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lowQualScore                  :    .  .  ..   . .. . . .  . .  .. ... .   ............. . . ....    . ..   ...  ...  ...  .   . ......  ..    ..  .  . .  .   . .... .    . .........  .    .. .   .... ..  .    .  .  . . .  .. . . ...   ..  ...     .  .      .       .      
lowQualScore                  :    1  0  88   9 44 9 9 9  7 9  55 333 9   0000000000000 9 9 8888    9 44   555  666  666  7   6 444444  22    22  6  6 2  2   6 5555 5    5 666666666  6    00 7   8888 88  0    0  0  0 0 9  66 9 9 222   66  222     6  0      1       1      
consensus                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TTC---GG---AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TCGG--C-GGGT-ANT--TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
Reference ( gi|106238 )       : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TTT---GG---AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--C-GGGT-AAT--TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106239                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-TTT--GTGG-AA-TTC---GG---AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--T-GGGT-ATT--TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CAG--TA---AGTCG-AA-ACTAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106240                     : GGC-CA-CC-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TTC---GG---AA---TT-GCA-A----G-TG--CGAA--AT-GA-G-GG-ACA-GC---T-CGAC-T---------TC-TTGG--C-GGGT-ATT--TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106241                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TTC---GG---AA---CT-TCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TT-TCGG--C-GGGT-ATT--TC-TATT-TT-CA-C-T-GT--A-A-A---CGG--TA---AGTTT-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106242                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-TTG-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGGGAA-TTC---GG---AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-GCA-GCT--T-TGAC-T---------TC-TTGG--C-GGGT-AAT--TC-TACT-TT-CA-C-T-TTTAA-A-A---CGGATTG---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATT
gi|106243                     : GGC-CA-TTTCTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-TCT-------------T-T-T-A--GTGG-AA-TTC---GG---AA---CT-GCA-A----AATG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-TC---T-TGACTT---------TC-TTGG--C--GGT-AAT--TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCA-AATAATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106244                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--TAT-G-ACCA-AG--T---G-CTT-------------A-T-A-T--GTGG-AA-TGT---GG---AA---CT-GCA-A----A-TG--CAAA--AC-GA-G-GACATA-GC---T-TGAC-T---------TC-T-----C-GGGTAAAT--TC-TTCT-TT-CA-C---TT--A-A-A---CGG--TAC--AGTCGAAA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
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gi|106249                     : GGT-CA-TT-CTGC-AACT-T-G-ACCA-AGATC---G-CCC-------------TAT-T-T--GTGG-AAATTC---GG---AA---CT-GCA-A----A-TT--TGAA--AC-GA-G-GGCACA-GC---TATGAC-----------TC-TCGG--C-GGGT--AT--TG-CACC-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TAAGTAGTCGAAA-AATATC-ATAGTTC-ATATT
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gi|106255                     : GGC-AA-TT-CTAT-A--T-T-G-GTCA-AG--T---G-TCTAAATATATGTACAT-G-TAT--GTGG-A--TTC---GA---AA---CT-GTA-A----C-TG--TGAA--AA-GA-G-GG-GGA-GA---T--GAA-T---------TC-TTGG--T-AGAC-AGT--TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGA--AA---AATTG-AA-A
gi|106257                     : GGG-CA-TT--TGC-A--T-T-G-AC-A-AG------G-C-----------------T-T-C--GTGG-AA-TTTC--GG---TA---CT-GCA-T----A-TG--CAAA--AC-GA-G-GA-ACA-GT---T-TGAC-T---------TCTTTGG--C-AG
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gi|106261                     :                                                                        -TTT---GG---AA---CT-GCA-A----A-TG--TGAA--AC-GA-G-GG-ACA-TT---T-TGAC-
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Alignments
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lowQualScore                  :    2  1  22   1 66 1 1 1  0 1  44 333 1   4444444444444 1 1 3 44    1  1  1 555  1  444  1   1 777777  22    22  1  1 3  3   1  444 1    1 999999999  1 1  33 1    1 66 1  1    1  1  1 1 1  22 1 1 555   22  555     7  1      2       2      
lowQualScore                  :    .  .  ..   . .. . . .  . .  .. ... .   ............. . . . ..    .  .  . ...  .  ...  .   . ......  ..    ..  .  . .  .   .  ... .    . .........  . .  .. .    . .. .  .    .  .  . . .  .. . . ...   ..  ...     .  .      .       .      
