lowQualScore                  :       33    3  1 1   2222 22  444444 1 1    555    33 1 2 222 1 2 22      333    555   3   22   33333     2   
lowQualScore                  :       ..    .  . .   .... ..  ...... . .    ...    .. . . ... . . ..      ...    ...   .   ..   .....     .   
lowQualScore                  :       55    0  5 4   7777 00  111111 4 4    000    11 4 9 555 4 9 00      999    444   0   11   88888     0   
consensus                     : CACAGG--GGCT-CG-T-CACG---A--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
Reference ( gi|77180 )        : CACAGG--GGCT-CG-T-CACA---A--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77182                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CACG---A--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTATACCGTATTT-ACA
gi|77183                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CAAG---A--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCT---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77184                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CACG---A--AC------A-T-TTTG---TCTTA-T-T-G---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-
gi|77185                      : CACAGG--GACT-CG-T-CATA---A--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-G-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATT
gi|77186                      : CACAGG--GACT-CA-T-CACA---A--AC------T-T-TTTG---TCTTG-T-T---------A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77187                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CACG---A--AC------T-T-TTTG---TCT---T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ATCG---TCT-ATT--CTA------ATTT-
gi|77181                      : CGCAGG--GGCT-CA-T-CACA---A--AC------TGT-TTTG---TTTTA-T-T-A---A-A-A--TTT-AC---ACCA---TCT-ATT--CTT-----TATTT-AC
gi|77188                      : CACAGG--GACT-CG-T-CATG---A--AG------A-T-TTTG---TCTTA-T-T-G---T-T-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77189                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CACC---A--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACAG---T
gi|77190                      : CACAGG--TGCT-CG----------A--AC------T-T-TTTG---TCTTT-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TAT-ATT--CTA-----TATT
gi|77191                      : CACAAG--GACT-TG-T-CATG---A--AC------T-T-ATTG---TCTCA-T-T-G---T-T-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-
gi|77192                      : CACAGG--GGCTTCG-T-CAAA---A--ACGAAACTT-T-TTTG---TCTTA-C-T-A---ACACA--TTTGAC---AC-G---TCTGATT--CTA-----TATTT-AC
gi|77193                      : CACGCG--GGTT-CC-T-TAAG---G--AC------T-T-TTTG---TCCTC-T-T-A---A-A-A--CCTGAC---ACCA---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77194                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CACG---A--AC------T-T-TTTG----------------------------AC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-AC
gi|77196                      : CACAGG--G-CT-CG-T-CACA---A--AC------T-T-TTTG---CTTCA-T-T-AAACA-A-G--TTTGACA--ACCG---TCT-ATTTCCCA-----TAT
gi|77197                      : CACAGG--G-CT-CG-T-CACG---A--AC------T-T-GTTG---TCTT--T-T-A---A-A-AATTTTGAC---ACCGGTCTCT--TT--CTA-----TAT
gi|77195                      : CACCGG--GGCT-CG-C-CACA---A--AC------T-T-TTTG----------------------------AC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77198                      : CACAGGACGGCTTCG-TACACG---A---C------T-T-TTTG---TCTTA-T-TAA---A-A-A--TTTGCCTCAACCG---TCT-ATT--CT------CATTTGACA
gi|77200                      : CACAGG--GGCT-TG-T-CACA---A--AA------T-A-TTTGCATTCTTATT-T-A---A-A-A----TGA----ACCC---TC----T--CTA-----TATT
gi|77199                      : CACAGG--GGCT-TG-T-CACA---A--AA------T-A-TTTACGTTCTTA-TGT-A---A-A------TGAC---ACCGC--TCT-AT
gi|77201                      :  ACAGG--GGCT-CG-T-CACA---A--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77202                      :  ACAGAA-GGCT-CGGT-CACG---ACCAT------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-ATA--TCTGAC---ACCG---TCT--TT--CTA-----TATTT-
gi|77203                      :  ACAGG--TGCT-C-----ACA---T--GG------T-TATTTG---TCTTT-T-TTA---A-A-A--TTTGAC---ATCG---TCT-ATT--CTA-----CAT
gi|77204                      :   CAAG--GACT-TG-T-CACG---A--AC------T-T-ATTG---T-----------------A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATA--CTA-----TATTT-ACA
gi|77205                      :    AGT--GGCT-CG-T-CAAA---A--AC------T-T-TTTG---TCTTAAT-G-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77206                      :      G--GGCT-CG-T-CACG---A--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---CTCA---TAT-TTT--CTA-----TATTT-ATA
gi|77207                      :      G--GATT-CG-A-TACG---A--AC------T-T-TTTC---TCTTC-T-T-A---A-A-A--GTTGAT---ACCA---TCT-ATT--CTA-----TATTC-AC
gi|77208                      :                  -CACAGGGA--AC------T-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---G-A-A--TTTGAC---ACCGT--TCTAATT--CTA-----TATTT-ACA





Alignments
lowQualScore                  :       33    2  1 1  3333   11 11  1 1    444     2 1 2 222 1 2 11      333    555   2   22   33333     1   
lowQualScore                  :       ..    .  . .  ....   .. ..  . .    ...     . . . ... . . ..      ...    ...   .   ..   .....     .   
