lowQualScore : 11111 111111 1 1111 11111111111111 3333333333333 1 1111 1111
lowQualScore : 22 222 3 1 33333 1 4444 66666 444 1 1 55555555 1 1 8 22 222 6666666666 1 1 1 77777 1 333 22 1 3333 55555 44 1 22 5555555 1 3333 1 444 5555 33 44 7777 3 333333 2 2222 99999999999999 4 666 5555555555555 55 4 4 0 4444 3 5 8888 5 5 5 5 5 2 5 888 5 0000 66 5 5 5 5 77 4
lowQualScore : .. ... . . ..... . .... ..... ... . . ........ . . . .. ... .......... . . . ..... . ... .. . .... ..... .. . .. ....... . .... . ... .... .. .. .... . ...... . .... .............. . ... ............. .. . . . .... . . .... . . . . . . . ... . .... .. . . . . .. .
lowQualScore : 00 666 0 5 77777 0 0000 99999 222 5 5 44444444 5 5 3 00 000 7777777777 4 4 4 99999 5 444 00 5 1111 66666 22 6 22 2222222 6 4444 6 111 3333 77 66 1111 3 000000 0 5555 66666666666666 0 333 0000000000000 11 0 4 2 8888 2 0 5555 0 0 0 0 0 5 0 888 0 6666 99 0 0 0 7 99 3
consensus : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GATAC--------G-A-TAC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCG-A----T-----ATTTTC--GA-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAA-T-TATG-------------TA-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
Reference ( gi|109718 ) : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GATAC--------G-A-TAC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCA-A----T-----ATTTTC--AA-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAA-T-TATG-------------TA-TTCA-GG-AGGCGAGG---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109714 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GATAC--------G-A-TAC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCA-A----T-----ATTTTC--AA-TACG--A-------TA-C----ATT---TT----T--GAAA--G----AAG-AA------ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAA-T-TATG-------------TA-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAGTTTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109715 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GATAC--------G-A-TAC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCA-A----T-----ATTTTC--AA-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATCTTTA----AAG-TT-----------G-AAA-T-TATG-------------TA-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAA-T-TTA-A--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109716 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GATAC--------G-A-TAC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCA-A----T-----ATTTTC--AA-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATCTTTA----AAG-TT-----------G-AAA-T-TATG-------------TA-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAA-T-TTA-A--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TT-GT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAA-GGGTGAAATA
gi|109717 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GATAC--------G-A-TAC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-ATCGA--TTCA-A----T-----ATTTTC--AA-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TTTAATGAATTGCA-AAA-TATATG-------------TA-TT-A-GG-AGGCAAGATAAAAGTT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGTCGA---TAC-AT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109720 : TAGGG--CTG---A-AA-ACAT-----ATCCC---CTCT-----TCAGC-GATACTGAGAAACG-A-TAT--ATAGTT-------G--CG-ATA-CTGT---GTGC-CGA-CGA--TTCA------T-----ATTTTCTCAA-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----CCGGAAA--G----AAG--A---T--ACATC-TTAC---AAG-TT-----------GTAAA-T-TATGACTCTTCAGGTCATATTTCATGG-AGGCAAGA---AAATT-TGACA--TAT-GAA-AGAA-T-GAAG-TTTGT-TG---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCAATCAA-GGGTGAAGT
gi|109719 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----C---C-GATAC--------GAA-TAC--GTA--T-------G--CA-ATA-CT-TC--GTGC-C-A-CGATCTTCA-AAAAGT-----ATTTTC--AATTACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAGAAA---T--ACACT-TTA----AAGCTT-----------G-AAA-T-TAAA-------------T--TTCA-GGCACGCAAGA---AAATTCTTACATCTATAAAA-GAAA-T-GAAG-TTTGT-GACATTGCAAT---CG----AGCACTA--CTTC-TCGCATTATAGTTAAACA--AAAGGGGTGAAATA
gi|109721 : TAGGG--CTG---A-AA-CAAT-----ACACCGGTCCCTAGCTTTCA-C-AACAG--------G-A-TACATGTA-TT-------G--CT-ATA-CT-T---GTGC-C-A-TGA--TTCA-A----T-----AATTTC--AA-TACA--A-------TA-C----A-T---TT----
gi|109722 : TAAGG--CTG---A-AA-CGAT-----GCGAC---AACT-----TCA-T-GATAC--------A-A-CCC--ATA-TT-------G--CA-ATA-CT-T---GTGC-C-A-TGA--TTCA-G----T-----ATTTTC--AA-TACGATA-------TA-C----A-TGTATT----T--TAGA--G----TAT-AAACCTCGATATCTTTG----AAG--------------A-AAA-T-T-TG-------------TT-TTCA-ccaagattcacaataacaattttagaag
gi|109723 : TAGGG--CTG---A-G--CAAT-----ATGCC---CCCT-----TTA-C-GATAC--------G-A-TGC--ATC-CT-------G--CA-TTA-CT-C---GTGC-C-A-TGA--TTCA-A----T-----ATTTTC--TA-TATG--A-------TA-CAATTA-T---TTACAGT--AAAATCA----AAT-AA---A--ACAT--TTG----AAG--------------G-AAA----ATT-------------TA-ATTA-GA-AG