lowQualScore                  :    0  9  22   8 11 8 8 8  2 8  33 222 8   3333333333333 8 8 6 33    8  7  7 666  6  444  6   5 777777  11    11  5  5 1  1   5  111 5    5 222222222  5 2  88 6    9 66 9  9    9  9  9 9 8  55 8 8 000   55  000     3  9      0       0      
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Reference ( family-576 )      : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TCGG--C-GGGT-AN-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106238                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-T---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--C-GGGT-AA-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106239                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-TTT--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--T-GGGT-AT-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CAG--TA---AGTCG-AA-ACTAGC-ATGTTTC-ATATTG
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gi|106244                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--TAT-G-ACCA-AG--T---G-CTT-------------A-T-A-T--GTGG-AA-TG-T---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CAAA--AC-GA-G-GACATA-GC---T-TGAC-T---------TC-T-----C-GGGTAAA-T-TC-TTCT-TT-CA-C---TT--A-A-A---CGG--TAC--AGTCGAAA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106245                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA--G--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-TTTTGG-AAACTCT-GCA-A----A-TG--CGAA--AA-GA-T-GG-ACA-GG---T-TGAA-T---------AC-TCGG--C-GGGA-TC-T-TCTTACT-TT-TA-CTT-TT--A-A-AC--CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGCTATG-TTC-ATATTG
gi|106246                     : GGC-CACTT-CTCC-AA-T-T-G-ACCATAG--T---G-CCT-------------T-T-T-TT-GTGG-A--TT-T---GG-AA---CT-GCAGA----A-TG--CGAA--AA-GATGTGG-ACAAGG---T-TGAA-T---------AC-TCGG--C-GGGA-ATCT-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-ACA---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-
gi|106247                     : GGC-CA-TT-TTGC-A--A-T-A-ATCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-C---AG-AA---CT-GCA-G----C-TG--TGAA--AC-TT-G-GG-GCA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--C-GGAC-AA-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---TGG--TA---AGTCG-
gi|106248                     : GGC-CA-TT-ATGC-A--T-T-G-AC---AG--T---GGCCT-------------T-T-T-T--GTG--AA-TT-----GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AA-GA-ATGG-ACA-GG---T-TGAA-TC--------TC-TCGG----GCGT-A--T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT----A-A---CGG--GA---AGTCGAAA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106249                     : GGT-CA-TT-CTGC-AACT-T-G-ACCA-AGATC---G-CCC-------------TAT-T-T--GTGG-AAATT-C---GG-AA---CT-GCA-A----A-TT--TGAA--AC-GA-G-GGCACA-GC---TATGAC-----------TC-TCGG--C-GGGT-AT-T-GC--ACC-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TAAGTAGTCGAAA-AATATC-ATAGTTC-ATATT
gi|106250                     : GGCGCA-TT-CTGCCA--T-T-GGACCA-AG--T---G-CCTAT-----------T-TAT-T--GTGG-AA-TT-TTTGGG-AAG--CT-GCA-A----A-TG--CGAATAAA-GA-T-GG--CA-GCAGGT-TGAA-TA--------GC-TCGGT-C-GAG--A----TC-TACT-TT-CA-C-T-TA--A-A-AAAACGG--TA---AGTCG--A-AATAGC-AT-TTTC-ATAT
gi|106251                     : GGC-CA-AT-CTGC-A--T-T-G-GTGA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--ACCG-GA-TT-C---GA-AA---CT-GTC-G----C-TG--AGAA--AA-GT-A-GG-AGA-GG---A-TCAC-T---------GC-GTGG--C-GAGA-AT-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TG--A-A-T---CGG--TA---AGTTGAAA-AACAGC-ATGCTGC-ACACT
gi|106252                     : GGC-CA-AT-CTGC-A--T-T-G-GTGA-AGG-T---G-CCT-------------T-T-T-A--CCGG-A--TT-C---GA-AA---CT-GTC-G----C-TG--AGAA--AA-GT-A-GG-AGA-GG---A-TCAC-T---------GC-GTGG--C-GAGA-AT-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TG--A-A-T---CGG--TA---AGTTG-AA-AACAGC-ATGCTGC-ACACT
