lowQualScore : 1111111 1 111 11111 1111111111 33333333333333
lowQualScore : 3333 333 666 7777777 66666 22 1 88 222 1 99999999999999 4444 22 22 666 1 1 444 22 22 11 22222 11 88888 3333 6666666666 6666 222 1 88888 1 3 22 1 88888888888888
lowQualScore : .... ... ... ....... ..... .. . .. ... . .............. .... .. .. ... . . ... .. .. .. ..... .. ..... .... .......... .... ... . ..... . . .. . ..............
lowQualScore : 9999 222 999 7777777 55555 33 0 33 777 5 00000000000000 8888 11 00 888 5 5 111 11 11 88 55555 99 33333 4444 0000000000 9999 999 7 55555 8 9 66 9 66666666666666
consensus : CTAACGAAAAAAA----A---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAATGTA-GTTG---T-T--------------CA----AC--A--TGA--AC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A---TAT--CA----TATGGTGGCAG----A---AA-A---T-AGATTACA--C-TAT--CCTT------ATCTTTTT
Reference ( gi|87746 ) : CTAATTAAAAAAA----A---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAATGTA-ATTG---T-T--------------CA----AC--A--TGT--AC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A---TAT--CA----CATGGTGGCAG----A---AA-A---T-AGATTATA--C-TAC--CCAT------ATCTTTTT
gi|87749 : CTAATGAAGAA-----------CT-AAA------TGGCAATAA-----GAGGG--AAAATGTT-GCTG---T-T--------------C------C--A--TTTTAAC-TCAAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A---TAG--CA----TATGGTGGCAG----A---AA-A---A-AGATTACA--C-
gi|87743 : TAAAAAAG----A---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA-GTA-GTTG---T-T--------------CA----AC--A--TGA--AC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A---TA----A----TATGGTGACAG----A---AA-A---T-AGATTACA--C-TAT--CCTT------ATCTTTTTactgctaatccttacct
gi|87744 : cTAAAAAAG----A---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA-GTA-GTTG---T-T--------------CA----AC--A--TGA--AC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTATTAAA-CG-----A---TA----A----TATTGTGACAG----A---AA-A---T-AGATTACA--C-TAT--CCTT------ATCTTTTT
gi|87745 : cTAAAAAAG----A---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGA--AAA--GTA-GTTG---T-T--------------CA----AC--A--TGA--AC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A---TA----A----TATGGTGACAG----A---AA-A---T-TGATTACA--C-TAT--CCTT------ATCTTTTT
gi|87751 : cTAAAAAAACATAA---CTATAAA------TGTCA-TCATTCAGGTGGGTCAAAA-GTT-ATTG---T-TGCTTTTTTGTAATTCA----AC--G--TG----C-TCGAACACATTTTCCC--GCTACAAAT-A-----CAC-GA-----A---TATTCTAATATTATGGTGACAGCAAAA---AA-A---T-ATATTGCA--C--AT--CCTT------ATTCTTTT
gi|87752 : cAAAAAAA----A---C---AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AGAA-GTA-GTTG---T-T--------------CA----AC--T--TGA--AC-TCGAAC-CATT---CC--T--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A---TAT--AA----TATGGTGAATG----A---AA-A---T-AAATTACA--C-TA
gi|87755 : aaAAAAGCA----A---CCA-CAG------TCACTGTCA-----GTGGG--GAAAAGTATATTG---T-T--------------CA----AC--AATTGA--AC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAT-GA-----A---TAT--AA----TATGGTGACAG----A---AA-A---T-AGAt
gi|87747 : aaaaaaaaacacacccAAAAAGA----A---CCA-AAT------TGACAATCA-----ATGGG--AAA--GTA-GTTGATATAT--------------CA----TC--A--TGA--AA--CGAAC-CATTT--CC--G--ACAAAT-A-----AAGCGA-----A---TAT---A----TATGGTGA-AG----A---AATA---T-AGATTACA--C-TAT--CCTT------ATCTTTTT
gi|87753 : ctaAAAAAAA----A---AAC-AAA------TGTCAATCG-----GTAGG--AAAA-GTG-GTTG---T-T--------------CA----AC--A--CGA--TC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GAAATTCA---TAT--AA----TATGGTGACAG----A---AA-A---T-AAATTACA--C-
gi|87754 : AAAAAAA----A---C---AAA------T--CAATCG-----GTAGG--AAAA-GCG-GTTG---T-T--------------CAC---ACCGA--T-----C-TC-AAC-CATT---CC--G--ACAAAATA-----AAC-GAAATTCA---TAT--AA----TATGGTGACAG----A---AA-A---TAAAATTACA--C-TAT--CCTT------ATCTTTTT
gi|87757 : aaAACAAAA----A---ACA-AAA-----------ATCA-----TTGG---AAAATATA-GTTG---T-T--------------CC----AC--A--TAA--ACATCGAAC-CATT---TCCGG--ACAAAG-A-----
