lowQualScore : 11111 11111111111111
lowQualScore : 8 2 4 8888 44 11 1 5555555 1 44 33333 3333 1 22 222 1 666 1 555555555 1 1 5555555555 33 11111111111111 22 1 55555555 1 33 77777 3333 0 33333 1 3 222 22
lowQualScore : . . . .... .. .. . ....... . .. ..... .... . .. ... . ... . ......... . . .......... .. .............. .. . ........ . .. ..... .... . ..... . . ... ..
lowQualScore : 3 3 0 5555 22 99 7 4444444 6 44 11111 3333 5 11 999 5 111 5 999999999 5 5 4444444444 55 22222222222222 99 5 66666666 5 33 11111 5555 5 88888 5 1 777 11
consensus : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAAAT-----A----T-CGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
Reference ( gi|65935 ) : TTAAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAAAT-----A----T-TGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65934 : TTAAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAAAT-----A----T-TGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65938 : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAAAT-----A----T-TGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65936 : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAAAT-----A----T-TGAA--TCGAT-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65937 : TTTAAGATGT-TT-CTT----CTTTC--AAAAATG-TA-------TCGTA-TT--GAAAAT-----A----T-TGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65939 : TTAAAG-TGTATTTCTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTAATT--GAAAAT-----ACTTTT-TGAAGATCG-T-G-GCACG--A-A---------G-TAT-TG--C-------A--TAC--------------GT-ATTC--------GTATC-G---G-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65940 : TTTAAGAT-TATC---T----CTTCA--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAAAT-----A----T-TG-A--TCG-T-GCGCAC---A-A---------T-AAT-CG--C-------AA-TAC--------------GTAAT-C--------GTATC-G-T-A-----AGGG---GCCGA-----TTCG-TT-T---CAG---CCTAG
gi|65941 : AAGATGTAT--CTT----CTTTCCGGAAA-TG-TA-------TCGTA-TTGAGAAAAT-----A------TGAA--TCG-TCG-GCAC---ACA---------G-TAT-CG--C-------AACTAT--------------AT-AT-CGTTTCTCAGTATC-GCTGA-----AGAG---GGGAT-----ATGT-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65942 : AAGATGTATT-CTTTTTCCTTCC--AAAC-AG-TGAGTCCACTCGTA-TTTTGAAAAT-----A----T-TGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------GTTATGCG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------G-ATTGG-TGA-----A-GG---GGCGTATAGAATCG-TTCT---CAGAACCCT
gi|65943 : TGT-TT-TTT----CTGTC--AAA--TG-TA-------TCGTA-TT--GAGAAC-----A----T-TGAA--TCA-T-G-GCAT---A-A---------A-TAC-TGCCC-------AT-TTC--------------GT-AT-C--------GTATC-----A-----A--A---GACGT-----ACTG-TT-T---CAG--CCCT
gi|65944 : TGTT-TTT----CTGTC--AAA--TG-TA-------TCGTA-TT--G-AAAC-----A----T-TGAA--TCA-T---GCATTAAA-A---------C-TGC-C---C-------AT-TTC--------------G--AT-C--------GTATC-----A-----A--A---GACGT-----ACTG-TT-T---CAG--CCTTA
gi|65945 : TTT--AAGA-TA-TA-------TCGTA-TT--AAAAAT-----A----C-TGGA--TC-------------A-A---------G-TAT-TC--C-------AA-TAC--------------GC-AT-T--------ATATC-A-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CC
gi|65946 : C--AAAA-TA-TC-------TCGGA-TT--GAAAGT-----A----T-AGAA--TTG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-TG--C-------AA-TA