lowQualScore                  :       44    9  4 4  0000   99 99  4 4    888     8 4 8 444 4 8 99      888    222   9   00   77777     9   
consensus                     : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
Reference ( family-572 )      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77180                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77181                      : CGCAGG--GGCT-CA-T-CA----CAA--A--CTGT-TTTG---TTTTA-T-T-A---A-A-A--TTT-AC---ACCA---TCT-ATT--CTT-----TATTT-AC
gi|77182                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTATACCGTATTT-ACA
gi|77183                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----AGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCT---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77184                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CA-T-TTTG---TCTTA-T-T-G---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-
gi|77185                      : CACAGG--GACT-CG-T-CA----TAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-G-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATT
gi|77186                      : CACAGG--GACT-CA-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTG-T-T-A----------TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77187                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCT---T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ATCG---TCT-ATT--CTA------ATTT-
gi|77188                      : CACAGG--GACT-CG-T-CA----TGA--A--GA-T-TTTG---TCTTA-T-T-G---T-T-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77189                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CCA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACAG---T
gi|77190                      : CACAGG--TGCT-CG-----------A--A--CT-T-TTTG---TCTTT-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TAT-ATT--CTA-----TATT
gi|77191                      : CACAAG--GACT-TG-T-CA----TGA--A--CT-T-ATTG---TCTCA-T-T-G---T-T-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-
gi|77192                      : CACAGG--GGCTTCG-T-CAAAAACGA--AACTT-T-TTTG---TCTTA-C-T-A---ACACA--TTTGAC---AC-G---TCTGATT--CTA-----TATTT-AC
gi|77193                      : CACGCG--GGTT-CC-T-TA----AGG--A--CT-T-TTTG---TCCTC-T-T-A---A-A-A--CCTGAC---ACCA---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77194                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-----------------------------TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-AC
gi|77195                      : CACCGG--GGCT-CG-C-CA----CAA--A--CT-T-TTTG----------------------------AC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77196                      : CACAGG--G-CT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---CTTCA-T-T-AAACA-A-G--TTTGACA--ACCG---TCT-ATTTCCCA-----TAT
gi|77197                      : CACAGG--G-CT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-GTTG---TCTT--T-T-A---A-A-AATTTTGAC---ACCGGTCTCT--TT--CTA-----TAT
gi|77198                      : CACAGGACGGCTTCG-TACA----CGA-----CT-T-TTTG---TCTTA-T-TAA---A-A-A--TTTGCCTCAACCG---TCT-ATT--CT------CATTTGACA
gi|77199                      : CACAGG--GGCT-TG-T-CA----CAA--A--AT-A-TTTACGTTCTTA-TGT-A---A-A------TGAC---ACCGC--TCT-AT
gi|77200                      : CACAGG--GGCT-TG-T-CA----CAA--A--AT-A-TTTGCATTCTTATT-T-A---A-A-A----TGA----ACCC---TC----T--CTA-----TATT
gi|77201                      :  ACAGG--GGCT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77202                      :  ACAGAA-GGCT-CGGT-CA----CGACCA--TT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-ATA--TCTGAC---ACCG---TCT--TT--CTA-----TATTT-
gi|77203                      :  ACAGG--TGCT-CA---CA----TGG------T-TATTTG---TCTTT-T-TTA---A-A-A--TTTGAC---ATCG---TCT-ATT--CTA-----CAT
gi|77204                      :   CAAG--GACT-TG-T-CA----CGA--A--CT-T-ATTG---T-----------------A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATA--CTA-----TATTT-ACA
gi|77205                      :    AGT--GGCT-CG-T-CA----AAA--A--CT-T-TTTG---TCTTAAT-G-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77206                      :      G--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---CTCA---TAT-TTT--CTA-----TATTT-ATA
gi|77207                      :      G--GATT-CG-A-TA----CGA--A--CT-T-TTTC---TCTTC-T-T-A---A-A-A--GTTGAT---ACCA---TCT-ATT--CTA-----TATTC-AC
gi|77208                      :                          GA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---G-A-A--TTTGAC---ACCGT--TCTAATT--CTA-----TATTT-ACA





Alignments
lowQualScore                  :       33    2  1 1  3333   11 11  1 1    444     2 1 2 222 1 2 11      333    555   2   22   33333     1   
lowQualScore                  :       ..    .  . .  ....   .. ..  . .    ...     . . . ... . . ..      ...    ...   .   ..   .....     .   