gi|87760 : AAAAA----G---C---ATA------TGGCAATTA-----GCGGG--AAAATGTA-GTTG---T-T--------------CA----AC--A--TGA--AC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACGAAG-A-----AAA-GA-----A---AAT--TA----CACGGTGGCAG----A---AA-A-----AAATTACA--C-T----CCACTA----ATCTTTTT
gi|87764 : AAAAA----G---CCC-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAATGTT-GTTG---T-C--------------CA----AC--A--TGA--AC-TCGAAT-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA--A-----A---TGT--TA----TATGGTGGCAG----A---AA-A---A-AGATTACA--C-T
gi|87761 : AAAAA----A---CTA-AA-------TGGCAGTCA-----GTGGG--AAAATGTC-ATTG---T-T--------------TA----AC--A--TGA--AC-TCGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-AA-----A---TAG--CA----TATAGTGGCAG----A---AA-AAATT-ACATTCTG--C-TA-------------ACCTTTTT
gi|87758 : AAAAC----A---CCA-AA-------TGACAATCACA---GCGGA--AAAACGTA-GTTG---T-T--------------CA----AT--A--TGA--AC-TCAAAC-CATT---GC--G--ACAAAG-ATT---AAA-GA-----A---AAT--CA----TAAGGTGACAGA---A---AA-A---A-AAATTACA--C-TCT--GCTT------ATCTTTTT
gi|87759 : AAAAA----A---CCA-AA-------TGGCAATCA-----GTGGA--AAAATTTC-GTAG---T-T--------------CA----AC--A--TGA--AA-TCTAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-G---------------CA----TATAGAGAAAG----AAAGAA-A---T-ACACTCTG--C-TA-------------ACCTTTTT
gi|87762 : AAAA----ATTGCCA-AA-------TGGCAATCG-----GTAGG--AAAAAGTA-GTTG---T-T--------------CA----GC--A--TGA--AC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A---TAT--CA----TATGGTGGCAG----A---AA-A---T-AAATTACA--C-CA
gi|87763 : AAAA----A---CCC-AAA------TGGCAATTC-----GCGGG--AAAATGCA-GTTG---T-T--------------CA----AC--G--TGA--AC-ACGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A---AA----G----TATGGTGGCAG----A---AT-A---A-AAATTACA--C-T-CTGCTA-------ATCTTTTT
gi|87756 : AAAA----A---CCA-AAACAATGTTGACGATCA-----GCATG--AAAACGTA-GTTG---T-T---------------A----AC--A--TGG--AC-TCAAGC-CATT---CT--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A---AAT--------CATGA-GGCAG----A---AA-
gi|87750 : AAAA----A---CCA-AAACAA---TTACATTCA-----GAGCG--AAAATGTA-TTTT---T-T--------------CA----AC--A--CGG--AC-TCAAAT-CAAT---CC--A--A-AAAG-G-----AAA-------------AT--CA----TACAGTGGCAG----A---AA-A---
gi|87748 : ctgAA----A---CCA-AA-------TGGCAATCA-----GAGGG--AAAATGTA----G---T-T--------------CC----AC--A--TTA--AC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A---TAG--CA----TATGGTGGCAG----A---AA-A-----AAA-TACACTC-TGC--TTA-------ACCTTTTTagcactgttgatcttttt
gi|87765 : ctaatgatAA----A---CCA-AA-------TTGCATTCG-----GTGGG--AAAAAGTG-GTTG---T-T--------------CA----AC--A--TGA--AC-TCGAAC-CATT---C
gi|87766 : AG------TGGCCATCA-----GTGCA--AAAATGTA----G---T-T--------------CAGTATAT--A--TGT--AC-TCGATC-CATT---TC--G--ACAAA--A-----AAG-GA-----AAATTAT---A----TATGATGGTAG----A---AA-A---A-AAATTACA--C-T-CTGCTGT-------TCTTTTT
gi|87767 : aacAATCT-----GTGGG--AAAA-GTA-GTTG---T-T--------------CA----AC--A--TGA--AT-TAGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A---TAT--AA----TATGGTGTCAG----A---AA-A---T-AGATTACA--C-TAT--CCTT------ATCTTTTT
gi|87768 : AAATGTA-ATTG---T-T--------------CT----AC--A--TTA--AC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----GA
gi|87769 : GTA-GCTG---T-T--------------CA----A-------GT--AC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-G-----AAA-GA-----A----ATG-CA----AATGGTGGCAGA---A---AA-A---T-ACACTCTG--C-TG-------------ATCCTTTT
gi|87770 : --TGA--AC-TCGACC-AATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A---AAT--CA----TATGGTGGCAG----A---AA-A-----AAATCACA--TGTAC--CC-TCTGCTGATCTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11 1111111 111 11111 11111111
lowQualScore : 22 333 555 6666666 66666 22 000 1 99999999999 1 4444 22 1 1 333 22 22 1 22222 1 44444 666666 33333333 1 5555 1 9 1 1 22 1 44444 3 888888
lowQualScore : .. ... ... ....... ..... .. ... . ........... . .... .. . . ... .. .. . ..... . ..... ...... ........ . .... . . . . .. . ..... . ......