gi|65947 : --AAGA-TA-TA-------CCGTG-CT--GAAAAT-----A----T-TGAA--TTA-T-G-ACAT---A-A---------G-TAT-TG--CAATAGTGAA-TAC--------------GC-AT-C--------ATATA-G-TGAAAGG-AGGG---GGCAC-----ATCACCC-C---CAG--CCCTAG
gi|65948 : AAA-TG-TA-------TTGTA-TT--GAAATT-----A----T-TGAA--TCA-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-AG--C-------AA-TACAT------------GT-AT-C--------CTGTT-G-TGAAAGCTAGGGACCGGTGT-----ATTG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65949 : AAT-TG-TA-------TCATA-TA--GAAAAT-----A----T-TGAA--TCA-T-G-GCAC---G-A---------G-TAA-TG--C-------AG-GAT--------------GC-AT-C--------GTATC-G-TAA-----AGGG---GGCAT-----ATTG--C-T---CAG--CCCTA
gi|65950 : A-TGCTA-------TTGTA-TC--GAAAATC----A----A-CGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA-ATC--------------GC-AT-C--------GAATC-G-AAA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTA
gi|65951 : -TA-TA-------TCGTA-TT--GAAAAT-----A----C-TGAA--TCA-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-TG--C-------AA-TAT--------------GG-GT-T--------GTATC-A-TGA-----AGTT---GTCGC-----ATCG-TT-T---CAG--CCTTA
gi|65952 : -TG-TA-------TCGAA-TC--AAAAATC----A----T-CGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA-ATC--------------GC-AT-T--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTAG
gi|65953 : -TG-TA-------TCGAA-TT--GAAAATC----A----T-CGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CA--A-------AA-ATC--------------GA-AT-C--------GAATT-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTA
gi|65954 : -TG-TA-------TCGAA-TT--GAAAATC----A----T-CGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------A-TAT-CT--A-------AA---------------------AT-T--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTAG
gi|65955 : -TG-TA-------TCGAA-TC--GAAAATT----A----T-CGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--ACCTA
gi|65958 : -TA-TA-------TAGTA-TC--GAGA-T-----A----CATGTA--TCG-T-A-ACGC---G-T---------G-TAT-CG--A-------GA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TAA-----GCTT---TGTGT-----ATTG-TC-C---CAT--CCCTAG
gi|65957 : -TG-TA-------TCAAA-TC--TAAAATC----A----T-CGAA--TCA-----ACACTA-A-A---------G-TAT-CG--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAT--CCCTA
gi|65956 : -TG-TA-------TCAAA-TC--GAAAATCTGACA----T-CGAA--TTG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CA--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAA--CCCTA
gi|65959 : A-TT--GAAAAT-----A----T-TGAA--TAA-T-C-GCAC---A-ACCATGACAAG-TTT-TG--C-------AA-TATACATGTAATACTATGT-AT-T--------GTATT-G-TGA-----AAGT---AATGT-----TTCA-GT-T---CAG--CCCTAG
gi|65960 : T-----A----T-TGTA--TCG-T-G-AGTT---A-A---------A-TAT-CG--T-------GA-TAC--------------AT-AT-C--------GTATT-G-TGA-----GGTG---GGTGT-----ATCG-TTGTGCACAG--CCCTAG
gi|65961 : AC---A-A---------T-TAT-TG--T-------AA-TAT--------------GT-AT-T--------GTGTC-A-TAA-----AGGG---GGTGT-----ATCG-TT-T---CAG--TGCTAG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111111
lowQualScore : 1 3 7777 33 1 1 5555555 1 44 1 22222 3333 4 22 222 1 555 1 555555555 1 1 4444444444 33 00000000000000 22 1 55555555 1 22 66666 3333 0 33333 1 3 222 22
lowQualScore : . . .... .. . . ....... . .. . ..... .... . .. ... . ... . ......... . . .......... .. .............. .. . ........ . .. ..... .... . ..... . . ... ..