gi|109724 : TAGGG--CTG---G-GGGTGAT-----GTGCC---CCCTCCTT-TCA-C-TATAT--------G-A-TGC--GTA-TTCACTATTG--CA-ATA-CT-T---ATGT-C-A-TAA--TTCA-A----T-----ATTTTC--AG-CACG--G-------TA-T----A-T---CT----T--
gi|109725 : TAGGG--CTGTGCACAA-CGAT-----ACACC---CACC-----TCA-C-AATAC--------G-A-TAT--GTA-TC-------A--CG-ATA-TT-T---AACT-C-A-CGA--TACA-A----T-----Aacataaaa
gi|109726 : TAGCA--CTG---A-AA-CGAT-----ACACC---CCCT-----TTA-T-GACAC--------A-A-TAC--ATA-TT-------A--CA-ATA-AT-T---GT
gi|109727 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-AATTC--------G-A-TTC--GAT-TT-------T--TG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCG-A----TG----ATTTTC--AA-TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109728 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-GATTC--------A-A-TGC--GAT-TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCG-A----TG----ATTTTT--GA-TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109732 : TAAGG--CTG---A-AA-CAGT-----ACGTC---T--T-----T-----GATAC--------G-A-T-C--GAA-AT-------G---G-GCA-GT-TTTAATGC---A-TGA--TTCA-A----T-----GTTT-C--AA-TACG--A-------TA-C----A-----TT----T--GACA--G----AAA-AA---C--A
gi|109729 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TTT-C-GATTC--------G-A-TGC--GAT-TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCG-T----TG----ATTTTC--GA-TACA--A-------TAGC----A-T---at
gi|109730 : TAGGT--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-GATTC--------G-A-T--------TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCG-A----TA----ATTTTC--GA-TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109731 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GATTC--------A-A-T--------TT-------T--AG-ATA-TT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCG-A----TG----ATTTTC--AA-TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109733 : TAGGG--ATG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GATTC--------G-A-T--------TT-------T--CG-ATA-CT-TTA-GTGT-----TGA--TTCG-A----TG----ATTTTA--GA-TTTG--A-------TA-C----A-
gi|109734 : TAGGG--TTG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GATTC--------G-A-T--------TT-------T--TG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CAA--TTCG-A----TGTCAGATTTTC--GA-TTTG--A-------TA-C----A-
gi|109735 : TAGGG--ATG---G-GA-CAAT-----ACACA---AAGC-----TTA-C-GATAC--------G-A-TAC--GTA-TC-------T--CG-ATA-CA-C---GCGT-T-A-CGA--TACATG----T-----A-TCTC--GA-TACT--A-------TA-T----A-
gi|109736 : TAGGA--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TTT-C-GATTC--------A-A-T--------TT-------T--CG-ACA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCG-A----TG----ATTTTC--GA-TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109737 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----ACATT---ACCA-----TCT-T-GATTC--------G-A-T--------TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCA-A----TG----ATTTTT--A
gi|109738 : AGGGTTCTG---AGAA-CGATTCTATACGCC---CC-T-----TCA-CCAAT-C--------G-A-TAC--GTA-TT-------G--CGCATAACT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCA-A----T-----ATTTTCAAAA-TACG--AGTGGACTCA-C----T-G---TT----T--GGAA--GGAAAAAG-AA---T--ACATC-TTACTAGATG-TT-----------G-AAATT-TATGTGACCCA------TA-TTAA-GG-AGGCAAGA---AAATT-CTACA--TAT-AAATGAAA-TGGAAG-TTGGT-GA---TACAATAGAAGGAGTAACA-TAAGCTCC-T-TC-TTA
gi|109739 : AGGG--CTG---A-AA-CAGT-----ACGTC---T--T-----T-----GATAC--------G-A-TAC--GAA-AT-------GGGCA-GTA-TT-T---ATGC-C-A-TGA--TTCA-A----T-----GTTCTC--AA-TACG--A-------TA-C----A-----TT----T--GACA--G----AAA-AA------ACA
gi|109740 : GG--CTG---A-AA-CGAA-----TCGGC---CCCT-----T-A-C-GATAC--------G-ATTAC--GTA-TT-------G--CG-ATT-AT-T---GTGCGC-A-CGA---TCA-A----T-----ATTTTC--AA-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--TGAA--G----A---GA---T--A-ATC-TTA----AAG-TT-----------A-G------ATG-------------TT-TACA-GG-AGGT-AGA---AAATT-TTAT---CAT-AAA-GAAATT-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACAGTA--CTTCGT-GC-TTAT-GTTAATCA--CAAGGGGTTGAATAat
gi|109741 : GG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-T-GATAT--------A-A-TGC--GTA-TT-------G--GA-ATA-CT-T-------------GA--TCCA-G----T-----ATTTTT--AA-TACG--A-------TA-T----A-T---CT----T--AAA
gi|109742 : TA-TT-------G--CA-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CAA--TTCT-A----T-----ACTTTC--AA-TCCG--A-------GA-T----A-T---TT----T--gtaaa
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1 1111 11111111111 22222222222222222222222
lowQualScore : 22 222 2 1 33333 0 3333 66666 33 1 666666666 1 99 22 0 1 6666666666 1 1 1 66666 1 333 22 4 3333 55555 1 22 2 33 22 5555555 1 3333 1 333 5555 33 44 6666 33 111111 0 1111 3 77777777777 3 3 3 66666666666666666666666 3 4 777 1 4 2 66 4 4 4 4 4 1 4 777 4 9999 66 4 4 4 5 66 2
lowQualScore : .. ... . . ..... . .... ..... .. . ......... . .. .. . . .......... . . . ..... . ... .. . .... ..... . .. . .. .. ....... . .... . ... .... .. .. .... .. ...... . .... . ........... . . . ....................... . . ... . . . .. . . . . . . . ... . .... .. . . . . .. .