lowQualScore : 77 000 888 5555555 22222 22 444 5 66666666666 5 6666 00 4 4 999 00 00 5 00000 6 00000 999999 22222222 6 0000 6 7 1 7 44 7 77777 2 444444
consensus : CTAATNAAAAAAAA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
Reference ( family-582 ) : CTAACGAAAAAAAA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87743 : AAAAAAGA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A-----TA--------AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87744 : ctAAAAAAGA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTATTAAA-CG-----A-----TA--------AT-ATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87745 : ctAAAAAAGA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGA--AAA----GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A-----TA--------AT-ATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87746 : ctCTAATTAAAAAAAA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-ATTG-----------T-TCA----ACA--TGTAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AC-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ATAC-T----ACCCAT-----ATCTTTTT
gi|87747 : AAAAAGAA---CCA-AAT------TGACAATCA-----ATGGG--AAA----GTA-GTTGATA--------TATCA----TCA--TGAAA--CGAAC-CATTT--CC--G--ACAAAT-A-----AAGCGA-----A-----TAT-------AT-ATGGTGA-AG----AAATATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87748 : ctaAAA---CCA-AA-------TGGCAATCA-----GAGGG--AAAA--TGTA-GTT---------------CC----ACA--TTAAC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----TAG-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-A-AAA--T--ACAC-T----CTGCTTA----ACCTTTTT
gi|87749 : ctaatgatCTAATGAAGAA-------CT-AAA------TGGCAATAA-----GAGGG--AAAA--TGTT-GCTG-----------T-TCC----ATT--TTAAC-TCAAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAG-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACACAC-TGCTAATCCTT-----ACCT
gi|87750 : AAAAA---CCA-AAACAA---TTACATTCA-----GAGCG--AAAA--TGTA-TTTT-----------T-TCA----ACA--CGGAC-TCAAAT-CAAT---CC--A--A-AAAG-G-----AAA---------------AT-C-----AT-ACAGTGGCAG----AAA-A-AG-------CAC-T----GT--TG-----ATCTTTTT
gi|87751 : ctgCTAAAAAAACATAA---CTATAAA------TGTCA-TCATTCAGGTGGGTCAAAAGTTATT-GTTGCTTTTTTGTAAT-TCA----ACG--TG--C-TCGAACACATTTTCCC--GCTACAAAT-A-----CAC-GA-----A-----TAT-TCTAATATTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TT--GCAC------ATCCTT-----ATTCTTTT
gi|87752 : AAAAAAAA---C---AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AGAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACT--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--T--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-T----AT
gi|87753 : aaAAAAAAAA---AAC-AAA------TGTCAATCG-----GTAGG--AAAA---GTG-GTTG-----------T-TCA----ACA--CGATC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GAAATTCA-----TAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-
gi|87754 : AAAAAAAA---C---AAA------T--CAATCG-----GTAGG--AAAA---GCG-GTTG-----------T-TCAC---AC---CGATC-TC-AAC-CATT---CC--G--ACAAAATA-----AAC-GA-----AATTCATAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAAAATT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87755 : aaAAAAGCAA---CCA-CAG------TCACTGTCA-----GTGGG--GAAA--AGTATATTG-----------T-TCA----ACAATTGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAT-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAGA-
gi|87756 : aaaaaaaaacacacccAAAAA---CCA-AAACAATGTTGACGATCA-----GCATG--AAAA--CGTA-GTTG-----------T-T-A----ACA--TGGAC-TCAAGC-CATT---CT--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----AAT-C-----AT----GAGGCAG----AAA-
gi|87757 : AACAAAAA---ACA-AAA-----------ATCA-----TTGG---AAAA--TATA-GTTG-----------T-TCC----ACA--TAAACATCGAAC-CATT---TCCGG--ACAAAG-A-----
gi|87758 : AAAACA---CCA-AA-------TGACAATCACA---GCGGA--AAAA--CGTA-GTTG-----------T-TCA----ATA--TGAAC-TCAAAC-CATT---GC--G--ACAAAG-ATT---AAA-GA-----A-----AAT-C-----AT-AAGGTGACAGA---AAA-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTT-----ATCTTTTT
gi|87759 : AAAAAA---CCA-AA-------TGGCAATCA-----GTGGA--AAAA--TTTC-GTAG-----------T-TCA----ACA--TGAAA-TCTAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-G----------------C-----AT-ATAGAGAAAG----AAA-G-AAA--T--ACAC-T----CTGCTA-----ACCTTTTT
gi|87760 : AAAAAG---C---ATA------TGGCAATTA-----GCGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACGAAG-A-----AAA-GA-----A-----AAT-T-----AC-ACGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TT--ACAC-T----CCACTA-----ATCTTTTT
