lowQualScore : 3333 11 1111111111111 1 111 1111111111111 77777777 1
lowQualScore : 1111 2 33 33 77 444 5555 2 33 33 444 33 2 2 888888 2 4 0 555555 555 1 22 0 77777 555 2222222222222 2 1 333 22 999 44444 222 1 22 1 22 555 1 1 22 5555 1 22 666666 44444 22 22 22 44444 1 333 5555 5555555555 7777777777777 1 1 1 2 1 1 1 11111111 1 2 333 2 1 77777777 3 3
lowQualScore : .... . .. .. .. ... .... . .. .. ... .. . . ...... . . . ...... ... . .. . ..... ... ............. . . ... .. ... ..... ... . .. . .. ... . . .. .... . .. ...... ..... .. .. .. ..... . ... .... .......... ............. . . . . . . . ........ . . ... . . ........ . .
lowQualScore : 9999 5 44 44 22 444 3333 5 44 22 111 22 3 1 999999 1 1 2 888888 555 9 66 4 66666 222 9999999999999 0 3 222 55 000 55555 777 5 00 5 00 777 5 5 11 4444 5 11 000000 00000 33 33 55 22222 8 222 7777 5555555555 3333333333333 9 9 9 1 9 9 1 55555555 1 0 777 2 7 00000000 6 0
consensus : TTTTTTTA----T-TTC--TC--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT---GCACAAAACC------CG---CGCACGGCCT---GC--GT--CAGCTA-----GGTTACCG---GG-CGAG--TCA-TT--CC--A-AGAG-T--GAC----T-CG--C------AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A----C-----T----CCCCCC-----------G-T-T-TTCT-CCGA-AAGG-ATGGG-----CGAT-CC---ATAG-CCTAAACTGG-C------TTGAACGGGGAAACAA
Reference ( gi|79071 ) : TTTTTTTA--AAT-TTC--TC--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----AT---GCACAAAACC------CA---TACACGGCAT---GC--GC--CAGCTA-----GGTTACCG---GG-CGAG--TCA-TT--CA--A-AGAG-T--GAC----T-CG--C------AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A----C-----T----CCCCCC-----------A-T-T-TTCT-CTGA-AAGG-ATGGGAT--CCGAT-CC---ATAG-CCTAAAGTGG-C------TTGAACGGGGAAATAA
gi|79074 : TTTTTTTA--A-T-TTCCCTC--T--T---TT----C-CGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TA-CTATGCATCTAAT------GTT---AACTGCA-CC--TAGGTC----GG---GCACAAAACC------CG---GACACAGTCT---GC--GT--CAGCTA-----GGTTACCT---GG-CGAA--CCA-TT--CC--A-AGAG-T--GAC----T-CG--C------AC-----CGA--A--CTA--T--T--A-C---A----CCCCCTC----CCCCCC-----------G-T-T-TTCT-CCGA-AAGG-ATGG------CG-T-CC---ATAG-CCTAAACCGA-C------TTGAACGGGAAAATAA
gi|79070 : TTTTTTTA----T-TTC--TT--TGTT---TT----C-GATATACC--TT---AA--AAGTAAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GCT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT---ACACAAAATC------CG---CGTACAACGT---GC--GT--CAGTTA-----GGTTATCG---GG-CTAG--TCA-TT--CC--A-AGAG-T--GAC----T-CG--C------AC-----CCA--A--CTA--T-------C---A----C-----T----CTCCCT-----------G-T-T-TTCT-CCAA-AAGG-AAG-------TGGT-TC---ATAG-CCTAAACTGG-C------TTGAACCTGGAAACAA
gi|79067 : TTTTTTCA----T-TTC--TT--T--T---TTTTTTC-GATA--CC--TA---AA--AAGTAA--A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT---GCACAAACCC------CG---CGTACGACCT---GC--GT--CAGTTA-----GGTTATCG---GG-CGAGTTTCA-TT--C---C-AGAG-T--GAC----T-CG--C------AC-----CCA--A--CTA--T--C--ACC---A----C-----C----CCCCCC-----------C-C-T-TTCT-CCGA-AAGG-AAG-------TGAT-TC---ATAG-CCTAAAGTGG-T------TTGAACCGGGAAAC
gi|79072 : TTTTTTTT--GAT-TTT--TC--T--T---TT----C-GATA--CC--TTTAAAA--AAACGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT---GCACAAATCC------CG---CGTACGACAT---GC--AT--TAGTTA-----GGTTACCG---GG-CGAT--TTA-TT--CC--A-AGAA-T--GAC----T-CG--C------AC-----CCA--A--CAA--T--C--A-C---A----C-----T-----CCTCC-----------G-G-T-TTCT-CCGT-AAGGAATG--------GAT-CC---ATAG-CCTAAACTGG-
gi|79068 : ttTTTTTTCA----T-TTC--TT--TGTT---TT----C-GATA--CC--TT---AA--AAGTAAT-ATA----A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT---GCACAAACCC------CG---CGTACGACCT---GC--GT--CAGTTA-----GGTTATCG---GG-CGAG--TCA-TT--CC--A-AGAG-T--GGG----C-AG--G------AC-----CGA--AGCCCA--C--C--A-A---C----C-----C----CCCCCC-----------C-T-T-TTCT-CCGA-AAGG-AAG-------TGAT-TC---ATAG-CCTAAAGTGG-T------TTGAACCGGGAAACAA
gi|79075 : TTTTTTTATGAAT-T-C--TT--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-CACCCATGTATCTAATATTAATGTT---AACTGCG-CC--AAGATC----GT---GCACAAAACC------CG---CGCACGGCCT---GC--GT--AAGCTA-----GGTTACCG---TG-CCAG--TCA-TT--TC--A-AAAG-T--GAC----T-CG--C------TC-----CCA--A--CTA--T--T--G-C---A----C-----C----CCCCCCCCCCCCCCCCCG-T-T-TTCT-CCAA-AAGG-ATGG-------GGT-CC---ATAG-CATAAACCGG-T------TTGAACGGGAAA
gi|79076 : TTTTTTTA--TTTCTTC--TC--T--T---TC----T-CGTA--CCCCTG---GAGGAAGC-AT-A------A-TATCCATGAATCTTAT------GTTT--ACATGCA-CC--TAGGCC----AT---GCAGCAAACC------CA---CGCACGGC-T---GG--TC--CAGCTA-----GGTTACCG---GGCCGAG--TCA-TTTCCA--A-AGAGTT--GAC----TCCG--CA-----AC-----CCAATA--CTATTT--T--A-C---AGCCCC-----C----CCCCCC-----------A-T-TCTTCT-CTGA-AAGG-ATGG-------GAT-CC---ATAG-TCT-AACTGGCC------TTGAACGGGGAAA
gi|79073 : TTTTTTTA----T-TTC--TC--TGTT---TT----C-GATA--CC--TT------------------------------T---TCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAAACC----GT---GTACAAAACC------TG---TGTACGACCT---GC--GT--CAGTTA-----GGTTATCG---GG-CGAG--TCA-TT--CC--A-TGAG-T--GAC----T-TG--C------AC-----TCA--A--CTA--T--C--A-C---A----C-----T----CCCCCC-----------G-C-T-TTCT-CCGA-AAGG-AAG-------TGGT-CC---ATAG-CCTTAACTGG-T------TTGAACAGGGAAACAA
gi|79078 : TTTTTTT---AAT-TTA--T---T--T---TT----C-GATA--TC--TT---GA--AAGCAAT-A------A-T-----TG---CCAAT---------------TGCA----------------------AC---ACC------CG---TGCACGACCT---GCTAAA--TAGTAG-----GGATACCA---GG-CAAG--TCT-TT--C---A-AGAG-T--GAA----T-CG--C------AC-----CCA--A--CGA--C--A--A-C---A----C-----C----CCCCCCCCTT-------G-T-T-TTCT-CCGA-AAGG-ATGGGGT--CTGAA-CC---