lowQualScore : 00 555 9 4 66666 6 5555 66666 44 4 333333333 4 11 00 4 4 1111111111 4 4 4 99999 4 000 00 2 0000 00000 5 00 0 77 11 0000000 5 3333 5 999 0000 44 22 5555 22 333333 9 4444 6 33333333333 6 6 6 66666666666666666666666 6 0 888 9 4 9 11 4 4 4 4 4 1 4 888 4 4444 11 4 4 4 0 99 5
consensus : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCGA----T-----AT-TT--TCGA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
Reference ( family-573 ) : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCGA----T-----AT-TT--TCGA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109714 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----ATT---TT----T--GAAA--G----AAG-AA------ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAGTTTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109715 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATCTTTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAA-T-TTA-A--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109716 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATCTTTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAA-T-TTA-A--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TT-GT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAA-GGGTGAAATA
gi|109717 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-ATCGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TTTAATGAATTGCA-AAATAT-ATG-------------T-------A-TT-A-GG-AGGCAAGATAAAAGTT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGTCGA---TAC-AT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109718 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCGAGG---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109719 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----C---C-GAT--------ACGAAT-AC--GTA--T-------G--CA-ATA-CT-TC--GTGC-C-A-CGATCTTCAAAAAGT-----AT-TT--TCAAT-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAGAAA---T--ACACT-TTA----AAGCTT-----------G-AAAT-T-AAA-------------T---------TTCA-GGCACGCAAGA---AAATTCTTACATCTATAAAA-GAAA-T-GAAG-TTTGT-GACATTGCAAT---CG----AGCACTA--CTTC-TCGCATTATAGTTAAACA--AAAGGGGTGAAATA
gi|109720 : TAGGG--CTG---A-AA-ACAT-----ATCCC---CTCT-----TCAGC-GATACTGAGAAACG-AT-AT--ATAGTT-------G--CG-ATA-CTGT---GTGC-CGA-CGA--TTC-A----T-----AT-TTTCTCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----CCGGAAA--G----AAG--A---T--ACATC-TTAC---AAG-TT-----------GTAAAT-T-ATGACTCTTCAGGTCAT-------ATTTCATGG-AGGCAAGA---AAATT-TGACA--TAT-GAA-AGAA-T-GAAG-TTTGT-TG---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCAATCAA-GGGTGAAGT
gi|109721 : TAGGG--CTG---A-AA-CAAT-----ACACCGGTCCCTAGCTTTCA-C-AAC--------AGG-AT-ACATGTA-TT-------G--CT-ATA-CT-T---GTGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----AA-TT--TCAA--TACA--A-------TA-C----A-T---TT----
gi|109722 : TAAGG--CTG---A-AA-CGAT-----GCGAC---AACT-----TCA-T-GAT--------ACA-AC-CC--ATA-TT-------G--CA-ATA-CT-T---GTGC-C-A-TGA--TTCAG----T-----AT-TT--TCAA--TACGATA-------TA-C----A-TGTATT----T--TAGA--G----TAT-AAACCTCGATATCTTTG----AAG--------------A-AAAT-T--TG-------------T-------T-TTCA-ccaagattcacaataacaattttagaag
gi|109723 : TAGGG--CTG---A-G--CAAT-----ATGCC---CCCT-----TTA-C-GAT--------ACG-AT-GC--ATC-CT-------G--CA-TTA-CT-C---GTGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCTA--TATG--A-------TA-CAATTA-T---TTACAGT--AAAATCA----AAT-AA---A--ACAT--TTG----AAG--------------G-AAA----ATT-------------T-------A-ATTA-GA-AG
gi|109724 : TAGGG--CTG---G-GGGTGAT-----GTGCC---CCCTCCTT-TCA-C-TAT--------ATG-AT-GC--GTA-TTCACTATTG--CA-ATA-CT-T---ATGT-C-A-TAA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAG--CACG--G-------TA-T----A-T---CT----T--
gi|109725 : TAGGG--CTGTGCACAA-CGAT-----ACACC---CACC-----TCA-C-AAT--------ACG-AT-AT--GTA-TC-------A--CG-ATA-TT-T---AACT-C-A-CGA--TACAA----T-----Aacataaaa
gi|109726 : TAGCA--CTG---A-AA-CGAT-----ACACC---CCCT-----TTA-T-GAC--------ACA-AT-AC--ATA-TT-------A--CA-ATA-AT-T---GT