gi|106253                     : GGT-CA-TT--TGC-A--T-T-G-ACCA-AG--C---G-CCT-------------T-C------GTGG-AA-TT-C---GG-TA---CC-GCA-T----A-TG--CGAA--AC-AA-G-GA-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTG
gi|106254                     : GGC-CA-TT--TGC-A--T---G-ACCA-AG--C---G-CCT-------------T-C------GTGG-AA-TT-C---GG-TA---CT-GCT-A------TG--CGAA--AC-GA-G-G--ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TT-G--C-GG
gi|106255                     : GGC-AA-TT-CTAT-A--T-T-G-GTCA-AG--T---G-TCTAAATATATGTACAT-G-TAT--GTGG-A--TT-C---GA-AA---CT-GTA-A----C-TG--TGAA--AA-GA-G-GG-GGA-GA---T--GAA-T---------TC-TTGG--T-AGAC-AG-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGA--AA---AATTG-AA-A
gi|106256                     : GGC-CA-TT-CTGC-AC-T-T-G-ACCC-AG--TTGAG-TCGG------------T-T-T-T--GTGG-A--TT-T---GGTAA---CTCGCA-A----AATG--CGAA--AC---------AC---------TGAC-TGTGTAAAAATC-TCGGTGC-GCGT-AC-CCTG-TACTATT-CATC-TATT--ACA-A---CGG--TA---AATTC-GA-AACAGC-ATGTTTCGATATTG
gi|106257                     : GGG-CA-TT--TGC-A--T-T-G-AC-A-AG------G-C-----------------T-T-C--GTGG-AA-TTTC---GG-TA---CT-GCA-T----A-TG--CAAA--AC-GA-G-GA-ACA-GT---T-TGAC-T---------TCTTTGG--C-AG
gi|106258                     :       -TT-ATGC-A--T-T-G-AC-A-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-T---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AA-GA-T-GG-ACA-GG---T-TGAA-T---------TC-TC-G--C-GCGT-AC---TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106259                     :             GC-A--T-T-G-A----AG--T---G-CTT-------------T-T-T-TTTGTGG-GA-TT-T---GG--A---CT-GCA-A----ACTGAAC-AA--ACAGA-G-GG-AAG-GC---T-TGAA-A---------TT-ATGG--CGGGGT-TA-T-TC-TACT-TTACA-G-T-TT--A-A------GG--T----AGT----A-GATAG--ATG-TTC-AT
gi|106260                     :                                                                           -C---AG-AA---CT-GCA-ATTTAA-TG--CGAA--AC-GC-A-GG-ACA-GC---C-TGTC-T---------TC-TTGG--C-GG
gi|106261                     :                                                                   tttgg-TT-T---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--TGAA--AC-GA-G-GG-ACA-TT---T-TGAC-
gi|106262                     :                                                                             ---GG-AA---CT-GCA-ATTC-A-TG--TGAA--CC-GC-A-GG-ACA-GC---C-TGCC-T---------TC-TTGG--C-GG
gi|106263                     :                                                                                              -A----A-TG--GGAA--AA-GA-T-GG-ACA-GG---T-TGAA-T---------TC-TCGC--C-GTGT-AC-T-TC-AACT-TT-CA-C-T-TA--A-A-A---CGG--TA---CGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ACATTG
gi|106264                     :                                                                                                                                 ---T-TGAC-T---------TC-TCGG--C-GGGT-AC-T--C-TACT-TT-CA-C-A-TT--A-A-A---CGG--GA---AGTCG-AA-AATAGC-ATATTTC-ATATTG
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Alignments
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lowQualScore                  :    2  1  22   1 66 1 1 1  0 1  44 333 1   4444444444444 1 1 3 44    1  1  1 555  1  444  1   1 777777  22    22  1  1 3  3   1  444 1    1 999999999  1 1  33 1    1 66 1  1    1  1  1 1 1  22 1 1 555   22  555     7  1      2       2      
lowQualScore                  :    .  .  ..   . .. . . .  . .  .. ... .   ............. . . . ..    .  .  . ...  .  ...  .   . ......  ..    ..  .  . .  .   .  ... .    . .........  . .  .. .    . .. .  .    .  .  . . .  .. . . ...   ..  ...     .  .      .       .      
lowQualScore                  :    0  9  22   8 11 8 8 8  2 8  33 222 8   3333333333333 8 8 6 33    8  7  7 666  6  444  6   5 777777  11    11  5  5 1  1   5  111 5    5 222222222  5 2  88 6    9 66 9  9    9  9  9 9 8  55 8 8 000   55  000     3  9      0       0      
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Reference ( family-576 )      : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TCGG--C-GGGT-AN-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106238                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-T---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--C-GGGT-AA-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106239                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-TTT--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--T-GGGT-AT-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CAG--TA---AGTCG-AA-ACTAGC-ATGTTTC-ATATTG
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gi|106246                     : GGC-CACTT-CTCC-AA-T-T-G-ACCATAG--T---G-CCT-------------T-T-T-TT-GTGG-A--TT-T---GG-AA---CT-GCAGA----A-TG--CGAA--AA-GATGTGG-ACAAGG---T-TGAA-T---------AC-TCGG--C-GGGA-ATCT-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-ACA---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-
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gi|106253                     : GGT-CA-TT--TGC-A--T-T-G-ACCA-AG--C---G-CCT-------------T-C------GTGG-AA-TT-C---GG-TA---CC-GCA-T----A-TG--CGAA--AC-AA-G-GA-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTG
gi|106254                     : GGC-CA-TT--TGC-A--T---G-ACCA-AG--C---G-CCT-------------T-C------GTGG-AA-TT-C---GG-TA---CT-GCT-A------TG--CGAA--AC-GA-G-G--ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TT-G--C-GG
gi|106255                     : GGC-AA-TT-CTAT-A--T-T-G-GTCA-AG--T---G-TCTAAATATATGTACAT-G-TAT--GTGG-A--TT-C---GA-AA---CT-GTA-A----C-TG--TGAA--AA-GA-G-GG-GGA-GA---T--GAA-T---------TC-TTGG--T-AGAC-AG-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGA--AA---AATTG-AA-A
gi|106256                     : GGC-CA-TT-CTGC-AC-T-T-G-ACCC-AG--TTGAG-TCGG------------T-T-T-T--GTGG-A--TT-T---GGTAA---CTCGCA-A----AATG--CGAA--AC---------AC---------TGAC-TGTGTAAAAATC-TCGGTGC-GCGT-AC-CCTG-TACTATT-CATC-TATT--ACA-A---CGG--TA---AATTC-GA-AACAGC-ATGTTTCGATATTG
gi|106257                     : GGG-CA-TT--TGC-A--T-T-G-AC-A-AG------G-C-----------------T-T-C--GTGG-AA-TTTC---GG-TA---CT-GCA-T----A-TG--CAAA--AC-GA-G-GA-ACA-GT---T-TGAC-T---------TCTTTGG--C-AG
gi|106258                     :       -TT-ATGC-A--T-T-G-AC-A-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-T---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AA-GA-T-GG-ACA-GG---T-TGAA-T---------TC-TC-G--C-GCGT-AC---TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106259                     :             GC-A--T-T-G-A----AG--T---G-CTT-------------T-T-T-TTTGTGG-GA-TT-T---GG--A---CT-GCA-A----ACTGAAC-AA--ACAGA-G-GG-AAG-GC---T-TGAA-A---------TT-ATGG--CGGGGT-TA-T-TC-TACT-TTACA-G-T-TT--A-A------GG--T----AGT----A-GATAG--ATG-TTC-AT
gi|106260                     :                                                                           -C---AG-AA---CT-GCA-ATTTAA-TG--CGAA--AC-GC-A-GG-ACA-GC---C-TGTC-T---------TC-TTGG--C-GG
gi|106261                     :                                                                   tttgg-TT-T---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--TGAA--AC-GA-G-GG-ACA-TT---T-TGAC-
gi|106262                     :                                                                             ---GG-AA---CT-GCA-ATTC-A-TG--TGAA--CC-GC-A-GG-ACA-GC---C-TGCC-T---------TC-TTGG--C-GG
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blockSeqs                     :    G  C  TC   C AC A T G    T  AT TGA G   AAATATATGTACA A A T TT    G  A  T TTT  T  ACT  C   G TTTAA   AA    TA  A  T T  C   A  AGG A    T GTGTAAAAA  T T  TG G    A TC C  T    A  A  T T A  TA C C AAA   AT  AGT     A  T      T       G
blockSeqs                     :    .  .  C    . A  . . .    .  G  .   .   AT            . . A T     .  .  . TTG  .  G    .   . TTCA    .     .   .  . T  C   .  T   .    . C          . T  T  .    . T  .  .    .  .  . . .  .  . . C     .   C       A  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . C  . . .    .  .  .   .   G             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . AA      .     .   .  . .  .   .  .   .    . A          . C  .  .    . T  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       A  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . AA      .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . T  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       A  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . AC      .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . A  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . C  .  .    . A  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . G       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . C  .  .    . A  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . C  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  T    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . C  .  .    . A  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  A    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . C  .  .    . T  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . C  .  .    . T  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . T  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . C       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . G  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . C  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  C    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . C  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
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blockSeqs                     :    .  .  .    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . C       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . C  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :    .  .  .    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . C  .  .    . .  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .      .       .