gi|87761 : AAAAAA---CTA-AA-------TGGCAGTCA-----GTGGG--AAAA--TGTC-ATTG-----------T-TTA----ACA--TGAAC-TCGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-AA-----A-----TAG-C-----AT-ATAGTGGCAG----AAA---AAA-TT--ACAT-T----CTGCTA-----ACCTTTTT
gi|87762 : AAAAATTGCCA-AA-------TGGCAATCG-----GTAGG--AAAA--AGTA-GTTG-----------T-TCA----GCA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-C----A
gi|87763 : AAAAA---CCC-AAA------TGGCAATTC-----GCGGG--AAAA--TGCA-GTTG-----------T-TCA----ACG--TGAAC-ACGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----AA--------GT-ATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTA-----ATCTTTTT
gi|87764 : AAAAAG---CCC-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTT-GTTG-----------T-CCA----ACA--TGAAC-TCGAAT-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA--A-----A-----TGT-T-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TT--ACAC-T----
gi|87765 : AAA---CCA-AA-------TTGCATTCG-----GTGGG--AAAA--AGTG-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C
gi|87766 : AG------TGGCCATCA-----GTGCA--AAAA--TGTA-GTT---------------CAGTATATA--TGTAC-TCGATC-CATT---TC--G--ACAAA--A-----AAG-GA-----AAAT--TAT-------AT-ATGATGGTAG----AAA-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTG-----TTCTTTTT
gi|87767 : aacAATCT-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAT-TAGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87768 : AAA--TGTA-ATTG-----------T-TCT----ACA--TTAAC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----GA
gi|87769 : GTA-GCTG-----------T-TCA----A-----GTAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-G-----AAA-GA-----A------ATGC-----AA-ATGGTGGCAG----AAA-A-A----T--ACAC-T----CTGCTG-----ATCCTTTT
gi|87770 : --TGAAC-TCGACC-AATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----AAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TC--ACATGT----ACCCTCTGCTGATCTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 11111 11111111
lowQualScore : 1 333 333 555 6666666 66666 22 000 1 99999999999 1 4444 22 1 1 333 22 22 1 22222 1 44444 666666 33333333 1 5555 1 9 1 1 22 1 44444 3 888888
lowQualScore : . ... ... ... ....... ..... .. ... . ........... . .... .. . . ... .. .. . ..... . ..... ...... ........ . .... . . . . .. . ..... . ......
lowQualScore : 0 000 000 888 5555555 22222 22 444 5 66666666666 5 6666 00 4 4 999 00 00 5 00000 6 00000 999999 22222222 6 0000 6 7 1 7 44 7 77777 2 444444
consensus : CTAATGAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
Reference ( family-582 ) : CTAATNAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87743 : AAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A-----TA--------AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87744 : ctAAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTATTAAA-CG-----A-----TA--------AT-ATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87745 : ctAAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGA--AAA----GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A-----TA--------AT-ATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87746 : ctCTAATTAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-ATTG-----------T-TCA----ACA--TGTAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AC-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ATAC-T----ACCCAT-----ATCTTTTT
gi|87747 : TAAAAAAG---AA---CCA-AAT------TGACAATCA-----ATGGG--AAA----GTA-GTTGATA--------TATCA----TCA--TGAAA--CGAAC-CATTT--CC--G--ACAAAT-A-----AAGCGA-----A-----TAT-------AT-ATGGTGA-AG----AAATATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87748 : cCTAATGATAAA---------CCA-AA-------TGGCAATCA-----GAGGG--AAAA--TGTA-GTT---------------CC----ACA--TTAAC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----TAG-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-A-AAA--T--ACAC-T----CTGCTTA----ACCTTTTT
gi|87749 : CTAATGAAGAA----------CT-AAA------TGGCAATAA-----GAGGG--AAAA--TGTT-GCTG-----------T-TCC----ATT--TTAAC-TCAAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAG-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACACAC-TGCTAATCCTT-----ACCT
gi|87750 : AAA---AA---CCA-AAACAA---TTACATTCA-----GAGCG--AAAA--TGTA-TTTT-----------T-TCA----ACA--CGGAC-TCAAAT-CAAT---CC--A--A-AAAG-G-----AAA---------------AT-C-----AT-ACAGTGGCAG----AAA-A-AG-------CAC-T----GT--TG-----ATCTTTTT
gi|87751 : ctgTAAAAAAACATAA---CTATAAA------TGTCA-TCATTCAGGTGGGTCAAAAGTTATT-GTTGCTTTTTTGTAAT-TCA----ACG--TG--C-TCGAACACATTTTCCC--GCTACAAAT-A-----CAC-GA-----A-----TAT-TCTAATATTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TT--GCAC------ATCCTT-----ATTCTTTT