lowQualScore : 3 6 7777 99 6 6 2222222 5 22 5 66666 1111 7 00 444 5 999 4 777777777 4 4 9999999999 11 77777777777777 55 5 44444444 5 88 99999 0000 1 77777 5 0 666 00
consensus : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TCGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
Reference ( family-581 ) : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TCGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65934 : TTAAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65935 : TTAAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65936 : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCGAT-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65937 : TTTAAGATGT-TT-CTT----CTTTC--AAAAATG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65938 : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65939 : TTAAAGTGTATTTCTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTAATT--GAAA-AT-----ACTTTTTGAAGATCG-T-G-GCACG--A-A---------G-TAT-TG--C-------A--TAC--------------GT-ATTC--------GTATC-G---G-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65940 : TTTAAGAT-TATC---T----CTTCA--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTG-A--TCG-T-GCGCAC---A-A---------T-AAT-CG--C-------AA-TAC--------------GTAAT-C--------GTATC-G-T-A-----AGGG---GCCGA-----TTCG-TT-T---CAG---CCTAG
gi|65941 : AAGATGTAT--CTT----CTTTCCGGAAA-TG-TA-------TCGTA-TTGAGAAA-AT-----A----T-GAA--TCG-TCG-GCAC---ACA---------G-TAT-CG--C-------AACTAT--------------AT-AT-CGTTTCTCAGTATC-GCTGA-----AGAG---GGGAT-----ATGT-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65942 : AAGATGTATT-CTTTTTCCTTCC--AAAC-AG-TGAGTCCACTCGTA-TTTTGAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------GTTATGCG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------G-ATTGG-TGA-----A-GG---GGCGTATAGAATCG-TTCT---CAGAACCCT
gi|65943 : TGT-TT-TTT----CTGTC--AAA--TG-TA-------TCGTA-TT--GAGA-AC-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAT---A-A---------A-TAC-TGCCC-------AT-TTC--------------GT-AT-C--------GTATC-----A-----A--A---GACGT-----ACTG-TT-T---CAG--CCCT
gi|65944 : TGTT-TTT----CTGTC--AAA--TG-TA-------TCGTA-TT--G-AA-AC-----A----TTGAA--TCA-T---GCATTAAA-A---------C-TGC-C---C-------AT-TTC--------------G--AT-C--------GTATC-----A-----A--A---GACGT-----ACTG-TT-T---CAG--CCTTA
gi|65945 : TTT--AAGA-TA-TA-------TCGTA-TT--AAAA-AT-----A----CTGGA--TC-------------A-A---------G-TAT-TC--C-------AA-TAC--------------GC-AT-T--------ATATC-A-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CC
gi|65946 : C--AAAA-TA-TC-------TCGGA-TT--GAAA-GT-----A----TAGAA--TTG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-TG--C-------AA-TA
gi|65947 : --AAGA-TA-TA-------CCGTG-CT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TTA-T-G-ACAT---A-A---------G-TAT-TG--CAATAGTGAA-TAC--------------GC-AT-C--------ATATA-G-TGAAAGG-AGGG---GGCAC-----ATCACCC-C---CAG--CCCTAG
gi|65948 : AAA-TG-TA-------TTGTA-TT--GAAA-TT-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-AG--C-------AA-TACAT------------GT-AT-C--------CTGTT-G-TGAAAGCTAGGGACCGGTGT-----ATTG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65949 : AAT-TG-TA-------TCATA-TA--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAC---G-A---------G-TAA-TG--C-------AG-GAT--------------GC-AT-C--------GTATC-G-TAA-----AGGG---GGCAT-----ATTG--C-T---CAG--CCCTA
gi|65950 : A-TGCTA-------TTGTA-TC--GAAA-ATC----A----ACGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA-ATC--------------GC-AT-C--------GAATC-G-AAA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTA
gi|65951 : -TA-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----CTGAA--TCA-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-TG--C-------AA-TAT--------------GG-GT-T--------GTATC-A-TGA-----AGTT---GTCGC-----ATCG-TT-T---CAG--CCTTA
gi|65952 : -TG-TA-------TCGAA-TC--AAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA-ATC--------------GC-AT-T--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTAG
gi|65953 : -TG-TA-------TCGAA-TT--GAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CA--A-------AA-ATC--------------GA-AT-C--------GAATT-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTA
gi|65954 : -TG-TA-------TCGAA-TT--GAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------A-TAT-CT--A-------AA---------------------AT-T--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTAG
gi|65955 : -TG-TA-------TCGAA-TC--GAAA-ATT----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--ACCTA