lowQualScore                  :       44    9  4 4  0000   99 99  4 4    888     8 4 8 444 4 8 99      888    222   9   00   77777     9   
consensus                     : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
Reference ( family-572 )      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77180                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77181                      : CGCAGG--GGCT-CA-T-CA----CAA--A--CTGT-TTTG---TTTTA-T-T-A---A-A-A--TTT-AC---ACCA---TCT-ATT--CTT-----TATTT-AC
gi|77182                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTATACCGTATTT-ACA
gi|77183                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----AGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCT---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77184                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CA-T-TTTG---TCTTA-T-T-G---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-
gi|77185                      : CACAGG--GACT-CG-T-CA----TAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-G-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATT
gi|77186                      : CACAGG--GACT-CA-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTG-T-T-A----------TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77187                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCT---T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ATCG---TCT-ATT--CTA------ATTT-
gi|77188                      : CACAGG--GACT-CG-T-CA----TGA--A--GA-T-TTTG---TCTTA-T-T-G---T-T-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77189                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CCA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACAG---T
gi|77190                      : CACAGG--TGCT-CG-----------A--A--CT-T-TTTG---TCTTT-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TAT-ATT--CTA-----TATT
gi|77191                      : CACAAG--GACT-TG-T-CA----TGA--A--CT-T-ATTG---TCTCA-T-T-G---T-T-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-
gi|77192                      : CACAGG--GGCTTCG-T-CAAAAACGA--AACTT-T-TTTG---TCTTA-C-T-A---ACACA--TTTGAC---AC-G---TCTGATT--CTA-----TATTT-AC
gi|77193                      : CACGCG--GGTT-CC-T-TA----AGG--A--CT-T-TTTG---TCCTC-T-T-A---A-A-A--CCTGAC---ACCA---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77194                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-----------------------------TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-AC
gi|77195                      : CACCGG--GGCT-CG-C-CA----CAA--A--CT-T-TTTG----------------------------AC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77196                      : CACAGG--G-CT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---CTTCA-T-T-AAACA-A-G--TTTGACA--ACCG---TCT-ATTTCCCA-----TAT
gi|77197                      : CACAGG--G-CT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-GTTG---TCTT--T-T-A---A-A-AATTTTGAC---ACCGGTCTCT--TT--CTA-----TAT
gi|77198                      : CACAGGACGGCTTCG-TACA----CGA-----CT-T-TTTG---TCTTA-T-TAA---A-A-A--TTTGCCTCAACCG---TCT-ATT--CT------CATTTGACA
gi|77199                      : CACAGG--GGCT-TG-T-CA----CAA--A--AT-A-TTTACGTTCTTA-TGT-A---A-A------TGAC---ACCGC--TCT-AT
gi|77200                      : CACAGG--GGCT-TG-T-CA----CAA--A--AT-A-TTTGCATTCTTATT-T-A---A-A-A----TGA----ACCC---TC----T--CTA-----TATT
gi|77201                      :  ACAGG--GGCT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77202                      :  ACAGAA-GGCT-CGGT-CA----CGACCA--TT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-ATA--TCTGAC---ACCG---TCT--TT--CTA-----TATTT-
gi|77203                      :  ACAGG--TGCT-CA---CA----TGG------T-TATTTG---TCTTT-T-TTA---A-A-A--TTTGAC---ATCG---TCT-ATT--CTA-----CAT
gi|77204                      :   CAAG--GACT-TG-T-CA----CGA--A--CT-T-ATTG---T-----------------A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATA--CTA-----TATTT-ACA
gi|77205                      :    AGT--GGCT-CG-T-CA----AAA--A--CT-T-TTTG---TCTTAAT-G-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77206                      :      G--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---CTCA---TAT-TTT--CTA-----TATTT-ATA
gi|77207                      :      G--GATT-CG-A-TA----CGA--A--CT-T-TTTC---TCTTC-T-T-A---A-A-A--GTTGAT---ACCA---TCT-ATT--CTA-----TATTC-AC
gi|77208                      :                          GA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---G-A-A--TTTGAC---ACCGT--TCTAATT--CTA-----TATTT-ACA


blockSeqs                     :       AC    T  G A  AAAA   CC AC  G A    CGT     T G A AAC C C AT      TCA    GTC   G   TC   TACCG     G
blockSeqs                     :       A     T  . .  .      .  .   . .    CAT     A . T .   . T .       A      C     A   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      T     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .         .
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .          
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .          
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .          
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .          
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .          
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .   .    .          
blockSeqs                     :       .     .  . .  .      .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .     .                   
blockSeqs                     :                            .  .   . .    .       . . . .   . . .       .      .                         


