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lowQualScore                  :       .        . . ....    .. ..           .........      .   ..    ...........................  ..... . . .  ..           ..       ... .   .  .  .  .. .  .....    . .. ..    .       .           .  .............     .. . .      ...    ..  ... .     .... ...  . .   .  .  .  ........   ...  ... .   .  .. ...  .. .   .  .  .  .            
lowQualScore                  :       6        4 3 5555    22 22           333333333      1   22    555555555555555555555555555  77777 1 1 3  22           22       444 0   5  5  5  44 5  22222    5 44 44    5       0           1  4444444444444     22 8 8      222    88  555 0     2222 555  0 0   9  9  9  99999999   222  222 8   8  55 222  55 8   9  9  9  9            
consensus                     : TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCA----------------TA---------AT-----T-C-T-GT--ACCCTGTAATGGCGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTCGTNTCCAGAAGTTC-AA----A-TA-A-TCGATTTT-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
Reference ( gi|94346 )        : TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCA----------------TA---------AT-----T-C-T-GT--ACCCTGTAATGAAGAGCGTA---CCCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTCATTTCCAGAAGTTC-AA----A-TA-A-TTGATTTT-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94347                      : TTTTGT-ACTCTCAAGA-G----AGCA--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCA----------------TA---------AT-----T-C-T-GT--ACCCTGTAATGACGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GACATGATGTG-G--C--AAAA-ATCTCATTTCCAGAAGCTC-AA----A-TA-A-TCGAGTTT-A-T-AATCGA---TCTT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94349                      : TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGTG--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCA----------------TA---------AT-----T-C-T-GT--ACCCTGTAATGAAGAGCGTA---CTAGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTCATTT-GGGAAGTTC-AA----A-TA-A-TCTTTTTC-A-T-AATTGA---TCGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94348                      : TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--T--CTCATGCCCTT---------GATTGG-CGA--TTCA----------------TA---------AT-----T-C-T-GT--ACCCTGTAATGACGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTCATTTCCAGA--TTCAAA----A-TA-A-TCGATTTT-A-T-AATCGA---TTGT--GT---A-CTACC----A---ATAT-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TTG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACT
gi|94350                      : TTTTGT-ACTCTCAGGA-GCTAGAGCG--C--CTCGTGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCA----------------TA---------AT-----T-C-TTGT--ACCCTGTAATGGCGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--T--AAAA-ATCTTGTGTCCAGAAGTTC-AA----A-TA-A-TCGATTTT-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-TTGCC----G---AT-T-CAA-TT-TG-AT--------AAT---CA---A-TAG-TA--A---AT--A-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94351                      : TTTGGT-ATTCT----ATG----AGCG--T--CTCATGCCCTA---------GATAGG-CAA--TTCA----------------TA---------AT-----T-C-TTGT--ACCCTGTAATGGCGCGCATA---CTCAA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTCATGTCCAGAAGTTC-AA----A-----------------T-AATCGA---TTGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTAAAACACTA
gi|94352                      : TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCA----------------TA---------ATATTATT-C-T-GT--ACCCTATAATGACGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TCTT-G--C--AAAA-ATCTCATTTCCAGAAGTTC-AA----A-TA-A-TCGATTTT-A-T-AATCGA---T
gi|94354                      : TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--C--CTC--------------------------A--TT-----------------------------AT-----T-C-TTGT--ACCCTGTAATGGCGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--T--AAAA-ATCTTGTGTCCAGAAGTTC-AA----A-------------------AATCGA---TCAT--GT---A-TTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CA---A-TAG-TA--A---AT--A-TTG-TC-CG-AT-TT
gi|94355                      : TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCA--C--CTCATACCCTG---------GATAGG-CGA--TTCA----------------TA---------AC-----TAT-T-GT--ACCCTGTAATGTCGAGCATA---CTCGA-TT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTTGTGTCCAG
gi|94353                      : TTTTGTTACTCTCAG-A-G----AGCG--T--CTCATGCTCTG----------ATAG--CG---TTCA----------------AAT--------AT-----T-C-G-CT--ACC-TATAATGATGAGC-TA---CTCGA-GT-AT-TC--T-GA-----TCTT-G--CCAAAAA-ATCTCATT--CAAGAGTTC-AA----A-TA-ACTCGATTTT-A-TAAATCGA---T
gi|94356                      : TCTTGT-ACTCGCAGGT-G----AGCG--T--TTCGTGCCCTG---------ACTAGG-TGA--TTCATCTCTCGTGCCTTGATTAGGCGTTTCCAT-----T-CGT-GT--GTCCTGTAATGGCCAACGTA---TTCGA-GT-GC-TC--T-GA-----TGTG-G--T--GAAA-ATCTCGTGTCCA
gi|94357                      :   TTGT--CTCTCAG-A-G----AGC---T--CTCATACCC-----------GA--GG--GA--T-CA----------------TA---------AT-----T-C-T-GT----CCTTTAATGCAGAT--TA---TTCGA-GT-AT-CC--TTGA------GTGTG--C--AAAA-ATTTCATTTCCAGAAGTTG-AA----A----A-T-GATTT--A-T-AATCGA---CCGT--TT---A---ACC----G---AT-C---A-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-AAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-ATCTTTACAACACTA