gi|109727 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-AAT--------TCG-AT-TC--GAT-TT-------T--TG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCAA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109728 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCA-AT-GC--GAT-TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TTGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109729 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TTT-C-GAT--------TCG-AT-GC--GAT-TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGT----TG----AT-TT--TCGA--TACA--A-------TAGC----A-T---
gi|109730 : TAGGT--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TA----AT-TT--TCGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109731 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCA-AT---------TT-------T--AG-ATA-TT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCAA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109732 : TAAGG--CTG---A-AA-CAGT-----ACGTC---T--T-----T-----GAT--------ACG-AT--C--GAA-AT-------G---G-GCA-GT-TTTAATGC---A-TGA--TTCAA----T-----GT-TT---CAA--TACG--A-------TA-C----A-----TT----T--GACA--G----AAA-AA---C--A
gi|109733 : TAGGG--ATG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-TTA-GTGT-----TGA--TTCGA----TG----AT-TT--TAGA--TTTG--A-------TA-C----A-at
gi|109734 : TAGGG--TTG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--TG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CAA--TTCGA----TGTCAGAT-TT--TCGA--TTTG--A-------TA-C----A-
gi|109735 : TAGGG--ATG---G-GA-CAAT-----ACACA---AAGC-----TTA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TC-------T--CG-ATA-CA-C---GCGT-T-A-CGA--TAC-A----T-----GTATC--TCGA--TACT--A-------TA-T----A-
gi|109736 : TAGGA--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TTT-C-GAT--------TCA-AT---------TT-------T--CG-ACA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109737 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----ACATT---ACCA-----TCT-T-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCAA----TG----AT-TT--T
gi|109738 : AGGGTTCTG---AGAA-CGATTCTATACGCC---CC-T-----TCA-CCAAT---------CG-AT-AC--GTA-TT-------G--CGCATAACT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAAAATACG--AGTGGACTCA-C----T-G---TT----T--GGAA--GGAAAAAG-AA---T--ACATC-TTACTAGATG-TT-----------G-AAAT-TTATG-------------TGACCCATA-TTAA-GG-AGGCAAGA---AAATT-CTACA--TAT-AAATGAAA-TGGAAG-TTGGT-GA---TACAATAGAAGGAGTAACA-TAAGCTCC-T-TC-TTAta
gi|109739 : AGGG--CTG---A-AA-CAGT-----ACGTC---T--T-----T-----GAT--------ACG-AT-AC--GAA-AT-------GGGCA-GTA-TT-T---ATGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----GT-TC--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-----TT----T--GACA--G----AAA-AA------ACA
gi|109740 : GG--CTG---A-AA-CGAA-----TCGGC---CCCT-----T-A-C-GAT--------ACG-ATTAC--GTA-TT-------G--CG-ATT-AT-T---GTGCGC-A-CGA--T-CAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--TGAA--G----AG---A---T--A-ATC-TTA----AAG-TT-----------A-GA------TG-------------T-------T-TACA-GG-AGGTA-GA---AAATT-TTAT---CAT-AAA-GAAATT-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACAGTA--CTTCGT-GC-TTAT-GTTAATCA--CAAGGGGTTGAATAat
gi|109741 : GG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-T-GAT--------ATA-AT-GC--GTA-TT-------G--GA-ATA-CT-T-------------GA--TCCAG----T-----AT-TT--TTAA--TACG--A-------TA-T----A-T---CT----T--AAA
gi|109742 : TA-TT-------G--CA-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CAA--TTCTA----T-----AC-TT--TCAA--TCCG--A-------GA-T----A-T---TT----T--gtaaa
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1 1111 11111111111 22222222222222222222222
lowQualScore : 22 222 2 1 33333 0 3333 66666 33 1 666666666 1 99 22 0 1 6666666666 1 1 1 66666 1 333 22 4 3333 55555 1 22 2 33 22 5555555 1 3333 1 333 5555 33 44 6666 33 111111 0 1111 3 77777777777 3 3 3 66666666666666666666666 3 4 777 1 4 2 66 4 4 4 4 4 1 4 777 4 9999 66 4 4 4 5 66 2
lowQualScore : .. ... . . ..... . .... ..... .. . ......... . .. .. . . .......... . . . ..... . ... .. . .... ..... . .. . .. .. ....... . .... . ... .... .. .. .... .. ...... . .... . ........... . . . ....................... . . ... . . . .. . . . . . . . ... . .... .. . . . . .. .