gi|87752 : cAAAAAA---AA---C---AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AGAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACT--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--T--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-T----AT
gi|87753 : aaAAAAAA---AA---AAC-AAA------TGTCAATCG-----GTAGG--AAAA---GTG-GTTG-----------T-TCA----ACA--CGATC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GAAATTCA-----TAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-
gi|87754 : AAAAAA---AA---C---AAA------T--CAATCG-----GTAGG--AAAA---GCG-GTTG-----------T-TCAC---AC---CGATC-TC-AAC-CATT---CC--G--ACAAAATA-----AAC-GA-----AATTCATAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAAAATT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87755 : aaAAAAGC---AA---CCA-CAG------TCACTGTCA-----GTGGG--GAAA--AGTATATTG-----------T-TCA----ACAATTGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAT-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAGA-
gi|87756 : aaaaaaaaacacacccAAA---AA---CCA-AAACAATGTTGACGATCA-----GCATG--AAAA--CGTA-GTTG-----------T-T-A----ACA--TGGAC-TCAAGC-CATT---CT--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----AAT-C-----AT----GAGGCAG----AAA-
gi|87757 : AACAAA---AA---ACA-AAA-----------ATCA-----TTGG---AAAA--TATA-GTTG-----------T-TCC----ACA--TAAACATCGAAC-CATT---TCCGG--ACAAAG-A-----
gi|87758 : AAAA---CA---CCA-AA-------TGACAATCACA---GCGGA--AAAA--CGTA-GTTG-----------T-TCA----ATA--TGAAC-TCAAAC-CATT---GC--G--ACAAAG-ATT---AAA-GA-----A-----AAT-C-----AT-AAGGTGACAGA---AAA-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTT-----ATCTTTTT
gi|87759 : AAAA---AA---CCA-AA-------TGGCAATCA-----GTGGA--AAAA--TTTC-GTAG-----------T-TCA----ACA--TGAAA-TCTAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-G----------------C-----AT-ATAGAGAAAG----AAA-G-AAA--T--ACAC-T----CTGCTA-----ACCTTTTT
gi|87760 : AAAA---AG---C---ATA------TGGCAATTA-----GCGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACGAAG-A-----AAA-GA-----A-----AAT-T-----AC-ACGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TT--ACAC-T----CCACTA-----ATCTTTTT
gi|87761 : AAAA---AA---CTA-AA-------TGGCAGTCA-----GTGGG--AAAA--TGTC-ATTG-----------T-TTA----ACA--TGAAC-TCGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-AA-----A-----TAG-C-----AT-ATAGTGGCAG----AAA---AAA-TT--ACAT-T----CTGCTA-----ACCTTTTT
gi|87762 : AAA---AATTGCCA-AA-------TGGCAATCG-----GTAGG--AAAA--AGTA-GTTG-----------T-TCA----GCA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-C----A
gi|87763 : AAA---AA---CCC-AAA------TGGCAATTC-----GCGGG--AAAA--TGCA-GTTG-----------T-TCA----ACG--TGAAC-ACGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----AA--------GT-ATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTA-----ATCTTTTT
gi|87764 : AAAA---AG---CCC-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTT-GTTG-----------T-CCA----ACA--TGAAC-TCGAAT-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA--A-----A-----TGT-T-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TT--ACAC-T----
gi|87765 : A---AA---CCA-AA-------TTGCATTCG-----GTGGG--AAAA--AGTG-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C
gi|87766 : AG------TGGCCATCA-----GTGCA--AAAA--TGTA-GTT---------------CAGTATATA--TGTAC-TCGATC-CATT---TC--G--ACAAA--A-----AAG-GA-----AAAT--TAT-------AT-ATGATGGTAG----AAA-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTG-----TTCTTTTT
gi|87767 : aacAATCT-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAT-TAGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87768 : AAA--TGTA-ATTG-----------T-TCT----ACA--TTAAC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----GA
gi|87769 : GTA-GCTG-----------T-TCA----A-----GTAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-G-----AAA-GA-----A------ATGC-----AA-ATGGTGGCAG----AAA-A-A----T--ACAC-T----CTGCTG-----ATCCTTTT
gi|87770 : --TGAAC-TCGACC-AATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----AAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TC--ACATGT----ACCCTCTGCTGATCTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 11111 11111111
lowQualScore : 1 333 333 555 6666666 66666 22 000 1 99999999999 1 4444 22 1 1 333 22 22 1 22222 1 44444 666666 33333333 1 5555 1 9 1 1 22 1 44444 3 888888
lowQualScore : . ... ... ... ....... ..... .. ... . ........... . .... .. . . ... .. .. . ..... . ..... ...... ........ . .... . . . . .. . ..... . ......