gi|94358                      :          TCTCAGGA-G----AGCGCCT--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCA----------------TA---------GT-----T-C-TCGT--GACCTGTAATGGCGAGCGTA---CTTGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTTGTGTCCAGAAGTTC-AA--------------------A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-TTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CA---A-TAG-TA--A---AT--A-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94359                      :                    ----AGCG--TAACTCATGTCATGCCATAAATTGATAGGGCAACTTTCA----------------TAG--------AT-----T-C-T-GTTTACCCTGTAATGC-GAGCATGACTCTCAATGTTAT-CTATT-GA-----TGTG-G--C--AAAAAATCTCATGTCAAGAAGTTC-AA----A-TATA-TCGATTGT-GCT-AACTGA---GC-T--GT---A-T-------------T-T-CAA-TTGCG-AT--------AATAAACG---A-TAG-TAGTA---ATGGT-TTG-TC-CGTTT-TTTAAAACACTA
gi|94360                      :                                                                                                                       TAATGGCGA-CGTA---TTCGA-GT-AA-CT--T-GA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTTGTGTCCA-AAG-TC-AA----A-TA-A-TCGATTTT-A-T-AATCG----TCGT--GT---A-TT-CC----G---AT-T-CAA-TT-TGAAT--------AAT---CA---A-TAGCTA--A---AT--A-TTGTTC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94361                      :                                                                                                                              GAGTG-A---CTCGA-GT-ATTCC--T-GA-----TGTG-GAAT--AAAA-ATCTTGTT-CCAGAAGTTT-AA----AATA-A-TCAATTTT-A-T-AATCGC---ACGT---T---ATTTGCC----GAATAT-TACAA-AT--A-ATAACATAAAAAT---CGGGAA-TAG-TA--AAATAT--TACTG-TCACG-A--TTTACAACA
gi|94362                      :                                                                                                                               AGCGTA---TTCGA-GT-AT-CC--T-AA-----TGTG-G--C--AAAA-ATCTCATTTCCAGAAGTTC-A
gi|94364                      :                                                                                                                                                                                            AGAAATTC-AATTTGA-TA---TCGATTTTCA-T-AATCGACATTTGTTTGTTTTA-CTGCG----A---AT-T-CAATTT-CG-A---------AAT---CG---ATTAG-T---A---AT--T-TTA-TC-CG-A--TTTACAAC-CTA
gi|94365                      :                                                                                                                                                                                             GAAGTTC-TA----A-TA-A-TCGATTTC-A-T-AATCGA---TTGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-AA-AT--------AAT---CG---A-TGG-TA--A---AT--T-TAG-TT-CG-AT-TTTACAACACTA
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gi|94363                      :                                                                                                                                                                                                                      TTTT-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CCACC----A---AA-T-CAA-CT-CG-AC--------AGC---CA---T-TAG-TA--A---AT--T-
gi|94371                      :                                                                                                                                                                       tatcctgagatgtggcaacaagttcaagtaaccccccccccaaccccctcc-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CCGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAT-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94372                      :                                                                                                                                                                                                                                                                        AA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AC-TTTACAACACTA
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Reference ( family-578 )      :                                               TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCATA-AT-----T-C-T-GT--ACCCTGTAATGGCGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAAA-TCTCGTGTCCAGAAGTTC-AA----A-TA-A-TC--------GA--------TTTT-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
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Reference ( family-578 )      :                                               TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCATA-AT-----T-C-T-GT--ACCCTGTAATGGCGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAAA-TCTCGTGTCCAGAAGTTC-AA----A-TA-A-TC--------GA--------TTTT-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
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gi|94352                      :                                               TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCATA-ATATTATT-C-T-GT--ACCCTATAATGACGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TCTT-G--C--AAAAA-TCTCATTTCCAGAAGTTC-AA----A-TA-A-TC--------GA--------TTTT-A-T-AATCGA---T
gi|94353                      :                                               TTTTGTTACTCTCAG-A-G----AGCG--T--CTCATGCTCTG----------ATAG--CG---TTCAAATAT-----T-C-G-CT--ACC-TATAATGATGAGC-TA---CTCGA-GT-AT-TC--T-GA-----TCTT-G--CCAAAAAA-TCTCAT-TCAAG-AGTTC-AA----A-TA-ACTC--------GA--------TTTT-A-TAAATCGA---T