lowQualScore : 00 555 9 4 66666 6 5555 66666 44 4 333333333 4 11 00 4 4 1111111111 4 4 4 99999 4 000 00 2 0000 00000 5 00 0 77 11 0000000 5 3333 5 999 0000 44 22 5555 22 333333 9 4444 6 33333333333 6 6 6 66666666666666666666666 6 0 888 9 4 9 11 4 4 4 4 4 1 4 888 4 4444 11 4 4 4 0 99 5
consensus : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCGA----T-----AT-TT--TCGA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
Reference ( family-573 ) : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCGA----T-----AT-TT--TCGA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109714 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----ATT---TT----T--GAAA--G----AAG-AA------ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAGTTTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109715 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATCTTTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAA-T-TTA-A--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109716 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATCTTTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAA-T-TTA-A--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TT-GT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAA-GGGTGAAATA
gi|109717 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-ATCGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TTTAATGAATTGCA-AAATAT-ATG-------------T-------A-TT-A-GG-AGGCAAGATAAAAGTT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGTCGA---TAC-AT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109718 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCGAGG---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109719 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----C---C-GAT--------ACGAAT-AC--GTA--T-------G--CA-ATA-CT-TC--GTGC-C-A-CGATCTTCAAAAAGT-----AT-TT--TCAAT-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAGAAA---T--ACACT-TTA----AAGCTT-----------G-AAAT-T-AAA-------------T---------TTCA-GGCACGCAAGA---AAATTCTTACATCTATAAAA-GAAA-T-GAAG-TTTGT-GACATTGCAAT---CG----AGCACTA--CTTC-TCGCATTATAGTTAAACA--AAAGGGGTGAAATA
gi|109720 : TAGGG--CTG---A-AA-ACAT-----ATCCC---CTCT-----TCAGC-GATACTGAGAAACG-AT-AT--ATAGTT-------G--CG-ATA-CTGT---GTGC-CGA-CGA--TTC-A----T-----AT-TTTCTCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----CCGGAAA--G----AAG--A---T--ACATC-TTAC---AAG-TT-----------GTAAAT-T-ATGACTCTTCAGGTCAT-------ATTTCATGG-AGGCAAGA---AAATT-TGACA--TAT-GAA-AGAA-T-GAAG-TTTGT-TG---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCAATCAA-GGGTGAAGT
gi|109721 : TAGGG--CTG---A-AA-CAAT-----ACACCGGTCCCTAGCTTTCA-C-AAC--------AGG-AT-ACATGTA-TT-------G--CT-ATA-CT-T---GTGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----AA-TT--TCAA--TACA--A-------TA-C----A-T---TT----
gi|109722 : TAAGG--CTG---A-AA-CGAT-----GCGAC---AACT-----TCA-T-GAT--------ACA-AC-CC--ATA-TT-------G--CA-ATA-CT-T---GTGC-C-A-TGA--TTCAG----T-----AT-TT--TCAA--TACGATA-------TA-C----A-TGTATT----T--TAGA--G----TAT-AAACCTCGATATCTTTG----AAG--------------A-AAAT-T--TG-------------T-------T-TTCA-ccaagattcacaataacaattttagaag
gi|109723 : TAGGG--CTG---A-G--CAAT-----ATGCC---CCCT-----TTA-C-GAT--------ACG-AT-GC--ATC-CT-------G--CA-TTA-CT-C---GTGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCTA--TATG--A-------TA-CAATTA-T---TTACAGT--AAAATCA----AAT-AA---A--ACAT--TTG----AAG--------------G-AAA----ATT-------------T-------A-ATTA-GA-AG
gi|109724 : TAGGG--CTG---G-GGGTGAT-----GTGCC---CCCTCCTT-TCA-C-TAT--------ATG-AT-GC--GTA-TTCACTATTG--CA-ATA-CT-T---ATGT-C-A-TAA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAG--CACG--G-------TA-T----A-T---CT----T--
gi|109725 : TAGGG--CTGTGCACAA-CGAT-----ACACC---CACC-----TCA-C-AAT--------ACG-AT-AT--GTA-TC-------A--CG-ATA-TT-T---AACT-C-A-CGA--TACAA----T-----Aacataaaa
gi|109726 : TAGCA--CTG---A-AA-CGAT-----ACACC---CCCT-----TTA-T-GAC--------ACA-AT-AC--ATA-TT-------A--CA-ATA-AT-T---GT
gi|109727 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-AAT--------TCG-AT-TC--GAT-TT-------T--TG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCAA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109728 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCA-AT-GC--GAT-TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TTGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109729 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TTT-C-GAT--------TCG-AT-GC--GAT-TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGT----TG----AT-TT--TCGA--TACA--A-------TAGC----A-T---
gi|109730 : TAGGT--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TA----AT-TT--TCGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109731 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCA-AT---------TT-------T--AG-ATA-TT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCAA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109732 : TAAGG--CTG---A-AA-CAGT-----ACGTC---T--T-----T-----GAT--------ACG-AT--C--GAA-AT-------G---G-GCA-GT-TTTAATGC---A-TGA--TTCAA----T-----GT-TT---CAA--TACG--A-------TA-C----A-----TT----T--GACA--G----AAA-AA---C--A
gi|109733 : TAGGG--ATG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-TTA-GTGT-----TGA--TTCGA----TG----AT-TT--TAGA--TTTG--A-------TA-C----A-at