gi|79077 : TTTTTTTA----T-TTC--TT--TGTT---TT----C-GATA--TC--TT---AA--AAGTAAT-A------A-TATTCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT---GCACAAAATC------gggaa
gi|79079 : TTTTTTA--TTT-TTT--TC--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---TA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACagcgta
gi|79081 : TTTTTA--TTT-CTC--TC--T--T---TT----C-GGTA--CA--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCACGTATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT---GCACAAAACC------CA---CGTACGTCCT---GC--GT--CAGCTA-----GGTTACCG---GG-CGAG--TCA-TT--CC--A-ACAG-T--AGC----T-CG--C------AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A----C-----T----TTCCCC-----------A-T-T-TTCT-CTGA-AAGG-ATGGGAT--CCAA---------AG-CCTAAACTGT-C------TTGAACGGGGAAACAA
gi|79082 : TTTTTA----T-TTC--TC--TCAT---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT---GCACAAAACC------CA---CGCACGGCCT---GC--GT--CAGCTA-----GGTTACCG---GG-CGAG--TTA-TA--CC--A-AGAG-T--GAC----T-TG--C------GT-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A----A-----T----ACCCCC-----------A-T-T-TTCT-CTGA-AAAA-ATGG-------GAT-CC---ATAG-CCTAAACTGT-C------TTGAAC
gi|79080 : TTTTTA--TAT-CAT--TG--T--T---TT----C-GATA--CC--TT---AA--AGGTAAT-ACTAGTAA-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT---GCACAGAATC------CG---CGTATGACCT---GC--GT--CAGTTA-----GGTTATCG---GG-CGAG--TCA-TT--CC--A-AGAG-T--GAC----T-CG--C------AT-----CCA--A--CTA--T--C--A-C---A----C-----T----TCCCCC-----------G-T-T-TTCT-TCGA-AAGG-AAG-------TGGT-TC---ATAG-CCTAAACTGG-T------TTGAACCGTGAAACAA
gi|79069 : TTTTTA--TAT-TTC--TCTCT--T---TT----CGGGTA--CA--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TA-CCACGTATCTACT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT---GCACAAAACC------CA---CGTAC-TCCT----C--GT--CAGCTA-----GGTTA-CG---GG-CGAG--TCA-TC--CA--ACAGAG------C----T-CG--C------AC-----CC---A--CTA--T--T--A-C---A----C-----T-----TCCCC-----------A-T-T-TTCT-CTGA-AAGG-ATG--------GAG-CC---AAAG-CCGTAACTGT-C------TTGAAC-GGGAAACAA
gi|79083 : AT-TTC--TC--T--TCTTTT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGC----------------------ATCTAAT------GTT---ACATGCATCC--TAGGC-----AT---GCACAAAACC-------A---CACACGCCA----GC--GT--CAGCTA-----GGTCAC-G---GG-CGAG--TCA-TT--CC--A-AGAG-T--GA-----T-CG--C------AC-----TCC--A--CTA--T--TAAA-C---A----C-----T-----CCCCC-----------A-T-T-TTCT-CTGA-AAGG-ATGG-------GAT-CC---ATAG--CTAAACTGG-C------TTGAACGGGTAAATAA
gi|79084 : ttgtt--TT---AA--AA-CGTC-A------AGTGTCTGTGTATCCA-T------GTT-----------CC--TAGACC----GT---GTTTAAAACC------TA---CGCACGGTCT---AC--GT--CATCAA-----GATTACCG---GG-CGAG--TCG-TT--C
gi|79085 : tttctttagctaaatataAGCGGTTA------G-TA--CTTGCATCTAAA------GT----------A-C----AGGTC----GT---GTGCAAAACC------CG---TGCATGGCCT---GC--GT--TAGCAA-----TGTTACCG---GA-CGAG--TCG-TT--CC--A-AAAG-T--GACTCGAT-CG--C------AC-----CCA--A--CTA--C--T--A-C---A----C-----C----CCCCCC-----------C-CGT-TTCT-CCTA-AAGG-ATGGG------GGT-CC---ACAG-CCTAAACCGG-A------TTCAAC
gi|79086 : T-A------A-AACTCAAGTATACAAT------GTACCAACAT-CA-CCCATAGGCCCAACATC--GCACAAA-CC------CA---CACACGGCCT---GC--TCTTTAGCTA-----GGTTACCGCCCGC-TGAG---CATTT--CAACA-AGAG-TAGAACAA--T-CG--C------ACCATAACCT--A--CTC--T--T--C-CTAAA----C-----CCCCACCCCCC-----------A-T-T-TTCC-TGGA-AAGG-ATGGGA------ATGCCAAAATAGCCCTAAAACTG-CACCATTTCGAACGGG
gi|79087 : GCATCTAAT------GTT---ATATGCA-CC--TAGGCC----ATGGCGTACAAATTC------TG---CGTACGACTT---GC--GT--CAGTTA-----GGTTACCG---GG-aggaaca
gi|79088 : TGCA-C----AGCCC----GT---GTGCAAAACC------C------CGCGCCATCTTAC--GT--CA--TACGAACGGT----G---GG-CGAG--TCA-TT--CT--A-GGAA-C--AAC----T-CG--C------CC-----CCA--A--ACA--C--T--A-C---AC---C-----T----CCCCCC-----------G-T-C-TTCTCCTAA-AAGG-ACGGG
gi|79089 : TACA-C----AGTCC----GT---GTGCAAAACCGCGCGCCAACTTACAT--CAT---AC--G----AAC-------GGT----G---GG-CGAG--TCA-TT--CT--A-GGAA-C--GAC----T-CG--C------CC-----CCA--A--ggcgccggcccaaac
gi|79091 : CGGCCT---GC--GT--CAGCTA-----GATTACCG---GG-CGAG--TCA-TT--TT--A-AGAG-T--GAC----T-CG--T------GC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A----C-----T----C
gi|79092 : ---GC--GT--TAGTTA-----GGTTATCG---GA-AAAG--TCA-TT--CC--A-AGAG-T--GAC----T-CG--C------AC-----TCA--A--CTA--TCCC--C-C---C----C-----C----CCCCCC-----------G-T-T-TTCT-CCAA-TAGG-AAG-------TGGT-CC---ATAA-CCTAAACTGG-T------TTGAGCCGGGAAACAA
gi|79090 : G---GG-CGAG--TCA-TT--CT--A-GGAA-C--GAC----T-CG--C------CC-----CCA--A--ACA--C--T--A-C---A----C-----T----CCCCCC-----------G-T-C-TTCT-CCAAGAAGG-ACGGGGTCGCCGGT-C
gi|79090 : ccagtccgtgcaaaactcccgcgccatctgacgtcacacgaagggtG---GG-CGAG--TCG-TT--CC--T-AGAA-T--GAC----T-CGCCC------AC-----CCtgcgccgg
gi|79088 : ccagtccgtgcaaaactcccgcgccatctgacgtcacacgaaG---GG-CGAG--TTG-TT--CC--T-AGAA-T--GAC----T-CG--C------ccaaacactacactccccccgtcttctccaagaaggacggggtcgccggtctgcgccgg
gi|79089 : tgcacagcccgtgtgcaaaaccccgcgccatcttacgtcatacgaacggtggG---GG-CGAG--TCG-TT--CC--T-AGAA-T--GAC----T-CG--C------ccaaacactacacctccccccgtcttctcctaaaaggacgggggcgccggcccaaac
gi|79073 : tacacagtccgtgtgcaaaaccgcgcgccaacttacatcatacgaacggtggG-CAAG--TCA-CT--CA--T-GGAA-T--GAC----T-CG--CCCGATAAC-----CTA--A--CTccaa
gi|79093 : tttttttatttctctgttttcgataccttttctaatgttacatgcacctaaaccgtgtacaaaacctgtgtacgacctgcgtcAG--TCA-TT--CC--A-AGAG-C--GAC----T-CA--C------AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A----C-----T----CTCCCT-----------G-T-T-ATCT-ACAA-AAGG-ATGGG-T------T-CC---ACAG-CCTAAACCGA-C------TCGAACGGGAAAactcaactatcacactccccccgctttctccgaaaggaagtggtccatagccttaactggtttgaacagggaaacaa
gi|79094 : C-----CCA--A--CTA--C--C--A-C---A----C-----T----CCTCCC-----------AGT-T-TTCT-CCAA-AAAG-GAGAG------GCT-TC---ACAG-CCTACACTGG-T------ATAAAC
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 22222222
lowQualScore : 55 444 66 888888888 444 5555 2 33 33 333 33 1 2 888888 2 3 555555 555 1 22 0 6666 1 1 1 2 1 444 222 5 66 222 1 22 222 22 1 22 6666 1 1 44444 22 22 22 33333 1 333 66666666666 4444444444 5555 1 3 1 1 33333333 1 2 333 22 2 2 4444 2 2
lowQualScore : .. ... .. ......... ... .... . .. .. ... .. . . ...... . . ...... ... . .. . .... . . . . . ... ... . .. ... . .. ... .. . .. .... . . ..... .. .. .. ..... . ... ........... .......... .... . . . . ........ . . ... .. . . .... . .
lowQualScore : 66 111 55 111111111 111 0000 4 22 11 999 11 6 0 555555 0 4 555555 222 8 44 6 7777 7 7 7 4 7 666 999 0 99 999 7 33 999 44 7 44 1111 7 7 22222 33 33 44 66666 7 000 11111111111 9999999999 7777 8 6 8 8 00000000 5 0 555 88 1 1 7777 7 7
consensus : TTTTTTTA--T---TTC--T---C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---TGAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-GAAACAA
Reference ( family-577 ) : TTTTTTTA--T---TTC--T---C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---CGAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-GAAACAA
gi|79067 : TTTTTTCA--T---TTC--T---T--T--T---TTTTTTC-GATA--CC--TA---AA--AAGTAA--A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAACCC-C-GCGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAGTTTCATTC---C---AGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--C--ACC---A-----------C-----C----CCCCCC----CCT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGAT-TC---ATAGCCT--AAAGTG-G-T----TTGAACCGG-GAAACA
gi|79068 : TTTTTTCA--T---TTC--T---T--TGTT---TT----C-GATA--CC--TT---AA--AAGTAAT-ATA----A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAACCC-C-GCGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GGG----C-AGG-AC-----CGA--AGCCCA--C--C--A-A---C-----------C-----C----CCCCCC----CTT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGAT-TC---ATAGCCT--AAAGTG-G-T----TTGAACCGG-GAAACAA
gi|79069 : TTTTTATA--T---TTC--T---CTCT--T---TT----CGGGTA--CA--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TA-CCACGTATCTACT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGTAC-TCCT--CGT---C---A-GCTA--GGTTA-CG---GG-CGAG--TCA-TC---C--AACAG-A--G-C----T-CGC-AC-----CC---A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T-----TCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATG------GAG-CC---AAAGCCG--TAACTG-T-C----TTGAAC-GG-GAAACAA
gi|79070 : TTTTTTTA--T---TTC--T---T--TGTT---TT----C-GATATACC--TT---AA--AAGTAAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GCT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-ACACAAAATC-C-GCGTACAACGTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CTAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T-------C---A-----------C-----T----CTCCCT----GTT-TTCTCC-AA-AAGG-A--AG---TGGT-TC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACCTG-GAAACAA
gi|79071 : TTTTTTTAAAT---TTC--T---C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----AT-GCACAAAACC-C-ATACACGGCATG-CGC---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---A--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGGGATCCGAT-CC---ATAGCCT--AAAGTG-G-C----TTGAACGGG-GAAATAA
gi|79072 : TTTTTTGA--T---TTT--T---C--T--T---TT----C-GATA--CC--TTTAAAA--AAACGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAATCC-C-GCGTACGACATG-CAT---T---A-GTTA--GGTTACCG---GG-CGAT--TTATTC---C--AAGAA-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CAA--T--C--A-C---A-----------C-----T-----CCTCC----GGT-TTCTCC-GT-AAGGAATG------GAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-
gi|79073 : ttttTTTTTTTA--T---TTC--T---C--TGTT---TT----C-GATA--CC--TT------------------------------T---TCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAAACC----GT-GTACAAAACC-T-GTGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--ATGAG-T--GAC----T-TGC-AC-----TCA--A--CTA--T--C--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GCT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGGT-CC---ATAGCCT--TAACTG-G-T----TTGAACAGG-GAAACAA
gi|79074 : TTTTTTTAA-T---TTCCCT---C--T--T---TT----C-CGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TA-CTATGCATCTAAT------GTT---AACTGCA-CC--TAGGTC----GG-GCACAAAACC-C-GGACACAGTCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCT---GG-CGAA--CCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CGA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------CCCCCTC----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-AT-GG---CG-T-CC---ATAGCCT--AAACCG-A-C----TTGAACGGG-AAAATAA
gi|79075 : TTTTTTTA--TGAATTC--T---T--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-CACCCATGTATCTAATATTAATGTT---AACTGCG-CC--AAGATC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---A---A-GCTA--GGTTACCG---TG-CCAG--TCATTT---C--AAAAG-T--GAC----T-CGC-TC-----CCA--A--CTA--T--T--G-C---ACCCCCCCCCCCC-----C----CCCCCC----GTT-TTCTCC-AA-AAGG-ATGG-----GGT-CC---ATAGCAT--AAACCG-G-T----TTGAACGGG-AAA
gi|79076 : TTTTTTTA--T---TTC--TTCTC--T--T---TC----T-CGTA--CCCCTG---GAGGAAGC-AT-A------A-TATCCATGAATCTTAT------GTTT--ACATGCA-CC--TAGGCC----AT-GCAGCAAACC-C-ACGCACGG-CTG--GTC--C---A-GCTA--GGTTACCG---GGCCGAG--TCATTT---CCAAAGAGTT--GAC----TCCGCAAC-----CCAATA--CTATTT--T--A-C---AGCCC-------C-----C----CCCCCC----ATTCTTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---ATAGTCT---AACTG-GCC----TTGAACGGG-GAAA
gi|79077 : TTTTTTTA--T---TTC--T---T--TGTT---TT----C-GATA--TC--TT---AA--AAGTAAT-A------A-TATTCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAAATC-A-GCGTA
gi|79078 : TTTTTTTA--A---TTT--A---T--T--T---TT----C-GATA--TC--TT---GA--AAGCAAT-A------A-T-----TG---CCAAT---------------TGCA--------------------AC---ACC-C-GTGCACGACCTG-C-TAAAT---A-GTAG--GGATACCA---GG-CAAG--TC-TTT---C--AAGAG-T--GAA----T-CGC-AC-----CCA--A--CGA--C--A--A-C---A-----------C-----C----CCCCCCCCTTGTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---
gi|79079 : TTTTTTA--T---TTT--TTT-C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---TA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACgtctgaaccgggaa
gi|79080 : TTTTTA--T---ATCATT---G--T--T---TT----C-GATA--CC--TT---AA--AGGTAAT-ACTAGTAA-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAGAATC-C-GCGTATGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AT-----CCA--A--CTA--T--C--A-C---A-----------C-----T----TCCCCC----GTT-TTCTTC-GA-AAGG-A--AG---TGGT-TC---ATAGCCT--AAACTG-G-T----TTGAACCGT-GAAACAA
gi|79081 : TTTTTA--T---TTC--T---CTCT--T---TT----C-GGTA--CA--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCACGTATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGTACGTCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AACAG-T--AGC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----TTCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---AAAGCCT--AAACTG-T-C----TTGAACGGG-GAAACAA
gi|79082 : TTTTTA--T---TTC--T---C--TCAT---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TTATAC---C--AAGAG-T--GAC----T-TGC-GT-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------A-----T----ACCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAAA-ATGG-----GAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-T-C----TTGAAC
gi|79083 : TTGTTA--T---TTC--T---C--T--TCTTTT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGC----------------------ATCTAAT------GTT---ACATGCATCC--TAGGC-----AT-GCACAAAACC---ACACACG-CCAG-CGT---C---A-GCTA--GGTCAC-G---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GA-----T-CGC-AC-----TCC--A--CTA--T--TAAA-C---A-----------C-----T-----CCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---ATAG-CT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-TAAATAA
gi|79084 : --TT---AA--AA-CGTC-A------AGTGTCTGTGTATCCA-T------GTT-----------CC--TAGACC----GT-GTTTAAAACC-T-ACGCACGGTCTA-CGT---C---A-TCAA--GATTACCG---GG-CGAG--TCGTTC---
gi|79085 : tttctttagctaaatataAGCGGTTA------G-TA--CTTGCATCTAAA------GT----------A-C----AGGTC----GT-GTGCAAAACC-C-GTGCATGGCCTG-CGT---T---A-GCAA--TGTTACCG---GA-CGAG--TCGTTC---C--AAAAG-T--GACTCGAT-CGC-AC-----CCA--A--CTA--C--T--A-C---ACC---------C-----C----CCCCCC----G-T-TTCTCC-TA-AAGG-ATGGG----GGT-CC---ACAGCCT--AAACCG-G-A----TTCAAC
gi|79086 : T-A------A-AACTCAAGTATACAAT------GTACCAACAT-CA-CCCATAGGCCCAACATCGCACAAA-CC-C-ACACACGGCCTG-C-T---CTTTA-GCTA--GGTTACCGCCCGC-TGAG---CATTTCAAC--AAGAG-TAGAACAA--T-CGC-ACCATAACCT--A--CTC--T--T--C-CTAAA-----------C-----CCCCACCCCCC----ATT-TTCCTG-GA-AAGG-ATGGG----AATGCCAAAATAGCCCTAAAACTGCA-CCATTTCGAACGGGAGGAACA
gi|79087 : GCATCTAAT------GTT---ATATGCA-CC--TAGGCCATG-GC-GTACAAATTC-T-GCGTACGACTTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTACCG---GG-
gi|79088 : TGCA-C----AGCCC----GT-GTGCAAAACC-CCGCGC-CATCTTA-CGT---C---ATACGAACGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--AAC----T-CGC-CC-----CCA--A--ACA--C--T--A-C---AC----------C-----T----CCCCCC----GTC-TTCTCCTAA-AAGG-ACGGG---GGCG-CC-----GGCCC--AAAC
gi|79089 : TACA-C----AGTCC----GT-GTGCAAAACCGC-GCGC-CAACTTA-CAT---C---ATACGAACGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--GAC----T-CGC-CC-----CCA--A--
gi|79090 : C--CAGTCC----GT-GCA--AAACT-C-CCGCGCCATCTGACGT---C---ACACGAAGGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--GAC----T-CGC-CC-----CCA--A--ACA--C--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTC-TTCTCC-AAGAAGG-ACGGG---
gi|79091 : CGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GATTACCG---GG-CGAG--TCATTT---T--AAGAG-T--GAC----T-CGT-GC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----Cgtcgccggtctgcgccgg
gi|79092 : G-CGT---T---A-GTTA--GGTTATCG---GA-AAAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----TCA--A--CTA--TCCC--C-C---C-----------C-----C----CCCCCC----GTT-TTCTCC-AA-TAGG-A--AG---TGGT-CC---ATAACCT--AAACTG-G-T----TTGAGCCGG-GAAACAA
gi|79093 : AG--TCATTC---C--AAGAG-C--GAC----T-CAC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CTCCCT----GTT-ATCTAC-AA-AAGG-ATGGG---T--T-CC---ACAGCCT--AAACCG-A-C----TCGAACGGG-AAA
gi|79094 : C-----CCA--A--CTA--C--C--A-C---A-----------C-----T----CCTCCCA---GTT-TTCTCCAAA-AAGG-AGAGG---C--T-TC---ACAGCCT--ACACTG-G-T----ATAAAC
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111 22222222
lowQualScore : 55 444 66 888888888 444 5555 2 33 33 333 33 1 2 888888 2 3 555555 555 1 22 0 6666 1 1 1 2 1 444 222 5 66 222 1 22 222 22 1 22 6666 1 1 44444 22 22 22 33333 1 333 66666666666 4444444444 5555 1 3 1 1 00000000 1 2 333 22 2 2 4444 2 2
lowQualScore : .. ... .. ......... ... .... . .. .. ... .. . . ...... . . ...... ... . .. . .... . . . . . ... ... . .. ... . .. ... .. . .. .... . . ..... .. .. .. ..... . ... ........... .......... .... . . . . ........ . . ... .. . . .... . .
lowQualScore : 66 111 55 111111111 111 0000 4 22 11 999 11 6 0 555555 0 4 555555 222 8 44 6 7777 7 7 7 4 7 666 999 0 99 999 7 33 999 44 7 44 1111 7 7 22222 33 33 44 66666 7 000 11111111111 9999999999 7777 8 6 8 8 11111111 5 0 555 88 1 1 7777 7 7
consensus : TTTTTTTA--T---TTC--T---C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---TGAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-GAAACAA
Reference ( family-577 ) : TTTTTTTA--T---TTC--T---C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---TGAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-GAAACAA
gi|79067 : TTTTTTCA--T---TTC--T---T--T--T---TTTTTTC-GATA--CC--TA---AA--AAGTAA--A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAACCC-C-GCGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAGTTTCATTC---C---AGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--C--ACC---A-----------C-----C----CCCCCC----CCT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGAT-TC---ATAGCCT--AAAGTG-G-T----TTGAACCGG-GAAACA
gi|79068 : TTTTTTCA--T---TTC--T---T--TGTT---TT----C-GATA--CC--TT---AA--AAGTAAT-ATA----A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAACCC-C-GCGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GGG----C-AGG-AC-----CGA--AGCCCA--C--C--A-A---C-----------C-----C----CCCCCC----CTT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGAT-TC---ATAGCCT--AAAGTG-G-T----TTGAACCGG-GAAACAA
gi|79069 : TTTTTATA--T---TTC--T---CTCT--T---TT----CGGGTA--CA--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TA-CCACGTATCTACT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGTAC-TCCT--CGT---C---A-GCTA--GGTTA-CG---GG-CGAG--TCA-TC---C--AACAG-A--G-C----T-CGC-AC-----CC---A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T-----TCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATG------GAG-CC---AAAGCCG--TAACTG-T-C----TTGAAC-GG-GAAACAA
gi|79070 : TTTTTTTA--T---TTC--T---T--TGTT---TT----C-GATATACC--TT---AA--AAGTAAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GCT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-ACACAAAATC-C-GCGTACAACGTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CTAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T-------C---A-----------C-----T----CTCCCT----GTT-TTCTCC-AA-AAGG-A--AG---TGGT-TC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACCTG-GAAACAA
gi|79071 : TTTTTTTAAAT---TTC--T---C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----AT-GCACAAAACC-C-ATACACGGCATG-CGC---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---A--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGGGATCCGAT-CC---ATAGCCT--AAAGTG-G-C----TTGAACGGG-GAAATAA
gi|79072 : TTTTTTGA--T---TTT--T---C--T--T---TT----C-GATA--CC--TTTAAAA--AAACGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAATCC-C-GCGTACGACATG-CAT---T---A-GTTA--GGTTACCG---GG-CGAT--TTATTC---C--AAGAA-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CAA--T--C--A-C---A-----------C-----T-----CCTCC----GGT-TTCTCC-GT-AAGGAATG------GAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-
gi|79073 : ttttTTTTTTTA--T---TTC--T---C--TGTT---TT----C-GATA--CC--TT------------------------------T---TCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAAACC----GT-GTACAAAACC-T-GTGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--ATGAG-T--GAC----T-TGC-AC-----TCA--A--CTA--T--C--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GCT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGGT-CC---ATAGCCT--TAACTG-G-T----TTGAACAGG-GAAACAA
gi|79074 : TTTTTTTAA-T---TTCCCT---C--T--T---TT----C-CGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TA-CTATGCATCTAAT------GTT---AACTGCA-CC--TAGGTC----GG-GCACAAAACC-C-GGACACAGTCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCT---GG-CGAA--CCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CGA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------CCCCCTC----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-AT-GG---CG-T-CC---ATAGCCT--AAACCG-A-C----TTGAACGGG-AAAATAA
gi|79075 : TTTTTTTA--TGAATTC--T---T--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-CACCCATGTATCTAATATTAATGTT---AACTGCG-CC--AAGATC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---A---A-GCTA--GGTTACCG---TG-CCAG--TCATTT---C--AAAAG-T--GAC----T-CGC-TC-----CCA--A--CTA--T--T--G-C---ACCCCCCCCCCCC-----C----CCCCCC----GTT-TTCTCC-AA-AAGG-ATGG-----GGT-CC---ATAGCAT--AAACCG-G-T----TTGAACGGG-AAA
gi|79076 : TTTTTTTA--T---TTC--TTCTC--T--T---TC----T-CGTA--CCCCTG---GAGGAAGC-AT-A------A-TATCCATGAATCTTAT------GTTT--ACATGCA-CC--TAGGCC----AT-GCAGCAAACC-C-ACGCACGG-CTG--GTC--C---A-GCTA--GGTTACCG---GGCCGAG--TCATTT---CCAAAGAGTT--GAC----TCCGCAAC-----CCAATA--CTATTT--T--A-C---AGCCC-------C-----C----CCCCCC----ATTCTTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---ATAGTCT---AACTG-GCC----TTGAACGGG-GAAA
gi|79077 : TTTTTTTA--T---TTC--T---T--TGTT---TT----C-GATA--TC--TT---AA--AAGTAAT-A------A-TATTCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAAATC-A-GCGTA
gi|79078 : TTTTTTTA--A---TTT--A---T--T--T---TT----C-GATA--TC--TT---GA--AAGCAAT-A------A-T-----TG---CCAAT---------------TGCA--------------------AC---ACC-C-GTGCACGACCTG-C-TAAAT---A-GTAG--GGATACCA---GG-CAAG--TC-TTT---C--AAGAG-T--GAA----T-CGC-AC-----CCA--A--CGA--C--A--A-C---A-----------C-----C----CCCCCCCCTTGTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---
gi|79079 : TTTTTTA--T---TTT--TTT-C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---TA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACgtctgaaccgggaa
gi|79080 : TTTTTA--T---ATCATT---G--T--T---TT----C-GATA--CC--TT---AA--AGGTAAT-ACTAGTAA-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAGAATC-C-GCGTATGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AT-----CCA--A--CTA--T--C--A-C---A-----------C-----T----TCCCCC----GTT-TTCTTC-GA-AAGG-A--AG---TGGT-TC---ATAGCCT--AAACTG-G-T----TTGAACCGT-GAAACAA
gi|79081 : TTTTTA--T---TTC--T---CTCT--T---TT----C-GGTA--CA--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCACGTATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGTACGTCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AACAG-T--AGC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----TTCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---AAAGCCT--AAACTG-T-C----TTGAACGGG-GAAACAA
gi|79082 : TTTTTA--T---TTC--T---C--TCAT---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TTATAC---C--AAGAG-T--GAC----T-TGC-GT-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------A-----T----ACCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAAA-ATGG-----GAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-T-C----TTGAAC
gi|79083 : TTGTTA--T---TTC--T---C--T--TCTTTT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGC----------------------ATCTAAT------GTT---ACATGCATCC--TAGGC-----AT-GCACAAAACC---ACACACG-CCAG-CGT---C---A-GCTA--GGTCAC-G---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GA-----T-CGC-AC-----TCC--A--CTA--T--TAAA-C---A-----------C-----T-----CCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---ATAG-CT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-TAAATAA
gi|79084 : --TT---AA--AA-CGTC-A------AGTGTCTGTGTATCCA-T------GTT-----------CC--TAGACC----GT-GTTTAAAACC-T-ACGCACGGTCTA-CGT---C---A-TCAA--GATTACCG---GG-CGAG--TCGTTC---
gi|79085 : tttctttagctaaatataAGCGGTTA------G-TA--CTTGCATCTAAA------GT----------A-C----AGGTC----GT-GTGCAAAACC-C-GTGCATGGCCTG-CGT---T---A-GCAA--TGTTACCG---GA-CGAG--TCGTTC---C--AAAAG-T--GACTCGAT-CGC-AC-----CCA--A--CTA--C--T--A-C---ACC---------C-----C----CCCCCC----G-T-TTCTCC-TA-AAGG-ATGGG----GGT-CC---ACAGCCT--AAACCG-G-A----TTCAAC
gi|79086 : T-A------A-AACTCAAGTATACAAT------GTACCAACAT-CA-CCCATAGGCCCAACATCGCACAAA-CC-C-ACACACGGCCTG-C-T---CTTTA-GCTA--GGTTACCGCCCGC-TGAG---CATTTCAAC--AAGAG-TAGAACAA--T-CGC-ACCATAACCT--A--CTC--T--T--C-CTAAA-----------C-----CCCCACCCCCC----ATT-TTCCTG-GA-AAGG-ATGGG----AATGCCAAAATAGCCCTAAAACTGCA-CCATTTCGAACGGGAGGAACA
gi|79087 : GCATCTAAT------GTT---ATATGCA-CC--TAGGCCATG-GC-GTACAAATTC-T-GCGTACGACTTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTACCG---GG-
gi|79088 : TGCA-C----AGCCC----GT-GTGCAAAACC-CCGCGC-CATCTTA-CGT---C---ATACGAACGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--AAC----T-CGC-CC-----CCA--A--ACA--C--T--A-C---AC----------C-----T----CCCCCC----GTC-TTCTCCTAA-AAGG-ACGGG---GGCG-CC-----GGCCC--AAAC
gi|79089 : TACA-C----AGTCC----GT-GTGCAAAACCGC-GCGC-CAACTTA-CAT---C---ATACGAACGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--GAC----T-CGC-CC-----CCA--A--
gi|79090 : C--CAGTCC----GT-GCA--AAACT-C-CCGCGCCATCTGACGT---C---ACACGAAGGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--GAC----T-CGC-CC-----CCA--A--ACA--C--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTC-TTCTCC-AAGAAGG-ACGGG---
gi|79091 : CGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GATTACCG---GG-CGAG--TCATTT---T--AAGAG-T--GAC----T-CGT-GC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----Cgtcgccggtctgcgccgg
gi|79092 : G-CGT---T---A-GTTA--GGTTATCG---GA-AAAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----TCA--A--CTA--TCCC--C-C---C-----------C-----C----CCCCCC----GTT-TTCTCC-AA-TAGG-A--AG---TGGT-CC---ATAACCT--AAACTG-G-T----TTGAGCCGG-GAAACAA
gi|79093 : AG--TCATTC---C--AAGAG-C--GAC----T-CAC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CTCCCT----GTT-ATCTAC-AA-AAGG-ATGGG---T--T-CC---ACAGCCT--AAACCG-A-C----TCGAACGGG-AAA
gi|79094 : C-----CCA--A--CTA--C--C--A-C---A-----------C-----T----CCTCCCA---GTT-TTCTCCAAA-AAGG-AGAGG---C--T-TC---ACAGCCT--ACACTG-G-T----ATAAAC
blockSeqs : AA GAA CC TCTCT CTT . G TA CC TAA GG A T CTAGTA G T ATTAAT CCA T CA CAAC C G C A A AAA TTT T AC CCC C . CAA CA T AG TCGA C A CATAA AT GC TT TAA . TAA CCCCCCCCCCC CCCCTC CCTT C T G A TGGGATCC A G AAA TA C C CATT C A
blockSeqs : A . AT TTGT . . . . . . . G . TA . T . T . . ATG . . . T . C . T AC . . . . . . . AA . . . . . . CCC . . GCCC CCCCA A . A . . CGGGG A . . . . . . C .
blockSeqs : . . . CTCT . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . A . . . C AG . . . . . . . . . . . . . . C . . CC C . . . . . TGGGT G . . . . . . G .
blockSeqs : . . . TTGT . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C T . . . . . GAGGC A . . . . . . A .
blockSeqs : . . . CTGT . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . TGGC A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . TTGT . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . TGGG G . . . . . . G .
blockSeqs : . . . TTCT . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . TGGG G . . . . . . G .
blockSeqs : . . . CTCT . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . AGT A . . . . . . C .
blockSeqs : . . . CTCA . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . AGT G . . . . . . G .
blockSeqs : . . . CT . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . AGT A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . CT . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . TGG A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . CT . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . TGG A . . . . . . C .
blockSeqs : . . . TT . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . AGT G . . . . . . G .
blockSeqs : . . . TT . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . TGG A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GT . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . TGG C . . . . . .
blockSeqs : . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . TGG G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . AGT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . TG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TTCT***** **** **
originalCons : TTTTTTTA--T---TTC--T---C--T--T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---TGAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-GAAACAA
finalCons : TTTTTTTA--T---TTC--TTTCT-----T---TT----C-GGTA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---TGAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-GAAACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 22222222
lowQualScore : 2 55 444 33 555 2 333 33 2 33 33 333 33 1 2 888888 2 3 555555 555 1 22 0 6666 1 1 1 2 1 444 222 5 66 222 1 22 222 22 1 22 6666 1 1 44444 22 22 22 33333 1 333 66666666666 4444444444 5555 1 3 1 1 00000000 1 2 333 22 2 2 4444 2 2
lowQualScore : . .. ... .. ... . ... .. . .. .. ... .. . . ...... . . ...... ... . .. . .... . . . . . ... ... . .. ... . .. ... .. . .. .... . . ..... .. .. .. ..... . ... ........... .......... .... . . . . ........ . . ... .. . . .... . .
lowQualScore : 4 66 111 22 111 0 999 11 2 11 11 999 11 6 0 555555 0 4 555555 222 8 44 6 7777 7 7 7 4 7 666 999 0 99 999 7 33 999 44 7 44 1111 7 7 22222 33 33 44 66666 7 000 11111111111 9999999999 7777 8 6 8 8 11111111 5 0 555 88 1 1 7777 7 7
consensus : TTTTTTT-A--T---T--TCT-T-TCTTT---T--CGG-TA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---TGAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-GAAACAA
Reference ( family-577 ) : TTTTTTT-A--T---T--TCT-T-TCTTT---T--CGG-TA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---TGAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-GAAACAA
gi|79067 : TTTTTTC-A--T---T--TCT-T-TTTTT---TTTCGA-TA--CC--TA---AA--AAGTAA--A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAACCC-C-GCGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAGTTTCATTC---C---AGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--C--ACC---A-----------C-----C----CCCCCC----CCT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGAT-TC---ATAGCCT--AAAGTG-G-T----TTGAACCGG-GAAACA
gi|79068 : TTTTTTC-A--T---T--TCT-T-TGTTT---T--CGA-TA--CC--TT---AA--AAGTAAT-ATA----A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAACCC-C-GCGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GGG----C-AGG-AC-----CGA--AGCCCA--C--C--A-A---C-----------C-----C----CCCCCC----CTT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGAT-TC---ATAGCCT--AAAGTG-G-T----TTGAACCGG-GAAACAA
gi|79069 : TTTTTAT-A--T---T--TCT-C-TCTTT---T--CGGGTA--CA--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TA-CCACGTATCTACT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGTAC-TCCT--CGT---C---A-GCTA--GGTTA-CG---GG-CGAG--TCA-TC---C--AACAG-A--G-C----T-CGC-AC-----CC---A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T-----TCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATG------GAG-CC---AAAGCCG--TAACTG-T-C----TTGAAC-GG-GAAACAA
gi|79070 : TTTTTTT-A--T---T--TCT-T-TGTTT---T--CGA-TATACC--TT---AA--AAGTAAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GCT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-ACACAAAATC-C-GCGTACAACGTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CTAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T-------C---A-----------C-----T----CTCCCT----GTT-TTCTCC-AA-AAGG-A--AG---TGGT-TC---ATAGCCT--AAACTG-G-C----TTGAACCTG-GAAACAA
gi|79071 : TTTTTTT-AAAT---T--TCT----CTTT---T--CGG-TA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----AT-GCACAAAACC-C-ATACACGGCATG-CGC---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---A--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGGGATCCGAT-CC---ATAGCCT--AAAGTG-G-C----TTGAACGGG-GAAATAA
gi|79072 : TTTTTTT-T--T---TGATTT-T-TCTTT---T--CGA-TA--CC--TTTAAAA--AAACGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAATCC-C-GCGTACGACATG-CAT---T---A-GTTA--GGTTACCG---GG-CGAT--TTATTC---C--AAGAA-T--GAC----T-CGC-AC-----CCA--A--CAA--T--C--A-C---A-----------C-----T-----CCTCC----GGT-TTCTCC-GT-AAGGAATG------GAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-G-
gi|79073 : TTTTTTT-A--T---T--TCT-C-TGTTT---T--CGA-TA--CC--TT------------------------------T---TCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAAACC----GT-GTACAAAACC-T-GTGTACGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--ATGAG-T--GAC----T-TGC-AC-----TCA--A--CTA--T--C--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GCT-TTCTCC-GA-AAGG-A--AG---TGGT-CC---ATAGCCT--TAACTG-G-T----TTGAACAGG-GAAACAA
gi|79074 : TTTTTTT-AA-T---T--TCC-C-TCTTT---T--CCG-TA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TA-CTATGCATCTAAT------GTT---AACTGCA-CC--TAGGTC----GG-GCACAAAACC-C-GGACACAGTCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCT---GG-CGAA--CCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----CGA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------CCCCCTC----CCCCCC----GTT-TTCTCC-GA-AAGG-AT-GG---CG-T-CC---ATAGCCT--AAACCG-A-C----TTGAACGGG-AAAATAA
gi|79075 : TTTTTTT-A--TGAAT--TCT-T-T--TT---T--CGG-TA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-CACCCATGTATCTAATATTAATGTT---AACTGCG-CC--AAGATC----GT-GCACAAAACC-C-GCGCACGGCCTG-CGT---A---A-GCTA--GGTTACCG---TG-CCAG--TCATTT---C--AAAAG-T--GAC----T-CGC-TC-----CCA--A--CTA--T--T--G-C---ACCCCCCCCCCCC-----C----CCCCCC----GTT-TTCTCC-AA-AAGG-ATGG-----GGT-CC---ATAGCAT--AAACCG-G-T----TTGAACGGG-AAA
gi|79076 : TTTTTTT-A--T---T--TCT-TCTCTTT---C--TCG-TA--CCCCTG---GAGGAAGC-AT-A------A-TATCCATGAATCTTAT------GTTT--ACATGCA-CC--TAGGCC----AT-GCAGCAAACC-C-ACGCACGG-CTG--GTC--C---A-GCTA--GGTTACCG---GGCCGAG--TCATTT---CCAAAGAGTT--GAC----TCCGCAAC-----CCAATA--CTATTT--T--A-C---AGCCC-------C-----C----CCCCCC----ATTCTTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---ATAGTCT---AACTG-GCC----TTGAACGGG-GAAA
gi|79077 : TTTTTTT-A--T---T--TCT-T-TGTTT---T--CGA-TA--TC--TT---AA--AAGTAAT-A------A-TATTCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAAAATC-A-GCGTA
gi|79078 : TTTTTTTAA--T---T--TAT-----TTT---T--CGA-TA--TC--TT---GA--AAGCAAT-A------A-T-----TG---CCAAT---------------TGCA--------------------AC---ACC-C-GTGCACGACCTG-C-TAAAT---A-GTAG--GGATACCA---GG-CAAG--TC-TTT---C--AAGAG-T--GAA----T-CGC-AC-----CCA--A--CGA--C--A--A-C---A-----------C-----C----CCCCCCCCTTGTT-TTCTCC-GA-AAGG-ATGGG---
gi|79079 : TTTTTT-A--T---T--TTT-T-TCTTT---T--CGG-TA--CC--TT---TA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACgtctgaaccgggaa
gi|79080 : TTTTT-A--T---A--TCA-T-TGTTT---T--CGA-TA--CC--TT---AA--AGGTAAT-ACTAGTAA-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGACC----GT-GCACAGAATC-C-GCGTATGACCTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTATCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AT-----CCA--A--CTA--T--C--A-C---A-----------C-----T----TCCCCC----GTT-TTCTTC-GA-AAGG-A--AG---TGGT-TC---ATAGCCT--AAACTG-G-T----TTGAACCGT-GAAACAA
gi|79081 : TTTTT-A--T---T--TCT-C-TCTTT---T--CGG-TA--CA--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCACGTATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGTACGTCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TCATTC---C--AACAG-T--AGC----T-CGC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----TTCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---AAAGCCT--AAACTG-T-C----TTGAACGGG-GAAACAA
gi|79082 : TTTTT-A--T---T--TCT-C-TCATT---T--CGG-TA--CC--TT---AA--AAGCGAT-A------A-TATCCATGCATCTAAT------GTT---ACATGCA-CC--TAGGCC----GT-GCACAAAACC-C-ACGCACGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GGTTACCG---GG-CGAG--TTATAC---C--AAGAG-T--GAC----T-TGC-GT-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------A-----T----ACCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAAA-ATGG-----GAT-CC---ATAGCCT--AAACTG-T-C----TTGAAC
gi|79083 : TTGTT-A--T---T--TCTCT-TCTTT---T--CGG-TA--CC--TT---AA--AAGC----------------------ATCTAAT------GTT---ACATGCATCC--TAGGC-----AT-GCACAAAACC---ACACACG-CCAG-CGT---C---A-GCTA--GGTCAC-G---GG-CGAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GA-----T-CGC-AC-----TCC--A--CTA--T--TAAA-C---A-----------C-----T-----CCCCC----ATT-TTCTCT-GA-AAGG-ATGG-----GAT-CC---ATAG-CT--AAACTG-G-C----TTGAACGGG-TAAATAA
gi|79084 : T-T-TCTTTAGCT--AAA-TA--TA--TT---AA--AA-CGTC-A------AGTGTCTGTGTATCCA-T------GTT-----------CC--TAGACC----GT-GTTTAAAACC-T-ACGCACGGTCTA-CGT---C---A-TCAA--GATTACCG---GG-CGAG--TCGTTC---
gi|79085 : AGCGGTTA------G-TA--CTTGCATCTAAA------GT----------A-C----AGGTC----GT-GTGCAAAACC-C-GTGCATGGCCTG-CGT---T---A-GCAA--TGTTACCG---GA-CGAG--TCGTTC---C--AAAAG-T--GACTCGAT-CGC-AC-----CCA--A--CTA--C--T--A-C---ACC---------C-----C----CCCCCC----G-T-TTCTCC-TA-AAGG-ATGGG----GGT-CC---ACAGCCT--AAACCG-G-A----TTCAAC
gi|79086 : T-A------A-AACTCAAGTATACAAT------GTACCAACAT-CA-CCCATAGGCCCAACATCGCACAAA-CC-C-ACACACGGCCTG-C-T---CTTTA-GCTA--GGTTACCGCCCGC-TGAG---CATTTCAAC--AAGAG-TAGAACAA--T-CGC-ACCATAACCT--A--CTC--T--T--C-CTAAA-----------C-----CCCCACCCCCC----ATT-TTCCTG-GA-AAGG-ATGGG----AATGCCAAAATAGCCCTAAAACTGCA-CCATTTCGAACGGGAGGAACA
gi|79087 : GCATCTAAT------GTT---ATATGCA-CC--TAGGCCATG-GC-GTACAAATTC-T-GCGTACGACTTG-CGT---C---A-GTTA--GGTTACCG---GG-
gi|79088 : TGCA-C----AGCCC----GT-GTGCAAAACC-CCGCGC-CATCTTA-CGT---C---ATACGAACGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--AAC----T-CGC-CC-----CCA--A--ACA--C--T--A-C---AC----------C-----T----CCCCCC----GTC-TTCTCCTAA-AAGG-ACGGG---GGCG-CC-----GGCCC--AAAC
gi|79089 : TACA-C----AGTCC----GT-GTGCAAAACCGC-GCGC-CAACTTA-CAT---C---ATACGAACGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--GAC----T-CGC-CC-----CCA--A--
gi|79090 : C--CAGTCC----GT-GCA--AAACT-C-CCGCGCCATCTGACGT---C---ACACGAAGGGT----G---GG-CGAG--TCATTC---T--AGGAA-C--GAC----T-CGC-CC-----CCA--A--ACA--C--T--A-C---A-----------C-----T----CCCCCC----GTC-TTCTCC-AAGAAGG-ACGGG---
gi|79091 : CGGCCTG-CGT---C---A-GCTA--GATTACCG---GG-CGAG--TCATTT---T--AAGAG-T--GAC----T-CGT-GC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----Cgtcgccggtctgcgccgg
gi|79092 : G-CGT---T---A-GTTA--GGTTATCG---GA-AAAG--TCATTC---C--AAGAG-T--GAC----T-CGC-AC-----TCA--A--CTA--TCCC--C-C---C-----------C-----C----CCCCCC----GTT-TTCTCC-AA-TAGG-A--AG---TGGT-CC---ATAACCT--AAACTG-G-T----TTGAGCCGG-GAAACAA
gi|79093 : AG--TCATTC---C--AAGAG-C--GAC----T-CAC-AC-----CCA--A--CTA--T--T--A-C---A-----------C-----T----CTCCCT----GTT-ATCTAC-AA-AAGG-ATGGG---T--T-CC---ACAGCCT--AAACCG-A-C----TCGAACGGG-AAA
gi|79094 : C-----CCA--A--CTA--C--C--A-C---A-----------C-----T----CCTCCCA---GTT-TTCTCCAAA-AAGG-AGAGG---C--T-TC---ACAGCCT--ACACTG-G-T----ATAAAC