AT--ATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7509                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATGA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7510                       : CACCG-ATCACCTCCCCC-TATGA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------CC-------CCGGG-CCCAC---CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7511                       : CACCG-ATCGCCTTCTCC-TGGAC--T-CCGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CTT-------TTG------CCGAG-TCCATT--CATCCCTGGTTCCTCGGGTCCA-T--TCCCCTGATTCTCTGGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--C-CAA-CCTCCGGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------T---G-----------ATCC-AT--TTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7512                       : CACCG-ATCGCCTTCCCCATG-AA--T-CTCTATCTC--T-G-GGGCA-T--CTT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CACCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--GATTCCCTGGATG-GCC-AAATTCC-AGC--T-CAA-TCTCCGGACT--G--------C-TATTACTGAGCATAC--------CG-------------C---G-----------ATCC-AT--ATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGT
gi|7513                       : CATCG-ATCGCTTTACCC-TATAA--T-CTCTATCTC--T-T-GGGCA-T--CCT-------CC-------TCAAA-CCCACT--TATCCCTGATTTCTTGGGTTCA-C--TCCC--CATTTCATAGGCG-ATC-AAACTCC-AGC--A-CAA-CCTCTAGGCT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------TTCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCC
gi|7514                       : CACCG-ATCGACTTCCCC-TGGAA--T-GTCTATCTC--T-G-GGACAAT--CTT-------CC---------AAG-CCCACT--CATTCCTGTTTCCTCGGATTTAAT--TCCCT-GACTTCCTAGGCG-AAC-AAACTCC-AGC--T-TAT-CCTTTGGGCTT-G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGT
gi|7515                       : CACCA-TTCTCCTTCCCC-TGAAC--T-CTCTACCGC--T-A-GGGTA-T--CCT-------CC-------CCGA--CCCACT--CATCCCTGGTTTCTGGGGTCCA-C--CCCC----TT-----GGTG-ATT-AAACTTC-AGC--T-CAA-CCTCCCAGAT--G--------C-TA------------CCAGCCTACCA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCATCGCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7516                       : CACCG-ATCGCTTTCCCC-TGGAA--T-AACTACCTC--T-GTGGGCG-T--CCG-------TC-------TTGAG-CCCACT--CATTC-TGGTTCCTCGGTTTCA-C--TCCCCCGATTCCCTGGGCG-ATC-AAACCCA-AAC--C-CAA-CATGCAGGCT--G--------C-CG------------C--------CA-------------C---G-----------ATCT-AT--ATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGT
gi|7517                       : CAGCG-ATCGCCTTCCC---------------ATTTC--T-A-GGTCA-T--CCT-------CC-------CCGAG-CCCACT--CATCCCTGG-TTCTCGGGTTCA-C-----------TCCTTGGGTG-ATT-AAGCTTT-AGC--T-TAA-CCTCTTAACT--GGTACCAGCC-TA------------C--------CACAATC--------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7518                       : CACCG-ATCGCCTTCCCC-TGAAA--T-CT--ATCTT--T-A-AGGTA-T--ACT-------CC-------CTGAA-CCTACT--CATCCCCGGTTTCTTGGATCAA-C--T-------TT--TTGGGTG-ATT-AAACT-T-GGC--T-CAA----------------------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7519                       : CACCG-ATCGTCTTCGCC-TGGAA--T-CT--ATCTC--A-A-GGGCA-T--CCTAGC----CC-------CCGAG-TTCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGGTCCA-C--TCCC--
gi|7520                       : CACCG-ATCGCTTTCCCC-TAGAA--T-CTCTATCTT--G-A-GGGCA-T--CCT--------T-------TCGAG-TCCACC--CATTCCCCGTTTCTCGGGTTCA-C--TCC
gi|7521                       : CACCA-ATCGCCTTCCCC-TGGGA--T-CTCTATCTC--T-A-GGGTA-TTACATGTATATATC-------CAGAG-CCCACT--CATCCCTGGTATCTAGGGTTCA-C-----------TCCTTGTGTG-ATT-AAGCTTT-AGC--T-AAA-CTTCTAAGCT--G--------NATAT-----------C--------CA-------------G---A-----------GCCC-AC---TCATCCCTGGT-TTCTCG-G