gi|109734 : TAGGG--TTG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--TG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CAA--TTCGA----TGTCAGAT-TT--TCGA--TTTG--A-------TA-C----A-
gi|109735 : TAGGG--ATG---G-GA-CAAT-----ACACA---AAGC-----TTA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TC-------T--CG-ATA-CA-C---GCGT-T-A-CGA--TAC-A----T-----GTATC--TCGA--TACT--A-------TA-T----A-
gi|109736 : TAGGA--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TTT-C-GAT--------TCA-AT---------TT-------T--CG-ACA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109737 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----ACATT---ACCA-----TCT-T-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCAA----TG----AT-TT--T
gi|109738 : AGGGTTCTG---AGAA-CGATTCTATACGCC---CC-T-----TCA-CCAAT---------CG-AT-AC--GTA-TT-------G--CGCATAACT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAAAATACG--AGTGGACTCA-C----T-G---TT----T--GGAA--GGAAAAAG-AA---T--ACATC-TTACTAGATG-TT-----------G-AAAT-TTATG-------------TGACCCATA-TTAA-GG-AGGCAAGA---AAATT-CTACA--TAT-AAATGAAA-TGGAAG-TTGGT-GA---TACAATAGAAGGAGTAACA-TAAGCTCC-T-TC-TTAta
gi|109739 : AGGG--CTG---A-AA-CAGT-----ACGTC---T--T-----T-----GAT--------ACG-AT-AC--GAA-AT-------GGGCA-GTA-TT-T---ATGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----GT-TC--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-----TT----T--GACA--G----AAA-AA------ACA
gi|109740 : GG--CTG---A-AA-CGAA-----TCGGC---CCCT-----T-A-C-GAT--------ACG-ATTAC--GTA-TT-------G--CG-ATT-AT-T---GTGCGC-A-CGA--T-CAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--TGAA--G----AG---A---T--A-ATC-TTA----AAG-TT-----------A-GA------TG-------------T-------T-TACA-GG-AGGTA-GA---AAATT-TTAT---CAT-AAA-GAAATT-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACAGTA--CTTCGT-GC-TTAT-GTTAATCA--CAAGGGGTTGAATAat
gi|109741 : GG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-T-GAT--------ATA-AT-GC--GTA-TT-------G--GA-ATA-CT-T-------------GA--TCCAG----T-----AT-TT--TTAA--TACG--A-------TA-T----A-T---CT----T--AAA
gi|109742 : TA-TT-------G--CA-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CAA--TTCTA----T-----AC-TT--TCAA--TCCG--A-------GA-T----A-T---TT----T--gtaaa
blockSeqs : TT TGC C G TCTAT GGTC AGCTT AG C ACTGAGAAA A TA AT G CACTATTG C A G TTAAT G AT TC A AAAG GTCAG A TC A AA AT GTGGACT G AATT . GTA ACAG CG TC GAAA GA ACCTCG T CTAG C TAATGAATTGC T A T ACTCTTCAGGTCATAT T C TAA T C C TC A T T G . G C CAT A GAGT AG G C A A AT G
blockSeqs : . . G . . C CCTT A . A . A . . GGG . . . TAGT . GA . A . G . . A T . . . . . . . . . . G T T C . . . . . TGACCCATA . . . T . C . . . . . . G . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . C . A . A . A . . G . . . CGT . A . A . G . . A . . . . . . . . . . . G T T . . . . . . TA . . . T . C . . . . . . G . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . C . A . A . A . . G . . . GT . A . A . G . . A . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . TA . . . T . C . . . . . . T . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . C . A . A . A . . G . . . GT . A . A . A . . A . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . TA . . . T . C . . . . . . T . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . C . A . A . A . . G . . . GT . A . A . G . . A . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . TA . . . T . T . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . A . A . A . . G . . . GT . A . A . G . . A . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . A . A . A . . G . . . GT . A . A . G . . A . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . A . A . C . . G . . . GT . A . A . G . . T . . . . . . . . . . . A C . . . . . . . TT . .
blockSeqs : . . . . . C . A . A . G . . G . . . GT . A . A . . . . A . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . C . A . A . G . . G . . . GT . A . G . . . . A . . . . . . . . . . . A T
blockSeqs : . . . . . C . T . A . A . . A . . . AT . T . G . . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . T . T . A . . A . . . AA . T . G . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . T . T . T . . T . . . GT . T . G . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . T . T . G . . T . . . TA . T . G . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . T . T . G . . T . . . TA . T . A . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . T . T . A . . T . . . TA . A . G . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . T . A . A . . T . . . TA . T . G . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . A . T . A . . G . . . TA . A . G . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . T . T . G . . T . . . TA . T . A . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . T . A . . . . T . . . GC . T . A . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . A . T . . . . T . . . TA . A . A . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . A . T . . . . T . . . TA . A . A . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . A . A . . . . T . . . GT . A . A . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . A . . . . G . . . AT . A . T . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . A . . . . G . . . GT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . G . . . GT . . . . . .
blockSeqs : . G . . . .