blockSeqs                     :       .  .    . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . C       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .    . .  .  .    .  .  . . .  .  . . .     .   .       .  .               
blockSeqs                     :               . .  . . .    .  .  .   .   .             . . . .     .  .  . .    .  .    .   . A       .     .   .  . .  .   .  .   .    . .          . T  .  .                           .  .  . . .     .   .       .                  
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lowQualScore                  :    .  .  ..   . .. . . .  . .  .. ... .   ............. . . . ..    .  .  . ...  .  ...  .   . ......  ..    ..  .  . .  .   .  ... .    . .........  . .  .. .    . .. .  .    .  .  . . .  .. . . ...   ..  ...     .  .      .       .      
lowQualScore                  :    0  9  22   8 11 8 8 8  2 8  33 222 8   3333333333333 8 8 6 33    8  7  7 666  6  444  6   5 777777  11    11  5  5 1  1   5  111 5    5 222222222  5 2  88 6    9 66 9  9    9  9  9 9 8  55 8 8 000   55  000     3  9      0       0      
consensus                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TCGG--C-GGGT-AN-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
Reference ( family-576 )      : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TCGG--C-GGGT-AN-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106238                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-T---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--C-GGGT-AA-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106239                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-TTT--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-GCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TC-TTGG--T-GGGT-AT-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CAG--TA---AGTCG-AA-ACTAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106240                     : GGC-CA-CC-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---TT-GCA-A----G-TG--CGAA--AT-GA-G-GG-ACA-GC---T-CGAC-T---------TC-TTGG--C-GGGT-AT-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCG-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
gi|106241                     : GGC-CA-TT-CTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-CCT-------------T-T-T-T--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-TCA-A----A-TG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-GC---T-TGAC-T---------TT-TCGG--C-GGGT-AT-T-TC-TATT-TT-CA-C-T-GT--A-A-A---CGG--TA---AGTTT-AA-AATAGC-ATGTTTC-ATATTG
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gi|106243                     : GGC-CA-TTTCTGC-A--T-T-G-ACCA-AG--T---G-TCT-------------T-T-T-A--GTGG-AA-TT-C---GG-AA---CT-GCA-A----AATG--CGAA--AC-GA-G-GG-ACA-TC---T-TGACTT---------TC-TTGG--C--GGT-AA-T-TC-TACT-TT-CA-C-T-TT--A-A-A---CGG--TA---AGTCA-AATAATAGC-ATGTTTC-ATATTG
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gi|106257                     : GGG-CA-TT--TGC-A--T-T-G-AC-A-AG------G-C-----------------T-T-C--GTGG-AA-TTTC---GG-TA---CT-GCA-T----A-TG--CAAA--AC-GA-G-GA-ACA-GT---T-TGAC-T---------TCTTTGG--C-AG
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gi|106259                     :             GC-A--T-T-G-A----AG--T---G-CTT-------------T-T-T-TTTGTGG-GA-TT-T---GG--A---CT-GCA-A----ACTGAAC-AA--ACAGA-G-GG-AAG-GC---T-TGAA-A---------TT-ATGG--CGGGGT-TA-T-TC-TACT-TTACA-G-T-TT--A-A------GG--T----AGT----A-GATAG--ATG-TTC-AT
gi|106260                     :                                                                           -C---AG-AA---CT-GCA-ATTTAA-TG--CGAA--AC-GC-A-GG-ACA-GC---C-TGTC-T---------TC-TTGG--C-GG
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