lowQualScore : 4 000 000 888 5555555 22222 22 444 5 66666666666 5 6666 00 4 4 999 00 00 5 00000 6 00000 999999 22222222 6 0000 6 7 1 7 44 7 77777 2 444444
consensus : CTAATGAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
Reference ( family-582 ) : CTAATGAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87743 : AAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A-----TA--------AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87744 : ctAAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTATTAAA-CG-----A-----TA--------AT-ATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87745 : ctAAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGA--AAA----GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A-----TA--------AT-ATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87746 : ctCTAATTAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-ATTG-----------T-TCA----ACA--TGTAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AC-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ATAC-T----ACCCAT-----ATCTTTTT
gi|87747 : TAAAAAAG---AA---CCA-AAT------TGACAATCA-----ATGGG--AAA----GTA-GTTGATA--------TATCA----TCA--TGAAA--CGAAC-CATTT--CC--G--ACAAAT-A-----AAGCGA-----A-----TAT-------AT-ATGGTGA-AG----AAATATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87748 : cCTAATGATAAA---------CCA-AA-------TGGCAATCA-----GAGGG--AAAA--TGTA-GTT---------------CC----ACA--TTAAC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----TAG-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-A-AAA--T--ACAC-T----CTGCTTA----ACCTTTTT
gi|87749 : CTAATGAAGAA----------CT-AAA------TGGCAATAA-----GAGGG--AAAA--TGTT-GCTG-----------T-TCC----ATT--TTAAC-TCAAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAG-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACACAC-TGCTAATCCTT-----ACCT
gi|87750 : AAA---AA---CCA-AAACAA---TTACATTCA-----GAGCG--AAAA--TGTA-TTTT-----------T-TCA----ACA--CGGAC-TCAAAT-CAAT---CC--A--A-AAAG-G-----AAA---------------AT-C-----AT-ACAGTGGCAG----AAA-A-AG-------CAC-T----GT--TG-----ATCTTTTT
gi|87751 : ctgTAAAAAAACATAA---CTATAAA------TGTCA-TCATTCAGGTGGGTCAAAAGTTATT-GTTGCTTTTTTGTAAT-TCA----ACG--TG--C-TCGAACACATTTTCCC--GCTACAAAT-A-----CAC-GA-----A-----TAT-TCTAATATTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TT--GCAC------ATCCTT-----ATTCTTTT
gi|87752 : cAAAAAA---AA---C---AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AGAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACT--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--T--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-T----AT
gi|87753 : aaAAAAAA---AA---AAC-AAA------TGTCAATCG-----GTAGG--AAAA---GTG-GTTG-----------T-TCA----ACA--CGATC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GAAATTCA-----TAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-
gi|87754 : AAAAAA---AA---C---AAA------T--CAATCG-----GTAGG--AAAA---GCG-GTTG-----------T-TCAC---AC---CGATC-TC-AAC-CATT---CC--G--ACAAAATA-----AAC-GA-----AATTCATAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAAAATT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87755 : aaAAAAGC---AA---CCA-CAG------TCACTGTCA-----GTGGG--GAAA--AGTATATTG-----------T-TCA----ACAATTGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAT-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAGA-
gi|87756 : aaaaaaaaacacacccAAA---AA---CCA-AAACAATGTTGACGATCA-----GCATG--AAAA--CGTA-GTTG-----------T-T-A----ACA--TGGAC-TCAAGC-CATT---CT--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----AAT-C-----AT----GAGGCAG----AAA-
gi|87757 : AACAAA---AA---ACA-AAA-----------ATCA-----TTGG---AAAA--TATA-GTTG-----------T-TCC----ACA--TAAACATCGAAC-CATT---TCCGG--ACAAAG-A-----
gi|87758 : AAAA---CA---CCA-AA-------TGACAATCACA---GCGGA--AAAA--CGTA-GTTG-----------T-TCA----ATA--TGAAC-TCAAAC-CATT---GC--G--ACAAAG-ATT---AAA-GA-----A-----AAT-C-----AT-AAGGTGACAGA---AAA-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTT-----ATCTTTTT
gi|87759 : AAAA---AA---CCA-AA-------TGGCAATCA-----GTGGA--AAAA--TTTC-GTAG-----------T-TCA----ACA--TGAAA-TCTAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-G----------------C-----AT-ATAGAGAAAG----AAA-G-AAA--T--ACAC-T----CTGCTA-----ACCTTTTT
gi|87760 : AAAA---AG---C---ATA------TGGCAATTA-----GCGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACGAAG-A-----AAA-GA-----A-----AAT-T-----AC-ACGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TT--ACAC-T----CCACTA-----ATCTTTTT
gi|87761 : AAAA---AA---CTA-AA-------TGGCAGTCA-----GTGGG--AAAA--TGTC-ATTG-----------T-TTA----ACA--TGAAC-TCGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-AA-----A-----TAG-C-----AT-ATAGTGGCAG----AAA---AAA-TT--ACAT-T----CTGCTA-----ACCTTTTT
gi|87762 : AAA---AATTGCCA-AA-------TGGCAATCG-----GTAGG--AAAA--AGTA-GTTG-----------T-TCA----GCA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-C----A
gi|87763 : AAA---AA---CCC-AAA------TGGCAATTC-----GCGGG--AAAA--TGCA-GTTG-----------T-TCA----ACG--TGAAC-ACGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----AA--------GT-ATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTA-----ATCTTTTT