gi|65956 : -TG-TA-------TCAAA-TC--GAAA-ATCTGACA----TCGAA--TTG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CA--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAA--CCCTA
gi|65957 : -TG-TA-------TCAAA-TC--TAAA-ATC----A----TCGAA--TCA-----ACACTA-A-A---------G-TAT-CG--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAT--CCCTA
gi|65958 : -TA-TA-------TAGTA-TC--GAGATAC-----A----T-GTA--TCG-T-A-ACGC---G-T---------G-TAT-CG--A-------GA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TAA-----GCTT---TGTGT-----ATTG-TC-C---CAT--CCCTAG
gi|65959 : A-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TAA-T-C-GCAC---A-ACCATGACAAG-TTT-TG--C-------AA-TATACATGTAATACTATGT-AT-T--------GTATT-G-TGA-----AAGT---AATGT-----TTCA-GT-T---CAG--CCCTAG
gi|65960 : T-----A----TTGTA--TCG-T-G-AGTT---A-A---------A-TAT-CG--T-------GA-TAC--------------AT-AT-C--------GTATT-G-TGA-----GGTG---GGTGT-----ATCG-TTGTGCACAG--CCCTAG
gi|65961 : AC---A-A---------T-TAT-TG--T-------AA-TAT--------------GT-AT-T--------GTGTC-A-TAA-----AGGG---GGTGT-----ATCG-TT-T---CAG--TGCTAG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111111
lowQualScore : 1 3 7777 33 1 1 5555555 1 44 1 22222 3333 4 22 222 1 555 1 555555555 1 1 4444444444 33 00000000000000 22 1 55555555 1 22 66666 3333 0 33333 1 3 222 22
lowQualScore : . . .... .. . . ....... . .. . ..... .... . .. ... . ... . ......... . . .......... .. .............. .. . ........ . .. ..... .... . ..... . . ... ..
lowQualScore : 3 6 7777 99 6 6 2222222 5 22 5 66666 1111 7 00 444 5 999 4 777777777 4 4 9999999999 11 77777777777777 55 5 44444444 5 88 99999 0000 1 77777 5 0 666 00
consensus : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TCGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
Reference ( family-581 ) : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TCGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65934 : TTAAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65935 : TTAAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65936 : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCGAT-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65937 : TTTAAGATGT-TT-CTT----CTTTC--AAAAATG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65938 : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65939 : TTAAAGTGTATTTCTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTAATT--GAAA-AT-----ACTTTTTGAAGATCG-T-G-GCACG--A-A---------G-TAT-TG--C-------A--TAC--------------GT-ATTC--------GTATC-G---G-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65940 : TTTAAGAT-TATC---T----CTTCA--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTG-A--TCG-T-GCGCAC---A-A---------T-AAT-CG--C-------AA-TAC--------------GTAAT-C--------GTATC-G-T-A-----AGGG---GCCGA-----TTCG-TT-T---CAG---CCTAG
gi|65941 : AAGATGTAT--CTT----CTTTCCGGAAA-TG-TA-------TCGTA-TTGAGAAA-AT-----A----T-GAA--TCG-TCG-GCAC---ACA---------G-TAT-CG--C-------AACTAT--------------AT-AT-CGTTTCTCAGTATC-GCTGA-----AGAG---GGGAT-----ATGT-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65942 : AAGATGTATT-CTTTTTCCTTCC--AAAC-AG-TGAGTCCACTCGTA-TTTTGAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------GTTATGCG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------G-ATTGG-TGA-----A-GG---GGCGTATAGAATCG-TTCT---CAGAACCCT
gi|65943 : TGT-TT-TTT----CTGTC--AAA--TG-TA-------TCGTA-TT--GAGA-AC-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAT---A-A---------A-TAC-TGCCC-------AT-TTC--------------GT-AT-C--------GTATC-----A-----A--A---GACGT-----ACTG-TT-T---CAG--CCCT
gi|65944 : TGTT-TTT----CTGTC--AAA--TG-TA-------TCGTA-TT--G-AA-AC-----A----TTGAA--TCA-T---GCATTAAA-A---------C-TGC-C---C-------AT-TTC--------------G--AT-C--------GTATC-----A-----A--A---GACGT-----ACTG-TT-T---CAG--CCTTA
gi|65945 : TTT--AAGA-TA-TA-------TCGTA-TT--AAAA-AT-----A----CTGGA--TC-------------A-A---------G-TAT-TC--C-------AA-TAC--------------GC-AT-T--------ATATC-A-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CC
gi|65946 : C--AAAA-TA-TC-------TCGGA-TT--GAAA-GT-----A----TAGAA--TTG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-TG--C-------AA-TA
gi|65947 : --AAGA-TA-TA-------CCGTG-CT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TTA-T-G-ACAT---A-A---------G-TAT-TG--CAATAGTGAA-TAC--------------GC-AT-C--------ATATA-G-TGAAAGG-AGGG---GGCAC-----ATCACCC-C---CAG--CCCTAG
gi|65948 : AAA-TG-TA-------TTGTA-TT--GAAA-TT-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-AG--C-------AA-TACAT------------GT-AT-C--------CTGTT-G-TGAAAGCTAGGGACCGGTGT-----ATTG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65949 : AAT-TG-TA-------TCATA-TA--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAC---G-A---------G-TAA-TG--C-------AG-GAT--------------GC-AT-C--------GTATC-G-TAA-----AGGG---GGCAT-----ATTG--C-T---CAG--CCCTA