gi|7522                       :   CCG--TCACTCCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGGCA-T--CCT-------AC-------CCGGG-CCCAC---CA-CCCTGGTTTCTCGG-TCCA-C--TCCC--AAATCCCTGGACG-ATC-AAACTCCCAGC--TTCAA-CCTCCAGGTT--G--------C-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGT
gi|7523                       :    CG-ATCGCCTTCCCC-TTGAA--TTCTATATCTAGAT-A-GGGCA-T--CCT-------CC-------C-GAG-CCAACT--CATCCCTGGTTTCTC-GGTTCA-C-----------TCCTTGGGTGCGTA-AAGCTTT-AGC--T--AA-ACTCTAAGCT--G--------C-TA------------CG-------CA-------------C---------------ATAC-ACAAATCCGATC-AATGT-CTCG-AAAA-
gi|7524                       :      -ATCGCCTTCCCC-TAGAA--T-CTGTATTTC--T-G-GGACA-T--CTTT------CC-------CCGAG-TCCATT--TATCCCTGGTTCCTCGGGTCCA-CGCTCCT--GATTCTCTGGGCG-ATC-TAACTCC-AGT--C-CAA-CCTCTGGGCT--A--------C-TA------------C--------CA-------------T---G-----------ATCC-AT--ATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGT
gi|7525                       :      -ATCACCTCCCCC-TATAA--T-CTGTATCTC--T-G-GGACA-T--CCT-------CC-------TCGGG-CCCAC---CATCCTTGGTTTTTCGGGTCCA-C--TCCC--GGNTCC
gi|7526                       :      -ATCGCCTTTCCC-TGGAAC-T-TTCCAACTC--T-G-GGACA-T--TCT-------CC-------TCGAGATCCATA--TAT-TTTGGTTTTTCGGGTGTA-C--C--------------------TC-A---TCC-AGT--T-CAA-CCCTCGGGCTCCGACCAGC--C-TA------------C--------CG-------------C---G-----------ATTCAAT--ATC--CTCTACTGTCCGTG-GAAA-AGGT
gi|7527                       :            CCTCCCC-TATAAATC-CTGTATCTC--TCG-GGGCACT--CCT-------TCACATTATCCGAA-GACACTAATATTCCTG---CCACGGGCCCA-C-----C--A--TCCCTGGACG-ATCAAAACTCC-CGCCTT-GAA-CTTCTGGGCT--GT-------C-TA------------C--------CAG------------T---G-----------ATCC-AT--ATCCACTCCA
gi|7528                       :                                              caA-C--CCT-------CT-------CTGAG-CCCAC---CATCCCTGGTTGCTCGGGTCCT-C--GCGC--GATTTCTTGCATG-CCC-ACACTCC-CGC--T-CAA-TGTCCTTGCT--GCTATCACCC-TA------------C--------CA-------------C---G-----------ATGC-AT--ATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGT
gi|7529                       :                                                                               CCACT--CATCCCTGGTTTCTCGGATCCA-C--TCCT----TT---------------AACTTC-CGC--T-CAA-CTCCCGGACT--G--------C-TA------------C--------CA-------------CCCTGCCACGATCCATATCC-AT--ATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-
gi|7530                       :                                                                                                                         TCCCTGGGCG-ATT-TAACTCC-AAC--C-CGA-TCTCCGGGCT--A--------C-TG------------T--------TA-------------C---A-----------GCCC-AT--TTCCCCTC------CCTCT-GAAA-
gi|7531                       :                                                                                                                             TGGGTG-ATT-AAACTTT-AGC--T-CA----------C------------C-TA------------T--------CA-------------C---G-----------ATCC-AT--ATTCTCTCTACTGTCCTC
gi|7532                       :                                                                                                                                          ACTTA-AGC--TATAAGCCTCTAAGCT--G--------C-TA------------T--------CAGCCTACCACAATCC---G-----------ATCC-CT--ATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGT
gi|7533                       :                                                                                                                                               -AGC--T-AAA-CATCTAAGCT--G--------C-TA------------T--------CAGCCTACCCCAATCC---G-----------ATCC-AT--AACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGT