lowQualScore                  :                          11                222222222222222222222                           222222222                                                                                   11                                                                  
lowQualScore                  :   4   1  888   3 1  33   33  22  1  5 1 22 000000000000000000000     4444    555       1   111111111 1   3 666 4 1    1 1  3  1 1  1   44 0 1 22   4444 222     3  3     3   1    1    55 4444  1  33  999999 33  1 1 1  8888  33 33333   1   66666        
lowQualScore                  :   .   .  ...   . .  ..   ..  ..  .  . . .. .....................     ....    ...       .   ......... .   . ... . .    . .  .  . .  .   .. . . ..   .... ...     .  .     .   .    .    .. ....  .  ..  ...... ..  . . .  ....  .. .....   .   .....        
lowQualScore                  :   5   7  555   1 5  77   55  44  5  9 5 00 000000000000000000000     3333    777       4   999999999 5   0 333 4 5    5 5  0  5 5  5   33 3 5 00   6666 666     0  0     0   5    5    99 6666  5  55  666666 77  5 5 5  5555  77 88888   5   44444        
consensus                     :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-ATCA-AA-AA-T-C--TC-------------------GAATTTT-C-TCGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-C-N-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-TCGCG-TCC-CAGA-TCAA-TT----TG-CT--GCG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
Reference ( gi|94488 )        :  GTAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-TTCA-AA-AA-T-C--TC-------------------AAATTTT-C-TCGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-C-A-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-TCGCG-TCC-CAGA-TCAA-AT----TG-CT--GCA-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94472                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-ATCA-AA-AA-T-C--TT-------------------GAATTTT-C-TCGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-C-A-G-A-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACCGTT--TTT----A---AACAA-TG-TCGCG-TCT-CAGA-TCAA-TT----TG-CT--GCA-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94489                      : aGTAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-TTC--AA-AA-T-C--TC-------------------GAATTTTCC-TCGA--TATTCGGGAACGC-G------T-CCT-G-A-G-A-CAAG-T-CCAGC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT--------AACAC-TG-TCACG-T-C-CAGA-T-AA-TT----TG-CT--GCG-----T--ATAA-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGT
gi|94473                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-ATCA-AA-AAAT-C--TT-------------------GAATTTT-T-CTGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-C-A-GGA-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-TCGCG-TCT-CAGA-TC-A-TT----TG-CT--GCA-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TT------TTGCGTTA
gi|94491                      : aGTAGA-TT---GATTC-CC--GAC-TT-A-AA-AA-T-C--T--------------------GAATTTT-C-TCGA--TATTCGGG-ACGC--------T-CCT-T-A-G-A-AGGG-T-CC-GC-G-GA-CGC--CCG-T--TTT----A---AACAA-TG-TTGCG-TCC-CAGA-T-AA-AT----TGCCT--GCG--------AT-A-T-T-----CG--CAGCATAGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94476                      :  GCAGA-TTT--GAT-C-CTT-GAC-GTCA-AAAAA-T-C--TC-------------------GAATTTC-C-TCGA--TA-TCAGG-ATGC-G------T--CT-C-A-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ATCG-T--TTT----A---AACAA-TGTTCGCA-TCC-CAGC-TCAA-TT----TG-CT--GCG-----T--AT-ATT-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCG
gi|94474                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-ATCA-AA-AAAT-C--TT-------------------GAATTTT-T-CTGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-C-A-GGA-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACC--T--TTT----A---AACAA-TG-TCGCGTTCT-CAGA-TC-A-TT----TG-CT--GCA-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TT------TTGCGTT
gi|94475                      : aGCAGA-TT---GATTC-CC--GAC-ATCA-AA-AA-TTC--TC-------------------GAATTCT-CCTCAG--AATTCGGG---GT-G------T-CCTTC-A-G-A-CGAGGT-CC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-TCGCGTTCC-CTGA-TCAATTT----TG-CT--GCG-----T--AT-A-TATA----CG--C-----AGATTTC-----TTGCG
gi|94481                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-CCAA-AA-AA-T-C--TC-------------------GAATTT--C-TCGA--TATTCGGG-ACGA-G------T--------------GAG-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACCA-T--TTA----A---AAAAAATG-CCGCG-TCC--AGA-TCAA-TT----TG-CT--GCA-----T--AC-A-T-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94477                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CT--GAC-GTCA-AA-AAAT-C--TC-------------------GAATTC--C-TCGA--TATTCGGG-AGGC-A------T-ACTCC-A-G-A-CGAG-T--C-GC-G-AA-CGC-ATCG----TTT----A---AACAA-TA-T-GCA-TCC-CAGC-TCAA-TT----TG-CT--GCG-----T--AT-A-T-TAT---TG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTT
gi|94480                      : aGCAGA-TT---GAT-G-CC--GAC-ATCA-AA-TA-T-C--TC-------------------GAATTTT-C-TCGA--TATTCGGG-ACGC-A------T-CCT-C-A-T-A-CGAG-T-CC-GT-G---------CCA-T--TTT----A---AAAAA-TA-CCGCG-TTC-CAGA-TCAA-TT----TG-CT--GCG-----TA-AT-A-T-TAATGTCA--T-----AGA-TTCTTTCTTTGCGTTA