gi|94354                      :                                               TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--C--CTCAT-----------------TA--------TTC-------------T-T-GT--ACCCTGTAATGGCGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--T--AAAAA-TCTTGTGTCCAGAAGTTC-AA----A-----------------------------------AATCGA---TCAT--GT---A-TTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CA---A-TAG-TA--A---AT--A-TTG-TC-CG-AT-TT
gi|94355                      :                                               TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCA--C--CTCATACCCTG---------GATAGG-CGA--TTCATA-AC-----TAT-T-GT--ACCCTGTAATGTCGAGCATA---CTCGA-TT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAAA-TCTTGTGTCCAG
gi|94356                      :                                               TCTTGT-ACTCGCAGGT-G----AGCG--T--TTCGTGCCCTG---------ACTAGG-TGA--TTCAT
gi|94356                      :                                                                          --T--CTCGTGCCTTG---------ATTAGG-CGT--TTCC---AT-----T-CGT-GT--GTCCTGTAATGGCCAACGTA---TTCGA-GT-GC-TC--T-GA-----TGTG-G--T--GAAAA-TCTCGTGTCCActctcgtgccttgattaggcgtttccattcgtgtgtcctgtaatggccaacgtattcgagtgctctgatgtggtgaaaatctcgtgtcca
gi|94357                      : tcttgtactcgcaggtgagcgtttcgtgccctgactaggtgattcatcTTGT--CTCTCAG-A-G----AGC---T--CTCATACCC-----------GA--GG--GA--T-CATA-AT-----T-C-T-GT----CCTTTAATG-C-AGATTA---TTCGA-GT-AT-CC--TTGA------GTGTG--C--AAAAA-TTTCATTTCCAGAAGTTG-AA----A----A-T---------GA--------TTT--A-T-AATCGA---CCGT--TT---A---ACC----G---AT-C---A-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-AAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-ATCTTTACAACACTA
gi|94358                      :                                                        TCTCAGGA-G----AGCGCCT--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCATA-GT-----T-C-TCGT--GACCTGTAATGGCGAGCGTA---CTTGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAAA-TCTTGTGTCCAGAAGTTC-AA------------------------------------A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-TTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CA---A-TAG-TA--A---AT--A-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94359                      :                                                                  ----AGCG--TAACTCATGTCATGCCATAAATTGATAGGGCAACTTTCATAGAT-----T-C-T-GTTTACCCTGTAATG-CGAGCATGACTCTCAATGTTAT-CTATT-GA-----TGTG-G--C--AAAAAATCTCATGTCAAGAAGTTC-AA----A-TATA-TC--------GA--------TTGT-GCT-AACTGA---GC-T--GT---A-T-------------T-T-CAA-TTGCG-AT--------AATAAACG---A-TAG-TAGTA---ATGGT-TTG-TC-CGTTT-TTTAAAACACTA
gi|94360                      :                                                                                                                                             TAATGGCGA-CGTA---TTCGA-GT-AA-CT--T-GA-----TGTG-G--C--AAAAA-TCTTGTGTCCA-AAG-TC-AA----A-TA-A-TC--------GA--------TTTT-A-T-AATCG----TCGT--GT---A-TT-CC----G---AT-T-CAA-TT-TGAAT--------AAT---CA---A-TAGCTA--A---AT--A-TTGTTC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94361                      :                                                                                                                                                    GAGTG-A---CTCGA-GT-ATTCC--T-GA-----TGTG-GAAT--AAAAA-TCTTGT-TCCAGAAGTTT-AA----AATA-A-TC--------AA--------TTTT-A-T-AATCGC---ACGT---T---ATTTGCC----GAATAT-TACAA-AT--A-ATAACATAAAAAT---CGGGAA-TAG-TA--AAATAT--TACTG-TCACG-A--TTTACAACA
gi|94362                      :                                                                                                                                                     AGCGTA---TTCGA-GT-AT-CC--T-AA-----TGTG-G--C--AAAAA-TCTCATTTCCAGAAGTTC-A
gi|94363                      :                                                                                                                                                                     T-AT-CC--T-GAGA---TGTG-G--C--AA-------------CA--AGTTC-AA----G-TA-A-CCCCCCCCCCAACCCCCTCCTTTT-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CCACC----A---AA-T-CAA-CT-CG-AC--------AGC---CA---T-TAG-TA--A---AT--T-
gi|94364                      :                                                                                                                                                                                                                  AGAAATTC-AATTTGA-TA---TC--------GA--------TTTTCA-T-AATCGACATTTGTTTGTTTTA-CTGCG----A---AT-T-CAATTT-CG-A---------AAT---CG---ATTAG-T---A---AT--T-TTA-TC-CG-A--TTTACAAC-CTA
gi|94365                      :                                                                                                                                                                                                                   GAAGTTC-TA----A-TA-A-TC--------GA--------TTTC-A-T-AATCGA---TTGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-AA-AT--------AAT---CG---A-TGG-TA--A---AT--T-TAG-TT-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94366                      :                                                                                                                                                                                                                   GAAGTTC-AA----T-TG-A-TC--------AA--------TTTC-A-T-AATTGA---ATGT--GT---A-CTGCC----A---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--C---AG--T-TTG-TC-TG-AT-TTAACAACACTA