gi|87764 : AAAA---AG---CCC-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTT-GTTG-----------T-CCA----ACA--TGAAC-TCGAAT-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA--A-----A-----TGT-T-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TT--ACAC-T----
gi|87765 : A---AA---CCA-AA-------TTGCATTCG-----GTGGG--AAAA--AGTG-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C
gi|87766 : AG------TGGCCATCA-----GTGCA--AAAA--TGTA-GTT---------------CAGTATATA--TGTAC-TCGATC-CATT---TC--G--ACAAA--A-----AAG-GA-----AAAT--TAT-------AT-ATGATGGTAG----AAA-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTG-----TTCTTTTT
gi|87767 : aacAATCT-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAT-TAGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87768 : AAA--TGTA-ATTG-----------T-TCT----ACA--TTAAC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----GA
gi|87769 : GTA-GCTG-----------T-TCA----A-----GTAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-G-----AAA-GA-----A------ATGC-----AA-ATGGTGGCAG----AAA-A-A----T--ACAC-T----CTGCTG-----ATCCTTTT
gi|87770 : --TGAAC-TCGACC-AATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----AAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TC--ACATGT----ACCCTCTGCTGATCTTTTT
blockSeqs : A CAT TTG TAT ACAATGT TTCAG TC GTT T CTTTTTTGTAA A GTAT AT A A TTC CG CT T CTATT C AATTC ATTCAT TTCTAAT T CAAA T T G A AC G GCTAA C CTGCTG
blockSeqs : G . . AT ACAA CA . T . ATA . C . . . T . . . CTAT . . AATT TGC . A . T G . . . A C TA
blockSeqs : G . . AT T . . T . . . . . . . . . . . TT . . T TC . . . T G . . . A C T
blockSeqs : A . . CA T . . T . . . . . . . . . . . . . . T GC . . . T G . . . A C T
blockSeqs : . . CA A . . T . . . . . . . . . . . . . . T GC . . . A A . . . A G T
blockSeqs : . . CA T . . A . . . . . . . . . . . . . . T TC . . . T G . . . C C T
blockSeqs : . . CT A . . C . . . . . . . . . . . . . . T TA . . . T G . . . G C T
blockSeqs : . . CA A . . T . . . . . . . . . . . . . . T TA . . . T T . . . A C G
blockSeqs : . . AC A . . C . . . . . . . . . . . . . . T TA . . . T A . . . A G T
blockSeqs : . . CA A . . T . . . . . . . . . . . . . . T TA . . . T A . . . A G T
blockSeqs : . . CA A . . T . . . . . . . . . . . . . . T TC . . . A A . . . C A T
blockSeqs : . . CA G . . T . . . . . . . . . . . . . . T TC . . . T G . . . C G A
blockSeqs : . . CA A . . A . . . . . . . . . . . . . . A TT . . . A A . . . C G A
blockSeqs : . . CA A . . T . . . . . . . . . . . . . . A GC . . . A A . . . C G A
blockSeqs : . . TA A . . T . . . . . . . . . . . . . . A TC . . . A A . . . A C A
blockSeqs : . . CA A . . A . . . . . . . . . . . . . . T TT . . . T A . . . C G G
blockSeqs : . . CC G . . T . . . . . . . . . . . . . . T TA . . . . A . . . C C T
blockSeqs : . . CC . . . T . . . . . . . . . . . . . . A TC . . . . A . . . A . G
blockSeqs : . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . G . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . A . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : T** ***** TC******
originalCons : CTAATGAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
finalCons : CTAATGAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAAT--GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TATC------AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 11111 11111111
lowQualScore : 1 333 333 555 6666666 66666 22 000 1 99999999999 1 4444 22 1 1 333 22 22 1 22222 1 44444 666666 33333333 1 5555 1 9 1 1 22 1 44444 3 888888
lowQualScore : . ... ... ... ....... ..... .. ... . ........... . .... .. . . ... .. .. . ..... . ..... ...... ........ . .... . . . . .. . ..... . ......
lowQualScore : 4 000 000 888 5555555 22222 22 444 5 66666666666 5 6666 00 4 4 999 00 00 5 00000 6 00000 999999 22222222 6 0000 6 7 1 7 44 7 77777 2 444444
consensus : CTAATGAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
Reference ( family-582 ) : CTAATGAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87743 : AAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A-----TA--------AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87744 : ctAAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTATTAAA-CG-----A-----TA--------AT-ATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87745 : ctAAAAAA---GA---CAT-AAT------TGACAATCA-----GTGGA--AAA----GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C---G--ACAAAT-ACTAT-AAA-CG-----A-----TA--------AT-ATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87746 : ctCTAATTAAAAAA---AA---CCA-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTA-ATTG-----------T-TCA----ACA--TGTAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AC-ATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TT--ATAC-T----ACCCAT-----ATCTTTTT
gi|87747 : TAAAAAAG---AA---CCA-AAT------TGACAATCA-----ATGGG--AAA----GTA-GTTGATA--------TATCA----TCA--TGAAA--CGAAC-CATTT--CC--G--ACAAAT-A-----AAGCGA-----A-----TAT-------AT-ATGGTGA-AG----AAATATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87748 : cCTAATGATAAA---------CCA-AA-------TGGCAATCA-----GAGGG--AAAA--TGTA-GTT---------------CC----ACA--TTAAC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----TAG-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-A-AAA--T--ACAC-T----CTGCTTA----ACCTTTTT