blockSeqCons : T*****
originalCons : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCGA----T-----AT-TT--TCGA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
finalCons : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCGA----T-----AT-TT--TCGA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AAT-----ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1 1111 11111111111 22222222222222222222222
lowQualScore : 22 222 2 1 33333 0 3333 66666 33 1 666666666 1 99 22 0 1 6666666666 1 1 1 66666 1 333 22 4 3333 55555 1 22 2 33 22 5555555 1 3333 1 333 5555 33 44 6666 33 111111 0 1111 3 77777777777 3 3 3 66666666666666666666666 3 4 777 1 4 2 66 4 4 4 4 4 1 4 777 4 9999 66 4 4 4 5 66 2
lowQualScore : .. ... . . ..... . .... ..... .. . ......... . .. .. . . .......... . . . ..... . ... .. . .... ..... . .. . .. .. ....... . .... . ... .... .. .. .... .. ...... . .... . ........... . . . ....................... . . ... . . . .. . . . . . . . ... . .... .. . . . . .. .
lowQualScore : 00 555 9 4 66666 6 5555 66666 44 4 333333333 4 11 00 4 4 1111111111 4 4 4 99999 4 000 00 2 0000 00000 5 00 0 77 11 0000000 5 3333 5 999 0000 44 22 5555 22 333333 9 4444 6 33333333333 6 6 6 66666666666666666666666 6 0 888 9 4 9 11 4 4 4 4 4 1 4 888 4 4444 11 4 4 4 0 99 5
consensus : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCGA----T-----AT-TT--TCGA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
Reference ( family-573 ) : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCGA----T-----AT-TT--TCGA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109714 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----ATT---TT----T--GAAA--G----AAG-AA------ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAGTTTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109715 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATCTTTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAA-T-TTA-A--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109716 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATCTTTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCAAGA---AAA-T-TTA-A--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TT-GT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAA-GGGTGAAATA
gi|109717 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-ATCGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TTTAATGAATTGCA-AAATAT-ATG-------------T-------A-TT-A-GG-AGGCAAGATAAAAGTT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGTCGA---TAC-AT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109718 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TT-------G--CG-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAG-AA---T--ACATC-TTA----AAG-TT-----------G-AAAT-T-ATG-------------T-------A-TTCA-GG-AGGCGAGG---AAATT-TTACA--TAT-AAA-GAAA-T-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCA--CAAGGGGTGAAATA
gi|109719 : TAGGG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----C---C-GAT--------ACGAAT-AC--GTA--T-------G--CA-ATA-CT-TC--GTGC-C-A-CGATCTTCAAAAAGT-----AT-TT--TCAAT-TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--GAAA--G----AAGAAA---T--ACACT-TTA----AAGCTT-----------G-AAAT-T-AAA-------------T---------TTCA-GGCACGCAAGA---AAATTCTTACATCTATAAAA-GAAA-T-GAAG-TTTGT-GACATTGCAAT---CG----AGCACTA--CTTC-TCGCATTATAGTTAAACA--AAAGGGGTGAAATA
gi|109720 : TAGGG--CTG---A-AA-ACAT-----ATCCC---CTCT-----TCAGC-GATACTGAGAAACG-AT-AT--ATAGTT-------G--CG-ATA-CTGT---GTGC-CGA-CGA--TTC-A----T-----AT-TTTCTCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----CCGGAAA--G----AAG--A---T--ACATC-TTAC---AAG-TT-----------GTAAAT-T-ATGACTCTTCAGGTCAT-------ATTTCATGG-AGGCAAGA---AAATT-TGACA--TAT-GAA-AGAA-T-GAAG-TTTGT-TG---TACAAT-GAAG----AACACTA--CTTC-T-GC-TTAT-GTAAATCAATCAA-GGGTGAAGT
gi|109721 : TAGGG--CTG---A-AA-CAAT-----ACACCGGTCCCTAGCTTTCA-C-AAC--------AGG-AT-ACATGTA-TT-------G--CT-ATA-CT-T---GTGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----AA-TT--TCAA--TACA--A-------TA-C----A-T---TT----
gi|109722 : TAAGG--CTG---A-AA-CGAT-----GCGAC---AACT-----TCA-T-GAT--------ACA-AC-CC--ATA-TT-------G--CA-ATA-CT-T---GTGC-C-A-TGA--TTCAG----T-----AT-TT--TCAA--TACGATA-------TA-C----A-TGTATT----T--TAGA--G----TAT-AAACCTCGATATCTTTG----AAG--------------A-AAAT-T--TG-------------T-------T-TTCA-ccaagattcacaataacaattttagaag