gi|65950 : A-TGCTA-------TTGTA-TC--GAAA-ATC----A----ACGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA-ATC--------------GC-AT-C--------GAATC-G-AAA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTA
gi|65951 : -TA-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----CTGAA--TCA-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-TG--C-------AA-TAT--------------GG-GT-T--------GTATC-A-TGA-----AGTT---GTCGC-----ATCG-TT-T---CAG--CCTTA
gi|65952 : -TG-TA-------TCGAA-TC--AAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA-ATC--------------GC-AT-T--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTAG
gi|65953 : -TG-TA-------TCGAA-TT--GAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CA--A-------AA-ATC--------------GA-AT-C--------GAATT-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTA
gi|65954 : -TG-TA-------TCGAA-TT--GAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------A-TAT-CT--A-------AA---------------------AT-T--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTAG
gi|65955 : -TG-TA-------TCGAA-TC--GAAA-ATT----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--ACCTA
gi|65956 : -TG-TA-------TCAAA-TC--GAAA-ATCTGACA----TCGAA--TTG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CA--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAA--CCCTA
gi|65957 : -TG-TA-------TCAAA-TC--TAAA-ATC----A----TCGAA--TCA-----ACACTA-A-A---------G-TAT-CG--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAT--CCCTA
gi|65958 : -TA-TA-------TAGTA-TC--GAGATAC-----A----T-GTA--TCG-T-A-ACGC---G-T---------G-TAT-CG--A-------GA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TAA-----GCTT---TGTGT-----ATTG-TC-C---CAT--CCCTAG
gi|65959 : A-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TAA-T-C-GCAC---A-ACCATGACAAG-TTT-TG--C-------AA-TATACATGTAATACTATGT-AT-T--------GTATT-G-TGA-----AAGT---AATGT-----TTCA-GT-T---CAG--CCCTAG
gi|65960 : T-----A----TTGTA--TCG-T-G-AGTT---A-A---------A-TAT-CG--T-------GA-TAC--------------AT-AT-C--------GTATT-G-TGA-----GGTG---GGTGT-----ATCG-TTGTGCACAG--CCCTAG
gi|65961 : AC---A-A---------T-TAT-TG--T-------AA-TAT--------------GT-AT-T--------GTGTC-A-TAA-----AGGG---GGTGT-----ATCG-TT-T---CAG--TGCTAG
blockSeqs : A T TTTC CG A C AGTCCAC A GA T CTGAC CTTT T GA AT C TAA C CCATGACAA T G CAATAGTG CT ACATGTAATACTAT TA T GTTTCTCA G CT AAGCT GACC ATAGA C C GCA AA
blockSeqs : A . . . . . . . TT . C . T . TC . TA . . . . CCC T AT T . . . T AAGG G . . G . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . C . T . T . G . . . . C T . T . . . T . G . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . C . T . T . . . . . . C T . T . . . T . G . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . C . T . T . . . . . . C T . T . . . T . G . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . T . T . T . . . . . . C T . T . . . T . G . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . C . T . T . . . . . . C T . T . . . T . G . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . C T . T . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . C T . T . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . C T . C . . . T . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . . . . . . C T . C . . . T . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . C T . T . . . A . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . C T . C . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . T . . . . . . C T . C . . . A . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . A . . . . . . C G . G . . . A . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . T . . . . . . A A . C . . . A . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . A . . . . . . C T . A . . . A . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . A . . . . . . A A . T . . . A . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . A . . . . . . A A . T . . . A . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . A . . . . . . A T . T . . . T . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . A . . . . . . A T . T . . . T . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . T . . . . . . A T . . . . . T . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . T . . . . . . A T . . . . . T . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . T . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T .