gi|94490                      : aGCAGA-TTT--GAT-C-C---GAC-CCAA-AA-AA-T-C--TC-------------------GAATTTC-G-TCTA--TATTCGGG-ACGA-G------T--------------GAG-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACCA-T--TTA----A---AAAAA--G--CGCG-TCC-CAGA-T-AA-TT----TG-CT--GCA-----T--AC-A-T-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94492                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-ATCA-AA-TT-T-C--CG-------------------AAATTTC-C-TCGA--CATC--GG-ATGCTG------T-CCT-C-A-G-A-CGAA-T-C--GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-TTGCG-TCC-CAGA-T-AA-TT----TG-TT--
gi|94493                      :  GCAGA-CA---GAT-C-CC--GAC-ATCT-AA-AA-T-C--TCCTGAGTTTTTAAAATGTTCGAATTTC-C-TCAA--TGTCCGGA-ACGC-A------T-ATT-C-T-G-A-CGAG-T-CC-GT-C-AA-TGC-AAGG-T--TTT----A---AACA--TG-TTGCG-TCC-AAGA-TCAA-TT----TG-CT--TCG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCAT
gi|94483                      :  GCAAA-TT---GAT-C-CT--GAC-ATCT-AA-AA-T-C--T--------------------AAGTTTT-T----A--AACTCACG-A-AT-T------T-CCT-A-T-G-A-CAAA-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AATGA-TG-TTGTG-TCC-CAGA-TCAA-TT----TG-TT--GTG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTA-----TTG
gi|94484                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-ATCT-AA-AA-T-C--TC-------------------CGAGTTT-T-TTAA--CGTGCGAA----T-T------T-TCT-C-T-G-A-TACG-T-CT-GC-G-GA-CGT-CTTT-T--TTT----A---AACAA-TT-TCGCG-TCC-CAAA-TCAA-TG----TG-TT--GCG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94478                      : aGCAGAGTT---GAT-C-CC--GAC-ATCA-TA-AA-C-C--TC-------------------GA---------C------TTCAGG-ACA--G------T-CCT-C-T-G-A-CGAG-T-CC-GT-G-GA--GCGACAG-T--TTT----T---AACAC-TG-CTGCA--CC-CAGA-TCAA-TT----TG-CT--GCG-----T--AT-A-T-TAGG--CT--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94486                      : aGCAGA-TT---GAT-T-CCACGACATTCA-CA-AA-T-TCATC-------------------GAATCT--C-TCGAACCATTCGGG-ATGC-G------TTCCT-C-A-G-AACGAG-T-CC-GC-AAGA-CGC-ACTG-TGTCTT----ACAAAACAAATG-TCGCG-TCA-CCGA-CC-A-AT----TG-TTC-GCGATTTTT--AA-A-T-TAG---CGA-C-----AGA-TTC-----TT
gi|94479                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GAC-ATCA-TA-AA---C--T------------------------------TCGA--CATTCAGG-ACA--G------T-CCT-C-ATG-A-AGAG-T-CC-GG-G-GG-CA--ACAG-T--TTT----A---A-CAC-TG-CTGCA--AC-CAGA-TCAA-TT----TG-CT--GCG-----T--AT-A-T-TA----CGCTC-----AGA-TT
gi|94485                      : aGCAGA-TT---GAT-C-C---GAC-ATCT-AA-AA-T-C--TC-------------------CGAGTTT-T-TTAAC-TGTGCGAA----T-T------T-TCT-C-T-G-A-TACG-T-CCTGCCG-GA-CGT--CTT-T--TTTTTTTA---AACAA-TT-TCGCG-TCCGCA-A-TCAA-GTG---TG-GTTGGCG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA--TC-----TTG
gi|94487                      : aGCAGA-TG---GAT-C-CC--AAC-ATAA-AA-AAAT-C--TT-------------------GAATTTT-C-TCGA--TATTCGGG-A
gi|94494                      :   aAGA-TT---GAT-CTCC--GAC-TTAATAA-AA-T-C--TC-------------------GAATTTT-C-TCGA--TATTCGG--ACGT-A------T-CCG-CTA-G-A-TGAG-T-TC-GC-G--A-CGC-ACCG-T---------A---AACAA-TG-TTGCA-TCC-CAGAATCAA-TT----TG-CT--GC------T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94496                      :    AGA-TTCCCGAT-C-T---GAC-ATCT-AA-AA-T-C--TC-------------------CGAGTTT---------------GA-ACGT-GCGAATTT-CCT-C-T-G-A-TAAA-T-CT-GC-G-GA-CGT--CTG-T--TTT----A---AACAA-TG-TCGCT-TCG-CAGA-TCAA-GT----TG-CT--GCAG----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TT
gi|94495                      :    AGA-TTCCCGAT-C-T---GAC-ATCT-AA-AA-T-C--TC-------------------CGAGTTT---------------GA-ACGT-GCGAATTT-CCT-C-T-G-A-TAAA-T-CT-GC-G-GA-CGT--CTG-T--TTT----A---AACAA-TG-TCGCT-TCG-CAGA-TCAA-GT----TG-CT--GCAG----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TT
gi|94482                      :      A-TT---GA----CC--GAC-AGCA-AT----T-C--TC-------------------GAAGTCC-C-TCGA--CAT-CGGA-ATTC-G------T-CCT-C-A-GCA-CGAG-TTCC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TGTTCGCG-TCC-CAGA-TCAATTT----TG-C---GCG-----TTAAT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTCT----TTGCGTTA
gi|94497                      :      agca---GAT-C-CC--GAC-ATCT-AA-AA-T-C--TC-------------------CGAGTTT-T-T-----------GA-ACGT-GCAAATTT-CCT-C-T-G-A-TAAG-T-CC-GT-G-GA-CGT-TCTG-T--TTT----A---AACAA-TG-TCGCG-TCT-GAAA-TCAA-TT----TG-CT--GCG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94498                      :          ---GAA-C-CC--GAC-ATCT-AA-AA-T-C--TCCG-----------------AGATTTT-T-T-------TTTGGA-ACGT-GCGAATTT-CCT-C-T-G-A-TAGG-A-CC-GC-G-GAACGT-CCTG-T--TTTT---A---AACAA-TT-TC-CT-TCT-T----TCAA-ATCATGTG-TT--GCG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94499                      :                                    A-T-C--T--------------------AAATTCT-C-CCGA--GTTTTTTA-ACGT-GCGAATTT-TCT-C-T-G-A-TACG-T-CC-GC-G-GG-CGT-CTTG-T--TTT----A---AACAA-TA-TCGCG-TCC-CAGA-TCAA-TA----TG-CT--GCG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94500                      :                                                               gacATTTC-C-TTGT--TATCCTGG-ACAT-G------T-CCT-T-T-G-A-TGGG-T-CC-AC-A-GA-TGC-ACA-------T----A---AACAA-TA-TCAGG-TCT-CAGA-TGAA-TT----TG-CT--GTA-----T--CC-A-T-T------G--T-----AGA-TT





Alignments
lowQualScore                  :                                             2222222222222222222                                   111111111                                                                                                                                                     
lowQualScore                  :       1  888   3 1  33     1 444    5 1 22  1111111111111111111  1    99999999999999999       1   777777777 1   2 44 4 1    1 1  2  1 1  1   33 1 1 22   4444 222     2  1 1    2  22 1    1    4      33  3 33333 33  1 1 1  8888  33 33333   1   66666        