gi|109723 : TAGGG--CTG---A-G--CAAT-----ATGCC---CCCT-----TTA-C-GAT--------ACG-AT-GC--ATC-CT-------G--CA-TTA-CT-C---GTGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCTA--TATG--A-------TA-CAATTA-T---TTACAGT--AAAATCA----AAT-AA---A--ACAT--TTG----AAG--------------G-AAA----ATT-------------T-------A-ATTA-GA-AG
gi|109724 : TAGGG--CTG---G-GGGTGAT-----GTGCC---CCCTCCTT-TCA-C-TAT--------ATG-AT-GC--GTA-TTCACTATTG--CA-ATA-CT-T---ATGT-C-A-TAA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAG--CACG--G-------TA-T----A-T---CT----T--
gi|109725 : TAGGG--CTGTGCACAA-CGAT-----ACACC---CACC-----TCA-C-AAT--------ACG-AT-AT--GTA-TC-------A--CG-ATA-TT-T---AACT-C-A-CGA--TACAA----T-----Aacataaaa
gi|109726 : TAGCA--CTG---A-AA-CGAT-----ACACC---CCCT-----TTA-T-GAC--------ACA-AT-AC--ATA-TT-------A--CA-ATA-AT-T---GT
gi|109727 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-AAT--------TCG-AT-TC--GAT-TT-------T--TG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCAA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109728 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCA-AT-GC--GAT-TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TTGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109729 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TTT-C-GAT--------TCG-AT-GC--GAT-TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGT----TG----AT-TT--TCGA--TACA--A-------TAGC----A-T---
gi|109730 : TAGGT--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TA----AT-TT--TCGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109731 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCA-AT---------TT-------T--AG-ATA-TT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCAA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109732 : TAAGG--CTG---A-AA-CAGT-----ACGTC---T--T-----T-----GAT--------ACG-AT--C--GAA-AT-------G---G-GCA-GT-TTTAATGC---A-TGA--TTCAA----T-----GT-TT---CAA--TACG--A-------TA-C----A-----TT----T--GACA--G----AAA-AA---C--A
gi|109733 : TAGGG--ATG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-TTA-GTGT-----TGA--TTCGA----TG----AT-TT--TAGA--TTTG--A-------TA-C----A-at
gi|109734 : TAGGG--TTG---A-AA-CGAT-----ACAGT---ACCT-----TCT-C-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--TG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CAA--TTCGA----TGTCAGAT-TT--TCGA--TTTG--A-------TA-C----A-
gi|109735 : TAGGG--ATG---G-GA-CAAT-----ACACA---AAGC-----TTA-C-GAT--------ACG-AT-AC--GTA-TC-------T--CG-ATA-CA-C---GCGT-T-A-CGA--TAC-A----T-----GTATC--TCGA--TACT--A-------TA-T----A-
gi|109736 : TAGGA--GTG---A-AA-CGAT-----GCAGT---ACCT-----TTT-C-GAT--------TCA-AT---------TT-------T--CG-ACA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCGA----TG----AT-TT--TCGA--TTCG--A-------TA-C----A-
gi|109737 : TAGGG--GTG---A-AA-CGAT-----ACATT---ACCA-----TCT-T-GAT--------TCG-AT---------TT-------T--CG-ATA-CT-T---TAGT-C-T-CGA--TTCAA----TG----AT-TT--T
gi|109738 : AGGGTTCTG---AGAA-CGATTCTATACGCC---CC-T-----TCA-CCAAT---------CG-AT-AC--GTA-TT-------G--CGCATAACT-T---GTGC-C-A-CGA--TTCAA----T-----AT-TT--TCAAAATACG--AGTGGACTCA-C----T-G---TT----T--GGAA--GGAAAAAG-AA---T--ACATC-TTACTAGATG-TT-----------G-AAAT-TTATG-------------TGACCCATA-TTAA-GG-AGGCAAGA---AAATT-CTACA--TAT-AAATGAAA-TGGAAG-TTGGT-GA---TACAATAGAAGGAGTAACA-TAAGCTCC-T-TC-TTAta
gi|109739 : AGGG--CTG---A-AA-CAGT-----ACGTC---T--T-----T-----GAT--------ACG-AT-AC--GAA-AT-------GGGCA-GTA-TT-T---ATGC-C-A-TGA--TTCAA----T-----GT-TC--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-----TT----T--GACA--G----AAA-AA------ACA
gi|109740 : GG--CTG---A-AA-CGAA-----TCGGC---CCCT-----T-A-C-GAT--------ACG-ATTAC--GTA-TT-------G--CG-ATT-AT-T---GTGCGC-A-CGA--T-CAA----T-----AT-TT--TCAA--TACG--A-------TA-C----A-T---TT----T--TGAA--G----AG---A---T--A-ATC-TTA----AAG-TT-----------A-GA------TG-------------T-------T-TACA-GG-AGGTA-GA---AAATT-TTAT---CAT-AAA-GAAATT-GAAG-TTGGT-GA---TACAAT-GAAG----AACAGTA--CTTCGT-GC-TTAT-GTTAATCA--CAAGGGGTTGAATAat
gi|109741 : GG--CTG---A-AA-CGAT-----ACGCC---CCCT-----TCA-T-GAT--------ATA-AT-GC--GTA-TT-------G--GA-ATA-CT-T-------------GA--TCCAG----T-----AT-TT--TTAA--TACG--A-------TA-T----A-T---CT----T--AAA
gi|109742 : TA-TT-------G--CA-ATA-CT-T---GTGC-C-A-CAA--TTCTA----T-----AC-TT--TCAA--TCCG--A-------GA-T----A-T---TT----T--gtaaa