blockSeqCons :
originalCons : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TCGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
finalCons : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TCGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111111
lowQualScore : 1 3 7777 33 1 1 5555555 1 44 1 22222 3333 4 22 222 1 555 1 555555555 1 1 4444444444 33 00000000000000 22 1 55555555 1 22 66666 3333 0 33333 1 3 222 22
lowQualScore : . . .... .. . . ....... . .. . ..... .... . .. ... . ... . ......... . . .......... .. .............. .. . ........ . .. ..... .... . ..... . . ... ..
lowQualScore : 3 6 7777 99 6 6 2222222 5 22 5 66666 1111 7 00 444 5 999 4 777777777 4 4 9999999999 11 77777777777777 55 5 44444444 5 88 99999 0000 1 77777 5 0 666 00
consensus : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TCGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
Reference ( family-581 ) : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TCGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65934 : TTAAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65935 : TTAAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65936 : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCGAT-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65937 : TTTAAGATGT-TT-CTT----CTTTC--AAAAATG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTAG
gi|65938 : TTTAAGATGTATT-CTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-CG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65939 : TTAAAGTGTATTTCTT----CTTTC--AAAA-TG-TA-------TCGTAATT--GAAA-AT-----ACTTTTTGAAGATCG-T-G-GCACG--A-A---------G-TAT-TG--C-------A--TAC--------------GT-ATTC--------GTATC-G---G-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65940 : TTTAAGAT-TATC---T----CTTCA--AAAA-TG-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----TTG-A--TCG-T-GCGCAC---A-A---------T-AAT-CG--C-------AA-TAC--------------GTAAT-C--------GTATC-G-T-A-----AGGG---GCCGA-----TTCG-TT-T---CAG---CCTAG
gi|65941 : AAGATGTAT--CTT----CTTTCCGGAAA-TG-TA-------TCGTA-TTGAGAAA-AT-----A----T-GAA--TCG-TCG-GCAC---ACA---------G-TAT-CG--C-------AACTAT--------------AT-AT-CGTTTCTCAGTATC-GCTGA-----AGAG---GGGAT-----ATGT-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65942 : AAGATGTATT-CTTTTTCCTTCC--AAAC-AG-TGAGTCCACTCGTA-TTTTGAAA-AT-----A----TTGAA--TCG-T-G-GCAC---A-A---------GTTATGCG--C-------AA-TAC--------------GT-AT-C--------G-ATTGG-TGA-----A-GG---GGCGTATAGAATCG-TTCT---CAGAACCCT
gi|65943 : TGT-TT-TTT----CTGTC--AAA--TG-TA-------TCGTA-TT--GAGA-AC-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAT---A-A---------A-TAC-TGCCC-------AT-TTC--------------GT-AT-C--------GTATC-----A-----A--A---GACGT-----ACTG-TT-T---CAG--CCCT
gi|65944 : TGTT-TTT----CTGTC--AAA--TG-TA-------TCGTA-TT--G-AA-AC-----A----TTGAA--TCA-T---GCATTAAA-A---------C-TGC-C---C-------AT-TTC--------------G--AT-C--------GTATC-----A-----A--A---GACGT-----ACTG-TT-T---CAG--CCTTA
gi|65945 : TTT--AAGA-TA-TA-------TCGTA-TT--AAAA-AT-----A----CTGGA--TC-------------A-A---------G-TAT-TC--C-------AA-TAC--------------GC-AT-T--------ATATC-A-TGA-----AGGG---GGCGT-----ATCG-TT-T---CAG--CC