lowQualScore                  :       .  ...   . .  ..     . ...    . . ..  ...................  .    .................       .   ......... .   . .. . .    . .  .  . .  .   .. . . ..   .... ...     .  . .    .  .. .    .    .      ..  . ..... ..  . . .  ....  .. .....   .   .....        
lowQualScore                  :       6  111   0 5  44     4 000    7 4 00  6666666666666666666  4    00000000000000000       4   888888888 4   9 99 3 4    4 4  9  4 4  4   88 6 4 00   5555 555     9  4 4    9  00 4    4    3      44  0 77777 55  5 5 5  1111  55 77777   5   11111        
consensus                     :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CN-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
Reference ( family-570 )      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CN-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94472                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TT-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-G-A-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACCGTT--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94473                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-T-C------TGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-GGA-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-CAGA-TC-A-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TT------TTGCGTTA
gi|94474                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-T-C------TGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-GGA-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACC--T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCGTTC--T-CAGA-TC-A-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TT------TTGCGTT
gi|94475                      : aGCAGA-TT---GATTC-CC--GACAT-C-A-AAAA-TTC--TC-------------------GA-ATTCT-CCT------CAG--AATTCGGG---GT-G------T-CCTTCA-G-A-CGAGGT-CC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCGTTC--C-CTGA-TCAATTTTGCT--GC-G-----T--AT-A-TATA----CG--C-----AGATTTC-----TTGCG
gi|94476                      : aGCAGA-TTT--GAT-C-CTT-GACGT-C-A-AAAAAT-C--TC-------------------GA-ATTTC-C-T------CGA--TAT-CAGG-ATGC-G------T-C-T-CA-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ATCG-T--TTT----A---AACAA-TG-TTCGCA-TC--C-CAGC-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-ATT-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCG
gi|94477                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CT--GACGT-CAA-AAAA-T-C--TC-------------------GA-A-TTC-C-T------CGA--TATTCGGG-AGGC-A------T-ACTCCA-G-A-CGAG-T--C-GC-G-AA-CGC-ATCG----TTT----A---AACAA-TA-T--GCA-TC--C-CAGC-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TAT---TG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTT
gi|94478                      : aGCAGAGTT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-TAAA-C-C--TC-------------------GA-------C---------------TTCAGG-ACA--G------T-CCT-CT-G-A-CGAG-T-CC-GT-G-GA--GCGACAG-T--TTT----T---AACAC-TG-C-TGCA--C--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TAGG--CT--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94479                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-TAAA---C--T-------------------------------T------CGA--CATTCAGG-ACA--G------T-CCT-CATG-A-AGAG-T-CC-GG-G-GG-CA--ACAG-T--TTT----A---A-CAC-TG-C-TGCA--A--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CGCTC-----AGA-TT
gi|94480                      : aGCAGA-TT---GAT-G-CC--GACAT-C-A-AATA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-A------T-CCT-CA-T-A-CGAG-T-CC-GT-G---------CCA-T--TTT----A---AAAAA-TA-C-CGCG-TT--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----TA-AT-A-T-TAATGTCA--T-----AGA-TTCTTTCTTTGCGTTA
gi|94481                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACCC-A-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTT--C-T------CGA--TATTCGGG-ACGA-G------T-------------GAG-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACCA-T--TTA----A---AAAAAATG-C-CGCG-TC--C--AGA-TCAA-TTTGCT--GC-A-----T--AC-A-T-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94482                      : aGCA-A-TT---GA----CC--GACAG-C-A-AT---T-C--TC-------------------GA-AGTCC-C-T------CGA--CAT-CGGA-ATTC-G------T-CCT-CA-GCA-CGAG-TTCC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TGTT-CGCG-TC--C-CAGA-TCAATTTTGC---GC-G-----TTAAT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTCT----TTGCGTTA
gi|94483                      : aGCAAA-TT---GAT-C-CT--GACAT-C-T-AAAA-T-C--T---------------------A-AGTTT-T-T--------A--AACTCACG-A-AT-T------T-CCT-AT-G-A-CAAA-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AATGA-TG-T-TGTG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGTT--GT-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTA-----TTG
gi|94484                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-TAACGTGCGA---ATT-----------------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CT-GC-G-GA-CGT-CTTT-T--TTT----A---AACAA-TT-T-CGCG-TC--C-CAAA-TCAA-TGTGTT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94485                      : aGCAGA-TT---GAT-C-C---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-T------AAC--TGTGCGAA----T-T------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CCTGCCG-GA-CGT--CTT-T--TTTTTTTA---AACAA-TT-T-CGCG-TC--CGCA-A-TCAAGTGTGGTTGGC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA--TC-----TTG