gi|94367                      :                                                                                                                                                                                                                   GAAGTTA-AA----T-TG-A-TC--------GA--------TTTC-A-T-AATTGA---ATGT--GT---A-CTGCT----G---AT-T-GAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AG--T-TTG-TC-CG-AT-TTTAAAGCACTA
gi|94368                      :                                                                                                                                                                                                                   GAAGTTC-AA----T-TG-A-TC--------GA--------TTTC-A-T-AATCGA---TT-T--GT------TGTCATACG---AT-T-CA---T-TG-AT--------ATA---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94369                      :                                                                                                                                                                                                                                       -TC--------GA--------TTTT-T-T-AATCGA---TTAT--AC---A-CTTCC----G---AT-T-ATA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TTA-TG--A---AA--A-TTG-TC-CG-AT-TTCCCATCACTA
gi|94370                      :                                                                                                                                                                                                                                                   A--------TTTT-C-T-AATTGA---TCGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TG-CG-AT--------AAT---TG---A-TAG-TC--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94371                      :                                                                                                                                                                                                                                                                -A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CCGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAT-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
gi|94372                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AC-TTTACAACACTA
gi|94373                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TT-CG-AT-TTTACAACACTA


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blockSeqs                     :                                                     .          . .       .  .            .              .   .       .  .     . . .  .            A        .       .  .  .  .  .  .        . .  .      .      G           .  A       . .  .         .           . . .      .      .   .   .     .    .    . .   .  .  .  .          .    .   .   .  .  .    .  .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                     .          . .       .  .            .              .   .       .  .     . . .  .            G        .       .  .  .  .  .  .        . .  .      .      G           .  A       . .  .         .           . . .      .      .   .   .     .    .    . .   .  .  .  .          .    .   .   .  .  .    .  .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                     .          . .       .  .            .              .   .       .  .     . . .  .            T        .       .  .  .  .  .  .        . .  .      .      T           .  A       . .  .         .           . . .      .      .   .   .     .    .    . .   .  .  .  .          .    .   .   .  .  .    .  .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                     .          . .       .  .            .              .   .       .  .     . . .  .            G        .       .  .  .  .  .  .        . .  .      .      G           .  A       . .  .         .           . . .      .      .   .   .     .    .    . .   .  .  .  .          .    .   .   .  .  .    .  .   .  .  .  .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                           .       .  .  .  .  .  .        . .  .      .      .           .  A       . .  .         .           . . .      .      .   .   .     .    .    . .   .  .  .  .          .    .   .   .  .  .    .  .   .  .  .  .
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blockSeqCons                  :                                               
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Reference ( family-578 )      :                                               TTTTGT-ACTCTCAGGA-G----AGCG--T--CTCATGCCCTG---------GATAGG-CGA--TTCATA-AT-----T-C-T-GT--ACCCTGTAATGGCGAGCGTA---CTCGA-GT-AT-CC--T-GA-----TGTG-G--C--AAAAA-TCTCGTGTCCAGAAGTTC-AA----A-TA-A-TC--------GA--------TTTT-A-T-AATCGA---TCGT--GT---A-CTGCC----G---AT-T-CAA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AT-TTTACAACACTA
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gi|94372                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AA-TT-CG-AT--------AAT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TC-CG-AC-TTTACAACACTA
gi|94373                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AT---CG---A-TAG-TA--A---AT--T-TTG-TT-CG-AT-TTTACAACACTA