gi|65946 : C--AAAA-TA-TC-------TCGGA-TT--GAAA-GT-----A----TAGAA--TTG-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-TG--C-------AA-TA
gi|65947 : --AAGA-TA-TA-------CCGTG-CT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TTA-T-G-ACAT---A-A---------G-TAT-TG--CAATAGTGAA-TAC--------------GC-AT-C--------ATATA-G-TGAAAGG-AGGG---GGCAC-----ATCACCC-C---CAG--CCCTAG
gi|65948 : AAA-TG-TA-------TTGTA-TT--GAAA-TT-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-AG--C-------AA-TACAT------------GT-AT-C--------CTGTT-G-TGAAAGCTAGGGACCGGTGT-----ATTG-TT-T---CAG--CCCTA
gi|65949 : AAT-TG-TA-------TCATA-TA--GAAA-AT-----A----TTGAA--TCA-T-G-GCAC---G-A---------G-TAA-TG--C-------AG-GAT--------------GC-AT-C--------GTATC-G-TAA-----AGGG---GGCAT-----ATTG--C-T---CAG--CCCTA
gi|65950 : A-TGCTA-------TTGTA-TC--GAAA-ATC----A----ACGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA-ATC--------------GC-AT-C--------GAATC-G-AAA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTA
gi|65951 : -TA-TA-------TCGTA-TT--GAAA-AT-----A----CTGAA--TCA-T-G-GCAC---A-A---------G-TAT-TG--C-------AA-TAT--------------GG-GT-T--------GTATC-A-TGA-----AGTT---GTCGC-----ATCG-TT-T---CAG--CCTTA
gi|65952 : -TG-TA-------TCGAA-TC--AAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA-ATC--------------GC-AT-T--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTAG
gi|65953 : -TG-TA-------TCGAA-TT--GAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CA--A-------AA-ATC--------------GA-AT-C--------GAATT-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTA
gi|65954 : -TG-TA-------TCGAA-TT--GAAA-ATC----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------A-TAT-CT--A-------AA---------------------AT-T--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAC--CCCTAG
gi|65955 : -TG-TA-------TCGAA-TC--GAAA-ATT----A----TCGAA--TCG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CG--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGC-----ATCG-TT-T---CAC--ACCTA
gi|65956 : -TG-TA-------TCAAA-TC--GAAA-ATCTGACA----TCGAA--TTG-A-G-ACTA---A-A---------G-TAT-CA--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAA--CCCTA
gi|65957 : -TG-TA-------TCAAA-TC--TAAA-ATC----A----TCGAA--TCA-----ACACTA-A-A---------G-TAT-CG--A-------AA---------------------AT-C--------GAATC-G-AGA-----AGGT---ACTGT-----ATCG-TT-T---CAT--CCCTA
gi|65958 : -TA-TA-------TAGTA-TC--GAGATAC-----A----T-GTA--TCG-T-A-ACGC---G-T---------G-TAT-CG--A-------GA-TAC--------------GT-AT-C--------GTATC-G-TAA-----GCTT---TGTGT-----ATTG-TC-C---CAT--CCCTAG
gi|65959 : A-TT--GAAA-AT-----A----TTGAA--TAA-T-C-GCAC---A-ACCATGACAAG-TTT-TG--C-------AA-TATACATGTAATACTATGT-AT-T--------GTATT-G-TGA-----AAGT---AATGT-----TTCA-GT-T---CAG--CCCTAG
gi|65960 : T-----A----TTGTA--TCG-T-G-AGTT---A-A---------A-TAT-CG--T-------GA-TAC--------------AT-AT-C--------GTATT-G-TGA-----GGTG---GGTGT-----ATCG-TTGTGCACAG--CCCTAG
gi|65961 : AC---A-A---------T-TAT-TG--T-------AA-TAT--------------GT-AT-T--------GTGTC-A-TAA-----AGGG---GGTGT-----ATCG-TT-T---CAG--TGCTAG