gi|94486                      : aGCAGA-TT---GAT-T-CCACGACATTC-A-CAAA-T-TCATC-------------------GA-ATCT--C-T------CGAACCATTCGGG-ATGC-G------TTCCT-CA-G-AACGAG-T-CC-GC-AAGA-CGC-ACTG-TGTCTT----ACAAAACAAATG-T-CGCG-TC--A-CCGA-CCAA--TTGTTC-GC-GATTTTT--AA-A-T-TAG---CGA-C-----AGA-TTC-----TT
gi|94487                      : aGCAGA-TG---GAT-C-CC--AACAT-A-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-A
gi|94488                      : aGTAGA-TT---GAT-C-CC--GACTT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------AA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-ATTGCT--GC-A-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94489                      :  GTAGA-TT---GAT-C-CC--GACTT-C---AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTTCC-T------CGA--TATTCGGGAACGC-G------T-CCT-GA-G-A-CAAG-T-CCAGC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT--------AACAC-TG-T-CACG-T---C-CAGA-T-AA-TTTGCT--GC-G-----T--ATAA-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGT
gi|94490                      :  GCAGA-TTT--GAT-C-C---GACCC-A-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTC-G-T------CTA--TATTCGGG-ACGA-G------T-------------GAG-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACCA----TTT----A---AAAAA-AG---CGCG-TC--C-CAGA-T-AA-TTTGCT--GC-A-----T--AC-A-T-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94491                      :  GTAGA-TT---GATTC-CC--GAC-T-T-A-AAAA-T-C--T--------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC--------T-CCT-TA-G-A-AGGG-T-CC-GC-G-GA-CGC--CCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-TGCG-TC--C-CAGA-TAAA-TTGCCT--GC-G--------AT-A-T-T-----CG--CAGCATAGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94492                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AATT-T-C--CG-------------------AA-ATTTC-C-T------CGA--CATC--GG-ATGCTG------T-CCT-CA-G-A-CGAA-T-C--GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-TGCG-TC--C-CAGA-T-AA-TTTGTT--
gi|94493                      :  GCAGA-CA---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCCTGAGTTTTTAAAATGTTCGA-ATTTC-C-T------CAA--TGTCCGGA-ACGC-A------T-ATT-CT-G-A-CGAG-T-CC-GT-C-AA-TGC-AAGG-T--TTT----A---AACA--TG-T-TGCG-TC--C-AAGA-TCAA-TTTGCT--TC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCAT
gi|94494                      :    AGA-TT---GAT-CTCC--GACTT-A-ATAAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGG--ACGT-A------T-CCG-CTAG-A-TGAG-T-TC-GC-G--A-CGC-ACCG-T---------A---AACAA-TG-T-TGCA-TC--C-CAGAATCAA-TTTGCT--GC-------T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94495                      :    AGA-TTCCCGAT-C-T---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTT----------------------GA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAAA-T-CT-GC-G-GA-CGT--CTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCT-TC--G-CAGA-TCAA-GTTGCT--GCAG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TT
gi|94496                      :    AGA-TTCCCGAT-C-T---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTT----------------------GA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAAA-T-CT-GC-G-GA-CGT--CTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCT-TC--G-CAGA-TCAA-GTTGCT--GCAG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TT
gi|94497                      :          ---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-------------------GA-ACGT-GCAAATTT-CCT-CT-G-A-TAAG-T-CC-GT-G-GA-CGT-TCTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-GAAA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94498                      :          ---GAA-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GAGATTTT-T-T-------------TTTGGA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAGG-A-CC-GC-G-GAACGT-CCTG-T--TTTT---A---AACAA-TT-T-C-CT-TCTTT-CAAA-TC-A-TGTGTT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94499                      :                     --GACAT-C-T-AAAT-T-C--TCCC-----------------GA-GTTTT-T-TAACGTGCGA---ATT-----------------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CC-GC-G-GG-CGT-CTTG-T--TTT----A---AACAA-TA-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TATGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94500                      :                                                                  -ATTTC-C-T------TGT--TATCCTGG-ACAT-G------T-CCT-TT-G-A-TGGG-T-CC-AC-A-GA-TGC-ACA-------T----A---AACAA-TA-T-CAGG-TC--T-CAGA-TGAA-TTTGCT--GT-A-----T--CC-A-T-T------G--T-----AGA-TT





Alignments
lowQualScore                  :                                             2222222222222222222                                   111111111                                                                                                                                                     
lowQualScore                  :       1  888   3 1  33     1 444    5 1 22  1111111111111111111  1    99999999999999999       1   777777777 1   2 44 4 1    1 1  2  1 1  1   33 1 1 22   4444 222     2  1 1    2  22 1    1    4      33  3 33333 33  1 1 1  8888  33 33333   1   66666        
lowQualScore                  :       .  ...   . .  ..     . ...    . . ..  ...................  .    .................       .   ......... .   . .. . .    . .  .  . .  .   .. . . ..   .... ...     .  . .    .  .. .    .    .      ..  . ..... ..  . . .  ....  .. .....   .   .....        