gi|87749 : CTAATGAAGAA----------CT-AAA------TGGCAATAA-----GAGGG--AAAA--TGTT-GCTG-----------T-TCC----ATT--TTAAC-TCAAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAG-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACACAC-TGCTAATCCTT-----ACCT
gi|87750 : AAA---AA---CCA-AAACAA---TTACATTCA-----GAGCG--AAAA--TGTA-TTTT-----------T-TCA----ACA--CGGAC-TCAAAT-CAAT---CC--A--A-AAAG-G-----AAA---------------AT-C-----AT-ACAGTGGCAG----AAA-A-AG-------CAC-T----GT--TG-----ATCTTTTT
gi|87751 : ctgTAAAAAAACATAA---CTATAAA------TGTCA-TCATTCAGGTGGGTCAAAAGTTATT-GTTGCTTTTTTGTAAT-TCA----ACG--TG--C-TCGAACACATTTTCCC--GCTACAAAT-A-----CAC-GA-----A-----TAT-TCTAATATTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TT--GCAC------ATCCTT-----ATTCTTTT
gi|87752 : cAAAAAA---AA---C---AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AGAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACT--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--T--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-T----AT
gi|87753 : aaAAAAAA---AA---AAC-AAA------TGTCAATCG-----GTAGG--AAAA---GTG-GTTG-----------T-TCA----ACA--CGATC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GAAATTCA-----TAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-
gi|87754 : AAAAAA---AA---C---AAA------T--CAATCG-----GTAGG--AAAA---GCG-GTTG-----------T-TCAC---AC---CGATC-TC-AAC-CATT---CC--G--ACAAAATA-----AAC-GA-----AATTCATAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAAAATT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87755 : aaAAAAGC---AA---CCA-CAG------TCACTGTCA-----GTGGG--GAAA--AGTATATTG-----------T-TCA----ACAATTGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAT-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGACAG----AAA-ATAGA-
gi|87756 : aaaaaaaaacacacccAAA---AA---CCA-AAACAATGTTGACGATCA-----GCATG--AAAA--CGTA-GTTG-----------T-T-A----ACA--TGGAC-TCAAGC-CATT---CT--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----AAT-C-----AT----GAGGCAG----AAA-
gi|87757 : AACAAA---AA---ACA-AAA-----------ATCA-----TTGG---AAAA--TATA-GTTG-----------T-TCC----ACA--TAAACATCGAAC-CATT---TCCGG--ACAAAG-A-----
gi|87758 : AAAA---CA---CCA-AA-------TGACAATCACA---GCGGA--AAAA--CGTA-GTTG-----------T-TCA----ATA--TGAAC-TCAAAC-CATT---GC--G--ACAAAG-ATT---AAA-GA-----A-----AAT-C-----AT-AAGGTGACAGA---AAA-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTT-----ATCTTTTT
gi|87759 : AAAA---AA---CCA-AA-------TGGCAATCA-----GTGGA--AAAA--TTTC-GTAG-----------T-TCA----ACA--TGAAA-TCTAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-G----------------C-----AT-ATAGAGAAAG----AAA-G-AAA--T--ACAC-T----CTGCTA-----ACCTTTTT
gi|87760 : AAAA---AG---C---ATA------TGGCAATTA-----GCGGG--AAAA--TGTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACGAAG-A-----AAA-GA-----A-----AAT-T-----AC-ACGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TT--ACAC-T----CCACTA-----ATCTTTTT
gi|87761 : AAAA---AA---CTA-AA-------TGGCAGTCA-----GTGGG--AAAA--TGTC-ATTG-----------T-TTA----ACA--TGAAC-TCGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-AA-----A-----TAG-C-----AT-ATAGTGGCAG----AAA---AAA-TT--ACAT-T----CTGCTA-----ACCTTTTT
gi|87762 : AAA---AATTGCCA-AA-------TGGCAATCG-----GTAGG--AAAA--AGTA-GTTG-----------T-TCA----GCA--TGAAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----TAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-ATAAA-TT--ACAC-C----A
gi|87763 : AAA---AA---CCC-AAA------TGGCAATTC-----GCGGG--AAAA--TGCA-GTTG-----------T-TCA----ACG--TGAAC-ACGAAT-CATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAA-GA-----A-----AA--------GT-ATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTA-----ATCTTTTT
gi|87764 : AAAA---AG---CCC-AAA------TGGCAATCA-----GTGGG--AAAA--TGTT-GTTG-----------T-CCA----ACA--TGAAC-TCGAAT-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----AAA--A-----A-----TGT-T-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TT--ACAC-T----
gi|87765 : A---AA---CCA-AA-------TTGCATTCG-----GTGGG--AAAA--AGTG-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAC-TCGAAC-CATT---C
gi|87766 : AG------TGGCCATCA-----GTGCA--AAAA--TGTA-GTT---------------CAGTATATA--TGTAC-TCGATC-CATT---TC--G--ACAAA--A-----AAG-GA-----AAAT--TAT-------AT-ATGATGGTAG----AAA-AAAAA-TT--ACAC-T----CTGCTG-----TTCTTTTT
gi|87767 : aacAATCT-----GTGGG--AAAA---GTA-GTTG-----------T-TCA----ACA--TGAAT-TAGAAC-CATT---CC--G--ACAAAT-A-----AAC-GA-----A-----TAT-A-----AT-ATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TT--ACAC-T----ATCCTT-----ATCTTTTT
gi|87768 : AAA--TGTA-ATTG-----------T-TCT----ACA--TTAAC-TCGAAC-CATT---CC--A--ACAAAG-A-----GA
gi|87769 : GTA-GCTG-----------T-TCA----A-----GTAC-TCGAAC-CATT---CC--G--ACAAAG-G-----AAA-GA-----A------ATGC-----AA-ATGGTGGCAG----AAA-A-A----T--ACAC-T----CTGCTG-----ATCCTTTT
gi|87770 : --TGAAC-TCGACC-AATT---CC--G--ACAAAG-A-----AAG-GA-----A-----AAT-C-----AT-ATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TC--ACATGT----ACCCTCTGCTGATCTTTTT