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
finalCons                     : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA





Alignments
lowQualScore                  :       33    2  1 1  3333   11 11  1 1    444     2 1 2 222 1 2 11      333    555   2   22   33333     1   
lowQualScore                  :       ..    .  . .  ....   .. ..  . .    ...     . . . ... . . ..      ...    ...   .   ..   .....     .   
lowQualScore                  :       44    9  4 4  0000   99 99  4 4    888     8 4 8 444 4 8 99      888    222   9   00   77777     9   
consensus                     : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
Reference ( family-572 )      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77180                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77181                      : CGCAGG--GGCT-CA-T-CA----CAA--A--CTGT-TTTG---TTTTA-T-T-A---A-A-A--TTT-AC---ACCA---TCT-ATT--CTT-----TATTT-AC
gi|77182                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTATACCGTATTT-ACA
gi|77183                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----AGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCT---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77184                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CA-T-TTTG---TCTTA-T-T-G---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-
gi|77185                      : CACAGG--GACT-CG-T-CA----TAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-G-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATT
gi|77186                      : CACAGG--GACT-CA-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTG-T-T-A----------TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77187                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCT---T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ATCG---TCT-ATT--CTA------ATTT-
gi|77188                      : CACAGG--GACT-CG-T-CA----TGA--A--GA-T-TTTG---TCTTA-T-T-G---T-T-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77189                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CCA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACAG---T
gi|77190                      : CACAGG--TGCT-CG-----------A--A--CT-T-TTTG---TCTTT-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TAT-ATT--CTA-----TATT
gi|77191                      : CACAAG--GACT-TG-T-CA----TGA--A--CT-T-ATTG---TCTCA-T-T-G---T-T-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-
gi|77192                      : CACAGG--GGCTTCG-T-CAAAAACGA--AACTT-T-TTTG---TCTTA-C-T-A---ACACA--TTTGAC---AC-G---TCTGATT--CTA-----TATTT-AC
gi|77193                      : CACGCG--GGTT-CC-T-TA----AGG--A--CT-T-TTTG---TCCTC-T-T-A---A-A-A--CCTGAC---ACCA---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77194                      : CACAGG--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-----------------------------TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-AC
gi|77195                      : CACCGG--GGCT-CG-C-CA----CAA--A--CT-T-TTTG----------------------------AC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77196                      : CACAGG--G-CT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---CTTCA-T-T-AAACA-A-G--TTTGACA--ACCG---TCT-ATTTCCCA-----TAT
gi|77197                      : CACAGG--G-CT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-GTTG---TCTT--T-T-A---A-A-AATTTTGAC---ACCGGTCTCT--TT--CTA-----TAT
gi|77198                      : CACAGGACGGCTTCG-TACA----CGA-----CT-T-TTTG---TCTTA-T-TAA---A-A-A--TTTGCCTCAACCG---TCT-ATT--CT------CATTTGACA
gi|77199                      : CACAGG--GGCT-TG-T-CA----CAA--A--AT-A-TTTACGTTCTTA-TGT-A---A-A------TGAC---ACCGC--TCT-AT
gi|77200                      : CACAGG--GGCT-TG-T-CA----CAA--A--AT-A-TTTGCATTCTTATT-T-A---A-A-A----TGA----ACCC---TC----T--CTA-----TATT
gi|77201                      :  ACAGG--GGCT-CG-T-CA----CAA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77202                      :  ACAGAA-GGCT-CGGT-CA----CGACCA--TT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-ATA--TCTGAC---ACCG---TCT--TT--CTA-----TATTT-
gi|77203                      :  ACAGG--TGCT-CA---CA----TGG------T-TATTTG---TCTTT-T-TTA---A-A-A--TTTGAC---ATCG---TCT-ATT--CTA-----CAT
gi|77204                      :   CAAG--GACT-TG-T-CA----CGA--A--CT-T-ATTG---T-----------------A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATA--CTA-----TATTT-ACA
gi|77205                      :    AGT--GGCT-CG-T-CA----AAA--A--CT-T-TTTG---TCTTAAT-G-A---A-A-A--TTTGAC---ACCG---TCT-ATT--CTA-----TATTT-ACA
gi|77206                      :      G--GGCT-CG-T-CA----CGA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---A-A-A--TTTGAC---CTCA---TAT-TTT--CTA-----TATTT-ATA
gi|77207                      :      G--GATT-CG-A-TA----CGA--A--CT-T-TTTC---TCTTC-T-T-A---A-A-A--GTTGAT---ACCA---TCT-ATT--CTA-----TATTC-AC
gi|77208                      :                          GA--A--CT-T-TTTG---TCTTA-T-T-A---G-A-A--TTTGAC---ACCGT--TCTAATT--CTA-----TATTT-ACA