lowQualScore                  :       6  111   0 5  44     4 000    7 4 00  6666666666666666666  4    00000000000000000       4   888888888 4   9 99 3 4    4 4  9  4 4  4   88 6 4 00   5555 555     9  4 4    9  00 4    4    3      44  0 77777 55  5 5 5  1111  55 77777   5   11111        
consensus                     :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CN-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
Reference ( family-570 )      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CN-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94472                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TT-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-G-A-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACCGTT--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94473                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-T-C------TGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-GGA-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-CAGA-TC-A-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TT------TTGCGTTA
gi|94474                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-T-C------TGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-GGA-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACC--T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCGTTC--T-CAGA-TC-A-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TT------TTGCGTT
gi|94475                      : aGCAGA-TT---GATTC-CC--GACAT-C-A-AAAA-TTC--TC-------------------GA-ATTCT-CCT------CAG--AATTCGGG---GT-G------T-CCTTCA-G-A-CGAGGT-CC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCGTTC--C-CTGA-TCAATTTTGCT--GC-G-----T--AT-A-TATA----CG--C-----AGATTTC-----TTGCG
gi|94476                      : aGCAGA-TTT--GAT-C-CTT-GACGT-C-A-AAAAAT-C--TC-------------------GA-ATTTC-C-T------CGA--TAT-CAGG-ATGC-G------T-C-T-CA-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ATCG-T--TTT----A---AACAA-TG-TTCGCA-TC--C-CAGC-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-ATT-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCG
gi|94477                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CT--GACGT-CAA-AAAA-T-C--TC-------------------GA-A-TTC-C-T------CGA--TATTCGGG-AGGC-A------T-ACTCCA-G-A-CGAG-T--C-GC-G-AA-CGC-ATCG----TTT----A---AACAA-TA-T--GCA-TC--C-CAGC-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TAT---TG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTT
gi|94478                      : aGCAGAGTT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-TAAA-C-C--TC-------------------GA-------C---------------TTCAGG-ACA--G------T-CCT-CT-G-A-CGAG-T-CC-GT-G-GA--GCGACAG-T--TTT----T---AACAC-TG-C-TGCA--C--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TAGG--CT--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94479                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-TAAA---C--T-------------------------------T------CGA--CATTCAGG-ACA--G------T-CCT-CATG-A-AGAG-T-CC-GG-G-GG-CA--ACAG-T--TTT----A---A-CAC-TG-C-TGCA--A--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CGCTC-----AGA-TT
gi|94480                      : aGCAGA-TT---GAT-G-CC--GACAT-C-A-AATA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-A------T-CCT-CA-T-A-CGAG-T-CC-GT-G---------CCA-T--TTT----A---AAAAA-TA-C-CGCG-TT--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----TA-AT-A-T-TAATGTCA--T-----AGA-TTCTTTCTTTGCGTTA
gi|94481                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACCC-A-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTT--C-T------CGA--TATTCGGG-ACGA-G------T-------------GAG-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACCA-T--TTA----A---AAAAAATG-C-CGCG-TC--C--AGA-TCAA-TTTGCT--GC-A-----T--AC-A-T-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94482                      : aGCA-A-TT---GA----CC--GACAG-C-A-AT---T-C--TC-------------------GA-AGTCC-C-T------CGA--CAT-CGGA-ATTC-G------T-CCT-CA-GCA-CGAG-TTCC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TGTT-CGCG-TC--C-CAGA-TCAATTTTGC---GC-G-----TTAAT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTCT----TTGCGTTA
gi|94483                      : aGCAAA-TT---GAT-C-CT--GACAT-C-T-AAAA-T-C--T---------------------A-AGTTT-T-T--------A--AACTCACG-A-AT-T------T-CCT-AT-G-A-CAAA-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AATGA-TG-T-TGTG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGTT--GT-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTA-----TTG
gi|94484                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-TAACGTGCGA---ATT-----------------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CT-GC-G-GA-CGT-CTTT-T--TTT----A---AACAA-TT-T-CGCG-TC--C-CAAA-TCAA-TGTGTT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94485                      : aGCAGA-TT---GAT-C-C---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-T------AAC--TGTGCGAA----T-T------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CCTGCCG-GA-CGT--CTT-T--TTTTTTTA---AACAA-TT-T-CGCG-TC--CGCA-A-TCAAGTGTGGTTGGC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA--TC-----TTG
gi|94486                      : aGCAGA-TT---GAT-T-CCACGACATTC-A-CAAA-T-TCATC-------------------GA-ATCT--C-T------CGAACCATTCGGG-ATGC-G------TTCCT-CA-G-AACGAG-T-CC-GC-AAGA-CGC-ACTG-TGTCTT----ACAAAACAAATG-T-CGCG-TC--A-CCGA-CCAA--TTGTTC-GC-GATTTTT--AA-A-T-TAG---CGA-C-----AGA-TTC-----TT
gi|94487                      : aGCAGA-TG---GAT-C-CC--AACAT-A-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-A
gi|94488                      : aGTAGA-TT---GAT-C-CC--GACTT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------AA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-ATTGCT--GC-A-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94489                      :  GTAGA-TT---GAT-C-CC--GACTT-C---AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTTCC-T------CGA--TATTCGGGAACGC-G------T-CCT-GA-G-A-CAAG-T-CCAGC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT--------AACAC-TG-T-CACG-T---C-CAGA-T-AA-TTTGCT--GC-G-----T--ATAA-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGT
gi|94490                      :  GCAGA-TTT--GAT-C-C---GACCC-A-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTC-G-T------CTA--TATTCGGG-ACGA-G------T-------------GAG-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACCA----TTT----A---AAAAA-AG---CGCG-TC--C-CAGA-T-AA-TTTGCT--GC-A-----T--AC-A-T-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94491                      :  GTAGA-TT---GATTC-CC--GAC-T-T-A-AAAA-T-C--T--------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC--------T-CCT-TA-G-A-AGGG-T-CC-GC-G-GA-CGC--CCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-TGCG-TC--C-CAGA-TAAA-TTGCCT--GC-G--------AT-A-T-T-----CG--CAGCATAGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94492                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AATT-T-C--CG-------------------AA-ATTTC-C-T------CGA--CATC--GG-ATGCTG------T-CCT-CA-G-A-CGAA-T-C--GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-TGCG-TC--C-CAGA-T-AA-TTTGTT--
gi|94493                      :  GCAGA-CA---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCCTGAGTTTTTAAAATGTTCGA-ATTTC-C-T------CAA--TGTCCGGA-ACGC-A------T-ATT-CT-G-A-CGAG-T-CC-GT-C-AA-TGC-AAGG-T--TTT----A---AACA--TG-T-TGCG-TC--C-AAGA-TCAA-TTTGCT--TC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCAT
gi|94494                      :    AGA-TT---GAT-CTCC--GACTT-A-ATAAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGG--ACGT-A------T-CCG-CTAG-A-TGAG-T-TC-GC-G--A-CGC-ACCG-T---------A---AACAA-TG-T-TGCA-TC--C-CAGAATCAA-TTTGCT--GC-------T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94495                      :    AGA-TTCCCGAT-C-T---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTT----------------------GA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAAA-T-CT-GC-G-GA-CGT--CTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCT-TC--G-CAGA-TCAA-GTTGCT--GCAG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TT
gi|94496                      :    AGA-TTCCCGAT-C-T---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTT----------------------GA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAAA-T-CT-GC-G-GA-CGT--CTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCT-TC--G-CAGA-TCAA-GTTGCT--GCAG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TT
gi|94497                      :          ---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-------------------GA-ACGT-GCAAATTT-CCT-CT-G-A-TAAG-T-CC-GT-G-GA-CGT-TCTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-GAAA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94498                      :          ---GAA-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GAGATTTT-T-T-------------TTTGGA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAGG-A-CC-GC-G-GAACGT-CCTG-T--TTTT---A---AACAA-TT-T-C-CT-TCTTT-CAAA-TC-A-TGTGTT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94499                      :                     --GACAT-C-T-AAAT-T-C--TCCC-----------------GA-GTTTT-T-TAACGTGCGA---ATT-----------------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CC-GC-G-GG-CGT-CTTG-T--TTT----A---AACAA-TA-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TATGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94500                      :                                                                  -ATTTC-C-T------TGT--TATCCTGG-ACAT-G------T-CCT-TT-G-A-TGGG-T-CC-AC-A-GA-TGC-ACA-------T----A---AACAA-TA-T-CAGG-TC--T-CAGA-TGAA-TTTGCT--GT-A-----T--CC-A-T-T------G--T-----AGA-TT


blockSeqs                     :       G  CCC   T T  AC     T AA     A T CA  CTGAGTTTTTAAAATGTTC  G    TTTAACGTGCGA            A   TGCGAATT  T   T AT G A    G T  T  C A  A   GA C . GT   TTTT CAA     A  T T    T  TT G    A    T      TG  A ATTTT TA  A T A  ATGT  CT AGCAT   T   TTTCT
blockSeqs                     :       .  CCC   T .  T      . AT     A . .   CC                   .    TTTAACGTGCGA            .   TGCGAATT  .   C TA G .    . .  A  . .  .   A  C . .    T    .       A  . .    T  .  .    .    T      C   A .     A   . . .  GG    A  .       .   T    
blockSeqs                     :       .  T     . .  .      . A      A . .   C                    .    TCCTCAGA                .   TGCAAATT  .   . A  C .    . .  .  . .  .   A  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    G      .   . .     .   . . .  T     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  T     . .  .      . A      A . .   C                    .    CTCGAACC                .   TGCGAATT  .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  C . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  G     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   C                    .    TCCTCGAT                .   CTG       .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  C . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   C                    .    TTCTGAC                 .   CG        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  A . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   C                    .    TTCTGAC                 .   CG        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  A . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   C                    .    CCTCGAT                 .   TG        .   . T  . .    . .  .  . .  .   A  C . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    CCTCGAT                 .   CG        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  C . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    TCTCGAT                 .   CA        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    CCTCGAC                 .   CA        .   . T  . .    . .  .  . .  .   C  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . T      . . .   .                    .    TTTAACT                 .   AG        .   . T  . .    . .  .  . .  .   A  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . T      . . .   .                    .    TCTCGAT                 .   CG        .   . T  . .    . .  .  . .  .   A  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . T      . . .   .                    .    TCTCGAT                 .   TT        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    CGTCTAT                 .   TT        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    TCTCGAT                 .   CG        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    CCTCGAC                 .   CG        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  C . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    CCTCAAT                 .   CG        .   . A  . .    . .  .  . .  .   A  C . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    TCTCGAT                 .   AG        .   . T  . .    . .  .  . .  .   T  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . A      . . .   .                    .    CCTTGTT                 .   CA        .   . T  . .    . .  .  . .  .   C  G . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . T      . . .   .                    .    CTCGAT                  .   TA        .   . T  . .    . .  .  . .  .   C  C . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . T      . . .   .                    .    TCGAC                   .   TG        .   . T  . .    . .  .  . .  .   A  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .   .    
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . T      . . .   .                    .    TTTAA                   .   G         .   . T  . .    . .  .  . .  .   .  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .        
blockSeqs                     :       .  .     . .  .      . T      . . .   .                    .    TTT                     .   G         .   . T  . .    . .  .  . .  .   .  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .        
blockSeqs                     :          .     . .  .      . T      . . .   .                    .    TT                      .   C         .   . T  . .    . .  .  . .  .   .  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .        
blockSeqs                     :          .     . .  .      . T      . . .   .                    .    C                       .   .         .   . .  . .    . .  .  . .  .   .  T . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .   . .     .   . . .  .     .  .       .        
blockSeqs                     :                     .      . .      . . .   .                    .    .                       .   .         .   . .  . .    . .  .  . .  .   .  A . .    .    .       .  . .    .  .  .    .    .      .                                                
blockSeqs                     :                                                                  .    .                       .                                                                                                                                                         


blockSeqCons                  :  
originalCons                  :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CN-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
finalCons                     :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CN-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                             2222222222222222222                                   111111111                                                                                                                                                     
lowQualScore                  :       1  888   3 1  33     1 444    5 1 22  1111111111111111111  1    99999999999999999       1   777777777 1   2 44 4 1    1 1  2  1 1  1   33 1 1 22   4444 222     2  1 1    2  22 1    1    4      33  3 33333 33  1 1 1  8888  33 33333   1   66666        
lowQualScore                  :       .  ...   . .  ..     . ...    . . ..  ...................  .    .................       .   ......... .   . .. . .    . .  .  . .  .   .. . . ..   .... ...     .  . .    .  .. .    .    .      ..  . ..... ..  . . .  ....  .. .....   .   .....        
lowQualScore                  :       6  111   0 5  44     4 000    7 4 00  6666666666666666666  4    00000000000000000       4   888888888 4   9 99 3 4    4 4  9  4 4  4   88 6 4 00   5555 555     9  4 4    9  00 4    4    3      44  0 77777 55  5 5 5  1111  55 77777   5   11111        
consensus                     :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CN-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
Reference ( family-570 )      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CN-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94472                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAA-T-C--TT-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-G-A-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACCGTT--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94473                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-T-C------TGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-GGA-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-CAGA-TC-A-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TT------TTGCGTTA
gi|94474                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-T-C------TGA--CATTTGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-GGA-CAAG-T-CC-GT-G-GA-CAC-ACC--T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCGTTC--T-CAGA-TC-A-TTTGCT--GC-A-----T--AT-A-G-TA----CG--C-----AGA-TT------TTGCGTT
gi|94475                      : aGCAGA-TT---GATTC-CC--GACAT-C-A-AAAA-TTC--TC-------------------GA-ATTCT-CCT------CAG--AATTCGGG---GT-G------T-CCTTCA-G-A-CGAGGT-CC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCGTTC--C-CTGA-TCAATTTTGCT--GC-G-----T--AT-A-TATA----CG--C-----AGATTTC-----TTGCG
gi|94476                      : aGCAGA-TTT--GAT-C-CTT-GACGT-C-A-AAAAAT-C--TC-------------------GA-ATTTC-C-T------CGA--TAT-CAGG-ATGC-G------T-C-T-CA-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ATCG-T--TTT----A---AACAA-TG-TTCGCA-TC--C-CAGC-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-ATT-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCG
gi|94477                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CT--GACGT-CAA-AAAA-T-C--TC-------------------GA-A-TTC-C-T------CGA--TATTCGGG-AGGC-A------T-ACTCCA-G-A-CGAG-T--C-GC-G-AA-CGC-ATCG----TTT----A---AACAA-TA-T--GCA-TC--C-CAGC-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TAT---TG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTT
gi|94478                      : aGCAGAGTT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-TAAA-C-C--TC-------------------GA-------C---------------TTCAGG-ACA--G------T-CCT-CT-G-A-CGAG-T-CC-GT-G-GA--GCGACAG-T--TTT----T---AACAC-TG-C-TGCA--C--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TAGG--CT--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94479                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-TAAA---C--T-------------------------------T------CGA--CATTCAGG-ACA--G------T-CCT-CATG-A-AGAG-T-CC-GG-G-GG-CA--ACAG-T--TTT----A---A-CAC-TG-C-TGCA--A--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CGCTC-----AGA-TT
gi|94480                      : aGCAGA-TT---GAT-G-CC--GACAT-C-A-AATA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-A------T-CCT-CA-T-A-CGAG-T-CC-GT-G---------CCA-T--TTT----A---AAAAA-TA-C-CGCG-TT--C-CAGA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----TA-AT-A-T-TAATGTCA--T-----AGA-TTCTTTCTTTGCGTTA
gi|94481                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACCC-A-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTT--C-T------CGA--TATTCGGG-ACGA-G------T-------------GAG-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACCA-T--TTA----A---AAAAAATG-C-CGCG-TC--C--AGA-TCAA-TTTGCT--GC-A-----T--AC-A-T-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94482                      : aGCA-A-TT---GA----CC--GACAG-C-A-AT---T-C--TC-------------------GA-AGTCC-C-T------CGA--CAT-CGGA-ATTC-G------T-CCT-CA-GCA-CGAG-TTCC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TGTT-CGCG-TC--C-CAGA-TCAATTTTGC---GC-G-----TTAAT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTCT----TTGCGTTA
gi|94483                      : aGCAAA-TT---GAT-C-CT--GACAT-C-T-AAAA-T-C--T---------------------A-AGTTT-T-T--------A--AACTCACG-A-AT-T------T-CCT-AT-G-A-CAAA-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AATGA-TG-T-TGTG-TC--C-CAGA-TCAA-TTTGTT--GT-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTA-----TTG
gi|94484                      : aGCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-TAACGTGCGA---ATT-----------------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CT-GC-G-GA-CGT-CTTT-T--TTT----A---AACAA-TT-T-CGCG-TC--C-CAAA-TCAA-TGTGTT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94485                      : aGCAGA-TT---GAT-C-C---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-T------AAC--TGTGCGAA----T-T------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CCTGCCG-GA-CGT--CTT-T--TTTTTTTA---AACAA-TT-T-CGCG-TC--CGCA-A-TCAAGTGTGGTTGGC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA--TC-----TTG
gi|94486                      : aGCAGA-TT---GAT-T-CCACGACATTC-A-CAAA-T-TCATC-------------------GA-ATCT--C-T------CGAACCATTCGGG-ATGC-G------TTCCT-CA-G-AACGAG-T-CC-GC-AAGA-CGC-ACTG-TGTCTT----ACAAAACAAATG-T-CGCG-TC--A-CCGA-CCAA--TTGTTC-GC-GATTTTT--AA-A-T-TAG---CGA-C-----AGA-TTC-----TT
gi|94487                      : aGCAGA-TG---GAT-C-CC--AACAT-A-A-AAAAAT-C--TT-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-A
gi|94488                      : aGTAGA-TT---GAT-C-CC--GACTT-C-A-AAAA-T-C--TC-------------------AA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC-G------T-CCT-CA-G-A-CGAG-T-CC-GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-ATTGCT--GC-A-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94489                      :  GTAGA-TT---GAT-C-CC--GACTT-C---AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTTCC-T------CGA--TATTCGGGAACGC-G------T-CCT-GA-G-A-CAAG-T-CCAGC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT--------AACAC-TG-T-CACG-T---C-CAGA-T-AA-TTTGCT--GC-G-----T--ATAA-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGT
gi|94490                      :  GCAGA-TTT--GAT-C-C---GACCC-A-A-AAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTC-G-T------CTA--TATTCGGG-ACGA-G------T-------------GAG-T-CC-GT-G-GA-CGC-ACCA----TTT----A---AAAAA-AG---CGCG-TC--C-CAGA-T-AA-TTTGCT--GC-A-----T--AC-A-T-TA----TG--C-----AGA-TTC-----TTGCATTA
gi|94491                      :  GTAGA-TT---GATTC-CC--GAC-T-T-A-AAAA-T-C--T--------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGGG-ACGC--------T-CCT-TA-G-A-AGGG-T-CC-GC-G-GA-CGC--CCG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-TGCG-TC--C-CAGA-TAAA-TTGCCT--GC-G--------AT-A-T-T-----CG--CAGCATAGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94492                      :  GCAGA-TT---GAT-C-CC--GACAT-C-A-AATT-T-C--CG-------------------AA-ATTTC-C-T------CGA--CATC--GG-ATGCTG------T-CCT-CA-G-A-CGAA-T-C--GC-G-GA-CGC-ACTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-TGCG-TC--C-CAGA-T-AA-TTTGTT--
gi|94493                      :  GCAGA-CA---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCCTGAGTTTTTAAAATGTTCGA-ATTTC-C-T------CAA--TGTCCGGA-ACGC-A------T-ATT-CT-G-A-CGAG-T-CC-GT-C-AA-TGC-AAGG-T--TTT----A---AACA--TG-T-TGCG-TC--C-AAGA-TCAA-TTTGCT--TC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCAT
gi|94494                      :    AGA-TT---GAT-CTCC--GACTT-A-ATAAAA-T-C--TC-------------------GA-ATTTT-C-T------CGA--TATTCGG--ACGT-A------T-CCG-CTAG-A-TGAG-T-TC-GC-G--A-CGC-ACCG-T---------A---AACAA-TG-T-TGCA-TC--C-CAGAATCAA-TTTGCT--GC-------T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTGCGTTA
gi|94495                      :    AGA-TTCCCGAT-C-T---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTT----------------------GA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAAA-T-CT-GC-G-GA-CGT--CTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCT-TC--G-CAGA-TCAA-GTTGCT--GCAG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TT
gi|94496                      :    AGA-TTCCCGAT-C-T---GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTT----------------------GA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAAA-T-CT-GC-G-GA-CGT--CTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCT-TC--G-CAGA-TCAA-GTTGCT--GCAG-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TT
gi|94497                      :          ---GAT-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GA-GTTTT-T-------------------GA-ACGT-GCAAATTT-CCT-CT-G-A-TAAG-T-CC-GT-G-GA-CGT-TCTG-T--TTT----A---AACAA-TG-T-CGCG-TC--T-GAAA-TCAA-TTTGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94498                      :          ---GAA-C-CC--GACAT-C-T-AAAA-T-C--TCC------------------GAGATTTT-T-T-------------TTTGGA-ACGT-GCGAATTT-CCT-CT-G-A-TAGG-A-CC-GC-G-GAACGT-CCTG-T--TTTT---A---AACAA-TT-T-C-CT-TCTTT-CAAA-TC-A-TGTGTT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94499                      :                     --GACAT-C-T-AAAT-T-C--TCCC-----------------GA-GTTTT-T-TAACGTGCGA---ATT-----------------T-TCT-CT-G-A-TACG-T-CC-GC-G-GG-CGT-CTTG-T--TTT----A---AACAA-TA-T-CGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TATGCT--GC-G-----T--AT-A-T-TA----CG--C-----AGA-TTC-----TTG
gi|94500                      :                                                                  -ATTTC-C-T------TGT--TATCCTGG-ACAT-G------T-CCT-TT-G-A-TGGG-T-CC-AC-A-GA-TGC-ACA-------T----A---AACAA-TA-T-CAGG-TC--T-CAGA-TGAA-TTTGCT--GT-A-----T--CC-A-T-T------G--T-----AGA-TT